3DXMB

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0993548
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
196
structure length
196
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 51
structure length 196
sequence length 196
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxmB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxmB02
4A62A 3RSEA 5E84A 2ZF5O 4FOIA 5KPZA 4JD2A 2Q0UA 5AQOA 1ZBSA 1ATNA 1HKCA 1C0GA 4BQZA 5BRDA 3CI5A 1NM1A 2NRHA 1HJOA 4FOEA 1GLBG 3JS6A 5BREA 1NGEA 3M1FA 3WXIA 3O8MA 3ATUA 3CJCA 3DXMA 4BRNA 5KPRA 3AARA 2A3ZA 2YHXA 3LDQA 4XH4A 4ISEA 4BRCA 5FPDA 4H0OA 3FZLA 1MWMA 2E20A 1RFQA 3U9DA 4B1YB 2GWKA 4I6MB 3R8EA 4JHDA 2YHWA 3BUZB 3MMVA 4BG8A 2Q1NA 4GNIA 3H3NO 5AZIA 1SAZA 4QS9A 2GTDA 1QQOA 2W41A 1BUPA 3VF2A 2CGLA 3QDKA 4CD3A 3H1VX 3MCPA 4CD1A 4EHTA 3ENOA 4KBOA 3W0LA 1BWFO 2P9PA 4B1WB 4BRGA 3CJ7A 2QWQA 3VETA 4QS8A 3RSEB 3VGLA 3O4WA 2E8AA 5JLFA 3EZWA 3EKSA 4H03B 2ASPA 2F9TA 3WEEA 3O6WA 3LL3A 3L4IA 4BG9A 3DWLA 2ITMA 3HI0A 1Z6RA 3C0BA 4CZGA 5EXWA 5AFUH 3WQUA 2DPNA 4IJAA 3HBTA 2ASMA 4YDUA 4BREA 3EN9A 2P9SA 4FWSA 4PKHA 1QZ6A 1YVNA 2PAVA 3CHWA 3WXJA 2QWNA 1GLAG 2ZWHA 4BR4A 1BA1A 2CH5A 1X3NA 4CZLA 2GEMA 2W40A 4EHUA 3ZX2A 4BGAA 2A41A 2AA4A 4IO8A 5EX5A 3P4IA 2P9IA 4A61A 4WQ4A 5ADXA 4BRPA 3MK6A 1QQNA 4PL7A 5AZJA 3FZFA 4K42A 4EIAA 5ADXH 2P9LA 3GDQA 3W3DA 2GWJA 1ESVA 4FWPA 4CZEA 4CZIA 3VEWA 4MLHA 3MN6A 4PKGA 5FPNA 4BR9A 4Z94A 1SQKA 2QM1A 4BC5A 4O8KA 1V4TA 3DAWA 4WQ5A 3ZEUB 3SMSA 3ATVA 1IG8A 4FO0A 3VEOA 5AQQA 3DXKB 1DKGD 4I6MA 3VESA 3UKUB 2P9KB 2YJEA 2D4WA 5F1XA 4L3QA 1ZXOA 4LC9B 3FE1A 4BQLA 3UKRB 4FSVA 4QS7A 3S41A 4J8FA 2E2QA 1TUYA 3A8YA 2NLXA 3BP8A 3GBTA 3IFRA 3H46O 3CQXA 5AQLA 5F0XA 4BR0A 1XQSC 4B1XB 3HTVA 4JN4A 3WXKA 1OKJA 3ULEB 2QWOA 3UB5A 1NGFA 2D0PA 3MN9A 3UE5A 1SZ2A 3CIPA 4C23A 3MN5A 3TPQA 3HZ6A 1QHAA 2Q97A 1NGCA 3IMXA 3QBXA 3R6MA 3FR0A 3H45C 4FWRA 4DCHA 4IZ9A 4RTFD 3AY9A 3VEVA 3A5OC 5AQJA 1T6DA 2PBDA 5EY4A 3BF3A 2I7PA 3GE1A 1S3XA 2FSJA 1YXQA 2QWMA 2Q0RA 4E1JA 4JAXA 4XH1A 3LDOA 3F9MA 4BVPA 2V7YA 2P9NA 1HKGA 3EO3A 4K25A 1RGIA 2HF4A 3FZKA 2FF6A 3A5LC 1HUXA 4O5FA 3I33A 2QWPA 3VF4A 4B9QA 1YAGA 2YI1A 5AQUA 5BRHA 3SJHA 1MDUB 3LDLA 5AFUA 5KQ8A 1KAYA 4XH5A 3D2EA 5E26A 2A42A 3CERA 4WQ5C 4MO5A 1NGBA 2FXUA 3ZEUA 3HM8A 3HSCA 5AQRA 4B1VA 1K8KA 2HOEA 3A5MC 4FPBA 2WUSA 2CH6A 3FLCO 4BC3A 3DXKA 3C7NB 4CBWA 3UKUA 2P9KA 1KAXA 4M7XA 3M6GA 4PL8A 3LDNA 4CZMA 1P8ZA 3UKRA 1ATRA 3KVGA 3EL2A 5AQZA 1BA0A 2Q2RA 5FPMA 4BRHA 3ID8A 4CZJA 3QMLA 4K41A 4H0PA 2P9NB 1HX1A 2YJFA 1S22A 4CZKA 1MA9B 3M3ZA 5ELZA 2E2OA 2BTFA 1GLEG 2ASOA 2H3GX 3B8AX 3ULEA 3A0IX 4JNEA 3BEXA 1IJJA 4PKIA 1XC3A 2A6AA 3JXUA 2GELA 3D2EB 5AQVA 1E4FT 1U6ZA 4F9OA 1BDGA 1H1VA 1QZ5A 3TU5A 1DEJA 1JCFA 3L0QA 1NLVA 4WYBA 3CQYA 1K8KB 1EQYA 4CZFA 3SLCA 5BN8A 4Y0WA 2CGJA 1ATSA 4BC2A 5AQGA 2D1KA 4BRLA 2QWLA 3A5NC 5BR9A 3KZBA 3CJ9A 2FSNA 4HTLA 1DGKN 4RCHA 3QBWA 4IXCA 3CETA 1NMDA 3WQTA 1HLUA 1RDWX 1BG3A 2HMPA 2YCHA 5AQHA 5CE3A 5LJWA 3GG4A 3VGKA 2YHYA 1QQMA 2I7NA 5AQPA 2Q31A 5AQIA 2FSKA 3AAQA 3L6QA 3O1BA 4RWTA 4CZHA 2QXLA 1U2VB 4ISFA 2V7ZA 4FWKA 5AQWA 2EWSA 2IVNA 5EVZA 1BU6O 1MWKA 1BOTO 3U4LA 1X3MA 3CJ1A 4YDUC 4BRIA 2UYTA 4FWMA 4FWLA 2Q36A 2A5XA 4DB3A 4EFHA 3MDQA 2GUPA 3VENA 3WUHA 5BN9A 2E2PA 4AM7A 1NGAA 5JMVA 1KAZA 2P9UB 3C7NA 4MO4A 4BRDA 3WT0A 5LY3A 4BR2A 3GOIA 2J4RA 4DHYA 4HWIA 1YUWA 1GLCG 1R59O 3DJCA 2IVPA 4FL9A 3ENHA 4BRMA 4WQ4C 3VERA 2IVOA 2E1ZA 2D0OA 4H0TB 2VWBA 5AQXA 1T6CA 3VEYA 3FZHA 2QWRA 1KXPA 2A40A 4NO7A 3ZX0A 1TYQB 1V4SA 2VCPA 5AQFA 3ZX3A 5TKYA 3D2FB 2QW9A 4FPAA 4K43A 1NGHA 3ZETB 3VOVA 3VEZA 1GLFO 4H0VB 1D4XA 4H5NA 5BRFA 2IIRA 1Y64A 2VYPA 3U9ZA 2E1YA 4A2BA 4H5RA 3MN7A 4EAHD 4MLEA 2AP1A 3O1WA 1BO5O 3SK3A 4IJNA 1GLLO 1WOQA 4A2AA 5B8HA 4H0XB 4BRKA 5BPMA 3FGUA 5KQDA 4BVOA 4JD2B 2ZGYA 5JLHA 1WUAA 1GLJO 2E2NA 1NWKA 3FZMA 3VGMA 3IUCA 5AQTA 4CBXA 4FWOA 3H3OB 1ZC6A 5BPLA 4H5TA 4NB4A 3DXMB 3O80A 3QFUA 3H1QA 5I9EB 4H0YB 1HKBA 2FLOA 2E88A 3WXLA 4B1UB 4AM6A 4JHDB 3G25A 4H5WA 4BRAA 1U2VA 1LCUA 5AQYA 4B1ZA 4CBUA 5AZIB 1E4GT 1HPMA 3EKUA 2ZGZA 3CJAA 3VEXA 1C0FA 4XEIA 4FWNA 3BF1A 4M63C 3LDPA 4DQ8A 5FPEA 1NGIA 2OANA 1T44A 4FWQA 2P9PB 1Q18A 2P9UA 3I8BA 3KHYA 3R9PA 3QFPA 2KHOA 5AQNA 4CJ7A 1NBWA 4ISGA 3SMPA 1LOTB 4GY2B 3IDHA 2F9WA 3WEEB 5AQSA 3VF6A 3CJBA 3QICA 5F2RA 2V51B 1J6ZA 3VPZA 4CI6A 4IWVA 4H5VA 5KPTA 2P9SB 3LM2A 1X9JA 5BPNA 1TUUA 1GLDG 1TYQA 1XUPO 2FF3B 2NZTA 3OHRA 1G99A 3D2FA 4BRQA 1CZAN 3AAPA 3ZETA 2HF3A 4BR5A 3D7EO 3GL1A 1Z05A 4BRFA 5JICA 2BUPA 1NGGA 1JCEA 3O08A 1NGDA 3QB0A 3H6EA 3LM9A 2V52B 5LJVA 4BGBA 2P9IB 3U8XA 3J8AA 2CGKA 1JCGA 4BR7A 5AZJB 5AQMA 3FFKB 1NGJA 5EOYA 4BC4A 4BROA 5AR0A 3O5BA 2P9LB 5AQKA 4M7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LY7A 3RSEA 2ZF5O 1RT2A 3S3MA 2Q0UA 3TAPA 1ZBSA 3SPYA 1HKCA 4DUYK 5BRDA 1VRTA 4CK3A 2RN2A 4JKFA 4FOEA 1RBUA 3OYMA 3CJCA 2DY4A 2A3ZA 2RE2A 4XH4A 4ISEA 5FPDA 1L3UA 5HRNA 4IG0A 4C1NI 1JXBA 2FBYA 3BUZB 2Q1NA 2X78A 3ZYYX 4QS9A 2G8IA 2GTDA 1QQOA 3AVBA 4NCBA 2D0CA 2D0AA 4KHUA 3E01A 3HRGA 4JKCA 4CHYA 4FVUA 3DRSA 3ENOA 4ILGB 3CMEN 1BWFO 1NK7A 4KO0A 3TI0A 3N4PA 1ASVA 1N32K 2E5LK 3BZCA 3N4QA 4B1WB 3LP2A 3CJ7A 4DUZK 1C1CA 3NGIA 3EKSA 3HSTB 1EWRA 3MEDA 2R7YA 2G8UA 3KWIA 4J2BA 2HHVA 3DWLA 3HI0A 1Z6RA 3C0BA 1M90O 5EXWA 5AFUH 4ILHA 4IJAA 3LWLA 4YDUA 3THWA 5HRRA 3G6EN 4HUGA 3L8BA 4CIEA 3CHWA 3Q7BA 3TAMA 2ZWHA 3C6UA 3E9LA 1GOCA 4M42A 4CZLA 1VQ5N 2GEMA 2PYLA 2ATQA 2IS3A 2A41A 4OPAA 2BGGA 1JL2A 4A61A 1FXXA 4IFEA 1VSIA 3DYAA 1TL3A 5ADXA 1UWBA 3OYKA 4DR1K 3AVKA 3HP6A 1CZ9A 5ADXH 3L2WA 5C2DA 3GDQA 4GV9A 1W9HA 2G8WA 2EX3A 1BI4B 4FW1A 4CZIA 3VEWA 4FM0A 3THXB 4MLHA 1ZBFA 4PKGA 5C24A 4LF4K 4BR9A 4NYFA 2Q3SA 1WSHA 3OBWA 3CCVN 3AO3A 2QM1A 3V9ZA 4BE1A 3VTHA 3NF6A 4DSIA 1J54A 5HRSA 1YJ9N 3VEOA 3ZT2A 5AQQA 1J5OA 3DXKB 4FJGA 3KD5E 2E4LA 4L3QA 4FLXA 3HVRA 2O8DA 4FSVA 1HNXK 1W97L 4KFBA 1C0MA 3DLKA 3A8YA 5M1KA 4NXNK 3SNNA 1Q8IA 3BGRA 2VGNA 3LPTA 4B9NA 3WNFA 5AQLA 3QEXA 1YI2N 2ZQBA 1OKJA 3B6OA 2QWOA 3KKSA 3HYFA 2D0PA 3SQ2A 5HL7L 2HBMA 1DTTA 1NG9A 3L2RA 4Z4IA 3C65A 3AA4A 3TANA 1SL2A 3QBXA 5KGWA 2BE2A 2QEXN 3FR0A 4DTXA 3ZSXA 4CFCA 4RTFD 3S3NA 4KRFA 3VEVA 1EWQA 3A5OC 4ZTFA 4ICLA 4DSKA 3LAKA 1C1AA 3V1OA 1J9AA 1Y97A 2I7PA 1S3XA 4CESA 3TABA 4DTMA 3J7AP 3LDOA 3F9MA 2P9NA 1RGIA 3FZKA 1SKSA 4B9SA 3OTOK 3I33A 4B9QA 2YI1A 1Z26A 1TAQA 3PX6A 4LF6K 3SCXA 4FVMA 3C6HA 3SJHA 1MDUB 4JKHA 3LDLA 4XH5A 1VQ8N 3F9KA 4OGCA 4FJHA 4MO5A 1VQLN 2OZSA 3NF8A 4K8ZA 4M41A 2OPSA 1NGBA 1RT1A 2IC3A 3HM8A 5AQRA 4GKJK 4B1VA 1FW6A 1K8KA 1XC9A 3A5MC 3HPGA 3FLCO 3WNGA 4CBWA 4DQPA 4PL8A 1EXQA 5MLCQ 1A5VA 1D8YA 1KQSM 2OPPA 5JENA 3IAYA 1ATRA 2JLEA 3KVGA 5AQZA 4FXDA 4UY8O 2Q2RA 1KVAA 5FPMA 4CJLA 3QMLA 3AO1A 4H0PA 1HX1A 1N6QA 1C0TA 2BTFA 2NRWA 3L2QA 1NJZA 4BDZA 4KH4A 3OYIA 2H3GX 4F3TA 3ULEA 2WTUA 3BEXA 3JXUA 2GELA 3V9SA 4DTPA 1E4FT 1VK0A 4F9OA 2G8KA 4FJKA 1BDGA 3KK2A 2ETJA 3TU5A 1DEJA 3SUQA 1NLVA 4WYBA 3G10A 1O1WA 2DFHA 1EQYA 3R3LA 3ZSRA 2JWKA 3SLCA 3T69A 3VA3A 1S1WA 5BN8A 3RVCA 4BC2A 2D1KA 1S1VA 5CY4A 4J2DA 5TKWA 2ZD1A 3CJ9A 2FSNA 4HTLA 4OPHA 3K5NA 4IO9L 1HNVA 3QINA 4IXCA 3WQTA 1HLUA 1K9MO 1SL0A 1RDWX 4DTNA 3VA0A 1VSJA 5K14A 5JVHL 3OW2M 4DR6K 4CZHA 2QXLA 3CMAN 4ISFA 5AQWA 1NKEA 3AO2A 1S72N 2B5JA 3C95A 1L5UA 4BRIA 2O4IA 3DMJA 3MDQA 4DF8A 4CJ5A 4KHYA 3DOKA 2E2PA 3OYFA 2PY5A 4OKJA 4FJIA 3CQ8A 5GADP 1KAZA 1N8RO 2WOMA 1ASWA 5FDLA 1TKXA 4QOZB 3GOIA 4DHYA 3NMUA 3O3FA 2KTQA 1U04A 5GAGP 3DLEA 3NDKA 4FL9A 5KI6A 5AQXA 3LWMA 3I8DA 1A5WA 2P5OA 4NLCA 3VMFB 2QWRA 1NK6A 4B9LA 2A40A 3ZX0A 2BANA 2OPRA 2WFBA 3D2FB 3OBYA 3ZETB 3CCUN 5H1SQ 3RMAA 3CCSN 1BCMA 3ZSWA 3C6AA 3O4QA 3VOVA 1GLFO 1F21A 3I56N 4FJ8A 5BRFA 4LSNA 2IIRA 3KLEA 1T8EA 1FKPA 3IS9A 3U9ZA 4Z4EA 2A1SA 5C10A 3MN7A 4X66K 3K5OA 3CCQN 1KD1O 2OCEA 3RTVA 1ZYQA 4KB0A 4A2AA 1WOQA 2HMIA 4LD0A 3P5JA 3SV4A 5BPMA 4F2RA 1SKWA 4JD2B 5JLHA 2ZJPL 3HJFA 3R1XA 1GLJO 3SQ4A 4K8XA 4F8RA 3SBTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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