3CJCA

Actin dimer cross-linked by v. cholerae martx toxin and complexed with dnase i and gelsolin-segment 1
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Connecting actin monomers by iso-peptide bond is a toxicity mechanism of the Vibrio cholerae MARTX toxin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 99
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3cjcA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjcA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjcA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3cjcA04
2QWLA 4WQ5C 1HKGA 2ITMA 5JLFA 3AARA 4BVOA 1V4SA 4BC4A 1BO5O 2D0OA 2YCHA 4IWVA 3FZFA 5AQNA 2HMPA 5AQXA 2QWNA 3U9DA 4BR7A 3C7NB 3VF4A 1NGGA 3L0QA 4BRGA 2E2OA 2P9IB 4CZKA 3BF3A 4B1ZA 2P9NB 2F9WA 5AQHA 2A41A 5FPMA 3VEVA 5E26A 5BPMA 2BTFA 2Q2RA 4BC5A 2YJFA 1SZ2A 1RDWX 3JXUA 4XH5A 3U9ZA 5AQIA 4B1XB 1Q18A 1KAYA 4BR0A 2E2NA 3D2EB 2EWSA 2YI1A 3EZWA 3RSEB 4H5WA 4RTFD 4BGAA 3ZX2A 4BQZA 3GG4A 4NO7A 4RWTA 5TKYA 4E1JA 3HSCA 3CJ1A 2FLOA 2ZGZA 3WEEB 5AQYA 3VEWA 4H0YB 3QBXA 3QMLA 5AQMA 1GLDG 3LDQA 2P9SA 1U2VB 1GLJO 3H3OB 1ATNA 3MMVA 2FSJA 3VPZA 3FZLA 4IO8A 3U4LA 5AZJB 1BDGA 4CBXA 1QQOA 4H5NA 4BGBA 2ZGYA 4EHTA 5FPDA 5JICA 1DEJA 3BEXA 3A5MC 1YVNA 4CZMA 3CJAA 2P9KA 4GNIA 3A5LC 3QBWA 3O8MA 4BC2A 4BR9A 5BREA 1YUWA 3HTVA 4EFHA 4CZIA 4XEIA 4ISEA 5LJVA 4FWQA 2A3ZA 4PKIA 2ZF5O 3IDHA 3ZEUA 1BG3A 4JN4A 1GLBG 1S3XA 3HZ6A 2ASPA 4O5FA 3VGLA 3VF6A 3CETA 3R8EA 4CZJA 3MN6A 3AAQA 5AQKA 1HPMA 4CZFA 3LDLA 3D2FB 2A5XA 3ZETA 2IVPA 3CERA 3HI0A 3I8BA 1NGIA 4WQ4C 1NGEA 4FOIA 1TYQB 4IZ9A 3D7EO 4LC9B 4NB4A 4FSVA 3QICA 4B1WB 1Z6RA 4O8KA 4H0TB 3UKRA 5KPZA 2YHXA 3ENOA 3WUHA 4BRNA 3MN7A 4QS9A 4CZLA 5EY4A 3VEYA 5ELZA 3KZBA 3CJ9A 2AA4A 1HKBA 1R59O 5EVZA 4JD2B 4BRLA 2E20A 3DWLA 5AQZA 5E84A 4BC3A 3CQYA 4BREA 1NWKA 1TUYA 2D1KA 3WXJA 1BA0A 1NGHA 1MWMA 3IMXA 1KAXA 3WQUA 2P9UB 5I9EB 1P8ZA 2GUPA 3EKUA 3WXLA 2E2PA 2HOEA 4J8FA 3AY9A 3L4IA 3BUZB 5AQLA 3FZKA 4BG9A 3LDOA 1E4GT 2Q0RA 1K8KB 2QWPA 4FWRA 1E4FT 1CZAN 5ADXH 3H45C 1MA9B 2QW9A 5AZIB 2W41A 3DAWA 2W40A 3UKUB 2VWBA 4IXCA 2Q0UA 4GY2B 1NGCA 3QDKA 3L6QA 5FPEA 1YXQA 4H0VB 1NMDA 1S22A 4ISFA 1GLFO 2BUPA 2IVNA 4AM6A 4BRDA 4BR4A 4BRKA 3O5BA 5JMVA 3S41A 5F2RA 2P9PA 4CZEA 2DPNA 5AQQA 5LY3A 4FWNA 3QB0A 1ZXOA 4WQ4A 3KVGA 4DHYA 1ATSA 1U2VA 4H03B 1NLVA 3SK3A 1ESVA 4H5VA 3VEXA 3SLCA 2CGKA 4FPAA 5BN8A 2E8AA 2FF3B 4JHDA 2J4RA 3H46O 3UE5A 2CGJA 1OKJA 2KHOA 3A5NC 3GE1A 4FO0A 3EN9A 4BRAA 5BPNA 3J8AA 5JLHA 4JAXA 2FSNA 4FWLA 4DCHA 1GLLO 3CJCA 5FPNA 2IVOA 1SAZA 4YDUC 3EL2A 1NGBA 1H1VA 3MK6A 5BPLA 2QWMA 2NZTA 2YJEA 1X3NA 1ZBSA 5BRFA 4B1VA 4B1YB 2FF6A 1DGKN 2CH6A 2ASMA 4IJNA 4CZHA 4B9QA 2P9SB 4WQ5A 1IG8A 4FWMA 3DXMA 1JCGA 3H3NO 5AQSA 3R9PA 2I7NA 1HKCA 4I6MB 2ASOA 4PL7A 4FWSA 1RFQA 2P9LA 1T44A 3FR0A 2PAVA 1HX1A 3LDNA 2P9KB 3KHYA 4MLEA 3MN9A 5AQPA 4FWKA 3SMPA 4H0PA 4RCHA 4A2AA 3VETA 2HF4A 3A5OC 2GELA 3ZEUB 3GL1A 3ATUA 3WT0A 1WUAA 3ULEB 3VGKA 5F0XA 2VYPA 4HWIA 2WUSA 3FZHA 5KQDA 4A61A 4K43A 2A6AA 1GLAG 4BRMA 3DJCA 2CGLA 5CE3A 1Y64A 3VEOA 3M1FA 2H3GX 3ZETB 4BRQA 4MO4A 3O08A 2OANA 3JS6A 4BRPA 3FGUA 1X3MA 3W3DA 3CIPA 4CJ7A 3AAPA 3EO3A 4AM7A 3GBTA 4KBOA 4PKHA 4A62A 5AQJA 3O80A 1XC3A 4PL8A 3FFKB 2YHYA 2Q31A 3CQXA 3C7NA 1JCFA 2YHWA 3VENA 1KAZA 4Y0WA 2ZWHA 2IIRA 2P9IA 3BF1A 2P9NA 2PBDA 2I7PA 2UYTA 4H0XB 4EHUA 4FOEA 5ADXA 1ZC6A 3ENHA 4XH4A 3P4IA 5AQFA 4BRFA 4C23A 3QFUA 2Q1NA 3DXKB 2GWKA 2Q36A 1V4TA 3H1VX 1QHAA 3VERA 3IUCA 1GLCG 5LJWA 3ATVA 3LM2A 2HF3A 3D2EA 3VESA 5AFUH 3RSEA 3LDPA 1JCEA 3QFPA 4K42A 4CBWA 3O1BA 1SQKA 1IJJA 3ZX0A 1NGFA 4CI6A 4BRHA 5AR0A 2V51B 3G25A 1GLEG 3WEEA 2VCPA 4BR2A 2E1YA 4QS7A 1Z05A 3OHRA 5AQGA 5AQUA 1X9JA 2QWOA 3MCPA 3MDQA 1QZ5A 3FZMA 1NM1A 3FLCO 1QZ6A 4XH1A 1YAGA 5AZJA 2AP1A 3U8XA 5AQRA 3MN5A 1T6DA 1C0FA 4PKGA 1MDUB 3WXKA 1RGIA 4CZGA 5EXWA 1NGJA 4DQ8A 4A2BA 3O1WA 4CD3A 3VF2A 1DKGD 1BWFO 3W0LA 4M7XA 3EKSA 2P9PB 5AQOA 5BRDA 2GEMA 1NGAA 1HUXA 3UB5A 3CJBA 1BUPA 2E2QA 2QXLA 3CI5A 1KXPA 4H0OA 5AQVA 4M63C 4DB3A 3GOIA 3ID8A 4WYBA 4HTLA 2NRHA 3R6MA 3TU5A 4MLHA 3FE1A 4CBUA 3O4WA 1HLUA 5BR9A 3M3ZA 3GDQA 3IFRA 4JHDB 4I6MA 2Q97A 3D2FA 3CJ7A 3I33A 4FPBA 2V7ZA 2CH5A 2QM1A 4FWPA 4ISGA 3SMSA 2E88A 1ATRA 1QQMA 4BROA 1MWKA 4BR5A 4BRCA 1TYQA 3LM9A 5KPTA 2D0PA 3VGMA 2GTDA 3ULEA 3H1QA 2V52B 1BU6O 3M6GA 4EIAA 1BA1A 5BRHA 3B8AX 3H6EA 2A40A 2A42A 5AQTA 3DXMB 1J6ZA 4JNEA 4M7YA 3HBTA 4IJAA 1U6ZA 3CHWA 2D4WA 5EX5A 2NLXA 4MO5A 4H5RA 4L3QA 3A8YA 2E1ZA 2P9LB 1C0GA 3WQTA 3A0IX 4K25A 2V7YA 4F9OA 4JD2A 4FWOA 2F9TA 1XQSC 4FL9A 5BN9A 1WOQA 4QS8A 1XUPO 5KPRA 3BP8A 5AQWA 1NGDA 4EAHD 4K41A 3VEZA 5F1XA 3C0BA 1D4XA 2P9UA 1LOTB 1T6CA 1BOTO 4YDUA 3UKRB 3TPQA 3VOVA 3F9MA 4BRIA 5KQ8A 4H5TA 1NBWA 1QQNA 2QWQA 4BQLA 1K8KA 5EOYA 3WXIA 3HM8A 4BVPA 2FSKA 3DXKA 1HJOA 1EQYA 5AZIA 3SJHA 1G99A 3UKUA 3O6WA 3ZX3A 5B8HA 1TUUA 4B1UB 5AFUA 4Z94A 2QWRA 2FXUA 4CD1A 1LCUA 3LL3A 4BG8A 2GWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWLA 4BVOA 3V1OA 3QEVA 3ID6A 2D0OA 2YCHA 3FZFA 5AQNA 3V9ZA 3E9OA 4A5BA 4CFAA 4M3YA 3OY9A 4CGHA 3VN5A 5DK5A 4DTPA 1BL3A 2HHQA 5C2DA 5H1SQ 2WBNA 2BANA 5J2PA 3VQQA 4BC5A 1SZ2A 1RDWX 3JXUA 4Z4CA 3DLHA 4EZ9A 3U9ZA 1SKSA 2HBKA 3D2EB 3EZWA 5FDLA 4DV0K 1EETA 3ZX2A 3GG4A 3CCLN 4PA1A 4RWTA 4JKBA 4E1JA 4O0IA 3HSCA 3V81A 2P51A 2FBXA 3L2UA 5IT9O 3AVCA 3QBXA 1HPZA 5AQMA 4LF9K 3RMDA 2P9SA 4LH4A 1ATNA 1HQEA 5GAHP 3E66A 1W97L 1NMNA 1XNRK 4CBXA 1QQOA 4H5NA 4BGBA 4EHTA 3QETA 1WAJA 1XMQK 1YVNA 3A5LC 4CGIA 3O8MA 4BC2A 1D9DA 2ZJQL 1T3VA 4FWQA 2NRRA 4FLUA 4C8OA 5M1OA 3QEWA 1LAWA 3E9LA 1WSGA 5DM7L 4E72A 1GLBG 1S3XA 2ASPA 3HOTA 4BECA 3CFRA 4CZJA 3ZT2A 1N5YA 5AQKA 4FJHA 3WNFA 4ID1A 3ZT1A 4XIUA 3SAHA 1RCHA 4DV3K 2E6MA 4LY7A 4CHYA 4QCLA 1NGIA 3ZCMA 1BCMA 4C8MA 3THXB 4JI3K 3QICA 1Q9XA 3SQ0A 5HLFA 4O8KA 4H0TB 4FLVA 2OZMA 1VQON 4JKFA 3S3OA 5KPZA 3OYAA 4BRNA 4QS9A 1JLGA 3VEYA 1C0MA 4DSKA 1RBSA 4B9NA 3CJ9A 3CG7A 1QVGM 4E7LA 2D0AA 4FJIA 3EZ5A 5HROA 2HW3A 1NOYA 4MFBA 3HK2A 4FJXA 2E20A 2D5RA 3DLLL 1RDCA 2D1KA 3O4QA 1EO1A 5KI6A 3KKRA 3WQUA 1S1VA 5I9EB 2O8BB 4OO1J 4DFPA 3L4IA 3BUZB 5AQLA 2QWPA 3OS1A 4ID5A 4DF4A 3HRGA 3NVKA 1C0UA 1MU2A 1NJXA 3TSQA 4IXCA 1NGCA 4Y1DA 3L6QA 3MEDA 5FPEA 1NMDA 3V4IA 4M3TA 1WLJA 4BR4A 4BRKA 3O9UA 3S9HA 3HP6A 5JMVA 1YJNN 4CJRA 1KQSM 1KCFA 5AQQA 3LPUA 3TSPA 1XWLA 3QIPA 3ZT3A 1ATSA 4FW2A 5M1FA 1X9WA 3SK3A 3NAEA 4FPAA 1XC9A 1TKZA 4JHDA 3H46O 2B6AA 4U67L 2GV9A 4DSEA 1FJGK 4FO0A 4BRAA 5BPNA 2HHVA 4DF8A 3V9SA 2FSNA 4HCBA 3AVLA 1K9MO 1NGBA 2HBLA 3MK6A 2X6SA 2NZTA 4NCGA 4RG8A 4CEQA 1OH6A 1DGKN 2CH6A 4OX9K 2ASMA 1BISA 4OLAA 4B9QA 5KGXA 3CFOA 1W2BM 4FWMA 2VG7A 4HHTA 2I7NA 4CFDA 3OS2A 4CHZA 2OTJN 2PY5A 1ZBIA 5CY4A 1RFQA 3K5LA 1RDDA 4IO9L 3FR0A 2PAVA 2P9KB 4M3RA 4YHHK 1FW6A 3OYKA 5GIPA 4FWKA 4B9VA 4H0PA 3TTDA 3A5OC 3HJFA 2JLEA 1JLAA 2BH1A 3GL1A 4OJRA 1WUAA 4PY5A 3ULEB 5F0XA 4B9MA 2VYPA 3FZHA 4K43A 1QVFM 2W00A 1GLAG 3MXMA 2CGLA 1IKXA 3K5MA 3M1FA 3ZETB 1C1BA 4BRQA 2ZJPL 1BI4B 3TTCA 1KFDA 4E7IA 3O9TA 1X3MA 4I9QA 3W3DA 3AAPA 3HPHA 3BDPA 3GBTA 3V9UA 4KBOA 3LP0A 4A62A 1J5EK 5AQJA 3AVAA 4CJVA 3AO1A 3TWHA 3CCVN 1REVA 3HYFA 4DR2K 1WAFA 2O8BA 1WBBA 3MWTA 2Q31A 4BE1A 3VENA 1KAZA 1UA1A 2IIRA 4DTOA 3BF1A 2P9NA 4E1MA 5C2FA 2I7PA 3KIOA 2UYTA 1WSEA 4FOEA 5ADXA 4CGGA 3CMEN 2ZE2A 2I5JA 3H1VX 1GLCG 4OPKA 1RTDA 3I0RA 3VESA 4FW1A 4RW8A 4AHCA 2ZJRL 4K42A 4CBWA 4KH6A 3ZX0A 4BRHA 3G25A 1GLEG 1JKHA 3PV8A 2D0BA 3WEEA 4YNQA 4IG3A 4CEOA 2OZSA 3OYBA 3AO2A 4NLCA 4IDHA 4ILHA 2QWOA 3ZSRA 1RNHA 4WFNL 4B8AB 1NM1A 1U47A 3L8BA 5HP1A 3J81O 3U8XA 3TABA 4DSJA 1YJ9N 3MN5A 1C0FA 4PKGA 3B6PA 3SUOA 3IRXA 3MXJA 3QEIA 1LWEA 1QTMA 3NF8A 3OYFA 1EP4A 1VQKN 1KFSA 3O1WA 4CD3A 3VF2A 5M1QA 1HJRA 3QINA 2KZMA 2HNYA 1OH7A 1VQPN 3W0LA 3VTIA 1RT1A 2GEMA 1HUXA 3CJBA 2E2QA 2QXLA 4E89A 4PUOA 4JK8A 5AQVA 4WF9L 4Q5VA 3GOIA 3P5JA 4F3OA 1X1PA 2NRHA 3H08A 3FE1A 2UUBK 4CBUA 2RE2A 5BR9A 3L2RA 3BGRA 1YHQN 1OH5A 2A1RA 3IFRA 1JL2A 3CCSN 3I33A 3VQ6A 4FPBA 3M8QA 2CH5A 3NF6A 5FLXO 4K8XA 4EP5A 2C1IA 5FRNA 2OYQA 4CJKA 3L4QA 3U3GA 1NOZA 3AVJA 4RW7A 3M8PA 4BR5A 3DYAA 4AHVA 2GTDA 2DFHA 3E1YA 2C1GA 3ULEA 3H1QA 1BU6O 4IFVA 4EIAA 4F2RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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