3J8AA

Structure of the f-actin-tropomyosin complex
Total Genus 61
501001502002503003500102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
367
structure length
366
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
5010015020025030035035030025020015010050
0102030405060Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (17-21)3H3 (335-337)S1 (8-11)S3 (29-31)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)TIV4 (61-64)TIV3 (59-62)TIV7 (72-76)TIV2 (45-48)AH1 (79-93)S5 (53-54)TVIII2 (50-53)TVIa1 (54-57)3H1 (57-59)S6 (65-68)S7 (103-107)TVIII3 (69-72)TIV6 (71-75)TIV8 (108-111)TIV9 (112-115)S8 (134-136)TIV16 (293-296)AH3 (137-141)TI2 (141-144)S10 (159-165)TIV11 (142-145)S14 (298-301)S9 (150-156)TI4 (171-174)AH4 (182-193)S11 (176-178)AH10 (310-320)O2 (215-217)TIV12 (220-223)AH6 (223-231)S13 (247-250)TIV13 (242-245)S12 (238-241)AH7 (253-260)TVIII4 (260-263)AH9 (289-293)TI7 (286-289)TIV19 (302-305)TIV20 (306-309)AH11 (338-348)TIV22 (332-335)3H4 (352-355)TIV24 (360-363)TIV26 (362-365)AH2 (116-127)TVIa2 (156-159)TI6 (265-268)TI1 (97-100)AH5 (203-215)AH8 (274-283)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein/hydrolase
source organism Mus musculus
publication title Structure of the F-actin--tropomyosin complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tropomyosin alpha-1
total genus 61
structure length 366
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3j8aA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3j8aA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3j8aA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3j8aA04
2IVPA 3A5OC 2ASPA 2P9PB 3VEXA 3O08A 3FE1A 2IVOA 4DB3A 4EHTA 1TUYA 1HUXA 3D2FA 5LJWA 3WQTA 1D4XA 3L6QA 1Z6RA 4NB4A 4BR0A 5AZIB 1RFQA 1J6ZA 4A2BA 1DEJA 4CZLA 5BREA 1LCUA 4I6MB 5B8HA 4QS8A 5AQLA 4Z94A 4MO5A 3DXKB 5BRFA 1XUPO 3JXUA 5KQ8A 3UE5A 1X3NA 1HKCA 4QS7A 2P9KB 2GTDA 3C7NB 2A3ZA 3SLCA 2ZGZA 1V4TA 2YI1A 5BRHA 2CGJA 5AQTA 2FSNA 2P9UA 4BRLA 4FWSA 4WQ5A 5JLHA 3H6EA 1GLDG 1XQSC 1Z05A 3QMLA 4BC2A 4B1WB 4BR5A 3A0IX 4AM7A 3CJ1A 3ENHA 1YAGA 3VEYA 4BRCA 4PKGA 3SK3A 1QQMA 3FGUA 5F2RA 4DQ8A 1XC3A 2QWRA 3OHRA 2E2OA 4IWVA 2QWPA 3O1WA 3VF2A 1R59O 2BUPA 4XH5A 1ZXOA 4KBOA 2HMPA 2V51B 3CJBA 1BG3A 1NGJA 3CHWA 2P9SB 1E4FT 2GELA 3CJAA 4HTLA 3WXLA 3A5NC 3BF1A 3QB0A 4BGAA 5AQWA 1GLCG 3IDHA 3VOVA 4CZEA 5ELZA 4FWKA 2ZWHA 4JHDB 2CH5A 2D0PA 3KHYA 2Q0RA 3VETA 2QWNA 4IZ9A 3QFUA 3BP8A 4PL8A 2A5XA 3DWLA 4FWLA 3LM2A 4K43A 3C0BA 5AQVA 2F9TA 3DXMA 1HJOA 2Q2RA 5EXWA 2HF3A 3VGKA 2YCHA 3ATUA 4EIAA 3KZBA 1NBWA 3GBTA 4M7YA 3R9PA 4FWPA 5EX5A 3HBTA 1KAYA 3UKUA 5AQGA 2KHOA 4FPAA 4E1JA 3RSEA 3EKUA 3JS6A 2E2PA 3FZFA 4FSVA 4H0TB 4HWIA 3D2FB 3MMVA 2UYTA 2FXUA 3H3NO 3P4IA 1MWKA 4JD2B 4A62A 5KPRA 4CBUA 3LDPA 2E1YA 3HSCA 3I33A 5TKYA 3IMXA 4CBWA 3VGLA 3F9MA 2A40A 1QZ5A 1IG8A 4XEIA 2QXLA 2NZTA 1NM1A 2QWLA 3G25A 5AQSA 4B9QA 1TYQA 3ZX2A 3FZKA 4CJ7A 1IJJA 1KXPA 3R6MA 5E84A 2DPNA 5ADXH 1Q18A 1S3XA 4ISGA 5CE3A 1KAXA 1KAZA 3EN9A 5FPEA 2P9UB 4H0PA 3U8XA 4IXCA 1C0GA 3VERA 1SQKA 3QFPA 3DAWA 4BVPA 3D7EO 2PBDA 2A41A 1BOTO 3I8BA 4J8FA 1MWMA 1T6DA 3D2EA 3AAQA 1JCEA 3MN7A 4PKIA 2EWSA 1YVNA 3MN9A 5E26A 1BA0A 4M7XA 3CJ9A 5EOYA 1GLFO 2I7NA 4EHUA 4XH1A 2CGKA 3U9DA 1ATRA 3LM9A 2QW9A 1T44A 4YDUA 2FLOA 3HTVA 3M3ZA 2E2QA 3GG4A 2P9NA 2YJFA 3HI0A 5BPLA 2GUPA 3VEWA 1MDUB 4YDUC 3VENA 3QBXA 4CZJA 5AFUH 3UKRA 1QQOA 4QS9A 4RTFD 1BO5O 5BPNA 3FLCO 3TU5A 5EY4A 3ULEA 3BEXA 5FPNA 2YJEA 2YHXA 4CI6A 1HKBA 1BWFO 4B1ZA 2Q97A 2W41A 4H5VA 4A61A 3B8AX 2GEMA 4PKHA 5AZIA 1OKJA 3CJCA 1NMDA 3H46O 5F0XA 4H03B 4WYBA 3W3DA 2W40A 4B1VA 1HPMA 4BC3A 4L3QA 1JCGA 2IVNA 3DXMB 5KPZA 2VCPA 3HM8A 2IIRA 3O5BA 4O5FA 1DGKN 5AQXA 3VEVA 3ZETA 3ID8A 1U2VA 4O8KA 3UKUB 2BTFA 3RSEB 4BREA 4BRKA 1GLBG 4CZIA 5BPMA 2YHWA 5ADXA 5JLFA 2QWMA 3FR0A 3WXJA 5AQNA 5AQHA 2ASMA 3VPZA 4BRFA 4H5NA 1GLLO 3ATVA 2D4WA 1SZ2A 3GE1A 4CZFA 2VWBA 3ZEUB 2P9IA 4FOIA 3W0LA 1Y64A 3WQUA 4BRGA 3FFKB 3AAPA 1V4SA 1HX1A 1P8ZA 4JAXA 3VEOA 4H0VB 1TYQB 4NO7A 4CBXA 2VYPA 5AQIA 2P9LA 1CZAN 5BN9A 3SMSA 3CQYA 4ISFA 4JN4A 1RDWX 1MA9B 2E1ZA 3IFRA 3SMPA 4CZGA 5AQQA 4B1YB 1YUWA 4BG8A 4BRIA 1NLVA 5FPDA 4FWNA 3CI5A 4MLEA 2V52B 3ENOA 2AP1A 3U9ZA 1GLEG 1BA1A 5AQZA 4BRQA 5KQDA 3EL2A 4FOEA 3IUCA 3MN5A 4B1UB 5AFUA 3H1VX 3QICA 2E8AA 3D2EB 1SAZA 3LDLA 5I9EB 5AQPA 5BRDA 2CH6A 2E88A 1C0FA 4BC5A 3H3OB 2A42A 1ATSA 2ASOA 2J4RA 3EKSA 5AZJA 4BQLA 5AQOA 3WEEA 1G99A 5AQUA 4BR4A 1ATNA 1X3MA 4B1XB 3CETA 2QWOA 3KVGA 1JCFA 1GLAG 3AARA 4IJNA 3WXIA 3VGMA 1NGFA 3UKRB 4K42A 2I7PA 4PL7A 5AQFA 1T6CA 3LL3A 4GNIA 5AQKA 1QZ6A 1HKGA 3H1QA 4ISEA 4BG9A 3ULEB 2GWKA 3A5MC 4DCHA 4CZHA 1LOTB 5LJVA 1K8KA 4EFHA 4CD3A 3UB5A 3U4LA 3O6WA 2QM1A 4JD2A 1RGIA 2ZGYA 4JNEA 1NGHA 1ZC6A 5JICA 3QDKA 4FWMA 4XH4A 4BVOA 2YHYA 4WQ4A 2HOEA 3GOIA 2Q31A 4IJAA 1NGGA 2V7ZA 5EVZA 1YXQA 2NRHA 5AQRA 2FSJA 4H5RA 3ZETB 4BRNA 1U2VB 4H0YB 4WQ4C 2D1KA 1BDGA 1NGIA 4BC4A 3H45C 3BUZB 3EZWA 2P9PA 3BF3A 4MO4A 4M63C 5KPTA 4K41A 2GWJA 2NLXA 1NGCA 4C23A 2Q1NA 3TPQA 4BRAA 4DHYA 3MN6A 4H0OA 4H0XB 4MLHA 4AM6A 3A8YA 3QBWA 2FF3B 4BR2A 1QHAA 3LDQA 4BRMA 4FWQA 2ITMA 3M1FA 4I6MA 1E4GT 4EAHD 2QWQA 2P9IB 4WQ5C 4H5TA 4BRPA 2F9WA 2FF6A 3DXKA 3VF6A 4FL9A 3MDQA 3MCPA 1U6ZA 4RCHA 5AQMA 3CQXA 2P9LB 2P9KA 3C7NA 3WXKA 3ZX3A 5AQYA 2OANA 1ZBSA 4FWRA 4CD1A 2FSKA 3GL1A 3M6GA 4CZKA 4Y0WA 1S22A 2AA4A 3GDQA 3FZLA 5BN8A 1QQNA 1ESVA 3FZMA 5AQJA 1NGDA 4BRHA 4BROA 4F9OA 3WT0A 3S41A 2Q0UA 2ZF5O 1H1VA 3LDNA 4A2AA 4BRDA 5FPMA 1NGAA 4K25A 3L0QA 3R8EA 1GLJO 1HLUA 2A6AA 2H3GX 2WUSA 5F1XA 3L4IA 4H5WA 3SJHA 5AZJB 1NWKA 2E2NA 3WEEB 3CJ7A 4FWOA 2Q36A 4BR7A 3WUHA 2V7YA 4BQZA 3AY9A 3O4WA 3VEZA 3DJCA 4CZMA 1EQYA 2P9SA 4FPBA 4GY2B 3O80A 2CGLA 3J8AA 1DKGD 1X9JA 3MK6A 1NGEA 1WUAA 4BGBA 3CIPA 3A5LC 3O8MA 2D0OA 2E20A 1BUPA 5LY3A 2HF4A 4JHDA 3ZX0A 1K8KB 2PAVA 5JMVA 1WOQA 4BR9A 1TUUA 5AR0A 4FO0A 3LDOA 4LC9B 3FZHA 5BR9A 3HZ6A 3O1BA 1NGBA 2P9NB 3CERA 4RWTA 3EO3A 3ZEUA 3VF4A 1BU6O 3VESA 4IO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9QA 4BEBA 5HRPA 1Q82O 2IVPA 3A5OC 2P9PB 1KQSM 1RDUA 3FE1A 2IVOA 4DB3A 1L3TA 1NU0A 4NB4A 1W2BM 5AZIB 3SUQA 5I42A 2D0AA 3UIQA 4CK3A 4I6MB 5B8HA 4QS8A 3KKSA 1EETA 4DU3A 2FBXA 4NXMK 1X3NA 1HKCA 1NK0A 4QS7A 2GTDA 1BCMA 2NUBA 1V4TA 3P1GA 4G1QA 4IFEA 3ZYYX 3NH0A 5BRHA 4BE2A 2CGJA 1N36K 3O9TA 3D45A 4WFAL 5AQTA 1XNQK 2FSNA 3EEQA 2HHUA 4O0IA 4CFBA 2VGNA 1QVFM 1YT3A 1TV6A 4B1WB 1ZBLA 1Z26A 4Z4GA 3CJ1A 1EX4A 3VEYA 4PKGA 1BQNA 2ETJA 2JWKA 3SK3A 3CCEN 1QQMA 4DF4A 3V9SA 1RBRA 3TAGA 5F2RA 2YNHA 3HP6A 2QWRA 4CK1A 2QWPA 3AVFA 2NRVA 1TGOA 2BUPA 4LF6K 3TAQA 1DTQA 3SBGA 3J80O 3E66A 1HQUA 3D6RA 2WFBA 2V51B 3QLHA 3K5MA 3TSUA 2KZZA 3DRPA 4DTMA 1VQ7N 4OKEA 4B9UA 1E4FT 3WXLA 3QB0A 5AQWA 1HNXK 4IBNA 4E7KA 2D0PA 3VETA 1S1WA 3RRHA 4AHVA 3QFUA 2A5XA 4K43A 2VG7A 1BIZA 2IAJA 2F9TA 2Q2RA 2HF3A 4CJEA 3VGKA 1YITN 4E7IA 4EIAA 2DFHA 4EP4A 1OH6A 4U67L 5J2NA 2Q3SA 4GW6A 3UKUA 4X62K 3OYHA 3D0PA 3AVAA 1NJZA 3S9HA 1YF5L 4YOTA 4OLBA 3JS6A 2PZSA 1HNVA 4FSVA 4IEEA 2FBYA 1QSSA 1VQON 2UYTA 3OS0A 2DFEA 1MWKA 4JD2B 1RCHA 5KPRA 3LDPA 2E1YA 1KSPA 3VGLA 1CXQA 5FRNA 2A40A 4CF8A 2O8FB 1HQEA 5AQSA 4B9QA 1BIUA 1VHXA 3NGZA 3OS2A 3FZKA 3L2VA 1J54A 4NYNA 4OPHA 1IJJA 1KVAA 5E84A 2DPNA 3HPOA 1S3XA 5CE3A 4FJLA 1KAZA 3EN9A 3O9RA 3VQ4A 1OH8A 4LF4K 2P9UB 3SAHA 1LWEA 1C0GA 3VQ9A 1R0AA 3MECA 3SUPA 1BOTO 5H1SQ 2R7YA 2Y1JA 1FW6A 3TARA 1VQPN 1JCEA 3WNGA 5TKWA 3MN9A 3CCVN 1L3VA 1Q7YO 5KRSA 3WXMB 4E89A 4OKJA 1WSEA 4XH1A 2NRWA 1YJ9N 5HRNA 2FLOA 2OTJN 3ZSYA 2X78A 5BPLA 4CJVA 2GUPA 5GIPA 1FKOA 5AFUH 3LPTA 3THXA 3VMFB 4DTXA 1VRTA 4CESA 1A5XA 4BDYA 2D0CA 4JKGB 4DS4A 1YIJN 1M1KO 4FJKA 2NRXA 4B1ZA 4A61A 4H5VA 3O4QA 2GEMA 4JKCA 1O13A 3OYDA 3QEXA 4H03B 2HNDA 2W40A 4HTUA 1HNWK 4BC3A 4L3QA 3DXMB 4CJ4A 5KPZA 2IIRA 3ZSVA 4CJFA 2GX9A 5A2QO 1TK8A 4DSFA 1RDBA 1JXBA 1N34K 2YHWA 2ZM6K 1JL2A 5ADXA 3M8SA 4DV1K 3FR0A 1WSIA 5AQNA 2ASMA 3TAFA 1TVRA 4MQ3A 1ILYA 1BL3A 3ATVA 4IFYA 3L2UA 1SZ2A 3GE1A 1JJ2M 4CFCA 3CMEN 3LAMA 4W5NA 4FOIA 1S72N 3W0LA 1Y64A 3CM6A 4BRGA 3FFKB 4JAXA 3TTFA 3P31A 1HR0K 3VTIA 4DFMA 2P9LA 2UUCK 3T7ZA 4X64K 3E9OA 1RDWX 1D8YA 1TL1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IVP A;  3A5O C;  2ASP A;  2P9P B;  3VEX A;  3O08 A;  3FE1 A;  2IVO A;  4DB3 A;  4EHT A;  1TUY A;  1HUX A;  3D2F A;  5LJW A;  3WQT A;  1D4X A;  3L6Q A;  1Z6R A;  4NB4 A;  4BR0 A;  5AZI B;  1RFQ A;  1J6Z A;  4A2B A;  1DEJ A;  4CZL A;  5BRE A;  1LCU A;  4I6M B;  5B8H A;  4QS8 A;  5AQL A;  4Z94 A;  4MO5 A;  3DXK B;  5BRF A;  1XUP O;  3JXU A;  5KQ8 A;  3UE5 A;  1X3N A;  1HKC A;  4QS7 A;  2P9K B;  2GTD A;  3C7N B;  2A3Z A;  3SLC A;  2ZGZ A;  1V4T A;  2YI1 A;  5BRH A;  2CGJ A;  5AQT A;  2FSN A;  2P9U A;  4BRL A;  4FWS A;  4WQ5 A;  5JLH A;  3H6E A;  1GLD G;  1XQS C;  1Z05 A;  3QML A;  4BC2 A;  4B1W B;  4BR5 A;  3A0I X;  4AM7 A;  3CJ1 A;  3ENH A;  1YAG A;  3VEY A;  4BRC A;  4PKG A;  3SK3 A;  1QQM A;  3FGU A;  5F2R A;  4DQ8 A;  1XC3 A;  2QWR A;  3OHR A;  2E2O A;  4IWV A;  2QWP A;  3O1W A;  3VF2 A;  1R59 O;  2BUP A;  4XH5 A;  1ZXO A;  4KBO A;  2HMP A;  2V51 B;  3CJB A;  1BG3 A;  1NGJ A;  3CHW A;  2P9S B;  1E4F T;  2GEL A;  3CJA A;  4HTL A;  3WXL A;  3A5N C;  3BF1 A;  3QB0 A;  4BGA A;  5AQW A;  1GLC G; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I9Q A;  4BEB A;  5HRP A;  1Q82 O;  2IVP A;  3A5O C;  2P9P B;  1KQS M;  1RDU A;  3FE1 A;  2IVO A;  4DB3 A;  1L3T A;  1NU0 A;  4NB4 A;  1W2B M;  5AZI B;  3SUQ A;  5I42 A;  2D0A A;  3UIQ A;  4CK3 A;  4I6M B;  5B8H A;  4QS8 A;  3KKS A;  1EET A;  4DU3 A;  2FBX A;  4NXM K;  1X3N A;  1HKC A;  1NK0 A;  4QS7 A;  2GTD A;  1BCM A;  2NUB A;  1V4T A;  3P1G A;  4G1Q A;  4IFE A;  3ZYY X;  3NH0 A;  5BRH A;  4BE2 A;  2CGJ A;  1N36 K;  3O9T A;  3D45 A;  4WFA L;  5AQT A;  1XNQ K;  2FSN A;  3EEQ A;  2HHU A;  4O0I A;  4CFB A;  2VGN A;  1QVF M;  1YT3 A;  1TV6 A;  4B1W B;  1ZBL A;  1Z26 A;  4Z4G A;  3CJ1 A;  1EX4 A;  3VEY A;  4PKG A;  1BQN A;  2ETJ A;  2JWK A;  3SK3 A;  3CCE N;  1QQM A;  4DF4 A;  3V9S A;  1RBR A;  3TAG A;  5F2R A;  2YNH A;  3HP6 A;  2QWR A;  4CK1 A;  2QWP A;  3AVF A;  2NRV A;  1TGO A;  2BUP A;  4LF6 K;  3TAQ A;  1DTQ A;  3SBG A;  3J80 O;  3E66 A;  1HQU A;  3D6R A;  2WFB A;  2V51 B;  3QLH A;  3K5M A;  3TSU A;  2KZZ A;  3DRP A;  4DTM A;  1VQ7 N;  4OKE A;  4B9U A;  1E4F T;  3WXL A;  3QB0 A;  5AQW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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