3CJBA

Actin dimer cross-linked by v. cholerae martx toxin and complexed with gelsolin-segment 1
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Connecting actin monomers by iso-peptide bond is a toxicity mechanism of the Vibrio cholerae MARTX toxin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 360
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3cjbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3cjbA04
3HZ6A 5JMVA 3MK6A 4DHYA 3C7NA 3EKSA 4BC3A 3FZKA 3U9ZA 2QW9A 2PAVA 4BC5A 4FSVA 2A42A 1KAYA 3CHWA 1BU6O 1WUAA 3SMSA 3SMPA 2ZWHA 1KAXA 5JICA 3CQXA 3IUCA 2FSJA 4CI6A 3VERA 4NO7A 4BRCA 2UYTA 1NGDA 2P9NB 3OHRA 4O5FA 2E8AA 3EO3A 1JCEA 3U4LA 4IO8A 4BC4A 4MLHA 4PKIA 1LOTB 4B1YB 4EHTA 4H0OA 2W41A 1GLEG 1HUXA 2P9IA 4XEIA 3VEVA 5JLHA 1CZAN 2A40A 4FPBA 1K8KB 1BWFO 4H5RA 2FSKA 4BRAA 3MMVA 3WEEB 5KPZA 5LJWA 1G99A 1QQOA 4BROA 2ASMA 5AQYA 4AM6A 1ATSA 3BP8A 1HPMA 3ZEUA 3LM2A 3M6GA 4Z94A 1XC3A 1EQYA 5ELZA 2GWKA 3MN6A 1NGBA 3FLCO 5AQRA 2CGLA 1RGIA 3ZX3A 1LCUA 4B9QA 3O1WA 1ESVA 4M63C 3VGKA 3H3OB 3WUHA 3W0LA 1BDGA 3UKUB 3LM9A 3CJ1A 4BRDA 4BC2A 3WT0A 3A8YA 4C23A 3AY9A 2W40A 1U2VA 2E20A 3CQYA 1BO5O 3J8AA 2D4WA 2NRHA 3BEXA 3QFUA 4WQ4C 3TPQA 4B1ZA 3WXJA 4BR7A 4BRIA 2A41A 4GY2B 4B1VA 5BN8A 1BUPA 4QS7A 2IVNA 4B1WB 3H45C 4A2BA 4PKGA 4H5NA 3WQTA 2HF4A 3VGLA 4H5TA 2V7ZA 2Q2RA 4JHDA 3VOVA 2Q0UA 3I8BA 2CGKA 2VYPA 3FE1A 3O4WA 4H5WA 3KZBA 4HWIA 4B1XB 2FXUA 3A5OC 4L3QA 4BQLA 2QM1A 2E2PA 2HF3A 5AQIA 4BRHA 1YXQA 1NGIA 3H6EA 2A5XA 2V7YA 4FWNA 3F9MA 1OKJA 3ULEB 1HLUA 5E26A 2J4RA 5EX5A 1XQSC 1BOTO 1ZXOA 3P4IA 2Q0RA 4K41A 5EXWA 4CZMA 3LDLA 1E4GT 2YI1A 2HOEA 4J8FA 2HMPA 3VEWA 3RSEB 1D4XA 2PBDA 2YCHA 2ZF5O 4M7YA 1NGAA 3WXKA 5KQ8A 4I6MA 4FWPA 4LC9B 3FZLA 1RDWX 4EHUA 4E1JA 3O8MA 3DAWA 5LJVA 4AM7A 2ITMA 3GL1A 5AQLA 3D7EO 4BRMA 5EY4A 3CERA 3H46O 5BRFA 3O6WA 1R59O 1HKGA 4DB3A 3CJAA 1JCFA 4IZ9A 2E88A 3O08A 2I7PA 5EOYA 4BG8A 1QZ6A 2P9SB 3HTVA 4K25A 3DXKB 2YJFA 3WQUA 3L0QA 2F9WA 3UKRA 4BREA 3WXLA 5F1XA 4BQZA 2P9PB 5AQNA 2IIRA 4FWMA 5BRDA 4DQ8A 3UKUA 1P8ZA 1HJOA 3D2FA 2I7NA 3KVGA 3ZX0A 4CZEA 2ZGZA 1TYQA 3VEYA 1HX1A 4QS8A 3ZETB 4CBWA 1J6ZA 2QXLA 5AZIA 3SK3A 3VEOA 2FSNA 2E2OA 4EFHA 3SLCA 3S41A 5AZJA 4JD2A 4A2AA 2ZGYA 4NB4A 5AQXA 1SZ2A 1GLDG 5FPNA 3QB0A 2GWJA 1T6DA 3EL2A 3IDHA 2GEMA 4JNEA 3BUZB 4JAXA 5AQFA 2GELA 2IVOA 3C7NB 4A62A 4BGAA 2NLXA 4K43A 3C0BA 1Z05A 2GUPA 1XUPO 3GE1A 3D2EB 2P9UB 3R6MA 2Q97A 3A5LC 3CJ7A 4MO5A 4QS9A 2OANA 3GBTA 4CZLA 4FOEA 5F2RA 4CZGA 4HTLA 5AQMA 2VWBA 5EVZA 1NMDA 2QWOA 2P9IB 3IFRA 5BRHA 5JLFA 5AQTA 5AQKA 2IVPA 4FOIA 2BTFA 5TKYA 2A6AA 1BA1A 2AP1A 2F9TA 3EN9A 2P9LA 3DJCA 1BG3A 1U6ZA 1MDUB 4BGBA 1DGKN 2QWLA 2E1ZA 3VETA 5AQUA 3B8AX 4H0VB 2YHWA 3BF3A 4XH1A 4CZHA 2WUSA 2QWQA 1JCGA 3GOIA 4CZFA 3MDQA 5LY3A 1X9JA 4FWLA 3GDQA 4KBOA 4FWKA 5BPNA 3ENHA 5BREA 1NLVA 1NGHA 5AQSA 5AFUA 1T44A 3ENOA 3VPZA 5AQOA 5AQHA 2P9NA 4H5VA 1U2VB 3MN9A 2Q36A 1HKCA 2FF3B 2BUPA 3O5BA 3R8EA 4WQ5C 4BRNA 3HBTA 3QICA 4BRGA 5BPLA 4M7XA 1HKBA 3U9DA 4H0TB 1K8KA 3KHYA 4FWOA 3WEEA 2QWPA 4ISGA 4CBXA 5AR0A 1GLAG 2KHOA 1ZBSA 4JHDB 3JS6A 4PL7A 3L4IA 4XH4A 3AAPA 1NGEA 3I33A 5FPDA 2ASPA 3QBXA 4RWTA 1ATNA 4IJNA 3VF4A 2P9KB 1BA0A 4PL8A 4WQ5A 1QQMA 2V51B 3H1VX 1E4FT 1SQKA 5I9EB 1C0FA 3VESA 4BR9A 3VF6A 1YUWA 5AQQA 3MCPA 2CH5A 3A0IX 5AQVA 3CJCA 4BRFA 4B1UB 3W3DA 5AQJA 1QHAA 4H03B 4BR2A 4ISEA 3WXIA 1SAZA 4WYBA 3M1FA 2CH6A 3LL3A 3ATVA 3FR0A 3IMXA 3D2EA 2P9UA 3FZFA 3VEXA 1H1VA 3VEZA 2YJEA 1S22A 1YAGA 3DXMB 1NGCA 1MWKA 2E1YA 4FPAA 4RTFD 4F9OA 5B8HA 5KPRA 4XH5A 5FPEA 1V4TA 1GLLO 4YDUC 4DCHA 2YHXA 3ZX2A 4I6MB 3VF2A 3VGMA 4BRLA 3L6QA 3QFPA 2FLOA 3FZMA 3H3NO 4H0XB 5BPMA 3MN7A 3G25A 4BRKA 2ASOA 2Q31A 3SJHA 1MWMA 3FGUA 3ID8A 4MO4A 1X3MA 3R9PA 1NWKA 1TUUA 3GG4A 4FWSA 1KAZA 4YDUA 4H0PA 4CBUA 1GLBG 3AAQA 4O8KA 3A5NC 2A3ZA 4JN4A 1TUYA 4CD3A 3ULEA 5ADXA 4K42A 2E2NA 2Q1NA 3FZHA 3UKRB 4BRQA 5KQDA 1KXPA 4EIAA 2EWSA 2NZTA 4CZKA 1WOQA 3EZWA 4BR5A 3QDKA 5ADXH 2D0PA 3LDOA 3VENA 4H0YB 3O80A 3CJBA 5CE3A 1DEJA 3D2FB 4FWRA 3RSEA 1TYQB 4BG9A 1IG8A 2V52B 1QQNA 3MN5A 4RCHA 5BN9A 3ZEUB 2CGJA 3CETA 1QZ5A 3CIPA 4IXCA 5F0XA 5AQZA 5AZIB 1MA9B 4BVOA 3M3ZA 3O1BA 4JD2B 1ZC6A 5AZJB 4CD1A 5BR9A 3UB5A 3CJ9A 3A5MC 2QWRA 4IWVA 2YHYA 4Y0WA 1NM1A 4EAHD 4CZJA 3BF1A 4MLEA 3FFKB 2AA4A 1NGFA 2D0OA 3QMLA 1NGJA 2D1KA 1S3XA 3LDPA 4GNIA 2P9KA 4WQ4A 2P9SA 1Q18A 2QWMA 4CZIA 3CI5A 3H1QA 4PKHA 3HM8A 2QWNA 3DXKA 3LDNA 4FWQA 5FPMA 3UE5A 1GLJO 4CJ7A 5AFUH 5KPTA 1DKGD 2DPNA 4BVPA 2E2QA 3U8XA 3HI0A 4BR0A 2VCPA 1NBWA 1Y64A 2P9PA 3AARA 1V4SA 3QBWA 4FL9A 1YVNA 1RFQA 1IJJA 3JXUA 4IJAA 5AQGA 4BR4A 4BRPA 3LDQA 2GTDA 5AQWA 3ZETA 5E84A 1ATRA 3DWLA 3DXMA 2FF6A 3EKUA 2P9LB 1GLCG 3TU5A 3HSCA 1GLFO 4A61A 5AQPA 4ISFA 2H3GX 1X3NA 1T6CA 3ATUA 4FO0A 1Z6RA 1NGGA 1C0GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HR0K 2XY7A 2VGNA 3AVCA 1K9MO 3EKSA 3FZKA 3LANA 4BC5A 2XO7A 1LWCA 1R0AA 3DLBA 4B3OA 4FYDA 4XJXA 2HHQA 3AA3A 3L3VA 3SZ2A 2WTUA 3SMPA 3NGIA 2KQ2A 3IUCA 1SS6A 4CI6A 3VERA 1TKTA 4BRCA 5KRTA 1RBVA 1NGDA 2UYTA 3CCRN 4O5FA 1IKWA 1N32K 2UXCK 2E8AA 1A5WA 4IO8A 4MLHA 4PKIA 3KTQA 1SL2A 4RW8A 4DFKA 4XEIA 1L3SA 3VEVA 5JLHA 2QEXN 1LW2A 4CGGA 2A40A 4FPBA 4C8NA 3WEEB 5KPZA 4FLWA 1EXQA 4AM6A 1N34K 3ZEUA 3LM2A 2B6AA 1VQON 1XC3A 4LFBK 2GWKA 4DMNA 3MN6A 5M1NA 3S3OA 1RT2A 1YJ9N 3D6RA 1EWQA 5AQRA 2CGLA 1RGIA 3DI6A 3QEVA 3ZSXA 3MWPA 3CCMN 4B8CA 3O3FA 1LCUA 2IAJA 1VQ8N 4DLGA 1K73O 3I56N 4N76A 1DTTA 3WUHA 3W0LA 1TVRA 4BC2A 1VQNN 2OTLN 3AY9A 4A5AA 2E20A 4E7IA 5EU7A 4BRIA 4I2PA 1A5XA 5BN8A 4OVLA 1RCHA 4QS7A 2IVNA 3SPZA 1YTUA 4H5NA 4DUYK 2HF4A 3VGLA 4CF0A 3OS0A 3AVGA 4JKGB 2Q2RA 3PO4A 3VOVA 3I8BA 1XMQK 2VYPA 3FE1A 4HUFA 3KZBA 4M3XA 4L3QA 4BQLA 1QSYA 3SAHA 1KD1O 1YXQA 4IOAL 3H6EA 1ZBIA 2V7YA 4C1NI 1D9FA 1WBBA 3L2VA 5E41A 3HPOA 1BISA 2FBTA 4RW6A 5EX5A 2QA4N 1XQSC 5CZ1A 1BOTO 1ZXOA 1Y97A 4CJ5A 4CK1A 3CCVN 1FW6A 3WNFA 1ASWA 1VRTA 4B3TK 4J8FA 4Q5VA 2HMPA 4JS4A 1W7AA 4DSFA 4IDKA 2ZF5O 2GUIA 2QK9A 3K9KA 4M7YA 1JLQA 5C10A 1N33K 3RMCA 1RDWX 1NK8A 4EHUA 3LP2A 5D3GA 3DAWA 4Z4IA 4AM7A 5BR8K 4OGEA 4Y1DA 3VQPA 3GL1A 3TTCA 5M1QA 4BRMA 1Z26A 4M42A 3O6WA 1R59O 1HKGA 4U67L 4DR6K 3O08A 1WAJA 3CFOA 2WC9A 3AA4A 4H4MA 3DXKB 3WQUA 1BL3A 3UKRA 2BH1A 4B9NA 5AQNA 4C8KA 3CPEA 4AF1A 2O8BA 5BRDA 4DQ8A 4CZEA 3KVGA 4CJ4A 2ZGZA 3VEYA 1HX1A 4E7HA 4OLBA 1VQKN 4DR2K 4E7KA 3P31A 1B92A 3ZT1A 3SJJA 3MECA 1M1KO 4N47A 3LWMA 1UA1A 3CMEN 3KD1E 1EO1A 3VQ6A 3HSTB 3OYFA 4NB4A 1QQCA 5AQXA 3OYGA 2G8FA 3CCUN 1GLDG 4KHWA 3DLHA 1ASUA 1T6DA 5FDLA 3EL2A 3IDHA 2GEMA 3TAPA 1YVUA 4JAXA 5AQFA 4KFBA 4WFBL 4K43A 1Q8IA 3AVFA 1XUPO 3L2QA 3VQ4A 3R6MA 4KTWA 4Z4HA 1K6YA 4HCCA 2F96A 5LL6Z 1G15A 3T3FA 4CJVA 2OANA 3GBTA 4DFJA 5F2RA 2OZSA 5EVZA 3RRHA 1LWFA 1NMDA 3THYB 4IDHA 2IVPA 4W5TA 2BTFA 4ZTFA 3D0PA 3EN9A 2P9LA 1VSKA 2PYJA 1KC8O 1BG3A 1QTMA 3RWUA 3O3HA 3RR8A 1U6ZA 2QWLA 3K5LA 4LF9K 2YHWA 3MX2A 3TAQA 4FXDA 4JEPA 3I0SA 4LSNA 1SUQA 3M8RA 1REVA 1YIJN 1VQ6N 5GADP 3JYTA 5HRRA 2VWJA 4BDPA 3KK2A 4DSIA 1HKCA 3OYKA 4JI8K 2O8EA 1S6PA 3HBTA 4BRGA 5BPLA 2P5OA 1HKBA 4R5PA 1K8KA 3LP3A 4I7FA 1LAWA 4FWOA 4QCLA 4CEZA 1FXXA 1ZBSA 3L4IA 4XH4A 1QVGM 4OPAA 3PO5A 2ASPA 1FK9A 3QBXA 4CJUA 2G8IA 4OKKA 4WQ5A 2W6LA 2WFBA 1RT5A 4AHRA 2O8DB 1N5YA 5LMUK 3P38A 2XY6A 3DMJA 3VF6A 4DR1K 2CH5A 3A0IX 5AQVA 1O13A 3CJCA 3V1OA 4BRFA 4U7BA 3V9UA 4CGDA 3SAFA 5AQJA 1NKBA 1RDDA 2B4JA 4BR2A 1SAZA 3C94A 3LZIA 1RTHA 1HNVA 3CC7N 2P9UA 3FZFA 4FK0A 1Q82O 1S22A 5SWMA 2IGIA 3NVMA 3AV9A 2PFUA 3DXMB 3EZ5A 4CJ3A 1U45A 2E1YA 4F9OA 4XH5A 5FPEA 5H1SQ 1GLLO 2OTJN 2YHXA 3ZX2A 5GIPA 3VF2A 4BRLA 1S1TA 1KRPA 3K5NA 1D9DA 3H3NO 3OYDA 4EZ6A 3G25A 1RILA 2IC3A 3FGUA 3ZSVA 4BY9C 2KZZA 4DV5K 4MO4A 2BANA 3R9PA 1TUUA 4E89A 2E6MA 2KTQA 3CM6A 1GLBG 3AAQA 3K57A 4O8KA 4QOZB 3PX6A 3A5NC 3OYIA 1RDCA 3LAKA 3WNGA 4CD3A 1TUYA 3LPUA 1JL1A 4GV3A 3E9PA 2Q1NA 5KQDA 3UKRB 2KLAA 3DLLL 1KXPA 3CQ8A 2NZTA 4DLEA 3EZWA 3QDKA 2D0PA 3LDOA 4YOWA 3VENA 3SV3A 3V9SA 1YF5L 3RSEA 4OO1J 4BG9A 1WSIA 1IG8A 2V52B 2YNFA 4FLYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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