3UKUA

Structure of arp2/3 complex with bound inhibitor ck-869
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
415
structure length
399
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Arp2/3 complex with bound inhibitor CK-869
rcsb
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
molecule tags Structural protein
total genus 123
structure length 399
sequence length 415
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ukuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ukuA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ukuA03
4H5WA 5KQ8A 2WUSA 4BQLA 4A62A 4K43A 2QW9A 5FPMA 4LC9B 4WQ5C 3TPQA 2FF3B 2ASMA 1NGHA 3MN7A 3QMLA 3L0QA 2E88A 3D2EB 4FWNA 3A5OC 3VEXA 3AAQA 4FPAA 1RDWX 1HPMA 4CJ7A 3ATUA 2P9SB 4MO5A 1QQOA 4BRDA 4PL7A 2QWPA 3EKUA 1GLLO 3CI5A 4BRAA 1TYQB 1NGDA 3D2FA 3DXKB 4MLHA 3ZETB 4EAHD 3CQXA 3EKSA 3UE5A 4QS9A 3S41A 1NGCA 1V4TA 4BR2A 3UKUB 4PL8A 3FGUA 3ZX3A 1NWKA 4CI6A 1BOTO 4H5RA 5AQQA 4ISFA 1S3XA 1JCEA 1YAGA 4ISGA 2IIRA 1ATNA 4AM7A 5JLHA 4JNEA 4CBUA 3KVGA 4BG8A 2P9IB 2IVPA 2Q36A 4QS7A 4PKHA 4BRMA 4WQ4C 5BRDA 1XQSC 4CZLA 3ENOA 1KXPA 4QS8A 3LDQA 4CZHA 3HBTA 3VEOA 4B1VA 2YJEA 3VGLA 3HTVA 4YDUA 3WXKA 4Y0WA 3KZBA 5AQWA 2CGJA 3QB0A 3GG4A 1SAZA 3FE1A 5KPRA 1QHAA 3AAPA 1T6CA 1RFQA 3KHYA 3D2FB 5AQSA 1GLEG 5AQNA 4BREA 2AP1A 3H46O 1DEJA 5F2RA 1LOTB 3FZHA 5FPNA 3WXLA 1HKCA 2F9WA 1BA0A 1BU6O 2J4RA 4RTFD 4F9OA 4BRPA 4BRGA 1QZ6A 1YUWA 4FL9A 3GBTA 3U4LA 1QQNA 4CZJA 1KAZA 2P9PA 4O5FA 4NB4A 3IDHA 1NGBA 4CZEA 1RGIA 2BTFA 3EO3A 3QBXA 4H5VA 4BVOA 4GNIA 3VGKA 5B8HA 3FLCO 3WUHA 3H1VX 4BC2A 3GE1A 4FWKA 4HTLA 2E20A 3O1WA 2F9TA 1ATSA 2Q0RA 4K41A 1U2VA 1H1VA 2D0PA 2HOEA 3BEXA 3MN5A 3ENHA 3O5BA 3M1FA 1TUYA 3A5MC 3C0BA 4BC4A 5BPLA 3HM8A 3VOVA 3O1BA 5BRFA 1BO5O 1J6ZA 2P9UA 3VEYA 2BUPA 1NGIA 3LDOA 5ELZA 3L4IA 3CQYA 2P9PB 2W40A 1GLJO 3A5LC 1NGAA 4BQZA 2Q31A 3H45C 5CE3A 1EQYA 3IMXA 1XC3A 5AFUA 1KAYA 3VF6A 4BRHA 3GOIA 2YJFA 1S22A 3MCPA 2V7YA 3VEZA 3LDPA 3VEWA 3CJ1A 1KAXA 4BROA 1ATRA 5AQVA 5AQOA 3I8BA 1K8KA 1NGFA 5AQRA 1MA9B 1U6ZA 2E8AA 3LL3A 1JCGA 1HUXA 1SZ2A 3A5NC 5BREA 3AY9A 5AQKA 3VPZA 2YHYA 1NBWA 5AQPA 4K25A 3FZFA 3O08A 4FPBA 2IVNA 4GY2B 3DJCA 3CETA 4PKGA 4XH1A 5LJWA 4BRIA 2V51B 3W3DA 3QFPA 4IWVA 3RSEA 3TU5A 4H0TB 2PAVA 3QICA 2A6AA 5KPZA 3WQUA 3O6WA 2CH6A 3ULEA 2AA4A 3SMSA 4A2AA 4CD3A 1X3NA 1NLVA 3G25A 3MMVA 2GWJA 3U9ZA 4BRKA 4MO4A 4FSVA 3VGMA 1ZBSA 1K8KB 3R9PA 4DHYA 4M63C 2I7PA 5E26A 4H0VB 3H3OB 2DPNA 3WXJA 3LM9A 5AQGA 3MN9A 2E1YA 3VERA 4BR0A 2FSKA 3VESA 2OANA 2FLOA 2P9KA 1HX1A 1NGGA 4IZ9A 2QWLA 3MDQA 5JMVA 3H6EA 5AQJA 5AQMA 4BR4A 1DKGD 1T6DA 4AM6A 5BR9A 1IG8A 4IJAA 3VF4A 5TKYA 1LCUA 5JLFA 1NGJA 4JD2A 3ZX0A 4RCHA 4CZMA 4A2BA 3RSEB 4FWRA 2E2OA 5AQUA 4JAXA 1XUPO 3DAWA 3VETA 3BF1A 1ZXOA 1NGEA 3O4WA 4EIAA 1JCFA 3HI0A 5AZJA 3SK3A 2A5XA 3IUCA 1CZAN 2E1ZA 2P9LA 2ZGZA 5BPNA 2VCPA 5AR0A 3WEEA 4CZKA 3BUZB 3I33A 4B1ZA 5BPMA 1Z6RA 2FXUA 2YI1A 5AQTA 2FSNA 2GTDA 5LY3A 3CJCA 4H03B 3A8YA 4FWPA 1C0GA 2P9KB 5AQFA 2I7NA 2A41A 1IJJA 2E2QA 5AQLA 3ZEUA 5LJVA 1NM1A 1G99A 2HF3A 1E4FT 1GLBG 1ZC6A 2D1KA 3SLCA 3UB5A 4H5NA 3D2EA 3LDNA 2QWOA 4BG9A 2QXLA 4L3QA 2QWQA 4EHTA 3CJ9A 2FSJA 3QBWA 4H0YB 5E84A 2GELA 2P9SA 1HLUA 1P8ZA 4FO0A 4BRLA 5KPTA 4FOEA 1Q18A 2QWMA 2HMPA 1OKJA 2NRHA 3MN6A 2NLXA 5AQIA 3CJAA 2YHXA 5AZJB 2CH5A 1TUUA 3M6GA 5FPDA 3JS6A 1GLAG 2D4WA 1BWFO 2YHWA 4BGAA 3FFKB 3C7NA 4BGBA 3FZLA 4BC3A 3LM2A 3WEEB 1BDGA 2GUPA 2P9NA 4CZFA 2KHOA 4CD1A 2IVOA 1X9JA 4I6MA 1HKBA 4Z94A 4B1YB 2P9IA 3O80A 1DGKN 4WYBA 5EY4A 1U2VB 3ATVA 3ZEUB 4FWLA 4B1WB 3H3NO 1WUAA 1QZ5A 3AARA 1HJOA 2ASPA 3JXUA 2ZF5O 4DCHA 3D7EO 1NMDA 1YVNA 2A40A 2UYTA 4BVPA 2P9UB 1HKGA 2HF4A 3CERA 4CBWA 1BUPA 4BC5A 3WQTA 5I9EB 5AZIA 1MWKA 4H0XB 2Q0UA 3M3ZA 1MWMA 2QWRA 3R8EA 4IJNA 1WOQA 3H1QA 3OHRA 4BRNA 1C0FA 2QWNA 2Q1NA 3BF3A 4CBXA 3EL2A 4JN4A 2V52B 3C7NB 3CHWA 3WXIA 3DXMA 1BG3A 2NZTA 2GWKA 2P9NB 3LDLA 4KBOA 4BRCA 5BN9A 3ZX2A 1Y64A 5EX5A 3GL1A 3ID8A 4I6MB 4K42A 4C23A 5FPEA 4NO7A 5JICA 1R59O 3VF2A 4CZIA 3O8MA 4IO8A 3EZWA 4PKIA 4ISEA 5BRHA 2ITMA 2H3GX 1ESVA 3CJ7A 3W0LA 3HZ6A 1X3MA 4FWSA 1V4SA 3HSCA 5EXWA 4H5TA 4M7YA 4CZGA 3B8AX 2VYPA 4BR5A 2CGLA 1BA1A 4XH4A 5EOYA 3CJBA 4E1JA 3WT0A 4J8FA 3BP8A 4H0OA 4BR9A 5AQYA 3IFRA 5AZIB 4BR7A 1QQMA 4FWMA 4B1UB 3UKRA 3ULEB 5ADXH 5BN8A 2FF6A 4H0PA 2V7ZA 2PBDA 4JHDA 3VEVA 3FZKA 3DXMB 3F9MA 3L6QA 4IXCA 2CGKA 4WQ5A 4EHUA 5F1XA 1GLDG 2Q2RA 1E4GT 2ASOA 3CIPA 3VENA 4FOIA 2GEMA 1GLFO 5ADXA 5AQZA 2QM1A 2A42A 2E2PA 2W41A 1Z05A 3A0IX 3R6MA 4MLEA 3QDKA 4XEIA 4FWOA 4O8KA 4HWIA 3GDQA 4B1XB 1GLCG 3SMPA 4A61A 4B9QA 5AQHA 5EVZA 1D4XA 4JD2B 3J8AA 4BRFA 3P4IA 4FWQA 2EWSA 4DB3A 3U8XA 3DWLA 3U9DA 1TYQA 2A3ZA 4XH5A 3DXKA 2VWBA 3ZETA 4YDUC 3UKRB 3FZMA 4BRQA 3QFUA 2ZGYA 4RWTA 5KQDA 2P9LB 5AFUH 1YXQA 4JHDB 4M7XA 3SJHA 3UKUA 4WQ4A 5AQXA 4EFHA 2YCHA 4DQ8A 2ZWHA 1SQKA 2E2NA 1T44A 1MDUB 3EN9A 2D0OA 2Q97A 5F0XA 3MK6A 3FR0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KQ8A 3SV4A 1QQCA 4CW7B 3O9RA 1HYVA 1TK0A 4WQ5C 3M8PA 2UU9K 2F96A 3NH1A 4FWNA 1VSLA 3HJFA 2QXFA 4CJ7A 2G8VA 4OPJA 2KZZA 1QQOA 4O5BA 4PL7A 3NGYA 3EKUA 4KKOA 5HRRA 3D2FA 4MLHA 4EAHD 3HVRA 3CQXA 4TSXA 3E9PA 3UE5A 3S41A 3QINA 4JI5K 3CPWM 1V4TA 2RPIA 3NF6A 4Z0UA 4CI6A 3OYNA 5AQQA 1HQEA 4ISFA 2G8HA 3PIPL 2IIRA 1NOYA 5JLHA 4BRMA 5BRDA 4LFAK 1FK9A 3KKSA 4QS8A 4E1NA 4JLHA 1I3AA 3HTVA 3WXKA 4OX9K 1S1VA 4FCYA 3QIOA 3GG4A 5KPRA 2O8EB 1REVA 5AQSA 3CCSN 4CJ5A 1HKCA 2F9WA 4IOXA 4N5SA 1ASVA 4RW8A 2J4RA 4RTFD 3SUNA 1J54A 1QZ6A 1YUWA 1HNWK 1DTTA 1JLCA 1FKPA 3U4LA 1IKWA 4FZYA 3SUOA 1Q82O 2HHHK 1NGBA 3EE9A 1RGIA 3AGRA 3QBXA 3RWUA 4IOAL 1WAFA 4W5QA 4CF2A 3VGKA 1K9MO 2UXBK 3WNHA 2KFZA 4FWKA 3BDPA 5H1SQ 3O1WA 3NF7A 3OA9A 5GIPA 3CFRA 4E0DA 1KD1O 2VGNA 3MN5A 3ENHA 3K59A 2W6KA 4ICLA 3DOKA 4PHTX 2IGIA 5BRFA 4FLVA 2YNHA 1J6ZA 2FBXA 2WTUA 2YKNA 5ELZA 4AHRA 3L4IA 2P9PB 3A5LC 3QIPA 1LV5A 1BHLA 1EQYA 3C65A 3QO9A 3OS1A 1S22A 4CGGA 3VA3A 1WSJA 3VEWA 3AO2A 5AQOA 3I8BA 4GV3A 1JKHA 3E1YA 1NG9A 1MA9B 3MAQA 1B9FA 1U6ZA 1C6VA 1WAJA 3LL3A 3CQ8A 1HUXA 1RDUA 4NLBA 3NHGA 2VWJA 5BREA 5AQKA 2A1SA 3FZFA 1RT1A 2XO7A 2HBJA 4XH1A 5FDLA 4IEIA 4IWVA 5CY4A 3RSEA 3QICA 1U47A 4DR5K 2XY8A 3AO1A 1NK9A 1VSMA 3CF5L 4CJPA 1X3NA 1HMVA 4L8RB 1NLVA 3C6HA 3TSUA 2UUCK 4BRKA 1MU2A 4MO4A 1NMNA 4CK1A 5M1FA 4FJXA 4E89A 4DHYA 4FZXC 3T1AA 1I94K 1QVGM 3MCAB 5GADP 5LL6Z 3VESA 2OANA 3I56N 4B9VA 5AJ3K 4YORA 1SS6A 5AQJA 2F7TA 1DKGD 1CXQA 4FJ9A 1HNZK 4LF7K 4I2PA 5JVHL 4DUZK 3S3NA 1NJXA 1XHXA 3M8QA 1IG8A 3KK2A 3DOLA 4IJAA 2RF2A 3ZYYX 5TKYA 2ZM6K 3KK3A 1NGJA 3NVKA 4RCHA 2B4JA 4FWRA 3OY9A 2E2OA 4BE0A 1RILA 3NCIA 3V9ZA 1XUPO 1RBUA 3L3UA 1JCFA 3HI0A 2HBMA 1FW6A 2A5XA 1UOCA 2HW3A 1JLBA 1BIZA 1W0HA 1XHZA 4ELUA 5J2PA 2ZGZA 4KHQA 3L2UA 3KLEA 2HVIA 1Z25A 1Z6RA 2YI1A 4DV3K 5AQTA 2FSNA 4J2BA 2O8BA 4FWPA 1C0GA 2P9KB 3MXJA 3ZEUA 5LJVA 3KLGA 3AO3A 4C8MA 3SLCA 4BG9A 2QWOA 4DKWA 4L3QA 5E84A 3E9LA 1RBSA 5KPTA 4HUFA 1LWCA 4CEQA 2BGGA 2QWMA 4LFCK 1SKRA 2F8SA 5AQIA 2HVHA 3DMJA 3SQ4A 3T3FA 3HPGA 1NKEA 2VG6A 2YHXA 3M6GA 3DI6A 4JV5K 2O4IA 1GLAG 1BWFO 2QI2A 2YHWA 5CYMA 4CGFA 3FFKB 4BGBA 5FLXO 3WEEB 1M90O 3K58A 1RDDA 2GUPA 1NJYA 4I6MA 4E3SA 4FLTA 3O80A 1DGKN 1DLOA 4J2AA 1NJZA 1U2VB 4FWLA 5JENA 2NNWA 4AHSA 1WUAA 4FXDA 3O3HA 3JXUA 4B9MA 2NRRA 2Z1GA 3OTOK 1UAXA 1C0UA 2P9UB 1SL2A 4DU4A 1QVFM 1HKGA 4ELVA 1YITN 1DT9A 5A2QO 3TWHA 3VQEA 1D9DA 1S6QA 2Q0UA 3M3ZA 1MWMA 1SL0A 3NFAA 3TARA 3T69A 1VSDA 3C7NB 3WXIA 4CFCA 1SUQA 1BG3A 3TR8A 3DLBA 5FRMA 1KVAA 2HB5A 4B3SK 3TSPA 5BN9A 3K9JA 1S72N 2A1RA 1ZBHA 3CC2N 4K42A 4C23A 4IDHA 4B9LA 3V4IA 4CEDA 4FJ5A 1WBBA 3CCUN 4B9SA 4ISEA 4R5PA 4KPYA 3AGKA 4C8OA 1C1CA 4DTPA 2Y1IA 1SL1A 2RE2A 2VGMA 1ESVA 4CE9A 3CJ7A 1X3MA 4FWSA 3SQ0A 3MXMA 3LPTA 4XH4A 2WC9A 4E1JA 4J8FA 4JRPA 5M1KA 3BP8A 3IFRA 5D3GA 5AZIB 4IO9L 4BR7A 4E7HA 3ULEB 3CPEA 3VQDA 4CJKA 5BN8A 1TVRA 4M3XA 1ILYA 4H0PA 4M3ZA 1S1XA 2V7ZA 3VEVA 3FZKA 4KHSA 4FJJA 4DV0K 1TKDA 1S9EA 3M8RA 2BH1A 4DQPA 3CIPA 4N76A 3S9HA 4DQRA 4DSKA 1I39A 5AQZA 4CGIA 4W5OA 3SI6A 5J2MA 4CIFA 3A0IX 4MLEA 4YOXA 3QDKA 5GAHP 2F4VK 2I5JA 3ID6A 2Y1JA 1KTQA 4JI1K 3GDQA 3AVCA 2Z1IA 3SMPA 5AQHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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