3UB5A

Profilin:actin with a wide open nucleotide cleft
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for profilin-mediated actin nucleotide exchange.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, cytoplasmic 1
molecule tags Structural protein
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ub5A03
3HSCA 3AAPA 2HF3A 3HI0A 4QS9A 4FOEA 1SAZA 3GE1A 2PBDA 2YCHA 4BR4A 2CH6A 1CZAN 3D2FA 4O8KA 2HOEA 1NGGA 2A5XA 2P9NB 3WQTA 3U9DA 3GL1A 4CD1A 5EOYA 4BRCA 3W3DA 5ELZA 2P9KA 2ASPA 3GBTA 3BEXA 3HBTA 4I6MB 2Q2RA 3VEYA 2GEMA 2BUPA 2P9LB 1QQNA 2FLOA 1BA0A 3B8AX 3D2EB 2HF4A 3U4LA 1T6CA 3ZX3A 4FWPA 3R6MA 4K42A 3WQUA 2P9PA 4GNIA 4H0XB 2GUPA 3DXMA 1WUAA 1NLVA 3VF6A 1HKBA 1J6ZA 3U8XA 4E1JA 3EZWA 2A41A 3C0BA 4H0YB 2FF3B 3AARA 3H1QA 3WEEA 4BR7A 3VENA 4HWIA 3S41A 2I7PA 2I7NA 3DJCA 4J8FA 1GLCG 1IJJA 1H1VA 3MCPA 4RCHA 4BRLA 5AR0A 5AQGA 2V51B 1XC3A 3LDOA 4WYBA 5JMVA 4CZKA 4O5FA 1GLDG 4BGBA 3VEZA 4H03B 1GLAG 4B1WB 3VOVA 5FPMA 1S22A 1GLLO 2NLXA 3I33A 1NGBA 1BDGA 1TYQB 2EWSA 4H5TA 3J8AA 2FSKA 3LDPA 3LDNA 3OHRA 5AQOA 3G25A 4IO8A 3GOIA 3ZEUA 3QFPA 3VEXA 3F9MA 2E88A 3W0LA 4FL9A 5BN8A 1NGIA 1C0FA 3IUCA 3FE1A 3MMVA 3HTVA 2V7YA 1GLJO 1U2VA 1YXQA 4FWMA 1V4TA 4HTLA 1Q18A 3O5BA 3VEOA 3EN9A 4CZIA 3GG4A 3AY9A 3IDHA 2P9IA 3C7NA 5BREA 2GWKA 1EQYA 1NGJA 1X3MA 4JD2A 1R59O 4PL8A 4CBXA 3QDKA 2ASMA 3L6QA 4F9OA 3FGUA 4ISGA 3TU5A 5LY3A 2QWRA 5E84A 4CBUA 5FPEA 1E4FT 3SMSA 3SLCA 4BQZA 1YUWA 3WXLA 5AQIA 2Q36A 5LJVA 5F2RA 3FZLA 5JLHA 2W41A 1RFQA 4YDUA 3EKSA 2IVNA 1HUXA 2ASOA 3EO3A 2QM1A 2YHYA 3CJCA 5BRFA 2P9UB 4BRDA 5AZJA 3U9ZA 3O08A 4CBWA 2D0OA 4WQ4C 4BG9A 1BO5O 4WQ5A 2Q1NA 2UYTA 3AAQA 1U6ZA 3A5MC 5AQQA 5AZIB 4FO0A 3LM2A 5AQRA 2QWNA 4IXCA 4M7XA 4PKHA 4BR5A 2QWMA 1DEJA 2V52B 3CERA 4FWNA 3WXKA 4FPBA 2QWPA 2E2OA 2A3ZA 5AQSA 4YDUC 3RSEB 5BPLA 3ULEA 4I6MA 3HM8A 5BPNA 2CGKA 3IFRA 4JNEA 4FWLA 1E4GT 2AP1A 3QMLA 2P9LA 1S3XA 1BG3A 1LCUA 3D2EA 3FZKA 4NO7A 1Y64A 1JCFA 1Z05A 1BWFO 4WQ5C 1G99A 3O8MA 2ZWHA 2E2PA 4CZJA 3D2FB 1V4SA 1X9JA 2A6AA 2QWLA 3VGMA 1HX1A 5FPNA 4XH1A 4BRHA 5E26A 4K41A 4CZMA 1NBWA 4B1VA 4BC3A 1X3NA 2QWOA 4EAHD 2ZF5O 4CJ7A 2YHWA 4L3QA 2GWJA 3FZFA 2IIRA 3SJHA 4EIAA 5BR9A 1ATNA 4BROA 5BPMA 4H0VB 4IZ9A 3MDQA 3MN7A 1NGAA 4CD3A 3A5NC 2P9PB 2WUSA 4Y0WA 4PKGA 4CZHA 4Z94A 1TUUA 4XH5A 1IG8A 3UKUA 4BVOA 4NB4A 1ATRA 4FWKA 3DXKA 4BG8A 3O4WA 4K25A 1HPMA 1TYQA 3WEEB 4BRIA 1T44A 3BUZB 3L4IA 4BRGA 4XEIA 2CH5A 4B9QA 3ATVA 2VCPA 4KBOA 5AQHA 2Q97A 4LC9B 4B1ZA 3R8EA 1DKGD 4A61A 1BA1A 1QHAA 3VESA 3QBWA 3WUHA 4ISEA 4H0OA 4M63C 4JHDB 3L0QA 4BRPA 3EL2A 3R9PA 2E2NA 3MN6A 4DCHA 2Q0UA 2E2QA 2P9SB 2YJFA 1T6DA 4H0TB 1NGDA 4FWOA 1D4XA 4WQ4A 2A40A 3ENOA 4B1YB 5BRHA 4FWRA 1GLBG 1K8KB 2E1ZA 5F1XA 2F9WA 3H3NO 5EX5A 3A5OC 1MA9B 4RWTA 4K43A 4BRNA 4AM7A 2FSJA 3BP8A 3O1WA 5F0XA 3CETA 3UKRA 3M6GA 1HLUA 4DQ8A 5AFUH 5AQNA 3VGKA 4AM6A 1MDUB 1WOQA 4H5NA 4DHYA 4PL7A 2D4WA 1KAXA 2P9IB 3CJ1A 2FXUA 3WXJA 3ZETB 4CI6A 1MWMA 4CZEA 3VETA 3HZ6A 5AQTA 1YVNA 3P4IA 3FLCO 4BC4A 1QZ6A 5FPDA 1P8ZA 4RTFD 4C23A 4CZLA 1MWKA 2FSNA 4IJAA 5AQZA 2FF6A 5AQYA 3O1BA 3SK3A 5AQPA 3ZX0A 4BRMA 1HKCA 2E8AA 3JXUA 4BC2A 2P9NA 3UB5A 3UE5A 4ISFA 3D7EO 5AQLA 3RSEA 1ATSA 3MN5A 4FWQA 4A2AA 4QS8A 5AQWA 5BRDA 2YJEA 4BR0A 3A0IX 5KQDA 1Z6RA 4JN4A 4FSVA 3M3ZA 4QS7A 5ADXH 1RGIA 5AQVA 4IWVA 2H3GX 3VF4A 1ESVA 3CQXA 3BF3A 1DGKN 3A8YA 2BTFA 2VYPA 1JCGA 3BF1A 4BREA 2ZGYA 3LM9A 1XUPO 1YAGA 1NGCA 4H0PA 1TUYA 3VPZA 3LL3A 1BOTO 3O6WA 2OANA 2P9KB 4FOIA 3ULEB 5EY4A 5B8HA 1ZBSA 5ADXA 4MO4A 3KVGA 3VF2A 4MLHA 3VEWA 4BR9A 1NGEA 3QB0A 3I8BA 4EFHA 3DWLA 5KPTA 1NMDA 3FZHA 5AQUA 2QW9A 4BRQA 3CJBA 3H6EA 1GLEG 5TKYA 5AQFA 5KPRA 2Q31A 3DXMB 3WXIA 5LJWA 3ZX2A 3VGLA 3MK6A 1JCEA 5I9EB 3CJ7A 2IVPA 1NGHA 2ZGZA 3CJAA 1QZ5A 3LDLA 2GELA 3FR0A 3M1FA 2IVOA 4BRAA 2VWBA 5JICA 2DPNA 1BUPA 3QBXA 4EHTA 3IMXA 5KQ8A 4JHDA 3VERA 3FZMA 2J4RA 4GY2B 2E20A 3H45C 2NRHA 1HJOA 3QFUA 4H5WA 3UKUB 4JAXA 2A42A 1GLFO 2P9SA 3CHWA 1OKJA 3DXKB 1LOTB 1SZ2A 4H5RA 1ZC6A 5CE3A 2ITMA 4BVPA 4EHUA 2CGLA 2V7ZA 3JS6A 1K8KA 4A2BA 3ID8A 4B1XB 4BC5A 3VEVA 3CIPA 2D0PA 1HKGA 4FPAA 3MN9A 3ATUA 3ZEUB 1C0GA 2Q0RA 3KZBA 3A5LC 2KHOA 3DAWA 2NZTA 5KPZA 1SQKA 1BU6O 2QXLA 2AA4A 1U2VB 2YHXA 5AQKA 4BR2A 3TPQA 5AQXA 4MLEA 3H46O 5EXWA 1QQMA 3ZETA 4BRFA 2P9UA 3EKUA 3C7NB 4CZGA 2HMPA 2GTDA 2QWQA 1QQOA 1NGFA 4CZFA 4JD2B 3H1VX 4DB3A 4A62A 3O80A 5JLFA 1NWKA 1KXPA 1XQSC 5EVZA 3CQYA 5AZIA 1KAYA 1ZXOA 5AFUA 3FFKB 1KAZA 3LDQA 5AQJA 4BGAA 3UKRB 5AQMA 4PKIA 4H5VA 4B1UB 2PAVA 3SMPA 2E1YA 3H3OB 2D1KA 4XH4A 3QICA 3WT0A 4BQLA 3CJ9A 1NM1A 4IJNA 3CI5A 1RDWX 5BN9A 2YI1A 3ENHA 4M7YA 5AZJB 2W40A 4BRKA 3KHYA 3GDQA 2CGJA 2F9TA 4MO5A 4FWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HP6A 1BI4A 1ASWA 3KWIA 4QS9A 4FOEA 4F3OA 4O8KA 3TR8A 2A5XA 2P9NB 3QO9A 3WQTA 1DT9A 4CGFA 3P5JA 5EOYA 3BZKA 1YJNN 2ASPA 2LSNA 4Z4HA 1KVCA 3GBTA 3LZIA 1RTDA 5HBMA 3U4LA 4CEDA 1Q81O 1TL3A 4AHRA 3AVNA 3BZCA 3MECA 4DTOA 3I55N 3KD1E 4JKHA 3PV8A 1HKBA 3K57A 1BL3A 3C0BA 2FF3B 3LP1A 1RBRA 3H1QA 3P1GA 4BR7A 1X9SA 3K58A 4HWIA 1LWFA 1H1VA 4ILGB 4DQPA 1EX4A 1VSEA 3PO5A 4CF8A 1HYSA 1QE1A 4AHCA 2V51B 3OYDA 3LDSA 4OKEA 2OTLN 1RILA 5JMVA 4CZKA 4DSFA 2EX3A 1GLDG 5J2MA 4HCCA 2GUIA 3SAFA 3VEZA 5C24A 4C8LA 1NGBA 4CJSA 4EZ9A 3L2QA 4GW6A 3Q7CA 4DFKA 2OPQA 3OBWA 3VQ7A 3DI6A 2HHWA 3KK7A 2FSKA 3LDNA 4DV5K 4F2SA 3GOIA 1T3VA 4I2QA 3F9MA 4CFAA 4FL9A 5BN8A 4W5OA 3ZSYA 3FE1A 3LAKA 3MMVA 1T05A 1NNEA 2HBJA 1U2VA 4CEZA 4HTLA 1BGXT 2QK9A 1NJYA 2P9IA 2GWKA 5HRPA 3JSMA 2DFFA 4M3WA 3E9OA 4IG3A 3KJVA 4WFBL 5E84A 4B8AB 4DTMA 4CBUA 4OVLA 5FPEA 5M1FA 1TK5A 1RTHA 3HSTB 3CF5L 3SLCA 4RG8A 1ITGA 4DF4A 5AQIA 3K59A 2JWLA 5F2RA 2UXCK 1RFQA 1HUXA 3K9JA 4YOYA 2YHYA 3SQ2A 3EEQA 1IO2A 5AZJA 1C0MA 1BCOA 3O08A 4CBWA 1CXUA 3IRXA 3THVA 2YNFA 2PY5A 4WQ5A 2Q1NA 2UYTA 1U6ZA 4I2PA 3G71N 3G10A 1W2BM 5AQRA 3AVGA 4CJVA 1JKHA 1FXXA 2ATQA 3QINA 4O5BA 2E2OA 1KCFA 2A3ZA 4YDUC 3DRSA 4CK1A 4HUGA 3M8QA 5J1EA 3CC2N 4FWLA 1N8RO 1HJRA 1LCUA 3U3GA 4FXDA 2BDPA 1JCFA 1K73O 1NK5A 3OYKA 4FK0A 3CCMN 3KLIA 4CZJA 3D2FB 1V4SA 2KKZA 2X6NA 1HX1A 1X9WA 3RRHA 3HJFA 1TKDA 2QWOA 3J7ZO 3WNFA 4ILHA 2GWJA 2IIRA 4JKBA 1C0TA 2Z1HA 4IZ9A 3PIOL 3MDQA 5CZ2A 1JLFA 5FRMA 3SQ1A 1NG9A 3K5NA 3A5NC 1BHLA 2IS3A 1TUUA 4Z94A 3UKUA 4XH5A 4FLTA 3NF6A 1SV5A 4LF8K 1HPMA 4B3RK 4FJXA 3L4IA 4U7BA 2CH5A 4B9QA 2VCPA 3M5RA 2Q97A 4FJKA 2WTUA 1QS4A 4KI4A 3R8EA 4O8UA 3EY1A 4AQYK 4CJPA 1VQKN 3E01A 3WUHA 3DOKA 4CJEA 4K8ZA 1U48A 2HHHK 4IFYA 4C8MA 5GAHP 1HNVA 4FK4A 3CD6N 2F96A 3ISNC 4DCHA 4N5SA 5J2NA 3SV3A 5FDLA 2P9SB 4JS4A 2YJFA 4N41A 1B9DA 1CXQA 3RMBA 4FJ9A 4KH5A 3PLAA 1CLQA 1D4XA 2W6KA 3K5MA 1N33K 1W97L 4B1YB 3NVKA 4OKKA 3ZT4A 1KFSA 5GIPA 1BIUA 4K43A 4BRNA 4N56A 4DTXA 3O1WA 5F0XA 2QTDA 2KZZA 4DQ8A 2NRWA 4AM6A 2KFNA 3LWLA 3OYHA 4DHYA 4CCHA 4KPYA 5MLCQ 4C1NI 1ZBUA 2BANA 2FXUA 3WXJA 4NXNK 3ZETB 1MWMA 4DFPA 3VETA 3HZ6A 4E0DA 3C94A 1YVNA 4CJWA 4DFMA 3NE6A 1HR0K 3U6FA 4BC4A 1RTJA 3NVMA 1WBDA 4HTUA 1ZYQA 1O1WA 3SK3A 3O1BA 1JJ2M 5AQPA 4BRMA 4E1MA 2HNYA 4Z4FA 4DR6K 4KHYA 3UB5A 3CMEN 4GV9A 2KFZA 3D7EO 5AQLA 5KGWA 2Z1IA 4G9ZA 4DS5A 3TTDA 1ATSA 4A2AA 1GOBA 3RMCA 4JN4A 1L3SA 3MEGA 5BR8K 1XHZA 2W00A 2GX9A 1RT6A 4DV6K 3CCJN 1JCGA 4ELVA 1YITN 2ZJPL 1LAWA 3LM9A 2WBNA 3VPZA 5IWAK 3EZ5A 4JRQA 2D0CA 5EY4A 4JRPA 1ZBSA 5M1PA 5ADXA 1S6PA 2HVIA 4MLHA 4R79A 4BR9A 3OJSA 3TABA 3IAYA 3I8BA 3NGZA 3KKSA 3LWMA 5A2QO 3B6OA 2QW9A 4BRQA 4V19S 5JVGL 3EYZA 1GLEG 4W5NA 3DXMB 3WXIA 2HSTA 4LFBK 1QSSA 3WNEA 2G8HA 2KZMA 4LY7A 1T7PA 3VTIA 3AVFA 1ZBLA 1QZ5A 5KTQA 4OO1J 1IKYA 5JICA 1RT1A 3P39A 3IMXA 4OJRA 2J4RA 4GY2B 5CR4A 2E20A 4KB1A 1B92A 1XNQK 3S5TA 1YTUA 4OLBA 2X6SA 2A42A 2VGMA 1RBUA 2P9SA 3C6UA 3ZSWA 3E9LA 4CEBA 3NHGA 1KVAA 4DR4K 4EHUA 1K8AO 1HQUA 3O4QA 2NUBA 5C2DA 2D0BA 3AA4A 3CIPA 5CZ1A 3ZSQA 3VQ6A 3MN9A 1EO1A 3CC7N 3ATUA 3CCRN 3ZEUB 4B08A 2Q0RA 3AVJA 5KPZA 1JXEA 2HMIA 3TPQA 3H46O 3M8PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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