3DXKB

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0944636
Total Genus 56

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
212
structure length
211
Chain Sequence
QAVLTLYAQGLLGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
O1 (202-204)S1 (155-159)TIV1 (160-163)S2 (164-170)AH3 (209-220)TIV2 (169-172)TII1 (176-179)TIV4 (175-178)EMPTYS3 (173-174)S4 (180-182)TIV5 (205-208)AH2 (186-200)AH1 (141-149)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 56
structure length 211
sequence length 212
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxkB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxkB02
3CETA 3VOVA 1Q18A 2P9LA 5JMVA 3BF1A 3GDQA 4RTFD 5AZJB 2QWRA 3MN9A 1DEJA 1TYQA 4CD1A 4H5NA 4DCHA 4IXCA 2KHOA 3UB5A 5BRDA 1U2VA 2P9IA 4H5VA 4H0PA 4CZFA 4FWKA 2E88A 5AZIB 5AQYA 5E26A 1HPMA 2E8AA 2QXLA 4Z94A 3GBTA 4K25A 3C0BA 4FL9A 4BGAA 3WEEB 3BF3A 4JAXA 2HMPA 2A5XA 3HTVA 5FPMA 2A3ZA 5AQIA 4BR4A 5KPZA 4ISFA 2ZGZA 1BA0A 4IZ9A 4NB4A 1JCFA 3FZMA 3DXMA 4BRIA 3A5MC 1P8ZA 5BREA 5AQXA 3FZLA 4JNEA 1GLLO 3FR0A 2FF6A 4BRFA 4CJ7A 3D7EO 5AQVA 1KAXA 4JD2A 3CJCA 5AQKA 2V7ZA 3LM9A 3VEWA 1D4XA 2FF3B 1BDGA 3S41A 4WQ5A 1QQMA 2BTFA 3AARA 4M63C 3D2FA 5ELZA 3VPZA 2ZWHA 4JHDB 3ZEUA 3KVGA 3WXIA 5F1XA 3AY9A 1MDUB 4FWSA 3I8BA 1SZ2A 4JN4A 1NMDA 3A0IX 4L3QA 2D4WA 4AM7A 3WUHA 3U8XA 1TUUA 4BR7A 1XUPO 5EX5A 4BG9A 1GLBG 2ZGYA 3BP8A 3ATVA 2Q97A 3ZX0A 3CJ1A 2A42A 4CZEA 5JLHA 2GUPA 2QWNA 3VEZA 2F9TA 4IJAA 1C0GA 4YDUC 5AR0A 3U4LA 3O8MA 3GOIA 3UKUA 1KXPA 1Z6RA 3VEXA 5KQDA 5CE3A 3FZKA 2E2PA 2UYTA 1CZAN 5LY3A 4H5TA 3FZFA 3A5OC 3GL1A 2P9LB 4BR0A 5BN8A 4BVOA 4WQ4A 4B1ZA 1TYQB 2P9SA 3CI5A 4PKGA 2QWQA 1U2VB 5AQRA 3ZETA 2FLOA 2Q0UA 2V52B 3EKSA 4BC3A 4PL7A 3D2EA 2QW9A 4H03B 5F2RA 3M6GA 3WQTA 3EKUA 2IVNA 2E20A 4K41A 4C23A 1NGEA 4CBWA 3QDKA 2I7PA 2CGJA 4XEIA 2GWKA 2ASMA 4K43A 2CH6A 4HWIA 4CZGA 1RFQA 1TUYA 4H0OA 2PAVA 3C7NA 3DWLA 3O1BA 3O1WA 1LOTB 5AQOA 4EHUA 2A40A 1RGIA 3TU5A 5AFUH 4GY2B 2P9UA 1BUPA 3VETA 3R6MA 3FFKB 1K8KA 3H1QA 3LL3A 2Q2RA 4CZLA 4DHYA 4FSVA 3VF6A 1T44A 1ATNA 4CZKA 1HLUA 2HF4A 3G25A 2ASOA 3R8EA 1T6DA 2QM1A 4JD2B 2Q0RA 1J6ZA 3L6QA 1YAGA 1V4TA 4M7YA 4H0XB 2E1ZA 1QZ5A 2HOEA 3D2FB 3M3ZA 4EHTA 2QWLA 3EZWA 4NO7A 5BRHA 2VWBA 2P9KB 3HSCA 1JCGA 2E2NA 3DJCA 4FWNA 3ZEUB 4CBXA 5FPNA 3RSEB 2YJEA 1QQNA 4FWLA 2Q31A 4BC5A 3KHYA 1QHAA 3IDHA 3MN7A 5KQ8A 2A41A 1GLCG 2DPNA 2H3GX 3ULEA 1BU6O 1HX1A 4FPBA 3UKRA 4IO8A 4IWVA 4EAHD 5EOYA 2D0PA 3VENA 4AM6A 5I9EB 3DXKB 2YJFA 2QWPA 4BRHA 3VGKA 1GLFO 3QB0A 1OKJA 5E84A 1G99A 3H6EA 4H0TB 5EY4A 1R59O 5EVZA 3GE1A 4BC4A 2AP1A 3EL2A 2P9NA 3IFRA 1ZXOA 3SJHA 4K42A 4LC9B 5AZJA 1NBWA 2VCPA 1NGAA 2YHXA 3H3NO 3H1VX 1XQSC 3O08A 4BRMA 5ADXA 3AAPA 4FWQA 2P9SB 2GEMA 2W41A 1BG3A 1IJJA 1NGGA 1NGIA 2IVPA 2YCHA 3ID8A 4MLEA 2E2OA 3O5BA 4B1YB 3CQXA 3HZ6A 1X3MA 4MLHA 4B1UB 5KPRA 1ESVA 1V4SA 1NGHA 2FSJA 3D2EB 3CJ9A 1HKCA 3L4IA 3WEEA 4BR5A 3JXUA 3HBTA 3MDQA 3ENHA 4QS8A 2WUSA 2FSNA 1NLVA 4H0VB 4I6MA 4H5RA 3QICA 4ISEA 5FPDA 4PL8A 4XH1A 4E1JA 1GLAG 4BRKA 1EQYA 2NZTA 3C7NB 2PBDA 3ZX3A 1ATRA 2J4RA 1WOQA 4BRCA 4GNIA 3B8AX 3BUZB 1ATSA 1Y64A 3SLCA 5BRFA 1NGBA 5FPEA 5AQNA 5BN9A 4O5FA 3U9ZA 1NGCA 3HI0A 5AQWA 4MO4A 3VERA 3VF4A 4BG8A 1BA1A 3A8YA 2P9IB 4CBUA 3VEYA 4BRPA 1YVNA 2GELA 3VEOA 2F9WA 2GTDA 1DKGD 1NGFA 1YXQA 5AQSA 3SK3A 3U9DA 2D1KA 4CD3A 2QWMA 1BO5O 2ASPA 2NRHA 4H0YB 4B9QA 5AQZA 5BPMA 5AQLA 2VYPA 3P4IA 3QMLA 5AQGA 3QBWA 4BQZA 3VGLA 5F0XA 4A61A 3CIPA 1HUXA 3DXMB 4XH4A 1QQOA 5AQTA 4O8KA 4CZIA 3H3OB 4YDUA 3R9PA 2OANA 3O80A 1GLEG 3CQYA 4M7XA 5AQMA 2YHWA 3WXLA 1H1VA 2QWOA 5AQUA 3ZX2A 4A62A 4WYBA 4BREA 1HKBA 1HKGA 2YHYA 1X3NA 1QZ6A 2P9NB 4XH5A 3WT0A 4FOEA 3UE5A 2CGKA 4B1WB 3W0LA 1E4FT 1BWFO 1YUWA 3CJBA 4WQ5C 2Q1NA 4CZHA 4EIAA 2Q36A 3LDLA 1GLDG 3W3DA 4FWPA 5B8HA 3MMVA 3FE1A 4BGBA 4BRAA 3JS6A 3CHWA 2GWJA 3EN9A 3MCPA 3MK6A 3QBXA 5EXWA 3WXKA 3FZHA 5AQFA 2P9PA 4EFHA 1JCEA 1ZC6A 3FGUA 3SMSA 3H45C 5JLFA 4I6MB 3LDNA 2A6AA 2YI1A 4BRQA 5AQHA 3KZBA 3LM2A 3UKUB 1LCUA 5AQPA 4DQ8A 1IG8A 4FWRA 4BR9A 5LJWA 1E4GT 3SMPA 3IUCA 4DB3A 3MN6A 3L0QA 4IJNA 5AQQA 4FO0A 4KBOA 3A5NC 4FPAA 4RWTA 2NLXA 4B1VA 3O6WA 1T6CA 2E1YA 4BR2A 4HTLA 3OHRA 3DAWA 3QFUA 4WQ4C 3ZETB 1S3XA 5AZIA 5TKYA 4BC2A 1MWMA 1XC3A 3BEXA 3WQUA 3QFPA 1X9JA 3LDPA 4FWOA 2V7YA 2W40A 4BRDA 4QS7A 3ENOA 1SAZA 2P9KA 5ADXH 4QS9A 5LJVA 3VGMA 5BR9A 1S22A 2CGLA 1NGDA 1WUAA 1ZBSA 3RSEA 2AA4A 3LDQA 3LDOA 4RCHA 2BUPA 3VF2A 3I33A 4FWMA 4Y0WA 3IMXA 1SQKA 4BQLA 2P9UB 4BRGA 4MO5A 3EO3A 1MWKA 1K8KB 3DXKA 3AAQA 4A2AA 3TPQA 3O4WA 4BROA 4BVPA 2FSKA 1MA9B 2EWSA 1KAYA 1BOTO 1U6ZA 4BRLA 4B1XB 1Z05A 2IVOA 4PKHA 5AQJA 4CZMA 3ATUA 5BPLA 3VEVA 2HF3A 3MN5A 4JHDA 5JICA 3F9MA 3GG4A 4FOIA 4BRNA 4CI6A 3HM8A 2ITMA 2E2QA 4J8FA 1KAZA 1RDWX 4A2BA 1DGKN 3A5LC 3CJAA 3VESA 3WXJA 2I7NA 5AFUA 1GLJO 2CH5A 2FXUA 1C0FA 3ULEB 3CERA 1HJOA 3CJ7A 3FLCO 3UKRB 1NWKA 4CZJA 2IIRA 2P9PB 2V51B 3H46O 5BPNA 1NGJA 2ZF5O 5KPTA 1NM1A 4H5WA 4PKIA 3M1FA 2D0OA 4ISGA 4F9OA 3J8AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q18A 3BF1A 3GDQA 4RTFD 3HXMA 3MN9A 5JS2A 2B5JA 2NRZA 4FLZA 4IXCA 2PY5A 1RTJA 4JRQA 1U2VA 1NU0A 4JKAA 4CGJA 4LF5K 4CZFA 4FZYA 4FWKA 5AQYA 4FYDA 3NVKA 3DMJA 2QXLA 3ZSRA 3C0BA 3T69A 3K5MA 2HMPA 2FBXA 4OLAA 1DT9A 2A3ZA 2VGNA 2F7TA 2ZGZA 2RKIA 2YKMA 4NB4A 1JCFA 3FZMA 3G4SN 1LAWA 3TARA 1QQCA 1HRHA 3FZLA 4JNEA 2XRIA 3CYGA 4CEFA 4DSJA 2DY4A 3OYLA 4DTPA 5AQVA 1BI4B 4AH9A 3RMAA 5FRMA 3NF6A 3CJCA 4FZZA 3LM9A 3NHGA 1D4XA 1X9WA 1BDGA 3I0RA 4WQ5A 4AHUA 1W9HA 1S72N 4JKDA 2JWLA 1Q9XA 1VSKA 4JYAK 1J5OA 1EXQA 4HUEA 4CESA 1QE1A 4JN4A 1I3AA 4M3UA 3A0IX 1JLGA 2UUAK 3OJSA 4HTUA 2ETJA 2RF2A 3AVAA 3P39A 1L5UA 3U8XA 1TUUA 1XUPO 4CJQA 1GLBG 1L3UA 2Q97A 2A42A 5LL6Z 2GUPA 4IJAA 1C0GA 2NUBA 5J1EA 3OYAA 4CJVA 1WBDA 3O8MA 4JI1K 4FJ8A 3VN5A 5CE3A 3THYB 3U3YA 1DTQA 1UOCA 3DLRA 1CZAN 1FKPA 3OYFA 1C6VA 3GL1A 4BVOA 3KK3A 4WQ4A 5C10A 2P9SA 3CI5A 4PKGA 4LH5A 4O8UA 3KLEA 3I0SA 1U2VB 4CJ5A 3LWLA 4IOAL 1HYZA 4B8AB 3J7ZO 3E9OA 4BC3A 3VQEA 3OYGA 3CFOA 3CM5A 3QDKA 4CJTA 1IKWA 4KKOA 4FJ7A 4KHQA 4I2QA 1N32K 3LPTA 4HCCA 1NKBA 3SQ0A 1GOAA 3C7NA 4CHNA 3TI0A 1VSHA 1LOTB 3O1WA 4YOVA 2OPSA 5AFUH 4AHCA 4J2BA 2OZSA 2P9UA 4GV3A 4AF1A 4LSNA 3NCIA 2IDOA 3L2QA 1QVFM 1C0MA 3SUPA 3OS0A 4FSVA 2W00A 1N36K 3NE6A 1ATNA 1S1VA 4CZKA 1VQON 2QM1A 1N34K 2Q0RA 3J7YP 4FLYA 1YAGA 1V4TA 4G1QA 4DV6K 4FJXA 4K8XA 5HLFA 3CCEN 3TAGA 4EHTA 3N4QA 4XJXA 3HSCA 4YOYA 4KI4A 1JCGA 2E2NA 3ZSVA 3DJCA 4F3TA 3ZT0A 1QQNA 4FWLA 2Q31A 2W6KA 1RT5A 1QHAA 2KW4A 1SL1A 1KRPA 4DTXA 1GLCG 3ULEA 4FM0A 4BY9C 1RT7A 3UKRA 4IG3A 4IO8A 4IWVA 4EAHD 2D0PA 5I9EB 4E1MA 3DLEA 1EX4A 4DF4A 1YTAA 3P31A 1OKJA 2HHIA 4CEDA 2Z1JA 2P9NA 5M1FA 3TAEA 3SJHA 2D0BA 4DWIA 3VQ4A 2YNHA 3A2FA 3NGZA 2QEXN 1XQSC 4BRMA 1S6QA 3K9KA 2P9SB 2GEMA 2QKKA 3TAPA 3J7AP 1EWQA 1IJJA 1BG3A 2JWKA 4FW2A 2IVPA 3AVNA 1NJYA 4KRFA 3AVHA 3HPGA 4B1YB 4J2EA 3G71N 4B1UB 1ESVA 1K6YA 3CJ9A 4NYNA 4BECA 3SQ1A 4FJ5A 3D45A 2WUSA 5IT9O 2FSNA 3AVKA 2ZJRL 1X9SA 4H5RA 3CC2N 3U3GA 1S6PA 3KWGA 5HOOA 4XH1A 1GLAG 2Y1JA 1EQYA 2NZTA 3C7NB 3O4QA 2PBDA 1KTQA 2O8FB 5I3UA 3D6RA 3G10A 3RMCA 2P5OA 3LPUA 4CIFA 3B8AX 2E5LK 4BDZA 1ATSA 3R3LA 5GADP 2HBLA 3V4IA 4JI2K 5BRFA 3AVBA 5BN9A 1Z26A 5M1PA 4B9UA 2NRXA 1BA1A 3A8YA 2QXFA 4DSFA 3VEYA 2R7YA 4LF4K 1NOZA 2FBTA 1JLCA 3KD1E 2GELA 2HVHA 3HT3A 4A5AA 4Z4IA 3DI6A 2P5GA 2IS3A 4CD3A 4HUFA 4X65K 2NRHA 4IFEA 4B9QA 3P4IA 4W5OA 4CF8A 2IGIA 1VQ9N 4LF6K 2XO7A 5F0XA 5HRSA 1HUXA 2OPPA 4BDPA 1HNZK 3AVGA 3K5NA 4CZIA 4FJMA 4KHWA 5C24A 3OYDA 1GLEG 2VWJA 2YHWA 3SBTA 4GVMA 1H1VA 3OBWA 2KLAA 4FJNA 5AQUA 4IFVA 3VQ5A 1ITGA 1HKGA 5DMRA 3MXIA 3BY5A 4YOTA 1X3NA 1QZ6A 4DSLA 2P9NB 4XH5A 1HJRA 3SYZA 1M90O 1BWFO 4FJIA 1YUWA 3LZIA 1YI2N 4BE2A 4CEOA 2Q36A 3LDLA 3MX5A 4WFBL 1IKVA 3CYMA 3EE9A 2OA8A 4CJLA 3WXKA 1LW0A 4M3ZA 2P9PA 3KLIA 3FGUA 3OJUA 3E1YA 4FLXA 4ID1A 2NRVA 4HVJA 3SMPA 4DB3A 3L4QA 5AQQA 1ZBHA 1RNHA 4KBOA 3NF8A 3CFRA 4B1VA 3NVMA 2E1YA 4E1NA 4HTLA 5DM7L 1S3XA 3QETA 3KK2A 4YFUA 4FLWA 4U67L 1ZBFA 3NFAA 4CEBA 3CQ8A 3PX6A 4WF9L 4IEIA 4BRDA 4QS7A 4DV3K 4LH4A 4DUZK 1S22A 3RSEA 4C8OA 3LDOA 4RCHA 2HVIA 4YY3K 4KREA 2QI2A 3I33A 4E7LA 3LP3A 4CHPA 5CZ2A 4BQLA 4AHSA 4CK1A 5KRSA 4BRGA 3NBPA 1A5WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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