3DXMB

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0993548
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
196
structure length
196
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 51
structure length 196
sequence length 196
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxmB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxmB02
4FPBA 2OANA 1SQKA 3O6WA 2VCPA 1H1VA 4BG9A 5AQWA 3R9PA 4BRAA 4BC5A 1X3NA 4QS7A 3FGUA 1GLJO 3D2EB 4IJNA 3W3DA 1ATSA 4EHTA 2YHXA 3H1QA 3LDQA 3BF3A 1DKGD 4A2AA 3UKRB 1E4FT 2IVPA 4FSVA 2YI1A 4BVOA 3VERA 4EAHD 3H3OB 2P9PA 4CBWA 3MCPA 4PKGA 2ZGYA 3WT0A 1X3MA 5EOYA 4K43A 3BEXA 3J8AA 4DQ8A 3C7NB 1NLVA 5FPNA 3VGMA 3QFUA 2DPNA 3EN9A 4H5NA 4BRQA 4YDUC 4XH4A 3JS6A 2YCHA 4CD1A 1HUXA 5ELZA 3RSEA 1HKGA 3WQUA 4CZFA 3GBTA 1J6ZA 5ADXH 5AZIA 3KHYA 3CHWA 4H0PA 4JNEA 2P9IA 2YHYA 3OHRA 5AQLA 1K8KA 1MWMA 4K42A 3A5LC 1GLFO 1QZ5A 5B8HA 2QWOA 1HKBA 2NLXA 3HTVA 4M7XA 2P9SA 4ISGA 1U2VA 2ZWHA 1HKCA 2ASOA 4JN4A 3O08A 3VGLA 2A3ZA 3SK3A 4IZ9A 4WYBA 2AP1A 5E84A 5FPEA 1QQOA 3H1VX 4NB4A 3A8YA 3M1FA 5KPRA 3A5MC 4JAXA 2P9LA 1P8ZA 2QXLA 3D2FA 3ZX3A 1MDUB 3MN7A 4H0VB 2WUSA 2FF6A 3M3ZA 3ZX2A 3QB0A 2P9KB 3U4LA 3CQYA 4PKHA 2ASMA 5AQOA 5AQYA 4BRPA 2E88A 3MN9A 1NWKA 4IXCA 3QMLA 4KBOA 4BRKA 3CJ7A 1Y64A 4DCHA 5I9EB 4BR2A 5EY4A 2V51B 2FF3B 3O1WA 4RCHA 2CGKA 1S3XA 2E2PA 3O1BA 3GDQA 4GY2B 1ATRA 1BO5O 1NGFA 1HLUA 4XH5A 5JLHA 3GOIA 3C0BA 4FWSA 3WXJA 4IO8A 1LCUA 1QQNA 1RGIA 3VGKA 3TU5A 3I33A 3WEEA 3ZX0A 4O5FA 1YVNA 4FWQA 2D0PA 4A61A 2Q2RA 4BREA 4M63C 4EFHA 1EQYA 4H0YB 4B1UB 5AZJB 3MK6A 4Z94A 3CJ1A 2A5XA 4PKIA 1RDWX 3UE5A 4JHDA 4JD2A 3VEVA 4BC3A 5BPNA 2J4RA 4L3QA 2A6AA 1NGHA 4H5VA 3IDHA 1RFQA 2BTFA 3L0QA 4H0XB 4AM7A 3ULEA 4PL7A 1U6ZA 1C0FA 5BR9A 3O4WA 4ISEA 4FPAA 4BQZA 1ZC6A 1TYQB 4BC2A 5F0XA 4CI6A 2IVNA 3DXMB 3HZ6A 5TKYA 4QS9A 4B1VA 1BA1A 5JICA 5AQFA 4LC9B 3EKUA 3CJAA 1GLLO 4BRCA 3ZETB 3VF4A 5KQDA 3HBTA 3M6GA 3WQTA 1X9JA 4RWTA 3AAPA 1DGKN 4YDUA 3S41A 2P9UB 4BVPA 1IG8A 5AQVA 2V7YA 1NGIA 3CJ9A 1YUWA 4ISFA 4J8FA 2PBDA 3IFRA 2ZGZA 3AY9A 4FWNA 4EHUA 3VEYA 5CE3A 4BGBA 1NGGA 2GWJA 3LDPA 3SMPA 4CZIA 4BG8A 2F9TA 2E1ZA 1KAYA 2YHWA 3VENA 5AQUA 2D4WA 3DAWA 5EVZA 3HSCA 1DEJA 2A41A 3QICA 2QWPA 4M7YA 4H5TA 4A62A 2P9KA 4MLEA 3FZHA 3F9MA 3U8XA 1Z05A 3H3NO 3HM8A 1T6DA 1NGEA 2QWLA 3B8AX 2I7PA 4BRGA 3R6MA 3ENHA 3CQXA 2QWRA 2V7ZA 4FWPA 2QW9A 1SZ2A 3CERA 4IWVA 4DHYA 1NGJA 4F9OA 1JCEA 4BR0A 1MWKA 3DXKA 2CGLA 3ZEUA 4CZGA 1GLBG 2IVOA 4BRHA 1G99A 4H5WA 1GLDG 3KZBA 4BRIA 2W40A 5FPMA 1BA0A 3FLCO 2UYTA 2P9PB 1SAZA 3EKSA 2FSNA 4FWLA 5AQMA 4IJAA 1C0GA 3QDKA 1V4SA 1BU6O 3QFPA 2P9NA 5AQTA 4CZHA 4QS8A 4BRLA 3VF6A 4XEIA 4RTFD 2F9WA 5BN8A 5KQ8A 3EL2A 3EZWA 2QWMA 3RSEB 1BG3A 3LDLA 2QM1A 4FL9A 5AZIB 3CI5A 3VF2A 4BR4A 3SMSA 2E1YA 4I6MA 2P9IB 5LY3A 2GUPA 1K8KB 4BC4A 2D1KA 3P4IA 4AM6A 1NBWA 3MN5A 2P9SB 5E26A 1U2VB 3R8EA 1GLAG 1ZXOA 3KVGA 4B1ZA 1HX1A 3D2EA 1IJJA 4B1YB 5BRHA 5AQHA 5AQKA 4Y0WA 2NRHA 3L4IA 1XC3A 3FFKB 4XH1A 1V4TA 2P9LB 3GL1A 3UKRA 1E4GT 2Q0UA 5LJWA 3FR0A 2HOEA 3D2FB 3CETA 2BUPA 1XUPO 3D7EO 5BREA 4NO7A 3C7NA 3IUCA 3A0IX 3O80A 5EXWA 3G25A 3FZMA 1D4XA 5BPLA 3CJCA 3FZKA 5AQPA 3VESA 3CJBA 4FOEA 5LJVA 2A42A 3BF1A 4MO5A 4CZLA 2EWSA 3A5NC 4FWKA 4BGAA 4MO4A 2FSKA 1NMDA 5AQJA 4BR7A 4WQ4C 4CBUA 4H03B 2GEMA 1Q18A 5JMVA 3MN6A 2AA4A 1MA9B 2FLOA 4BRDA 3H6EA 1BDGA 5AQSA 1JCGA 5EX5A 1ATNA 3ATVA 3WXIA 3O5BA 3DWLA 3GG4A 4CBXA 4E1JA 4O8KA 3WEEB 2E2QA 1HPMA 4MLHA 4B1WB 1WOQA 3BP8A 4FWMA 5AQRA 2GTDA 4C23A 3UB5A 4BR9A 2CH5A 2NZTA 1KAXA 3QBXA 3O8MA 4B1XB 3H46O 1R59O 1S22A 3ENOA 5AFUA 2I7NA 2Q31A 3JXUA 5ADXA 2CGJA 4FOIA 4JHDB 1XQSC 4JD2B 3VEWA 3UKUB 1BWFO 3AAQA 3GE1A 5KPZA 3ULEB 2Q97A 5F1XA 3VETA 4BROA 4CJ7A 3U9DA 2E20A 4BR5A 3A5OC 2PAVA 1NM1A 3W0LA 4DB3A 1TUYA 1YXQA 5AR0A 4EIAA 5AFUH 1BOTO 1TUUA 4H0TB 1JCFA 2HMPA 3FZLA 3LM2A 3MDQA 4B9QA 3WUHA 1QHAA 4BRMA 3QBWA 1WUAA 3IMXA 5JLFA 2E8AA 2H3GX 4CZEA 4H0OA 2YJEA 4BRFA 1NGAA 4HWIA 1YAGA 2VWBA 4H5RA 1KXPA 2CH6A 3WXKA 3L6QA 3LDOA 4CZKA 2QWNA 3WXLA 2YJFA 3LM9A 2Q0RA 5AZJA 3LL3A 3VEXA 3H45C 1NGDA 3VEZA 1HJOA 3ID8A 4FWOA 5AQXA 4CZMA 3SJHA 5KPTA 2A40A 2E2OA 3ATUA 2V52B 3I8BA 3FE1A 5BRFA 3FZFA 3TPQA 3MMVA 5BPMA 4GNIA 4PL8A 4FO0A 2QWQA 3EO3A 1TYQA 2GELA 3AARA 4A2BA 5F2RA 1NGCA 3DXMA 4K25A 1QZ6A 3DJCA 4K41A 1OKJA 3HI0A 5AQNA 2KHOA 4WQ5A 4FWRA 2HF3A 2Q36A 3DXKB 5AQGA 3ZEUB 3ZETA 1CZAN 2GWKA 1GLCG 5BRDA 1T44A 2P9UA 2IIRA 3U9ZA 2Q1NA 2W41A 2ASPA 4BRNA 1ESVA 2ZF5O 5AQIA 3BUZB 4WQ5C 1ZBSA 2D0OA 4WQ4A 4BQLA 1Z6RA 5BN9A 4HTLA 2P9NB 1GLEG 4CD3A 3SLCA 1KAZA 3VPZA 3UKUA 5FPDA 3VOVA 2E2NA 2HF4A 5AQZA 1BUPA 3VEOA 3LDNA 1T6CA 3CIPA 4CZJA 5AQQA 2FSJA 2VYPA 1NGBA 2FXUA 4I6MB 2ITMA 1LOTB 1QQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YF5L 4FPBA 1L3SA 3O6WA 4ILJA 1EO1A 1HNZK 3R9PA 4BC5A 4KI6A 4QS7A 4U67L 4DV3K 3D2EB 4IJNA 2OPSA 4AILC 2RE2A 4K8ZA 3SQ1A 3BF3A 3SJJA 1DKGD 2PFUA 3VERA 3WXMB 3H3OB 2P9PA 3NBPA 4CJSA 3EY1A 3BEXA 3KLEA 1HYVA 5I42A 3EN9A 3NH2A 4H5NA 5T7BA 2BDPA 4YDUC 4XH4A 3JS6A 3RMBA 3CCEN 3PIOL 4CFCA 1HUXA 3SAHA 3RSEA 4CZFA 3GBTA 3AVFA 3CC2N 5LMUK 3CHWA 4DR5K 5AQLA 1MWMA 3A5LC 2KQ2A 3E9PA 1YITN 1GLFO 4FLYA 3ZYYX 1HKBA 3HTVA 3ALYA 4HUEA 3VQ9A 4ISGA 3N4PA 5CY4A 4FM1A 1P90A 2ETJA 2VG5A 4WYBA 2AP1A 2O8CB 4OPKA 4CJEA 4J2EA 5KPRA 5FRNA 1N34K 1FJGK 4LF9K 3D2FA 3NFAA 2O8BA 3OYIA 2B5JA 2QI2A 3KLGA 1X9WA 1HR0K 3KKRA 4H0VB 1FKOA 3QB0A 4JS5A 4CJQA 3HJFA 2ASMA 3DI6A 5AQOA 4NCGA 5AQYA 1VQ6N 3HVRA 1OVQA 1SL1A 4IFEA 5M1KA 4DF8A 3MWTA 3CJ7A 4HHTA 5LL6Z 3O1WA 1T05A 3GDQA 3V6DA 1BO5O 1NGFA 1HLUA 2WFBA 2ZE2A 4XH5A 4FJ5A 4IO8A 1RGIA 1I3AA 2ATQA 3BY5A 5FDLA 1SL2A 3ZX0A 4DR4K 4FWQA 4BREA 2D0PA 3SUQA 3PX6A 4BDYA 1GOCA 5GIPA 3OVNA 3DLEA 5AZJB 3MK6A 4CECA 3MX5A 4JHDA 3VEVA 4ILGB 4FLZA 2J4RA 4BWJA 4H5VA 4CHNA 2YX6A 1BI4B 5BR9A 1C0FA 4FPAA 4BQZA 1ZC6A 1KLNA 5F0XA 1UOCA 2F4VK 3OS1A 3K5OA 3J7AP 2IC3A 2IGIA 3VQ4A 1OH7A 4JKCA 3P31A 1GLLO 4BRCA 2FC0A 1UAXA 5GAGP 4ID5A 4RWTA 3T1YK 3PLAA 1S1VA 1DGKN 5AQVA 3RVCA 4ISFA 2BANA 2PBDA 1JLEA 4HUFA 3OJSA 5DK5A 3AVAA 4KV8A 1NGGA 1HYZA 4BG8A 2F9TA 4CHZA 2HHVA 2D4WA 4A5AA 1NKEA 5HP1A 3HSCA 3C6TA 3OA9A 3L8BA 3VTHA 1DEJA 4AHRA 4CJRA 2QWPA 1A5WA 3SBGA 1RTDA 1N32K 2P9KA 3F9MA 4YOXA 2E6MA 3C6HA 1NGEA 2I7PA 3V9ZA 3LZJA 3CQXA 3G0ZA 1X1PA 3WNGA 3CERA 1NGJA 4M3RA 4BR0A 2CGLA 3ZEUA 4OPAA 2IVOA 3DLKA 3DRPA 4NXNK 3ZLJA 1XHZA 1FXXA 4CF2A 4OGCA 2UYTA 4Q5VA 4FM0A 2YNFA 5AQMA 3HSTB 4IJAA 3QDKA 1V4SA 4CF1A 4OKEA 1IBLK 3K9KA 1JL1A 3L3UA 1QQCA 1Z26A 3KLFA 4B3SK 4JV5K 2YKMA 3EZWA 2I5JA 1J9AA 3NF6A 4B8AB 3TAPA 5C2DA 1L3VA 5AZIB 4BR4A 3SMSA 3WNFA 4E19A 1N36K 5LY3A 4OPHA 4B08A 1K8KB 2W6KA 2HW3A 3KK2A 1NBWA 1O1WA 2A1SA 3V9SA 3SQ4A 2P1JA 3CD6N 4YOYA 1VQKN 3RR8A 4OVLA 2WONA 3DRSA 3ENBA 5CZ1A 5AQHA 5AQKA 3GL1A 2Q0UA 2HOEA 1NJWA 2VWKA 3PO5A 5J2NA 3HP6A 3LPUA 4K8XA 1JXEA 3D7EO 1ASUA 2G8HA 3C7NA 3HM9A 4B9VA 4BE2A 2E4LA 3A0IX 5KI6A 4CJUA 3MXIA 3OYCA 5EXWA 4JI6K 3AO3A 3CCJN 3BF1A 1VK0A 4X65K 4FJ7A 1QSYA 1VHXA 2UXBK 2B6AA 1NMDA 4BR7A 4DQQA 4CBUA 3THXA 2GEMA 1Q18A 3P5JA 1NK7A 4PHTX 2FLOA 4CIEA 1BDGA 1HNVA 1LAWA 5EX5A 3ATVA 3CM6A 3RWUA 3HL8A 1YT3A 1EWRA 4E1MA 1RDDA 4O8KA 4EP5A 2E2QA 4PY5A 4MLHA 1WLJA 4DV1K 1VQNN 3BP8A 3L2QA 1A5XA 3NF9A 4JK9A 4C23A 2O8DA 2CH5A 3O8MA 4DFKA 1M90O 2HBKA 3OYHA 4B3TK 1S22A 2ZM6K 1XHXA 4FOIA 4CJTA 4B9NA 1XQSC 4JD2B 3TAFA 1W7AA 3UIQA 4NYNA 4KKOA 4M3ZA 1Z25A 3T69A 3JSMA 4M3XA 3TWHA 1Q9YA 3OTOK 4E7JA 2Q97A 2FBYA 4G9ZA 4I2PA 2YNGA 1N33K 4IEEA 3A5OC 5BR8K 1WBBA 4J2AA 3QNNA 4JKBA 1HQUA 1YXQA 3VQ8A 1KVAA 4PQUA 3PUFA 1WSGA 1KTQA 4QCLA 4B9QA 5CYQA 4KAZA 1QHAA 4BY9C 1WUAA 1TKZA 4ID1A 3V1QA 2E8AA 3P83D 1HNXK 1YAGA 2CH6A 3LDOA 4Y1CA 4O55A 5TKWA 3T7ZA 4LSLA 1M1KO 4LF6K 4FLWA 4FVMA 3VEZA 3ID8A 5KPTA 5KTQA 3MEDA 3VQ6A 3I8BA 3FZFA 4BACA 1B9DA 1BISA 1UWBA 4A2BA 5F2RA 4OO1J 1EX4A 4B9UA 1OKJA 3HI0A 2KHOA 4FWRA 3DXKB 3ZSWA 5AQGA 1C1CA 2KFZA 1CZAN 1GLCG 5IT9O 1RTJA 4ILHA 1T8EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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