3M1FA

Crosslinked complex of actin with first w domain of vibrio parahaemolyticus vopl
Total Genus 113

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
372
structure length
363
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV1 (3-6)S2 (16-21)S1 (8-12)AH2 (79-93)TI1 (13-16)S3 (29-32)TVIII1 (27-30)TII1 (21-24)TI6 (332-335)AH1 (56-61)S4 (35-38)S5 (53-54)S6 (65-68)3H1 (62-64)S7 (103-107)TIV4 (72-76)TVIII2 (69-72)TIV3 (71-75)3H2 (98-100)TII2 (108-111)3H8 (350-352)AH3 (113-127)S8 (131-136)AH10 (289-295)S9 (149-155)TIV6 (165-168)S11 (169-170)3H5 (264-266)TI2 (156-159)S10 (160-166)O1 (178-180)S12 (176-178)AH5 (182-195)AH7 (223-232)AH6 (205-216)TIV7 (202-205)3H6 (302-304)TIV8 (242-245)S13 (238-241)S14 (247-250)AH8 (252-257)TIV9 (261-264)3H4 (258-261)AH11 (309-320)AH9 (274-284)S15 (297-300)TII3 (306-309)3H7 (335-337)TI7 (352-355)S17 (357-358)S16 (329-330)TIV5 (76-79)AH12 (338-348)AH4 (137-145)TI4 (286-289)3H3 (172-174)TI3 (234-237)TI5 (322-325)TVIII3 (220-223)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
publication title Structure of a longitudinal actin dimer assembled by tandem w domains: implications for actin filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 113
structure length 363
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m1fA03
1YVNA 2IIRA 5TKYA 3CHWA 4DCHA 1ESVA 4B1UB 2J4RA 3CJ1A 4BRNA 4BC5A 4IO8A 3BF3A 4ISFA 3WEEB 2QWMA 3ULEB 3CI5A 3R9PA 3GBTA 1QQNA 4BRMA 3G25A 1HKBA 4IZ9A 3MMVA 3LDOA 4BRAA 4YDUA 5LJWA 1WOQA 3OHRA 4AM7A 1K8KA 3GE1A 2QWRA 3C7NA 4DQ8A 5BN8A 1SZ2A 5AQRA 4DB3A 3I8BA 1XC3A 3WT0A 3FZHA 3A5LC 3KHYA 4CZFA 2FF3B 4F9OA 3QB0A 3CIPA 1E4FT 1ZC6A 3WQUA 2V52B 2F9WA 4EHTA 5EXWA 3VEYA 1ZBSA 3MN6A 3B8AX 4CZJA 4IJAA 1U6ZA 3GDQA 1BDGA 2FLOA 2IVPA 1GLCG 5KPZA 5AQHA 2P9UA 4WQ5C 3H1QA 2FSJA 3UKUB 5AQUA 5BRHA 3CJCA 3SMSA 4CJ7A 2ASMA 1HJOA 3CJ9A 4BC3A 2E2QA 4JD2A 3J8AA 4Z94A 3MCPA 2A41A 4JNEA 1RDWX 5EVZA 5AZIA 2P9SB 3WXIA 4MO5A 2Q2RA 4B9QA 3VF2A 3KVGA 5AQNA 5FPEA 1DGKN 5E84A 3DAWA 1JCGA 2QWPA 4J8FA 4BC2A 3AARA 2AP1A 3M3ZA 1JCFA 3QDKA 4PKGA 1ATRA 2CH6A 2VCPA 1X3NA 5F1XA 1JCEA 2P9LB 3CQXA 3HZ6A 2CGJA 4EAHD 3SMPA 3BF1A 4BR4A 3MN7A 2E2OA 3ULEA 4BREA 1HKCA 3U9DA 3MDQA 2Q97A 1LCUA 4GNIA 1ATNA 4K41A 2A3ZA 4JN4A 4EHUA 4FPBA 4WQ4C 5B8HA 3GOIA 4O8KA 2E20A 5AQMA 3VEWA 3RSEA 1X9JA 3D7EO 3CETA 3VEOA 2YI1A 4XH1A 5JLHA 3O6WA 3W0LA 1J6ZA 4BRGA 4K42A 3BP8A 3O4WA 2FF6A 2PAVA 5ELZA 4FOIA 3VPZA 5LY3A 4BG8A 3UB5A 3VGMA 1T6DA 4CBWA 4BRLA 1QZ5A 2P9NB 3UKUA 1T44A 2YHXA 3CERA 3HI0A 1OKJA 2QWQA 1D4XA 3EKSA 3VESA 4CZLA 2E8AA 3VERA 4FL9A 2FXUA 4KBOA 3GL1A 2QW9A 3AY9A 3LDQA 4B1YB 4QS9A 4FWKA 4M7YA 4BQZA 1NLVA 3EO3A 2P9SA 1MWMA 3HM8A 4CBUA 1TUYA 4A62A 2H3GX 4E1JA 2ZGYA 4H0YB 5F0XA 3VEZA 2YJFA 3U8XA 4LC9B 3FZKA 1YXQA 2ASOA 1CZAN 5AFUH 5F2RA 3RSEB 1TYQB 2P9LA 3VGKA 3H46O 4WQ5A 3WQTA 2W40A 3FFKB 5LJVA 4RWTA 4H0XB 4FWMA 3M1FA 3I33A 1BA1A 3FR0A 3ENOA 3DWLA 1ATSA 1RFQA 4FWLA 4WYBA 4FWQA 2ZF5O 3HSCA 4FSVA 1BG3A 3ZX0A 4K25A 1BWFO 3VENA 4NO7A 3CJBA 2QWOA 3D2EB 3DXMB 3P4IA 3EN9A 3LDLA 4BC4A 4BR0A 4MLEA 3WXLA 3L4IA 3DJCA 5BRDA 4MO4A 3ATUA 1LOTB 1V4TA 2CGLA 3FZLA 1C0GA 1KAXA 2FSNA 3DXKB 4FPAA 5KQ8A 4H0VB 3QBWA 5I9EB 5AR0A 3QMLA 2E2PA 1WUAA 4NB4A 1G99A 2Q36A 3A0IX 2P9NA 4FWRA 3QFUA 3FE1A 2NLXA 2E88A 2A6AA 5AQJA 4ISEA 1KAZA 2EWSA 4BG9A 3A5OC 3ENHA 4QS8A 4DHYA 4WQ4A 4PL8A 4B1XB 5AQXA 3CJ7A 3ATVA 5FPMA 1XQSC 3MN9A 3U9ZA 5AQPA 1HLUA 1NGJA 1GLLO 3W3DA 2PBDA 4B1WB 1BO5O 5EOYA 1SAZA 1P8ZA 4XEIA 5BPMA 3FGUA 4JAXA 4XH4A 1YUWA 2UYTA 2D0PA 2GTDA 4EIAA 4PL7A 2GWKA 5AZJB 3O8MA 5BPNA 2HF4A 5AQIA 1QHAA 1ZXOA 4H5NA 1KXPA 4H5RA 2A40A 2F9TA 2GUPA 4FWNA 3HBTA 2VYPA 5BPLA 3ZX3A 1GLEG 2ZGZA 2YJEA 1TYQA 4BR2A 1Y64A 2V7ZA 2YHWA 3JS6A 5AQVA 4BQLA 3IDHA 2HOEA 2NRHA 5AQWA 2AA4A 2E1ZA 5AQOA 4H5VA 1KAYA 4CZKA 4CZEA 4BRQA 2Q31A 4A2BA 3SLCA 3H3NO 2GWJA 2I7PA 3C0BA 4CZMA 3R6MA 2HMPA 2NZTA 5JICA 2YHYA 3D2EA 3DXMA 1S3XA 3EL2A 4H0TB 4PKHA 3AAPA 1GLJO 2D0OA 4AM6A 5JMVA 1NWKA 3H6EA 3VGLA 5AQSA 4BRFA 5AFUA 2P9PB 1NGBA 1NGGA 3ZEUB 1HX1A 3DXKA 1QQOA 3D2FB 4FO0A 3GG4A 4ISGA 4H5TA 1NGDA 4B1ZA 5ADXH 1GLDG 1MDUB 2A5XA 1QZ6A 4IJNA 1NGEA 2P9IA 1MWKA 3L6QA 2ITMA 3S41A 5EY4A 4A2AA 1NGAA 3FLCO 2GELA 3TU5A 4I6MA 1HUXA 4BR9A 3BEXA 4MLHA 3QFPA 3VEXA 4H5WA 2V51B 5FPDA 4A61A 3ZX2A 4IXCA 4L3QA 3UKRB 4CBXA 4H0PA 1Z05A 3FZFA 3TPQA 4IWVA 1BU6O 1TUUA 3FZMA 4BR5A 5AQFA 5BREA 3H45C 5AZJA 2DPNA 4CD3A 3LDNA 4RTFD 4XH5A 2QWLA 3HTVA 2Q0RA 1DEJA 3A5MC 2QWNA 5BN9A 5AQYA 3IMXA 4O5FA 4EFHA 4HWIA 3SK3A 2P9KB 2KHOA 3VETA 4H0OA 4BVPA 1S22A 2BTFA 1YAGA 2IVOA 3ZETB 1R59O 1Z6RA 4QS7A 4BRKA 3IUCA 3M6GA 2HF3A 5AQTA 5AQQA 4CZIA 1V4SA 1IJJA 3LM9A 4PKIA 4JHDB 4YDUC 4CZHA 1BA0A 3WUHA 1X3MA 3O1BA 1XUPO 2P9IB 3H3OB 1GLFO 4BVOA 1E4GT 2Q0UA 1U2VA 4C23A 4M7XA 2OANA 4I6MB 3QBXA 1NGHA 2GEMA 3ID8A 4CI6A 2QM1A 2P9PA 3WXKA 3O08A 3ZEUA 2ZWHA 3EKUA 3D2FA 3CJAA 4B1VA 2D1KA 3VOVA 1SQKA 2QXLA 4K43A 3CQYA 2WUSA 1BOTO 1IG8A 1NGIA 4RCHA 4BROA 4BRDA 3H1VX 3JXUA 3A8YA 1HKGA 3IFRA 4FWOA 3MN5A 1K8KB 5KPRA 5E26A 3C7NB 3BUZB 2D4WA 3UE5A 4GY2B 3F9MA 1H1VA 2E2NA 3UKRA 3QICA 4BGBA 4HTLA 4BRPA 4BRIA 1Q18A 3AAQA 4M63C 1MA9B 3KZBA 1BUPA 5EX5A 3WEEA 4CZGA 1NGCA 4FWPA 3SJHA 3O80A 4BGAA 5AQGA 5BR9A 3VF4A 2FSKA 4BR7A 5ADXA 1HPMA 5JLFA 5FPNA 5AQKA 1GLBG 4BRHA 3A5NC 1EQYA 2P9UB 3L0QA 2P9KA 1U2VB 2YCHA 3R8EA 1NBWA 2CH5A 2IVNA 2W41A 3U4LA 3LM2A 4FOEA 3ZETA 1DKGD 5KQDA 3WXJA 5KPTA 1NM1A 2VWBA 4JD2B 5AQLA 3EZWA 1NGFA 2CGKA 5CE3A 2ASPA 4BRCA 1QQMA 1RGIA 2BUPA 3LL3A 4JHDA 5AZIB 4Y0WA 1NMDA 4CD1A 3LDPA 2A42A 3O5BA 1T6CA 3VEVA 3MK6A 1C0FA 5AQZA 2E1YA 4FWSA 1GLAG 2Q1NA 5BRFA 2I7NA 4H03B 3VF6A 3O1WA 2V7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KRTA 1HPZA 4NXMK 1IKXA 4RW8A 3AGKA 1U4BA 4FJKA 4B9UA 3QNOA 1NK4A 3CJ1A 1QSYA 2B6AA 3AVLA 4LD0A 1N5YA 1ITGA 4BRMA 3RVCA 2E6LA 5T7BA 4IZ9A 3CCVN 1TK8A 4YDUA 5LJWA 4DSIA 1K8KA 4FM2A 5AQRA 4DB3A 3I8BA 3FZHA 3A5LC 4CZFA 1TK5A 1LWEA 4ICLA 5GADP 3TSUA 5IT9O 3P39A 4DQQA 1E4FT 3AVAA 3CC4N 3VQQA 3MN6A 1RNHA 3LP0A 3NGIA 1T05A 2IGIA 1BDGA 2IVPA 1W0HA 3KIOA 5KPZA 4YOVA 2P9UA 1VRTA 3SMSA 4CJ7A 4DFKA 3PSFA 2X6SA 3CCUN 2E2QA 4JD2A 4Z94A 3MCPA 2OA8A 5C2DA 1RDWX 3NE6A 5AZIA 1HQEA 1OH5A 1XMQK 3KVGA 4IOAL 1X9SA 4Z4GA 3QETA 3T69A 4OKEA 4E7JA 4FZYA 4MDBA 2LSNA 4E3SA 4C8MA 4WCEL 4KI6A 1U04A 3AA5X 5GIOA 3M3ZA 4CW7B 3O3HA 3KLHA 1W7AA 2HSTA 3K5MA 3IAYA 4WE1A 1BHLA 3SAHA 3MECA 3PX6A 4J2DA 2Z1IA 5GINA 4CESA 3BF1A 5KGWA 4KHUA 1HKCA 1RT4A 5HP1A 2Q97A 4K41A 4CVNE 1TAQA 4J2EA 4O8KA 2E20A 5CY4A 3EZ5A 3MX2A 1X9JA 1SV5A 3D7EO 4A59A 2YI1A 4HCBA 5JLHA 3O6WA 1J6ZA 1RBVA 1NK0A 4K42A 3DLLL 1WSFA 2PAVA 1I3AA 4F4KA 3KTQA 5FROA 3VPZA 1RBSA 2D5RA 3THXA 4DU1A 4JKEA 1UA1A 1NJZA 1LW0A 2PFUA 3VGMA 1T6DA 4OVLA 4BRLA 4OPAA 1FW6A 2XHBA 3UKUA 1T44A 2ZD1A 3TAMA 3EEQA 2G8IA 1OKJA 1Q9YA 3G0ZA 3VERA 4FL9A 2FXUA 3GL1A 1K8AO 1NOZA 3LWLA 3LDQA 2KZMA 4QS9A 4DU3A 4FWKA 4M7YA 1FJGK 1L3VA 4RW4A 4IEIA 3CC7N 3QLHA 4PQUA 4N5SA 4M41A 5F0XA 3B6PA 3FZKA 4FJ9A 1NU0A 3HP9A 2JGUA 4LSNA 5AFUH 1O1WA 3O3FA 3J7AP 3WQTA 1WN7A 4RWTA 1C0TA 1HNVA 4JI7K 3I0RA 1BA1A 3C94A 1RFQA 3G10A 4FWLA 4BEBA 1I94K 3PUFA 3OA9A 4FWQA 2ZF5O 4E1NA 3OYFA 3P83D 4FSVA 4CFDA 3VENA 3J81O 1IBLK 2QWOA 3EN9A 2ZJPL 3WXLA 4L8RB 1KQSM 4MO4A 2KKZA 4AHUA 3JYTA 3FZLA 1BCOA 1C0GA 1KAXA 1B92A 1B9FA 5E41A 1Q7YO 2P5GA 4B3TK 3QO9A 3HPGA 4BDYA 4JKGA 1U49A 4KO0A 4FM1A 5AR0A 3PO5A 3QEVA 2Q36A 2P9NA 4FWRA 3QFUA 4ELVA 4A5AA 2NLXA 4FXDA 4F2RA 4DHYA 4K8ZA 1JLGA 4WQ4A 4FLZA 5FPMA 1EXQA 3U9ZA 2HVHA 1GLLO 4GV3A 2FC0A 2A1RA 3U3YA 4XH4A 1YUWA 1R0AA 2UYTA 4PL7A 4UY8O 3PX4A 1FKOA 4KI4A 4CHQA 2ZGZA 3PO4A 1C1BA 1TYQA 3AVGA 1M1KO 4KHQA 2YHWA 5AQVA 3LZJA 3TANA 4BQLA 3IDHA 3VTHA 2HOEA 3RRGA 4OGCA 3PIOL 4I2QA 2E1ZA 3QEXA 1KAYA 3OBYA 1L3UA 4YOXA 3LDSA 1VSFA 3LPTA 4FK4A 3R6MA 1J9AA 4I9LA 4CJ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4B1V A;  2D1K A;  3VOV A;  1SQK A;  2QXL A;  4K43 A;  3CQY A;  2WUS A;  1BOT O;  1IG8 A;  1NGI A;  4RCH A;  4BRO A;  4BRD A;  3H1V X;  3JXU A;  3A8Y A;  1HKG A;  3IFR A;  4FWO A;  3MN5 A;  1K8K B;  5KPR A;  5E26 A;  3C7N B;  3BUZ B;  2D4W A;  3UE5 A;  4GY2 B;  3F9M A;  1H1V A;  2E2N A;  3UKR A;  3QIC A;  4BGB A;  4HTL A;  4BRP A;  4BRI A;  1Q18 A;  3AAQ A;  4M63 C;  1MA9 B;  3KZB A;  1BUP A;  5EX5 A;  3WEE A;  4CZG A;  1NGC A;  4FWP A;  3SJH A;  3O80 A;  4BGA A;  5AQG A;  5BR9 A;  3VF4 A;  2FSK A;  4BR7 A;  5ADX A;  1HPM A;  5JLF A;  5FPN A;  5AQK A;  1GLB G;  4BRH A;  3A5N C;  1EQY A;  2P9U B;  3L0Q A;  2P9K A;  1U2V B;  2YCH A;  3R8E A;  1NBW A;  2CH5 A;  2IVN A;  2W41 A;  3U4L A;  3LM2 A;  4FOE A;  3ZET A;  1DKG D;  5KQD A;  3WXJ A;  5KPT A;  1NM1 A;  2VWB A;  4JD2 B;  5AQL A;  3EZW A;  1NGF A;  2CGK A;  5CE3 A;  2ASP A;  4BRC A;  1QQM A;  1RGI A;  2BUP A;  3LL3 A;  4JHD A;  5AZI B;  4Y0W A;  1NMD A;  4CD1 A;  3LDP A;  2A42 A;  3O5B A;  1T6C A;  3VEV A;  3MK6 A;  1C0F A;  5AQZ A;  2E1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KRT A;  1HPZ A;  4NXM K;  1IKX A;  4RW8 A;  3AGK A;  1U4B A;  4FJK A;  4B9U A;  3QNO A;  1NK4 A;  3CJ1 A;  1QSY A;  2B6A A;  3AVL A;  4LD0 A;  1N5Y A;  1ITG A;  4BRM A;  3RVC A;  2E6L A;  5T7B A;  4IZ9 A;  3CCV N;  1TK8 A;  4YDU A;  5LJW A;  4DSI A;  1K8K A;  4FM2 A;  5AQR A;  4DB3 A;  3I8B A;  3FZH A;  3A5L C;  4CZF A;  1TK5 A;  1LWE A;  4ICL A;  5GAD P;  3TSU A;  5IT9 O;  3P39 A;  4DQQ A;  1E4F T;  3AVA A;  3CC4 N;  3VQQ A;  3MN6 A;  1RNH A;  3LP0 A;  3NGI A;  1T05 A;  2IGI A;  1BDG A;  2IVP A;  1W0H A;  3KIO A;  5KPZ A;  4YOV A;  2P9U A;  1VRT A;  3SMS A;  4CJ7 A;  4DFK A;  3PSF A;  2X6S A;  3CCU N;  2E2Q A;  4JD2 A;  4Z94 A;  3MCP A;  2OA8 A;  5C2D A;  1RDW X;  3NE6 A;  5AZI A;  1HQE A;  1OH5 A;  1XMQ K;  3KVG A;  4IOA L;  1X9S A;  4Z4G A;  3QET A;  3T69 A;  4OKE A;  4E7J A;  4FZY A;  4MDB A;  2LSN A;  4E3S A;  4C8M A;  4WCE L;  4KI6 A;  1U04 A;  3AA5 X;  5GIO A;  3M3Z A;  4CW7 B;  3O3H A;  3KLH A;  1W7A A;  2HST A;  3K5M A;  3IAY A;  4WE1 A;  1BHL A;  3SAH A;  3MEC A;  3PX6 A;  4J2D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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