3DXKA

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0944636
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
415
structure length
397
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKESVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 120
structure length 397
sequence length 415
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxkA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxkA04
2QWOA 2D0PA 3DWLA 1IJJA 5AQOA 4DHYA 3FZKA 4H5WA 3ZEUA 4BC4A 4CBXA 3LDQA 1GLEG 3O80A 1DEJA 5LJVA 3VF6A 4BC3A 3QFUA 3ULEA 2E2NA 3O1WA 3RSEB 4FL9A 3D7EO 4WQ4A 2A3ZA 3CETA 2Q2RA 5ADXH 2IVNA 1HUXA 3OHRA 3EN9A 3EKUA 1S22A 2FF6A 3O8MA 5BREA 4A2AA 1RGIA 2H3GX 1MWKA 3FE1A 5FPMA 1NBWA 3CQXA 2Q36A 4DCHA 2UYTA 1X3MA 3A5OC 3A5LC 3ATVA 3KVGA 1QZ5A 2PBDA 1NM1A 1MWMA 3HBTA 3CJ9A 2EWSA 4XH5A 5AQSA 1XQSC 1K8KB 4M7XA 2OANA 2YJFA 1XC3A 3BF1A 3CHWA 3IDHA 3R9PA 3DXMA 4M7YA 4A61A 3DJCA 5EXWA 2QWPA 4HWIA 3H3OB 4H0TB 2E8AA 4JHDB 4MO5A 2ASPA 4FWNA 3RSEA 2YHWA 4K41A 4ISEA 3UKUB 2GWJA 1C0GA 5EY4A 3O4WA 3WQTA 2D4WA 2E2QA 3BEXA 4IO8A 4BR4A 5EX5A 1H1VA 4NO7A 5LJWA 2VCPA 1HPMA 1SQKA 4CBUA 4EIAA 5JMVA 1QHAA 1LCUA 3VERA 3VF2A 1KAZA 4B1XB 1J6ZA 4J8FA 1SAZA 3FZFA 3MN9A 4K25A 3KHYA 1C0FA 3M1FA 1BU6O 3SJHA 2A40A 4F9OA 1NLVA 2FSJA 5B8HA 4FOIA 1K8KA 1E4FT 2YI1A 1RDWX 4BC5A 3WXIA 1JCEA 1T6DA 4H5VA 1Q18A 3MN5A 5AZJB 1TUYA 5AFUA 4AM7A 4JHDA 4AM6A 4PKIA 5KQ8A 4IWVA 4YDUC 3WXLA 1TYQB 4BG8A 4BROA 3ZEUB 3U9DA 4A2BA 2QWLA 2QWQA 4NB4A 3AAQA 4BREA 2HF3A 1ATNA 3QICA 4GY2B 2A5XA 2W40A 4BR5A 4I6MB 4CZEA 3WXKA 1D4XA 4A62A 4CZIA 3QBWA 1ZBSA 4RCHA 2F9WA 4PKGA 4H0OA 2D0OA 1ESVA 2VYPA 3IUCA 3R8EA 3ZX3A 5F2RA 4B1YB 4BRCA 5ELZA 4EAHD 3ATUA 4DB3A 2FSKA 1NGGA 5AQWA 3WUHA 3F9MA 1ATSA 5AZJA 4FWOA 3ENHA 5AQHA 1NMDA 1TYQA 3DXMB 4B9QA 2DPNA 3LM2A 3L6QA 3L0QA 4IJNA 2FSNA 2CGKA 3LL3A 3EZWA 2QWMA 4I6MA 5AQUA 4Z94A 3ZETB 2FF3B 4FWLA 5AQJA 2CGJA 3P4IA 4FOEA 1GLCG 4BRQA 2P9LB 1MDUB 4PKHA 2E1YA 5FPNA 3VGLA 4CZHA 3DXKA 4BVOA 4WQ5A 4LC9B 1HKCA 5AQZA 3DAWA 2YHXA 3ID8A 5EOYA 2AP1A 3UKRB 1HJOA 3D2EB 4BC2A 1KXPA 1DGKN 1U2VB 1HKBA 5BRDA 2A6AA 2P9KB 4CZLA 4XH4A 3S41A 5AQNA 3A5MC 4BRGA 4CD3A 4Y0WA 2WUSA 3H3NO 1NGIA 3LDPA 3A0IX 2PAVA 3CJ7A 4ISFA 1HLUA 4FO0A 2ITMA 2CH5A 2Q0RA 4H0XB 3J8AA 1OKJA 3MN6A 3VESA 4BRDA 4CZKA 3ZETA 5AQQA 3A5NC 4BRNA 3VENA 3FGUA 4BVPA 2IVOA 3GG4A 2ZGYA 4BR0A 2BUPA 4XH1A 2P9LA 1T6CA 4BGBA 5I9EB 4O5FA 3SMSA 2P9SB 3KZBA 1KAXA 1KAYA 2V52B 5CE3A 3IFRA 3WEEB 1R59O 2GEMA 1YVNA 4H0VB 3UKRA 3W3DA 5JLHA 3D2EA 1GLAG 3EKSA 3WXJA 1U2VA 1BG3A 3UB5A 3U4LA 3VEYA 2P9KA 4IZ9A 4CZMA 2NRHA 2F9TA 3O08A 3H46O 4IXCA 4H0YB 5FPDA 5EVZA 5AQPA 2GTDA 2GWKA 3BF3A 4BRLA 1X3NA 1NGJA 1RFQA 5LY3A 4PL7A 1QQNA 3BP8A 1NGEA 3EO3A 5AQTA 2NLXA 5E26A 3EL2A 1NGHA 1U6ZA 1NGDA 3ZX2A 1ZXOA 5JICA 5E84A 4BGAA 4BRFA 5KPRA 4EFHA 2CH6A 5JLFA 3FFKB 4H5NA 3BUZB 4BRHA 4L3QA 1SZ2A 2P9SA 1NGBA 1BOTO 5AQGA 3WEEA 4CZFA 1XUPO 3GE1A 1LOTB 4EHUA 4B1ZA 2YJEA 3DXKB 4WQ4C 4H03B 5AQYA 3VOVA 2QM1A 2VWBA 3QFPA 2ZWHA 1GLBG 1BO5O 4B1VA 4EHTA 2YHYA 1X9JA 4WYBA 3I33A 3SMPA 2E2PA 2NZTA 3VEXA 2A42A 1CZAN 1TUUA 2I7NA 4QS7A 1BUPA 5AQFA 3HSCA 3I8BA 3O1BA 3O5BA 4YDUA 3MCPA 3A8YA 4RTFD 4JNEA 4K43A 1GLLO 3HI0A 4BQLA 3VGMA 5AR0A 3C7NB 3U8XA 3VPZA 4FPBA 2AA4A 3AAPA 3IMXA 2HOEA 3TU5A 5AZIB 3SLCA 3VEZA 3QB0A 3ZX0A 5KQDA 2HMPA 2QWRA 3AY9A 1ATRA 4CZJA 5BRFA 1NWKA 1S3XA 4B1UB 4FWSA 4JAXA 4C23A 2BTFA 2E2OA 2GELA 2P9UB 3W0LA 1DKGD 1ZC6A 1YXQA 2Q97A 4CZGA 5AFUH 4BRIA 2V7YA 3CJAA 5BR9A 5F0XA 3LDNA 4HTLA 2J4RA 3D2FA 3FR0A 4H5RA 2D1KA 5KPZA 1G99A 2P9PB 3MDQA 3VEWA 3L4IA 4H0PA 4BG9A 2P9NB 2FLOA 1NGCA 3M3ZA 4FWRA 5FPEA 1MA9B 1QZ6A 3LM9A 4QS8A 3AARA 5TKYA 3H1QA 4O8KA 5BPLA 5BPNA 2I7PA 2Q1NA 2Q0UA 2QW9A 4QS9A 3C7NA 2FXUA 2GUPA 2CGLA 1BA0A 5AZIA 4BQZA 1T44A 1JCGA 2V7ZA 4BR9A 2E20A 4DQ8A 3CJCA 3C0BA 4PL8A 3H6EA 5BRHA 3U9ZA 1BWFO 2P9IB 3GOIA 2HF4A 2P9UA 3CQYA 5AQKA 3WQUA 1BDGA 3MN7A 1GLFO 4BR2A 3VGKA 4FSVA 2A41A 4GNIA 3H45C 3O6WA 5F1XA 4FWMA 3G25A 2IVPA 3JS6A 5KPTA 2IIRA 2P9PA 4FPAA 5AQVA 4FWKA 2P9NA 4JD2B 4ISGA 1NGFA 1Z6RA 3FLCO 3LDLA 3CIPA 5AQMA 4XEIA 2E88A 4BRMA 3CJ1A 3VEOA 4H5TA 1HX1A 3TPQA 4B1WB 1QQMA 3UE5A 3VETA 5BN8A 4CJ7A 1V4SA 1JCFA 4MLEA 5AQXA 3WT0A 2KHOA 3FZHA 1P8ZA 5BPMA 2ZF5O 3GL1A 2QWNA 2V51B 4E1JA 1QQOA 3VEVA 5ADXA 2ASOA 4CD1A 2P9IA 4FWQA 3B8AX 3H1VX 1E4GT 4BRAA 4MLHA 4FWPA 4RWTA 4BRPA 4KBOA 4M63C 5AQRA 1YUWA 4K42A 3JXUA 4MO4A 3QBXA 3FZMA 3M6GA 5AQLA 3SK3A 3UKUA 4CI6A 4IJAA 3CERA 5AQIA 4JD2A 3ULEB 1V4TA 1Y64A 1BA1A 3D2FB 3VF4A 3QMLA 1Z05A 3GBTA 2W41A 2Q31A 3MMVA 3FZLA 3HZ6A 1IG8A 4WQ5C 2YCHA 1HKGA 1NGAA 3CI5A 1WOQA 4BR7A 3MK6A 3ENOA 3HTVA 3R6MA 1YAGA 1GLJO 3GDQA 3CJBA 4CBWA 2QXLA 3QDKA 5BN9A 3LDOA 1EQYA 1WUAA 2ASMA 1GLDG 2ZGZA 2E1ZA 4JN4A 4BRKA 3HM8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCRN 4CFCA 3BDPA 2HBJA 4Q5VA 2YV0X 1IV0A 2KW4A 3ZEUA 4BC4A 3QEVA 2NRVA 1XNRK 5LJVA 4B8CA 3QFUA 3SQ2A 4KAZA 3IS9A 4IEEA 1OVYA 2X74A 4NCBA 2IVNA 1HUXA 4KTZA 3OHRA 3DLHA 4A2AA 2H3GX 3CQXA 4DR5K 2Q36A 4DCHA 3AV9A 3A5OC 4CGIA 3A5LC 3CCMN 1S1VA 4W5QA 3MXMA 4CJTA 1RTIA 4Z4FA 1WBBA 3ZSVA 4M7XA 3NGZA 3THWA 4A61A 4DS4A 2O8CA 2NRWA 4OVLA 4HWIA 4BWMA 3NHGA 1RCHA 3SZ2A 4JHDB 4O0JA 2F4VK 2YHWA 4UY8O 4K41A 3UKUB 4CJUA 4FLWA 5EY4A 3O4WA 4FM0A 3CFOA 3VQEA 4DTRA 2UXCK 4IO8A 1U4BA 3OW2M 4CJVA 5LJWA 2KKZA 3AO5A 4KPYA 3V9UA 3DRRA 1Q7YO 2VGNA 3CPEA 3P38A 2Z1IA 1J6ZA 4J8FA 4CGHA 4FLXA 4JI0K 1C0FA 3SJHA 4KI6A 4BE7B 1VSEA 2O8BB 2ZJRL 5HRNA 4QAGA 2P1JA 4JKAA 2HVIA 2QTDA 3T1AA 3ZSOA 4CJFA 1T6DA 4CGJA 4H5VA 5IWAK 4CJ4A 4K0KK 3CCVN 3TAFA 1TUYA 3AVFA 5AFUA 5KQ8A 2WBNA 4FW2A 2QWLA 1ATNA 3QICA 3F73A 1YJNN 4CERA 3OY9A 2FBVA 4HHTA 3WXKA 2A1SA 1S9EA 1ZBSA 2F9WA 1I39A 3ZSQA 4DV6K 3I8DA 3ZYYX 1ESVA 1RILA 1WSGA 2HNYA 2VYPA 3R8EA 3WXMB 5F2RA 3PO5A 4B1YB 4BRCA 1QSLA 4EAHD 4DB3A 4CF1A 1WB9A 3WUHA 3JAMO 4FZYA 4AHUA 1JLCA 3QLHA 4J2BA 4I7FA 3DXMB 4HUEA 3SUPA 3TI0A 4DQPA 3WNEA 4A59A 3EZ5A 3S3NA 1K8AO 3L6QA 2JWKA 3AVIA 1FXXA 3LP2A 3OBWA 4Z94A 1Z25A 1TL3A 2CGJA 3P4IA 2HHSA 4NYFA 1IBLK 4BRQA 4DTMA 4DTOA 2Y1IA 3DXKA 4WFBL 5AQZA 4FLZA 1UOCA 3ID8A 3KKSA 3KLHA 5JENA 1ZBFA 3DM2A 3SBGA 1ZBIA 2P9KB 1S6PA 3A2FA 1TK8A 3AO4A 5DK5A 5AQNA 1KCFA 3OS2A 1NOYA 3OYIA 3O9SA 3P39A 2Q0RA 3J8AA 2NRTA 3CQ8A 3PX6A 5HRRA 3L8BA 3ZETA 2KZMA 3D6RA 2PZSA 3AVGA 3ENBA 2IVOA 4M41A 2BUPA 3NGYA 4CJSA 4XH1A 4O55A 3QNNA 3M8PA 2UU9K 3DI6A 1NJYA 4MFBA 1KTQA 3DOKA 1KAYA 3RMBA 4FVUA 3OYKA 5C0YA 4CIGA 4KHPK 2UUCK 4WFAL 4E7IA 1BQNA 3WXJA 2HBLA 3VEYA 3U4LA 5M1KA 1XMOK 3AVHA 1TKTA 4H0YB 3H08A 4GMJB 3SYZA 3ZSXA 4CJ5A 2HHXA 1VSLA 1Q8IA 4GV9A 3U6FA 5J1EA 4C8OA 4ILHA 1LWFA 1RFQA 5LY3A 4PL7A 3PIOL 4RG8A 3JYTA 4CIFA 3AO1A 1L3VA 1NGDA 3ZX2A 5JVHL 5E84A 4BGAA 4BRFA 1C1AA 1S1WA 4IEIA 3TTFA 3O9TA 4H5NA 3BUZB 4BRHA 5SWMA 4DG1A 3QIOA 1LWEA 4DSIA 1HNIA 3QO9A 1BOTO 3HP6A 1N32K 1XHXA 4DSEA 2E4LA 5BR8K 3TANA 1NNEA 3HYFA 1QVFM 4WQ4C 4H03B 2C1GA 5AQYA 2FBTA 3CYGA 4B1VA 2G8HA 1JXBA 2G8WA 1X9JA 4G1QA 1RDAA 2A42A 3HSCA 3CCQN 1K6YA 4GV6A 3LDSA 4YDUA 2Z1GA 4LF6K 3IRXA 3C7NB 2UXBK 1ASVA 4FPBA 3CCJN 1KLMA 1GOAA 4W5RA 1ATRA 4CZJA 4AHSA 3TAPA 3W0LA 1BI4B 3EE8A 3P5JA 1YT3A 4DU1A 1I94K 3KWGA 3P1GA 1ZYQA 1OH6A 4ID1A 3KLGA 5BR9A 2V7YA 1EWQA 1LW2A 2OPRA 4CEAA 1KQSM 4I2PA 4H5RA 1HPZA 4M3ZA 1NJIO 4JKGA 2D0BA 2GBZA 3JSMA 1JL2A 2NRXA 1XC9A 3KD1E 4KHNA 4FWRA 2GV9A 3AARA 5TKYA 1A5XA 4O8KA 4E7JA 2GX9A 3RRHA 5GADP 1W7AA 4QS9A 2HNZA 4GV3A 2CGLA 1BA0A 3TAMA 5FRNA 4CF9A 3SQ4A 3C94A 1JJ2M 2PY5A 4DQ8A 3C0BA 2VWJA 1XNQK 4FVMA 1IG9A 1S1UA 2P9UA 1Z26A 3WQUA 2PFUA 5C15A 1GLFO 4HTUA 3VQDA 5HLFA 3O6WA 2IVPA 2P9PA 4FPAA 3V1QA 4FWKA 3THYA 1VSMA 4OGCA 4ISGA 1Z6RA 3SUQA 3O4QA 3TSUA 1RDUA 5AQMA 5DM6L 4XEIA 2E88A 3HK2A 4H5TA 4OLAA 4DV7K 1REVA 3J7YP 3TR8A 4N76A 4B1WB 4RW7A 3LPTA 3P83D 2HHUA 1T8EA 4IDHA 1EXQA 4O44A 3HPGA 2QWNA 2V51B 2WFBA 3F2KA 1QQOA 4IG0A 3T1HK 3KK3A 3O3GA 2B6AA 4JLHA 4AHRA 2P9IA 2ETJA 4BEBA 1LWCA 3NAEA 2OPSA 1RBTA 4RWTA 4WF9L 4JRQA 1RBVA 5AQRA 1WN7A 4K42A 2IAJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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