3EKSA

Crystal structure of monomeric actin bound to cytochalasin d
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
374
structure length
374
Chain Sequence
DEEVAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of monomeric actin bound to cytochalasin D.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
molecule tags Contractile protein
source organism Drosophila melanogaster
total genus 122
structure length 374
sequence length 374
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3eksA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3eksA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3eksA03
1K8KA 4DHYA 3CJAA 5FPMA 5BN8A 4H5VA 3UE5A 2VYPA 2QW9A 3C0BA 3A5NC 1S3XA 1NGCA 2E2NA 1NLVA 3UKUB 5AQYA 1HPMA 3VF6A 2Q0RA 1QZ6A 3UKRB 1GLBG 3H1VX 1ATNA 1NGHA 3ID8A 3L6QA 2P9PB 5AQTA 4PL7A 5BRFA 4BC2A 4M7YA 5F0XA 2P9UA 4JHDB 3FZFA 3SMPA 3S41A 3GG4A 3MN6A 2CGLA 4K43A 2P9IA 2Q0UA 2W41A 3HSCA 4BR5A 2GWJA 2I7NA 4MLEA 1HKBA 3AARA 2CH6A 1YXQA 3GBTA 3FR0A 1U2VA 4LC9B 5AFUA 4BRIA 2V7YA 4BVOA 5EXWA 4K25A 4H0PA 3VOVA 1NGFA 4WQ5C 4XH4A 2A41A 2E20A 1ATRA 2ZWHA 3SK3A 1NBWA 3FE1A 3M1FA 4H5RA 5BRHA 4PKHA 4BC5A 5AQKA 3M6GA 2E2QA 3VGLA 4A61A 2FSNA 3MN9A 5E84A 2I7PA 3EKUA 3WXLA 5BRDA 4RTFD 2QWNA 5EY4A 1IG8A 4IJNA 2D0PA 1IJJA 3H45C 2A40A 1NGJA 2GELA 3VEZA 4IO8A 3LM9A 3O08A 3J8AA 1E4GT 3U9ZA 1XQSC 3EL2A 4MLHA 3ENHA 4XH1A 2YI1A 1KAYA 4BR9A 1HKCA 2FF6A 3HM8A 2QWQA 4BRGA 4B1WB 2E88A 1MWKA 3R8EA 2D4WA 4BQLA 1HLUA 1JCEA 3TU5A 5AQFA 3QBXA 3H1QA 2A6AA 2NRHA 5AQQA 1YVNA 3RSEA 4NO7A 3L4IA 4MO4A 4DQ8A 5ADXA 4K41A 5AQIA 1LCUA 3GDQA 1NGDA 4QS7A 5KQ8A 2P9LB 1HJOA 2HF3A 3CERA 5JICA 1MWMA 1CZAN 3GL1A 2J4RA 2YHYA 1T6CA 4XEIA 4E1JA 5AQNA 2Q36A 4ISFA 3D2FB 4BR0A 4K42A 4MO5A 3O1BA 3O6WA 5AQPA 3CHWA 3LDQA 2GUPA 3LDPA 5AQLA 1BDGA 1K8KB 4YDUC 4Z94A 1GLJO 3ENOA 2QWPA 3FGUA 2V52B 3CI5A 4EIAA 4A2BA 4CZFA 3H6EA 2DPNA 3SJHA 1V4SA 2YHXA 5AQJA 4BC4A 5LJVA 4CZLA 4O5FA 3QFPA 4PKGA 5BPNA 4CI6A 3BEXA 1XC3A 2NZTA 3C7NA 1BUPA 2WUSA 3MDQA 3ZX2A 3A0IX 2CH5A 3IFRA 5KPZA 2P9UB 3H46O 3BF3A 3D7EO 1QHAA 2P9SA 4B1VA 1QQMA 4GY2B 2QWMA 5LJWA 1TUUA 5AZJA 3LDLA 4FWOA 4I6MA 3EO3A 5AQRA 3WXJA 4B9QA 3HTVA 2OANA 3VF4A 1XUPO 5EX5A 3FZHA 5AZIB 4QS8A 3KHYA 4CZJA 4B1XB 3VERA 4BRCA 4FWLA 4H03B 3U4LA 1NGAA 1RGIA 1YAGA 1Z6RA 3DAWA 2F9WA 4M63C 5B8HA 4BR4A 5AR0A 3WEEB 1ZBSA 3A8YA 1DKGD 1KAXA 2AP1A 2E1YA 4CD1A 3VEYA 1OKJA 2VCPA 3CJ9A 3LDNA 3W3DA 3LM2A 3QICA 5KQDA 4FL9A 3MK6A 4WQ4A 3AAQA 4FPBA 2CGKA 1NGGA 3P4IA 2ASPA 4JD2B 3UKUA 2V7ZA 4BRAA 3ZX0A 3O80A 3UKRA 4C23A 5LY3A 3BP8A 5AQZA 5AQWA 5F2RA 2PAVA 2P9PA 4XH5A 3ZEUB 3VENA 3DXKB 4HTLA 2Q1NA 2V51B 2P9NB 1TUYA 3VGMA 3A5OC 4EFHA 4BRMA 1X9JA 4ISGA 3VEXA 3VF2A 4H0OA 1V4TA 4FWNA 2EWSA 3CJ1A 4PL8A 4HWIA 2F9TA 4CZGA 2UYTA 4CZEA 5CE3A 2D1KA 2P9KB 3ULEB 3RSEB 4CZIA 4BVPA 3HI0A 4PKIA 4IXCA 1C0GA 2QWLA 4H0VB 1SZ2A 3BUZB 1KAZA 1QQNA 5BR9A 3U8XA 4FWKA 5I9EB 2E2OA 1GLDG 2ITMA 3M3ZA 5BPMA 4FOEA 2IVPA 3WXIA 1T6DA 1SQKA 1GLFO 4EAHD 3FFKB 3DJCA 3VETA 2YCHA 1TYQA 2Q2RA 1GLAG 1ATSA 1T44A 4GNIA 1BA1A 3WQTA 2KHOA 4FSVA 2H3GX 3H3NO 3TPQA 4BRPA 3L0QA 4J8FA 4Y0WA 2HMPA 3ZETA 1EQYA 5EOYA 1GLCG 3VPZA 4FWRA 2PBDA 4BRFA 4BGBA 2ZGYA 3FZLA 1DEJA 2W40A 3ATVA 2FSKA 3DXMA 4BRDA 3EN9A 3D2EA 3W0LA 3CETA 1NGBA 3WXKA 2P9SB 3O4WA 3O8MA 1RDWX 2AA4A 4H0XB 3AY9A 1BWFO 4BROA 4CZKA 2E2PA 4DCHA 5E26A 5TKYA 1HKGA 1NWKA 1DGKN 1WOQA 1KXPA 2FF3B 1MA9B 2P9LA 2QM1A 2HF4A 4FO0A 1NGIA 3CIPA 3FZMA 3VGKA 2HOEA 4B1ZA 2E8AA 3OHRA 5JLHA 2P9IB 1Q18A 4H5NA 4A2AA 4BQZA 1BO5O 2YJEA 4WQ4C 3D2FA 5JMVA 2GEMA 4CBXA 1D4XA 4A62A 1JCGA 1SAZA 1YUWA 3VEOA 1U2VB 4BRNA 4BR2A 3MN7A 4BGAA 1NM1A 1NMDA 3WT0A 3QMLA 1P8ZA 4IWVA 3HBTA 1WUAA 5AQMA 3SLCA 1ZXOA 4YDUA 1JCFA 2A5XA 3CJBA 4BRKA 4CJ7A 5FPEA 3KVGA 1Y64A 2IVNA 2YJFA 2E1ZA 1C0FA 5AQOA 5BREA 2GTDA 3EKSA 4BG8A 1BU6O 1QZ5A 2IVOA 3IUCA 5AQUA 4FWSA 2ASOA 1H1VA 1MDUB 4FOIA 3MMVA 4B1UB 4AM7A 4ISEA 3O5BA 3UB5A 3CQXA 3F9MA 3O1WA 5ADXH 4KBOA 1ESVA 4H5WA 5FPNA 1QQOA 5AZIA 3SMSA 3AAPA 2A42A 5AQGA 2ZF5O 4JHDA 3A5MC 2ZGZA 2VWBA 1BG3A 3QFUA 3IMXA 3R6MA 4JNEA 5BN9A 3JXUA 5EVZA 3WEEA 3I8BA 3JS6A 4AM6A 3MCPA 2A3ZA 1R59O 3DWLA 4FWQA 3VESA 2BUPA 4CZMA 4H0TB 1J6ZA 1TYQB 4CZHA 1BOTO 2Q97A 3GOIA 4NB4A 4BR7A 3HZ6A 4DB3A 4JD2A 5BPLA 2YHWA 2QWOA 2FLOA 2IIRA 4BREA 4CBWA 4M7XA 4WQ5A 1ZC6A 3ZETB 3ZEUA 3DXKA 3QB0A 5KPRA 4H5TA 3ATUA 2CGJA 2FXUA 4L3QA 2P9NA 3FZKA 5ELZA 3WQUA 1X3NA 1X3MA 4CD3A 2BTFA 1RFQA 4BRLA 1HUXA 4BG9A 3DXMB 3QBWA 3VEVA 3GE1A 3D2EB 4CBUA 2NLXA 4JN4A 2QWRA 2P9KA 3ULEA 3U9DA 1E4FT 4EHUA 4EHTA 3LDOA 1GLLO 4BRHA 4FPAA 4FWPA 5FPDA 3BF1A 3C7NB 3IDHA 4FWMA 1HX1A 3ZX3A 3QDKA 4QS9A 5F1XA 3VEWA 5AQXA 1S22A 3CJ7A 1U6ZA 4BC3A 1G99A 1Z05A 4IZ9A 2GWKA 4IJAA 3WUHA 5AZJB 4I6MB 5AQSA 4RWTA 3MN5A 3FLCO 3I33A 1LOTB 4RCHA 2Q31A 3B8AX 5AQVA 5AFUH 3CQYA 4JAXA 4BRQA 3G25A 5AQHA 4F9OA 2D0OA 1NGEA 4WYBA 3CJCA 1BA0A 3H3OB 3R9PA 4O8KA 5KPTA 5JLFA 3EZWA 1GLEG 3KZBA 4B1YB 2ASMA 2FSJA 2QXLA 3LL3A 3A5LC 4H0YB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HO1A 3K0SA 5BN8A 2VYPA 2QW9A 3A5NC 4C1NI 1NLVA 5AQYA 4F2SA 1R0AA 1KTQA 4FYDA 3BGRA 4DG1A 1ATNA 3OYCA 4CEQA 1KSPA 3ID8A 3AVLA 2WBNA 2P9PB 4PL7A 2HBJA 4GKKK 3K2PA 5I3UA 3HVTA 3S41A 1T05A 3GG4A 2CGLA 2P9IA 2FC0A 4ILGB 2XY6A 4JRPA 2GWJA 4MLEA 1HKBA 5KI6A 2CH6A 3ZYYX 3UIQA 3OA9A 4Y1CA 3CXCM 4KTQA 3SQ4A 1U2VA 4CK1A 4CFDA 1U47A 3CCUN 4WQ5C 4FJKA 3V9SA 5IT9O 4E0DA 3SK3A 3CQ8A 3QNOA 4C8MA 5BRHA 4BC5A 3OYDA 5AQKA 3K5MA 2UU9K 3TR8A 5LMUK 3K9KA 3OBYA 5E84A 4X64K 2G8FA 4OGCA 1IBLK 5CYQA 1RT1A 2A1RA 1VQKN 1IJJA 3QIPA 4FK0A 2A40A 5C2FA 3F2KA 3S3NA 3VEZA 3J8AA 1D5AA 3K5NA 1E4GT 3KWIA 4CEFA 4MLHA 4RW9A 2HHUA 4XH1A 1E3MA 1HKCA 1S1TA 3Q7CA 1O1WA 3OJSA 1JCEA 3O9UA 4LH5A 5HRNA 3C6HA 2ZJPL 1SKRA 4NO7A 4MO4A 1UAXA 3GDQA 4ICLA 4BDYA 1HJOA 1JLEA 2HNZA 3VQAA 1MWMA 1CZAN 2FBVA 2J4RA 3WNGA 3ZT2A 3AO4A 4EZ9A 4K42A 4MO5A 3O6WA 5AQPA 4JYAK 3CHWA 4ID5A 5AQLA 1NJWA 4JI6K 4NLBA 2QWPA 5HP1A 4C8OA 4DV1K 1KCFA 4M3RA 1BCOA 3O9SA 2HVIA 4DTJA 3ZSXA 4ELUA 4BC4A 5BPNA 4FJ7A 4N41A 1XC3A 2NZTA 1L3SA 1RBTA 2HNDA 5KPZA 2P9UB 3H46O 4FXDA 3CCJN 3OYJA 1ZYQA 3BF3A 3T1YK 2ZJQL 2P9SA 4B1VA 1QQMA 1BGXT 3CMAN 4J2AA 3CYGA 1WSEA 5AQRA 3WXJA 5C24A 3HTVA 1XUPO 3PUFA 4RW4A 4BECA 5EX5A 1W2BM 4CJ4A 4E7JA 4IOAL 4QS8A 3SAHA 4DFJA 3U4LA 4H03B 4BE1A 1NGAA 1RGIA 1YAGA 1K6YA 2F9WA 3DAWA 4YHHK 4BE0A 1ASWA 3O4QA 4N47A 4CEZA 1CLQA 3ZSOA 1DKGD 3CJ9A 3EY1A 1BQNA 3QICA 1JKHA 5KQDA 3OYNA 1QTMA 3AAQA 4FPBA 1KLMA 5KRSA 3P4IA 1JXBA 4DU4A 4W5TA 1OH6A 4IBNA 1TKXA 3UKRA 3L2RA 4H8KA 1TAQA 3BP8A 5AQWA 4CEEA 3Q7BA 4CIFA 4F8RA 2GUIA 4JI4K 1GOAA 3CCQN 3ZEUB 2Y1JA 3DXKB 4CF8A 4EFHA 4ISGA 3VEXA 3VF2A 3CCMN 4Z4IA 1B92A 4FW1A 1N8RO 2X74A 4FJHA 4FWNA 1U04A 4PL8A 2RHKA 1NK6A 3DOLA 1VQ9N 3RSEB 4BVPA 1S6QA 2NRRA 3RRHA 2HHSA 1SZ2A 3HPHA 1TV6A 3AVCA 4JK9A 1GLDG 4FLZA 1T6DA 1Q81O 1XNQK 3FFKB 3LAMA 4CGFA 5CR4A 4AQYK 4A59A 4E1NA 3S5TA 3THXB 4LFCK 4IFYA 3V1QA 4YOXA 3ITHA 3O9TA 1T3VA 1LAVA 3V9XA 2DFHA 3E9PA 1LW0A 2HMPA 3ZETA 1EQYA 4B08A 3ZSRA 3TI0A 2F96A 1QVGM 3QEIA 3V6DA 3VQ9A 1DEJA 2W40A 4BRDA 4OPKA 4DV5K 4ZTFA 4B9TA 3NGYA 4I2QA 2B4JA 2P5OA 3SQ0A 4DTUA 1ZBFA 1JLFA 1NJXA 1S9GA 3CC7N 1RDWX 2AA4A 4BROA 2E2PA 4DCHA 5E26A 2FF3B 4JLHA 2P9LA 2HF4A 4KHUA 4FJ9A 3FZMA 3VGKA 3U6FA 1FKOA 3H08A 4B9LA 5M1KA 4H5NA 2FBXA 3OW2M 2X6SA 3IG1A 1HJRA 4WQ4C 2O8FB 3AVMA 1D4XA 1JCGA 3DM2A 5I42A 1YUWA 4BRNA 2F7TA 3QMLA 2OPSA 4Z4CA 3PO4A 4KTZA 2I5JA 1Q8IA 4CE9A 4KHSA 5AQMA 3SLCA 2NNWA 4BWMA 1WSFA 1EXQA 1JLCA 2RN2A 4BRKA 1S9EA 4CJ7A 1Y64A 3M8PA 1NKCA 2O8BB 1WAJA 3J7ZO 5JVGL 5AQOA 1XI1A 4GV9A 5GINA 3TAMA 1K73O 4RW6A 1RBVA 4DMNA 5GIOA 5JENA 1VSLA 3V4IA 4DSEA 4LF8K 3VQ8A 4H5WA 1QQOA 3SMSA 5AQGA 3S3OA 3JSMA 2DY4A 3P1GA 1JJ2M 2VWBA 3NDKA 1BG3A 1JLGA 3IMXA 5E41A 3K59A 4WCEL 1HNXK 3OTOK 1VQMN 4AM6A 4E89A 4AHCA 2KFNA 1R59O 1Q7YO 5GAHP 2BUPA 1J6ZA 1BOTO 3KLEA 4CHNA 3K57A 4JD2A 3C94A 5K14A 4BREA 4OPAA 4GVEA 3DMJA 3I0SA 5C12A 4DLEA 1ZC6A 3C65A 3SBTA 4FW2A 4H5TA 3ATUA 2P9NA 3FZKA 4W5RA 1Q82O 3JYTA 4BG9A 4DTSA 4CK3A 3QBWA 4CGHA 1SKWA 1NKEA 1KFSA 4I9LA 3VEVA 3D2EB 2NLXA 2QWRA 5J2NA 1VQ4N 3ULEA 3LDOA 1LWEA 1GLLO 3M8QA 4JKCA 4CJTA 3CM6A 4CGJA 4J2BA 3VEWA 2HVHA 3RRGA 3NF7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ATV A;  3KLH A;  3AVB A;  1NK7 A;  3D2E A;  4DR3 K;  1X9M A;  3EYZ A;  1Q86 O;  5A2Q O;  3OJU A;  3AY9 A;  3AVG A;  4CZK A;  3CPW M;  1DTT A;  2LSN A;  1DGK N;  4CEO A;  1HYS A;  5HRO A;  3CF5 L;  5T7B A;  1YT3 A;  4LY7 A;  4BE7 B;  1QQC A;  3KLG A;  4B1Z A;  1Q9Y A;  2E8A A;  4DTM A;  3SAF A;  1BO5 O;  3HST B;  4NLC A;  1IV0 A;  2E6M A;  3NGZ A;  2XY7 A;  1C6V A;  3MX2 A;  3PV8 A;  2F8S A;  3SQ1 A;  3K58 A;  1TL3 A;  3MN7 A;  3DRP A;  1NM1 A;  3AA2 A;  1BI4 B;  1P8Z A;  4IWV A;  3MAQ A;  3HBT A;  1WUA A;  1RT6 A;  3MEG A;  4CGI A;  4B9U A;  3KD5 E;  2X6N A;  1ZXO A;  2ZD1 A;  3T19 A;  4CFB A;  3OY9 A;  3KD1 E;  2IVN A;  4DLG A;  5HRS A;  4KPY A;  3AVI A;  4M41 A;  2GTD A;  3EKS A;  4BG8 A;  1QZ5 A;  2IVO A;  3NBP A;  5AQU A;  2HST A;  4PY5 A;  4AM7 A;  4X65 K;  4CCH A;  3O5B A;  3UB5 A;  3TAN A;  1TGO A;  1VSH A;  2O4I A;  3O4N A;  1C0T A;  1IKW A;  4CJ5 A;  4E3S A;  4AHS A;  1JL2 A;  4MQ3 A;  1L3V A;  4JHD A;  3LPU A;  1LW2 A;  3A5M C;  4DUZ K;  4JI3 K;  4DFM A;  3S3M A;  3R6M A;  1HYV A;  3KLI A;  2OZM A;  2C1G A;  3JXU A;  3LP1 A;  5EVZ A;  3I8B A;  1SKS A;  3WNE A;  2A3Z A;  4DR6 K;  2OPQ A;  2ATQ A;  2IAJ A;  2YV0 X;  4FWQ A;  3TWH A;  1U48 A;  3HK2 A;  3PX0 A;  4H0T B;  1TYQ B;  2UUA K;  5CYM A;  4JK7 A;  4BR7 A;  4CEB A;  2QWO A;  1YTA A;  1EKE A;  5TKW A;  3SAG A;  4ID1 A;  4KH4 A;  2DFF A;  5KPR A;  4L3Q A;  2FXU A;  3L4Q A;  3LAN A;  4DR2 K;  3OYB A;  4JI1 K;  4JK8 A;  3DXM B;  1TK8 A;  2YKM A;  1D9F A;  3E01 A;  3GE1 A;  5KTQ A;  1WAF A;  1VHX A;  1S72 N;  2P9K A;  5MLC Q;  4I9Q A;  4OLA A;  3U9D A;  4EHU A;  4EHT A;  3F9K A;  4FWP A;  5FPD A;  3NF6 A;  4PUO A;  4L8R B;  3CJ7 A;  1TKD A;  2C1I A;  3WUH A;  2W6K A;  3MN5 A;  3I33 A;  1HRH A;  3C6T A;  4CK2 A;  4IOX A;  2Q31 A;  1NK4 A;  3B8A X;  4B3T K;  4KHP K;  3CQY A;  4DV2 K;  2OA8 A;  4F9O A;  4M3X A;  2D0O A;  3VQE A;  1NGE A;  4M3W A;  3LP3 A;  3SUO A;  3H3O B;  1ZBL A;  4B9S A;  4O8K A;  4ELV A;  4YFU A;  2KFZ A;  3LWM A;  3KZB A;  2O8D B;  4IG0 A;  2QXL A;  3G6E N;  3L2Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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