3M1FA

Crosslinked complex of actin with first w domain of vibrio parahaemolyticus vopl
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
372
structure length
363
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a longitudinal actin dimer assembled by tandem w domains: implications for actin filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 113
structure length 363
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m1fA03
3J8AA 5AQJA 1MWKA 1CZAN 2OANA 1SAZA 2CH6A 4BQLA 4CZHA 3VESA 3A5MC 4HTLA 3GOIA 4PL8A 3VEWA 1MWMA 2V7ZA 3O08A 1NMDA 2YHWA 4BR5A 4DHYA 3VENA 4FWQA 3LM2A 4IZ9A 2GEMA 4PKGA 5AQZA 3CI5A 5LJWA 1GLFO 2ASPA 1RGIA 5AQTA 3VEZA 4B9QA 5FPMA 2ASMA 1S3XA 2P9UB 1XQSC 3HBTA 4FSVA 5AQRA 4EFHA 4BRQA 4BQZA 5AR0A 1R59O 3LDLA 4BRCA 3FGUA 4FPAA 2Q2RA 3TPQA 4J8FA 1BA0A 3ID8A 3QB0A 4WQ5A 1T6DA 5AQVA 5TKYA 4MO5A 1JCFA 1RDWX 2W41A 3WXIA 2D0OA 1HLUA 4FWRA 4H5WA 4K43A 3VETA 5BRHA 4CZGA 2E1YA 4IJNA 4CD3A 5AFUH 3MMVA 3A8YA 3FZKA 3L6QA 3OHRA 5BPNA 3HTVA 5EY4A 4BC5A 4CBXA 4H0VB 5AZIB 5AQOA 3CHWA 2CGJA 3EN9A 3UKRA 2GWJA 4JD2B 3H1VX 2QXLA 4H0XB 3GE1A 4FOEA 4M7XA 4IWVA 4F9OA 1GLJO 2YJEA 2HOEA 4M7YA 1JCEA 5B8HA 3UKRB 3WQTA 2A6AA 4ISFA 1QQMA 2GTDA 3MCPA 4A61A 2QWPA 4BRMA 4BC2A 3FZHA 5JLFA 3U9DA 3CERA 3ATUA 1NGDA 3HM8A 5BPMA 3P4IA 1YUWA 1DKGD 3SMPA 3WXKA 1KAZA 4BC3A 2VYPA 3HSCA 1C0GA 2UYTA 3WXLA 4WQ4C 1NGHA 2A42A 4CZKA 1HJOA 3LDOA 4BR0A 3MN9A 1SZ2A 1TYQA 3CJAA 2A41A 4FWKA 3VF2A 4PKHA 3SMSA 4JHDA 5AQLA 1QQNA 2V52B 3MN7A 4BGAA 5EXWA 3WXJA 4JAXA 4ISEA 3GDQA 5AQIA 1OKJA 1TYQB 3QDKA 1KAXA 2GELA 5BRDA 3VERA 3QMLA 5EOYA 4CD1A 1SQKA 1KXPA 2AA4A 1RFQA 3ATVA 3A0IX 4BRHA 4GNIA 3U9ZA 5AQSA 5FPEA 3VEYA 4CZMA 3CETA 3O6WA 2Q0RA 2E2PA 3R8EA 2Q31A 4BR4A 2I7NA 1Z05A 2E2NA 4BRLA 3QICA 1X3MA 2KHOA 4EIAA 2QWLA 5JLHA 5CE3A 3W3DA 5ADXH 5AQGA 2CGLA 1YAGA 5LY3A 2EWSA 4IO8A 1QQOA 2A40A 2W40A 1XUPO 3IUCA 3DAWA 3UB5A 1HKBA 5BPLA 3O5BA 2Q97A 3UE5A 2YHYA 1GLCG 3I33A 3R9PA 5AQPA 4Z94A 4RCHA 2P9UA 3VOVA 3CJ1A 2E20A 4CBUA 4NB4A 4JNEA 1S22A 1T6CA 3SLCA 1NGEA 4H0OA 3R6MA 3H3NO 1TUYA 3G25A 4DCHA 2ZWHA 3O4WA 5I9EB 3VPZA 4BR9A 1Z6RA 1EQYA 2PAVA 1BU6O 4BROA 1BDGA 1NBWA 4BRFA 5LJVA 3ENOA 2F9WA 3MN6A 3VF4A 4PL7A 5BR9A 3U8XA 3EZWA 2P9SA 4BRAA 2YCHA 3HI0A 2QWMA 3H1QA 3RSEA 4FWSA 2H3GX 3KVGA 4QS7A 3M3ZA 5E84A 2D0PA 4BRKA 3A5OC 5AZIA 3BF1A 2YJFA 5AQYA 4JD2A 5AQWA 3WUHA 1C0FA 2GWKA 2FLOA 1ZXOA 2P9SB 2ZGZA 2P9PA 4M63C 4RTFD 3RSEB 4FL9A 4QS9A 3ZX2A 3CJBA 3AY9A 1J6ZA 2V7YA 2E88A 2HF3A 1HPMA 3IDHA 3ENHA 5FPDA 2P9PB 5BREA 3M6GA 3VF6A 5JMVA 4BRPA 4BRIA 1BO5O 3M1FA 3ZEUB 5AQHA 5KPRA 1IJJA 3IMXA 4DQ8A 1DEJA 2FF3B 1HKCA 3DXMA 4HWIA 4LC9B 4H0TB 1ZC6A 3CIPA 1D4XA 1Y64A 4BRNA 2P9LA 1U6ZA 3B8AX 4EHUA 4H0PA 2A3ZA 3QFUA 3FLCO 3FZFA 4B1ZA 4BRGA 1NGCA 1YXQA 3DXMB 2ASOA 3EKUA 2A5XA 3D2EB 1GLDG 1GLEG 1YVNA 5F2RA 3O1BA 1BOTO 2P9LB 5KPTA 1HUXA 4WQ5C 2FSKA 3QBXA 2QWRA 3AAQA 4A62A 4FWLA 4YDUA 3KZBA 4Y0WA 2E8AA 1HX1A 4B1WB 2E2QA 4FWOA 4RWTA 4C23A 5EX5A 3BEXA 4K41A 1IG8A 3EL2A 3O1WA 4AM7A 1V4SA 3F9MA 1QZ6A 3QFPA 4CZLA 4ISGA 4B1VA 2HMPA 2VWBA 3AAPA 3AARA 1BWFO 2D1KA 3DWLA 2E2OA 4FWMA 4XEIA 5AZJA 4XH4A 4FWNA 3SJHA 3O8MA 1GLBG 1Q18A 4O8KA 4XH5A 4IXCA 3DJCA 1NGBA 4GY2B 5BN9A 3FFKB 1TUUA 5AZJB 3FZLA 3ZX3A 4BREA 4K42A 4EAHD 3VGKA 4FOIA 1H1VA 5AFUA 3BP8A 4CI6A 4K25A 4A2AA 1BG3A 3GG4A 1E4GT 3FE1A 3VEOA 5BN8A 2ZF5O 1BUPA 3CJ7A 4JN4A 4BR7A 1LOTB 1NGAA 5EVZA 3H3OB 4H5RA 2FSNA 3LDQA 3W0LA 2IVPA 3L4IA 4H5NA 4I6MA 5FPNA 1E4FT 5AQFA 5KPZA 2QWNA 3VGLA 3CJ9A 4CZEA 3D2FA 3BUZB 2QM1A 3QBWA 3H6EA 2VCPA 1WUAA 4FWPA 1XC3A 2E1ZA 2CH5A 4I6MB 1ESVA 3ZETB 3LM9A 4FPBA 3D2FB 4XH1A 2Q0UA 5F1XA 2IVNA 1HKGA 2ZGYA 3IFRA 1DGKN 1NGGA 1QHAA 1NGJA 1GLLO 4PKIA 1MA9B 4BG9A 4BGBA 1X3NA 1NLVA 3GBTA 3A5LC 2ITMA 4MLHA 2F9TA 5E26A 4FO0A 2FSJA 4B1YB 3ZEUA 4WYBA 1U2VA 5JICA 3EO3A 4WQ4A 3O80A 3WQUA 1NWKA 3WT0A 3SK3A 4BVPA 3BF3A 3C0BA 3HZ6A 5AQQA 2QW9A 2WUSA 1BA1A 1U2VB 1P8ZA 3MN5A 1ATSA 1NM1A 2D4WA 3FR0A 3KHYA 3D2EA 5KQDA 4QS8A 3C7NA 2DPNA 3L0QA 1ZBSA 3TU5A 5AQMA 4CZIA 3LDNA 4CZJA 4BG8A 2GUPA 3VEXA 1T44A 3I8BA 2PBDA 2BTFA 2QWOA 3C7NB 3H45C 4E1JA 5AQNA 3MDQA 3A5NC 1QZ5A 2YHXA 2IIRA 3D7EO 5ADXA 4AM6A 1ATRA 3CQYA 5KQ8A 4BC4A 1G99A 3JXUA 3WEEA 5AQXA 4O5FA 3LDPA 2FXUA 3U4LA 1KAYA 4NO7A 2I7PA 3LL3A 5F0XA 3ZX0A 3DXKA 4H03B 3WEEB 2P9IA 4A2BA 4MO4A 4CZFA 3EKSA 4H5VA 4BRDA 3ULEA 2P9KA 2V51B 4EHTA 4H5TA 1GLAG 3DXKB 2J4RA 4CJ7A 1ATNA 2P9IB 3GL1A 1NGIA 2IVOA 5BRFA 1X9JA 4B1XB 3ULEB 2P9KB 4DB3A 1NGFA 3JS6A 5AQKA 1V4TA 2Q36A 3FZMA 4JHDB 1JCGA 2NLXA 2QWQA 4KBOA 4IJAA 3VEVA 2BUPA 4B1UB 3MK6A 1LCUA 1K8KA 3VGMA 1MDUB 2HF4A 2P9NA 3S41A 3UKUA 4H0YB 2NZTA 3CQXA 4BR2A 4YDUC 4CBWA 3H46O 2AP1A 1WOQA 2NRHA 5ELZA 1K8KB 2FF6A 4BVOA 2P9NB 2YI1A 3UKUB 2CGKA 3ZETA 5AQUA 2Q1NA 4L3QA 4MLEA 3CJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QOZB 4F2RA 1Y97A 2JLEA 2ZJQL 4N76A 2OANA 3LPTA 4BQLA 1NOZA 4GMJB 4BE0A 4FJIA 4LF5K 4WF9L 4M42A 3G6EN 1Z26A 1YJ9N 4CHQA 1NK9A 1BGXT 4HUEA 4B3TK 3G10A 3Q7BA 3O9RA 2NRRA 3VA3A 4IZ9A 2GEMA 2X78A 3VQQA 3OYFA 2QEXN 5GINA 2O8EB 1GLFO 1RGIA 4DSJA 4OKEA 2ASMA 3O4NA 3AO5A 4YOUA 3SQ1A 5AQRA 4FSVA 4GV9A 4OLAA 3P38A 4BRQA 3SCXA 3NDKA 4B3RK 3DLGA 4DTXA 4JI0K 4CF8A 3QESA 3FGUA 4FPAA 1BA0A 3QB0A 1JCFA 1WAJA 4Z4EA 3M8SA 5CYQA 4BE7B 3THXB 4E7KA 3CCLN 3NF6A 3OW2M 3VETA 5FLXO 2ZQBA 4FJ8A 2DFEA 3B6OA 4IJNA 5FDLA 2R7YA 5AFUH 3FZKA 2OCEA 3NGIA 5BPNA 5EY4A 4CBXA 3CHWA 3TABA 3UKRA 2NRVA 1XMQK 3PSFA 4OPAA 3J80O 4JKDA 4OGEA 3TI0A 4JLHA 4DTUA 3VA0A 4W5RA 1JCEA 5GADP 4YOTA 2GTDA 2QWPA 4BRMA 4QAGA 4DR2K 3RMBA 2UUCK 4DV7K 3CERA 3HM8A 1NGDA 1IBKK 3RR7A 4CJQA 3CQ8A 4DU4A 4FJGA 4OKJA 5GAGP 2HBJA 1C0GA 4WQ4C 4FLUA 1YJWN 4CGDA 3AVJA 3G0ZA 1N34K 3MN9A 3SAGA 1YTAA 2A41A 3VF2A 3BY5A 5BR8K 4FW2A 4JHDA 4Z0UA 4DFKA 4JKGA 3TAGA 1FXXA 3MN7A 3WXJA 4CHYA 3ZSZA 4LH4A 4KHQA 3SBTA 1VHXA 4OX9K 1WSEA 1T03A 3C65A 4FJ5A 4CEFA 5DM7L 1KXPA 1XC9A 3ATVA 4AQYK 1G15A 3A0IX 4KHSA 1TKTA 2XY7A 3U9ZA 1HNVA 3VEYA 3CETA 4FLYA 2BGGA 1OH8A 3R8EA 2Q31A 4CHZA 2E2NA 4JS5A 4BRLA 1X3MA 3JSMA 4EIAA 4KHNA 3W3DA 1BCMA 1A5WA 1HYSA 3AA4A 3RVCA 1LAWA 3ZSWA 3DOLA 2EWSA 4JRQA 1QQOA 1WSGA 3CPEA 5J2QA 1E3MA 3NF8A 1HKBA 1NNEA 3UE5A 3KLHA 4Z94A 4RCHA 3ITHA 3CJ1A 2E20A 4CBUA 4JI5K 4FW1A 4ID5A 3T1YK 2HHXA 4JRPA 3H3NO 1TUYA 1YT3A 3O4WA 3V1QA 2G8IA 2JWLA 3ENOA 2XY8A 4N41A 4EZ6A 5C0YA 3V9XA 1W97L 4XIUA 3EZWA 4X65K 3SAHA 3AVKA 3RSEA 4Z4FA 2VQEK 4ZTFA 2YKNA 3BF1A 4IFVA 1YIJN 1S72N 1S1XA 1RT6A 2O8FB 2ZGZA 2P9PA 2HNYA 3L2RA 3ZX2A 3AY9A 3KLIA 2P5GA 3L8BA 4KRFA 4X66K 3KD5E 4CEQA 4GVEA 3CCQN 3O9QA 1OH5A 5TKWA 2QKKA 1BIUA 1BO5O 3VN5A 1IV0A 5AQHA 3I56N 4BRNA 1ZC6A 3CIPA 4I9QA 5J1EA 2UUBK 3CM6A 3L4QA 3DRRA 2O8CB 5FROA 4FK4A 2OZMA 1NGCA 1YXQA 3DXMB 2ASOA 1VQ4N 1Q9YA 1YVNA 1EWQA 2UUAK 2P9LB 1HUXA 4WQ5C 3DLKA 4B9NA 4DSKA 2G8UA 2KTQA 3MX2A 5JVHL 3DYAA 3AVLA 1BI4A 3BGRA 4MFBA 2WTUA 4Y0WA 1VSMA 3C95A 3LAKA 1QQCA 3NBPA 4C23A 4E19A 2F7TA 1FW6A 4CEZA 1RBVA 3O1WA 4JKHA 3HXMA 4B9TA 4JEPA 3AARA 4A5AA 2G8KA 2C1IA 2RHKA 4JS4A 1ZBIA 3O8MA 2OPRA 4ILGB 2HB5A 3DJCA 4DSLA 4DTRA 4BREA 4NLCA 4CEOA 4FOIA 1EX4A 1JLEA 5BN8A 3CCSN 3CJ7A 2QTDA 1VSFA 4FJHA 3H3OB 4J2DA 1HJRA 4OJRA 3W0LA 2IVPA 3HO1A 1RT5A 1WB9A 4E3SA 4H5NA 1N32K 4JI4K 1E4FT 4XJXA 2QM1A 3C6UA 2VCPA 4DV2K 2CH5A 1ESVA 1WBDA 2Q0UA 3AVFA 1GOBA 5IWAK 5F1XA 1UWBA 2IVNA 3C94A 3TR8A 1N36K 1RT2A 4K8XA 4BG9A 4NXNK 4BGBA 3ENBA 4FZYA 1RDDA 2VWJA 4DFMA 3OYHA 4WQ4A 3WQUA 1IBLK 1IBMK 4B9MA 5AQQA 2Z1GA 2QW9A 1NG9A 3KK3A 5FRMA 1P8ZA 4BDZA 5LMNK 4E7HA 2DPNA 3L0QA 2FBVA 5C2FA 1IO2A 1J5OA 3VTIA 1NKBA 3VEXA 3I8BA 3BDPA 3SQ4A 3HSTB 1VRUA 2BTFA 3ZT3A 3AVAA 1VSDA 4YOVA 4B9UA 2B6AA 3V6DA 3LP3A 4H8KA 4BC4A 4CHPA 3JXUA 3WEEA 1OH7A 4FZXC 1XNQK 4DWIA 1KAYA 4NO7A 2F8TA 3K58A 2I7PA 1C1CA 3LL3A 3SNNA 4PA1A 4DV1K 3J7AP 3IG1A 3ZSQA 4H03B 1YTUA 3E01A 3DLEA 2HHSA 3RR8A 4H5VA 3ULEA 2P9KA 3IKMA 1S1UA 2ATQA 3THWA 2P1JA 3CCVN 1VSKA 5FRNA 3IRXA 3L2VA 4KB0A 4DQPA 3G71N 2HNZA 4AILC 1JJ2M 4IJAA 2BUPA 3KK1A 4NCGA 4B1UB 3MK6A 4CGJA 2GUIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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