3DAWA

Structure of the actin-depolymerizing factor homology domain in complex with actin
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the actin-depolymerizing factor homology domain in complex with actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein/structural protein regulator
source organism Mus musculus
total genus 111
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dawA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dawA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dawA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dawA04
2PAVA 4WYBA 5AQYA 2P9SB 4H0PA 2FF6A 2HF3A 1E4FT 1Z05A 2GWKA 1ZC6A 3DAWA 3L4IA 4JHDB 3AY9A 4BR9A 2P9LA 3H1QA 4HTLA 4M7XA 5I9EB 1XQSC 4EFHA 5AQXA 2E20A 3CJ1A 5AFUH 3VPZA 3VERA 4BG8A 5AQOA 3JS6A 1NM1A 1KAXA 1K8KB 1NGHA 1U2VB 3CERA 1NGCA 2VYPA 4H5VA 3HSCA 3IFRA 4JD2A 5BRHA 1ZBSA 4Z94A 3WUHA 1X9JA 5AQJA 2FSJA 3S41A 5BRDA 2ZF5O 4XH5A 3VF6A 1NGIA 2IVOA 4A2BA 4IJAA 2ASMA 4CZGA 2I7NA 4BVPA 3C0BA 4CBUA 4A2AA 3EN9A 3MN5A 5JLHA 3R8EA 3LDLA 3W3DA 1KAYA 4YDUC 4CZIA 5AQFA 2P9IA 3IDHA 3CIPA 4NB4A 4CD1A 4WQ5C 4CZJA 1JCEA 3FZHA 3QB0A 3R9PA 3IMXA 5LY3A 1T6CA 4H0XB 3LM2A 3ULEB 1NGFA 1GLJO 1ATRA 4RTFD 1XC3A 3GDQA 5AQGA 1DGKN 3U9DA 4FWOA 3FE1A 4JAXA 1HKGA 2CGJA 4M7YA 5EVZA 4JN4A 3VEYA 3WXKA 4NO7A 3LDPA 5BPMA 1R59O 4H5RA 4I6MA 2CH5A 3SMSA 3A8YA 5AZIA 1S3XA 1MWKA 4BRCA 4CJ7A 5AQLA 4B1YB 2A5XA 2QXLA 2CGLA 4BC3A 4E1JA 1U2VA 3H3OB 1QZ5A 2ZWHA 4K25A 3VENA 4BRIA 4K41A 2BUPA 5AQVA 4BROA 3BF3A 4H0YB 3L6QA 2DPNA 4FOEA 2P9UA 1G99A 4CBWA 3EKSA 5EOYA 3H45C 1YXQA 2QWLA 2Q97A 4KBOA 5AQIA 3WXJA 2Q2RA 1GLAG 4RCHA 1HX1A 5AQQA 3G25A 3ZETB 5TKYA 2ASOA 3ZEUA 5BN9A 1X3MA 4CI6A 1NLVA 3DXMB 4B1WB 4BRKA 4EHUA 1TUUA 3SMPA 4B1ZA 2GWJA 3SJHA 2E8AA 3ATVA 4M63C 4O5FA 3VESA 2YHYA 4AM7A 3TU5A 2PBDA 1BO5O 2V7ZA 4J8FA 3UKUB 4BR4A 2Q31A 3HM8A 3C7NB 5BPNA 2GEMA 3MN9A 4CZKA 1QHAA 2IVNA 3HZ6A 4RWTA 4DHYA 3UKRA 2Q0UA 1V4SA 5ELZA 5JICA 3GOIA 2E2NA 3M1FA 4BR7A 4BRAA 2ASPA 2QWRA 2UYTA 4YDUA 5AQTA 5F0XA 1GLFO 5AQMA 5BN8A 1HJOA 1NGAA 2P9KB 3VEXA 4WQ5A 3WQTA 3WXIA 4IWVA 1T44A 1GLBG 2YCHA 3CJ9A 4FWRA 5AQPA 3AAQA 3OHRA 1WOQA 3RSEB 4B1VA 5KPRA 2D0OA 3JXUA 3A0IX 3MN6A 1BA1A 4A61A 2A42A 3LDQA 2WUSA 3GBTA 1HLUA 3GE1A 4DB3A 5KQ8A 3EO3A 3UB5A 3A5NC 3HTVA 3O08A 4EAHD 5KQDA 1KAZA 1NGJA 2F9TA 3H6EA 1X3NA 5AZJB 1HUXA 4XEIA 1GLDG 5E84A 1E4GT 3QDKA 2ZGYA 3QMLA 4BRHA 1S22A 4FWPA 3ZX2A 4IO8A 4DCHA 4O8KA 2P9NB 3FZLA 5KPTA 1DEJA 5JMVA 3GG4A 4Y0WA 1GLEG 4QS7A 4EIAA 4BRFA 2YJEA 3MCPA 2QW9A 3VGLA 2Q0RA 4FWMA 2F9WA 3LDOA 4BQLA 2D1KA 3D2EA 3EZWA 4PKGA 3ATUA 2YHXA 1BA0A 2V51B 4BC4A 5EY4A 3DXKA 1ZXOA 2P9PB 2GTDA 4BGAA 1XUPO 2P9KA 5FPNA 1NBWA 4FL9A 3ZX3A 4BGBA 2P9SA 2FXUA 3M3ZA 4H03B 3B8AX 3WEEB 3VETA 1BG3A 3J8AA 4BRQA 3DWLA 3CJCA 1BUPA 3HI0A 3AAPA 1NGBA 4JHDA 4EHTA 3R6MA 5FPDA 4B1UB 2W41A 1ESVA 5LJVA 3FZMA 2D4WA 3KZBA 4H5NA 1YAGA 4IZ9A 4PKHA 1ATNA 1K8KA 2E1YA 1U6ZA 2ITMA 1TUYA 4CZFA 4F9OA 2E88A 3SK3A 1MA9B 1LOTB 4FWLA 4FPAA 1IJJA 3O80A 2NZTA 1V4TA 5BR9A 3HBTA 1T6DA 2QWPA 1WUAA 2QWOA 3O1WA 3WQUA 4IJNA 2P9LB 3M6GA 2A40A 2P9NA 5AQRA 2YHWA 3VF2A 2HOEA 4CZEA 1H1VA 3ID8A 1HKCA 2YI1A 4FWKA 4CZMA 3O5BA 1LCUA 1Y64A 4CZLA 1CZAN 4ISFA 1BOTO 3ULEA 4BRPA 4A62A 3BP8A 3LL3A 3I8BA 2I7PA 4C23A 1QQMA 2E2PA 4BRLA 4B9QA 1KXPA 1RGIA 3WT0A 5B8HA 2OANA 1BDGA 1GLLO 2GELA 3H1VX 5AQZA 3KHYA 5LJWA 2W40A 2IVPA 3BUZB 3ZX0A 3A5OC 4ISGA 2QWMA 3BF1A 1NGDA 2P9IB 1BU6O 5EXWA 2D0PA 2E2QA 4IXCA 4BVOA 4PL7A 4AM6A 4QS9A 2Q1NA 3MMVA 4CBXA 1TYQB 5E26A 1NMDA 3U4LA 5AQSA 5ADXH 2IIRA 3O8MA 4GNIA 3VEVA 5JLFA 4MLHA 2CGKA 4FWSA 2VWBA 3O1BA 3CJ7A 5FPEA 4FSVA 4H0VB 2H3GX 3CJBA 2QWNA 2GUPA 1NGEA 5AQHA 3UE5A 3D7EO 2QWQA 3L0QA 5EX5A 3A5LC 4I6MB 3QBXA 3ZETA 3CI5A 1MDUB 5AZIB 4GY2B 1J6ZA 1QZ6A 4BC5A 3DXMA 1GLCG 4BREA 3FZFA 1MWMA 5FPMA 3WXLA 5KPZA 3QFPA 2AP1A 3CHWA 4WQ4C 3UKUA 1JCGA 4XH4A 3C7NA 2P9UB 2HF4A 3SLCA 1ATSA 1Q18A 3CETA 3QBWA 3ZEUB 2A6AA 5ADXA 1QQOA 4BRMA 1EQYA 3MN7A 3IUCA 1NGGA 1BWFO 1YVNA 3W0LA 3FR0A 3GL1A 1HKBA 3D2FB 4ISEA 4CD3A 3LDNA 3QFUA 2HMPA 4BQZA 3RSEA 5AQNA 4PL8A 1TYQA 3QICA 2BTFA 2A41A 4FOIA 4H0OA 3FGUA 3VEWA 5BREA 5AFUA 5F2RA 3H46O 3MK6A 3UKRB 4BRDA 5F1XA 1NWKA 3MDQA 5CE3A 4H5TA 3FFKB 1Z6RA 5AZJA 2Q36A 3CQXA 3U8XA 3U9ZA 5AQUA 3H3NO 2FSNA 3VEOA 1JCFA 4LC9B 1D4XA 3DJCA 4FWQA 3VEZA 4L3QA 4PKIA 2EWSA 3O4WA 4MO5A 2A3ZA 2NLXA 3FZKA 2J4RA 2QM1A 1QQNA 4BG9A 1IG8A 1SZ2A 3EKUA 4CZHA 3F9MA 2CH6A 3A5MC 5BPLA 4JD2B 4BC2A 2FF3B 4B1XB 4K42A 1RDWX 1SAZA 2KHOA 3CQYA 4H5WA 3ENHA 1C0FA 2FLOA 1OKJA 4MLEA 3KVGA 4K43A 4FWNA 4H0TB 2ZGZA 5BRFA 2YJFA 1C0GA 2AA4A 2NRHA 3CJAA 4BR2A 4QS8A 3LM9A 3O6WA 2P9PA 1P8ZA 3FLCO 4MO4A 3D2FA 4XH1A 5AQWA 3WEEA 2V52B 2V7YA 4WQ4A 3EL2A 5AR0A 1HPMA 3VOVA 4JNEA 3VGMA 4BR5A 2FSKA 4DQ8A 1SQKA 2VCPA 5AQKA 1YUWA 3BEXA 3D2EB 1RFQA 3VGKA 4BRNA 4FO0A 3AARA 3I33A 2E2OA 4BRGA 3DXKB 4FPBA 2E1ZA 4HWIA 3TPQA 4BR0A 1DKGD 3VF4A 3P4IA 3ENOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PAVA 5AQYA 4DV6K 4IOXA 4FLWA 4JKCA 3SUOA 2FF6A 4DU4A 2IAJA 1ZC6A 3DAWA 4BR9A 2P9LA 2E20A 2PY5A 5AFUH 3VPZA 5AQOA 3JS6A 4DUZK 2HHSA 3LPUA 3ZT4A 3IFRA 5BRHA 5GIOA 1XMQK 1YTAA 4Z94A 3P31A 3ID6A 3O4NA 2E4LA 3SQ2A 3MECA 4XH5A 3VF6A 1XC9A 5GIPA 4A2BA 3VA3A 1VSFA 2NRVA 4CZGA 3TAGA 4FZZA 4BECA 4CBUA 2NNWA 4CZIA 5AQFA 3N4PA 4CD1A 4WQ5C 4J2AA 3FZHA 3R9PA 5LY3A 1GOCA 2YKMA 1NGFA 1NJWA 4OLAA 1W2BM 1NU0A 4KHUA 4CJUA 3BGRA 2O8FB 3VQBA 2NRXA 2KZZA 1HKGA 2CGJA 4OGEA 4Q5VA 4CJRA 4CFDA 3KK1A 3AVCA 3LDPA 1IV0A 4I6MA 4G9ZA 4FM2A 1S3XA 1MWKA 4C8NA 3WNEA 2Y1IA 1NNEA 4B1YB 1IKVA 4CEQA 4FJHA 1Q9YA 1T3VA 4Z4EA 3H3OB 2ZWHA 1HR0K 5HRRA 4BROA 4DV1K 3BF3A 4ID5A 3BY5A 1WAJA 4NCAA 4H0YB 2DFEA 1CZBA 3I0RA 2QWLA 4FZXC 4KBOA 4M41A 4AF1A 1TL3A 3EEQA 4JKFA 2XY7A 2UU9K 4GV6A 3NF8A 2ITGA 5TKYA 1X3MA 1JKHA 1XNRK 3OYKA 4B1WB 2P5GA 4EHUA 1ASUA 1D5AA 3DRPA 1TUUA 4B1ZA 1WSGA 2GX9A 2YHYA 1OH5A 2V7ZA 4BR4A 3HM8A 3C7NB 2GEMA 4E1NA 3MN9A 1FKPA 3BZKA 3NE6A 3V4IA 3OVNA 5HOOA 4DQQA 5JICA 2B4JA 2G8HA 4FLTA 4ZTJA 4BRAA 2UXCK 2QWRA 4YDUA 2JWLA 3J80O 4ILGB 2BH1A 3S9HA 2F8SA 3WQTA 3OYAA 4FYDA 1FKOA 1JLCA 1WOQA 1RTHA 2D0OA 3MN6A 3VQPA 3LDQA 2F4VK 4LF6K 1JLEA 1HPZA 4YNQA 4XJXA 3GBTA 3CC2N 4DB3A 1YJ9N 3SUPA 5FDLA 3DLLL 1X3NA 1RBVA 4OKJA 3ZX2A 3SBTA 1ASVA 3BZCA 1S1WA 1RT6A 1L5UA 3CYGA 1DTTA 1DEJA 4DTXA 4AHVA 5CYQA 2O8BA 4LSLA 4QS7A 2Q3SA 1BCOA 5CZ1A 2KFZA 4CGIA 3LDOA 4LH4A 4BQLA 3CCMN 1K73O 3RTVA 4B3RK 3K9JA 4DU1A 5FPNA 5KTQA 4CHQA 4BGBA 3S5TA 1EP4A 3M3ZA 5C15A 3ZSVA 1YI2N 4EHTA 1D8YA 4AILC 1NGBA 3NF6A 5FPDA 2W41A 3TSUA 4H5NA 4IZ9A 4PKHA 1ZBUA 1VQ4N 1U6ZA 4DQPA 1U04A 4DSKA 3I56N 3OYDA 4KTQA 1JXBA 4EZ9A 1MA9B 1LOTB 3DOLA 3ENBA 1SL0A 2O8DB 3VQEA 2WC9A 2NZTA 4FK4A 1YIJN 3HBTA 1OH7A 1WUAA 4B08A 4CJ4A 3CCRN 3WQUA 5LMUK 3I0SA 3PUFA 3TSQA 4CZEA 2GUIA 3DLRA 1LW2A 4FW1A 4DFJA 1N32K 1TVRA 1CZAN 5AJ3K 1JLGA 3TSPA 4ISFA 3E66A 3ULEA 3LL3A 4C23A 1QQMA 4GKKK 2YHAA 4BRLA 1RGIA 3KJVA 2VQEK 1UOCA 4B9NA 5GAHP 5AQZA 2A1SA 3TTCA 3KHYA 4MQ3A 2W40A 3HP6A 3BUZB 2ZD1A 3ZX0A 3CQ8A 4Z4CA 4I7FA 3EZ5A 5MLCQ 3OBYA 3SI6A 2HBLA 1NGDA 1VSEA 3G71N 3NF7A 2D0PA 2E2QA 1IKWA 4AM6A 3KD1E 3MMVA 3QO9A 4CBXA 2VQFK 5CY4A 1VK0A 1NMDA 4LY7A 2IIRA 4J2EA 3O8MA 5JLFA 4E7IA 3THYA 3G0ZA 4C1NI 2W6LA 5AQHA 3UE5A 3D7EO 4C8LA 1RCHA 1J54A 1W9HA 4Y1CA 3A5LC 3DMJA 4V19S 3AA2A 3CI5A 3QEPA 5CR4A 3V1OA 1MWMA 1X1PA 4RW4A 2W42A 4FJ5A 3LWLA 2AP1A 1SKWA 1NK0A 4CGDA 1Q82O 3CHWA 2GBZA 1S9GA 1S1VA 1C1BA 3AO1A 2D5RA 4F3OA 1Q18A 2RHKA 4CW7B 2ZJPL 4GVEA 1UAXA 4BRMA 3M8RA 3IUCA 3HL8A 1BWFO 3O9TA 1QE1A 3FR0A 3KK2A 1KCFA 4KPYA 3RSEA 1SL1A 3HSTB 1YITN 4BDYA 1BL3A 2QXFA 5F2RA 4DV5K 3MK6A 3UKRB 5SZTA 1TKZA 3V9ZA 4H5TA 3FFKB 1Z6RA 1W0HA 2HHTA 1WLJA 3VQ9A 4F2SA 5AQUA 3H3NO 2KZMA 3VEOA 4UQGA 4JI1K 4AHUA 4CF1A 2D0AA 3O4WA 1J5EK 1QSSA 2A3ZA 4DV3K 1IG8A 4CF2A 4O55A 4DV4K 1WB9A 3V1RA 2CH6A 3A5MC 5BPLA 1IH7A 1S6QA 4JD2B 3T1HK 4IKFA 4DKWA 3AA5X 2FF3B 4B1XB 4M3YA 4H5WA 2KHOA 1S72N 4MLEA 4K43A 4FWNA 4H0TB 2ZGZA 1I94K 1HNWK 4BR2A 1TGOA 3PSFA 4QS8A 3LM9A 3NH2A 3O6WA 2XY6A 4DF4A 3FLCO 1WSEA 2HW3A 4MDAA 4JI8K 2FBVA 3WEEA 1E3MA 2PYLA 3CC7N 3WNFA 1MU2A 4BR5A 4AQYK 4A57A 2X78A 3MXMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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