3A5LC

Crystal structure of a dictyostelium p109a mg2+-actin in complex with human gelsolin segment 1
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
363
Chain Sequence
QALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTGVMDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAALNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAAAAIVRDIKEKLAYVALDFEAEMQTAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for actin assembly, activation of ATP hydrolysis, and delayed phosphate release
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gelsolin
molecule tags Contractile protein
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 363
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5lC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5lC02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3a5lC03
1GLDG 3A8YA 3VF6A 5BPNA 3LM2A 3KVGA 3MDQA 4WYBA 5AQLA 5AZIB 3WT0A 1TYQA 4FWLA 1YVNA 3DJCA 2P9NB 3ULEB 2FLOA 2OANA 3VGMA 3MK6A 5E26A 4CZKA 1V4TA 1X9JA 1ATNA 3TPQA 3GDQA 1ATRA 2CGJA 3MN9A 4QS8A 3L4IA 4XEIA 4BRGA 1KXPA 2QWLA 4FOIA 1RFQA 4B1VA 4B1UB 4CZFA 1NBWA 2E1ZA 1GLLO 4FPBA 1NGJA 1NGBA 1ZXOA 4CBXA 5LJWA 2V7ZA 3H46O 4BR7A 4FWSA 2QWMA 3W0LA 3EKUA 4JNEA 3VEWA 1GLBG 4BGBA 3ZEUA 5AQWA 2AP1A 5BN8A 5AFUA 4H03B 1K8KA 4WQ5C 3U9DA 3KHYA 2A6AA 3DWLA 5KQ8A 3IUCA 2IIRA 3TU5A 4PKHA 4YDUC 5E84A 3VERA 3MN5A 5JLFA 1NM1A 3DAWA 3GL1A 3QDKA 1TUYA 3VETA 3H3NO 4FSVA 3VEYA 1BG3A 1MDUB 3LDOA 4PKGA 1NMDA 2P9SB 2ZWHA 2EWSA 4BRCA 4FPAA 3FZHA 3BP8A 4FWNA 2UYTA 1XUPO 2AA4A 1BDGA 5AQVA 1S3XA 1HLUA 5BRDA 1NGHA 1U6ZA 2J4RA 3U4LA 3FZKA 3HM8A 3CQXA 3CJAA 5ADXA 3SK3A 5B8HA 4PL7A 1QHAA 5AQRA 2DPNA 3D2FA 3FZMA 2ASOA 2PAVA 2GUPA 1WOQA 2ZF5O 5AQJA 4I6MA 3CJCA 2A42A 5AQZA 3EZWA 4H5NA 1HJOA 1TYQB 3R8EA 3U8XA 4MO4A 3HI0A 2I7PA 5BRFA 4BVOA 2F9WA 4EIAA 3MMVA 3SMPA 5AZJA 2H3GX 3EO3A 3WQUA 2CGLA 2CH6A 2Q0RA 1BOTO 5AQQA 3WEEB 4B1ZA 3VF2A 1R59O 4L3QA 2E1YA 2VWBA 5FPMA 4H0OA 3H3OB 2E2PA 3M6GA 1T44A 1TUUA 1X3NA 3A5NC 4BC4A 2E2OA 1C0GA 3SMSA 3H45C 2CGKA 4H0VB 3CI5A 4BRDA 4E1JA 4Z94A 3IMXA 3IFRA 2A5XA 2A3ZA 3ZEUB 2YJEA 4CI6A 3A0IX 4BQLA 3CJBA 1DGKN 4FL9A 4H0PA 4K42A 1K8KB 2Q31A 1LCUA 3CQYA 1HPMA 2Q97A 3QB0A 4FWKA 5AQPA 3QFPA 4BRNA 5BR9A 4BR4A 2P9IB 3MN6A 1JCFA 4LC9B 3CJ1A 4BRHA 3OHRA 3B8AX 5AQKA 1Y64A 3C7NB 3DXKB 3LDQA 4JHDB 1H1VA 4BRQA 3CJ9A 4HWIA 3GE1A 3RSEA 5AQTA 5BN9A 1BO5O 3O1WA 5F2RA 1XC3A 1ZBSA 3ATVA 4BRFA 4J8FA 2QWPA 3EKSA 1RDWX 3J8AA 4O5FA 4JD2A 3ENHA 1U2VA 4BRPA 4BC3A 4NB4A 3VEXA 5AQOA 2FSKA 4MLHA 3I8BA 3WXLA 2P9KA 3AAQA 2P9UA 3D2FB 4CBUA 3LL3A 1V4SA 3O80A 4IXCA 1T6CA 1BU6O 1X3MA 2D0OA 2YHYA 5F0XA 1JCEA 2GWKA 2BTFA 4H5VA 2Q1NA 3QFUA 3A5OC 4WQ4A 3DXMA 5AQSA 1NGGA 4PL8A 1ATSA 2D1KA 2IVOA 5EY4A 1J6ZA 3ZX2A 3VPZA 4CZLA 1HKGA 1P8ZA 5EOYA 3O08A 2NLXA 2IVPA 2YHWA 3AAPA 1SZ2A 5TKYA 1D4XA 2HF3A 1MWMA 3UKUB 3WXIA 1KAZA 1GLFO 2WUSA 3SLCA 5AQYA 4H5RA 3CJ7A 4C23A 3HTVA 4FOEA 1NWKA 3CHWA 4BRMA 5JMVA 4ISEA 2NZTA 2ZGZA 3FR0A 3VESA 3GOIA 1ZC6A 3ATUA 2GTDA 1OKJA 3VEVA 4CZMA 1DEJA 5FPDA 1Z05A 1C0FA 3VEZA 3SJHA 3S41A 1NGEA 3ID8A 1ESVA 1T6DA 1HX1A 4ISFA 4IZ9A 5EVZA 5ADXH 4RWTA 2A41A 2ZGYA 3UKRA 4JD2B 4M7YA 4JN4A 4BREA 3FE1A 2A40A 4CD3A 3HSCA 4B1WB 3FLCO 4ISGA 1QQMA 1EQYA 1Z6RA 2P9KB 1HUXA 2QWRA 2P9UB 3G25A 2FSJA 3CERA 2I7NA 5BRHA 5LY3A 1DKGD 3F9MA 1XQSC 2W41A 5CE3A 2CH5A 4MLEA 2QM1A 4XH1A 3LM9A 3FZFA 4DB3A 2ASPA 2BUPA 5F1XA 3UB5A 3H1QA 4H5TA 3WQTA 2V52B 1MA9B 2Q0UA 1WUAA 2NRHA 3WUHA 4BQZA 2GEMA 3D7EO 1E4FT 4BR2A 1IG8A 4KBOA 4DCHA 3BF1A 2P9SA 1Q18A 4FO0A 4BR0A 3WXJA 2FF6A 3LDPA 4CZIA 4BG9A 1HKCA 4BRIA 3O8MA 3JXUA 3L6QA 3VENA 4EHTA 3LDNA 3H6EA 4BROA 5BPLA 4YDUA 4CZGA 3ENOA 5KPTA 2P9LA 4Y0WA 4AM7A 2P9PA 4BR9A 3H1VX 4BRAA 3R6MA 5AFUH 2FF3B 3EL2A 1BA1A 5KPZA 4H0TB 2HF4A 3M3ZA 1RGIA 4IWVA 3WXKA 3M1FA 3FGUA 5AQMA 2FSNA 5AQHA 2QWOA 2YI1A 4QS7A 2Q36A 4B1XB 4JAXA 1GLAG 4I6MB 4MO5A 4M7XA 3LDLA 4FWOA 2YHXA 2PBDA 3WEEA 2E20A 3C0BA 5AZJB 1BWFO 4BC5A 4CBWA 2QW9A 4EAHD 1BUPA 3UKRB 3MN7A 5BPMA 1QQNA 3EN9A 4BRKA 1BA0A 3I33A 2V51B 3HBTA 2FXUA 3GG4A 3ZX0A 4B9QA 3GBTA 1KAXA 4A2AA 5BREA 1S22A 1NGCA 2IVNA 5EX5A 1LOTB 3AY9A 4CZJA 3O4WA 1YAGA 4IJAA 5AQIA 5KPRA 2E2QA 3W3DA 4H0XB 2E88A 3ZETA 1YXQA 1QQOA 3D2EA 2P9IA 1KAYA 3MCPA 5ELZA 3IDHA 3QBXA 3VGKA 5JICA 2D4WA 4H5WA 3VF4A 3C7NA 1GLJO 3DXKA 1SQKA 1QZ5A 4IO8A 5AZIA 4AM6A 4K41A 3O5BA 4JHDA 1CZAN 2QXLA 2P9NA 3P4IA 4K25A 3FZLA 3ULEA 4BVPA 2Q2RA 2GELA 4BR5A 4CJ7A 3QICA 4XH5A 3U9ZA 4CZHA 2VYPA 3FFKB 3CIPA 4H0YB 4B1YB 3RSEB 4GY2B 4BG8A 5JLHA 2E8AA 3CETA 1YUWA 3AARA 4A61A 4BRLA 4WQ4C 5I9EB 4A2BA 1GLCG 2P9LB 2P9PB 1U2VB 5EXWA 3VEOA 3KZBA 4A62A 2YJFA 4FWRA 1HKBA 2V7YA 3O1BA 4FWPA 5KQDA 3HZ6A 2YCHA 4DQ8A 2W40A 3BUZB 1NGDA 4HTLA 5LJVA 2HOEA 4PKIA 1G99A 2QWNA 4XH4A 3BEXA 4K43A 3ZX3A 2D0PA 1GLEG 5FPEA 4CD1A 3DXMB 5AR0A 1NGAA 5AQNA 3R9PA 2ASMA 1NLVA 3BF3A 4FWQA 1IJJA 1NGFA 3QMLA 4DHYA 2F9TA 2KHOA 4IJNA 3UKUA 5AQGA 3VOVA 5AQFA 2QWQA 4RTFD 4BC2A 4QS9A 3O6WA 2VCPA 2E2NA 1NGIA 4FWMA 3L0QA 5AQUA 3VGLA 4NO7A 4EHUA 3A5MC 4WQ5A 4RCHA 4CZEA 2HMPA 1E4GT 2GWJA 5FPNA 3UE5A 2ITMA 4F9OA 4M63C 3JS6A 4GNIA 5AQXA 1SAZA 4O8KA 3A5LC 3QBWA 3ZETB 4EFHA 1JCGA 3D2EB 4BGAA 1MWKA 1QZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLDG 3MDQA 3KVGA 4OPHA 2IS3A 3G0ZA 2GX9A 1Z25A 1TYQA 4FWLA 4F4KA 3DJCA 3ULEB 2OANA 3C6AA 5E26A 4CZKA 4LF4K 2Y1IA 1V4TA 1L3SA 1NU0A 1ATRA 3QO9A 4B3TK 3L4IA 4DTPA 4CFBA 4WE1A 1WLJA 1KXPA 1RFQA 3HP9A 1C1CA 1NBWA 4DSJA 1JLGA 1CXUA 4HUEA 1NGBA 4JI8K 2HHIA 5LJWA 2V7ZA 3QEPA 2G8VA 1NK6A 4CK1A 4BGBA 2WONA 3KK1A 3ZEUA 1WSIA 5AQWA 2AP1A 3NVMA 4FYDA 1YJWN 3S9HA 4NLCA 2NRWA 4WQ5C 3K0SA 3L2UA 3RRHA 3THWB 2OPPA 3VERA 4LFCK 2O8BB 5JLFA 3OYLA 3GL1A 3QDKA 1UAXA 3KLIA 3ZSYA 3E66A 4DUZK 3VEYA 4DKWA 3OA9A 2P9SB 3J7YP 2EWSA 4BECA 3VTHA 3TAPA 2AA4A 4HUGA 4O5BA 1HLUA 3HPGA 5BRDA 3U4LA 3HM8A 3CJAA 3QEIA 1Q86O 5B8HA 4FLUA 3K5LA 4CHPA 2DPNA 2ASOA 2GUPA 2YV0X 3EZWA 3V1RA 2OYQA 4DQRA 2VQEK 2JGUA 3QEVA 3MMVA 2H3GX 4CERA 3OYAA 3WQUA 2CGLA 2CH6A 1OH8A 1KVCA 1JXBA 4CGDA 4B1ZA 3SPYA 4FM2A 3PX6A 2JWKA 4L3QA 4WFAL 2GV9A 4YOTA 3A5NC 4BC4A 3BDPA 4Z4FA 3SMSA 4JKGB 4O8UA 3QEXA 3L3VA 4KRFA 1RDAA 4E72A 4E89A 4CI6A 4KHYA 4K42A 1K8KB 2O8DB 4DMNA 3CQYA 2RE2A 1ZBIA 2Q97A 5EU7A 5AQPA 1RT7A 2P9IB 3CJ1A 4KI4A 4BRHA 1VQ5N 3C7NB 5IWAK 2IDOA 3DRSA 3TSPA 3I0RA 4JHDB 4J2DA 2HBMA 1U04A 3ALYA 3DOKA 3GE1A 4IG3A 3C65A 4M41A 3QIPA 4BRFA 2Q3SA 3QEWA 2OTLN 1RDWX 4JKAA 5KRSA 1WAJA 4DQPA 4BC3A 2BANA 4NB4A 3VEXA 1TL1A 2FSKA 4MLHA 2C1IA 3WXLA 3AAQA 2HVHA 1UA0A 3D2FB 4AILC 1T03A 4GV9A 3MXJA 4IXCA 4NCAA 4IOXA 1VK0A 4JKBA 1DTTA 4W5NA 1G15A 5KI6A 4DTNA 1Q7YO 4B3RK 1X3MA 3OYKA 5F0XA 4EP5A 3QFUA 3E9LA 3C6TA 4PL8A 3HM9A 4Z4CA 3VPZA 5CY4A 1VQ7N 2G8IA 1SZ2A 5TKYA 3F2KA 3AA4A 3BY5A 3OS0A 1S1VA 1S1XA 2WUSA 4O0JA 3AO3A 1C6VA 2UU9K 3K2PA 1U47A 3CJ7A 3PO5A 2HVIA 4AHUA 4BRMA 3QIOA 3CQ8A 2NZTA 1C0UA 1Q82O 4DV4K 1D5AA 5HRNA 4OPKA 3E1YA 4CZMA 1SL1A 5FPDA 1EXQA 2UXDK 3VEZA 4GKJK 3TR8A 3PX0A 4DR4K 3ENBA 1NGEA 4A57A 1HNIA 1O13A 3KTQA 4IZ9A 1C1AA 1Q9XA 3NF8A 3HPHA 2A41A 4RWTA 4OO1J 3WNHA 1FK9A 4B1WB 3FLCO 4ISGA 1EQYA 3DMJA 2QEXN 3UIQA 1U45A 2P9KB 5JVHL 2O8CB 3AVKA 3V9XA 4CJFA 4MFBA 5JS2A 3ZSOA 1L5UA 1DKGD 2ZJPL 5CE3A 2CH5A 4IFVA 3SAGA 2WC9A 2ASPA 5F1XA 3U3YA 2OPQA 5JS1A 4KHNA 1HNXK 2OCEA 4G1QA 3WUHA 1ZBFA 2GEMA 4EZ9A 4L8RB 4DU4A 4KBOA 3SAFA 5A2QO 4FO0A 4X65K 3LDPA 5KGWA 1NG9A 3HJFA 1N8RO 3VENA 1XHZA 1VAZA 4IOAL 3VMFB 2A1RA 3ZSZA 5BPLA 4YDUA 4CZGA 4Y0WA 4AHCA 3OYCA 3O9RA 4CJ3A 3H1VX 4BRAA 4FCYA 1SUQA 3ITHA 4H0TB 4LF6K 2D5RA 3I56N 3HL8A 5AQMA 2W42A 2QWOA 3M8PA 2Q36A 2FBYA 4I6MB 3ZSVA 2YNIA 2PYLA 3PY8A 3PO4A 4FWOA 3THXA 2BE2A 4QAGA 2PBDA 3WEEA 2G8HA 3LP1A 4EAHD 3MN7A 1QSYA 1QQNA 3KLEA 4BRKA 3D6RA 2WBNA 5GADP 4B9QA 4A2AA 1RBVA 3OY9A 3SCXA 3ISNC 4WF9L 4W5OA 1NGCA 5TKWA 4B9TA 2ZM6K 4U7BA 4HCCA 5EX5A 3VQ6A 3O4WA 4DV7K 2UUAK 3ZETA 2QKBA 4JS4A 4JRQA 5ELZA 3IDHA 2D4WA 4H5WA 1RT6A 2KQ2A 4LSLA 3VF4A 4M3XA 1FKOA 3ZT0A 1QZ5A 4AM6A 3O5BA 2QXLA 2P9NA 4DSFA 4V19S 3L2QA 4JYAK 2ZJQL 4UY8O 3HK2A 3MWPA 1TKDA 4CJ7A 1IH7A 2PYJA 4FZXC 2E8AA 3KIOA 3F73A 1HNVA 2P9LB 5EXWA 3AO4A 2YJFA 4FWRA 4WFNL 1JLAA 3O1BA 3SV4A 4O44A 1VSLA 3Q7CA 3OYJA 2D0BA 5HRRA 4M3YA 4DSLA 4AHRA 4ELUA 3SUOA 2HOEA 2GBZA 4DTUA 4FJNA 3QESA 3ZX3A 4TSXA 4CD1A 5AR0A 4CEAA 3KK2A 2O4GA 3UKUA 4IJNA 2G8KA 1RBRA 1U4BA 4DR5K 5HRPA 2FBXA 4DV2K 3S3NA 1JLBA 1OH5A 2VCPA 2RF2A 1NGIA 5AQUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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