3CJBA

Actin dimer cross-linked by v. cholerae martx toxin and complexed with gelsolin-segment 1
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Connecting actin monomers by iso-peptide bond is a toxicity mechanism of the Vibrio cholerae MARTX toxin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 360
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3cjbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3cjbA04
5AQWA 2VCPA 1GLEG 4JHDA 4C23A 4H0XB 5KPTA 3D2EA 2HMPA 4JNEA 3FR0A 1G99A 3OHRA 2Q1NA 2CGLA 3CQYA 2DPNA 5AZIB 3H3OB 4BROA 3FZKA 4GY2B 4F9OA 5ADXH 1NGHA 5BPMA 1K8KB 2GTDA 2YI1A 3LDNA 4FO0A 3FZFA 3KVGA 3RSEA 4BR7A 1E4FT 5AQPA 4FPAA 4FWSA 4FWKA 1SAZA 4WQ4A 2E20A 3QICA 4BR0A 4Y0WA 4XEIA 3HBTA 4IO8A 1U2VB 2I7NA 2WUSA 1X3MA 3WXJA 1JCFA 1NWKA 5AQGA 3IMXA 5AQRA 4Z94A 4RWTA 2AA4A 1RGIA 1GLBG 4BR4A 3H6EA 2VWBA 5KPZA 1NGDA 4PKHA 3A0IX 4FOEA 4XH1A 4A2AA 4FOIA 5F1XA 1Y64A 5ADXA 3MCPA 1WUAA 3FZHA 5AQYA 2YJEA 4RTFD 3HI0A 3UB5A 4ISEA 4EFHA 2QW9A 5AQIA 5AFUA 5FPEA 3WT0A 2QM1A 1DKGD 1GLLO 2V7ZA 4BG8A 4HWIA 3U9ZA 1BOTO 3L6QA 4JAXA 1XUPO 4QS8A 1U6ZA 5F0XA 5AR0A 1QHAA 1SQKA 3H3NO 3CQXA 2P9NB 3VGMA 2HF4A 4BC3A 1HKBA 3WQTA 2FSJA 5JICA 1BA1A 4NO7A 1NGCA 2ASOA 4BGBA 4BRNA 3A5LC 3BF3A 2YJFA 3QFPA 1HUXA 4K25A 1NGGA 5AZJA 4I6MA 3VEWA 1QQMA 4ISFA 3J8AA 3O6WA 4EAHD 2QWNA 2GWKA 1TUUA 4O5FA 3AY9A 5TKYA 3VGLA 3IDHA 4DCHA 4BR2A 2IVOA 3QFUA 4WQ5A 4LC9B 2E2QA 4B9QA 3VESA 1JCEA 5ELZA 3CETA 3D2EB 2QXLA 4DB3A 4H5TA 1XC3A 3WEEA 5LJWA 1RFQA 4YDUC 2Q0RA 3H1VX 1TYQB 3A5MC 1YXQA 1X9JA 4H5NA 4JD2A 4BRDA 3FZMA 3RSEB 4FPBA 4CZFA 4BRFA 2IIRA 2AP1A 3O80A 5EVZA 5AQOA 3H45C 3ZETB 2Q0UA 3ENHA 5BR9A 3CJCA 1NLVA 5AQNA 3A8YA 4NB4A 3B8AX 4CD1A 5BRHA 1QZ5A 2A5XA 4CZJA 3MN9A 5AQLA 4L3QA 1IJJA 3JXUA 5BRDA 2P9UB 4DHYA 4FWOA 4JN4A 4FSVA 2J4RA 3HZ6A 4QS7A 1JCGA 1HKGA 3L0QA 5EXWA 4MLEA 2A6AA 2P9IA 3JS6A 3R9PA 4PL7A 1EQYA 3QMLA 5EY4A 1CZAN 4FWLA 4H0YB 2FSKA 3D2FA 1NGEA 2OANA 3UKRA 3SMPA 3FFKB 1BG3A 3DXMA 2D4WA 2NZTA 3F9MA 1V4SA 2ZGZA 3W3DA 1Z05A 1LCUA 3BP8A 5AFUH 2D1KA 4H5VA 2E2OA 4BQLA 2YHWA 1GLJO 1BWFO 2E2NA 3I33A 3SMSA 3ZX0A 1YAGA 4EIAA 2QWLA 3CJ7A 3GE1A 4I6MB 2EWSA 2Q36A 3MN7A 4CZGA 3D7EO 3UKUB 2HF3A 4CI6A 4BRGA 2YHXA 3DXKB 3DAWA 3I8BA 4FL9A 2I7PA 3ZEUB 3C7NA 3VEXA 1H1VA 1NGIA 4M7YA 3WEEB 3C0BA 2A40A 3VPZA 3HTVA 2ITMA 4B1ZA 5KPRA 4CJ7A 3SJHA 4B1YB 3CI5A 3WXLA 5AQMA 4ISGA 4M7XA 5BRFA 2P9LB 2BTFA 5KQDA 1E4GT 4KBOA 5AQUA 1TUYA 1IG8A 4QS9A 4CZMA 1T44A 3O5BA 2CGKA 1T6DA 1BUPA 1NGJA 2IVPA 3BUZB 4K41A 3GL1A 4WQ4C 4B1XB 3BF1A 1KXPA 3M6GA 2ZGYA 4MO4A 4YDUA 2A42A 4RCHA 3R8EA 3HM8A 3LDLA 3VEYA 4AM7A 4BG9A 1GLFO 3LDOA 3VENA 3U4LA 1QZ6A 4BRCA 2P9IB 1KAZA 3VERA 3QDKA 3WXIA 4CZLA 4EHTA 4JHDB 2YCHA 3ULEA 5JMVA 5EOYA 1ATNA 5AQQA 5LJVA 4BRAA 3UKRB 4BVOA 1HKCA 5F2RA 2NRHA 4IWVA 2VYPA 4H0VB 4DQ8A 4CZHA 1QQNA 1MDUB 3MK6A 1HPMA 1Q18A 1ATSA 4PL8A 3FZLA 2CH6A 3QBWA 1MWMA 2KHOA 3EO3A 2W41A 1U2VA 1V4TA 3ID8A 2QWRA 1P8ZA 3U8XA 3VETA 3EKUA 4IJNA 2D0PA 3S41A 4BRIA 1NGFA 3HSCA 3MDQA 4BRKA 3CJ1A 4CZEA 4H0PA 4BRLA 2E2PA 3O08A 4K42A 1ZXOA 4FWNA 2ASPA 4FWQA 4XH5A 5BN8A 3A5OC 1BU6O 2V51B 4BREA 4B1UB 4PKGA 2Q2RA 2QWQA 3WQUA 3H46O 2FLOA 5AQJA 3DWLA 3O1BA 3QB0A 4CBWA 1MWKA 5AQHA 4M63C 4FWPA 2A41A 3DJCA 4BQZA 4J8FA 3VF4A 2P9NA 5AQKA 1HLUA 5LY3A 3EL2A 3SK3A 4IZ9A 5FPDA 2E1ZA 1YUWA 3CERA 4EHUA 1S3XA 3O4WA 4H03B 3ATUA 4O8KA 3MMVA 3GG4A 3EZWA 1GLDG 3ENOA 2FF6A 4CZKA 4H5WA 3LM9A 2BUPA 1ZC6A 1ESVA 4H5RA 2PAVA 3CIPA 2YHYA 5AZJB 4AM6A 4H0TB 2GEMA 1ZBSA 2QWPA 4BRMA 3IUCA 3R6MA 1KAXA 2ZWHA 5AQSA 4CD3A 3O1WA 5JLFA 1NBWA 3ULEB 1S22A 1TYQA 4H0OA 4BRPA 1MA9B 4PKIA 2H3GX 1WOQA 1OKJA 5E84A 2UYTA 1D4XA 3FLCO 2P9KA 4BVPA 2P9PA 1GLAG 2FXUA 3GOIA 3IFRA 3LDQA 3LM2A 3UE5A 4A61A 3CJBA 3EKSA 4BGAA 2P9SA 4JD2B 4K43A 3ZETA 2V52B 5EX5A 3MN6A 3FGUA 3VOVA 2GWJA 4CBUA 2NLXA 2A3ZA 3LDPA 1BDGA 3AARA 4B1VA 4BRQA 2P9UA 3VF6A 2Q97A 2QWMA 2GUPA 4FWRA 4BC5A 4MLHA 1DGKN 3H1QA 2E1YA 5AQFA 5AQXA 1LOTB 4IJAA 1Z6RA 3AAQA 3KHYA 5E26A 3ATVA 1SZ2A 5AZIA 4E1JA 5BPNA 3VEVA 2W40A 3SLCA 1K8KA 5FPMA 4BC2A 3D2FB 3P4IA 5CE3A 3QBXA 3DXMB 3BEXA 3A5NC 3CJAA 3G25A 1NGBA 1BO5O 4BR5A 2GELA 4MO5A 4GNIA 2E8AA 2Q31A 3GBTA 1HJOA 3CJ9A 3EN9A 2FSNA 4HTLA 3UKUA 2CGJA 3DXKA 3W0LA 1BA0A 5I9EB 3ZEUA 1T6CA 5KQ8A 2PBDA 1GLCG 2ASMA 2F9WA 3LL3A 4A62A 4WYBA 1HX1A 3WXKA 3KZBA 4IXCA 3VEOA 2V7YA 3U9DA 3C7NB 3ZX2A 4FWMA 2IVNA 1C0GA 3FE1A 1NMDA 1QQOA 3TU5A 3GDQA 1X3NA 5AQVA 3AAPA 2P9LA 3TPQA 2P9KB 3VEZA 2QWOA 4WQ5C 2P9PB 4B1WB 5AQZA 1YVNA 2FF3B 1NM1A 2P9SB 1NGAA 1ATRA 3M3ZA 1J6ZA 3VF2A 1R59O 2F9TA 5BN9A 3VGKA 4BC4A 5AQTA 1RDWX 2HOEA 5BREA 1C0FA 2ZF5O 5BPLA 3L4IA 1KAYA 1DEJA 5B8HA 3O8MA 5FPNA 4CZIA 1XQSC 3WUHA 3M1FA 2E88A 4BRHA 4BR9A 2CH5A 3ZX3A 3MN5A 4XH4A 3CHWA 5JLHA 2D0OA 4CBXA 4A2BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H4OA 5AQWA 1RT3A 1GLEG 1RILA 4N41A 5KPTA 4CFCA 1OH6A 4IOXA 2G8WA 3C6TA 1K9MO 1FXXA 5FROA 3SQ1A 4OJRA 2DPNA 5AZIB 3H3OB 2LSNA 2B4JA 4GY2B 1QTMA 2BH1A 2E6MA 2RPIA 3CCMN 2BDPA 3FZFA 1T8EA 2JLEA 3AVFA 3QIOA 1HMVA 1JLCA 3HPOA 4FWSA 4FWKA 5FLXO 2Q3SA 1ZBFA 1KSPA 3IS9A 2WFBA 1JL1A 3QICA 3CCSN 3HBTA 4FK2A 4PQUA 1N8RO 2HB5A 1JCFA 1NWKA 5AQRA 4Z94A 4RWTA 2AA4A 1RGIA 3H6EA 2KTQA 3CCUN 4OX9K 1VQ7N 2KFZA 3IRXA 5F1XA 4YFUA 1Y64A 5ADXA 2UXDK 5DMRA 4KHPK 3FZHA 5AQYA 2E5LK 3UB5A 1IH7A 4EFHA 3MX2A 2E6LA 3LAMA 1GOAA 3WT0A 4NCBA 5HOOA 3LP0A 1BOTO 4WE1A 1HYSA 4QS8A 3HP9A 1S1VA 1QHAA 3VGMA 4BACA 2HF4A 4BC3A 1BA1A 2DFHA 3SAFA 3AVGA 3A5LC 2YHBA 1CLQA 4K25A 4ISFA 4I9LA 1VSJA 2HSTA 3CD6N 3OYNA 3G71N 3IDHA 4BR2A 2IVOA 3QFUA 4LC9B 3AA4A 3VESA 3J81O 1N33K 2OPPA 2QXLA 4FJKA 3F9KA 3HT3A 1XC3A 4DTJA 1RFQA 3T7ZA 4DV2K 1NK8A 1IKVA 4GVEA 3OYFA 1VSIA 4JD2A 1HRHA 3O4NA 4FPBA 1ASUA 1BHLA 2IIRA 2AP1A 5EVZA 3H45C 2UU9K 3RVCA 3ZETB 3KK2A 2Q0UA 3K57A 4KHWA 4LF4K 1NG9A 1WSHA 3SYZA 3BZKA 3WXMB 4LF9K 4NB4A 4CD1A 3HM9A 4W5NA 5BRDA 4JK7A 5M1FA 2J4RA 3HZ6A 1JCGA 4JEPA 3OYEA 2A6AA 1GOBA 2P9IA 3JS6A 3VQ8A 4TSXA 5KGWA 3R9PA 3SQ4A 1SKSA 3QMLA 1YHQN 1QSYA 2OANA 3VA0A 2O8BA 3CXCM 4JI6K 3FFKB 1RDDA 1HNVA 2VWKA 3OBYA 3DXMA 2D4WA 1CXQA 1D5AA 3KKSA 1V4SA 3H08A 3IKMA 1ZBHA 4H5VA 3DLLL 2E2OA 4JK9A 3ISNC 2E2NA 4JKDA 3THWA 3SMSA 3ZX0A 3OYBA 5M1QA 4AHTA 3HRGA 1TAQA 3BZCA 3CJ7A 3GE1A 2O8EA 3ZT4A 3MN7A 4DTNA 3K9KA 2KLAA 4BRGA 1D9FA 2YHXA 5CZ2A 3DXKB 3DAWA 3SPZA 1T7PA 1S6QA 3SBTA 4FJ7A 1NGIA 4DTXA 1YTAA 1B92A 3HTVA 1Q7YO 3KLHA 4E19A 4B1YB 3CI5A 3NGIA 4CGJA 3VA3A 5AQMA 4CHNA 1L3UA 2Z1GA 4CF8A 2O8CB 2P9LB 5M1KA 3DYAA 1NJWA 5AQUA 1WNSA 5T7BA 4M45A 3SUPA 1RDUA 4IDKA 1NJIO 1NGJA 2IVPA 3GL1A 4B1XB 2FBXA 4MO4A 3LANA 4YDUA 1WN7A 3DM2A 1YF5L 2NRWA 4M42A 2NUBA 3VENA 3PUFA 1U04A 2OTLN 2OYQA 1KAZA 1NK9A 3QDKA 3LDSA 2YCHA 3UKRB 4CE9A 3VQ4A 1HKCA 5IT9O 4AHUA 1YI2N 3E9OA 4JV5K 1HPZA 1LAWA 1HYZA 2VYPA 4B3MK 1OH7A 4IFVA 1IKXA 3VQPA 3NE6A 1ATSA 5FRNA 4I2PA 1EO1A 3C6UA 1U2VA 3ID8A 4N56A 3U8XA 4YOWA 4MDBA 1QSLA 1XHZA 3S41A 4IO9L 3S5TA 3HSCA 4DR5K 1RT2A 2DTUA 1ILYA 2YNHA 1ZXOA 3RTVA 3L2RA 4JI8K 4DV1K 3RWUA 4FWQA 2O4GA 3ZT1A 1RBVA 2Q2RA 4JI0K 3NF7A 3T69A 2IC3A 3N4QA 1HQEA 1JKHA 2IS3A 4J8FA 3TSPA 3KLIA 2P9NA 4IZ9A 5FPDA 2YV0X 4EHUA 1S1XA 1S3XA 3ATUA 1J54A 3GG4A 1U47A 1GLDG 3ENOA 2FF6A 3HYFA 4UQGA 4CZKA 4OGEA 1ZC6A 3I55N 4H5RA 3CIPA 1LV5A 4FJNA 5AZJB 2DFFA 3ENBA 1TL1A 3TANA 3CCLN 4NLCA 3P39A 5AQSA 1RT5A 3K59A 4FLVA 1X1PA 4DQSA 1TYQA 4BRPA 3DLEA 2F96A 3J80O 4GV9A 4RW9A 4DLGA 3THYB 4CHPA 3PV8A 3PLAA 4DQPA 1GLAG 3GOIA 3LM2A 4CJRA 2G8UA 4M3YA 3DLKA 4O55A 2P9SA 3HSTB 1KFDA 1S1TA 5C10A 1RNHA 2RN2A 3E9PA 5C12A 4W5RA 1B9FA 4BDPA 5DM7L 4HCBA 2ZJRL 1NK4A 1KFSA 4B1VA 4CCHA 2ZE2A 1SL1A 4FWRA 1DGKN 2O8DB 1Q8IA 2P1JA 1DTTA 3ZSXA 1LOTB 3MEGA 4IKFA 1VSKA 1DT9A 4JKGA 5E26A 1TK0A 3ATVA 4ICLA 1S72N 2KQ2A 2NRTA 3SQ2A 1EX4A 2W40A 3SLCA 5FPMA 4ILJA 3ZSQA 3U3YA 4CECA 3NGZA 3QBXA 2P5GA 1SKWA 1Q81O 3CJAA 1OH5A 3LP1A 1NGBA 1NMNA 2HHTA 5FDLA 1L3TA 2Q31A 2OPQA 2UUCK 3SV3A 3EN9A 4HTLA 4CJFA 4NCGA 1ZBLA 1C1CA 3TABA 2IGIA 2HW3A 4MQ3A 3LALA 3I56N 1O13A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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