3UB5A

Profilin:actin with a wide open nucleotide cleft
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for profilin-mediated actin nucleotide exchange.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, cytoplasmic 1
molecule tags Structural protein
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ub5A03
1V4TA 3FGUA 4CZIA 1HLUA 3ID8A 5EXWA 1NGFA 1ATSA 3QFUA 5EOYA 5AQLA 3WXKA 1MWKA 5ELZA 4FPBA 2ZF5O 5AQSA 1YUWA 3WT0A 4A2BA 2QM1A 3J8AA 4BRHA 4M63C 4AM7A 4A61A 1GLAG 5AQMA 3VEOA 4I6MA 2E20A 4BVOA 2P9SB 4BR4A 3ULEA 4BRQA 1NGHA 1SAZA 3O6WA 3VERA 1TYQA 3BEXA 3UE5A 3SJHA 5ADXA 2CGJA 3CJ9A 4BRFA 2YJEA 1BOTO 2ZGZA 2GTDA 5BN9A 3VEXA 4B1ZA 5JLFA 3O1BA 2GUPA 1J6ZA 4FWSA 3UKUB 2A6AA 4FOEA 1NLVA 2ASPA 4PL8A 2IVOA 3I33A 3LM9A 1YXQA 1TUYA 4WQ5A 2P9NB 4XH5A 5AFUH 4BRIA 4ISFA 2ASMA 2E8AA 2QXLA 2KHOA 1K8KB 3WXIA 3MMVA 4BRKA 5AQUA 4FPAA 4NO7A 1KXPA 2BTFA 3HSCA 2Q31A 5E26A 3CJ7A 4WQ5C 5KPTA 3QB0A 3O08A 5AQHA 3VENA 4FWMA 4BC3A 1C0GA 3DXMA 2PBDA 1BG3A 3SLCA 5AQRA 3VEVA 3QBXA 4IZ9A 3VEZA 5KQDA 3C0BA 3FE1A 5AQYA 4CD3A 3A5NC 5JMVA 2UYTA 2IVPA 1WOQA 1GLCG 5KPRA 1D4XA 3VF6A 4CZMA 2QW9A 4MO5A 1NGJA 2NRHA 2D0OA 4XH4A 2V51B 4B1VA 1ZC6A 3ZX0A 1XUPO 1MA9B 4JN4A 5LJWA 1NGDA 3A5MC 4XH1A 3FZMA 3H1VX 3LDQA 3HZ6A 1QQOA 2P9UB 4YDUA 2I7NA 3ZETA 2IVNA 4FL9A 3U8XA 3LL3A 4EAHD 4EHUA 4MLHA 3MK6A 3OHRA 4BRLA 5BRFA 4RTFD 3ZEUB 4CD1A 4WYBA 4CZKA 4QS8A 4DB3A 2V7YA 4BG9A 3CETA 3ULEB 1NWKA 2HF4A 5AFUA 2P9LB 2P9PA 3GBTA 1RDWX 2VWBA 4J8FA 2AP1A 2P9KA 2FXUA 4CJ7A 3FR0A 3HI0A 3D2FA 4DHYA 3SMPA 3D2EB 4LC9B 5AQWA 4K42A 3GE1A 2Q36A 5AQQA 1MWMA 5AQPA 3L0QA 3ZX3A 3C7NA 3DWLA 5BPMA 3WXJA 2NLXA 1ZXOA 4WQ4A 3LDPA 5FPMA 3WEEA 4B1XB 3VF2A 1HJOA 3FZLA 1U2VB 1XQSC 2F9TA 4JD2A 4CZFA 5EY4A 1C0FA 3MN9A 1SZ2A 5AR0A 3F9MA 1NBWA 1X9JA 2ASOA 5AZJB 2E1ZA 2A41A 3CJAA 3ENOA 5E84A 1NMDA 3CQXA 4PKHA 4FWNA 4FWRA 2HOEA 3VF4A 3M3ZA 3GG4A 4BQZA 2VYPA 3GOIA 3QMLA 3CJCA 3GL1A 3BF3A 3W0LA 2QWRA 4BRCA 2QWOA 3FZFA 4M7YA 2GEMA 1BA1A 4RCHA 5BRHA 5AZIA 3IMXA 3DAWA 4B9QA 1CZAN 5BREA 2V52B 2ITMA 1G99A 4A62A 3EZWA 2F9WA 2A3ZA 3SK3A 3M6GA 4IJAA 3ZETB 3CHWA 3DJCA 1Y64A 4BC4A 1Z6RA 2FF6A 3WQTA 3MDQA 4IO8A 3BP8A 3KVGA 4K43A 4MLEA 5AQJA 3TPQA 4CI6A 3BUZB 3O1WA 5BR9A 3CIPA 2HMPA 3MN6A 1IJJA 1QQMA 3DXKB 1OKJA 2P9PB 3O5BA 5KQ8A 3VPZA 4FWPA 4QS9A 4BC2A 2YJFA 3A5LC 2P9IB 3G25A 3AARA 4JHDA 3D2FB 2GWJA 4H0VB 3ZX2A 2YI1A 1X3NA 5F2RA 3R6MA 1RGIA 1NGCA 2A40A 3CERA 4HTLA 3LDOA 5BRDA 3D7EO 2ZWHA 1QQNA 3O4WA 3QICA 3LM2A 1ATRA 4H5NA 3CJ1A 3WEEB 2V7ZA 5BN8A 1T44A 4H5TA 4BR7A 5B8HA 3EL2A 3H3NO 3RSEA 2E2NA 1IG8A 4JD2B 4DCHA 5KPZA 1MDUB 3ENHA 4ISGA 3CQYA 5AQKA 4BROA 3JXUA 3W3DA 3A5OC 2FSJA 4BRAA 4H5RA 4BG8A 2YHWA 4BQLA 1EQYA 2YHXA 3U9ZA 4Z94A 4I6MB 2QWMA 3UKUA 1HPMA 2CH6A 4O5FA 4YDUC 1RFQA 1HUXA 3S41A 1TYQB 2P9NA 3LDLA 1NGGA 1P8ZA 4EFHA 2W41A 5F0XA 3U9DA 4L3QA 1GLDG 5ADXH 4BGBA 1QZ5A 1BUPA 3QFPA 1K8KA 2E1YA 2H3GX 4BRNA 1BU6O 3EN9A 3L6QA 3EKUA 1GLEG 2D0PA 1BWFO 1T6CA 3HTVA 5AQNA 1TUUA 2BUPA 3GDQA 3FZHA 1JCGA 3WQUA 1Z05A 1KAYA 5TKYA 3A0IX 4O8KA 4CZLA 2VCPA 2PAVA 2Q1NA 1LCUA 4BRGA 3KZBA 1YVNA 1BO5O 1SQKA 3IFRA 4PKIA 1GLLO 4KBOA 3B8AX 3AAPA 5AQFA 4HWIA 4FWKA 4WQ4C 2YCHA 4A2AA 3LDNA 2A42A 3WUHA 2FLOA 3DXMB 1LOTB 1NGIA 1E4FT 3VETA 3JS6A 3H3OB 1S3XA 3QBWA 4BRPA 4H0XB 4JHDB 3EKSA 4Y0WA 4BR9A 1HKGA 3FLCO 2W40A 3UKRA 2E2OA 4H5VA 3VEYA 2P9UA 4CZHA 1H1VA 5FPEA 2FSNA 5LJVA 4FO0A 5EX5A 4GNIA 5BPNA 3HM8A 1KAXA 3O8MA 4FWQA 2J4RA 3WXLA 3ZEUA 3R9PA 4E1JA 4F9OA 4IXCA 4FSVA 1HX1A 2D1KA 1X3MA 2E2PA 2EWSA 2P9LA 4CBUA 3RSEB 3M1FA 4H0YB 5JLHA 3R8EA 4B1WB 1ZBSA 1S22A 4BREA 4BR2A 3D2EA 5AQGA 4M7XA 2CGLA 1NGAA 3L4IA 4K41A 4H0PA 2Q0UA 3QDKA 3H46O 5LY3A 2QWQA 4BGAA 4BR0A 2FF3B 2GELA 1NM1A 1V4SA 2P9KB 3A8YA 4CZEA 3ATVA 2YHYA 1HKBA 3AAQA 1GLFO 3O80A 3I8BA 1DGKN 1U2VA 4BRMA 4C23A 1KAZA 2D4WA 4B1UB 1DEJA 5AQIA 1YAGA 3KHYA 5AZJA 3MN7A 4MO4A 4AM6A 4EIAA 1QHAA 4XEIA 5AQVA 3C7NB 3VGKA 2E88A 2ZGYA 5EVZA 3SMSA 2QWPA 1ATNA 1JCFA 1Q18A 2P9SA 1GLJO 1BDGA 1NGEA 4RWTA 3ATUA 4PKGA 3H1QA 4CZGA 4CZJA 4IJNA 4CBWA 1T6DA 4FWOA 2NZTA 3IDHA 5AQTA 1ESVA 4H0TB 2E2QA 2I7PA 3P4IA 2AA4A 3H6EA 3U4LA 3VOVA 4DQ8A 3BF1A 1R59O 3IUCA 4FOIA 3EO3A 1QZ6A 4H5WA 4K25A 4EHTA 1NGBA 3MCPA 4IWVA 4NB4A 1BA0A 3VESA 3FZKA 2A5XA 4QS7A 5JICA 1XC3A 3H45C 4JNEA 5FPNA 3AY9A 4JAXA 3VGLA 4B1YB 4CBXA 5BPLA 3UKRB 2QWNA 5I9EB 4BC5A 5AQZA 3UB5A 2HF3A 3FFKB 2FSKA 3VGMA 3HBTA 4BVPA 1DKGD 2WUSA 5AQOA 4H03B 5F1XA 1GLBG 2CH5A 5AZIB 4PL7A 3VEWA 4BRDA 2IIRA 4BR5A 3TU5A 4H0OA 3DXKA 5CE3A 4FWLA 2DPNA 1U6ZA 2Q0RA 2GWKA 2P9IA 3CJBA 1JCEA 2OANA 4ISEA 1HKCA 3MN5A 2Q97A 1WUAA 2QWLA 5FPDA 3CI5A 2CGKA 2Q2RA 5AQXA 1E4GT 4GY2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VMFB 3CF5L 4FZZA 2IGIA 4FJMA 5EXWA 3TAEA 3LALA 1W2BM 3ZT1A 4CHQA 4BE2A 5AQLA 3TSUA 4FPBA 2R7YA 3I0RA 4A2BA 3TTDA 4CF1A 2QM1A 3OA9A 4FJ8A 2O4IA 1XHXA 3TTCA 4A61A 3AVIA 3KTQA 5AQMA 4FK2A 4HUEA 1WBDA 3MEEA 1RTDA 3JSMA 5KGXA 4JI7K 4W5OA 1NKCA 2P9SB 4BR4A 4H4OA 1KCFA 3S9HA 4DWIA 4BRQA 4G9ZA 3V1QA 4O8UA 1TK8A 3CJ9A 1FKPA 3P5JA 3KK3A 1ZBUA 4H8KA 3TAMA 2ZGZA 3PUFA 4O5BA 3SBGA 4MDBA 3HL8A 5JS2A 4NLBA 3UKUB 3K58A 4IFYA 3VQ5A 3I33A 3C6TA 4FJNA 5I42A 3VQ7A 1L3UA 3M8SA 1TUYA 2QXFA 4WQ5A 3QO9A 4E7IA 3VTIA 4N41A 3VA3A 1TL1A 4WFNL 3KLFA 5GIPA 3AVNA 3WXIA 3IKMA 1XC9A 4RG8A 3QEIA 3AO5A 4M3XA 5J2QA 4YOXA 3T1HK 3CCVN 5SZTA 1SV5A 4EZ9A 4FWMA 3AVMA 3HOSA 3PV8A 4OPAA 5AQRA 3SCXA 3ZSZA 3T1YK 2Y1JA 3SNNA 4FLUA 5FRMA 5JMVA 3I55N 1IKYA 2UYTA 3Q7CA 1F21A 1WOQA 1GLCG 4W5RA 3VF6A 1OH5A 4CZMA 3G71N 2QW9A 4MO5A 2G8KA 2NRHA 2D0OA 2IS3A 4XH4A 2V51B 3VQCA 2P1JA 1S1TA 1HRHA 1QHTA 4XH1A 3O9QA 1YF5L 2OPRA 3R3LA 4JKDA 4O0JA 1XHZA 3LDQA 3PIOL 4M3YA 2LSNA 1ZYQA 3TSPA 4EHUA 1VSHA 4MLHA 3U6FA 3IS9A 4RTFD 4CD1A 4CZKA 4QS8A 3OJSA 4R79A 4CFDA 1TVRA 3M8PA 4LF4K 3KD1E 4LF6K 4CJ7A 5C2FA 3GE1A 2Q36A 3S3MA 3LDSA 2HHVA 3OYLA 1YITN 1CZBA 3D6RA 3P38A 3WXJA 4KB1A 1BIZA 3OYIA 4WQ4A 4YOUA 4U67L 4J2DA 1B92A 3NCIA 4EP4A 3FZLA 4PWDA 4FZXC 2HNDA 3MN9A 1SZ2A 5AR0A 3QINA 5DM7L 3VQAA 1NJIO 2DFFA 4PKHA 4DFPA 3SYZA 4CECA 3O9RA 3AVGA 2UUCK 2HOEA 3IG1A 4NLCA 1S1VA 2GV9A 3GL1A 3BF3A 1JXBA 3NH1A 3TAQA 4HTUA 3P83D 3EE8A 4M7YA 5M1PA 4O4GA 3SQ4A 3THXA 4ICLA 3BGRA 5AZIA 1C1AA 4KHSA 1G99A 2WBNA 1OH8A 3M6GA 4Q0BA 3ZETB 4FVUA 3ID6A 1VSMA 4CF8A 4FM1A 2UUBK 2FF6A 3BP8A 3KVGA 4MLEA 1SUQA 5AQJA 3TPQA 4DTUA 4A5BA 2E4LA 2VQFK 3DXKB 1EP4A 3RR7A 3G25A 4KH5A 4JHDA 2GWJA 3D2FB 4H0VB 4KKOA 1RT5A 3K0SA 4CEZA 5F2RA 5JVGL 3K9JA 1N8RO 4KO0A 3CERA 3E9LA 3VQBA 4DF8A 2HW3A 1S1UA 4CVNE 3NBPA 4DTJA 1KRPA 5C2DA 3LP3A 3V9WA 1T44A 5B8HA 3EL2A 4JKEA 3H08A 4DCHA 4BE0A 1MDUB 2NRVA 4BROA 4CK2A 3NH0A 3JXUA 2VG5A 4GMJB 2JWLA 3A5OC 4UQGA 4I7FA 1EQYA 3U9ZA 4LH4A 4Z94A 1RCHA 3OYMA 2ITGA 1HPMA 4RW6A 4KB0A 4AHRA 1HUXA 3MXMA 3LDLA 5SWMA 4KFBA 2KTQA 3S3NA 4IG3A 5ADXH 1DTTA 1TV6A 1QZ5A 4BGBA 5FRNA 1K8KA 3SUQA 3CCUN 2F8SA 4O55A 4DTXA 4F4KA 4WFAL 4CJSA 3J7YP 3HM9A 3T19A 2FC0A 1VK0A 3QEVA 3THWA 1TUUA 2BUPA 3GDQA 5CZ2A 3L3UA 3QETA 1JCGA 4KHWA 3WQUA 4DTSA 4CEBA 1KVBA 3RR8A 1IKVA 3CC2N 2X78A 1BO5O 1K73O 1GLLO 4B3RK 4FWKA 4WQ4C 2OPSA 3WUHA 1RDBA 3PSFA 1LOTB 3VETA 4CGJA 2O8BA 4DQQA 4F2SA 4Z0UA 3PX6A 3DLLL 4H0XB 4Y0WA 4BR9A 3B6PA 3FLCO 3EY1A 2E5LK 4J2BA 1B9DA 1H1VA 2FSNA 5LJVA 3AO3A 4DR5K 5JS1A 5BPNA 2O8CA 3HM8A 1KAXA 4FWQA 5HBMA 2J4RA 4OLBA 3WXLA 1YI2N 4KTWA 4F9OA 5C10A 2D1KA 1HNZK 1GOCA 3NGYA 4KREA 2VGMA 3KK7A 2EWSA 2OPPA 2P9LA 4JKGB 3R8EA 5J1EA 1ITGA 1HNXK 1J9AA 1KLMA 4NCAA 2X6SA 5AQGA 4JKCA 2QKKA 2CGLA 4CJLA 1TKTA 3QESA 3NF9A 4TSXA 2Q0UA 3V4IA 2HHXA 3ZT2A 1I3AA 4MDAA 4CEDA 4YOTA 5M1OA 2YNGA 2GUIA 3A8YA 3KWGA 3AAQA 3T7ZA 3I8BA 4BRMA 4FCYA 2W42A 2KKZA 2D4WA 3RMBA 3Q7BA 4RW7A 4ELVA 4MO4A 4KHQA 4M3RA 2HHUA 1QHAA 3RVCA 3PX4A 4GVMA 3E01A 2P9SA 2VG6A 4AHUA 1WNSA 3ATUA 3H1QA 1GOBA 2IOCA 3HVRA 3AVHA 5E41A 4FJJA 2NZTA 1J53A 1FW6A 1ESVA 3BF1A 1R59O 1TKXA 3IUCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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