3MMVA

Structures of actin-bound wh2 domains of spire and the implication for filament nucleation
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
371
structure length
360
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of actin-bound Wiskott-Aldrich syndrome protein homology 2 (WH2) domains of Spire and the implication for filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
molecule tags Contractile protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
total genus 106
structure length 360
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mmvA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mmvA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3mmvA03
2D0PA 4BR5A 5E26A 4JAXA 1GLEG 3WXKA 1X3NA 3BP8A 3WEEA 3DXKA 4A61A 4BVOA 2P9SB 2FLOA 2FSNA 3SLCA 3R6MA 1BDGA 4JNEA 4F9OA 1T6CA 5FPNA 1E4FT 3CJ1A 3O1WA 1JCEA 2ASPA 3QFUA 1MWMA 3CJ7A 2DPNA 2QW9A 2HMPA 4K43A 5BPLA 3MN7A 5LY3A 4FWOA 3VF4A 3AY9A 4NB4A 2QWPA 3MK6A 2ZF5O 3CJ9A 1Z05A 1YAGA 2GWKA 4IWVA 3HSCA 1LCUA 4BRIA 2Q36A 4FWQA 3ZX2A 3H45C 1NGCA 5AQNA 5KQDA 5TKYA 1YVNA 5BPMA 5AQRA 5ADXA 5ADXH 1Z6RA 2A42A 3I8BA 2A3ZA 1MA9B 3LDOA 3ZETB 4BREA 2VCPA 1HX1A 2W40A 1KAXA 3D2EB 4IJAA 4BRLA 4M7YA 1ATRA 2UYTA 2V51B 1KXPA 3HTVA 4ISEA 4BR9A 3H3OB 2I7PA 3A5MC 4FSVA 3MCPA 4CZGA 3CQXA 4IO8A 1NGGA 3AAQA 3LM9A 3A8YA 3GL1A 1LOTB 3WEEB 1IJJA 2GTDA 2E88A 1NBWA 4QS8A 1X9JA 3O08A 4CZFA 1NGFA 4FOIA 1G99A 4CZJA 1QZ6A 4H0PA 3FE1A 2P9UB 3QICA 4H5RA 3A0IX 5BR9A 4BC5A 2P9PA 2QWQA 3O8MA 5ELZA 4AM6A 4IJNA 4E1JA 3EZWA 3ENOA 3BF1A 4BC2A 3KVGA 2YHYA 2E2OA 3M6GA 1U6ZA 2QWOA 3SMSA 3QB0A 5KPRA 4BQLA 1GLDG 4FWLA 3J8AA 3L6QA 3CETA 3VF2A 3ENHA 3UKUB 3CJAA 2FSJA 3L0QA 2CH5A 3FLCO 3U9DA 4A62A 2YJEA 5JICA 2ZGZA 4JHDA 3VPZA 2HF3A 1NGBA 2J4RA 2PBDA 3VGMA 4PKIA 2H3GX 1BU6O 4BRMA 3U4LA 1ESVA 3GDQA 2QWNA 4EHUA 5KQ8A 2A5XA 3WQTA 4H0TB 3D2FA 3VEWA 3LL3A 3LDNA 2A6AA 3C7NA 3HI0A 4CD3A 3VF6A 4BRNA 1R59O 4FPAA 1J6ZA 5BRFA 5BRDA 4H5TA 3VEVA 3BEXA 1MDUB 1BG3A 2P9KA 4B1WB 4CZMA 2YCHA 1BO5O 1TYQA 4H5NA 1JCGA 5AQIA 2HF4A 3AAPA 4GY2B 4QS7A 1X3MA 2E1ZA 2Q0UA 2NZTA 2CGKA 3FFKB 4FWMA 4B1VA 4BGBA 1K8KA 1RGIA 4JHDB 1U2VA 4EIAA 4B1ZA 3VGLA 3O1BA 3JXUA 1GLAG 3ID8A 4MLEA 5AQOA 2OANA 2FF6A 3D2FB 4H5WA 3KHYA 2I7NA 1MWKA 3MMVA 1QQNA 1ZBSA 5AQTA 2E8AA 4XEIA 5B8HA 3C7NB 5AR0A 5AQMA 1QQOA 2ASMA 2F9WA 3WXLA 1QZ5A 4BROA 3VEZA 4MLHA 2HOEA 5AQQA 2FF3B 3H1VX 5AQZA 4YDUA 4BVPA 1HLUA 3TU5A 4ISFA 4K41A 4EFHA 2ITMA 2P9KB 4I6MA 1TYQB 4FWKA 3R8EA 4AM7A 5F0XA 1SQKA 5EY4A 3G25A 3WQUA 5AQGA 5FPMA 3DXKB 2NLXA 3CQYA 4JD2A 4CZHA 1YXQA 3HM8A 1S3XA 2CGLA 4BRHA 4L3QA 3U9ZA 1K8KB 1U2VB 4K25A 2EWSA 5EOYA 3I33A 2GWJA 2IVNA 4H0XB 3MDQA 4WQ5C 3WXIA 1KAZA 1GLCG 4A2BA 3GE1A 3H46O 3TPQA 4YDUC 4HTLA 2QM1A 4H03B 5E84A 3ZEUA 5BRHA 3LDQA 5AQLA 3EN9A 4CZKA 4FPBA 3O4WA 2VYPA 3CJBA 3VEYA 4FOEA 3VOVA 1EQYA 2P9LA 4RCHA 3UKRA 3LDLA 3VEXA 5FPDA 1NGDA 3IUCA 1ATSA 2QWLA 4BRCA 2QXLA 1C0FA 3CERA 4BR2A 2Q97A 3VESA 5EVZA 3RSEA 1HKBA 2P9IA 4H0VB 4I6MB 5AQXA 2A41A 1DGKN 2YHWA 5AQSA 3SMPA 4EHTA 2QWMA 3H6EA 3D7EO 1BWFO 3P4IA 4HWIA 4DB3A 1JCFA 4BR7A 4O8KA 4JD2B 3EO3A 1V4SA 1DKGD 3BF3A 4CJ7A 2P9NA 2ASOA 2A40A 3DWLA 4FWSA 4B9QA 5AQFA 2IIRA 1GLJO 2D1KA 1NM1A 2P9PB 1NGEA 3MN9A 5AQPA 3FGUA 4FL9A 1OKJA 1XQSC 3WUHA 4DCHA 3CIPA 4BRGA 5AQVA 3ZEUB 4BGAA 4IZ9A 4MO5A 1NGAA 4CI6A 1BA0A 4A2AA 2W41A 4M63C 1BA1A 3EKSA 3FZFA 4LC9B 1GLBG 3MN5A 3JS6A 4JN4A 3HBTA 1NGHA 3H1QA 1Q18A 1ZXOA 1E4GT 3EL2A 3R9PA 3HZ6A 3LM2A 3RSEB 3VERA 4CBUA 4CD1A 3VETA 3ATUA 5BREA 5EXWA 2E2NA 4H5VA 2P9IB 1WUAA 4B1XB 5CE3A 4CZIA 3ULEA 1NGJA 5AQJA 1BOTO 1KAYA 1P8ZA 5F1XA 5KPTA 5KPZA 2AA4A 4BG9A 3LDPA 4K42A 3WXJA 1RFQA 5BN9A 4WQ4A 5JMVA 4BRQA 2ZWHA 4Z94A 4RWTA 2QWRA 2P9NB 3VGKA 4PL7A 2D0OA 4WQ5A 3QDKA 5JLHA 2V52B 3O80A 4J8FA 1ATNA 2Q2RA 2P9UA 2VWBA 5AQUA 4C23A 4PKHA 2ZGYA 3IFRA 4BC3A 3QMLA 4ISGA 1H1VA 3H3NO 1HJOA 2KHOA 2Q31A 4BRDA 2CH6A 4IXCA 3VENA 1HPMA 4XH5A 5AQHA 4FWNA 1ZC6A 1HKCA 1XC3A 3KZBA 4WYBA 4MO4A 3A5NC 4B1UB 5JLFA 3DJCA 3UKUA 4WQ4C 3FZHA 3DXMA 1C0GA 5LJVA 2E20A 2BTFA 3UE5A 4FO0A 1NGIA 3O6WA 4BQZA 1WOQA 3DAWA 5AZIA 4BRAA 4BC4A 3SK3A 3ULEB 2V7YA 4FWPA 5AFUA 5AFUH 2E1YA 1V4TA 4CBWA 2AP1A 4NO7A 3BUZB 3SJHA 4DHYA 3OHRA 5FPEA 3ATVA 2V7ZA 1GLLO 4BR4A 3ZX0A 4Y0WA 1SZ2A 4PKGA 1HUXA 4CZEA 4RTFD 4PL8A 1NLVA 5AZJA 5LJWA 4BRPA 4CZLA 3A5OC 4B1YB 4BRKA 2IVOA 2YJFA 3O5BA 3CHWA 3MN6A 3U8XA 3CJCA 4DQ8A 2YHXA 3W0LA 3C0BA 3M3ZA 2NRHA 1D4XA 4GNIA 3M1FA 3ZX3A 1NMDA 4QS9A 2WUSA 3GBTA 4O5FA 3VEOA 1XUPO 1CZAN 5AQWA 1GLFO 5AQKA 1QHAA 4BRFA 2BUPA 1TUYA 3DXMB 1TUUA 2P9SA 3F9MA 4H0YB 4KBOA 4BR0A 3FZLA 5F2RA 3AARA 3WT0A 3QBXA 2YI1A 1RDWX 3GG4A 5AZIB 1HKGA 1DEJA 5BN8A 2CGJA 2D4WA 1T44A 3GOIA 3FZKA 5BPNA 1BUPA 4BG8A 4M7XA 5EX5A 2FSKA 3UB5A 2F9TA 2GELA 1IG8A 4XH4A 2PAVA 2IVPA 3FR0A 2P9LB 1SAZA 3UKRB 5AZJB 3L4IA 1QQMA 4CBXA 3IDHA 1NWKA 1S22A 3QBWA 2Q1NA 5AQYA 1YUWA 3EKUA 4H0OA 3B8AX 4EAHD 2GUPA 2GEMA 3ZETA 5I9EB 3S41A 3W3DA 4XH1A 3QFPA 3D2EA 2E2QA 3A5LC 2FXUA 3IMXA 2Q0RA 4FWRA 2E2PA 3FZMA 3CI5A 1Y64A 1T6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3YA 2D0PA 4BR5A 3OYGA 4ELUA 4FZZA 1VSJA 4JAXA 1GLEG 3WXKA 4IG0A 1X9SA 3DXKA 2P9SB 1OH6A 4FJ5A 2EX3A 2QTDA 4B9VA 3OYMA 4F9OA 2FBVA 1KQSM 2BGGA 1ILYA 3CJ7A 1C0TA 4GVEA 1L3SA 1VQ9N 4DV1K 4JI5K 5SZTA 3MN7A 2O8DB 3KK1A 4B9SA 4CEZA 2QWPA 2XRIA 1HQUA 1LAVA 3CJ9A 2VG5A 4PQUA 2HW3A 4BRIA 4FWQA 1U48A 5AQNA 4B9UA 5AQRA 2FC0A 5HRNA 2E4LA 3NGZA 4Z0UA 1KAXA 3TARA 3CM6A 3DYAA 4M7YA 4YORA 1DLOA 4ISEA 3TWHA 2I7PA 4AHTA 3MCPA 3CQXA 1NOZA 2P51A 3ISNC 3GL1A 1XMOK 3E9OA 4CZFA 1NBWA 2VGNA 4ZTJA 4O8UA 1XHXA 4CIGA 2GX9A 1BHLA 4CZJA 4M45A 2GV9A 4NLCA 3NCIA 5ELZA 4DV2K 3VQ7A 4FM0A 3PLAA 4E1JA 3WXMB 4CGIA 4KHYA 1NK7A 3KVGA 1WSHA 2E2OA 3M6GA 3NMUA 2F7TA 1U6ZA 3G0ZA 4DU4A 3QB0A 3DLLL 3T7ZA 4H4MA 3CETA 3RTVA 3VF2A 3ENHA 3UKUB 3CJAA 1NJXA 1A5WA 4OPKA 1L5UA 4A62A 3QIOA 2PYLA 5JICA 4DV4K 1TK0A 2HF3A 1WAFA 1N32K 1W7AA 1YITN 3WNGA 2W6KA 4DSFA 3M5RA 3U4LA 4CIFA 2YKMA 4EHUA 1K6YA 1L3VA 4GMJB 3LL3A 3IG1A 2BE2A 3ZSXA 2RHKA 3K5MA 4FPAA 3SV3A 3R1XA 3ZT4A 1JXEA 4XIUA 5M1OA 2P9KA 4B1WB 3HRGA 1BQNA 1TYQA 2ZJRL 2PYJA 2YNFA 1OVYA 2KW4A 2D0BA 3IRXA 4QS7A 1X3MA 2E1ZA 1GOCA 2Q0UA 2NZTA 2CGKA 4DFPA 4CJ3A 2E5LK 1L3UA 4WF9L 4LF7K 3NF8A 3K58A 4B8AB 3CCSN 4BE2A 1OH5A 4JHDB 1U45A 4M3XA 1VSLA 4U67L 3VQ4A 2IS3A 4MLEA 3QESA 4FLZA 5KRSA 3D2FB 3O9RA 3MMVA 1QQNA 1ZBSA 4M3TA 4KKOA 4CJQA 5B8HA 3C7NB 4JKGA 4YOYA 4MLHA 2FF3B 3DLEA 1B9FA 4YDUA 4BE7B 4GVMA 1HLUA 5CY4A 2JWKA 4K41A 2FBXA 5KRTA 1EETA 3OYJA 4I6MA 1SQKA 4DTJA 4JKHA 5I3UA 4AHSA 3NH2A 1VQ7N 4CFBA 4CGFA 1JLQA 3DXKB 5K14A 4H8KA 3HT3A 3VA3A 4IDHA 1YXQA 1M1KO 3HM8A 5KI6A 4L3QA 2DY4A 5EOYA 4FW2A 3I33A 4A2BA 1K9MO 2QA4N 3L2RA 3THYB 5FRMA 4YDUC 3U3GA 4BACA 4H03B 5E84A 3CJBA 1UA1A 4FOEA 2D0AA 1RILA 1NGDA 2QWLA 1J9AA 1D5AA 3QINA 1Q82O 2Q97A 3VESA 3OYFA 1EWQA 2O8BA 5MLCQ 5DK5A 2YHWA 5AQSA 3S5TA 3VQAA 3KLEA 4F8RA 1IO2A 4HWIA 4DB3A 3CC2N 4JKAA 4JRQA 2ETJA 1RT7A 1V4SA 5C12A 1DKGD 1QVFM 4FWSA 3QO9A 4B9QA 3TSUA 1GLJO 4R79A 4ELTA 3EY1A 1RDUA 4YOTA 3WUHA 2WOMA 4DCHA 3LP0A 2P1JA 4IZ9A 4MO5A 4CI6A 1YVUA 1BA0A 2PFUA 3PSIA 4DTOA 2W41A 3HL8A 4M63C 1BA1A 1GLBG 3MN5A 3VQ6A 3HBTA 4TSXA 2B6AA 1Q18A 2VQEK 3EL2A 5CYMA 3R9PA 1OVQA 3RSEB 4CD1A 2NRXA 5EXWA 2E2NA 5C42A 2P9IB 1WUAA 1TKTA 4PUOA 3ULEA 2HHVA 1BOTO 4LH5A 2AA4A 4BG9A 3LDPA 1JLBA 3WXJA 1RFQA 2HVHA 1T03A 2UUAK 1RTIA 3D0PA 1ZBFA 2ZWHA 4Z94A 3SAHA 2Z1HA 3VGKA 3HM9A 2E6MA 3G6EN 4DQSA 4HTUA 2YX6A 3CCVN 4J8FA 1ATNA 4C23A 1EXQA 2AJQA 4IOCL 4OO1J 4BC3A 3ZSOA 5CYQA 2OA8A 1H1VA 3NF6A 5HRRA 2KHOA 3L3UA 2Q31A 4E1MA 2UUBK 3TAEA 4HUEA 1LAWA 3AVIA 4DUYK 4NCBA 3TAPA 1HPMA 3AGRA 4XH5A 4E89A 5C10A 2G8KA 3V1QA 3AVJA 4YOWA 1YJWN 1A5VA 2HHQA 1S1TA 2Z1IA 4OPHA 3TAQA 3DMJA 2HSTA 3I56N 4EP5A 1C0MA 3HYFA 2JLEA 1WOQA 3DAWA 3SBGA 4BC4A 3SK3A 5J2NA 4QAGA 3F5TA 2V7YA 2RE2A 1JJ2M 5AFUA 3VQ9A 4CJRA 3LALA 3SJHA 2XY6A 3DLBA 3ATVA 2V7ZA 4BR4A 5GAGP 4AILC 3PO5A 4W5OA 3SQ1A 5LJWA 4BRPA 1VSDA 3A5OC 3OBWA 4FVMA 1N33K 3V9XA 4CCHA 1BGXT 4ID1A 3MN6A 3U8XA 2Z1GA 2VWKA 4C1NK 1Q7YO 3M3ZA 1D4XA 3VTHA 4BY9C 2ITGA 3ZX3A 1NMDA 3KWGA 4K0KK 2WUSA 3AA3A 4CW7B 4C1NI 1MU2A 1XUPO 1CZAN 3QEXA 1NJZA 4JI3K 4DTSA 1QS4A 4DS5A 2P9SA 1D8YA 3L8BA 1JLEA 2KLAA 3WT0A 3GG4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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