3DXMA

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0993548
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
414
structure length
399
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 130
structure length 399
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dxmA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxmA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxmA04
2PBDA 1IG8A 3TPQA 3VGMA 3O6WA 4MLEA 1MDUB 2Q1NA 3ATVA 3LDPA 1MWKA 1TUYA 3ENHA 1HKCA 4FWOA 3RSEA 1SQKA 1D4XA 3CJBA 3MCPA 2YJFA 4JHDA 2A41A 3DXMA 2V7ZA 5JLHA 4K25A 3DJCA 5AQLA 4IJNA 2YI1A 2YHYA 1U2VA 4FSVA 3UKRB 3UKUA 2CGJA 4Z94A 1YXQA 2F9WA 2D4WA 5AZIB 3FZLA 4K43A 1U6ZA 1ATNA 1T6CA 4BC5A 4BGAA 1JCEA 3H1VX 2Q0UA 3H46O 1NGJA 2VCPA 2QWQA 5BRHA 2GWJA 4CZHA 4DQ8A 2FXUA 3KZBA 1GLAG 3ZX0A 2ASPA 4BRCA 4EIAA 2I7NA 2J4RA 2YJEA 1OKJA 4KBOA 2BUPA 5AQRA 3VPZA 3H3NO 5AQKA 1GLCG 3AARA 3ENOA 1QQNA 3VOVA 3LDNA 4BRDA 2HF4A 1BO5O 5ELZA 1GLLO 2CGLA 4FWMA 1NGFA 3EN9A 4H5NA 4ISEA 5BRFA 4Y0WA 4AM6A 3CJ1A 3ULEB 5BPMA 2V7YA 3I8BA 4BGBA 1H1VA 2P9LA 1BA1A 3M3ZA 5EXWA 3A5OC 4FOEA 3SK3A 5KPZA 1KXPA 4CJ7A 3FR0A 4DB3A 4WQ5C 2CH6A 3A0IX 3O5BA 4BRIA 1BG3A 3GL1A 3R8EA 4BRGA 4FPAA 4CBUA 2P9UB 2Q2RA 3VEVA 2E2OA 3WXKA 3CI5A 3C7NB 3HBTA 4M7XA 4IWVA 5AFUA 1MA9B 4B1XB 1Z6RA 2GEMA 3UKRA 4HTLA 4L3QA 5FPMA 3VEYA 1QQMA 1HX1A 1MWMA 5AZIA 4PL7A 1V4SA 2PAVA 3ATUA 4A2BA 2CGKA 3WXJA 3WUHA 1HKBA 3QDKA 3ZEUB 4BR7A 1WUAA 1S22A 3R6MA 4FWPA 1HLUA 5AQZA 4QS9A 4CZFA 4CZEA 2ZF5O 1GLBG 2E20A 1C0GA 3EZWA 2FSJA 3SMPA 1HUXA 1NGCA 5AR0A 1KAXA 3VF2A 4JAXA 4BRFA 3A5MC 4CBXA 5BRDA 5ADXA 3WEEB 2Q36A 5KPTA 3LDLA 3S41A 4H03B 1NBWA 3UB5A 4BR5A 3BF3A 3B8AX 1K8KB 5BR9A 3GG4A 2IVPA 3CJCA 5AQXA 1SZ2A 2IIRA 3HI0A 5BPLA 1QZ6A 1CZAN 2Q0RA 4WQ4C 4IJAA 4MO5A 3L6QA 3FZHA 5AQIA 3VEWA 5AQTA 5JLFA 1SAZA 2VWBA 4H5WA 5AQMA 1RGIA 3A8YA 5BPNA 5B8HA 3D2FA 5KQDA 2QXLA 4FOIA 4CD1A 3AY9A 2NRHA 4BREA 2A3ZA 4GNIA 2P9UA 2OANA 2E2PA 4XH5A 4EAHD 3ZX3A 3C7NA 3A5NC 2GWKA 1HPMA 5LJWA 1BWFO 5AQUA 5EOYA 4H5TA 2W40A 1JCGA 5JMVA 4CZMA 3KHYA 2F9TA 2D0OA 3SMSA 5BN9A 2HOEA 3WXIA 3VERA 2QM1A 3M6GA 2P9KB 2E88A 1NGDA 3QFPA 4QS8A 1J6ZA 2YHXA 1NGHA 4H0YB 3ID8A 1RDWX 1NGBA 2QWLA 3QBXA 2A42A 1BU6O 1BUPA 3CJ7A 2E8AA 4IXCA 3BEXA 5LJVA 4QS7A 4BC4A 3LDQA 1XUPO 3WEEA 1R59O 4FWKA 3OHRA 4RCHA 4ISGA 3SLCA 3DXKB 2V52B 2YHWA 3LM9A 4PL8A 2ZWHA 1K8KA 4JN4A 5CE3A 4RTFD 4I6MB 1BOTO 1TUUA 3CERA 3U9DA 3HSCA 3J8AA 4CI6A 1X3MA 2NZTA 4FO0A 3DWLA 3MN6A 4CZIA 5FPDA 2P9PB 2QWRA 3ZETB 3CETA 1NMDA 2FF6A 3FE1A 3I33A 2IVNA 3U9ZA 2ASOA 4BQLA 4DCHA 5AQSA 4YDUA 4PKGA 2AP1A 3G25A 3MMVA 4BRQA 5KQ8A 1X3NA 2A5XA 3FZFA 3EO3A 4BR0A 4EHUA 4GY2B 4MLHA 1YAGA 1YVNA 5AQNA 3U8XA 3CJ9A 2VYPA 4B1UB 1ZXOA 3P4IA 2D1KA 4BRHA 4HWIA 2P9KA 2E2NA 3A5LC 2GELA 1DEJA 1BA0A 3CHWA 1NLVA 5BN8A 4JHDB 5EX5A 2GTDA 3R9PA 1NM1A 5EY4A 4H0VB 4WQ5A 3VEOA 4LC9B 1EQYA 4WYBA 2NLXA 3O08A 3DXKA 3VESA 3FFKB 4CZKA 3IUCA 5JICA 3WXLA 4A62A 2H3GX 3HM8A 4JD2B 3ZX2A 5AQVA 4FL9A 3L0QA 4H5RA 3AAQA 3IFRA 4BRNA 3BUZB 2P9PA 3ULEA 1GLEG 1ZC6A 3QB0A 1ATSA 1NGIA 2DPNA 3VEXA 3VF6A 1TYQB 4CZJA 3VEZA 3DAWA 3HZ6A 3MDQA 3WT0A 4M7YA 1YUWA 5LY3A 3LL3A 4K42A 2HF3A 3EL2A 4NB4A 3VENA 3FZMA 3AAPA 3VETA 4BRPA 2E2QA 1Z05A 3D2EB 2ZGZA 1GLDG 3O1WA 2FF3B 3D7EO 4FWNA 5I9EB 2EWSA 3IMXA 4XH4A 3WQTA 3ZEUA 4WQ4A 1V4TA 2HMPA 3GDQA 4H0OA 3VGKA 4BVPA 4E1JA 2Q31A 2GUPA 4BR4A 2AA4A 4BC3A 1X9JA 4FPBA 4H0TB 2FLOA 4XEIA 4B1ZA 1Q18A 5E84A 3VGLA 3O4WA 3BP8A 1E4FT 3O80A 2BTFA 3GOIA 3JXUA 4FWSA 4M63C 3BF1A 4AM7A 3MN5A 4IO8A 1ATRA 3W0LA 4BG9A 1NGEA 1LOTB 4PKHA 2A40A 4JD2A 2QWMA 3MN9A 3LM2A 4RWTA 5AQHA 3EKUA 2P9IB 1WOQA 3H45C 3MK6A 5AFUH 1P8ZA 3QBWA 4YDUC 1KAZA 1BDGA 5AZJB 3O8MA 1JCFA 2UYTA 5BREA 3O1BA 2I7PA 1NGAA 3FGUA 3HTVA 3QFUA 5AQOA 4CD3A 4ISFA 4PKIA 1QHAA 3F9MA 4O8KA 1T6DA 4CZLA 1IJJA 1XC3A 1TYQA 4IZ9A 4A2AA 4DHYA 3VF4A 5F0XA 1GLFO 2ZGYA 4H5VA 4EFHA 4BVOA 2QW9A 4EHTA 4H0XB 1LCUA 1DKGD 3C0BA 3H6EA 3WQUA 5EVZA 3H3OB 5KPRA 5E26A 1HJOA 1NGGA 1C0FA 2P9SB 3SJHA 2ITMA 4FWRA 3EKSA 3D2EA 3KVGA 4B1VA 2P9NB 5ADXH 1DGKN 5FPEA 4B1WB 2ASMA 3L4IA 3D2FB 4J8FA 1NWKA 4H0PA 2QWOA 4JNEA 4BR9A 5AQPA 1HKGA 2CH5A 4CBWA 3RSEB 3UE5A 5F1XA 2QWPA 2D0PA 3DXMB 3QMLA 2V51B 1RFQA 1G99A 2WUSA 4BG8A 5TKYA 2W41A 1U2VB 3W3DA 1KAYA 3GE1A 3JS6A 4FWQA 3UKUB 3CJAA 2E1ZA 4BRAA 1S3XA 3CQXA 1ESVA 5FPNA 5AQWA 1ZBSA 4BC2A 2IVOA 4I6MA 4BRKA 2E1YA 5F2RA 1E4GT 3LDOA 3H1QA 2P9IA 4NO7A 4K41A 5AQQA 2A6AA 4B9QA 4BRLA 4B1YB 4A61A 5AZJA 3ZETA 5AQJA 2QWNA 3CIPA 3MN7A 5AQYA 4MO4A 4C23A 2YCHA 2Q97A 4CZGA 4BQZA 3QICA 3CQYA 4BR2A 4FWLA 2FSKA 4F9OA 3GBTA 1T44A 1QQOA 2P9SA 2KHOA 3FLCO 5AQFA 3IDHA 3U4LA 1GLJO 1XQSC 5AQGA 2FSNA 4BRMA 2P9NA 3TU5A 3FZKA 3M1FA 4BROA 1QZ5A 1Y64A 4XH1A 2P9LB 4O5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5TA 4CGIA 2Q1NA 4F2RA 3LAMA 3LDPA 3ENHA 1SL0A 1SQKA 2D0AA 3AVLA 3THXA 3VQDA 3CJBA 3MCPA 3DXMA 2V7ZA 4K25A 4IJNA 4FCYA 4JI4K 4CERA 2YI1A 1KLMA 4GV3A 1S1VA 4FSVA 4FM1A 3UKUA 1NK0A 4M3YA 1YVUA 2F9WA 2D4WA 1S6PA 2HW3A 1T6CA 1O13A 3QINA 4RW8A 1VAZA 2Z1GA 4OKEA 4OPKA 2GWJA 1VK0A 2FXUA 3KZBA 1GLAG 1EWRA 2BUPA 1RT5A 1C0MA 1GLCG 4B08A 4DG1A 3ENOA 3D0PA 3NCIA 2YV0X 2CGLA 3EN9A 1QSSA 5BRFA 4Y0WA 4N47A 1N36K 3BY5A 3L2VA 3PSIA 4BGBA 2P9LA 4FOEA 1Q9YA 4OKJA 4CHYA 4FVMA 1WAJA 2BE2A 3SAGA 4CBUA 3B6PA 3VEVA 3CI5A 3C7NB 2G8KA 4QAGA 5TKWA 2XRIA 3P83D 1QQMA 1U49A 1HQUA 3OYDA 5AZIA 2F4VK 4PL7A 1V4SA 2NRZA 2JWKA 4RW9A 4A2BA 1JLAA 5DM6L 3MXMA 1Z26A 3QESA 1S22A 4OGCA 1HLUA 4CZFA 3QEXA 3VMFB 2D0CA 4FLTA 1OH8A 1ZBHA 4JS5A 4N76A 3V6DA 4RW7A 4AF1A 4DR1K 3SMPA 1ZBFA 3VF2A 3A5MC 5BRDA 1TKXA 1Q86O 4RW4A 1QS4A 2O8DA 4BR5A 3DLLL 3VQAA 3K9KA 3MCAB 1N6QA 1K8KB 5BR9A 3GG4A 4LF5K 1UA1A 2IIRA 1QZ6A 4FJKA 1S1TA 4MO5A 3QEIA 4KHPK 4JV5K 4JYAK 4CJEA 3CCEN 2RE2A 4BE0A 5B8HA 1T03A 4FOIA 1ITGA 2HSTA 3AY9A 4IFEA 2F8SA 1JL1A 2HBJA 4BREA 2P9UA 4CESA 1CLQA 5LJWA 2HVIA 5AQUA 4H5TA 5SZTA 4DTSA 1JCGA 3NH1A 2OZSA 3TI0A 2QXFA 1TAUA 3SAHA 3ZSQA 4Y1CA 1NK8A 4DV7K 4DFJA 1NGHA 2QWLA 4BACA 2A42A 1BU6O 3CG7A 4ELTA 1BUPA 1HYZA 1NOZA 3C65A 4IXCA 4QS7A 4IG3A 2LSNA 3WEEA 1R59O 5A2QO 2IGIA 3THWA 4HUEA 1KVBA 2YHWA 4EP4A 3OVNA 2ZWHA 3AGKA 2W42A 4DR5K 4IOXA 4LF7K 3CERA 1WNSA 3J8AA 4CI6A 1X3MA 4O8UA 4FO0A 3DWLA 4CF0A 2NRTA 1VQ4N 1ZBIA 1NK5A 3O9TA 4W5OA 4JKFA 3LALA 3FE1A 4JKGB 1IBLK 2GUIA 1NK9A 4IBNA 4FLVA 4DTXA 1IKYA 1HNVA 3ALYA 2EHGA 3G25A 3MMVA 4BRQA 3O4NA 1X3NA 3SBGA 1KQSM 4Z4HA 2FC0A 3DRSA 1XC9A 3KD1E 1DLOA 2PFUA 4BDZA 2P5GA 4XJXA 2OYQA 2VYPA 3ID6A 3KK2A 2GV9A 2E2NA 2E5LK 1BIUA 3N4QA 3S3MA 1DEJA 3CHWA 4CK3A 3V1OA 4YHHK 2GTDA 1NM1A 1T3VA 1NMNA 3NHGA 1EP4A 5DMRA 4H0VB 1J53A 4WYBA 5GAGP 4DR2K 4YORA 3O08A 3VESA 3FFKB 3AVJA 1HPZA 1YT3A 3KIOA 2O4IA 2H3GX 3H08A 4DU1A 4FL9A 1LAVA 2DTUA 5HLFA 3WNHA 1A5WA 4CEDA 3L2QA 3NMUA 4PY5A 3ZSYA 4BRNA 2ETJA 2O8FB 4DTUA 3ULEA 1GLEG 4IOCL 4CHQA 1JLCA 3SPZA 3EE8A 4UY8O 4HUGA 3PIPL 3VF6A 4NCBA 4KTZA 4E0DA 3DAWA 4FLZA 4ZHRA 3SUQA 5J2QA 2QTDA 1BQNA 1QVGM 4NB4A 3FZMA 1N32K 3IG1A 4FJLA 1Z05A 1KTQA 3I0SA 4KFBA 2ZGZA 3DLRA 4LF8K 1U04A 1RT4A 4CJQA 3L3VA 4JKEA 3WQTA 3ZEUA 4JK9A 2HMPA 4CVNE 4I9QA 3TAQA 3ENBA 1WSIA 2Y1JA 4YNQA 4PQUA 5T7BA 1D8YA 4FPBA 5FROA 2FLOA 4M3UA 3O4WA 3OS1A 1QQCA 2DY4A 3V81A 1HYVA 5KI6A 4IO8A 4UQGA 1K73O 1LOTB 2O4GA 3HPOA 2X6SA 4PKHA 2A40A 3MN9A 3LM2A 4RWTA 3HPGA 2O8EB 1RT7A 3H45C 3P38A 1WB9A 3QBWA 1BDGA 4YOWA 5BREA 3O1BA 2HB5A 2WBNA 4CD3A 1UWBA 3J80O 2JWLA 1LV5A 4A2AA 1CXUA 3THVA 2O8DB 3CFRA 3TAFA 3VQ5A 2HHQA 2HHWA 4KHYA 2XY8A 1D9DA 1LAWA 2X74A 4BVOA 2G8WA 4ZTJA 4EHTA 4H0XB 1LCUA 4NCGA 3ZYYX 3C6TA 3SQ0A 3WQUA 3D6RA 5KPRA 3SJHA 2ITMA 3D2EA 1BGXT 1CXQA 4RW6A 1OH5A 1XNQK 4B3SK 2X78A 4Q5VA 4B1WB 5J2NA 2VWKA 3CC4N 3CMEN 4J8FA 4IFVA 2QWOA 2HVHA 4BR9A 5AQPA 3AA2A 4CEZA 1HKGA 1RBSA 3RSEB 1WSGA 3AV9A 4BDPA 1G99A 2WUSA 4FK2A 1N34K 3HM9A 5LL6Z 4CEBA 3K58A 1C1CA 3JS6A 4XIUA 1J5OA 5HRRA 2OPSA 1S3XA 3CQXA 5FPNA 3SYZA 1YTAA 1C1BA 5AQWA 4LD0A 4I6MA 3J81O 3OW2M 4FW1A 1E4GT 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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