3DXMA

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0993548
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
414
structure length
399
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
total genus 130
structure length 399
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dxmA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxmA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxmA04
1KAYA 2P9SB 3O4WA 4CZLA 3ULEA 2IIRA 3FZKA 4DQ8A 2P9UB 1IG8A 4FWOA 3ENHA 4FSVA 3DJCA 5BN8A 5AQRA 4CZIA 4XEIA 5JICA 4QS7A 4BC4A 3M1FA 2E88A 2YHYA 4CBUA 5JMVA 5AQTA 3GBTA 3HBTA 2CGJA 3D7EO 1NGHA 2P9KB 3O08A 1QQOA 4CD1A 4MLEA 1U2VA 5ELZA 4PL7A 1T6CA 3KVGA 5FPMA 3OHRA 3U9DA 4FPBA 5AQXA 4FWLA 1NGJA 1QHAA 2YJEA 3H1VX 5BRFA 1X3MA 2GEMA 3FZMA 1RDWX 4JN4A 3P4IA 4FOEA 3R9PA 3WQUA 4BRKA 2ITMA 3HM8A 1BO5O 2FLOA 3CJCA 3EKSA 3F9MA 1GLDG 1YUWA 3QBXA 3A5OC 4JAXA 3FLCO 3EKUA 5JLHA 3FGUA 4E1JA 3CJ9A 3SMSA 1QQNA 1X9JA 4A62A 5BPMA 2W40A 3JXUA 4CZFA 1GLFO 1JCEA 1MWMA 3QFUA 3WQTA 2OANA 5LY3A 4WQ5A 3VEWA 3ZETA 3WEEA 5AQYA 5AQOA 2A42A 3U8XA 3VGMA 3EN9A 5I9EB 2P9NB 5AZIA 5FPDA 1DKGD 3O6WA 4FPAA 4IJAA 2ASOA 4NO7A 4BRLA 1R59O 1U6ZA 3SMPA 5EY4A 1JCFA 4I6MB 2P9PB 1V4TA 3FZHA 1MWKA 4FWNA 4QS9A 4CD3A 4MO4A 4LC9B 2HF4A 4JHDB 3H6EA 4CZMA 3CJ7A 3GOIA 4IXCA 2ZGYA 1K8KB 2IVNA 3FE1A 4CZEA 3DXMA 2J4RA 3CETA 1X3NA 4K42A 4WQ4C 3SLCA 4A2AA 4AM7A 4BRAA 2E2NA 1NGCA 4HWIA 5EOYA 2AA4A 3LDNA 1HLUA 1OKJA 1QZ5A 3JS6A 5AQLA 3MMVA 2ZF5O 4BREA 3SJHA 1NGFA 4IJNA 4BRCA 4BR4A 1DGKN 4GNIA 4H0VB 1ATNA 4B1ZA 2HMPA 3HI0A 4DB3A 4BR2A 4QS8A 1GLBG 3MN7A 2HF3A 4HTLA 4B1UB 1D4XA 4WQ4A 5AQVA 1XUPO 3A8YA 1C0FA 3VF6A 1T6DA 4O5FA 4BC5A 5AQHA 1CZAN 4M7YA 4FWKA 2AP1A 5AQNA 2VCPA 2ZWHA 4BVOA 4F9OA 2D1KA 1ATSA 3J8AA 3FR0A 5CE3A 5AQWA 2PBDA 3RSEA 2P9IA 1G99A 1NGIA 1NGGA 3SK3A 4H0TB 1MA9B 4H0PA 3AAPA 3VOVA 4JD2B 1TYQB 3W0LA 4H0YB 2UYTA 3WEEB 5AQMA 4RCHA 2QXLA 4K25A 3UE5A 3DAWA 2FSJA 4H03B 5AQFA 2FSNA 5LJWA 2YHXA 4B1YB 4BGAA 4H0OA 3FFKB 1Z6RA 5AZJA 3VPZA 2A5XA 3KZBA 1RFQA 1XQSC 3C7NA 3UKRA 4ISGA 3O1WA 3WXJA 1HUXA 4KBOA 2IVPA 2Q2RA 5FPNA 5AQPA 3VF2A 3VEOA 4H5WA 1YAGA 2QWMA 3IMXA 2WUSA 2NZTA 3EZWA 3DXMB 3M6GA 4H5TA 1GLAG 4BR7A 1NM1A 5F2RA 2A3ZA 1GLJO 3D2FB 1DEJA 2QM1A 2V7ZA 3LDQA 4FO0A 1BA1A 4JNEA 3UKUA 4WQ5C 3VEYA 2QWOA 3A0IX 2Q0RA 4K41A 1NGBA 3O8MA 4Z94A 2QWPA 4BRPA 4H5VA 3DXKA 2E20A 4BR9A 2Q36A 3D2EA 3A5MC 4B1WB 5AQSA 1P8ZA 3VEVA 3CQYA 4BR0A 3AAQA 3BF1A 1HKCA 3MDQA 2DPNA 3GG4A 2P9LB 3CQXA 3H45C 1NBWA 4B1XB 4CBXA 5FPEA 1HKGA 1BDGA 4XH1A 2BUPA 3LM2A 2V7YA 4H5NA 2P9IB 3ENOA 5AQKA 3MN6A 4PL8A 3ULEB 1BG3A 2D4WA 4EIAA 4BRHA 2VWBA 4BRNA 2GWJA 3EO3A 1NGEA 2GWKA 2P9SA 2QWNA 3LL3A 4FWSA 3G25A 3VEXA 2KHOA 1ZC6A 4GY2B 5AQUA 1ATRA 3O5BA 1NMDA 4BRQA 3MK6A 1TUUA 3ZX2A 1XC3A 2I7NA 4CZHA 3WUHA 2VYPA 3EL2A 1SQKA 4ISFA 2QWLA 4PKGA 1U2VB 1HPMA 3QBWA 3LM9A 1YVNA 5BN9A 1ZXOA 3BUZB 2FF6A 4CZJA 2P9KA 3U9ZA 1J6ZA 3VETA 1NGDA 1LOTB 3BP8A 2GTDA 2W41A 2F9TA 1S3XA 3CIPA 3H3NO 3CHWA 4WYBA 4H0XB 5BREA 3BEXA 3H46O 4RTFD 4M7XA 4XH4A 4C23A 2CGKA 1BWFO 4NB4A 3A5LC 2YHWA 4FWQA 3L4IA 4BC3A 3D2EB 5JLFA 3ATVA 4EAHD 5BPLA 3H1QA 2V52B 4CI6A 3C0BA 3CJBA 4CZKA 3LDOA 5E26A 1BU6O 3I33A 1GLCG 4BROA 3FZLA 1BOTO 1Q18A 2NRHA 3CJAA 2GUPA 3HTVA 3ZETB 4EFHA 1C0GA 2A40A 4BQZA 3L0QA 1SZ2A 3ZEUA 1TUYA 2QWRA 4CJ7A 2ZGZA 3CERA 1GLEG 5AZIB 2PAVA 5EXWA 4DCHA 5EX5A 2Q97A 1BUPA 5KQDA 3R6MA 1LCUA 2YCHA 3VF4A 5E84A 3S41A 2P9NA 4DHYA 2FF3B 3DWLA 1T44A 1E4GT 5F1XA 2ASMA 1IJJA 2A6AA 3GDQA 4I6MA 2P9PA 1KAZA 1S22A 2E1YA 3AARA 3U4LA 3VGLA 3WXIA 3QB0A 4JHDA 5AQQA 4YDUA 4BRGA 1WOQA 1K8KA 2YI1A 4XH5A 4FWPA 5TKYA 5BPNA 3VENA 1YXQA 5AR0A 4CBWA 2CGLA 5BRHA 2D0OA 4A61A 1KXPA 3MN9A 2GELA 5AQIA 4IWVA 3QFPA 3QMLA 5KQ8A 2E2PA 4IO8A 2NLXA 4BGBA 1HX1A 4FL9A 3VESA 4PKIA 3HZ6A 3MCPA 3A5NC 3ZX0A 3O80A 4CZGA 2D0PA 2ASPA 3WXLA 5EVZA 3QICA 2CH6A 2E1ZA 2HOEA 3H3OB 5KPTA 3RSEB 2YJFA 2CH5A 3BF3A 4FWRA 2IVOA 4H5RA 4BVPA 1WUAA 1BA0A 4PKHA 3FZFA 1JCGA 5KPRA 4A2BA 4IZ9A 1NWKA 2E2QA 5BRDA 3O1BA 3VEZA 1NLVA 4RWTA 4JD2A 3WXKA 2P9UA 3AY9A 3ZEUB 1TYQA 3UB5A 3MN5A 5KPZA 3I8BA 1KAXA 3TPQA 1E4FT 3ATUA 3GL1A 3R8EA 1HKBA 1V4SA 2V51B 4BC2A 3IDHA 5AZJB 4BG9A 3GE1A 4M63C 4BRMA 1RGIA 4K43A 3VGKA 4BR5A 3QDKA 1NGAA 3C7NB 3TU5A 1HJOA 2EWSA 5AQJA 3UKRB 5BR9A 4J8FA 5AFUA 3ZX3A 4MLHA 2FXUA 2Q1NA 3LDLA 3B8AX 2I7PA 5AFUH 4BG8A 4MO5A 3UKUB 3VERA 4BRFA 1EQYA 4B9QA 4BRDA 2E2OA 2QW9A 1QZ6A 3L6QA 4FOIA 2QWQA 2Q0UA 4ISEA 3D2FA 1Y64A 3DXKB 4O8KA 3IUCA 3CI5A 3LDPA 5AQGA 2H3GX 4L3QA 1SAZA 5AQZA 4BRIA 3CJ1A 5ADXA 2BTFA 4Y0WA 5F0XA 1GLLO 3HSCA 3ID8A 4EHTA 1QQMA 2E8AA 5B8HA 2A41A 2F9WA 1MDUB 5ADXH 5LJVA 4B1VA 2P9LA 2FSKA 4EHUA 4BQLA 1ESVA 1ZBSA 4FWMA 3M3ZA 3WT0A 3IFRA 4YDUC 3W3DA 2Q31A 4AM6A 3KHYA 1Z05A 1H1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2EA 2UXBK 2O8EB 3ULEA 4DTXA 3SBTA 3QEXA 1C0TA 4FWOA 1KTQA 3HPGA 3C95A 3ENHA 3E9OA 4FSVA 3AVGA 1VSKA 4KAZA 2YNIA 3S9HA 4CJPA 4CBUA 5AQTA 3K2PA 2O4IA 2CGJA 3D7EO 3S3OA 1RNHA 3VQ4A 4MLEA 1TK8A 4PL7A 1T6CA 3F9KA 3VQCA 4CFAA 3OHRA 4FPBA 2LSNA 3FFIA 5AQXA 1NGJA 2IAJA 2YJEA 4DF8A 1LAVA 4OVLA 2GEMA 1YI2N 2EX3A 4BRKA 2OPRA 4BE2A 2HHSA 4GVMA 3B6PA 3EKSA 1GLDG 3VMFB 2F7TA 3QBXA 4MFBA 1CXQA 4CEDA 3CFOA 3FGUA 4NLCA 3CJ9A 3THXA 4LSNA 3PV8A 1K73O 4KHWA 3HVRA 3OYLA 4CZFA 4DKWA 1BIZA 3KK3A 4WQ5A 4CJ5A 1VQNN 3ZSRA 3E66A 1QTMA 4IOAL 2P9NB 3OW2M 3L3UA 2VQEK 1NK4A 3O6WA 4BRLA 3O9QA 3KK2A 5FRNA 4LFAK 2UUCK 1VAZA 1MWKA 4JHDB 3VQ5A 2DTUA 3T19A 3CJ7A 1N5YA 4PQUA 2KZMA 3P5JA 3ASMA 3AVMA 3RWUA 3DXMA 3CETA 4AM7A 2FBYA 3KKRA 1BI4B 2AA4A 1QS4A 1EKEA 3V9UA 1NGFA 4DB3A 1UAXA 4ID5A 4BR2A 1GLBG 2X6NA 4CJQA 3AO1A 4B1UB 4CHZA 3RMDA 4NLBA 1WB9A 4LF8K 4WQ4A 4DV3K 5AQVA 3A8YA 4KO0A 3T69A 5HRPA 3CC7N 1U4BA 1TL1A 4DTMA 4CJTA 3NBPA 1G15A 3THXB 2XO7A 3J8AA 2WOMA 3S5TA 1NGGA 3J7ZO 4N56A 3VN5A 1N32K 1TYQB 3DLKA 3MCAB 3AVHA 4ELUA 2WBNA 4IG3A 5AQMA 4FLXA 1S9EA 2OTJN 4CFCA 4PWDA 4H03B 4CJUA 5AQFA 4GV9A 4B1YB 3NGZA 4QOZB 2FC0A 3CM5A 3VPZA 2A5XA 1IG9A 3OTOK 3WXJA 1BHLA 3O1WA 4E7JA 5FPNA 3VEOA 4AQYK 2YKNA 3LWLA 4LH4A 1FXXA 2ZJRL 3EZWA 2PYLA 3TAMA 1IH7A 3DXMB 3M6GA 5DK5A 4BR7A 4JI7K 2A3ZA 4JNEA 2XY7A 2V7ZA 4JI4K 3UKUA 4H4OA 1WBDA 2W00A 3THWB 5KGWA 1EWRA 2QWOA 3AVKA 1NGBA 3HM9A 3DXKA 2E20A 4DQPA 1JJ2M 4CE9A 3KD1E 2WC9A 1C1BA 3C6HA 4B1WB 3LPTA 2Z1HA 3E1YA 4DTRA 4CW7B 3AAQA 4WFBL 2OA8A 3SV4A 2P9LB 2VGNA 3H45C 4M42A 5FDLA 4FM2A 3I0SA 3VA0A 2QEXN 1OH8A 1BQMA 2F4VK 1BCMA 3RMCA 4AHSA 3ENOA 4CESA 4Q5VA 4BEBA 3MN6A 1VQON 1BG3A 2D4WA 4EIAA 3L2QA 1ILYA 1VSDA 2KFZA 4GY2B 4Z4CA 4KHQA 3O5BA 3AO4A 1TUUA 1XC3A 2ATQA 5K14A 4M3YA 4ISFA 4CJSA 2QWLA 1U2VB 3M8RA 1HPMA 3QBWA 2RN2A 3K9KA 4CHPA 1NGDA 4IFYA 1ITGA 1YITN 3AVFA 1CLQA 2OCEA 4HCCA 3OA9A 3H46O 4RTFD 4XH4A 3ZYYX 4C23A 1BWFO 3ZSXA 3A5LC 2YHWA 3L4IA 3DOKA 4EAHD 3IRXA 5BPLA 2PYJA 2V52B 4E72A 3CJBA 2O8CA 2E6MA 5E26A 4KB0A 3TAQA 2YKMA 3HOTA 1NJZA 3FZLA 1BOTO 4CGIA 1Q18A 3MWTA 3T7ZA 3WNFA 4DUZK 2JWKA 3ZETB 4KI6A 5JVGL 1NK6A 1W7AA 1C0GA 1WSJA 2A40A 1TUYA 5C12A 1L3TA 4MDAA 3HRGA 5AZIB 1WSEA 2Q97A 3TANA 1BUPA 3R6MA 1LCUA 5JS1A 4DR7K 3VF4A 5E84A 4BE7B 4DHYA 4DSKA 3V9SA 3VTIA 3DWLA 4YOYA 3F5TA 5F1XA 4DFKA 1NMNA 1RT5A 2ASMA 1D9FA 4YORA 2P9PA 1KAZA 1JLQA 3QB0A 1HNXK 2GX9A 1IKVA 3OS0A 3OYEA 3D45A 4NYFA 5TKYA 3O3FA 1QVFM 3KLHA 4FW1A 4JI1K 1NOYA 3VENA 3MX5A 5AR0A 3OS2A 2CGLA 3ID6A 1KXPA 3O4QA 2UU9K 2FBVA 4AF1A 5KQ8A 2UXCK 3HJFA 2NLXA 3P1GA 4U7BA 5GAEP 1VK0A 4DSFA 3AVCA 4IOCL 3I56N 1BISA 3CXCM 4F2SA 1YVUA 4FJJA 1VQPN 2CH6A 2KFNA 3HOSA 2KZZA 4HUEA 3U6FA 4R5PA 5I3UA 1LWFA 4NXMK 2P5GA 1EO1A 4N41A 1VQ4N 3T1AA 4X66K 2D0CA 4BVPA 1WUAA 1BA0A 2E2QA 2OZSA 3UIQA 5J2PA 4OKEA 3GL1A 4HVJA 1HQEA 2V51B 5EU7A 3IDHA 1S1UA 5AZJB 1S72N 4BG9A 4M63C 4BRMA 3KLEA 1L3VA 4J2BA 3SAGA 1O1WA 3QDKA 4LFBK 1HJOA 5AQJA 4FLVA 4DFPA 4M3ZA 4YHHK 4FW2A 4MLHA 1WAJA 4CCHA 1SS6A 2I7PA 5C25A 1W2BM 4LF4K 1GOAA 4IFVA 3O9RA 3CCRN 4DR1K 4BRFA 1O13A 3ZSWA 5M1NA 3LP1A 2BDPA 4BRDA 1IKWA 2E2OA 2QW9A 5CR4A 1SL1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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