3MN6A

Structures of actin-bound wh2 domains of spire and the implication for filament nucleation
Total Genus 120
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
371
structure length
360
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (8-12)S7 (71-72)AH1 (56-61)TIV1 (13-16)S3 (29-32)TII1 (21-24)S2 (16-21)EMPTYTIV2 (37-51)S5 (53-54)S4 (35-38)O1 (32-34)S6 (65-68)AH5 (182-195)TI1 (61-64)AH4 (137-145)AH2 (79-93)TIV3 (71-74)S8 (75-76)AH13 (359-365)TIV6 (353-356)S9 (103-107)AH3 (113-127)TII2 (108-111)AH12 (337-347)TI7 (322-325)S10 (131-136)TIV4 (129-132)AH9 (274-284)S12 (160-166)TI3 (156-159)S11 (150-155)3H4 (264-267)3H2 (172-174)TIV5 (165-168)S13 (169-170)TI5 (242-245)O2 (178-180)S14 (176-178)TI4 (234-237)AH6 (203-216)S15 (238-241)AH10 (289-295)TVIII1 (220-223)AH7 (223-232)S17 (297-300)S16 (247-250)3H3 (260-262)AH8 (252-259)AH11 (309-320)TI6 (286-289)3H5 (302-304)TII3 (306-309)S18 (329-330)TI9 (334-337)TI10 (352-355)3H1 (98-100)TI8 (332-335)S19 (357-358)3H6 (350-352)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
publication title Structures of actin-bound Wiskott-Aldrich syndrome protein homology 2 (WH2) domains of Spire and the implication for filament nucleation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
total genus 120
structure length 360
sequence length 371
chains with identical sequence F, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mn6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mn6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3mn6A03
5FPDA 3FZHA 4BC4A 2DPNA 3AARA 3D2EB 4BVPA 4CZMA 1R59O 1V4SA 1C0FA 4GY2B 3WT0A 2P9LA 4MLEA 3S41A 2QWNA 3EO3A 4QS9A 3R9PA 3QFPA 2AP1A 3CJAA 3SMPA 5JLFA 4A62A 5AQMA 2OANA 4JD2B 2CGLA 3O6WA 4WQ5C 2IIRA 2UYTA 3A5LC 4CZEA 3WQTA 4O5FA 5JLHA 3ZX3A 2E8AA 4B9QA 2FSJA 1JCGA 5EVZA 3ENOA 2J4RA 2NRHA 5AQNA 3MK6A 3U8XA 4FSVA 3VGKA 2Q97A 3IUCA 2A40A 2Q31A 3TU5A 5AQSA 3GG4A 4JNEA 1GLCG 2D1KA 2Q1NA 3CJ9A 3DAWA 4K25A 4WQ4A 4H5VA 4XH5A 3UB5A 3VGLA 3ZETB 4CZGA 2QWMA 3FZLA 3ZEUA 3VEOA 1HPMA 1IG8A 4BR4A 4PKGA 4BRMA 4BR5A 4H5WA 3ATUA 2P9LB 3A5MC 2YCHA 3EZWA 3LL3A 3U4LA 2FF6A 2YJFA 1SAZA 4BREA 4K41A 1H1VA 4FWNA 1C0GA 4H5NA 4BC5A 4DCHA 3EKSA 2HF3A 5CE3A 2EWSA 4FOEA 4H0PA 1Z6RA 5AQYA 4K43A 3H3OB 2IVOA 3MMVA 3UKUA 4BR0A 2E1ZA 3O8MA 3WXKA 1IJJA 2E2PA 3QICA 1TYQA 3BEXA 3QBXA 5AQZA 5BR9A 3L4IA 2VCPA 3MN5A 1QZ5A 4B1UB 1NGAA 4NO7A 1QHAA 3VEYA 2E2OA 5EOYA 1DEJA 2QWLA 2CH5A 4BROA 4YDUA 1SQKA 2Q0RA 3QDKA 2D4WA 2E88A 3VF4A 4IZ9A 5FPMA 5AQXA 3A5NC 4CBWA 3RSEA 1GLEG 1E4FT 3CQYA 2E2QA 3L0QA 2QXLA 4CBUA 3FZKA 1MDUB 2GELA 1J6ZA 4IJAA 3A5OC 3UE5A 3FZFA 1Y64A 3P4IA 3U9DA 1LCUA 2P9PA 3H45C 1G99A 3W0LA 4XEIA 1NGDA 4M63C 3DXKB 3O4WA 3JXUA 1HX1A 5FPEA 1QQNA 3QBWA 3W3DA 4BRIA 3CERA 1V4TA 1YUWA 5AQTA 4PL8A 3UKUB 2FLOA 5AQHA 1BG3A 3QMLA 3ULEA 4IO8A 2IVNA 1TYQB 3DJCA 5AZJA 1U2VA 3R6MA 3VEXA 4M7XA 2VYPA 4BVOA 1NGFA 1NGCA 3H6EA 3FR0A 3MDQA 3VETA 1TUUA 4ISEA 1YAGA 4BRLA 2NZTA 2A3ZA 2FXUA 1TUYA 1WUAA 1BUPA 3VENA 3WEEA 1KXPA 3LDNA 4FWPA 4BRGA 4BC2A 4DB3A 2HOEA 3WUHA 1BDGA 1NM1A 3O1BA 4A61A 2YHXA 4AM6A 2FSKA 3AAQA 4H03B 5AQUA 3RSEB 3B8AX 4JHDB 1JCFA 4FL9A 3VPZA 1QZ6A 1T6CA 4BGAA 4B1VA 2QWQA 3IFRA 3WXJA 4WQ5A 4H0XB 5LJWA 3FGUA 4Y0WA 4CZKA 4CZLA 3VOVA 4GNIA 3KVGA 5AQLA 3A8YA 4FPBA 4MO4A 4CBXA 2YHYA 3O80A 2P9KA 3DWLA 1WOQA 4BRAA 5KPTA 3ZX0A 2P9UB 4ISGA 1HKBA 5AQPA 3I8BA 3R8EA 2VWBA 4CD3A 4BC3A 4CZIA 1U2VB 3ENHA 4A2AA 1BU6O 1ATSA 2ZF5O 2I7PA 4FWLA 1GLLO 3GBTA 1ZBSA 3GL1A 3LDOA 3CI5A 1YXQA 3MN9A 2GEMA 1GLBG 1T6DA 5AQWA 2W41A 4PL7A 1X9JA 5JICA 3CJCA 3LDQA 5AQGA 3O1WA 3D2FA 5AQFA 3ZX2A 1RGIA 2P9IA 5BPMA 1LOTB 4BRQA 2AA4A 3J8AA 3JS6A 4B1XB 4KBOA 4EAHD 3BUZB 1Z05A 3HBTA 3VEWA 4H0VB 4BR7A 1K8KA 4O8KA 4BRPA 2WUSA 5BPNA 4C23A 3WXIA 3C7NA 3ATVA 4AM7A 1HKGA 3ZEUB 2IVPA 5E84A 4F9OA 3H3NO 4H0YB 3UKRA 3SLCA 4BG9A 3AAPA 3LM9A 4K42A 3AY9A 4IXCA 1S3XA 3D2EA 3LDLA 4I6MA 1MA9B 1KAXA 4LC9B 5AQRA 3SJHA 2CGJA 3H1QA 1BWFO 2CH6A 4FPAA 2A6AA 5EXWA 3D2FB 5BN9A 4B1WB 4E1JA 3VF6A 4BRDA 1ATNA 4RTFD 5BREA 3LM2A 1ZXOA 3M1FA 4NB4A 3TPQA 4JD2A 3M6GA 2D0OA 1RDWX 5KPRA 2ITMA 3U9ZA 5E26A 1HLUA 2KHOA 3EN9A 3MN7A 3VGMA 5AQQA 5F2RA 5AR0A 1K8KB 2BUPA 2QWOA 4B1YB 1NGIA 2V51B 1GLAG 3C7NB 5BRDA 4H5RA 4IWVA 1QQOA 3GOIA 1RFQA 1XUPO 4CZJA 5BN8A 2QWRA 3O08A 2V52B 4M7YA 4EFHA 1NMDA 1NGHA 3VF2A 1HUXA 4DHYA 5AFUH 1NWKA 3H1VX 4BRFA 4I6MB 3GDQA 3HM8A 1DGKN 4EHUA 5F0XA 4Z94A 2QW9A 1XQSC 3IMXA 2P9PB 4FOIA 3D7EO 1GLFO 3VESA 1NGJA 2CGKA 1X3NA 2ZGYA 3CQXA 4MO5A 5AQVA 2HMPA 2YJEA 3C0BA 2GWKA 4BR2A 4JN4A 2P9NA 4BQLA 3FFKB 5LY3A 2Q36A 1Q18A 3FLCO 2P9SA 5EY4A 4BRCA 3ULEB 4RCHA 4EHTA 4CD1A 3F9MA 5AZIA 5AZJB 4FWKA 4FWOA 2YI1A 3WQUA 4BG8A 1YVNA 3IDHA 3VERA 2PBDA 3EL2A 1MWKA 2W40A 1ATRA 1GLJO 1NGGA 2E20A 5EX5A 1D4XA 3SK3A 2A5XA 4WQ4C 4CJ7A 4XH1A 3DXMA 3BF3A 3MCPA 4HTLA 3WEEB 4FWSA 3HI0A 4PKHA 4QS7A 3BP8A 3CJBA 5TKYA 3LDPA 5AQJA 1CZAN 1NGEA 4A2BA 3MN6A 3A0IX 5ELZA 5AQKA 5JMVA 1EQYA 5F1XA 3CHWA 4BRHA 5AQOA 2NLXA 4FWQA 5KQDA 2A41A 2ZGZA 2PAVA 3KZBA 5AQIA 1SZ2A 2ZWHA 2FSNA 2H3GX 4CZHA 1BO5O 4H0TB 1NBWA 4H0OA 3H46O 3WXLA 3L6QA 5BRHA 4BQZA 2ASOA 1S22A 3O5BA 2P9KB 3FE1A 2P9NB 2P9SB 3DXKA 3G25A 4HWIA 4PKIA 3I33A 4BR9A 4ISFA 5AZIB 2V7YA 3VEZA 5BRFA 3QB0A 4IJNA 4EIAA 1JCEA 1OKJA 1U6ZA 1GLDG 2D0PA 1BA0A 5KQ8A 4XH4A 2E1YA 4BRKA 5LJVA 4FWRA 1P8ZA 3DXMB 2FF3B 3OHRA 4YDUC 4FWMA 4CZFA 4DQ8A 1HJOA 1KAYA 4BGBA 3SMSA 2GUPA 3HSCA 4MLHA 2E2NA 2QM1A 4QS8A 1BA1A 3EKUA 1NGBA 1ZC6A 2ASMA 4FO0A 1NLVA 2YHWA 3CJ7A 1XC3A 4RWTA 5B8HA 1DKGD 2P9IB 1KAZA 3FZMA 3ID8A 5I9EB 5KPZA 3GE1A 1MWMA 4JHDA 4JAXA 4J8FA 1T44A 2BTFA 2GTDA 1X3MA 4L3QA 5FPNA 2GWJA 1QQMA 3CETA 2Q2RA 4WYBA 2A42A 3CJ1A 2F9WA 5ADXA 3HTVA 2QWPA 2Q0UA 3M3ZA 5AFUA 1ESVA 3VEVA 2HF4A 1HKCA 3BF1A 1BOTO 2I7NA 2ASPA 4BRNA 1E4GT 3HZ6A 2F9TA 3KHYA 3QFUA 2P9UA 4H5TA 3UKRB 4B1ZA 5ADXH 5BPLA 4CI6A 3ZETA 2V7ZA 3CIPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D5AA 1ITGA 4BC4A 3CC2N 1UA0A 3ZSVA 2E4LA 2VQEK 1KCFA 3OTOK 1VQ7N 4CGDA 4CZMA 2FBXA 3WT0A 5GAHP 3NH1A 4H4OA 4MLEA 3DMJA 3EO3A 4E0DA 3CJAA 3MAQA 4B3TK 1E3MA 4KHQA 4JV5K 4IKFA 4CF1A 2OANA 2XY7A 2HHWA 2CGLA 4JKBA 1ZBLA 2IIRA 4O5FA 4CJFA 3C95A 2HHHK 4GKKK 3SBTA 2PZSA 3SQ2A 3MK6A 1KLNA 4JK9A 1XMQK 2QK9A 2ZJQL 3OBYA 3TAEA 5JVHL 5AQSA 2ZQBA 4DR7K 4JNEA 4CEEA 3TTDA 4FJGA 4K25A 3S3NA 4KI4A 4XH5A 3VGLA 3FZLA 3KLHA 3VEOA 3BZKA 4DSJA 1HPMA 1QVGM 3SV4A 4DWIA 5M1OA 3ZT3A 1Q7YO 4R5PA 3U4LA 4E7IA 2YJFA 4E7LA 1Y97A 4G9ZA 4ICLA 4ILHA 4BC5A 3OYHA 2HF3A 2EWSA 4GW6A 5M1KA 4MDBA 1CXUA 4M42A 3H3OB 2IVOA 4FLYA 1WNSA 4DR6K 3O9UA 1VQKN 3J80O 3UKUA 4BR0A 3O8MA 3NGYA 1UA1A 3BDPA 1IJJA 4FK0A 1RTIA 3QICA 4F3OA 3BEXA 1MU2A 3MN5A 4U7BA 4ZHRA 4NO7A 1A5VA 1QHAA 2D0BA 3VEYA 3OS0A 4YDUA 5C42A 4I2QA 2Q0RA 1T03A 2E88A 4DFKA 4OPHA 1NK8A 4E1MA 2BGGA 5FPMA 2OYQA 5AQXA 4OO1J 2E2QA 4YY3K 1MDUB 4H4MA 3KTQA 4C1NK 1N34K 4Z4CA 3CFPA 3P4IA 2F96A 1LCUA 1NGDA 4M63C 3DXKB 3O4WA 1HX1A 4FJXA 2B4JA 4V19S 4C8LA 4E3SA 3QLHA 3W3DA 2NRTA 1WSJA 4DV6K 4BACA 3MEDA 4ZTFA 2KFNA 3V9WA 3UKUB 5AQHA 4DG1A 3AO5A 4O44A 4IFEA 3T7ZA 3R6MA 3VEXA 2B6AA 4FJLA 4FW2A 4BVOA 4GMJB 3H6EA 4JKCA 4CGGA 1TUUA 1YTUA 3CC7N 3VQ4A 1ZBHA 3WEEA 3K5LA 5HL7L 2HOEA 3WUHA 3J7AP 2WFBA 5GAEP 2FSKA 1VSJA 1JCFA 4R79A 2IC3A 4B1VA 1ASUA 3IFRA 3OYCA 1C0UA 3FGUA 4IG3A 4CZKA 4CZLA 1KVAA 4Z4EA 3VOVA 4W5TA 4DR2K 3KWGA 3AA2A 3HPHA 3KVGA 4DTNA 1IBKK 3P83D 4CBXA 3O80A 5KPTA 3NGZA 3NDKA 4ISGA 2F8SA 1KFDA 3R8EA 3E01A 1ASVA 3S3MA 3ENHA 1L5UA 3IKMA 3E1YA 3MEEA 1VSLA 3TWHA 3CG7A 3P5JA 2VG5A 1TGOA 3SUOA 4FZYA 1YXQA 1T05A 3OBWA 3IS9A 2GEMA 1SS6A 3AVJA 3OYKA 3OYFA 1N32K 1X9JA 3CM6A 4A5BA 5JICA 4OPKA 3CJCA 4RW7A 5AQGA 1UOCA 1F21A 4FJ5A 5BPMA 4E7KA 4FYDA 4OJRA 2KTQA 1LOTB 3FFIA 4KHSA 3E9LA 2KZZA 4DR3K 2HBLA 3J8AA 3JS6A 4B3RK 1HJRA 4B1XB 1S1UA 4KBOA 1HNVA 3VQ9A 3VEWA 4LH4A 3AGKA 4BR7A 3VQQA 4N5SA 4O8KA 4CHPA 4Q5VA 4BRPA 3C65A 1VK0A 3M8QA 3WXIA 3DLLL 1UAXA 3RMAA 3KK3A 1N5YA 4OVLA 3NBPA 5JS1A 4F9OA 1RBVA 4B08A 3K59A 2OPPA 4BG9A 3AAPA 1XNRK 1XHZA 3AY9A 5TKWA 1S3XA 2ZE2A 3D2EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1D5A A;  1ITG A;  4BC4 A;  3CC2 N;  1UA0 A;  3ZSV A;  2E4L A;  2VQE K;  1KCF A;  3OTO K;  1VQ7 N;  4CGD A;  4CZM A;  2FBX A;  3WT0 A;  5GAH P;  3NH1 A;  4H4O A;  4MLE A;  3DMJ A;  3EO3 A;  4E0D A;  3CJA A;  3MAQ A;  4B3T K;  1E3M A;  4KHQ A;  4JV5 K;  4IKF A;  4CF1 A;  2OAN A;  2XY7 A;  2HHW A;  2CGL A;  4JKB A;  1ZBL A;  2IIR A;  4O5F A;  4CJF A;  3C95 A;  2HHH K;  4GKK K;  3SBT A;  2PZS A;  3SQ2 A;  3MK6 A;  1KLN A;  4JK9 A;  1XMQ K;  2QK9 A;  2ZJQ L;  3OBY A;  3TAE A;  5JVH L;  5AQS A;  2ZQB A;  4DR7 K;  4JNE A;  4CEE A;  3TTD A;  4FJG A;  4K25 A;  3S3N A;  4KI4 A;  4XH5 A;  3VGL A;  3FZL A;  3KLH A;  3VEO A;  3BZK A;  4DSJ A;  1HPM A;  1QVG M;  3SV4 A;  4DWI A;  5M1O A;  3ZT3 A;  1Q7Y O;  4R5P A;  3U4L A;  4E7I A;  2YJF A;  4E7L A;  1Y97 A;  4G9Z A;  4ICL A;  4ILH A;  4BC5 A;  3OYH A;  2HF3 A;  2EWS A;  4GW6 A;  5M1K A;  4MDB A;  1CXU A;  4M42 A;  3H3O B;  2IVO A;  4FLY A;  1WNS A;  4DR6 K;  3O9U A;  1VQK N;  3J80 O;  3UKU A;  4BR0 A;  3O8M A;  3NGY A;  1UA1 A;  3BDP A;  1IJJ A;  4FK0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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