3M1FA

Crosslinked complex of actin with first w domain of vibrio parahaemolyticus vopl
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
372
structure length
363
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV1 (3-6)S2 (16-21)S1 (8-12)AH2 (79-93)TI1 (13-16)S3 (29-32)TVIII1 (27-30)TII1 (21-24)TI6 (332-335)AH1 (56-61)S4 (35-38)S5 (53-54)S6 (65-68)3H1 (62-64)S7 (103-107)TIV4 (72-76)TVIII2 (69-72)TIV3 (71-75)3H2 (98-100)TII2 (108-111)3H8 (350-352)AH3 (113-127)S8 (131-136)AH10 (289-295)S9 (149-155)TIV6 (165-168)S11 (169-170)3H5 (264-266)TI2 (156-159)S10 (160-166)O1 (178-180)S12 (176-178)AH5 (182-195)AH7 (223-232)AH6 (205-216)TIV7 (202-205)3H6 (302-304)TIV8 (242-245)S13 (238-241)S14 (247-250)AH8 (252-257)TIV9 (261-264)3H4 (258-261)AH11 (309-320)AH9 (274-284)S15 (297-300)TII3 (306-309)3H7 (335-337)TI7 (352-355)S17 (357-358)S16 (329-330)TIV5 (76-79)AH12 (338-348)AH4 (137-145)TI4 (286-289)3H3 (172-174)TI3 (234-237)TI5 (322-325)TVIII3 (220-223)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
publication title Structure of a longitudinal actin dimer assembled by tandem w domains: implications for actin filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 113
structure length 363
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m1fA03
4B1UB 5BREA 2FSKA 1RDWX 4CZFA 1NGCA 3UKRB 4RTFD 3GDQA 2F9WA 3H3OB 2E20A 1LOTB 1DEJA 1ZXOA 3CERA 1YAGA 4NO7A 5BN8A 4YDUC 5KQDA 3O5BA 2IVOA 3TPQA 1QHAA 5EXWA 1ESVA 3MCPA 3UKRA 5FPMA 2A40A 4FL9A 3C7NB 1MWMA 3BUZB 3WXLA 5AQTA 3ZEUB 1DGKN 3GE1A 1QQNA 2E8AA 3VF6A 3VEOA 3UKUB 4XH5A 2E2OA 4FWRA 3CQXA 1HX1A 3ID8A 3VEZA 4A2AA 2FF6A 5AQVA 3EKSA 3ZX0A 5AQKA 2W40A 1XC3A 4FWPA 3C7NA 2E1YA 4BRCA 3QFUA 3ZX2A 1SAZA 3ZEUA 4EHTA 4H0VB 4B1WB 3UKUA 2V51B 5JMVA 3GBTA 1SQKA 2VCPA 5JLHA 2ASPA 3LDQA 3UB5A 2V7ZA 1Y64A 4EAHD 4A61A 3VESA 4O8KA 1QQMA 3RSEB 2NLXA 1X3MA 2A6AA 4H5VA 5FPNA 3R9PA 3WUHA 4CZEA 4H0TB 4CBXA 5AFUA 5CE3A 3A8YA 2Q31A 2QWLA 5I9EB 4O5FA 4M63C 1GLJO 3M6GA 5AQZA 1HKCA 3VEVA 3CETA 3ENHA 4DB3A 2GELA 4FPBA 1JCEA 3GG4A 3RSEA 3OHRA 1MWKA 5KPRA 4BC5A 1Z05A 3JXUA 2QW9A 1R59O 5KPTA 2GWKA 3M3ZA 1GLEG 5BPMA 1KAXA 3R6MA 1NGAA 4BR4A 2AA4A 1QQOA 2Q2RA 4H5RA 1K8KB 4MLEA 2NZTA 1LCUA 3DWLA 3O80A 3FZHA 4JNEA 3ULEB 3U9ZA 3S41A 4CZMA 4CZLA 3I8BA 4K41A 3VGMA 1GLDG 5AQSA 3HZ6A 4RCHA 2V52B 5AQLA 3GL1A 1CZAN 3FZKA 1HJOA 4GY2B 3ATUA 2P9LB 3FGUA 3A0IX 1RFQA 2UYTA 2A3ZA 4JAXA 2F9TA 2CH6A 1X3NA 3SMSA 3LM9A 1NLVA 4PL7A 1K8KA 3FR0A 3U8XA 2HOEA 3ULEA 5BN9A 1E4FT 2QWOA 2FLOA 3TU5A 1HUXA 3L4IA 4MO4A 4BQLA 3U4LA 2ZGYA 1OKJA 1NM1A 2CGKA 4BRKA 4BROA 4A2BA 1NMDA 4H5NA 2P9LA 2P9NB 2QXLA 2YCHA 4CZIA 5B8HA 2Q0RA 1NBWA 3H3NO 3MN7A 4H0PA 4PKGA 5BR9A 5LJWA 3SLCA 4FOEA 3I33A 5AQNA 1BOTO 3D7EO 3CQYA 1HKGA 4DCHA 3SJHA 1GLBG 2IIRA 4QS8A 5E26A 3BP8A 1C0GA 3IDHA 2P9NA 2FSJA 3SMPA 3CI5A 1TUUA 2IVNA 3H46O 3FZMA 4BRQA 4YDUA 3VF2A 4CJ7A 3LDOA 3D2FB 1YVNA 4BRDA 3DXMB 5ADXH 1IG8A 2OANA 4IJNA 3H6EA 5KPZA 3VOVA 4BRFA 3DJCA 4QS9A 1D4XA 3H45C 4L3QA 3WQUA 5F0XA 5AQUA 5AZJB 1TYQB 2E2QA 3MK6A 1MA9B 4CD3A 1SZ2A 4BRAA 4IXCA 3VEWA 2QWPA 1NGGA 4H0XB 3D2FA 1NWKA 2YI1A 3U9DA 2D0OA 5JLFA 3M1FA 3DXMA 3A5LC 4B1XB 4WQ5C 4PL8A 2P9SB 4Y0WA 4BRGA 3WXIA 3KZBA 4FOIA 4LC9B 3O8MA 1T6CA 1BWFO 2W41A 4BR9A 2YHXA 1NGBA 5AZJA 1TYQA 4XH1A 1BUPA 1GLCG 2YJEA 2PAVA 3IMXA 1U2VB 4JN4A 2GEMA 5AQGA 4PKHA 3GOIA 3VEYA 4IWVA 2P9SA 4FWMA 4RWTA 4BC4A 4BQZA 5AQXA 2V7YA 2NRHA 4XH4A 5BRFA 4QS7A 4CZKA 4IO8A 1TUYA 3CJ9A 4K25A 3WXJA 4BR5A 5KQ8A 2YHWA 1U2VA 2P9IB 3HI0A 3VPZA 3MN5A 4I6MB 3H1QA 4ISEA 1DKGD 2VYPA 5JICA 1XQSC 5EVZA 3EZWA 1BDGA 2VWBA 5BPNA 3P4IA 1IJJA 2GWJA 1J6ZA 4MLHA 1KAYA 2ASMA 3D2EB 1X9JA 4CBWA 2P9IA 4BRLA 4I6MA 3LDPA 3EO3A 3SK3A 3EN9A 4B1YB 4PKIA 2ASOA 1JCGA 1Z6RA 2YHYA 1HKBA 3QICA 4FWNA 3O08A 5AR0A 3ZX3A 3A5OC 5BPLA 2CGJA 1U6ZA 3BF3A 4JHDB 4K43A 1ATNA 4A62A 2FXUA 3D2EA 1NGIA 4DHYA 4WYBA 3L6QA 4NB4A 4BR0A 3W3DA 1E4GT 4FWQA 1BA0A 2Q0UA 4B1VA 3HM8A 1ATSA 3AARA 1BU6O 4H0YB 3WQTA 1MDUB 3QBWA 3MDQA 2GUPA 3VETA 5E84A 4WQ4C 3FE1A 4JHDA 5AQPA 2A5XA 5ELZA 4BRHA 4BRMA 4FO0A 2FF3B 1T44A 2CGLA 1HLUA 3EL2A 3FZFA 5AFUH 4HWIA 3FLCO 1QZ5A 3QB0A 3ZETB 1C0FA 3HTVA 1GLLO 4H03B 2ZWHA 5F1XA 3CIPA 3QMLA 5FPDA 2Q97A 1S22A 4IJAA 1NGEA 3CJ7A 3LL3A 4K42A 3WT0A 4F9OA 3EKUA 3LDLA 3AY9A 5AQJA 1EQYA 4CZHA 4KBOA 3ZETA 4BRPA 3IUCA 4EFHA 4ISGA 4BREA 2AP1A 4B1ZA 2QWNA 1YUWA 1NGHA 2FSNA 2P9KB 5AQYA 3QBXA 3MN9A 1ZBSA 4BR2A 3FFKB 4FWSA 3AAQA 3VGKA 4BVPA 3WXKA 3VF4A 3QDKA 2E2NA 2D1KA 4FPAA 1BG3A 1G99A 2GTDA 2EWSA 4WQ5A 5BRDA 5AQIA 2ZGZA 2BTFA 3LM2A 4BGBA 4ISFA 3HSCA 1Q18A 1KXPA 2D4WA 1GLFO 1NGJA 3MN6A 4AM6A 3O1WA 3A5NC 4GNIA 2P9KA 2QM1A 1S3XA 3ATVA 3J8AA 5F2RA 4CI6A 3AAPA 4MO5A 1WUAA 3CJAA 2I7PA 2QWQA 5AQQA 2BUPA 2P9PB 5AQWA 3C0BA 3VEXA 4FWKA 3BF1A 3ENOA 3WEEB 3F9MA 4FWOA 4EIAA 4B9QA 1BO5O 2IVPA 4CZGA 4DQ8A 5LJVA 4CBUA 1JCFA 1RGIA 4CD1A 4IZ9A 4J8FA 4EHUA 3A5MC 4FWLA 4Z94A 1V4SA 3MMVA 5AQOA 2P9PA 2CH5A 4BC2A 5AZIB 3WEEA 3O4WA 1BA1A 3CHWA 4HTLA 2QWMA 3G25A 5TKYA 3KHYA 1ZC6A 3CJCA 4H0OA 4E1JA 1GLAG 2YJFA 2ZF5O 4M7YA 1NGDA 2P9UB 2KHOA 3FZLA 3VENA 1HPMA 2PBDA 3H1VX 4BG8A 5ADXA 5AZIA 1NGFA 1T6DA 2HMPA 3R8EA 2A42A 3QFPA 4H5WA 3B8AX 4M7XA 5AQMA 3W0LA 1XUPO 1ATRA 2E2PA 4XEIA 2ITMA 3IFRA 2A41A 5AQHA 2HF4A 4BC3A 2HF3A 4BG9A 3VERA 1V4TA 3DAWA 4WQ4A 2P9UA 5EX5A 3CJBA 4BRNA 4BRIA 1YXQA 3O6WA 5EY4A 3L0QA 3O1BA 2WUSA 4AM7A 3CJ1A 5BRHA 4JD2B 3JS6A 4BR7A 3DXKB 2E1ZA 5FPEA 2I7NA 2Q1NA 3BEXA 3UE5A 4BGAA 1H1VA 3LDNA 4H5TA 5AQFA 2Q36A 2E88A 2J4RA 4C23A 2D0PA 3KVGA 5AQRA 4BVOA 5LY3A 2DPNA 2QWRA 3HBTA 3VGLA 1WOQA 1P8ZA 4FSVA 4JD2A 5EOYA 1QZ6A 1KAZA 2H3GX 4CZJA 3DXKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M45A 3S3MA 2FSKA 4CFDA 4X66K 3OJUA 5C42A 5J2QA 4K8XA 3GDQA 3TAMA 1SL1A 3H3OB 1LOTB 1ASVA 3DYAA 4CGDA 2G8FA 4JKHA 3CERA 3SJJA 4IOAL 3SQ1A 4Q0BA 3SQ2A 1VHXA 4C1NK 5BN8A 3G71N 5KQDA 4XJXA 4CEBA 3J81O 3TPQA 1QHAA 1ESVA 2FBTA 1IBMK 4FM2A 5AQTA 4FLWA 5JVGL 3VEOA 2HBKA 4KAZA 2HHIA 3CQXA 3VEZA 2O8FB 3V6DA 3EKSA 3CPWM 4CJLA 1S72N 2OTLN 2EHGA 2E1YA 1BGXT 3V4IA 3SNNA 5DMRA 3O9TA 4CHYA 3AVCA 1Q9YA 2V51B 5JMVA 4A5BA 4M42A 5JLHA 2RKIA 3UB5A 2O8FA 2V7ZA 1NK6A 5HBMA 3ITHA 4A61A 3VESA 4H4OA 1NOYA 4KV8A 3PSFA 2NLXA 1X3MA 5FPNA 4FLZA 3R9PA 1KFDA 3THYB 4H0TB 5CE3A 4F8RA 3A8YA 2B4JA 3TAGA 4O5FA 1GLJO 4AF1A 5AQZA 4CW7B 4GV3A 2GELA 2ZQBA 3T3FA 1JCEA 5DM7L 3N4PA 1BQNA 1Z05A 4OKKA 2QW9A 5KPTA 2GWKA 4CEOA 1GLEG 4ID1A 1WAJA 3OYIA 3THYA 2AA4A 3AVJA 3Q7BA 2Q2RA 3OS2A 4H5RA 1K8KB 4DV4K 3K2PA 2NZTA 3O80A 4JNEA 1L3SA 3I8BA 3K57A 1VRUA 4LFAK 4Y1CA 4OLBA 3HZ6A 4JKCA 5AQLA 2Y1IA 4FXDA 3A0IX 4MDAA 4JAXA 3OYGA 3G0ZA 3S5TA 2NRWA 1K8KA 2GV9A 1BCOA 4OO1J 5DM6L 2QWOA 3BY5A 1WB9A 4MO4A 2OCEA 3RR8A 2ZGYA 4FK2A 4BRKA 4BROA 4A2BA 4CFBA 3SAHA 2GBZA 2KFNA 2P9NB 3CMEN 3VMFB 3M8QA 1NK9A 4DWIA 4Z0UA 5CHIA 1X9WA 3IKMA 5LJWA 3QEVA 5AQNA 1BOTO 1C1AA 4DCHA 1ZBUA 3PUFA 5D3GA 2D0BA 1GLBG 4KHPK 1LAVA 3BP8A 3CCSN 2P9NA 3SV4A 2FBYA 3ISNC 1T7PA 3SMPA 4YOWA 3HJFA 2HBJA 1VSJA 1SKWA 4B3MK 3VF2A 3IRXA 4OGCA 3V81A 3P38A 3KKSA 4E7JA 3KD5E 4Z4GA 1T8EA 3CXCM 3VA3A 4DFJA 2OANA 1NJXA 1K9MO 1QVFM 4QS9A 3I0SA 3ZT3A 3H45C 3WQUA 3LP2A 1SKRA 1TYQB 3MK6A 3TSPA 4H0XB 2KQ2A 1NWKA 2YI1A 3M1FA 2OPSA 4WQ5C 3I8DA 2P9SB 4BRGA 3NH2A 2R7YA 4N56A 2HNYA 4RW8A 3PO4A 4BR9A 3V9UA 3VQEA 2QTDA 1TYQA 2RF2A 4XH1A 4WCEL 4CGJA 4PKHA 4B8AB 3GOIA 1EP4A 2IS3A 3R3LA 4CESA 2P9SA 1JLAA 5JS2A 4W5TA 4C8OA 1RBTA 3DLKA 4CFCA 1RILA 5AQXA 2V7YA 3Q7CA 5BRFA 1S9GA 2VQEK 3VTIA 2E4LA 1L3VA 4DR6K 2HHXA 1VQMN 3M8PA 3HPOA 3VPZA 4CJ3A 3MN5A 1YJ9N 1I94K 3KD1E 1CXUA 4KKOA 3RVCA 3M8RA 2ZE2A 4CK3A 2YKNA 2FBVA 3QNOA 2QXFA 2W6LA 3P4IA 5HROA 3OYCA 3ZSVA 2HHTA 4CBWA 1EWRA 1DT9A 3LDPA 3LZIA 3SK3A 3NAEA 3L2VA 3S9HA 1WBDA 3EN9A 1XWLA 5GADP 1JCGA 3A5OC 2CGJA 1U6ZA 2D0CA 3BF3A 3K5NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4M45 A;  3S3M A;  2FSK A;  4CFD A;  4X66 K;  3OJU A;  5C42 A;  5J2Q A;  4K8X A;  3GDQ A;  3TAM A;  1SL1 A;  3H3O B;  1LOT B;  1ASV A;  3DYA A;  4CGD A;  2G8F A;  4JKH A;  3CER A;  3SJJ A;  4IOA L;  3SQ1 A;  4Q0B A;  3SQ2 A;  1VHX A;  4C1N K;  5BN8 A;  3G71 N;  5KQD A;  4XJX A;  4CEB A;  3J81 O;  3TPQ A;  1QHA A;  1ESV A;  2FBT A;  1IBM K;  4FM2 A;  5AQT A;  4FLW A;  5JVG L;  3VEO A;  2HBK A;  4KAZ A;  2HHI A;  3CQX A;  3VEZ A;  2O8F B;  3V6D A;  3EKS A;  3CPW M;  4CJL A;  1S72 N;  2OTL N;  2EHG A;  2E1Y A;  1BGX T;  3V4I A;  3SNN A;  5DMR A;  3O9T A;  4CHY A;  3AVC A;  1Q9Y A;  2V51 B;  5JMV A;  4A5B A;  4M42 A;  5JLH A;  2RKI A;  3UB5 A;  2O8F A;  2V7Z A;  1NK6 A;  5HBM A;  3ITH A;  4A61 A;  3VES A;  4H4O A;  1NOY A;  4KV8 A;  3PSF A;  2NLX A;  1X3M A;  5FPN A;  4FLZ A;  3R9P A;  1KFD A;  3THY B;  4H0T B;  5CE3 A;  4F8R A;  3A8Y A;  2B4J A;  3TAG A;  4O5F A;  1GLJ O;  4AF1 A;  5AQZ A;  4CW7 B;  4GV3 A;  2GEL A;  2ZQB A;  3T3F A;  1JCE A;  5DM7 L;  3N4P A;  1BQN A;  1Z05 A;  4OKK A;  2QW9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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