3CJBA

Actin dimer cross-linked by v. cholerae martx toxin and complexed with gelsolin-segment 1
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Connecting actin monomers by iso-peptide bond is a toxicity mechanism of the Vibrio cholerae MARTX toxin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 104
structure length 360
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3cjbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3cjbA04
4BGBA 5ELZA 1H1VA 4CD3A 2UYTA 3RSEA 5AFUH 4CZIA 4Z94A 1X3NA 4ISEA 2YJFA 2FSKA 5AQXA 3FR0A 4CZJA 5JICA 4C23A 4BR7A 5AQLA 2ZF5O 3D2FB 3JS6A 3VEZA 4DB3A 2Q36A 3D7EO 2V7YA 4AM6A 3VESA 2A42A 1R59O 2D4WA 3F9MA 3J8AA 4FL9A 4WQ4A 4B1UB 1TUYA 4NB4A 4CBUA 3C7NB 1NGJA 3CJAA 3MN9A 2IVOA 3VEVA 3ENOA 4WYBA 2QWMA 4BRPA 2FXUA 4NO7A 1JCGA 3AAQA 4BVOA 1SZ2A 5BN8A 5JLHA 2ITMA 5AQGA 3H3OB 2FF3B 4MLEA 4BG8A 4FOEA 3ZETB 4H0PA 2HF4A 3DXKB 1NGHA 4H0VB 1HKBA 2CH5A 3MMVA 4A62A 1BG3A 5BPLA 1NGCA 3H1QA 4M7YA 1SQKA 4EIAA 3O08A 1U6ZA 4IJNA 4BRHA 2E2QA 3SMSA 2VCPA 2E1ZA 3A0IX 3B8AX 4IXCA 4FWPA 2P9IA 3MK6A 3IUCA 4KBOA 4B1ZA 4B1YB 3ID8A 2ASPA 4PKIA 1V4TA 2GUPA 3EL2A 1BUPA 1GLLO 3KZBA 1SAZA 2CGJA 3H45C 2GWKA 4H0OA 3TPQA 4K25A 3WXKA 3OHRA 5F0XA 5EXWA 1X3MA 5AZIB 4ISGA 3IFRA 4BG9A 2P9NA 1XUPO 1LOTB 2HMPA 3LM2A 5E26A 2QWNA 1ATNA 4BRFA 2QM1A 5AQTA 1MDUB 4CZFA 1ATRA 4I6MB 5BRFA 1V4SA 3CJ1A 5JLFA 3KVGA 4H5VA 5I9EB 2ASOA 3SLCA 4BR5A 1KAZA 3BUZB 4BROA 4H03B 2D0PA 2QWPA 3M1FA 4H5TA 1EQYA 4M7XA 2ZWHA 3ATUA 3UB5A 5KPTA 4O5FA 4DQ8A 2IIRA 3M6GA 3HI0A 2PBDA 1IJJA 4A2BA 4AM7A 3CJBA 1DEJA 4FWSA 4HTLA 4M63C 5BPNA 1K8KA 3ZEUA 4B9QA 5EOYA 3A5OC 3O4WA 3A8YA 3QFUA 1E4GT 1GLEG 1TYQB 3O1BA 3EKSA 3VETA 3FZKA 1HKCA 3CJ9A 3SMPA 4JNEA 4LC9B 4WQ5A 2ZGYA 3R9PA 5BN9A 3UKRA 2F9TA 1HPMA 2FSJA 3VF2A 4BRIA 3IDHA 3VEXA 4FSVA 1BU6O 1X9JA 3CI5A 1BDGA 3GOIA 2P9IB 2P9LB 3A5MC 1DGKN 3ULEA 4ISFA 4JN4A 2BUPA 1T6DA 3VEOA 4A2AA 1NGBA 1RFQA 2D1KA 1NBWA 3WEEA 4YDUC 5FPNA 4BC4A 5AR0A 3WQUA 4CBXA 2V7ZA 3ZX3A 3FE1A 5AQUA 3FGUA 3WUHA 2KHOA 1T6CA 2Q97A 2E1YA 2P9SB 4A61A 2OANA 3GL1A 3FFKB 2EWSA 3D2EA 1QQNA 1GLFO 3GE1A 3M3ZA 4RCHA 1NGDA 3FZMA 4JD2B 4XH1A 1QZ6A 1WOQA 1C0GA 3LDPA 1QQMA 3CIPA 3DJCA 4CZHA 5FPDA 4FO0A 3AAPA 1U2VA 1GLAG 1XC3A 3DXMA 4IO8A 4BC5A 3ZX2A 3H6EA 4BR9A 3KHYA 1KAYA 2A6AA 5AZJB 5AQRA 3CJCA 1HLUA 2F9WA 3HZ6A 1HKGA 1CZAN 4YDUA 4EHUA 2D0OA 1S3XA 2VYPA 2ZGZA 2NLXA 1Z6RA 3WT0A 3CETA 4BRDA 3S41A 5EVZA 1NGGA 2HOEA 4B1WB 1MWKA 2W41A 4PKGA 3MDQA 2E2NA 3AARA 3O8MA 4FWQA 4K42A 4BQLA 3QDKA 2PAVA 3CQYA 1D4XA 5AQSA 4FWOA 3UKUA 2Q0UA 3LDQA 3FZHA 5AQZA 2GEMA 1NGEA 1YVNA 3I33A 3W3DA 1DKGD 3FZFA 4H5NA 3RSEB 2YHXA 5AQNA 4CZMA 2FF6A 1G99A 4EAHD 5LY3A 1MWMA 4BC3A 5AQOA 4F9OA 1QHAA 2W40A 3C0BA 3CERA 3EKUA 3D2EB 5E84A 5BRHA 1NGIA 1HUXA 1IG8A 2NRHA 3MN7A 5CE3A 2HF3A 3GG4A 1TUUA 2E88A 2P9PA 3BP8A 2GTDA 3U8XA 3VF6A 3VEWA 2P9KA 3ENHA 3D2FA 5AQVA 3UE5A 5KQ8A 4FWMA 3DXMB 4JAXA 3A5LC 3LDOA 2CGKA 3O5BA 1YXQA 4GNIA 2AA4A 2E2PA 4FWKA 4L3QA 2E8AA 3VF4A 3C7NA 3GDQA 4JHDA 2QXLA 1T44A 3VPZA 3QBXA 4FPAA 1BA0A 5KPRA 1HJOA 3TU5A 1KAXA 1NLVA 1OKJA 4RTFD 3EN9A 3MN6A 4MO5A 4CZEA 4BRGA 2E20A 1JCEA 3ZETA 2ASMA 4FWRA 3DXKA 4Y0WA 3SJHA 2FLOA 2BTFA 1S22A 3L4IA 4BRNA 3O1WA 4XEIA 1BO5O 2QW9A 1WUAA 2AP1A 3IMXA 4BR0A 1NGFA 5FPMA 3QICA 2P9UA 3VENA 4DCHA 4PL8A 1BWFO 3CHWA 4FWLA 5LJVA 2J4RA 1ESVA 3QMLA 5AQYA 4MLHA 1ZXOA 4RWTA 3HSCA 3AY9A 3WXLA 2VWBA 2P9NB 2A41A 5B8HA 3VGMA 1QZ5A 2YHYA 5AQKA 2YI1A 5BREA 3ATVA 2A5XA 5AQFA 2CGLA 1BOTO 2NZTA 4PKHA 3R6MA 3EZWA 5KPZA 3O6WA 5AZIA 4BRKA 2P9PB 5TKYA 3FZLA 3H3NO 1Y64A 2QWOA 4WQ4C 5LJWA 2P9KB 1NWKA 3VGLA 3BF1A 1Z05A 4BRQA 1E4FT 3DWLA 4BGAA 4XH5A 4I6MA 4QS9A 5BR9A 1HX1A 1K8KB 3ZEUB 1J6ZA 4DHYA 4JHDB 2YCHA 1C0FA 1GLCG 3QFPA 3CJ7A 5ADXA 5AQMA 4E1JA 4FWNA 4H0TB 3H1VX 3LDLA 4PL7A 2Q0RA 4B1VA 4IWVA 3EO3A 4BRAA 1LCUA 3LM9A 3H46O 3UKRB 3WQTA 3ZX0A 1RGIA 2DPNA 3QB0A 3L6QA 5EX5A 4BRCA 2GELA 3I8BA 4IZ9A 5F1XA 2QWRA 1TYQA 3VEYA 1MA9B 3BEXA 2YHWA 5AQPA 5AQQA 3ULEB 4XH4A 2QWQA 3WXIA 3GBTA 3WEEB 5FPEA 1GLJO 4EHTA 5AQIA 4BR4A 4HWIA 3U9ZA 5ADXH 2P9UB 2Q31A 3QBWA 1GLBG 1JCFA 1NGAA 3VOVA 4IJAA 4BRMA 2P9LA 3L0QA 3JXUA 1P8ZA 2IVNA 4CI6A 4K41A 4CD1A 2GWJA 3HBTA 3DAWA 2CH6A 1KXPA 2IVPA 3VGKA 2P9SA 1U2VB 3HM8A 4J8FA 1QQOA 4H0YB 4BVPA 2H3GX 5BRDA 4BRLA 4CZLA 1XQSC 1YAGA 4JD2A 4O8KA 3MCPA 2I7NA 4CJ7A 4EFHA 5KQDA 3LDNA 3W0LA 2I7PA 2E2OA 4B1XB 1NM1A 5AQJA 3CQXA 4BQZA 3FLCO 4H5RA 4K43A 1NMDA 3R8EA 3A5NC 2Q2RA 5AZJA 3U4LA 3U9DA 2A3ZA 1YUWA 3HTVA 4BR2A 4GY2B 5JMVA 3G25A 2V51B 4WQ5C 1GLDG 1ZBSA 2WUSA 4QS7A 4CZGA 1BA1A 5AFUA 2YJEA 3UKUB 3LL3A 1RDWX 4CZKA 3MN5A 4BREA 3BF3A 3WXJA 4H0XB 2Q1NA 5AQWA 4BC2A 5BPMA 3O80A 3VERA 4FPBA 2V52B 5AQHA 1ATSA 5F2RA 4CBWA 2QWLA 3P4IA 4QS8A 3SK3A 1Q18A 2A40A 1ZC6A 2FSNA 4MO4A 4H5WA 4FOIA 5EY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJIO 4JI1K 3NGIA 1JLEA 3SPZA 3DRSA 4O4GA 2UYTA 3OYBA 1C1CA 1WSEA 5TKWA 4ISEA 1OVYA 3FR0A 5AQLA 3QNOA 3JS6A 3VEZA 4CHYA 2Q36A 3D7EO 4CJKA 4C8LA 1BGXT 1R59O 3F9MA 5C2FA 1Q7YO 1TUYA 4CBUA 1RDUA 1B9FA 2UU9K 2BDPA 1ITGA 5C42A 4MLEA 4BG8A 1ZBIA 4FOEA 3VQCA 4LH5A 1CXUA 3G71N 1NGHA 1RTJA 1D8YA 3RR7A 1ZBUA 4FJ7A 4CFBA 1XNRK 3H1QA 4M7YA 1TK5A 1VSLA 2E2QA 4Z4FA 4UQGA 3EY1A 4DV6K 3G4SN 4CERA 4IXCA 4DLGA 3CFPA 2GBZA 3L3VA 3MK6A 4B9NA 4Q0BA 4KBOA 4B1YB 1L3UA 4HUFA 3ID8A 3S3MA 1N8RO 4PKIA 2GUPA 4FJGA 2CGJA 3SYZA 2Z1HA 3AO4A 3M8SA 2HNZA 1VQ4N 4LF6K 1ASWA 1JLGA 3NE6A 5AZIB 3IFRA 4KH5A 4H8KA 4GV6A 1S9GA 2QWNA 2B6AA 4BRFA 2QM1A 1ATRA 3OJSA 3P31A 4B3SK 4FJKA 2RF2A 4H5VA 5I9EB 3DLRA 4Z4HA 1CXQA 1C0UA 1KAZA 3BUZB 2D0PA 2LSNA 4YHHK 2IIRA 2JLEA 3M6GA 2PBDA 4LF8K 4HTLA 4M63C 2X6NA 1YI2N 1K8KA 3ZEUA 4GV9A 4FZYA 3A5OC 4JI3K 2Z1GA 3CPWM 3BGRA 2HVIA 1QE1A 2ZD1A 1E4GT 1BIZA 4OPKA 3OY9A 3EKSA 4JNEA 3ID6A 4AHSA 2FSJA 5FROA 4DS5A 3KKRA 1YT3A 2FBXA 3HPHA 1QHTA 5FDLA 1X9JA 3QIPA 3LZIA 4FZXC 3TAMA 1N34K 4PHTX 1KLNA 3VEOA 4C1NK 4A2AA 3NF9A 4BC4A 2NRRA 2X78A 3FGUA 3WUHA 2KHOA 3AO3A 1JLCA 1VSJA 1ASVA 2OANA 3FFKB 2C1GA 3D2EA 1QQNA 3THWB 1YIJN 3GE1A 1NGDA 2JGUA 4JD2B 2HNDA 1NK0A 2IDOA 4DF8A 4NLCA 3K5OA 1QZ6A 3CIPA 3OYGA 4CZHA 3VA3A 1WNSA 1U2VA 4IO8A 1C1BA 3ZX2A 3DRPA 3H6EA 3KK1A 1VSEA 2P5OA 3LP0A 1YHQN 5HRSA 4DU4A 4BWMA 1HNIA 4O5BA 4JKHA 2HHXA 5M1KA 2KFNA 1RT6A 3WT0A 4UY8O 3CETA 3T69A 3HXMA 3MX2A 1VSFA 4B1WB 1SL2A 1MWKA 3VQ5A 3AARA 4W5RA 1E3MA 2D0CA 4Z4IA 1VK0A 4CJLA 5CYMA 5EU7A 1TVRA 3BDPA 2PAVA 3AVCA 1CLQA 1VQ7N 3UKUA 4OLBA 1UAXA 3L2WA 3FZHA 5HP1A 5AQZA 4AHRA 2VGMA 2X6SA 4JKFA 1TKTA 1UA1A 4BECA 4E7HA 1DKGD 4YOUA 3RSEB 4CHZA 1BI4B 4GVMA 1I94K 1EWRA 4CJRA 2FF6A 1G99A 5KRSA 4CEAA 2QEXN 4BC3A 4CW7B 5DM7L 3ZSWA 2NRZA 4F9OA 4O44A 3CERA 2XHBA 4I2PA 1BCMA 5E84A 2NRHA 3MN7A 1L3TA 3DI6A 3MECA 1GOCA 3BP8A 3SV4A 2PY5A 4FM1A 2OPPA 5AQVA 4FWMA 3QESA 4JAXA 1TKZA 4JEPA 3AGKA 3O5BA 4GNIA 2AA4A 2E2PA 3CCSN 1CZBA 3CMAN 3QETA 3CCEN 3HO1A 4DV1K 3RTVA 1HJOA 4JLHA 4MO5A 4BRGA 2E20A 1JCEA 4GKJK 3SJHA 2FLOA 2BTFA 1EXQA 3LANA 1O1WA 3V1QA 2XO7A 4FLTA 2B5JA 4GW6A 4NCBA 2NNWA 1WUAA 2P9UA 1S1WA 2HHVA 3I0SA 2J4RA 4DG1A 3HT3A 1ESVA 2P5GA 3AA3A 5AQYA 3TTDA 4MLHA 1ZXOA 2YNIA 2ITGA 4RWTA 3J80O 3NH1A 1KC8O 4KHWA 4ID5A 1IG9A 4IFEA 2UUBK 2ZJPL 3CCQN 2IS3A 4FJMA 3E01A 3PUFA 2CGLA 3BZKA 3K57A 1JXEA 5KPZA 3KLGA 3L2RA 1IBLK 5TKYA 1TGOA 3FZLA 4B8CA 4WQ4C 2P9KB 4QCLA 2OTLN 4JI7K 1VSMA 4RW8A 3TSPA 3NHGA 1HX1A 3NBPA 2D0BA 2DFHA 3VQ6A 2RPIA 1C0FA 2I5JA 4KH6A 4NYNA 5AQMA 4E1JA 3SPYA 4PL7A 4IWVA 5H1SQ 5FRNA 1XMQK 1S9EA 4C8NA 4CHOA 1L5UA 3UKRB 2DPNA 4HCBA 4FW2A 5F1XA 2OPSA 3C6AA 1TYQA 3VEYA 2VWKA 3BEXA 1JKHA 1JLFA 5AQQA 2ZE2A 2HVHA 3ULEB 4DR7K 1LAVA 4XH4A 4LH4A 3QERA 3T3FA 4NCGA 3U9ZA 4FK4A 4PA1A 3RVCA 5DMRA 4W5QA 1GLBG 1NGAA 4IJAA 2O8EB 3L0QA 3JXUA 3IG1A 2IVNA 5D3GA 4CJWA 1Y97A 3TAFA 4OKKA 4FVMA 3DAWA 3E66A 2PYLA 3HL8A 4DTJA 3SAFA 4FLUA 4DSKA 4AH9A 3HM8A 2FBTA 1QQOA 2H3GX 1VQ8N 4BRLA 4CZLA 1VQNN 1D9FA 1FXXA 2KQ2A 3NF7A 3NF6A 3P39A 4O8KA 3HVRA 3TSUA 4EFHA 4CJ7A 5KQDA 2WBNA 4FJLA 3LAKA 2WONA 5AQJA 3RMBA 4BQZA 3T19A 3CYGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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