3DXKB

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0944636
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
212
structure length
211
Chain Sequence
QAVLTLYAQGLLGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 56
structure length 211
sequence length 212
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxkB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxkB02
3MCPA 1BA1A 4CZJA 4FOEA 2QWQA 1X3MA 2A6AA 2BTFA 4CZKA 1Z6RA 5AFUH 3MN7A 1BOTO 2D4WA 2FF6A 1G99A 4BRPA 4RTFD 3WXKA 2GEMA 1XUPO 4PKGA 1HJOA 1NGIA 3WUHA 3VGKA 1ATNA 3HM8A 2P9LB 1RFQA 4H5WA 4JD2A 3ENOA 3CJ1A 4CJ7A 2E88A 2QWPA 2A5XA 5FPMA 5AQWA 1ZC6A 4YDUC 4CZIA 4DHYA 3U9ZA 3FFKB 1E4FT 3FZFA 4K25A 4JHDB 1BO5O 5AQZA 4FO0A 3A5LC 1MA9B 2IVPA 2QWOA 3VF2A 4BRMA 3CETA 5EOYA 5FPEA 5ADXH 1MDUB 4B1ZA 5JMVA 1TUUA 3U9DA 4M7XA 4FL9A 4ISEA 5AQGA 1TUYA 4ISGA 1NGCA 3H6EA 2QWMA 1OKJA 1QQOA 3IFRA 2E1YA 1GLLO 1T44A 2ITMA 1Y64A 5KQDA 1JCEA 3VGLA 2NRHA 2P9PA 3UKUB 1ATRA 2P9IB 5CE3A 1WOQA 3R8EA 2HOEA 3DXKB 4IJAA 1NGDA 3WXJA 5AQUA 3WEEA 2CH5A 5AQMA 2YJEA 3VF6A 1GLDG 4EHTA 1JCGA 3CI5A 4CZMA 1C0FA 1HPMA 1V4TA 1SZ2A 4H0YB 4RCHA 2J4RA 2P9SA 4PKIA 4WQ5C 1NGHA 2FLOA 3I8BA 2AP1A 4AM7A 4DQ8A 1Z05A 3O5BA 4BRLA 3IMXA 5F2RA 2P9NA 1V4SA 2Q31A 4I6MA 3A0IX 4A61A 4A2AA 3DXMA 3JXUA 3RSEB 3ZX2A 2ASMA 4FWPA 2D0PA 4GY2B 4B1VA 3R6MA 5AQSA 1LCUA 2QWRA 4BREA 1QHAA 3IUCA 4BRQA 2BUPA 3VERA 1HKBA 1KAYA 5EY4A 2AA4A 5BPLA 3WQUA 2A42A 3M3ZA 4XH4A 3L6QA 4BVPA 4BR5A 3WT0A 3KHYA 1D4XA 4Y0WA 3LDOA 2ZF5O 2A40A 2OANA 3QDKA 3FR0A 1QZ6A 1HUXA 3KZBA 3M6GA 3GE1A 4BRHA 3P4IA 4H0VB 4L3QA 2GUPA 3ULEB 4CBUA 2Q36A 4MO4A 3BF1A 3WXIA 5AQLA 1IG8A 4FSVA 3QBWA 4KBOA 1YXQA 5AQRA 3A5OC 3CQYA 2E2NA 4EIAA 3O6WA 2A41A 4K41A 4FWNA 2NZTA 3VEZA 2FSNA 2P9PB 2E2PA 3VEVA 4DB3A 5KQ8A 3TU5A 3UE5A 3VEXA 2E2QA 1Q18A 1IJJA 3AARA 3M1FA 3WEEB 5AZJA 4BRKA 3MN9A 4H5TA 3UKRA 1GLJO 2YHXA 5JICA 3O80A 3H45C 3O08A 1YVNA 1K8KB 5BR9A 2ZWHA 3MK6A 4XEIA 5AQKA 3ZETA 4CZLA 5EX5A 2P9SB 3VPZA 4EHUA 1J6ZA 4M63C 4PL7A 2WUSA 1GLEG 1S3XA 2HMPA 5KPZA 3GOIA 2E20A 1NGBA 3FZKA 4FWQA 1ZXOA 2P9NB 3A8YA 1BDGA 4AM6A 3B8AX 2CGKA 4QS9A 2UYTA 3DXMB 3EKUA 4CI6A 3BUZB 3QBXA 1MWMA 4H03B 5E84A 1DKGD 5JLFA 2P9KA 3FZMA 2GTDA 3VENA 4WQ4A 1NWKA 2ZGYA 4FWRA 3BP8A 5JLHA 3VETA 5ELZA 3FZHA 3ZEUB 3VEYA 4MLEA 1BG3A 1S22A 1BU6O 4RWTA 2HF3A 2PAVA 3CJAA 1GLFO 3D2FA 3L4IA 5AQIA 3QFUA 4YDUA 1TYQB 5AQOA 2Q97A 3D2EA 3VGMA 4FWOA 1ESVA 4IXCA 2QWNA 1HLUA 3AY9A 2E8AA 5BRFA 1R59O 3S41A 3AAQA 3MMVA 2Q1NA 3EZWA 5AR0A 3BF3A 1ATSA 3QB0A 4C23A 4WYBA 3FGUA 3CQXA 2V7ZA 4BC4A 3CERA 3LDPA 3LDQA 4CBXA 2YHYA 5B8HA 1NGJA 5TKYA 1NGEA 2W41A 2D1KA 4A2BA 2V52B 1H1VA 4BRFA 3G25A 5EXWA 2P9LA 3LM9A 4BC3A 4BRNA 4CD1A 4EAHD 5AQFA 4BR2A 3UKRB 2HF4A 4JHDA 2I7PA 3VF4A 4EFHA 3CIPA 3WQTA 4JD2B 4CZGA 1U2VA 3HI0A 3C7NA 1U6ZA 2QM1A 2ZGZA 1C0GA 3HSCA 1YUWA 4BR7A 1BUPA 2Q2RA 3D7EO 4BRGA 2F9TA 4HWIA 2IIRA 2P9UA 1NGFA 3L0QA 2EWSA 2ASPA 3HZ6A 4H0XB 1KXPA 5AQNA 2VWBA 3H1QA 1HKGA 3SK3A 1GLBG 1HKCA 4BG8A 3F9MA 1KAZA 4H0PA 5KPTA 3DXKA 1YAGA 5FPDA 2CGLA 3H1VX 3O8MA 4CZHA 5LJWA 2P9KB 3HTVA 5AQHA 2GWKA 2NLXA 5AQQA 4CZEA 4FWSA 5AQXA 1GLCG 2YJFA 4O5FA 4J8FA 2GELA 4B1UB 4H0OA 2PBDA 1MWKA 3QFPA 3O1BA 4HTLA 4BR9A 3D2EB 1NM1A 2H3GX 3BEXA 3ZX0A 1XQSC 2A3ZA 3FE1A 3MN6A 4O8KA 3WXLA 4JNEA 4XH5A 5BPNA 2CH6A 2CGJA 3DWLA 3CJ7A 2FXUA 3RSEA 3EKSA 5AZIA 3SLCA 3HBTA 2KHOA 4B1XB 4IO8A 4WQ4C 3TPQA 1JCFA 1NBWA 5BRHA 2Q0RA 4I6MB 4QS8A 3LM2A 3DAWA 4JN4A 2FSKA 2FSJA 4QS7A 1DGKN 1NGGA 2D0OA 1QQMA 4BR0A 3KVGA 1BA0A 1T6CA 5AQTA 3SMPA 5BPMA 3JS6A 2IVNA 3U4LA 1SAZA 2W40A 1EQYA 1U2VB 4BG9A 3C7NB 5F1XA 3VESA 1NLVA 3EN9A 4BRIA 3LDLA 4H0TB 1RDWX 3GG4A 5BN8A 5BRDA 3CJ9A 3FZLA 4MLHA 3ULEA 4BC2A 4BC5A 4PL8A 2ASOA 3A5NC 4A62A 4FWKA 4B9QA 3C0BA 3FLCO 1X9JA 2P9UB 4M7YA 2QWLA 5F0XA 4FOIA 4LC9B 3QICA 2VYPA 3ID8A 4BVOA 1CZAN 2YCHA 4K42A 4H5VA 3EO3A 2DPNA 3VEOA 2V51B 3J8AA 5EVZA 3QMLA 5LY3A 2QXLA 3LL3A 2F9WA 4BR4A 1K8KA 2Q0UA 2QW9A 3ENHA 4H5NA 4MO5A 1QZ5A 4IJNA 2IVOA 5BREA 2FF3B 1BWFO 2I7NA 5I9EB 3CJBA 4PKHA 3VOVA 5AQYA 5AZJB 2YHWA 3IDHA 2E1ZA 1LOTB 3A5MC 4E1JA 4FPAA 4Z94A 3ZETB 5BN9A 3MDQA 5E26A 5KPRA 3R9PA 3I33A 3MN5A 4NB4A 2YI1A 5AQJA 4JAXA 3CJCA 3W3DA 4BRCA 4CZFA 4WQ5A 5AZIB 1HX1A 4CD3A 5FPNA 3OHRA 3VEWA 3GDQA 1KAXA 1GLAG 3LDNA 4BGBA 4BQLA 3H3NO 3ATVA 3U8XA 1NGAA 1NMDA 4IZ9A 4B1WB 3GL1A 1ZBSA 3GBTA 4DCHA 5AFUA 4F9OA 3UKUA 4BRDA 3AAPA 3ZEUA 1WUAA 2P9IA 5LJVA 2VCPA 4GNIA 1E4GT 3SJHA 1QQNA 4BRAA 4B1YB 3EL2A 4NO7A 3UB5A 1P8ZA 5AQPA 1TYQA 3H46O 1T6DA 5AQVA 4FWLA 3W0LA 1DEJA 4BROA 2GWJA 3ZX3A 1RGIA 4K43A 3CHWA 4FPBA 4IWVA 3D2FB 4FWMA 1XC3A 4CBWA 4XH1A 4H5RA 1X3NA 3O4WA 3DJCA 1SQKA 3SMSA 4BQZA 4BGAA 5ADXA 2V7YA 3O1WA 2E2OA 3ATUA 4ISFA 3H3OB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JWLA 4FYDA 4JKAA 3LZJA 4J2DA 1Z6RA 4IDKA 3PIOL 2D4WA 4IFVA 5CR4A 4BRPA 4DQQA 3G4SN 2GEMA 1L3SA 2GV9A 5FDLA 3J7AP 2HB5A 1XUPO 1NGIA 4DSKA 4IOCL 1TKDA 4LF5K 1OH5A 3HM8A 4H5WA 4DUYK 2E88A 2QWPA 2A5XA 5FPMA 1ZC6A 2P1JA 4FM1A 1X9SA 5J2MA 3HXMA 3T69A 1LAVA 4FO0A 3QERA 1UOCA 1MA9B 4OKEA 3CETA 1VSDA 2NUBA 5ADXH 1DTTA 4DR2K 1HQEA 4IG3A 3U9DA 2YX6A 4FL9A 4ISEA 5AQGA 3OYJA 2F8SA 3C6HA 4WCEL 1JL1A 4DTJA 1X9WA 1QQOA 3IFRA 2E1YA 2O8CA 2ITMA 5KQDA 4C8OA 4F4KA 3NGYA 3OYNA 1ATRA 3CCEN 4Z4FA 4J2EA 5CE3A 1WOQA 4KHPK 2HNZA 2RKIA 3WXJA 4AILC 3WEEA 1TKTA 1W2BM 3ZLJA 4OX9K 3L3VA 1RDBA 2ZE2A 3AVKA 1DT9A 3CFOA 4PKIA 2FLOA 3L4QA 4K8XA 4KI6A 4CJTA 4JKBA 4AM7A 4DQ8A 3O5BA 1EKEA 3VTHA 4B3OA 4CHNA 2Q31A 3A0IX 4A61A 3DXMA 2W00A 1KTQA 2D0PA 4GY2B 3MEEA 4OLBA 5DK5A 1RT5A 1EP4A 4BREA 1QHAA 5HLFA 3I8DA 1BCOA 3VQ9A 3V9XA 5BPLA 2NRXA 3WQUA 2A42A 3L6QA 3SPYA 3DLEA 4BR5A 4CERA 4CGDA 1L3UA 3D45A 4E0DA 3KHYA 4KPYA 1D4XA 4Y0WA 4M3WA 3LDOA 2OANA 3SAHA 4CK2A 1WAFA 1Z25A 4BRHA 3HPHA 3KLIA 3TTCA 3PX4A 5IT9O 3P5JA 1S1UA 1S1XA 5FRMA 1U45A 4N41A 2O8BB 5CZ2A 2YNHA 4FCYA 1BQNA 2JGUA 4JI2K 3TI0A 5J2PA 1VRUA 3A5OC 1ASWA 1NKBA 1KC8O 2HHTA 3KTQA 4H8KA 2A41A 3VEVA 4FWNA 3VEZA 1SUQA 2FSNA 4DB3A 2E2PA 1YJ9N 4W5OA 3TU5A 3VEXA 3ZSWA 5GAGP 3AARA 3M1FA 3WEEB 4BRKA 4JI6K 2YHXA 5JICA 1XNRK 3O08A 1K8KB 5BR9A 2DTUA 2ZWHA 2UU9K 3MK6A 2OPPA 4ID5A 1ILYA 4CZLA 4JK7A 1RT4A 5J2NA 4R79A 4M63C 2QA4N 4GMJB 1CXUA 5KPZA 1HNVA 5SZTA 1RDCA 2C1GA 3TSPA 1TV6A 1FXXA 1W7AA 2AJQA 4AM6A 4F8RA 4JRQA 4YOVA 3OYDA 3DXMB 1TK5A 4DFKA 3QBXA 3MX5A 4H03B 1DKGD 3TSQA 2ZJQL 4I9LA 4WQ4A 4FLYA 4FJKA 5ELZA 1VHXA 3J81O 4CEBA 4FJ8A 2W42A 1SKSA 3G6EN 2HF3A 3L4IA 2ITGA 1C1CA 3O9RA 5AQOA 3D2EA 1G15A 1RTDA 2QI2A 3NH1A 4C8KA 1HLUA 2E8AA 1R59O 4JI8K 4FJ5A 3CCVN 1WB9A 3AAQA 5C12A 4DV0K 1YT3A 2XRIA 5AR0A 3BF3A 1XI1A 3TAQA 4FZZA 1N34K 1TK8A 5B8HA 1NGJA 2D1KA 4A2BA 2V52B 1H1VA 4CFCA 3MWPA 1U4BA 4BC3A 4CD1A 4FM2A 4EAHD 2G8VA 3T7ZA 5AQFA 2XY5A 3S3MA 4F3TA 2HF4A 4DV4K 4BWJA 4YOYA 2NRTA 1SV5A 3VF4A 4U7BA 3HI0A 2QM1A 1IKXA 3V1OA 4AHUA 1YUWA 3B6OA 4RW8A 5KGXA 4BR7A 4YFUA 4DUZK 4K8ZA 2EWSA 4WFNL 2Y1JA 4IFYA 5AQNA 3KLFA 2VWBA 1RT6A 5A2QO 4BDZA 4X66K 4BG8A 4DV5K 3DXKA 1YAGA 5FPDA 2XO7A 4I2QA 1IKYA 1K6YA 3AVMA 4YOUA 4BWMA 4CZEA 5M1FA 1D9FA 4FWSA 1RCHA 3VQBA 3A2FA 2YJFA 3DLRA 2P51A 4HTUA 4B9NA 3L2QA 2XY7A 1NK7A 4YOXA 4J8FA 1HYSA 3ALYA 4KHWA 1RT1A 4CJPA 3QFPA 3ISNC 4YOWA 4ILJA 3SYZA 3QEVA 4BR9A 3D2EB 4DQPA 2HVIA 1RT2A 3ZX0A 3FE1A 3MN6A 3WXLA 2WC9A 2X6NA 3K58A 4NCAA 2KZMA 2CH6A 4CJVA 3OYCA 1Q82O 2YV0X 4YHHK 4DU3A 1O13A 3SLCA 3HBTA 4BACA 1HJRA 3IS9A 1Q81O 3PO5A 3KK2A 1JXEA 3ID6A 3TPQA 2OPSA 3EZ5A 1NBWA 3VQDA 3LM2A 4LFCK 2FSKA 3THWA 2FBYA 3CFRA 1QQMA 3V4IA 4CW7B 4CF2A 4JEPA 4A59A 1L5UA 2BE2A 3UIQA 3R1XA 1EQYA 4OPHA 2I5JA 5F1XA 3VMFB 1SKWA 1QHTA 5J1EA 4W5TA 1HNIA 4BRIA 1RDWX 4AH9A 3FZLA 4FZXC 3ULEA 4BC2A 5GAHP 1C1AA 4FK4A 1X9JA 3VN5A 2PY5A 3ID8A 1KFDA 2PYLA 3EO3A 3DMJA 1TKZA 2V51B 1CZ9A 2YNGA 2OZMA 3BZCA 4DQIA 3LL3A 2WONA 1WAJA 5JS2A 2QW9A 4MO5A 1QZ5A 2IVOA 4DFJA 4PKHA 1U04A 3VOVA 2DFFA 5AQYA 5C15A 4DQSA 3SBTA 4DSJA 3HM9A 3E1YA 2Z1HA 1LWCA 3KK7A 4JKFA 4FPAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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