3DXMB

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0993548
Total Genus 51
2040608010012014016018001020304050
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
196
structure length
196
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTIV3 (175-178)S2 (164-167)TIV2 (170-173)S5 (180-182)S1 (156-159)TIV1 (160-163)S3 (169-170)S4 (173-174)AH1 (186-200)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 51
structure length 196
sequence length 196
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxmB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxmB02
3QICA 2VYPA 4XH4A 3AAPA 4BREA 5KQDA 5AFUA 3HSCA 3IMXA 4BC3A 4AM6A 1Y64A 3HBTA 2FXUA 2I7PA 5LY3A 3LDQA 4RCHA 3H3OB 4XH5A 4FO0A 1BOTO 5AQTA 1GLLO 4FWNA 3D2FB 4H5TA 4XH1A 3H3NO 3DWLA 5JLHA 2ZF5O 5BRHA 1HKCA 5JMVA 2CGLA 3LDOA 3S41A 1WOQA 3CJAA 2P9KB 4ISFA 2VWBA 4BGAA 3IDHA 3CJCA 3VETA 2V51B 3VEXA 2HMPA 3D7EO 3BP8A 3O1WA 3F9MA 3L6QA 2GEMA 5BRFA 2FSNA 5BPMA 4L3QA 4H0XB 5F0XA 2PBDA 3B8AX 3G25A 4YDUC 4FWQA 4I6MA 4BR4A 3FZLA 1S22A 4FWLA 1YXQA 3WUHA 4MO4A 3QB0A 3UKUA 4BR0A 2QWPA 4BRGA 1C0FA 4FWOA 1DKGD 3GL1A 4JHDB 3DXKB 2YHWA 3AARA 3LDNA 3R8EA 5EX5A 1HX1A 1X9JA 5I9EB 4WYBA 2QM1A 2CH5A 4E1JA 4CZGA 3SLCA 4CZIA 3AAQA 3FGUA 3GDQA 4H5NA 2QWOA 2E2QA 4Y0WA 2FF6A 3VENA 1E4FT 5EXWA 2AP1A 2ASOA 1MDUB 3O1BA 4FWMA 1HKGA 3WT0A 1JCEA 3ULEB 2ASMA 4CZKA 2GELA 3ATVA 4CZHA 1BO5O 2Q31A 2GWJA 3ZX3A 4H5RA 1BUPA 1NGCA 4FOIA 1OKJA 5AQSA 1YVNA 1BG3A 2A5XA 2E1YA 1ATNA 2W40A 3H6EA 4JD2B 1Z6RA 1ZXOA 4BVPA 4QS7A 4FPAA 2Q97A 4PKGA 5AQJA 3HM8A 3UKRB 5EY4A 5ADXH 3D2EB 3ID8A 3P4IA 3GG4A 1ESVA 1S3XA 3M3ZA 2UYTA 2V7YA 5AQIA 5AQHA 3GBTA 2OANA 3R9PA 3VEYA 3VESA 2YHXA 4QS8A 4BRIA 1ZC6A 3H1QA 1BU6O 3A8YA 4BR5A 3WXLA 4H0YB 4HTLA 1TUYA 3C7NB 3UE5A 4CZFA 4IZ9A 5AQPA 5LJVA 4BVOA 1NGDA 1NGJA 3EL2A 2CGKA 1BWFO 4KBOA 2Q2RA 3KHYA 3FFKB 4IO8A 3MDQA 5AQVA 4BROA 3DXMB 3OHRA 2Q0UA 4C23A 2FLOA 1CZAN 1XUPO 4CZLA 3QFPA 5E84A 1U2VB 1RFQA 3M6GA 4FPBA 1TUUA 4GY2B 3C0BA 1ATRA 3ZX2A 4ISGA 1WUAA 1KXPA 4JHDA 3M1FA 1T44A 4BC4A 2V52B 3WEEB 2BTFA 2Q0RA 2D0PA 1KAZA 3CJ1A 2P9PB 2I7NA 3CERA 4BRQA 3FLCO 1TYQA 5AQYA 4B1ZA 5KPRA 1K8KB 4BGBA 4H5WA 3EZWA 2ZGYA 3VF6A 1NGAA 4BRPA 3R6MA 2YJFA 5ELZA 4BC5A 3LM9A 5TKYA 5BN8A 2P9UA 4BR7A 2E2OA 3EN9A 2HOEA 3O08A 1NGBA 3H1VX 4BG9A 4M7XA 2QWLA 2E20A 4A2AA 5AQUA 1NBWA 3MCPA 2QWQA 3JS6A 2F9WA 3O6WA 3CJ7A 2NLXA 5AQGA 4BRHA 5F2RA 3VGKA 2GWKA 4BG8A 2HF4A 2P9SA 4CD3A 1G99A 4K25A 2DPNA 4NO7A 3L4IA 1ATSA 4JD2A 3WXJA 3DAWA 3HTVA 5E26A 4B1WB 1GLBG 2NRHA 4BRDA 2H3GX 3UKRA 3EKSA 4A62A 3A5MC 3D2EA 5AFUH 3MN7A 2PAVA 1IJJA 3ZETA 4RWTA 1NMDA 1DGKN 2P9LA 5AQQA 4CI6A 1HKBA 3GOIA 3SK3A 3I8BA 5ADXA 3FZHA 5AQMA 2EWSA 1HLUA 1NM1A 5AQXA 5AQWA 2CH6A 4EIAA 4CJ7A 1RDWX 3ENOA 3QBXA 3O4WA 3H46O 3SMPA 3EKUA 3HI0A 1Q18A 3MN9A 4CZMA 2A3ZA 3W0LA 2WUSA 3MN5A 3BEXA 5AQFA 3MK6A 5F1XA 4AM7A 3RSEB 2IIRA 1DEJA 1GLCG 3VERA 5LJWA 1IG8A 1LOTB 2E2NA 3J8AA 4BRMA 5KPTA 1QQOA 4B1XB 1SAZA 2Q36A 3LDLA 4GNIA 5AQLA 3WEEA 5CE3A 4YDUA 5AZIB 1EQYA 3WXIA 3D2FA 4PL7A 1P8ZA 1QQMA 2A41A 2E2PA 1X3MA 2YCHA 3QBWA 4FWKA 3U9DA 1KAYA 4CBWA 2P9KA 1GLFO 1GLDG 4I6MB 3H45C 4H5VA 2IVOA 3VEWA 3MMVA 4IWVA 3CJBA 2VCPA 1HUXA 1BA0A 1GLEG 2P9IB 4H03B 4O5FA 2ZGZA 4B1YB 1NWKA 1NLVA 1U6ZA 1NGEA 4RTFD 3W3DA 3WXKA 2D1KA 3TPQA 1GLJO 3VPZA 3FR0A 4B9QA 5BPLA 4IXCA 3CIPA 1GLAG 2W41A 4PKHA 3QDKA 1V4TA 4WQ4C 3LM2A 3WQTA 5EOYA 3VF2A 3JXUA 1RGIA 4B1VA 3U8XA 4K42A 2FSJA 3ATUA 3DXKA 1JCGA 3EO3A 2A42A 2ASPA 4XEIA 3VGLA 4IJAA 4M7YA 5BR9A 1T6CA 5BRDA 4M63C 4MLHA 4DCHA 4JAXA 5KQ8A 3A5LC 3CQXA 5AZJB 5KPZA 1E4GT 2ITMA 3CETA 4BRAA 2J4RA 4J8FA 4MLEA 5JICA 4CD1A 3L0QA 4FL9A 2A40A 2NZTA 2QWNA 4O8KA 5JLFA 2P9NB 3ULEA 3KZBA 3FZFA 3A0IX 1QQNA 1NGGA 5AR0A 3QFUA 3DJCA 3RSEA 4K43A 2F9TA 4ISEA 4EAHD 2FSKA 2KHOA 2YHYA 3FE1A 5EVZA 3I33A 2CGJA 5AZIA 3U4LA 4H0VB 3VEOA 4PKIA 2QW9A 2V7ZA 4WQ4A 4A2BA 1T6DA 4BQZA 1QZ5A 3TU5A 4FWSA 4Z94A 4FWRA 1BA1A 1NGHA 3CHWA 1ZBSA 1XQSC 3FZMA 3IFRA 3ZEUB 5AQNA 3KVGA 3C7NA 2QWRA 3IUCA 2FF3B 4EHTA 1QZ6A 4BR2A 2IVPA 2P9IA 4LC9B 5BREA 4EFHA 5AQKA 1YUWA 4A61A 2BUPA 4K41A 2Q1NA 1C0GA 3VEVA 1J6ZA 3GE1A 3DXMA 4WQ5C 1MA9B 2E8AA 3A5NC 5FPMA 1TYQB 3QMLA 4FOEA 2E1ZA 5BN9A 3O80A 1U2VA 3LDPA 1XC3A 3BF3A 1QHAA 1MWMA 1YAGA 3O5BA 4NB4A 2P9PA 4CBXA 4EHUA 2E88A 1D4XA 3BF1A 2AA4A 4FSVA 2P9UB 4H0OA 1H1VA 4BRNA 3CI5A 1SQKA 2QWMA 3ZX0A 5AZJA 4IJNA 1K8KA 1NGIA 4BR9A 4DB3A 1MWKA 5B8HA 2QXLA 4JN4A 4BQLA 5AQRA 2D0OA 5FPNA 1X3NA 3VGMA 3SMSA 5AQZA 3CJ9A 2YI1A 3UKUB 4CBUA 2P9SB 4DHYA 1KAXA 2D4WA 2P9NA 3VOVA 3O8MA 3HZ6A 3CQYA 3U9ZA 2YJEA 4BRFA 3AY9A 5FPEA 4DQ8A 4JNEA 4PL8A 3BUZB 3ENHA 1Z05A 1NGFA 2HF3A 2GTDA 4H0PA 3UB5A 3ZETB 4QS9A 3LL3A 4BRLA 4F9OA 1JCFA 5AQOA 1R59O 2P9LB 4HWIA 3SJHA 3VF4A 1HJOA 4BRCA 4WQ5A 2IVNA 4MO5A 3MN6A 3WQUA 1SZ2A 4H0TB 5FPDA 2GUPA 4CZEA 1LCUA 2ZWHA 3VEZA 4FWPA 1BDGA 4B1UB 4CZJA 4BRKA 5BPNA 4BC2A 2A6AA 3A5OC 3FZKA 1V4SA 1HPMA 3ZEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J5OA 3KK3A 1NG9A 4BWJA 5KQDA 3HSCA 4AM6A 2WONA 2FXUA 3S3OA 1BIUA 1KVBA 3HP9A 1UA0A 4FO0A 1IG9A 2UUBK 1RT5A 3SQ0A 3IS9A 3MEEA 4XH1A 4JI5K 4AF1A 3DWLA 4HTUA 1YT3A 4CF9A 1K6YA 5JMVA 4OGEA 4Q0BA 4JKCA 4ISFA 4RW4A 4LF7K 2IAJA 4O44A 3VETA 2V51B 1VQ5N 3VEXA 4CGGA 1HNVA 4E1MA 2ZJQL 2F8SA 2HHQA 2RKIA 3BP8A 3PO4A 1REVA 2FBVA 3CPEA 1JXEA 1RBSA 3L2UA 1RT7A 4FLZA 4FWQA 4I6MA 4CJ5A 3WUHA 4FVUA 3C6HA 4KAZA 4KH4A 4DFJA 3OYBA 1Q86O 3SQ4A 4FWOA 3VQ5A 3K9KA 3NF7A 4B9MA 2QK9A 1X9JA 1TL1A 5I9EB 4A59A 3HJFA 3WNEA 4ELVA 2CH5A 3TAMA 4UY8O 1VHXA 4YOYA 2G8HA 3QEWA 4I9LA 3GDQA 2HSTA 2QWOA 4I7FA 5KGXA 2E2QA 2ASOA 2DFFA 3U3YA 3DLGA 3HO1A 3CMEN 3E9PA 1JCEA 4CZKA 3C6UA 1BO5O 1QHTA 3HP6A 3ZX3A 4H5RA 4DR3K 1NGCA 3L2WA 4DTMA 4FM0A 1BG3A 2VG5A 1ATNA 4CHPA 4FPAA 2XY5A 5JS1A 2BDPA 3MCAB 3TAEA 4DQRA 3CPWM 3NVKA 3ID8A 4FJ8A 1ESVA 4CJ3A 5KTQA 1E3MA 2V7YA 3ZSVA 3GBTA 5IWAK 1X9SA 1KQSM 2YHXA 3ZLJA 3PIPL 4HTLA 1TUYA 3C7NB 1YJ9N 4J2AA 4IZ9A 5AJ3K 1NGJA 1SL1A 1S5JA 1HNXK 5AQVA 4JK9A 3DRRA 3OHRA 4HUGA 4CE9A 5M1KA 4DU1A 3QFPA 5E84A 5C0YA 4FPBA 1NK4A 4GY2B 4K0KK 3ZX2A 3J7ZO 4Z4IA 3ZSWA 1ZBHA 4BC4A 2V52B 1W97L 2WFBA 4F2SA 1KAZA 4F8RA 4RG8A 4MDAA 5M1OA 4B1ZA 4ZTJA 1JLQA 1BCMA 2P1JA 3AVMA 1GOAA 3EZWA 1BIZA 1BI4A 3DI6A 3THYA 3LM9A 4LSNA 4M3RA 3VA0A 3I56N 1NK5A 3LZIA 2P9UA 3VTHA 5DM6L 1DLOA 3EN9A 2GX9A 3ZSQA 2GBZA 1NGBA 4JS4A 4BG9A 4M7XA 2W6LA 4A2AA 1HNWK 5AQUA 3MCPA 4DWIA 5AQGA 3CJ7A 5HRRA 2VG7A 2GWKA 1XWLA 3N4QA 4HCBA 3AVFA 1G99A 4CD3A 3L4IA 4O55A 1DT9A 3AA5X 4BRDA 2O8CB 4E7IA 4DSIA 4B3RK 3MN7A 3EY1A 1IJJA 2P5OA 5SWMA 2P9LA 5HP1A 4IOAL 4C8NA 4CHOA 5ADXA 2QA4N 5AQMA 2EWSA 4EIAA 4CJ7A 3HXMA 1RT3A 3SMPA 4Z0UA 3HI0A 3VN5A 3P5JA 5TKWA 4FZZA 2E4LA 2A3ZA 3LWLA 2WUSA 5AQFA 2VQEK 4KHYA 1ASVA 3AVAA 1GLCG 3CFOA 3J7AP 5DM7L 3WNGA 1IG8A 1Z26A 2E2NA 2YNGA 5KPTA 3J81O 3NFAA 3QO9A 1SAZA 4GNIA 3WEEA 1TK0A 4YDUA 4AILC 1EQYA 3WXIA 4PL7A 4DQPA 4O8UA 1S72N 2AJQA 2YCHA 1A5XA 3WNHA 1T8EA 1C1CA 3LWMA 4B3OA 2O8DA 3VQBA 3LALA 5HL7L 1DTQA 2P9KA 4I6MB 4JI0K 3K5MA 1QTMA 3MMVA 4IWVA 3HVTA 3AVJA 3I8DA 1BA0A 1GLEG 4FLVA 4DTUA 2BH1A 2G8UA 3BDPA 4B1YB 3HL8A 1NWKA 3AVGA 3NH0A 4CF1A 3ZT0A 4CF8A 4B9QA 1K9MO 2ITGA 1GLAG 2W41A 3C95A 5C42A 4M3UA 4HHTA 4Q5VA 1RBRA 4C8OA 3K5OA 3AO3A 3U8XA 4K42A 4FJXA 4M3ZA 3PX6A 4FK0A 3DXKA 4GV6A 3EO3A 4XEIA 3HSTB 1T6CA 4MLHA 1J54A 1WB9A 3MWTA 1OVQA 4YORA 1C6VA 1FKPA 1SL2A 4OPHA 4WFNL 4JRPA 4MLEA 2UUCK 2D0AA 4CD1A 4FL9A 2A40A 4KH5A 2P9NB 4V19S 3DMJA 1YTUA 4CIGA 3KZBA 4LF6K 1QQNA 1NGGA 4BE2A 3RSEA 5I3UA 4OLAA 4K8ZA 4OKKA 3T69A 2C1IA 3OW2M 3HRGA 3OYCA 1SS6A 3KLEA 4DV5K 4C8KA 4JEPA 2CGJA 5AZIA 3MXJA 5FROA 3U3GA 3OS2A 3OYIA 3AV9A 4IOXA 3HPHA 1QZ5A 4ICLA 3TU5A 4Z94A 1NKEA 3SCXA 3SV3A 1BA1A 1YIJN 1P90A 4B9TA 2NRWA 3V9XA 3VQ4A 3KVGA 4BDPA 3QEPA 1QZ6A 4BR2A 3O9QA 2P9IA 3OYLA 4EFHA 2G8IA 1S6QA 2G8WA 3IKMA 1JKHA 3VEVA 1J6ZA 4FW1A 3OYGA 2E1ZA 1NJXA 1C0MA 2I5JA 4IKFA 4FJ7A 1VQPN 1RBVA 1NJIO 3CC7N 4CEEA 1BI4B 4CJRA 1WAFA 3KWGA 3MXIA 3THYB 2E5LK 2E88A 3E9LA 1D4XA 2C1GA 2P9UB 2QWMA 5AZJA 4IJNA 1K8KA 3ZT2A 1U04A 3NBPA 3K57A 1HQUA 4LFBK 3NE6A 1BL3A 2RHKA 3CCEN 1WBBA 3VQ9A 3UKUB 3OVNA 3E66A 3M8RA 2VWKA 2YV0X 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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