3UB5A

Profilin:actin with a wide open nucleotide cleft
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for profilin-mediated actin nucleotide exchange.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, cytoplasmic 1
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ub5A03
1T6CA 2D1KA 2E8AA 2FSKA 3IDHA 4EAHD 2E20A 2DPNA 1GLJO 3WXIA 5FPMA 4BG9A 3WEEB 3ATUA 3AAQA 2F9TA 3VF4A 1YAGA 5B8HA 5BPMA 3CJCA 1NGJA 4WQ4C 2QWPA 4DCHA 3C7NB 5KPTA 3LDOA 1BA0A 4BRHA 4K42A 2P9PA 3GOIA 4I6MA 4BRDA 3QMLA 3LL3A 4JN4A 5LY3A 4H0PA 4EHTA 5BRFA 5BN8A 5ADXH 4RCHA 4PKHA 4Y0WA 3EL2A 3U9DA 3QB0A 1HKBA 3U8XA 1D4XA 1H1VA 4WQ4A 3R9PA 4H03B 5AFUH 3CIPA 4GNIA 5AQKA 3SK3A 5BPLA 2V7ZA 4FL9A 4BR0A 4FWPA 1YVNA 2A41A 3U9ZA 2NZTA 3DXMA 3WXKA 5AQJA 3RSEB 1GLFO 1HUXA 4XH4A 2ZWHA 2D0PA 4CBXA 1BU6O 2GEMA 1C0GA 1EQYA 3ATVA 2FLOA 4KBOA 4H5VA 3VEXA 4FWMA 4DQ8A 3H1QA 3HBTA 2QWNA 3EO3A 2E1YA 5AZJA 2P9UA 3QBXA 1QHAA 2D0OA 2P9SB 2I7NA 4CJ7A 2YCHA 4BRNA 3BP8A 3JS6A 3O80A 1NGCA 4AM6A 3R8EA 1YUWA 4H0VB 4NB4A 3LDPA 4JHDB 4CZLA 3A8YA 3P4IA 1NGGA 5AZJB 1G99A 3D2EA 3UKUA 2J4RA 3VF2A 3CJ7A 3FLCO 4BRGA 5BPNA 2V52B 4FWOA 3DWLA 1GLCG 2YHXA 4CZGA 3IMXA 1Z6RA 3CERA 3F9MA 3WXJA 3CJ9A 3UKUB 1NWKA 1HKGA 3WXLA 1GLBG 1U2VB 2P9NA 1X3NA 3SJHA 5JMVA 3VETA 3HTVA 4FWSA 4CZHA 2FXUA 3ZX2A 3LM2A 3SLCA 3VEYA 1TYQB 3ZEUB 4BR4A 2QWMA 1JCGA 4CI6A 4JD2B 2E2PA 4BR7A 4M63C 3KVGA 1BDGA 3EZWA 3ZX0A 3ZETB 1K8KB 2FF3B 4QS9A 5KQ8A 5AQNA 1HKCA 5FPEA 1IG8A 5AQVA 3VEOA 1X3MA 1P8ZA 3H46O 3D7EO 4WYBA 5BN9A 2A3ZA 4FOEA 2VYPA 2A6AA 3DXKB 2QWRA 3CI5A 1Q18A 4BRLA 3MCPA 4YDUA 5AQPA 4K41A 3S41A 4BVOA 4HTLA 2IVOA 5LJWA 5I9EB 5EVZA 2A40A 3HSCA 1XUPO 5AQWA 4H5RA 5BRHA 2Q97A 4FPAA 4BQLA 4FPBA 3AY9A 5F1XA 1BG3A 2GELA 2Q2RA 3BF1A 5BRDA 1ESVA 1YXQA 4E1JA 2P9LA 2VWBA 5AZIA 3KHYA 2YI1A 1NGDA 2E2OA 3FFKB 2CH5A 2H3GX 3EKSA 4H0OA 4BC2A 1WUAA 2W40A 3O5BA 1HJOA 3LDQA 2IVPA 4PL8A 5F0XA 1SAZA 4CZFA 3I8BA 1E4FT 2F9WA 3HM8A 2P9PB 4BR5A 4I6MB 4BGBA 2QWQA 2V7YA 5EX5A 3CJ1A 2P9LB 3DAWA 5AZIB 4MO4A 4H0YB 4BRPA 3ULEA 2E88A 1NGFA 3H1VX 3J8AA 3VEWA 2ZGYA 1SQKA 4IJNA 2NRHA 2ZF5O 3CJAA 3LM9A 1LOTB 3UKRA 3CQXA 1WOQA 5AQIA 5ADXA 1C0FA 3ENHA 3CJBA 5AQGA 3FGUA 4BVPA 4DHYA 4K43A 4XH5A 3IUCA 4FWQA 2WUSA 4CZEA 4H0TB 3UE5A 2FSJA 3UB5A 3VOVA 4F9OA 3M1FA 3MDQA 3MN6A 2FSNA 4WQ5C 1S3XA 5AFUA 3UKRB 1DEJA 3O8MA 1U6ZA 3GE1A 4Z94A 3DXMB 4BGAA 3MN9A 3B8AX 4BRQA 4B1XB 4B1YB 3VGKA 4CZJA 1V4SA 4IJAA 3O6WA 1NGAA 1R59O 4IO8A 1BWFO 2ASMA 5EY4A 3SMSA 1IJJA 2E2NA 4BC5A 3OHRA 2P9UB 3MN7A 3H45C 3WT0A 1NMDA 1XC3A 3AAPA 4ISFA 2YJFA 4CZMA 1GLEG 3MMVA 3A5MC 4WQ5A 3FZKA 1HX1A 1NLVA 4MLEA 1RFQA 2EWSA 2P9IA 3BUZB 3GDQA 3QFUA 1S22A 4ISEA 4FO0A 2ZGZA 2GTDA 3W3DA 4BC4A 3ID8A 5AQXA 3D2EB 3EN9A 4BRKA 4BRFA 4H5TA 3KZBA 4QS8A 2YHYA 4JAXA 2Q0UA 2D4WA 5AQLA 2PAVA 3CETA 3H3OB 1V4TA 2P9IB 4LC9B 4BG8A 3R6MA 3QFPA 5E84A 4YDUC 2W41A 5AQZA 5AQMA 3DJCA 3HZ6A 4PKIA 2E2QA 1ATNA 3VERA 2Q31A 2P9NB 3EKUA 3O4WA 4BROA 4BRAA 3A5OC 1CZAN 2ASPA 1MA9B 1SZ2A 4RTFD 1HLUA 4DB3A 4PL7A 4CD3A 4BRIA 4PKGA 4A61A 1KAZA 2ASOA 1ZC6A 1ATSA 1GLLO 2OANA 2UYTA 2GWKA 3TPQA 3VF6A 4B9QA 4IWVA 3IFRA 4A62A 4ISGA 2IVNA 4CD1A 4IZ9A 1MWMA 3FZMA 5BR9A 5EOYA 4BRCA 5KQDA 3M6GA 2QW9A 4XEIA 4H5WA 4O5FA 3C7NA 4FWRA 1Z05A 4CBUA 2HOEA 2Q1NA 2QWOA 5E26A 1ZBSA 2P9KA 3VENA 5AQYA 3WUHA 1BUPA 4H5NA 1GLAG 1QZ6A 4CZKA 5LJVA 2AA4A 3O08A 1NGHA 4CZIA 4BQZA 1RGIA 4O8KA 1TUYA 3W0LA 3BEXA 5KPZA 2QWLA 4M7XA 4EIAA 3WQUA 2QM1A 3QDKA 1BA1A 1XQSC 4NO7A 1E4GT 4L3QA 1QQMA 2P9KB 3HI0A 1HPMA 2AP1A 4MO5A 5AR0A 5AQOA 1DKGD 1JCEA 4IXCA 3U4LA 3VEVA 1BOTO 3FZHA 3VEZA 4FOIA 3ZX3A 3A0IX 3TU5A 5AQUA 1KAXA 2FF6A 4HWIA 3H6EA 3RSEA 4A2AA 1NGEA 3ULEB 1MDUB 3CQYA 3O1BA 4GY2B 4K25A 4RWTA 2A42A 1Y64A 2GUPA 3SMPA 3QBWA 1ZXOA 3VGLA 4EHUA 3MK6A 2KHOA 4B1UB 5BREA 5FPDA 2YJEA 3H3NO 2P9SA 4FWKA 1KAYA 2YHWA 3CHWA 3A5LC 1NBWA 3LDNA 5AQRA 1OKJA 3I33A 5JLFA 4QS7A 1RDWX 5CE3A 3LDLA 1TUUA 4JHDA 4MLHA 5KPRA 1NGBA 1JCFA 2V51B 3VPZA 4B1WB 2HMPA 2CGLA 1GLDG 3GG4A 2PBDA 5TKYA 1BO5O 2A5XA 3AARA 1DGKN 4B1VA 2I7PA 3A5NC 3GL1A 3FR0A 4BRMA 4BREA 3O1WA 5F2RA 3JXUA 2E1ZA 2BUPA 2CH6A 4XH1A 4BR2A 4C23A 3L0QA 4FWLA 4FWNA 5JICA 4H0XB 1U2VA 5AQTA 5FPNA 3L4IA 3WQTA 2HF3A 3L6QA 2Q0RA 3GBTA 2Q36A 2IIRA 1TYQA 3ZEUA 3FE1A 2NLXA 1NGIA 1QQNA 2VCPA 4JD2A 1T44A 3ZETA 3MN5A 2GWJA 1K8KA 2CGKA 2HF4A 3BF3A 3D2FA 2CGJA 3C0BA 5EXWA 1LCUA 4B1ZA 1NM1A 3M3ZA 4BC3A 3G25A 2QXLA 3ENOA 5AQHA 4EFHA 1J6ZA 4BR9A 1ATRA 1X9JA 1MWKA 4J8FA 5ELZA 3DXKA 4M7YA 4JNEA 2BTFA 4FSVA 1T6DA 2ITMA 4AM7A 3QICA 4A2BA 1QZ5A 3D2FB 3WEEA 1QQOA 3FZLA 3VESA 5AQFA 5AQSA 5JLHA 3VGMA 1KXPA 4CBWA 5AQQA 3FZFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTSA 2NRVA 2E20A 2FBVA 1KTQA 3WXIA 4OO1J 2RE2A 2W6KA 3AAQA 2F8SA 3VF4A 5BPMA 3V81A 1NGJA 2PY5A 3S3OA 2QWPA 1XHZA 3OYJA 2OCEA 3LDOA 4BRHA 4QOZB 4K42A 1TKDA 4CJ3A 4I6MA 2BGGA 1RT3A 2YKNA 3QMLA 3K5LA 5M1FA 4I7FA 1K9MO 2EX3A 4GMJB 3SPYA 1FK9A 1D5AA 3ZT0A 5BN8A 3RMDA 3OBWA 4PKHA 3CC2N 3LAMA 1KVCA 4OKKA 3QESA 3R9PA 4KB1A 4YOTA 2Z1GA 4G1QA 5AQKA 1W7AA 1KQSM 3BZCA 2NRWA 4FWPA 4CEQA 3AVIA 3O4QA 5CR4A 3AVGA 5AQJA 3RSEB 1JLEA 3WXKA 1BIZA 1GLFO 3O4NA 2ZWHA 3KIOA 1C0GA 2FLOA 4KBOA 5M1PA 3AV9A 3ZSYA 1U47A 1KFDA 5AZJA 3ASMA 3QBXA 3UIQA 3ZT2A 4FK0A 3ZSOA 3O80A 4KREA 4CIEA 1KFSA 1FKPA 4CEZA 5C42A 4KKOA 4CZLA 4JHDB 3T1HK 2X6SA 3A8YA 3O3HA 4KI4A 4YOVA 2QI2A 1VSJA 3FLCO 4FCYA 2V52B 4CHYA 3V9UA 1W0HA 2KW4A 1F21A 4CZGA 3ZSQA 3D6RA 3UKUB 4BDZA 1NWKA 4LSLA 4DQPA 1X3NA 5LL6Z 3L3VA 4CZHA 4LF7K 3VEYA 4MDBA 3OYAA 5DM7L 4CI6A 4WFNL 2E2PA 4M63C 5C15A 3MEEA 1VRUA 2FF3B 3THVA 3Q7CA 1HKCA 5J2NA 1VQKN 3PO5A 2Z1IA 3KK2A 2IC3A 5AQVA 1HNZK 1OVQA 3VEOA 4B9MA 4EZ9A 2A3ZA 3DYAA 4FYDA 2QWRA 2G8VA 2Q3SA 1Q18A 4YOYA 3ZSXA 3PX0A 3S41A 4DQRA 5C24A 1XMQK 5AQWA 2YHBA 4JKEA 3P83D 4AHVA 4O0IA 2PYJA 3NAEA 2VG5A 4BQLA 1QVFM 4FPBA 2Q2RA 1ESVA 3PY8A 4F3TA 4IFVA 4B9VA 2YI1A 3Q7BA 2E2OA 3AVKA 3FFKB 1I39A 4H0OA 3O5BA 4DQIA 1HJOA 4GKJK 3DLEA 4Y1CA 1E4FT 1QQCA 4FZZA 2D0CA 1A5XA 4BGBA 2QWQA 1TKTA 3SNNA 5AZIB 4MO4A 4CF2A 1SQKA 3LM9A 2IS3A 4CGHA 2O8CA 4N41A 4IDHA 4JEPA 3DM2A 4BVPA 1Q7YO 4FWQA 3ZT4A 4CZEA 4H0TB 4YOUA 3VOVA 4F9OA 3MN6A 5AFUA 3UKRB 1IBKK 3O8MA 4Z94A 5J2QA 3DLKA 3AA5X 4JLHA 4DS4A 2YNIA 1TKZA 3LALA 2QKBA 1TK8A 3O3GA 3BZKA 2Y1JA 1ZBIA 1R59O 4L8RB 1CZBA 5EY4A 3VA3A 1O13A 2E2NA 1VQ6N 3L4QA 3M8RA 4IDKA 4CGGA 3K9JA 4CZMA 3SPZA 2E4LA 1GLEG 4IBNA 4WQ5A 1HX1A 4MLEA 1RFQA 1CZ9A 4CJLA 3GDQA 1SL2A 1T7PA 3G71N 4AF1A 1NJWA 2ZGZA 3L2RA 1HNIA 5CHIA 5C10A 1Q9XA 3KZBA 1NK5A 2Q0UA 2G8IA 3TSUA 3EE8A 1ASVA 5DMRA 3CETA 3ZLJA 3NCIA 3T3FA 4BG8A 4LC9B 1QTMA 4CEBA 5CYMA 4YOWA 4V19S 1HNVA 3J80O 3ISNC 3QFPA 1LWCA 5E84A 1ASUA 3KKSA 3VQ7A 4JKGA 5JENA 3DJCA 4PKIA 2XHBA 2E2QA 4DSFA 1RTJA 2BE2A 1OH8A 3A5OC 1CZAN 2ASPA 3J7YP 1SZ2A 3CFOA 3OYLA 3MAQA 4PKGA 2VWKA 1ZC6A 5KGXA 1N34K 4Z4FA 2W6LA 5C25A 4DV5K 2WONA 2XY5A 4IWVA 1ZBHA 2FBYA 4E1MA 4CFDA 2HBKA 3O9UA 3F5TA 5HRRA 1MWMA 5BR9A 4IKFA 4CHQA 3IRXA 4JYAK 2QW9A 5GAGP 2ETJA 1NK7A 4CBUA 3MWPA 2HOEA 3L2WA 2Q1NA 2QWOA 1KSPA 2OZMA 3NGZA 4H5NA 1QZ6A 4CZKA 4DWIA 3QINA 3O08A 1NOZA 4CZIA 1RGIA 1IKXA 1Q82O 4IFYA 2HB5A 1TUYA 3W0LA 4EIAA 1N33K 2XY6A 2QM1A 4M45A 3T19A 3TAMA 3KWGA 4MO5A 3TTFA 3AA2A 4CGDA 3VEZA 4AHRA 3ZX3A 3A0IX 3PUFA 2FF6A 3H6EA 3RSEA 4A2AA 4CVNE 5HRNA 2JWLA 1TV6A 2VGNA 3SMPA 4NYNA 3LWMA 3VGLA 4BDYA 3MK6A 4CHZA 5BREA 3H3NO 4CEAA 3CM5A 4FJHA 2YHWA 3A5LC 2OPRA 3AGKA 3NMUA 4H4OA 5AQRA 3PO4A 4CJKA 4CJTA 4JK9A 5CE3A 2VG6A 2YV0X 1TUUA 1U48A 1C1AA 4JHDA 2V51B 2IOCA 4ELVA 1YJWN 2CGLA 3VQBA 4DTNA 1GLDG 2PBDA 1TKXA 3NGYA 3GL1A 3FR0A 1LV5A 3O1WA 3JXUA 4JI4K 3QERA 4XH1A 5C12A 4KTWA 1BQMA 3TANA 2E6MA 4DTJA 1TK0A 4CHPA 1VQLN 5AQTA 5FPNA 1UA1A 3KLHA 1NG9A 3NF6A 3FE1A 4OPHA 1JLFA 2HHVA 4YFUA 1TL1A 3I56N 3CMAN 5M1NA 4PHTX 5JVHL 1TAUA 1QSLA 4G9ZA 4DTMA 3C0BA 2GX9A 1LCUA 4E7IA 3KLFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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