3M1FA

Crosslinked complex of actin with first w domain of vibrio parahaemolyticus vopl
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
372
structure length
363
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a longitudinal actin dimer assembled by tandem w domains: implications for actin filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 113
structure length 363
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m1fA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3m1fA03
1XQSC 2P9LA 3RSEB 3UKUA 3ZX2A 3WT0A 2Q31A 2ITMA 1BOTO 2ZGYA 3CERA 2GEMA 1KAXA 2AA4A 4BR7A 1KAYA 5F2RA 3CQXA 5AZIB 3A5NC 1ATSA 3L6QA 1ZBSA 1K8KA 1YVNA 2E20A 4M63C 1T44A 3QDKA 4BQLA 3LDOA 3WEEA 3CHWA 3W3DA 4CZGA 2FF3B 4PKIA 2QWQA 5F1XA 1DEJA 2CGJA 4BR9A 4Z94A 3QFPA 1QQOA 2W41A 2DPNA 5TKYA 1MDUB 2F9TA 1HKCA 3FZHA 4JHDA 1GLBG 1QZ5A 3L0QA 4K41A 1U2VB 2QWPA 2P9IB 3WXKA 4FSVA 5BPNA 3GDQA 3CJ9A 3H3OB 5FPEA 3BUZB 4XEIA 5JMVA 2Q0UA 3O8MA 2QWOA 3C7NB 4CZJA 1NBWA 3ULEB 2NZTA 1ATNA 1Q18A 1R59O 1XUPO 3O6WA 4H0PA 3VF6A 1NWKA 1NMDA 4WQ5C 3U9DA 1LCUA 4GY2B 4CJ7A 3VEZA 3SMPA 2F9WA 4H5WA 3LDNA 4RCHA 4J8FA 5LJWA 4JN4A 3W0LA 1G99A 2E1YA 4B1WB 4EHTA 4B1XB 3FFKB 3BP8A 1V4SA 1Z6RA 4HWIA 5AQVA 3G25A 3SJHA 5AQNA 4A2AA 4B9QA 5I9EB 3IFRA 4H03B 4I6MB 3VETA 2UYTA 4YDUA 4BC5A 3M1FA 3ZEUA 2ASMA 4FWMA 4M7YA 1TYQB 3RSEA 1YXQA 2ZGZA 3H1QA 4PL7A 4CZIA 4BRDA 1HKBA 3KVGA 4BRQA 4BGBA 1RGIA 3MN5A 4K42A 1C0FA 4IO8A 5LY3A 5AZIA 5AQGA 3UE5A 1SQKA 1DGKN 3GL1A 4MO4A 2I7NA 2V51B 1OKJA 3O4WA 5AQJA 4EAHD 4GNIA 2I7PA 2FSJA 2GWJA 4IWVA 3S41A 1HX1A 3LDLA 2J4RA 3U8XA 1QZ6A 2E2QA 1BG3A 1GLDG 2A6AA 4FWKA 3WQTA 4FL9A 5BN9A 3VF2A 4C23A 4CZKA 3H45C 1U2VA 5BREA 4HTLA 2P9IA 5AQRA 4K43A 3R9PA 4BRCA 1C0GA 3HM8A 3VGLA 2YI1A 3WUHA 3CQYA 1HPMA 2BTFA 1NGHA 3CJBA 2GELA 3MMVA 5AQFA 2GUPA 3J8AA 3VESA 3FLCO 4JD2B 3H1VX 3C7NA 3U9ZA 4H0TB 1BWFO 4BREA 1NGBA 4IZ9A 2P9SB 1NGCA 4B1YB 3MDQA 5E84A 1ZC6A 1NM1A 3ZX0A 2IVOA 2ZF5O 5BPLA 3VEYA 4PKGA 4IJAA 1SAZA 4FWLA 3HSCA 2E8AA 2E2PA 1HKGA 4CBWA 2HF4A 4BGAA 3ENHA 5AQHA 2A41A 5AZJB 4NB4A 2YJEA 4YDUC 3O1WA 3D2EB 1NGGA 4KBOA 3R6MA 4BRNA 3CETA 4CZMA 4I6MA 5F0XA 3O80A 5AQQA 1GLEG 1BUPA 2AP1A 1TYQA 1NLVA 1Z05A 4H5RA 3IUCA 1HJOA 2IIRA 1JCFA 1YUWA 2Q2RA 3L4IA 4FWPA 3EZWA 2P9PB 4BRGA 3VEXA 3VF4A 4QS8A 1NGFA 4BR0A 3A5OC 5ELZA 2VWBA 4CI6A 5AQUA 1GLAG 1H1VA 1ATRA 4O8KA 2E1ZA 3H3NO 5ADXA 3SMSA 3AAPA 2E2NA 3ID8A 1RFQA 3M6GA 3D2FB 3QICA 2IVPA 4RTFD 1NGIA 1LOTB 2FSKA 5AQZA 4WYBA 2NLXA 2YHWA 5EX5A 5KPRA 4A61A 2FSNA 4JAXA 3TPQA 3KHYA 4B1ZA 5FPMA 1E4GT 1Y64A 4JD2A 4CBUA 1KXPA 2CH6A 3FZKA 4BROA 3VEWA 2A5XA 3ATVA 3A0IX 3JS6A 2QM1A 2P9SA 5AQSA 4B1VA 4FWRA 4M7XA 2HF3A 1BDGA 3UB5A 3WXJA 4RWTA 4ISFA 4Y0WA 4DB3A 1X9JA 2KHOA 4FWNA 1GLJO 5BN8A 1CZAN 3CJ1A 4E1JA 1X3NA 4EFHA 4CD3A 2D0PA 1JCGA 5AZJA 1RDWX 4CZHA 2CH5A 1JCEA 3D2EA 4FOEA 4K25A 3AY9A 4WQ4A 4BRIA 2D0OA 4BVPA 3GBTA 1KAZA 2Q97A 3R8EA 3WQUA 3DWLA 3P4IA 1ZXOA 2CGKA 2P9KB 3QFUA 1HLUA 1GLLO 4A2BA 5AFUA 2P9PA 1S3XA 3EN9A 1WOQA 5AQWA 1TUYA 2V7ZA 4FPBA 4PL8A 1DKGD 5E26A 3U4LA 4F9OA 4CBXA 3O5BA 3MK6A 2PBDA 5JICA 4BRHA 3KZBA 4QS7A 2HOEA 3QMLA 4BR2A 2P9UB 1NGEA 2YHXA 3WXIA 2E88A 1WUAA 1MA9B 3D2FA 3QBWA 5EOYA 4BRAA 4H0VB 3DJCA 3OHRA 4BC3A 1NGAA 1P8ZA 3FGUA 1BA1A 4PKHA 4XH5A 2QW9A 5LJVA 3IDHA 4A62A 1EQYA 3A5MC 1NGDA 3H46O 3I33A 3UKRA 3GG4A 3VEOA 3MN9A 4IXCA 3VERA 5AQOA 2V7YA 4LC9B 3VGKA 3DXKB 5AQLA 5BRFA 3VOVA 3C0BA 1BA0A 2QXLA 4XH4A 2PAVA 3LL3A 2VCPA 3A5LC 2A42A 1GLCG 3EKSA 3CIPA 4H5VA 1U6ZA 3ENOA 4JNEA 4DHYA 3QBXA 2GTDA 4H5NA 2YCHA 3FR0A 4XH1A 3CJ7A 4H0XB 4BR5A 1V4TA 5AR0A 5AQMA 2BUPA 5KQ8A 2FXUA 4CD1A 3I8BA 4ISGA 3ATUA 4EIAA 2NRHA 2FLOA 4WQ4C 5AQTA 2ASPA 3HZ6A 2ASOA 3DXMB 5AQKA 4CZFA 4FWSA 2VYPA 2D4WA 4BRFA 5KQDA 1BU6O 3WXLA 4B1UB 1J6ZA 1IJJA 3BEXA 3MN7A 4IJNA 1IG8A 2P9KA 2QWNA 1T6DA 1X3MA 4O5FA 3LM9A 5ADXH 3VGMA 3FZFA 3UKRB 4NO7A 3MCPA 5FPNA 3D7EO 3ZETB 5AQXA 3LDPA 4MLEA 3LM2A 3CJAA 4H0OA 4DQ8A 2H3GX 3HI0A 2E2OA 5BRDA 1NGJA 2Q1NA 3VENA 3FZLA 3VPZA 2D1KA 2P9NB 1QQMA 2HMPA 2P9UA 4BG9A 2P9LB 3HBTA 3IMXA 3FZMA 3H6EA 3UKUB 1SZ2A 5JLFA 2QWMA 3CI5A 4QS9A 3SK3A 4ISEA 5KPTA 3BF3A 3QB0A 1K8KB 3GE1A 5EXWA 1D4XA 5BRHA 4AM7A 2QWLA 3WEEB 3MN6A 3TU5A 3AAQA 4FWQA 3DXKA 4H0YB 3LDQA 1MWMA 4EHUA 3FE1A 3CJCA 3A8YA 3B8AX 1BO5O 2A3ZA 2FF6A 2QWRA 3DAWA 4BC4A 2YJFA 4JHDB 4AM6A 4FO0A 4BG8A 3EO3A 5AQIA 2WUSA 2CGLA 4FOIA 2A40A 1QQNA 1S22A 4H5TA 3ZX3A 1QHAA 5EY4A 3M3ZA 4MO5A 5CE3A 4FPAA 1GLFO 3EL2A 1TUUA 1XC3A 3O1BA 1MWKA 4MLHA 2EWSA 4BRPA 3DXMA 5FPDA 5B8HA 4CZEA 3O08A 3VEVA 4BRMA 5AQYA 2Q36A 5AFUH 3AARA 1T6CA 2W40A 1HUXA 2Q0RA 3JXUA 4BR4A 2OANA 4BRKA 5BR9A 1E4FT 4L3QA 4FWOA 4CZLA 5JLHA 4WQ5A 4BC2A 2YHYA 5AQPA 5EVZA 2ZWHA 3EKUA 3SLCA 4BQZA 1ESVA 3GOIA 2IVNA 4DCHA 3ZETA 3HTVA 4BVOA 5BPMA 3F9MA 3ULEA 4BRLA 3ZEUB 5KPZA 2V52B 2P9NA 3BF1A 2GWKA 1YAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S9HA 2P9LA 3VQ5A 4CJ3A 3RSEB 3UKUA 4E7JA 2ITMA 1BOTO 3CCJN 1T3VA 4CEEA 4QCLA 4N5SA 5F2RA 5KRTA 3A5NC 5M1FA 1K8KA 4M63C 2IS3A 1D9FA 4JLHA 3LDOA 1NK9A 1WAJA 3VQQA 3AVNA 1P90A 2YV0X 3CG7A 3M8QA 2QWQA 4BR9A 3QFPA 2IDOA 5TKYA 1HNXK 1MDUB 4KI6A 3FZHA 1REVA 4CK3A 3L0QA 1NJIO 3OVNA 1VQLN 3HP6A 2P9IB 1SKRA 4FSVA 5CY4A 3V1OA 3SQ1A 1HNWK 3I56N 3THXA 1VSMA 4NYFA 2D0AA 2WC9A 4DQPA 3H3OB 2HVHA 2VG7A 3KLIA 3LAKA 4XEIA 3F2KA 3O9UA 3C7NB 3PIOL 3S3OA 3L3VA 1ATNA 4CK1A 1NKBA 3O9QA 3O6WA 4A57A 3DRSA 1L3TA 4C8MA 4GY2B 5JS2A 4CJ7A 3NGZA 3SMPA 2F9WA 4J8FA 3CPEA 2HMIA 1X9WA 4N47A 3W0LA 2OPQA 4LF6K 3BGRA 4DV7K 4DV0K 4B1WB 4NCAA 2F7TA 3QIPA 3FFKB 3BP8A 1V4SA 1Z6RA 5AQVA 4CJUA 3SJHA 2D5RA 4H4OA 4IO9L 5AQNA 4O0IA 3VETA 4YDUA 2G8WA 4CEFA 3M1FA 2BANA 2ASMA 4M7YA 4Y1CA 1QSYA 4OPAA 3CCUN 4PY5A 4JEPA 3RSEA 1YXQA 1NK7A 3O3GA 1KFSA 4CZIA 4JKAA 1LWEA 4K42A 1C0FA 4IO8A 3U3GA 4LH4A 2HVIA 1WBBA 3N4PA 4DTXA 4B3MK 1IH7A 3HOTA 4CHNA 4E1MA 2FSJA 4KH5A 4DF8A 2YNGA 4IWVA 3S41A 1SL1A 4B3RK 5C2FA 2KZMA 3LDLA 5KTQA 3VN5A 1QZ6A 2E6MA 4OKKA 3KK1A 4FWKA 4GV3A 1NK5A 2P9IA 4BRCA 5IWAK 3TAPA 3VGLA 4C8KA 4KFBA 3CQYA 1EO1A 1NJZA 2BTFA 1KC8O 4CHZA 3CJBA 5GAGP 3C7NA 5D3GA 3ZSZA 4IG0A 4BREA 2P9SB 4B1YB 3ZX0A 3WNFA 5BPLA 4PKGA 1GOCA 4FWLA 3DRRA 1LV5A 1WLJA 3D2EB 1NGGA 3C6AA 4F2RA 1HNIA 3F73A 3LALA 3CETA 3DRPA 4CZMA 2OA8A 3SI6A 1WNSA 3DM2A 3CC2N 3SV4A 3NH2A 1GLEG 1WB9A 3MECA 3CCRN 4AILC 4IBNA 3EZWA 4B9VA 2P9PB 2FC0A 4FM1A 4JK8A 4XIUA 1KSPA 2HNZA 4QS8A 1O13A 3NGYA 5ELZA 3SCXA 5AQUA 1H1VA 4O8KA 3OYDA 4YOVA 1HMVA 4RTFD 1SS6A 1QSLA 2FSKA 4WYBA 2JGUA 1Z25A 3PO5A 4E7IA 2WOMA 4CJKA 3CCSN 2YHWA 3DLEA 4A61A 3ZT0A 2RE2A 3CPWM 3F9KA 3KK7A 4FJNA 1Y64A 2G8KA 1ZBLA 1O1WA 4CBUA 1NJYA 4OX9K 1JJ2M 3ATVA 2P9SA 5AQSA 5FRMA 2NRTA 4Z4CA 4B9MA 3VQ6A 4DB3A 3AO1A 1ITGA 2KHOA 4CJQA 3K9JA 4FWNA 3SPYA 3KLGA 4EFHA 1OH8A 2OZSA 1NK8A 4AF1A 4DTNA 2D0PA 3VQEA 3D2EA 4W5TA 4DTPA 4KHYA 4WQ4A 2QK9A 1S6QA 4CF8A 3T3FA 5HLFA 1SUQA 4BDZA 2P9KB 4DTUA 3QFUA 1HLUA 4A2BA 2RKIA 1BI4B 2P9PA 1HYVA 1S3XA 4JKDA 1VAZA 2HNYA 4KHWA 3DLRA 1RDCA 2G8UA 4CE9A 1QSSA 5CHIA 1QVFM 5JICA 4FJLA 3KZBA 1VSEA 3QMLA 2YHXA 4ZHRA 1WUAA 4DSEA 3OHRA 3QIOA 1BIZA 1P8ZA 4BC3A 4MDBA 3O9RA 4YOYA 3SBTA 1QVGM 4PKHA 1FJGK 3K0SA 2YNHA 2IC3A 2YNIA 4CF2A 2OPSA 3QEWA 3UKRA 1VSJA 3O9TA 4IXCA 5AQOA 4LC9B 4FM2A 5I42A 3UIQA 3DXKB 5AQLA 5BRFA 3CFRA 3AGRA 4J2BA 2QXLA 1WSJA 2PAVA 3P83D 4FJHA 2KZZA 4CEOA 1GLCG 3TTDA 1U6ZA 1K73O 1S9GA 1XI1A 4O8UA 1EXQA 1V4TA 1RDUA 4YOWA 2FXUA 4ELTA 1JLFA 1IKXA 3RRHA 3IKMA 3ASMA 1RT3A 1U04A 3NCIA 1U49A 4FZZA 2ASPA 5C10A 3M8PA 2W6KA 4CJSA 2OTJN 4KPYA 1JXBA 2D4WA 4BRFA 4JI3K 2WONA 4OVLA 1OH6A 4HCBA 2WTUA 5H1SQ 1KRPA 2P9KA 2QWNA 2QI2A 1T6DA 1X3MA 4O5FA 1RT7A 2OCEA 5ADXH 1TK0A 2VGMA 1BI4A 1XHZA 4NO7A 3VQBA 1XMOK 1RDBA 3LM2A 4DS5A 4FW2A 4KV8A 4KTZA 5E41A 4DQIA 1Q81O 2VWKA 3VENA 3VPZA 4BG9A 4YHHK 4JRQA 4R79A 4JI1K 3HBTA 4JK7A 3H6EA 4AHUA 2ZJRL 2QWMA 4JKCA 3CFOA 1XHXA 1FK9A 4UQGA 4C1NK 3NF6A 4DV1K 4A59A 5CZ1A 4CCHA 5BRHA 4FLUA 5HL7L 4FM0A 2HW3A 3V1RA 1KFDA 4E3SA 3DXKA 4DR5K 3FE1A 3KD5E 3ZSWA 3ENBA 4OKJA 1BO5O 3EE8A 3DAWA 2YJFA 3KLFA 4BG8A 2WUSA 4B8CA 4H5TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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