3CJBA

Actin dimer cross-linked by v. cholerae martx toxin and complexed with gelsolin-segment 1
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Connecting actin monomers by iso-peptide bond is a toxicity mechanism of the Vibrio cholerae MARTX toxin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 104
structure length 360
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3cjbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjbA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3cjbA04
2A40A 3IUCA 5AQKA 3LDQA 3CETA 1JCGA 2QWMA 3EL2A 3W3DA 2GTDA 1J6ZA 3L0QA 4K41A 1E4FT 5B8HA 3EN9A 3FLCO 2CH5A 4BRGA 1BA1A 3CJ1A 5JLHA 1P8ZA 1YAGA 2E2NA 4JNEA 3UKRB 3A5OC 3FZFA 2P9KB 4XH1A 1Z05A 4M63C 2IVNA 1T44A 1BG3A 1U2VA 5AQVA 4BRFA 4JHDB 1D4XA 2P9UB 3A5LC 4CBUA 4A61A 3KZBA 3VEWA 5ELZA 2AA4A 5EX5A 2HF4A 4WQ4C 1NM1A 3WXJA 5AQLA 1HKCA 1S3XA 4I6MA 4WQ5A 2E2OA 5LJVA 3VGKA 2P9LA 4BREA 4E1JA 2A6AA 1NWKA 1V4SA 2P9PA 3CHWA 4CZMA 3VOVA 3BEXA 1RDWX 3ATUA 2A41A 3QBWA 4IJAA 1C0FA 2P9IA 1NGGA 2HOEA 4BQLA 1BA0A 2ZGYA 1C0GA 3WEEB 4QS9A 2EWSA 4RCHA 5AQGA 3FZLA 2YJEA 4FPBA 4BRLA 2Q2RA 3H3NO 3LDNA 2FXUA 2Q0UA 5ADXH 4FL9A 4WYBA 1CZAN 5AQSA 4JN4A 1NLVA 2ASPA 1DEJA 1G99A 2BUPA 3CI5A 5EXWA 3LDOA 5AQWA 1U6ZA 2P9KA 2V52B 3AAQA 1EQYA 3BF1A 4BRPA 3UE5A 3VEXA 2GUPA 4BRAA 3WXKA 1KAYA 1ZC6A 3VF2A 3GOIA 3GE1A 2I7PA 4BRKA 4PKIA 3UKUB 3FE1A 2E20A 4FWSA 2HMPA 4CZJA 4K43A 5AQMA 2P9NB 3ENHA 3C0BA 2UYTA 3WT0A 3VEVA 4Z94A 5AQXA 2NRHA 5BN9A 4CJ7A 2E2PA 1MA9B 3O1WA 3HBTA 2FF6A 4CZEA 4BC3A 1XQSC 2YCHA 2PAVA 3WUHA 4FPAA 4H5VA 1X3NA 4H5RA 4EIAA 3MN6A 2OANA 5JLFA 3DAWA 4WQ5C 2F9WA 1YUWA 3H1QA 5AQHA 5F0XA 3ID8A 1V4TA 3H45C 3CERA 4IZ9A 2VCPA 3MN7A 3ULEB 3IMXA 3D7EO 1KXPA 3MDQA 2GWKA 4H0OA 5E26A 4CD1A 3G25A 4H5NA 1ZBSA 4A2AA 4JD2A 3A5NC 4L3QA 5AR0A 3DXKA 3C7NB 4BR0A 3P4IA 4A62A 2HF3A 3IFRA 3U9ZA 4B1UB 3FFKB 1GLAG 5AQTA 4NB4A 1HUXA 4H03B 4CZFA 2GEMA 4HTLA 3FZHA 4MO5A 3VGLA 3ZX2A 3SMSA 3O80A 3SLCA 1QQMA 3LL3A 5AZIA 1T6CA 2P9NA 4BRMA 1GLBG 4YDUA 1DKGD 2Q1NA 3H3OB 3M3ZA 2ASMA 1SQKA 2QWOA 4IXCA 1NGCA 4BVOA 4A2BA 2P9SA 4CD3A 1QZ6A 2D0OA 4H5WA 5ADXA 3SMPA 4BC2A 3H1VX 3U8XA 4QS8A 2YHYA 3GG4A 3L4IA 4FWMA 1ATSA 5AFUH 4PKHA 1NGBA 1ZXOA 3U4LA 4EHUA 3GL1A 3FZMA 4BR5A 3JS6A 3VEOA 4FOEA 2Q31A 3MN5A 1BWFO 1T6DA 2ASOA 4MLEA 4FWLA 4MO4A 2D1KA 2QWNA 2VWBA 5AQQA 3CIPA 5AQRA 3ZEUB 4CZLA 3FZKA 5LJWA 1Y64A 5BRDA 3AARA 3GDQA 5AZJB 3D2FB 4XH5A 2KHOA 2PBDA 5JICA 3AY9A 1SZ2A 4BGBA 1TUYA 5JMVA 4BGAA 5AQIA 4BRQA 4NO7A 3BF3A 2V7ZA 1ESVA 3S41A 1NGJA 3GBTA 2W41A 4FWPA 4CBXA 3UKRA 1LCUA 3D2EB 3HM8A 1WOQA 5AQUA 1NGHA 3CJ7A 4KBOA 3H46O 5EVZA 4JHDA 4CZGA 2P9UA 4B9QA 4XEIA 4HWIA 4DCHA 2Q0RA 4J8FA 2CGJA 2QWLA 3R6MA 4FSVA 2W40A 5BPMA 3EKUA 3F9MA 5BR9A 4BROA 4PL8A 5FPMA 3MK6A 1ATNA 3BP8A 4FOIA 1GLEG 3EZWA 3QB0A 1HPMA 1QQOA 2IVPA 2FSKA 3HZ6A 3KVGA 3VGMA 2ITMA 2QXLA 4BRIA 2YI1A 4CZKA 1BUPA 4FWNA 4K42A 2A5XA 5CE3A 1XUPO 3FR0A 4PL7A 3ZETB 3WEEA 1TYQB 2FF3B 4EAHD 5AQPA 4FWQA 3O5BA 1MDUB 1BO5O 1QHAA 3TU5A 3MCPA 5AQYA 3OHRA 3CJCA 5KQ8A 2IIRA 1KAXA 1NGIA 2D4WA 2YHWA 3W0LA 1R59O 5F2RA 5FPDA 3QFPA 3TPQA 3O1BA 1NGAA 3QICA 1NGDA 5FPEA 1GLLO 2FSJA 2VYPA 3HI0A 1Z6RA 3LDLA 2H3GX 2E1YA 2CGLA 1TUUA 1BU6O 1OKJA 1U2VB 3DXMB 5BRHA 1S22A 3UKUA 3ENOA 5AQOA 1MWMA 4B1XB 3O6WA 4H0YB 5EOYA 4BR2A 1HX1A 4BR7A 3EKSA 3QBXA 2V51B 1GLCG 4C23A 1KAZA 3I33A 5FPNA 3LDPA 4BG8A 3M1FA 1K8KB 2QWPA 4I6MB 3CJBA 4CZIA 2P9LB 3L6QA 3CQYA 1LOTB 4O5FA 4FWKA 5BPNA 2P9PB 3VESA 1JCFA 2P9IB 2Q36A 4FWRA 3CJAA 3B8AX 4B1YB 4M7YA 4DQ8A 2GELA 5KPRA 2GWJA 1GLJO 4H0TB 4ISGA 5AQZA 1RGIA 3M6GA 3WQUA 4AM7A 3VEYA 3ULEA 1QQNA 4H0VB 4Y0WA 3A5MC 2ZF5O 4BRCA 3C7NA 2NLXA 3RSEB 1YVNA 3MN9A 5LY3A 2QW9A 3UB5A 4BG9A 3DXMA 3HSCA 4JAXA 1BOTO 2E88A 3AAPA 3WXIA 3VERA 4H5TA 2QWRA 1IJJA 4B1VA 3A8YA 1HKBA 4H0PA 1IG8A 4BRHA 3LM2A 3DWLA 2V7YA 1K8KA 4ISEA 4BR4A 2CGKA 3VEZA 3IDHA 3R9PA 4MLHA 3CQXA 3O8MA 2I7NA 2IVOA 3EO3A 1NGEA 4GY2B 4IWVA 1HLUA 2CH6A 3O4WA 4FO0A 4YDUC 5AQNA 1DGKN 2ZGZA 4BRNA 2QM1A 3CJ9A 1JCEA 4CBWA 3LM9A 4AM6A 2F9TA 4BRDA 3JXUA 3FGUA 5KPTA 4GNIA 3ZX3A 3H6EA 3VF4A 4IO8A 3QFUA 3I8BA 1WUAA 4RWTA 2E8AA 5AQJA 3KHYA 4JD2B 2QWQA 2FLOA 3DXKB 4BC4A 1E4GT 3R8EA 4BVPA 3BUZB 3RSEA 3VETA 2Q97A 3ZX0A 3SJHA 4O8KA 5BREA 3ZEUA 4F9OA 5AZJA 4IJNA 1GLDG 4EFHA 3D2FA 4XH4A 3J8AA 3VPZA 4B1ZA 2E1ZA 4PKGA 3U9DA 1RFQA 1NMDA 2YJFA 2E2QA 5AZIB 2J4RA 4RTFD 5I9EB 2DPNA 3WQTA 1NBWA 1XC3A 1HJOA 4LC9B 5AFUA 2FSNA 1X9JA 3HTVA 5TKYA 1Q18A 1HKGA 2P9SB 3QDKA 3ATVA 3VENA 5BRFA 4QS7A 4WQ4A 5BN8A 5F1XA 3QMLA 3D2EA 5EY4A 3A0IX 4K25A 4B1WB 4BQZA 4BR9A 2D0PA 2A42A 1ATRA 1YXQA 3SK3A 4DHYA 4ISFA 1BDGA 1H1VA 4FWOA 1SAZA 3WXLA 2NZTA 4CZHA 4M7XA 4DB3A 2BTFA 1GLFO 3O08A 2YHXA 5E84A 2WUSA 1NGFA 4CI6A 4H0XB 5BPLA 1QZ5A 5KPZA 2ZWHA 1MWKA 5KQDA 2A3ZA 3MMVA 2AP1A 1X3MA 3ZETA 3VF6A 4BC5A 1TYQA 4EHTA 5AQFA 3DJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A40A 3QINA 1IBMK 3CETA 3MCAB 2QWMA 4FJ8A 2LSNA 2GTDA 1J6ZA 2VGNA 3SUOA 1HR0K 1GOCA 3G10A 1KLNA 2QI2A 4BRGA 3THVA 2HW3A 2OTJN 5JLHA 4J2EA 1YAGA 4KTZA 3G0ZA 1IG9A 2P9KB 4MFBA 1T44A 1UAXA 4B8AB 4ELVA 2FBYA 4ZTJA 3A5LC 4A61A 1TL1A 5ELZA 3CFRA 4DV5K 4CGHA 3C6TA 1OH8A 4WQ4C 4LY7A 3K58A 5AQLA 3M8QA 3PUFA 3ZLJA 2PY5A 3O4QA 3THYA 2P9PA 2W6KA 3CHWA 1JLGA 4E7KA 5TKWA 2C1IA 1NGGA 3OY9A 3RTVA 1B9FA 4BQLA 2ZGYA 1C0GA 3WEEB 4QS9A 3PX4A 3JYTA 5FRMA 2EWSA 4CEAA 3K0SA 3CCEN 2HVHA 2YJEA 4FPBA 2Q2RA 1RDUA 2O4GA 3HPHA 5HRRA 4QAGA 2D5RA 1FXXA 2D0CA 4JN4A 5EXWA 2FBTA 3SQ4A 3K9JA 1SKWA 3KLGA 2HHVA 4DUZK 4BDZA 3SBGA 1KAYA 3GOIA 1IKXA 4PKIA 4JI1K 2P9NB 5KI6A 4OPHA 2XY6A 3WT0A 3VEVA 3ZCMA 2WC9A 4CESA 5BN9A 2YKNA 4JRPA 2E2PA 3NH0A 5J2PA 3P39A 5D3GA 3NMUA 1XQSC 2YCHA 2PAVA 3ISNC 4H5VA 4K8ZA 4H5RA 1K9MO 2P5OA 3NF6A 3J7YP 4HUFA 4IEIA 5AQHA 3VQ6A 3ID8A 4KHQA 1V4TA 2YX6A 4CF2A 4CEFA 4I2QA 4O44A 4I7FA 3D7EO 3MDQA 4GV3A 1TV6A 4AHRA 3CCVN 4J2DA 5DM7L 1J53A 3P4IA 3FFKB 1GLAG 5AQTA 2O8EA 4CJTA 1ZYQA 1C6VA 1HUXA 1CXQA 4MDBA 3VGLA 1OVYA 3THXA 4M3WA 3SLCA 4FVMA 4ELUA 4H4OA 1EKEA 1DKGD 4MDAA 2Q1NA 4F3TA 3N4QA 1T03A 3T19A 2R7YA 4A2BA 1VQPN 1YIJN 1BI4B 4KB1A 2F8TA 1QZ6A 4FZYA 4I9LA 4M3XA 3AGRA 1C0UA 4QS8A 1NK4A 2YHYA 3T1AA 3L4IA 4JI8K 4X65K 1JXEA 4FLZA 1NOYA 1ATSA 3DOLA 3C6HA 3CPEA 3T7ZA 4DV1K 1U45A 2ZJPL 5C24A 3CCRN 1KVCA 4CHNA 3E01A 4IEEA 3V1QA 3FZMA 2EHGA 4BR5A 3VEOA 1RCHA 4DTJA 1S1UA 5CZ1A 1FW6A 4NCGA 4E89A 4FJXA 2O8CA 2EX3A 3ZYYX 2KQ2A 3LALA 5AQRA 3ZEUB 1IV0A 4DR1K 4U7BA 3VQDA 5JICA 3VA0A 3AY9A 4BGBA 5E41A 5JMVA 5AQIA 1Z26A 4BRQA 2QXFA 4DTOA 4CHOA 4NO7A 2OZSA 3AVLA 1YTUA 4XIUA 1ESVA 3KLEA 3L2RA 3CCQN 4BDYA 4FWPA 1RTHA 4KH5A 3D2EB 4DR7K 3HM8A 4QCLA 2DFFA 3V9WA 1BIZA 3CJ7A 4Q5VA 1KQSM 4C8LA 4GW6A 3HSTB 4DCHA 1TAUA 4FSVA 2W40A 2KKZA 5BPMA 3OJUA 3Q7CA 3SZ2A 1QSSA 4H4MA 1X1PA 2HHUA 5CHIA 1VSDA 3HZ6A 3L3VA 4EP4A 3AO5A 3M8PA 2YI1A 3CCSN 1TKTA 4A5BA 1S5JA 3FR0A 4PL7A 3HOTA 2GX9A 3WEEA 1TYQB 3NF9A 4EAHD 1IKVA 1D8YA 4FWQA 3O5BA 3TU5A 5AQYA 2QK9A 3OHRA 1RT2A 3DLHA 1KAXA 1NGIA 4JI6K 2UXBK 4YOYA 3QEIA 3TPQA 3QICA 1NGDA 4PY5A 2KW4A 3RRHA 3HI0A 4Z0UA 4FJMA 1Z6RA 3LDLA 4ID5A 1XHZA 4X66K 2KZZA 2E1YA 3QLHA 2CGLA 4CJRA 1YHQN 3CCMN 1VSMA 2QA4N 1U2VB 1L3UA 1N6QA 3UIQA 3HK2A 1YJ9N 1S22A 2HSTA 4AHVA 3CD6N 2WOMA 5EOYA 4BR7A 3EKSA 3VTIA 1WNSA 3CXCM 3E66A 4C23A 1HMVA 3I33A 3ZSOA 2E4LA 2O8DA 4I6MB 2E5LK 4DSEA 3TSPA 4FWKA 4HVJA 3S3OA 3E9LA 3ZSWA 4CGFA 3HVTA 1NK6A 3P5JA 1QVGM 3KWGA 4YOWA 3B8AX 3ID6A 4B1YB 3LWLA 4JI0K 4DTRA 3CC2N 4N41A 3VQ8A 1LAWA 3O3FA 4H0TB 5HOOA 4KKOA 1QQNA 4FZZA 4NXMK 3ENBA 3TTFA 3A5MC 1ZBUA 2ZF5O 3OS1A 4FLXA 3HP9A 3G4SN 4E7LA 3DLGA 2NLXA 5C42A 3RSEB 3VN5A 4ELTA 4KRFA 3DXMA 4NCAA 1NG9A 1BISA 4O0JA 3JAMO 2X74A 3D6RA 1HKBA 2HHWA 4BRHA 3LM2A 2V7YA 1K8KA 3AVKA 2W6LA 2ZD1A 3OBWA 1N33K 2KZMA 3AO2A 1RTIA 3U3YA 1BI4A 4JKBA 3J7AP 2VWKA 4E3SA 1NGEA 2OCEA 2NNWA 4BE0A 4CJLA 3CM6A 2ZGZA 4BRNA 5LMUK 3CQ8A 4CJKA 4BRDA 5GINA 1ASVA 4OJRA 3J7ZO 4CJSA 1GOBA 2O8BB 3OYKA 4KI4A 2NRWA 1VSJA 5DMRA 2FLOA 4BC4A 2OA8A 3VETA 2Q97A 4O8KA 4DR2K 3ZEUA 1FK9A 1EETA 2OZMA 4BWMA 4OKEA 3J8AA 1X9SA 1I3AA 4B1ZA 1S6QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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