3QB0A

Crystal structure of actin-related protein arp4 from s. cerevisiae complexed with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
480
structure length
427
Chain Sequence
GGDEVSAVVIDPGSYTTNIGYSGSDFPQSILPSVYGKYTADEGNKKIFSEQSIGIPRKDYELKPIIENGLVIDWDTAQEQWQWALQNELYLNSNSGIPALLTEPVWNSTENRKKSLEVLLEGMQFEACYLAPTSTCVSFAAGRPNCLVVDIGHDTCSVSPIVDGMTLSKSTRRNFIAGKFINHLIKKALEPKEIIPLFAIKQRKPEFIKKTFDYEVDKSLYDYANNRGFFQECKETLCHICPTKTLEETKTELSSTAKRSIESPWNEEIVFDNETRYGFAEELFLPKEDDIPANWPRSNSGVVKTWRNDYVPLKRTKNELIGLADLVYSSIMSSDVDLRATLAHNVVLTGGTSSIPGLSDRLMTELNKILPSLKFRILTTGHTIERQYQSWLGGSILTSLGTFHQLWVGKKEYEEVGVERLLNDRFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 4
publication title Structural biochemistry of nuclear actin-related proteins 4 and 8 reveals their interaction with actin.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 117
structure length 427
sequence length 480
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qb0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qb0A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qb0A03
2QXLA 5B8HA 4ISGA 2HF4A 5AQPA 4B1UB 4FWQA 2E20A 3B8AX 4XH5A 2A40A 1GLJO 3L4IA 4H0VB 5EY4A 3UE5A 1YAGA 4MLHA 4PL7A 4BC2A 4MO4A 3WXLA 5KPTA 4PKHA 5BN8A 3H45C 4BRLA 4O5FA 4B1WB 4H5VA 1BA0A 1BU6O 1X3NA 5BREA 1D4XA 3MMVA 3VENA 3AAQA 1TUUA 5I9EB 3VEOA 2QWRA 1HJOA 4BR7A 5BRFA 4F9OA 2GEMA 3BEXA 1IJJA 2J4RA 2E2NA 4H0XB 2GWKA 1T44A 2ZGZA 1T6CA 1X3MA 2E2QA 2GTDA 4J8FA 4FWPA 5KPRA 3A5NC 3CHWA 1NGIA 4CZMA 4CZJA 4K41A 2WUSA 5ELZA 3FR0A 4BC4A 4K43A 2P9PA 2P9UA 4IJAA 5ADXH 4H0TB 2OANA 4BC5A 2A42A 4RWTA 1CZAN 2P9SA 2H3GX 2GUPA 2A5XA 2DPNA 1TYQB 3ZETA 1JCGA 1GLDG 3O08A 3D2FA 3I33A 4WQ5C 3TU5A 1C0GA 1DKGD 4BGAA 4CZFA 4K25A 2A3ZA 1J6ZA 3IMXA 3WUHA 1BWFO 4BRHA 5KQ8A 1HUXA 4FO0A 4BR0A 2FSKA 2Q97A 4BR5A 2I7NA 3QMLA 3EN9A 1K8KB 1U6ZA 3CQYA 5AQKA 3CI5A 3D7EO 1NGBA 3WXJA 5AQWA 4PKGA 4IWVA 1MA9B 3CIPA 3ULEA 3GBTA 5BR9A 1BUPA 1SAZA 2V51B 2FF6A 3LDPA 4XEIA 4BG9A 5F1XA 1NBWA 1X9JA 2P9UB 3O1BA 1NLVA 4CJ7A 2P9IA 3VEWA 3VGLA 5LJVA 3VGMA 4KBOA 3GDQA 4BQLA 5AFUA 1HLUA 2D0OA 3D2FB 4BR2A 1BG3A 5AQOA 4IO8A 3UKUA 4FWLA 3SMPA 2Q0UA 4EIAA 1MWMA 3MCPA 4FWRA 4CBUA 5AQQA 4RCHA 4FOIA 4CZGA 3QBXA 1KXPA 4BRQA 3RSEB 3LDOA 4IZ9A 2V7ZA 1TUYA 3GOIA 5BN9A 3ZX0A 4BRNA 1R59O 3VESA 2IIRA 2KHOA 3HBTA 5AQGA 2A41A 3ZEUA 4BVPA 4FPAA 3SMSA 4JNEA 3ULEB 2IVOA 1DEJA 3LDQA 2CH6A 1Q18A 4BROA 1TYQA 1LOTB 1NWKA 5AQNA 5FPNA 3VEXA 4PKIA 3FGUA 2P9IB 3EO3A 3L0QA 1BO5O 2YJEA 3J8AA 4H0YB 2VWBA 4BR4A 5BRHA 3WXKA 2E1YA 3L6QA 5JLHA 2ASMA 3C7NB 3QFUA 1MDUB 2V52B 4L3QA 3SJHA 1E4GT 5JLFA 3VOVA 5AQJA 1DGKN 1NGHA 2E2PA 4BRCA 1YVNA 3UKUB 3O1WA 3UKRB 3VEZA 1K8KA 4PL8A 1GLCG 3FZFA 5AQMA 3WEEB 4BREA 1C0FA 3SLCA 5AZIA 3H46O 4HWIA 5AQXA 3W0LA 4CD3A 1OKJA 1E4FT 4CBXA 3AARA 4YDUA 1BDGA 5BPNA 2F9TA 4WQ4C 3IDHA 2E88A 3ZEUB 3O4WA 2QWPA 1S22A 3M3ZA 2W40A 1P8ZA 5FPMA 1RFQA 3BF3A 1ESVA 5AQFA 4BGBA 4K42A 2YHWA 4H5TA 3H6EA 4H0PA 1T6DA 4AM7A 5LY3A 3VERA 3VEYA 1NGCA 3MN5A 3VF6A 3H1QA 1HKGA 3QBWA 3ZX3A 5BPLA 3D2EA 3HI0A 3RSEA 5AQSA 2VYPA 1SQKA 4FPBA 5ADXA 3ATUA 2QWOA 2NRHA 1H1VA 5AQRA 2ZGYA 3QFPA 4XH1A 5AQVA 5AZIB 5FPDA 1EQYA 4BRPA 2VCPA 2BTFA 4B1ZA 2FXUA 3BF1A 3DJCA 2YI1A 4C23A 4CI6A 1ZXOA 4M63C 1KAXA 3LL3A 4FWKA 1ZBSA 2QWLA 3WXIA 4B1VA 1KAYA 2ZF5O 1GLFO 1SZ2A 1JCFA 2PAVA 3O80A 5AR0A 2E2OA 2GELA 4A62A 3ENOA 3I8BA 3QB0A 4A2BA 4H5RA 4NB4A 4CZLA 3AAPA 4WQ4A 3VPZA 2BUPA 3ENHA 2QM1A 5AQUA 3LDNA 3W3DA 4FSVA 3C7NA 1HKCA 4Z94A 1NGFA 4MO5A 3BUZB 4BG8A 3M1FA 2HF3A 2AA4A 2QWNA 3HSCA 3MDQA 3QDKA 3VF4A 2UYTA 3UKRA 2E8AA 2Q31A 2YHXA 4I6MA 3DAWA 3M6GA 2ZWHA 3WEEA 4FWSA 4JN4A 5F0XA 1NGDA 4Y0WA 3WT0A 4YDUC 3D2EB 1RGIA 4JAXA 2FSJA 1GLEG 3O5BA 4CZIA 4EFHA 3U8XA 2D0PA 5CE3A 4JHDA 5AZJA 5JMVA 3HTVA 1V4SA 2YCHA 3H1VX 4MLEA 4EAHD 1WOQA 2A6AA 3R8EA 1NGGA 2F9WA 4A2AA 1XC3A 1QHAA 3CJ1A 2FLOA 1WUAA 5AQLA 1U2VB 2EWSA 3TPQA 4CZEA 2ITMA 4JD2A 3EL2A 5AQIA 4FL9A 3GL1A 2D1KA 3S41A 3CERA 1JCEA 1NGEA 3ATVA 3A5OC 2IVPA 5EOYA 5AQZA 2HMPA 3U9ZA 3FZMA 3C0BA 3MN7A 4FWOA 4BRFA 2P9LA 4BC3A 4ISFA 4H5NA 4I6MB 3FFKB 4CZHA 5BRDA 2Q2RA 3OHRA 1ATRA 3U4LA 1YXQA 1QZ6A 2YHYA 1RDWX 4WYBA 3GG4A 3R6MA 3KHYA 3A5MC 4H0OA 3FZHA 2Q0RA 3SK3A 2Q36A 4JHDB 5AZJB 4BRDA 4BRGA 3FE1A 3CJCA 1ATSA 3ID8A 4FOEA 3VGKA 5JICA 2CH5A 1Z05A 3AY9A 2V7YA 2ASPA 3DXMA 4IXCA 4QS9A 1NMDA 3CJAA 3JS6A 1MWKA 1LCUA 1QQMA 3DWLA 1BOTO 3P4IA 4DCHA 3A0IX 3DXKA 4JD2B 5EVZA 1HKBA 3BP8A 2E1ZA 4EHUA 2YJFA 4XH4A 4HTLA 4BQZA 2CGKA 4M7YA 2FSNA 4DHYA 4DQ8A 2P9KB 4FWMA 3ZX2A 3R9PA 2PBDA 2P9LB 4GNIA 1ZC6A 3CQXA 2HOEA 3VF2A 4QS8A 3G25A 3H3OB 5E84A 3LDLA 2P9NA 1ATNA 3CJ9A 3GE1A 5FPEA 1YUWA 2CGJA 4B1YB 4BRMA 1QQOA 3IUCA 3KVGA 3QICA 5BPMA 2NLXA 4B9QA 3HM8A 1Y64A 4IJNA 4H03B 3O8MA 5F2RA 1NGJA 4ISEA 1QQNA 3EKUA 3O6WA 4GY2B 1U2VA 4DB3A 2GWJA 3CJ7A 3DXMB 5KPZA 4O8KA 1XQSC 1HX1A 4CZKA 5AFUH 5KQDA 2ASOA 3LM2A 1IG8A 1GLAG 4FWNA 5TKYA 3HZ6A 3DXKB 4LC9B 1G99A 1V4TA 4RTFD 3WQUA 5E26A 2D4WA 2Q1NA 4A61A 1BA1A 2W41A 3VETA 1NGAA 4CBWA 5AQTA 4M7XA 3F9MA 2P9PB 2QWQA 3UB5A 2P9SB 2QWMA 3H3NO 3LM9A 5EXWA 3FZKA 3EZWA 1KAZA 4BVOA 3VEVA 1Z6RA 4AM6A 1HPMA 5LJWA 3ZETB 2P9NB 3JXUA 3CETA 3FLCO 1XUPO 4NO7A 4QS7A 3EKSA 3IFRA 1GLBG 4EHTA 3A5LC 2QW9A 5AQHA 4H5WA 4WQ5A 4BRAA 1S3XA 2I7PA 2IVNA 3CJBA 3KZBA 3MK6A 3MN6A 3U9DA 2AP1A 4BR9A 3WQTA 5AQYA 4CD1A 2NZTA 1GLLO 4E1JA 2CGLA 3MN9A 2FF3B 4BRIA 4B1XB 1QZ5A 4BRKA 3A8YA 2P9KA 3FZLA 5EX5A 1NM1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QXLA 4LD0A 4QOZB 4ISGA 3QEVA 3QEXA 2JLEA 2YHAA 3KK3A 4LF6K 1TKTA 3B8AX 3L4IA 3O9RA 3RMCA 2YHBA 1YAGA 4CK2A 2WFBA 2O4IA 4F4KA 4OKJA 4BRLA 4O5FA 4B1WB 1U47A 1BU6O 3U3GA 1D4XA 3MMVA 4CEEA 1X1PA 1TUUA 3OBYA 3VEOA 1JKHA 2QWRA 1NJZA 1HYSA 1HJOA 4F9OA 2GEMA 3BEXA 2D5RA 1Z25A 3HOSA 4Q5VA 4NXNK 2FBVA 3SAFA 2YNGA 4BDZA 4H0XB 2GWKA 4DQSA 1T6CA 5HROA 5KPRA 2HVIA 3O9TA 4CZJA 3ZSRA 4K41A 4JI7K 3DMJA 2WUSA 4BC4A 4CJEA 2O8FA 1KCFA 2P1JA 4BACA 1J9AA 1J5EK 2GBZA 3CM6A 3QEPA 3PO4A 2A1SA 1HRHA 3ZETA 5C25A 3O08A 3PIOL 3I33A 3OYAA 4WFBL 4BGAA 4CJKA 2A3ZA 1J6ZA 1SV5A 2C1IA 2HNZA 4BRHA 2RN2A 4FO0A 4HUFA 1M90O 4OGEA 4MQ3A 2EHGA 4E3SA 3TAGA 4DR4K 1ZYQA 4CVNE 4L8RB 1K8KB 1U6ZA 3CQYA 4FZZA 3D7EO 4JKGB 4PKGA 2Z1GA 3N4PA 3ASMA 4IDHA 2ZD1A 4C8OA 4DTXA 1VQNN 4IWVA 5TKWA 3CF5L 4K0KK 5BR9A 3QIPA 2V51B 3LDPA 2FF6A 5F1XA 1U4BA 1KLMA 1NBWA 1X9JA 3AVIA 4B9VA 3V81A 3VGLA 1SL2A 3RR7A 5LJVA 3GDQA 1KFSA 4E89A 4B9MA 1HLUA 4DV0K 4BR2A 2KZZA 5JS1A 3HK2A 3ZSWA 4BE2A 2O8EB 4IO8A 4DTMA 2VGMA 2Q0UA 4EIAA 4OPJA 1HNVA 1MWMA 4CBUA 3CYMA 4AQYK 4LF8K 3RSEB 4N5SA 1OH6A 5J2QA 4Z4HA 2V7ZA 5BN9A 1NJXA 4I9LA 1HR0K 4BRNA 2DTUA 3SV3A 4F2SA 4LFBK 3EYZA 3HBTA 1I39A 3NGYA 1WSIA 4AH9A 2G8WA 1SL0A 2E4LA 2FBYA 4WCEL 5GIOA 3LDQA 1T03A 4DTRA 1ILYA 5M1FA 2AJQA 4PKIA 4XIUA 4FZXC 3EO3A 1ZBHA 4JRQA 4FVMA 1VSJA 1BI4B 4N76A 3KD5E 5MLCQ 3DLKA 3PIPL 3WXKA 5JLHA 4DUYK 4L3QA 4NYNA 3LZJA 3VOVA 4KHNA 3OBWA 1NGHA 4KKOA 2NUBA 3VEZA 3HVTA 1K8KA 4PL8A 3TANA 2KQ2A 1NK7A 3FZFA 4BREA 3WEEB 4JKGA 4DTSA 3VQDA 2G8KA 5AQXA 3MXIA 4CD3A 2G8HA 3C6TA 3HPOA 5JS2A 3NAEA 2PFUA 5FROA 3ZT3A 5M1PA 1I94K 1S6QA 5BPNA 2F9TA 1BGXT 3E9PA 3I0SA 4H8KA 3SBGA 2QWPA 3THXB 2X74A 4WE1A 4Z0UA 4BGBA 4K42A 3AO4A 4ID1A 1D5AA 4LSNA 3JAMO 4AM7A 3VERA 3OJSA 1NGCA 3L2UA 1XMQK 3HL8A 4FJMA 5LL6Z 1HKGA 3ZSZA 1S1UA 1A5WA 3ZX3A 4GVMA 3RSEA 4F3TA 3RWUA 1JXBA 1T05A 4FJ7A 3ATUA 2QWOA 1LW2A 3LWMA 5AQRA 2ZGYA 3OYMA 1EQYA 1QSYA 3DJCA 2OA8A 1LWFA 1ZXOA 4M63C 2WOMA 3LL3A 3WXIA 4B1VA 1HMVA 4FM2A 3AVMA 3RRGA 1JLCA 1GLFO 4JI8K 3K5MA 4DV4K 3QB0A 4H5RA 1CZ9A 3QLHA 4KI6A 1W7AA 3TABA 2GUIA 1BI4A 3ENHA 4I9QA 1WSJA 3EY1A 2RF2A 4Z94A 1NGFA 4CHNA 4MO5A 2XY6A 3VTIA 4YORA 4RW4A 3MDQA 2P5OA 3QDKA 2UYTA 3D45A 3NH0A 2W6LA 3M6GA 2ZWHA 3WEEA 3T7ZA 4JN4A 5F0XA 1IBMK 1NGDA 4YDUC 1ZBFA 3K57A 3V9XA 2G8UA 5D3GA 4DV1K 4EFHA 3QNNA 3U8XA 2UUBK 4YOVA 4MDBA 4JKFA 5JMVA 3EZ5A 3HP6A 4DTUA 1NGGA 3NH1A 4EZ9A 1XC3A 4A59A 5GADP 2YKNA 1LAWA 4LF9K 3C6AA 3V9ZA 1B92A 2OPPA 3LP0A 3S41A 1XC9A 3CERA 2UUCK 4RG8A 3ULDA 1JCEA 1NGEA 3ATVA 4DSJA 2IVPA 2OZSA 3U9ZA 3FZMA 2OPSA 3IG1A 4FJKA 4ISFA 4JS4A 1KQSM 4UY8O 3FFKB 5BRDA 1B9DA 3L8BA 2Q2RA 3OHRA 1YXQA 2E6MA 1SKRA 2YHYA 3TSQA 3AGKA 1RDWX 1S1XA 3K5NA 4O55A 3KHYA 3R1XA 3PSFA 3A5MC 3VQQA 4DQPA 1RTIA 3FZHA 4W5OA 2Q0RA 3OVNA 1RT4A 1YJNN 3DLGA 3DLHA 1Z05A 1NMNA 4IEIA 3LAMA 3KK7A 4YOYA 4IXCA 4QS9A 3TAFA 3BZCA 3CC2N 3V9UA 1BOTO 2D0CA 3DXKA 3HYFA 3VQCA 3DRRA 2E1ZA 1IH7A 2FBXA 2YJFA 4IFYA 4XH4A 1L3SA 3QEWA 3KWGA 1ZBUA 4DHYA 3VQ8A 3PV8A 4DU1A 3ZX2A 3B6OA 1LWEA 2PBDA 1XNRK 1TL3A 4DLGA 3CQXA 2HSTA 4JYAK 5C2FA 3MECA 1ATNA 2CGJA 2HHIA 3OJUA 3OW2M 4CGFA 3CCUN 4CJUA 3QEIA 2F96A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MED A;  4H4M A;  3L4Q A;  3JSM A;  3CQ8 A;  1Q81 O;  5EOY A;  4DWI A;  5AQZ A;  1W97 L;  2HMP A;  1NJI O;  4I7F A;  3C0B A;  3OTO K;  1VQ5 N;  4BRF A;  1XNQ K;  3OYL A;  4JKH A;  5DMR A;  4H5N A;  3BGR A;  4IKF A;  4I6M B;  1ATR A;  3U4L A;  4CES A;  4WYB A;  3R6M A;  3PY8 A;  4N47 A;  2O8B B;  5HP1 A;  3SK3 A;  1C0U A;  4JHD B;  5AZJ B;  4BRG A;  1NK8 A;  5SWM A;  3L2Q A;  4FOE A;  3VGK A;  3SAG A;  3SZ2 A;  2ASP A;  1NMD A;  1WSH A;  2IGI A;  2I5J A;  4YOU A;  1LCU A;  1J54 A;  3P4I A;  3DLL L;  4DCH A;  3CCQ N;  2IDO A;  5EVZ A;  4DR3 K;  1FXX A;  1VSF A;  5GIP A;  4EHU A;  4GW6 A;  3TWH A;  1KLN A;  4CFB A;  4LH5 A;  3F73 A;  2CGK A;  1VQ9 N;  4M7Y A;  2E5L K;  2F8S A;  5J2N A;  4O0J A;  5E41 A;  4FJ8 A;  4OJR A;  3R9P A;  1FK9 A;  1S6P A;  4DSE A;  4GNI A;  2YX6 A;  1ZC6 A;  2HOE A;  3M8R A;  4DV5 K;  3VF2 A;  3ZT2 A;  3G25 A;  5E84 A;  3CJ9 A;  4E19 A;  4CJL A;  1KVC A;  4BRM A;  1VSM A;  3T69 A;  1IV0 A;  1RBS A;  1SKW A;  4JKE A;  4IJN A;  3ZSQ A;  4H03 B;  1S72 N;  4ILJ A;  1NGJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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