3CHWA

Complex of dictyostelium discoideum actin with profilin and the last poly-pro of human vasp
Total Genus 117
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
371
structure length
360
Chain Sequence
VQALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLAYVALDFEAEMQTAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (8-12)TIV3 (71-75)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S3 (29-32)S2 (16-21)TII1 (21-24)S5 (53-54)EMPTYO1 (32-34)S6 (65-68)AH1 (55-61)3H1 (98-100)TIV4 (72-76)TI9 (352-355)AH13 (359-365)TI10 (353-356)S7 (103-107)AH3 (113-126)TII2 (108-111)AH12 (338-348)TI7 (322-325)TIV6 (129-132)AH4 (137-145)AH9 (274-284)S10 (160-166)3H3 (260-262)S9 (150-155)TI3 (156-159)3H4 (264-267)3H2 (172-174)TIV7 (165-168)S11 (169-170)TI5 (242-245)AH5 (182-195)TI4 (234-237)S13 (238-241)AH6 (203-216)AH10 (289-295)TVIII2 (220-223)AH7 (223-232)S15 (297-300)S14 (247-250)AH8 (252-259)AH11 (309-320)TI6 (286-289)3H5 (302-304)TII3 (306-309)S16 (329-330)TI8 (332-335)3H6 (335-337)S17 (357-358)TIV2 (38-51)TI1 (61-64)TIV5 (76-79)AH2 (79-93)S8 (131-136)S12 (176-178)3H7 (350-352)S4 (35-38)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
publication title Modulation of actin structure and function by phosphorylation of Tyr-53 and profilin binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Major actin
total genus 117
structure length 360
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3chwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3chwA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3chwA03
2QWPA 4EAHD 4FWRA 2CH6A 2Q1NA 2VCPA 3QBXA 4O8KA 3VEVA 2BTFA 3CJCA 5AQTA 1P8ZA 4WQ5A 3RSEB 3BEXA 1NLVA 4B1YB 4JD2A 1V4SA 3F9MA 3B8AX 1NGCA 1TYQB 4H5TA 2QWNA 5AQNA 3MN6A 3BF3A 5KQ8A 4H03B 5AZIA 3QMLA 3VESA 1LCUA 2AA4A 4MLEA 1Y64A 3O08A 4H0OA 4CZGA 3L0QA 2QWLA 1K8KA 4FO0A 1NMDA 1TUUA 5E26A 3CHWA 3CJBA 4BG9A 5BPNA 5ADXA 3M3ZA 1T6CA 4BRGA 3S41A 4I6MA 1KAYA 2V52B 4XH1A 2GWJA 2ZGYA 3ULEA 4BROA 1YVNA 1C0GA 2FF6A 3MN9A 2A40A 2ASOA 3QDKA 1HUXA 1CZAN 4BRKA 2YI1A 1HKBA 3JS6A 2QM1A 3GE1A 2YHYA 3R9PA 3HBTA 1NGGA 2P9SB 3KHYA 4WQ4C 2ZWHA 3HM8A 4H5NA 3O80A 3LM9A 3EKSA 3QFUA 1GLEG 4PL8A 4FWKA 3EL2A 2FSJA 3O6WA 2P9NA 1DGKN 4NB4A 3LDLA 3VGKA 5EXWA 4CZHA 5F1XA 3G25A 2BUPA 3I8BA 2KHOA 4XEIA 3VENA 3SLCA 4FOEA 3DXKB 2Q31A 4FPAA 3I33A 1BU6O 4BRCA 1DEJA 4FWOA 3UKRA 4XH4A 2W40A 2E2PA 3VEZA 2ITMA 1HPMA 4DB3A 4CD1A 1MA9B 1YXQA 4Y0WA 3A8YA 2E1ZA 1HJOA 3FZKA 3GBTA 3QB0A 5EY4A 3SMPA 4RCHA 3LDOA 4GNIA 5F0XA 3L4IA 3FR0A 2IVOA 4EHTA 3FZFA 3W0LA 2DPNA 5BRDA 5AQXA 5FPMA 3WXLA 3VGMA 3A5MC 3D2EB 4IO8A 3AAQA 3TU5A 4BRDA 1JCFA 2E2OA 3U9ZA 1E4FT 2Q0RA 3A0IX 4BR4A 2CGLA 4ISGA 4H0XB 5KPRA 3KZBA 2I7NA 2YHXA 5BN8A 2ZF5O 2NRHA 1IG8A 2NLXA 5CE3A 3IDHA 2E88A 3BF1A 1HKCA 2FXUA 4BR9A 5FPDA 4B1VA 4JHDB 4BQZA 1BA1A 4O5FA 4XH5A 5B8HA 2P9UA 1HX1A 4H0PA 2Q97A 4H5RA 1RFQA 3WEEA 4BR2A 5KPZA 5LJWA 2D0PA 1QQNA 5AQOA 4AM6A 3VETA 3O4WA 1MWMA 2YJEA 3CJ1A 3DJCA 3ZETA 1NGBA 1ZBSA 2ZGZA 2AP1A 1HLUA 2E8AA 5AQLA 3VEXA 4YDUA 4DQ8A 4EIAA 3MDQA 3VF2A 3A5OC 4BRAA 2ASPA 3HTVA 4CJ7A 4ISFA 4CI6A 1SAZA 5AZJA 5BN9A 2VWBA 4A62A 1K8KB 3ZX3A 1BO5O 3MMVA 4K25A 1R59O 1YUWA 2P9IA 4I6MB 3ID8A 5JLFA 3AAPA 2A5XA 3HI0A 3ULEB 3FLCO 1T6DA 3QBWA 1T44A 1C0FA 3LDNA 2IVNA 1NGDA 2V7ZA 3DXMA 1TUYA 3U8XA 4BR5A 3D2FA 3CJ7A 3AY9A 4K42A 5LY3A 3CJAA 1BWFO 2E1YA 4IZ9A 3FZLA 3GOIA 5AQFA 5ADXH 2P9NB 3D7EO 3CI5A 4FWNA 1ATSA 1H1VA 2HF4A 4K43A 4PL7A 5AFUA 5ELZA 1NGIA 4BRLA 1J6ZA 3ATUA 4K41A 4H0YB 4YDUC 3WXJA 1U6ZA 1XC3A 1XUPO 4QS9A 5KPTA 3EN9A 4FWPA 1NGJA 4WQ5C 4B1WB 3FE1A 2A42A 2IIRA 3GG4A 1ZC6A 4B1UB 3IFRA 2GEMA 5AQRA 3U4LA 3EKUA 1BG3A 2E2NA 2A6AA 2YJFA 1JCEA 5FPNA 3DAWA 1GLDG 2F9WA 3UKUA 5BREA 4QS7A 5BPMA 4M63C 4FSVA 4M7YA 1QZ5A 5AQIA 2GELA 4FWMA 2PBDA 1KAXA 4LC9B 3UE5A 3ZEUB 4BR7A 4CZMA 4NO7A 3CJ9A 1U2VB 2FLOA 2J4RA 2UYTA 5AQPA 1X9JA 1RDWX 2YHWA 4IJAA 3WT0A 1ATRA 2FSNA 5AQQA 4BRMA 2P9PA 1KXPA 1NGEA 3L6QA 3EZWA 2Q36A 3CQXA 1S3XA 3H6EA 4EFHA 2GWKA 3ENHA 2Q2RA 4BC3A 3JXUA 3QFPA 2PAVA 3LM2A 1HKGA 5AQHA 4J8FA 4QS8A 3ZX0A 4CZFA 3TPQA 1EQYA 3VERA 2P9KA 5BRHA 4BRQA 5FPEA 3WEEB 4CZKA 4CZIA 3IMXA 1Z05A 4GY2B 3C0BA 5JICA 5JLHA 3FZHA 5AQWA 3ZETB 4EHUA 2CGJA 4MO5A 3A5NC 1NM1A 2EWSA 3CQYA 1QQMA 3BUZB 1KAZA 2CGKA 3VF4A 3M1FA 3EO3A 1ZXOA 3VEOA 4CBWA 1GLCG 3A5LC 4H5WA 4JD2B 4JNEA 3H45C 3VEYA 5AZJB 3LL3A 2V51B 3O1BA 5AZIB 3C7NA 1JCGA 1Z6RA 2P9IB 1NBWA 2I7PA 2P9LA 3UB5A 1X3MA 4F9OA 5F2RA 3M6GA 3DXMB 2W41A 3FGUA 4BVOA 3SJHA 4C23A 3D2FB 3MK6A 5EOYA 3H1QA 3H3NO 3AARA 4BVPA 3ATVA 1WOQA 3CERA 5AQMA 5AQYA 3R6MA 1BOTO 1NGFA 4FWLA 2QWOA 4H0VB 1SQKA 1MWKA 3LDQA 4HTLA 4MLHA 2D0OA 3WQUA 2HMPA 5EVZA 4BGBA 5BPLA 3RSEA 3ENOA 1GLLO 3WXKA 3CETA 3VOVA 3KVGA 4FOIA 1TYQA 3LDPA 1SZ2A 3HSCA 3BP8A 4PKIA 4BC4A 4BREA 3R8EA 1X3NA 1ESVA 4BC5A 3QICA 2Q0UA 3OHRA 3UKRB 1BA0A 4DHYA 4IWVA 3VF6A 5AQZA 4BRFA 1S22A 4FPBA 1QHAA 1RGIA 5JMVA 5AR0A 3UKUB 3HZ6A 1LOTB 1GLJO 4CD3A 4WYBA 1DKGD 5AFUH 4BRHA 4PKHA 1BUPA 3O5BA 1NGHA 1NGAA 4B9QA 4CZLA 1GLBG 4BRIA 1WUAA 5AQSA 1QZ6A 2P9SA 5AQGA 3MCPA 4BG8A 1D4XA 3H1VX 3SMSA 1XQSC 5TKYA 4CBXA 2A3ZA 3SK3A 4ISEA 3O1WA 4FL9A 2YCHA 3CIPA 4Z94A 2GTDA 3VEWA 3VPZA 5KQDA 3WXIA 2D1KA 2QW9A 2P9PB 4BRPA 3U9DA 2IVPA 4A2AA 3DWLA 3DXKA 4BR0A 3ZX2A 1OKJA 2VYPA 2ASMA 5AQVA 4CZJA 1ATNA 3W3DA 1IJJA 2QXLA 4CZEA 4IXCA 2P9KB 5LJVA 1QQOA 1GLFO 2GUPA 1GLAG 4JAXA 4AM7A 4HWIA 2FF3B 3VGLA 5AQJA 3J8AA 3H3OB 2FSKA 2E2QA 2P9UB 4BRNA 3O8MA 4FWSA 4KBOA 3FZMA 5AQUA 3MN7A 4JN4A 2QWQA 4PKGA 4B1ZA 1V4TA 2NZTA 3GDQA 4B1XB 3ZEUA 4RWTA 2D4WA 5AQKA 4E1JA 4RTFD 1U2VA 2H3GX 5EX5A 2HF3A 3D2EA 4BQLA 3FFKB 4IJNA 3H46O 4DCHA 4H0TB 2CH5A 1BDGA 4A2BA 2A41A 1E4GT 2QWMA 4BGAA 3WUHA 3WQTA 4FWQA 3C7NB 1NWKA 2F9TA 4A61A 1YAGA 2P9LB 3GL1A 5BRFA 5E84A 1G99A 4M7XA 1MDUB 2WUSA 2V7YA 2QWRA 3P4IA 2HOEA 4L3QA 2E20A 4H5VA 5BR9A 3MN5A 4BC2A 4JHDA 4WQ4A 5I9EB 4MO4A 4CBUA 3IUCA 1Q18A 2OANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6UA 2QWPA 4EAHD 3S3OA 3OS0A 1S9EA 3AO1A 4KHUA 2CH6A 3QBXA 4DR6K 1UOCA 1P8ZA 3K58A 2ZE2A 4DV1K 4J2DA 1JLGA 2QK9A 5KGXA 4JD2A 1VHXA 3B8AX 1T05A 2O8BA 3WNGA 2QWNA 5AQNA 1IBMK 3E66A 3BF3A 3MCAB 3ZCMA 5M1KA 1RT4A 4C8OA 2AA4A 4Q5VA 1Y64A 1A5VA 3O08A 4CZGA 2KZMA 2HW3A 4FO0A 4OPAA 3ZT0A 5ADXA 2UXDK 4DV4K 2GBZA 3DLHA 2FBVA 3QIPA 2GWJA 2ZGYA 4NCGA 3ULEA 4N5SA 5M1QA 3UIQA 1HKBA 2OPQA 4AH9A 3V1OA 2G8VA 4FJXA 2P5GA 3THWB 4NCBA 1NGGA 2RHKA 4IEIA 4FZXC 1ASVA 4WQ4C 4O8UA 1KVAA 2ZWHA 3LM9A 5J2QA 4CGJA 1VRUA 3MEEA 4FWKA 3EL2A 1QS4A 4JKDA 1DGKN 4CJKA 3NVMA 5K14A 3LDLA 2O8DB 3T7ZA 4IDKA 3VENA 3SLCA 3OYAA 3SPYA 1IBLK 2Q31A 4FPAA 1KVBA 2GV9A 1UWBA 4FLUA 3OYLA 4XH4A 2W40A 3NF6A 4JK7A 4CF8A 4DB3A 3QB0A 3CG7A 1KCFA 1HYVA 5EY4A 2HHXA 4OJRA 4RCHA 5F0XA 3I0SA 1TKDA 3W0LA 1QTMA 3MECA 4DTRA 3WXLA 2YKNA 3MXJA 2YNHA 1CLQA 3LPTA 4CFCA 1F21A 1BCMA 1JL2A 3CFPA 4JKGA 1S5JA 4PWDA 4BRDA 4KTWA 1KD1O 4ILJA 4QOZB 4BR4A 4DTPA 2OYQA 4CCHA 2Z1GA 2VWKA 2YHXA 3NBPA 2YNIA 4DV3K 3MWTA 2ETJA 1T03A 4DFKA 4C8KA 3D6RA 4J2EA 1C1BA 3C65A 4BQZA 1VQON 1BI4B 5CZ1A 5B8HA 3AA2A 4CHNA 1HX1A 3KK1A 4E7HA 3T69A 3ZT2A 3NFAA 3F9KA 3CM5A 3J7AP 2Y1IA 4OO1J 3PIPL 4BR2A 1RBUA 1QQNA 1RDAA 3WXMB 5AQOA 4K0KK 4IG0A 1MU2A 4OX9K 3CJ1A 3ZETA 1ZBSA 1HYSA 2E8AA 4DQ8A 4OLBA 1LWFA 3AGRA 2P5OA 3VF2A 4M3YA 4BRAA 4BE2A 4CJ7A 3OTOK 2VWBA 5KRTA 1Q86O 3LP3A 1BO5O 3P1GA 4DF8A 4KB0A 4I6MB 3O3FA 1IBKK 3RVCA 3AAPA 1VSEA 1T6DA 2IVNA 4A5BA 1SS6A 1WSFA 2P51A 3PSIA 3HRGA 5J2PA 2ITGA 3THXA 2VGNA 4B3SK 3AY9A 3CJAA 3PX4A 3B6OA 3E9OA 3VQEA 1IG9A 4B8AB 5HOOA 3R1XA 2G8UA 5GIOA 3FZLA 3GOIA 3D7EO 3VQ6A 1G15A 4CEBA 4E1NA 3EY1A 2HBJA 4PL7A 3CQ8A 3SUOA 5ELZA 1L5UA 2QEXN 3SPZA 1KLNA 3ATUA 4JS5A 4W5RA 3WXJA 1EX4A 1XC3A 1NGJA 2A42A 1BISA 3VQQA 3CCJN 1YI2N 4JLHA 3U4LA 3ZT4A 2VQEK 1BG3A 4JK8A 2RF2A 1KC8O 1HQUA 2YJFA 4JKEA 5FPNA 1RBRA 3VQ7A 4QS7A 4DMNA 1QZ5A 3U6FA 4DSIA 3CCQN 3K5NA 3RMCA 4CJ5A 3CCMN 4DTJA 4J2BA 4CZMA 4ELVA 1VSLA 1U2VB 3U3YA 2FLOA 2J4RA 1TKZA 3KWIA 5AQQA 2X74A 1REVA 3MAQA 1RT5A 4GW6A 2P9PA 3NHGA 5H1SQ 3OY9A 1VQMN 3EZWA 2HNYA 4Y1DA 2Q36A 1S3XA 3OYFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C6U A;  2QWP A;  4EAH D;  3S3O A;  3OS0 A;  1S9E A;  3AO1 A;  4KHU A;  2CH6 A;  3QBX A;  4DR6 K;  1UOC A;  1P8Z A;  3K58 A;  2ZE2 A;  4DV1 K;  4J2D A;  1JLG A;  2QK9 A;  5KGX A;  4JD2 A;  1VHX A;  3B8A X;  1T05 A;  2O8B A;  3WNG A;  2QWN A;  5AQN A;  1IBM K;  3E66 A;  3BF3 A;  3MCA B;  3ZCM A;  5M1K A;  1RT4 A;  4C8O A;  2AA4 A;  4Q5V A;  1Y64 A;  1A5V A;  3O08 A;  4CZG A;  2KZM A;  2HW3 A;  4FO0 A;  4OPA A;  3ZT0 A;  5ADX A;  2UXD K;  4DV4 K;  2GBZ A;  3DLH A;  2FBV A;  3QIP A;  2GWJ A;  2ZGY A;  4NCG A;  3ULE A;  4N5S A;  5M1Q A;  3UIQ A;  1HKB A;  2OPQ A;  4AH9 A;  3V1O A;  2G8V A;  4FJX A;  2P5G A;  3THW B;  4NCB A;  1NGG A;  2RHK A;  4IEI A;  4FZX C;  1ASV A;  4WQ4 C;  4O8U A;  1KVA A;  2ZWH A;  3LM9 A;  5J2Q A;  4CGJ A;  1VRU A;  3MEE A;  4FWK A;  3EL2 A;  1QS4 A;  4JKD A;  1DGK N;  4CJK A;  3NVM A;  5K14 A;  3LDL A;  2O8D B;  3T7Z A;  4IDK A;  3VEN A;  3SLC A;  3OYA A;  3SPY A;  1IBL K;  2Q31 A;  4FPA A;  1KVB A;  2GV9 A;  1UWB A;  4FLU A;  3OYL A;  4XH4 A;  2W40 A;  3NF6 A;  4JK7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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