3CJCA

Actin dimer cross-linked by v. cholerae martx toxin and complexed with dnase i and gelsolin-segment 1
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Connecting actin monomers by iso-peptide bond is a toxicity mechanism of the Vibrio cholerae MARTX toxin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 99
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3cjcA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjcA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjcA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3cjcA04
4JHDA 2CH5A 2V7ZA 2YHWA 1K8KA 2F9TA 2HF4A 5BRFA 1IJJA 1TYQB 1IG8A 2W40A 1KAYA 1GLBG 3AARA 5EVZA 3U8XA 4RCHA 3QMLA 4ISFA 1U2VA 2BUPA 4CI6A 5AQGA 5LY3A 1DEJA 4BQLA 2D4WA 2P9IA 4NB4A 4WQ4C 4HTLA 3U9DA 4EHTA 5JLHA 3VF6A 2A41A 3CQXA 2V51B 1QZ5A 3G25A 5AQPA 4B1ZA 5AQSA 5AQVA 5BN8A 3WXKA 4LC9B 2P9PA 2IVOA 4CBWA 4KBOA 3WQTA 5EXWA 4FWSA 4WQ5A 4FOEA 3UKRA 3MN7A 4DCHA 4FL9A 3CJ1A 3O1BA 1NLVA 1JCFA 5AQNA 3WQUA 4H0VB 2HOEA 1E4FT 4K43A 4I6MA 1YVNA 3EN9A 1ATSA 1X3NA 3MDQA 4BRAA 1DKGD 1EQYA 4BR7A 2D0OA 2GEMA 5AQJA 1ATNA 4EHUA 3GDQA 1Y64A 4XH4A 1BO5O 3DXMB 4HWIA 1TUYA 3UE5A 4CD3A 1QQOA 3A5OC 3A0IX 4EAHD 3HM8A 3MK6A 2P9NB 4WQ4A 5BPMA 1NGCA 1NGAA 2WUSA 5F2RA 4BC3A 3GE1A 4A61A 2HMPA 1BOTO 1V4TA 4BGAA 3FZKA 3FZMA 3ENHA 3QB0A 2F9WA 1R59O 4H0XB 4ISEA 5F1XA 1U6ZA 2Q0RA 3M1FA 4H0PA 3L0QA 2FSKA 4BC4A 4BVPA 4PL8A 4FOIA 5AZJB 5AQOA 2E1ZA 5FPNA 2QWRA 4BREA 3VEOA 3ZX0A 4BRPA 3J8AA 3VGKA 4BR0A 1NGJA 5ELZA 5I9EB 1HJOA 3VEVA 1GLDG 2Q36A 1MDUB 3WUHA 3JS6A 1T6DA 1SQKA 2PBDA 1OKJA 2P9SA 5BR9A 2YHYA 5EOYA 3IUCA 3H1VX 3IDHA 3BEXA 4A2AA 2QWQA 2IVNA 4BVOA 4XEIA 3W3DA 1HKBA 2Q0UA 1C0GA 3GBTA 3QFUA 2D1KA 2NLXA 4FPAA 3H3NO 4BQZA 1QQNA 3AAPA 5FPEA 2YCHA 3QICA 5AQHA 3P4IA 4K25A 4A62A 4FWLA 5LJWA 1WUAA 2P9KA 2AP1A 3DJCA 2QWMA 2EWSA 5AFUH 5KPRA 3W0LA 3ATUA 3ZETA 4H5RA 1GLLO 5ADXH 3I33A 4B1VA 3FE1A 3C0BA 3MMVA 5KQ8A 2CH6A 2Q1NA 3O6WA 2P9UB 2PAVA 3UKUA 3CQYA 3HTVA 3CJCA 3L6QA 2FXUA 3ZEUA 4EIAA 2A6AA 2A5XA 4CBUA 4CZJA 4JD2A 2H3GX 4JN4A 3O8MA 5AZIA 3WEEA 4BRCA 3WXIA 2BTFA 4DQ8A 3DAWA 2ZWHA 5AQQA 2A3ZA 1NWKA 1NGBA 3FZLA 3RSEA 1P8ZA 2E8AA 3VF2A 4M7XA 1BA1A 3R9PA 4O5FA 2E2QA 4DHYA 3M3ZA 4B1XB 1LOTB 4QS9A 2GTDA 4MLHA 5AQUA 5FPMA 4H5VA 5ADXA 3A5LC 5CE3A 2GWKA 1NGEA 3SK3A 2J4RA 3EO3A 5E84A 5KPZA 1YAGA 3JXUA 1TUUA 3O80A 1MA9B 3C7NB 4JNEA 1S22A 1HLUA 2I7PA 3KZBA 3R8EA 3A5MC 3H45C 4BRFA 3LM9A 4A2BA 4CZLA 3ULEA 3H6EA 5BPLA 5EY4A 1KAXA 3DWLA 3CETA 1NGDA 4MO5A 3O4WA 2D0PA 1XQSC 2FF6A 2Q2RA 4YDUC 3DXKB 4BR4A 2CGLA 4FWOA 1X3MA 4C23A 2QWPA 3VERA 3VETA 1SAZA 3R6MA 3B8AX 3D2EB 3FR0A 4BRMA 4FWKA 2DPNA 3IMXA 4AM7A 5AQMA 3QBXA 2E88A 1KAZA 1ZC6A 3FZFA 1Z05A 5AR0A 1E4GT 4FWMA 1T6CA 4K41A 5AQTA 5B8HA 3A8YA 4M63C 1RFQA 1GLCG 5JLFA 3HZ6A 5BRDA 4BG9A 3CI5A 1ATRA 4FWNA 3H1QA 2ASOA 3VPZA 2YHXA 3D2FB 1HKGA 4AM6A 1NGGA 2ASMA 3D7EO 4CZIA 2A40A 2YJEA 3LDNA 5AQIA 3CHWA 1HX1A 2ZF5O 3AAQA 1S3XA 4Z94A 2IVPA 3LM2A 4CZEA 3AY9A 3O5BA 3SJHA 3OHRA 4BC5A 1XUPO 4M7YA 4IJAA 2FLOA 1C0FA 3KVGA 3VEWA 4BRNA 1NBWA 1Z6RA 3WXJA 5BRHA 4PL7A 5F0XA 1CZAN 3M6GA 1Q18A 1H1VA 3LL3A 4FWPA 5AZJA 2P9LB 1QZ6A 3WT0A 3O08A 4B1YB 3BF3A 1RDWX 3ZX2A 1NGIA 3HSCA 4PKGA 1HKCA 3FFKB 3VENA 4MLEA 4B1UB 3ENOA 4GY2B 3VGMA 3EZWA 4FWRA 1XC3A 1QQMA 1SZ2A 3LDLA 3ZETB 2YJFA 4BR9A 4JHDB 2ZGZA 5AQFA 1G99A 1K8KB 2IIRA 4CZHA 4DB3A 1HUXA 3LDOA 3QFPA 2NZTA 4IWVA 5EX5A 1KXPA 3LDPA 4BRHA 4BROA 1V4SA 2Q31A 3L4IA 4CZGA 3CJ7A 4CD1A 2VCPA 4WQ5C 3BF1A 3GOIA 4PKIA 1U2VB 3CJ9A 3EKSA 4CZFA 2QWLA 4MO4A 3TPQA 2NRHA 3KHYA 4GNIA 2P9IB 5AQXA 4ISGA 4B9QA 4XH5A 2E2OA 3LDQA 2ZGYA 5AQYA 1JCGA 2CGJA 1NGHA 2E1YA 4J8FA 3ATVA 2A42A 5AFUA 1LCUA 4H03B 3CJAA 3O1WA 2P9UA 2P9PB 1T44A 3HI0A 5KQDA 1BG3A 1TYQA 4BC2A 2GUPA 4IZ9A 3WXLA 3VF4A 4CZKA 3UKRB 4FWQA 3CERA 4BRQA 4RWTA 3FGUA 4H5NA 3EKUA 3U4LA 2E20A 4PKHA 3ULEB 1BA0A 4I6MB 4BRDA 1QHAA 4H0OA 1HPMA 4FSVA 1NM1A 1BWFO 1ESVA 1NMDA 2Q97A 2QWOA 3QBWA 5AQRA 5FPDA 1BUPA 2E2NA 3VESA 3C7NA 4BRIA 3EL2A 4H0YB 3GG4A 4RTFD 5AQKA 2GELA 3TU5A 3SMPA 4BR2A 3MCPA 2HF3A 3VEYA 4BRLA 4XH1A 4K42A 4CBXA 4H5TA 2VYPA 3BUZB 5JICA 3UB5A 4CJ7A 2CGKA 2V7YA 2W41A 3DXKA 3SLCA 3DXMA 3S41A 3VOVA 2QWNA 4H5WA 4BR5A 4BRKA 1ZBSA 2QM1A 1MWKA 2V52B 4F9OA 3D2EA 2KHOA 3VEXA 5JMVA 2P9NA 3IFRA 1YXQA 3I8BA 3BP8A 2FSNA 2P9SB 2OANA 4EFHA 3MN5A 5LJVA 5AQWA 4B1WB 4YDUA 3FZHA 3CIPA 3HBTA 1NGFA 4IO8A 1BU6O 3ZX3A 5E26A 3D2FA 4BGBA 2E2PA 3VEZA 3VGLA 4NO7A 4BG8A 2ITMA 4CZMA 4O8KA 2I7NA 3A5NC 1RGIA 4BRGA 1J6ZA 3H3OB 3CJBA 2UYTA 3MN6A 2P9KB 4FPBA 4IXCA 1GLAG 3SMSA 1MWMA 2FF3B 4IJNA 1YUWA 2QXLA 2AA4A 5BPNA 1GLFO 4FO0A 3ID8A 2VWBA 1GLEG 5BN9A 4JAXA 2FSJA 3H46O 1DGKN 2GWJA 2P9LA 3UKUB 4Y0WA 1ZXOA 3ZEUB 5AQZA 5TKYA 3GL1A 3U9ZA 2QW9A 4JD2B 3MN9A 5KPTA 4QS7A 3QDKA 4H0TB 5AZIB 3WEEB 4QS8A 1X9JA 2ASPA 3FLCO 1WOQA 3RSEB 4WYBA 4E1JA 1BDGA 1GLJO 1JCEA 1D4XA 3F9MA 4L3QA 5BREA 2YI1A 5AQLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CH5A 3T1YK 1FK9A 2V7ZA 5C42A 4FLZA 4FJKA 4KFBA 1TYQB 1IG8A 2W40A 3PIOL 1KAYA 3M8PA 3U8XA 4DQQA 3S3MA 1TKTA 4RCHA 3HPOA 1EX4A 5LY3A 1HQUA 2D4WA 1RT7A 4EHTA 2D0BA 4HTLA 5JLHA 3SUPA 1M90O 1J5EK 3NVKA 3V9XA 4F2RA 2A41A 2O8BB 3CQXA 1VQ5N 1QZ5A 3G25A 5AQPA 4O8UA 2VG6A 1W0HA 3HVTA 5JVHL 5AQSA 2ZQBA 5GAGP 2P9PA 4DFKA 4IFEA 3RMAA 3WQTA 3NF7A 3ZSXA 2DFEA 1BI4A 4FOEA 3MN7A 2ITGA 4FL9A 3CJ1A 1JCFA 5AQNA 3F5TA 3WNHA 4H0VB 4O44A 4DU1A 2HOEA 3T1HK 3L3UA 1RBRA 3L2WA 1HQEA 1X9MA 1IBLK 4CEDA 1G15A 3CQ8A 4CIEA 3MDQA 5HRRA 1EQYA 4FLUA 3SQ1A 2HHVA 3GDQA 1Y64A 4CJKA 1E3MA 3UE5A 3A5OC 1C1AA 1J53A 3HM8A 3CF5L 1JL1A 1K6YA 1NGCA 5BPMA 4R5PA 2DY4A 3K5MA 3TR8A 1N5YA 3GE1A 1KCFA 4GVMA 3QETA 3CM5A 5M1KA 1VQ8N 3CXCM 3LAKA 4BVPA 1S1VA 4PL8A 1K8AO 3C6HA 1VQMN 5AZJB 3WNGA 2E1ZA 4AHVA 4BREA 4X66K 3VEOA 3ZX0A 3J8AA 2Z1HA 4Y1DA 3BY5A 4JEPA 3I0SA 1O13A 2HHHK 1Q8IA 3V6DA 3MAQA 2XY8A 1OKJA 2P9SA 1VAZA 4DSEA 3RVCA 3H1VX 1SKSA 3KLIA 4XEIA 3C6TA 1VSIA 3GBTA 4DFJA 4B3OA 3NF6A 2NLXA 3M5RA 2YCHA 3HRGA 3IRXA 3PSIA 4JKCA 1YJNN 2QWMA 5AFUH 2HW3A 4ILHA 1GOBA 3ATUA 4W5RA 4X64K 1WSEA 1VRTA 2W6KA 3FE1A 3SPYA 3MMVA 3HP6A 5KQ8A 2CH6A 3B6PA 3O6WA 1Z25A 2PAVA 2F8TA 3UKUA 4FLXA 4CEFA 3ZEUA 1WLJA 4CZJA 4DSFA 4JN4A 1RCHA 1S5JA 3C6AA 4DQ8A 4FZYA 5AQQA 4G1QA 2RF2A 3VF2A 3NF8A 1FJGK 4DSJA 4XJXA 4F3OA 2E2QA 4DHYA 1LOTB 1I3AA 2GTDA 3A5LC 3LALA 2IS3A 4GW6A 1RT6A 5CE3A 3P38A 5C2FA 4OPJA 3EO3A 4CJFA 5KPZA 5CY4A 1IBKK 1NKCA 4FJ9A 4CEBA 3C7NB 3L2UA 3SV4A 3KZBA 4A2BA 2JLEA 3AVGA 5C2DA 3ULEA 3O9UA 4K8XA 3ENBA 1KLNA 1NOZA 1W7AA 3DWLA 4KRFA 1J9AA 4MO5A 4YDUC 5KGWA 3Q7CA 4NYFA 3HYFA 4BECA 3VERA 3RRGA 4CJPA 3CC7N 1SAZA 3R6MA 5FDLA 3P1GA 4BRMA 1JXEA 4CFCA 1NJXA 3IMXA 5AQMA 3PO5A 3FZFA 5CR4A 4X62K 1YVUA 4LF7K 3M8SA 4FVUA 2OTJN 4A5BA 1EWRA 4UY8O 1YTUA 1ATRA 4DTMA 5FRNA 4K0KK 3QNOA 2ASOA 3LP1A 2F7TA 4AM6A 2KKZA 4FJHA 1NK7A 3AAQA 4FJNA 2IVPA 3C94A 3PLAA 1U04A 3RTVA 1TAQA 1NG9A 4FJGA 3ISNC 1OVYA 3PO4A 3HPHA 4M3RA 5IT9O 4I2QA 3WXJA 4E7JA 2OPSA 3HP9A 1VQPN 1H1VA 4B8AB 1WSHA 3LL3A 1QZ6A 4B1YB 3BF3A 1RDWX 5DK5A 3OYNA 2YHBA 1VSDA 4BEBA 3AA4A 3B6OA 4A59A 1NJZA 3AVFA 3KWIA 4GY2B 4ELVA 3F2KA 1XC3A 4BWJA 1QQMA 3LDLA 4KB0A 4LF4K 4OKJA 4IFVA 3ID6A 1Q82O 4C8NA 2IIRA 3Q7BA 4DB3A 5EX5A 3NAEA 4LFBK 4IO9L 4JKDA 3U3GA 3MWPA 4Q0BA 3CJ7A 2RPIA 2VCPA 4WQ5C 5SZTA 1U2VB 3E1YA 1N8RO 3CJ9A 3N4PA 3THWB 3NBPA 4FK0A 4B9QA 4CK2A 4XH5A 1NNEA 1NGHA 3OYCA 2X6SA 2A42A 3CCQN 3QEPA 2QI2A 2QKKA 2B6AA 4OJRA 3EE8A 1T44A 3LP2A 4KHUA 1RTHA 4B3TK 4LSNA 3BGRA 4CZKA 3UKRB 4DTOA 2BANA 1ASVA 2C1IA 1S9EA 4RWTA 3K9JA 3L3VA 1VQLN 3EKUA 4NLBA 4BDPA 3AVAA 1BA0A 4I9QA 2PZSA 1D9DA 4DSIA 2FBYA 4DV4K 3CG7A 4I2PA 4JK9A 2KFZA 3NGIA 1TK0A 5JS2A 4LF8K 1OVQA 1VQ6N 1NM1A 4FLYA 1IG9A 1ESVA 4YOUA 4CERA 2HVHA 3RMBA 4WFNL 2OZMA 1LWFA 2E2NA 4I7FA 3VTHA 1SKRA 3CD6N 3ITHA 4FXDA 3ZCMA 1UA1A 3ZYYX 4B9VA 1W2BM 3KKRA 5D3GA 5JICA 3MEGA 4CJ7A 4OKKA 4DR3K 2V7YA 3SUNA 5LL6Z 4OLAA 4JI5K 3VOVA 4BR5A 3LP0A 2WOMA 4F9OA 1MWKA 2ATQA 5JMVA 4BE0A 4DV5K 4AH9A 5M1FA 3OYGA 1RT1A 3BP8A 4EZ9A 3ALYA 2YNHA 4YORA 2OANA 3ZT3A 5LJVA 1S9GA 3JAMO 4DLEA 4J2EA 3FZHA 4H4MA 2VGMA 4CJSA 1DTTA 5E41A 1NJIO 4BGBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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