The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
152
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sequence length |
433
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structure length |
433
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Chain Sequence |
VPPYVDDNGQVRITITNGLVKTPVYGVPGAGGNSDVQGGYIPENPNDEVARKWDKNNLPREIDVSIDGFKYRVTLNDNGRAIGILRTGVRPYVGSEKAKAGIMEKINHKTPEEIYEALGFNKDESQRQEKAKQQAEDAWDRLPPNVRKFDVDVEQFHYLVVLDDYGNVLSVTRTGVRPYVGSEKAKAGIMDKVDHKTPEEIYEALGFNNEEPQRQNQAKKAAYDVFYSFSMNRDRIQSDVLNKAAEVISDIGNKVGDYLGDAYKSLAREIADDVKNFQGKTIRSYDDAMASLNKVLSNPGFKFNRADSDALANVWRSIDAQDMANKLGNISKAFKFADVVMKVEKVREKSIEGYETGNWGPLMLEVESWVLSGIASAVALGVFSATLGAYALSLGAPAIAVGIVGILLAAVVGALLDDKFADALNKEIIKPAH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and Function of Colicin S4, a Colicin with a Duplicated Receptor-binding Domain
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Colicin S4
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
152
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| structure length |
433
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| sequence length |
433
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| X | PF01024 | Colicin | Colicin pore forming domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Colicin | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ybab; Chain: A; | Ybab; Chain: A; | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ybab; Chain: A; | Ybab; Chain: A; |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FEW X; 1A87 A; 1CII A; 1RH1 A; 1COL A; 2I88 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1CI3 M; 1XG0 C; 2A74 C; 1XCH A; 1Y4G A; 4JI3 L; 3PEL A; 1YCA A; 1WOC A; 2UXB L; 2MGF A; 2K04 A; 3J80 E; 4XT1 B; 3SK8 A; 2PGH B; 4JK1 C; 2NSR A; 4E6I A; 2WV6 D; 2MP1 A; 2ZFB A; 2YYZ A; 2MBW A; 4J15 A; 2R7Z G; 3FH9 A; 4IZ8 A; 5TSS A; 4YY3 L; 3OO5 B; 3BCQ B; 4O0A A; 5SW7 B; 1GLI A; 2OLP A; 4RHS A; 4YCW A; 3NWT A; 4A3B B; 3PO3 G; 1G08 A; 3AT5 A; 1F2Y A; 4XYQ A; 4U8U B; 3TP5 A; 1JWU D; 5LMU L; 4N8T B; 4X65 L; 1X32 A; 1HV4 A; 4GXE A; 1JDO A; 4PNJ A; 4PO5 B; 2B2V C; 2K52 A; 3DEP A; 1PYW D; 1ASH A; 1Y4P A; 4GN3 B; 4HIK A; 4QCL A; 2LH2 A; 1LH3 A; 3H0G G; 4POF A; 1JEB A; 3H09 A; 3NEN A; 1A0U A; 1NQP A; 3KDF B; 1Y7D A; 4A8W A; 1JOK A; 3G4Y A; 3CHB D; 1LT6 D; 2H8F A; 3I2Z A; 1SN8 A; 2PYK A; 3MXN A; 4DFA A; 2HQE A; 1YHR B; 4DUZ L; 1GM5 A; 4DWU A; 1RL2 A; 3NTI A; 1PHN A; 1FGU A; 1HQR D; 1DO1 A; 1LAB A; 1DTM A; 1PFM A; 4HMJ A; 2PI2 E; 1LTA D; 4KHP L; 1GHK A; 2EXD A; 3UHD A; 1X3K A; 2R92 H; 4FO2 A; 1ASZ A; 4O1T A; 1CA5 A; 1K8M A; 1Y45 B; 1II3 A; 2PPB C; 1EEI D; 2HHH L; 3WCV C; 2BCO A; 1QSI B; 2HZ1 A; 2EOT A; 5J1Z A; 5E6E B; 3GLN A; 4LFA L; 3V57 B; 2RDH A; 4N7N A; 1HGB A; 1VWT B; 3LHB A; 1PRT C; 4HCE A; 3H15 A; 5DM6 3; 1MNJ A; 5EU2 A; 1PTO H; 1CPC A; 4AVE A; 4ZAI A; 4X66 Q; 1ICW A; 2NVQ B; 4GNX C; 4LF6 L; 4QB4 A; 3P75 A; 1G9V B; 1BBU A; 3GDJ B; 1ROD A; 2TSS A; 3BOM B; 3EU1 A; 1HCO A; 1UUP A; 2G9H D; 1JT8 A; 1X56 A; 2ZXO A; 2W6Y A; 1D1K A; 1I7Y B; 1QI8 B; 1B33 A; 2CWA A; 1HNW L; 4BJA A; 5EQ0 A; 1B0B A; 3ZJP A; 3U4Z A; 4A93 H; 2XKH A; 3SXH A; 1Y4R B; 2NZH A; 3ULP A; 1NCV A; 1K3B C; 3V58 A; 1TY0 A; 5EKI A; 3GV3 A; 3B75 B; 1NAZ A; 3WFT A; 1XXT B; 1YHQ A; 2KSC A; 5AFW A; 2BNL A; 1Y22 B; 4DAY A; 5CGK A; 1HNX L; 5JJL A; 1T9H A; 1L1O A; 4V0B A; 4JPB W; 4JI2 Q; 1A8V A; 5IT9 E; 1O1K A; 1B70 B; 3ER0 A; 2JP1 A; 1WMU A; 4X3K A; 1HGA B; 1B3A A; 1MOA A; 4YHH Q; 4X3U A; 1WD0 A; 2UUB Q; 2HZ3 A; 4UAI A; 4DR5 Q; 4JBK A; 4A8Y A; 5E3F A; 1AN8 A; 4CDE C; 2ZLT A; 2PI2 A; 2D60 B; 1R1X B; 1Y8W A; 1HR0 Q; 3CPF A; 109M A; 5B84 A; 1DWT A; 3VNC A; 4KN7 C; 2ZT4 A; 1A3T A; 2A5H A; 2VB2 X; 1JC7 A; 4DK0 A; 3PT8 A; 1FSX A; 2EVB A; 1SPG B; 3UHH A; 1WTH A; 4C3H G; 4ZKB B; 5KER A; 3HKZ E; 1F5P A; 1EW6 A; 5FJ8 G; 2FRI X; 3WCT A; 3HOV B; 4ZUJ A; 1CH9 A; 2D5X A; 1X3Q A; 4HBI A; 1YEN A; 1CQ2 A; 3FKI B; 4X3S A; 1QJO A; 1GBU A; 3KK7 A; 1I4X A; 1PBX A; 2ZS0 B; 2JEA I; 1SDF A; 3PI9 B; 2K6A A; 1Y85 B; 1YZI A; 2MGA A; 2UUL C; 1A00 B; 5AQD M; 4FC3 A; 5EOH A; 3SDN A; 5E29 B; 1O7L A; 4A3I B; 4JI6 L; 1CP5 A; 4WJ3 M; 2KCT A; 4AYB E; 1CO8 A; 1PA6 A; 4CBV A; 2HT1 A; 1XZ2 B; 1R1Y B; 3PI1 A; 5C0X G; 3HOZ H; 4ZVA A; 2Q2T A; 3PQI A; 1J7Y A; 4DR3 L; 1O1I A; 2KEC A; 4A76 A; 2HCC A; 2JA8 B; 1GCW A; 1FD7 D; 1D8U A; 1WTO A; 1JOR A; 5KDQ B; 3R93 A; 1YIH B; 3S14 H; 3DMU A; 112M A; 1O1N B; 1JB3 A; 1HCZ A; 3K0X A; 4C1N I; 2WY4 A; 2QGQ A; 3BZK A; 1FAW A; 1HBG A; 4TQU S; 1CBM A; 1CII A; 4G7Z C; 2O5L X; 3UHX A; 1FHJ A; 2ZT2 A; 3GQR B; 1TU9 A; 1X3G A; 2R7D A; 1TWH B; 2IX0 A; 2C7J A; 1ECN A; 1J7W A; 1X3E A; 3EDA A; 3D1A A; 2Q2H A; 1A3N B; 3EOK B; 4CKB A; 2ZS1 A; 4QAU A; 1OXX K; 2HCI A; 4DAP A; 1SJH D; 2SPO A; 2VJT A; 4DN4 M; 1XMO L; 1JE5 A; 3OZU A; 3UHK A; 1Y0A B; 1HTP A; 1RIP A; 1Y31 A; 2D2M D; 3HYU A; 2JE6 I; 2ZM6 Q; 2D2N D; 3S66 B; 2E2I B; 1Q3L A; 1C7B B; 2H35 B; 3GQG B; 4A3E H; 1MBY A; 1LAC A; 1Y8N B; 2VUM B; 1CG5 A; 4F4O B; 1CH5 A; 1WTV A; 2A68 C; 4KD3 A; 2F3V A; 2QRW A; 3H3V C; 4HSW A; 3UBV A; 1KN1 A; 1JP9 A; 1MIU A; 1WTR A; 2V1K A; 3PI2 A; 4XYO A; 3WFW A; 1UMO A; 3UH6 A; 4A3B G; 3QZZ A; 1Q1F A; 3OK5 A; 2Z8A A; 3UHG A; 2XWB B; 4XDX A; 5IOD A; 5BR8 Q; 5M3M G; 1MYJ A; 1PH4 A; 3UDI A; 2UUN D; 4L7Y A; 3NSW A; 3A74 A; 1BBX C; 2WAQ B; 1VQ8 A; 4JYA L; 2EYJ A; 1OUU B; 1YG5 B; 4BBS H; 2A6E C; 2I07 B; 3JAM c; 1LO5 D; 1IHZ A; 2ZTC A; 2DKA A; 1SGK A; 2IPK D; 3NUC A; 3OMC A; 1STY A; 3S1Q H; 3PIP A; 4B3R L; 1K8O A; 3D6C A; 1N36 Q; 3MEH A; 4DR6 Q; 1ML0 D; 3F42 A; 3OTO L; 4C2M B; 1OXS C; 4A3C H; 4AVD A; 1SBB B; 1YHE A; 2EYL A; 2R93 G; 3QJY A; 3SDH A; 5JEA H; 3NTH A; 1Y8K B; 4PQ6 A; 4GLA C; 4DPG A; 1ESR A; 3CPW A; 2NVX B; 4KY7 A; 1EYA A; 1O1P B; 3AQ6 A; 3A8I E; 1QIL A; 1UVL A; 2ZFO C; 1IL8 A; 1SYE A; 2AKW B; 4O4T A; 4G51 A; 3HOY H; 1T1N A; 1Y7C A; 2MJ8 A; 2QW7 A; 3S15 H; 1C7D A; 1MOC A; 4LM6 B; 1MNK A; 2R4Z A; 3QM7 A; 1N9W A; 4IT8 A; 1HZC A; 1GBV B; 1SDL B; 3I4M B; 2V1I A; 3M4P A; 4GOP C; 1BZP A; 2NN6 G; 3WCV B; 4TKO B; 4N7O A; 3HFZ B; 4QMG A; 1HAC A; 3NL7 B; 3ZJR A; 1OJ6 A; 3C3L A; 1Y1V H; 4K5V A; 1VQ4 A; 3UHR A; 2IJ0 A; 2JA6 G; 1Y5J B; 1VQD A; 4Q70 B; 1VMC A; 2A6H C; 1Y46 A; 1HBH A; 4YU4 A; 1F9S A; 3QJD B; 2MGK A; 4B3M L; 2O5M X; 3IXF A; 5C0X J; 2RSO A; 1ONL A; 2YTV A; 2X4A A; 2OH8 A; 4XT3 B; 2YRS A; 4IJH A; 5T1I A; 4L5T A; 1IKM A; 1Y4Q A; 4MQI A; 5JOM A; 4ALP A; 4DR7 L; 3A2G A; 2RHQ B; 4NI0 A; 3A9M A; 5C4J B; 1ON7 A; 1UAP A; 1MCY A; 1Y7G A; 4F0U B; 3GTQ B; 5ELC A; 2AUP A; 3BJ1 A; 3OHX C; 4A3J B; 1EFW A; 1VXB A; 5AZR A; 3KOJ A; 1X6O A; 1O7Z A; 1HHO A; 1XY0 A; 1E2W A; 2X6L A; 5C44 B; 1L2F A; 3MHB A; 2D2M C; 4HRT A; 3S17 B; 4HJA A; 2XSC A; 2G3H A; 1VXC A; 3MJU B; 1YDZ B; 4DNI A; 1I3Q B; 2G0V A; 3H94 A; 3J7Z C; 1NIH B; 4IUT A; 3ASE A; 2R4Y A; 1CZW A; 3D0F A; 3MWN A; 4NP5 A; 2E2D C; 2F0V A; 2W6W A; 1LT3 D; 1N34 L; 2DN3 B; 2DN1 B; 1BZZ B; 3WWV A; 1YIJ A; 2OXP A; 1R9T B; 4EQ5 A; 1DO3 A; 2K01 A; 2ZSZ A; 1HZB A; 1U0L A; 2MGE A; 2VLZ A; 3PF5 A; 1K1K B; 1BR9 A; 3VRE A; 1X3P A; 2F0N A; 1V43 A; 2L11 A; 3ONA B; 4QGU A; 1D2B A; 3J7A V; 1YIE A; 3GV6 A; 4ZK9 B; 1CQF A; 3CCR A; 4BY7 H; 3GIO A; 1N32 Q; 5ILM A; 3L0F A; 2RAO B; 3G4S A; 4I7Z C; 1D1I A; 103M A; 2C7L A; 1A2U A; 5C4X B; 1COL A; 1XQ5 A; 4DAM A; 1IBM L; 1HUN A; 1IT2 A; 1R4P B; 1RQ3 B; 1TWC B; 2DN2 B; 1E0B A; 3QIA A; 3RUZ A; 3VR6 A; 4DV5 L; 4ODC B; 1GKH A; 1W3S A; 5GRO A; 2ZT3 A; 4MQK A; 2DJF C; 1DXU B; 3QJC A; 2VS1 A; 4IRO B; 3LR9 A; 4ERV A; 3LB3 A; 1A0I A; 1EFI D; 2Q2I A; 1JZL A; 1FN3 B; 1CHQ D; 5EBC A; 3I3C A; 3HOU G; 5HLU A; 2LH6 A; 1Y83 B; 1UT0 A; 1GJX A; 3KF6 B; 3QOL A; 2FMM A; 1NBW A; 1BCP C; 1RTX A; 3A54 A; 4FF4 A; 2ICI A; 1YNX A; 4M4B B; 3K8A A; 3F8T A; 1V8Q A; 3WCP A; 2G9D A; 2R50 A; 3D8G A; 2PZT A; 3WCU D; 1LA6 B; 1EYX B; 3MYN A; 5C4H A; 2ZSQ A; 1SRU A; 1EYC A; 2HDM A; 4RGN A; 2VJR A; 3KMF A; 3NHH A; 4ULL A; 2XYK A; 4ZIZ B; 5A2Q L; 2D62 A; 1XZ7 A; 1QPW B; 1XPO A; 1XMQ Q; 2DY8 A; 1Q7Y C; 3PMC A; 2HHE A; 3UGY A; 5E83 B; 1H9S A; 1G8Z D; 1HFG A; 5M3F G; 4A3G B; 1DXT B; 4B3S L; 1O7I A; 2N8N A; 3PUW A; 3PIO A; 4DV2 Q; 1ILQ A; 1TT2 A; 2B29 A; 1VQF A; 4TYX A; 2DUD A; 2ZSP A; 1WCM H; 5GAD C; 4RWS C; 3HKZ G; 1V5H A; 3GTG H; 3S1M B; 3WCW C; 2JEB I; 1A0Z A; 1Q81 C; 1KQS A; 2QSS A; 1CG8 B; 1HZ9 A; 1ET9 A; 1L0Y B; 3CD6 A; 3W4U B; 1YVC A; 1LH2 A; 4PNY A; 1GH0 B; 1HBA A; 2MYA A; 1SE4 A; 3ND8 A; 3LR7 A; 3CME A; 1HI1 A; 2MPM A; 3VYU A; 1SNQ A; 2CVR A; 2IX1 A; 3UGZ A; 4LUV A; 5M5X H; 2C5C A; 3IRB A; 3PMD A; 1MOB A; 3AU7 A; 2B2W C; 2DGY A; 3MAQ A; 3LQD B; 1CH4 A; 2FIN B; 5JVH 3; 1H9M A; 1LTW A; 2CCZ A; 5LMN L; 3MJP B; 1NSN S; 3D4W A; 1AZI A; 4A3L H; 1RQA B; 1CKN A; 3BS1 A; 2MO1 A; 5M5W H; 1RTO A; 2B39 A; 3J81 E; 3GKV B; 3E9I A; 2SEB D; 2CHB D; 4BY1 G; 1TWA B; 4DNR B; 3J7A F; 1E22 A; 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1K9M C; 2H8D A; 3WHM A; 1XF6 C; 2Z6K C; 4NKL A; 1J3Y B; 4JI8 Q; 4EGV A; 3LX0 A; 1Y0T A; 2GKN A; 1XWE A; 2F0O A; 1E24 A; 4MPM A; 2UUN A; 3EN2 A; 1HA7 B; 2GTL C; 4OON A; 2H1E A; 1V4X A; 1HDS B; 1B8D A; 1RQ4 A; 3CXC A; 4C3J G; 3K7A B; 5NUC A; 1HDA B; 1UEA B; 1YGD B; 1TES A; 2QU0 B; 3K8B A; 1U4R A; 2V1E A; 2MGJ A; 3E6Z X; 1AJ9 B; 4EX5 A; 4DR4 L; 2I5H A; 3MBA A; 5CHR A; 2RDG A; 1Y35 A; 3PF4 A; 3OJ1 A; 4A8M P; 3NTK A; 1X9F C; 4C56 C; 3D4X B; 5C4X G; 1PTO D; 1RPS B; 3SVM A; 3K58 A; 1C7C A; 4TWV A; 1Y8O B; 1I4P A; 4K0K L; 1A3U A; 1IXR A; 2K5N A; 1BBB B; 1Y1W H; 2PNR C; 2RSN A; 4XS0 A; 1MOH A; 3E3X A; 1XZ5 A; 2MYE A; 4NXC A; 2PEG A; 2HQL A; 3U3E A; 4C1N K; 4X64 Q; 4C3I H; 1MLN A; 5CHQ A; 2GDM A; 4F6G A; 1ZYR D; 3OIP A; 3P5Q A; 3T4A C; 3NML A; 2LH1 A; 3TBI B; 1WLA A; 5CBE E; 1K0Y B; 1Y0W B; 5EKL A; 2QMB B; 3G4R A; 1CK1 A; 3CU7 A; 4WJG A; 4UIQ A; 2G0X A; 3RMH A; 4LF4 L; 3NE5 B; 106M A; 1NR2 A; 4L5Q A; 5I2Y A; 4MQC A; 1IT3 A; 2R7Z H; 1J7S A; 2QDB A; 1GUN A; 3MA2 B; 4PMW A; 4HJ9 A; 3DHT A; 3ZOM A; 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