3RSEA

Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor wasp-vca on arp2/3 complex
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
414
structure length
396
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation-promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
total genus 121
structure length 396
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3rseA03
5BR9A 1ESVA 5BRHA 1KAZA 3ATUA 3O8MA 4MO5A 4YDUC 1Z05A 2P9IA 1BA1A 4FWNA 3ULEB 4C23A 3D2EA 3MCPA 2QXLA 5AQOA 4CZKA 3CI5A 1HKBA 4BRHA 1KXPA 1ATNA 3FR0A 3LDNA 1XC3A 3CETA 3ZETB 4BRQA 1CZAN 3D2FA 5KQ8A 2Q31A 3CHWA 3O6WA 3W0LA 4BC5A 3DWLA 3UE5A 1LCUA 1BA0A 2QWPA 4NB4A 3R9PA 4PL7A 1ZC6A 4YDUA 4J8FA 4BGAA 4EHUA 4MLHA 5F2RA 1EQYA 3A5NC 3WXJA 4BR2A 1V4TA 4EAHD 4IZ9A 2YHXA 2V7ZA 1NGEA 3M6GA 3H1QA 1TYQA 2P9SA 4K25A 2P9UA 3O5BA 5AQGA 2P9KB 5BN9A 3U8XA 4B1VA 4BGBA 5AZIA 4E1JA 4GY2B 3D7EO 5FPEA 3MK6A 3KHYA 2GTDA 4FWKA 5AQYA 3VERA 5AQQA 3SK3A 3LL3A 5LJWA 4FWRA 2W41A 3MMVA 3EKUA 3JXUA 4RTFD 4A62A 3MN9A 3CIPA 3ZEUB 2KHOA 4F9OA 3IUCA 3GL1A 3ATVA 4PKIA 2GUPA 3VGKA 3ZX2A 1KAYA 3H45C 5AFUA 1HKGA 5AQIA 4XH5A 3BEXA 2P9LB 2GWJA 5BRFA 2IVPA 3HZ6A 4H03B 2FSNA 4H5VA 3M1FA 3F9MA 5JMVA 1BG3A 3VEWA 3U9DA 4B1WB 3AAPA 3FLCO 2GWKA 3L4IA 4BR0A 1ZXOA 4M7YA 3A5MC 5KPZA 4A2BA 5B8HA 3UB5A 3MN6A 2BUPA 3LDOA 1NGBA 3GBTA 4K42A 3D2FB 3QDKA 2WUSA 3BUZB 5FPNA 2A42A 1GLFO 4WQ4C 1HLUA 3FGUA 4EHTA 2ZGZA 5LJVA 1MA9B 3H1VX 3RSEB 1ATSA 4IXCA 3VESA 1J6ZA 1E4FT 3VOVA 5AQJA 2P9PA 3VEYA 4RCHA 2QWMA 3VF2A 2FSJA 4BR7A 2P9SB 5ADXA 1JCFA 3A8YA 3H6EA 5AZIB 3BF1A 4AM6A 4BR9A 3S41A 2QWNA 2OANA 4BG9A 2V7YA 4BVOA 3CQXA 1WOQA 2I7PA 3WXIA 4JNEA 3HI0A 1Q18A 2P9NB 4BRAA 4M63C 5BPLA 1V4SA 4CZMA 5EVZA 4GNIA 4CZGA 4I6MA 4EIAA 2NLXA 4H0OA 2HMPA 2PAVA 1YXQA 4CJ7A 1QQMA 4FL9A 3CJBA 3GDQA 3LDQA 3DXMB 1QHAA 4ISGA 4Y0WA 3ZX0A 3DXKA 4HWIA 4IO8A 5E84A 3U4LA 3FZHA 5BREA 2QWRA 4K41A 2V52B 5AQHA 3UKUA 1HUXA 3CJCA 5F1XA 3SMSA 3CJ7A 1HX1A 2YJEA 2DPNA 1JCEA 2E20A 3VGMA 2E2OA 4A61A 4QS8A 3HBTA 3MN7A 4CZIA 1GLJO 4BRGA 4XH4A 1MDUB 5TKYA 1YAGA 3CJAA 2QM1A 4AM7A 4MO4A 3OHRA 2J4RA 3A5LC 4FWMA 5AQWA 4BRNA 1S3XA 1GLDG 3VEXA 3B8AX 4DCHA 4JD2B 3O1BA 3L0QA 4JAXA 1NGCA 2E1YA 1X3MA 4JHDB 1P8ZA 3QBWA 5AR0A 1HJOA 2YHWA 3HSCA 2P9PB 5AQTA 3JS6A 1T6DA 2V51B 2YI1A 2W40A 1OKJA 4H5RA 3QMLA 4O5FA 1Z6RA 2EWSA 1YVNA 4FPBA 4WQ5A 1C0FA 2FXUA 2PBDA 1T6CA 4CZLA 2Q2RA 4BVPA 3VENA 3WEEB 1Y64A 2CH5A 1TUYA 1SQKA 4FWLA 5AZJA 1GLBG 2YCHA 1BO5O 5AQPA 3VETA 1QZ6A 4B1XB 4BC3A 2H3GX 4DB3A 3QB0A 2QWLA 2P9IB 3GOIA 4FWQA 3ULEA 2E88A 3D2EB 1YUWA 3I33A 3BF3A 4B1YB 2CGJA 3VEVA 4BQLA 1U6ZA 2HF3A 3QFPA 2D0PA 3DXKB 2HOEA 4CZJA 2CH6A 3ZETA 3U9ZA 3UKUB 2ZF5O 3VF6A 1RGIA 5AQMA 3QBXA 4BREA 3SLCA 1HKCA 5BPMA 1S22A 2Q36A 1NGDA 3IMXA 3UKRA 2ASPA 4BR4A 3VF4A 5E26A 3GE1A 1BU6O 5AQKA 5F0XA 3VPZA 4K43A 2A5XA 4M7XA 1QZ5A 1TYQB 3M3ZA 5ELZA 2P9UB 4ISFA 2P9KA 4H0VB 4EFHA 4B9QA 2ZWHA 4PL8A 2D0OA 4CBXA 4BRPA 4BRMA 3I8BA 1HPMA 2A41A 4PKHA 5KPRA 2VWBA 3LM2A 1IG8A 2VCPA 1NM1A 3O08A 4CBUA 4BRLA 2D4WA 1NLVA 2IVOA 5EX5A 3FZFA 3ZEUA 3AY9A 2E8AA 5JLFA 1DEJA 4FPAA 2CGLA 3TPQA 2QW9A 4BRCA 1XQSC 2F9WA 1MWKA 3CERA 3P4IA 4BG8A 3FZLA 2GELA 4WYBA 3GG4A 3IDHA 5JLHA 1NGAA 4CZHA 3O4WA 4PKGA 3KVGA 5BRDA 1BWFO 1U2VA 3SJHA 2ASOA 3HM8A 1NBWA 4FWPA 5AZJB 3CQYA 2D1KA 4BC2A 4A2AA 5AQSA 5EXWA 4FWOA 2F9TA 3ID8A 4FO0A 3A0IX 4XH1A 2ASMA 5AQXA 3H3NO 1NGJA 3FZKA 1GLLO 3CJ9A 4QS9A 4HTLA 1MWMA 3MDQA 1NGGA 1R59O 2UYTA 4WQ5C 4CZFA 2CGKA 2Q97A 3R8EA 1H1VA 4H0TB 5AQNA 2IVNA 2FSKA 2I7NA 4IJAA 4CBWA 2A6AA 4LC9B 3RSEA 2QWQA 4H0PA 3UKRB 1E4GT 5AQVA 4IWVA 3VEZA 2Q0RA 1RFQA 4DHYA 5CE3A 4FOIA 2BTFA 2Q1NA 3EZWA 4CI6A 4MLEA 2ITMA 1K8KA 4RWTA 3C7NA 4NO7A 1NGHA 4B1ZA 3QICA 5AQLA 4H0YB 1C0GA 3A5OC 3ENHA 3EKSA 1NMDA 1QQNA 3J8AA 5ADXH 5JICA 2HF4A 2A40A 2IIRA 3H3OB 4CD1A 4Z94A 3AAQA 4QS7A 3WXLA 1D4XA 3WQUA 4BC4A 3EN9A 4CZEA 3DJCA 2P9NA 2AP1A 3O1WA 3MN5A 2E2NA 4O8KA 4I6MB 3EO3A 1TUUA 2E1ZA 1BDGA 2A3ZA 3LDPA 4BR5A 4JN4A 2VYPA 3KZBA 1ZBSA 1SAZA 2GEMA 3VEOA 3SMPA 3WQTA 3L6QA 1LOTB 3DXMA 4BRIA 1KAXA 1XUPO 5KQDA 1RDWX 2ZGYA 1U2VB 5FPMA 3WUHA 1T44A 4KBOA 1G99A 1SZ2A 3CJ1A 2E2PA 4B1UB 4DQ8A 2FLOA 1WUAA 3R6MA 3FFKB 5I9EB 5EOYA 3C0BA 4FWSA 1X9JA 4BRKA 5BN8A 1JCGA 2Q0UA 2NRHA 4H0XB 3FZMA 1BUPA 1X3NA 3EL2A 5AQZA 3AARA 3BP8A 3HTVA 5AQRA 3WXKA 4JD2A 5BPNA 1DKGD 3G25A 1NGIA 4BRDA 3QFUA 4BRFA 4JHDA 1GLAG 3TU5A 4ISEA 5KPTA 5LY3A 3LM9A 1DGKN 4CD3A 4H5WA 5AQUA 1GLEG 1K8KB 3DAWA 2AA4A 3C7NB 3W3DA 3ZX3A 4BROA 1GLCG 2YHYA 1BOTO 5EY4A 2E2QA 3ENOA 4FSVA 4L3QA 4IJNA 3O80A 4BQZA 2YJFA 1ATRA 3H46O 4H5NA 1QQOA 3LDLA 4FOEA 2QWOA 3FE1A 4WQ4A 5AFUH 3VGLA 3IFRA 1NGFA 2P9LA 3WT0A 5FPDA 5AQFA 3WEEA 1NWKA 4H5TA 4XEIA 2NZTA 1IJJA 2FF6A 2FF3B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BR9A 3NVKA 4PY5A 2HHQA 4FWNA 3ULEB 1BA1A 3PO5A 1B9FA 2R7YA 2KFNA 4FZZA 3DYAA 3BDPA 1RTJA 2QXLA 1IO2A 5AQOA 3OYGA 4YHHK 3CI5A 1WSGA 3FR0A 3KWIA 5KI6A 4U7BA 4DQRA 1C1BA 3AA4A 1CZAN 1ILYA 4O44A 5KQ8A 4B9VA 3CHWA 3ZSXA 4FZXC 2AJQA 1BA0A 1EKEA 2QWPA 3VTIA 1YT3A 1W7AA 3SCXA 1KQSM 3L3VA 2XO7A 1ZC6A 1KRPA 4CGIA 1L5UA 3CC2N 1T03A 1N32K 4EAHD 3THXA 1X9SA 2YHXA 2V7ZA 4NCAA 5JENA 2ZE2A 4K0KK 2WTUA 1BCOA 2P9SA 1RDUA 2P9KB 4ZTJA 3U8XA 4YFUA 3L2QA 1IKYA 2FC0A 4M41A 4E1JA 3M8PA 3K0SA 2KQ2A 1UA0A 3D7EO 2ZM6K 5AQYA 2DY4A 4KV8A 3VERA 1NKEA 5LJWA 3O9SA 3EKUA 1WBBA 1OVYA 3ZEUB 3F9KA 3DLHA 2KHOA 4FJNA 4PKIA 3VGKA 2XY7A 3H45C 1REVA 4DV1K 3DLEA 3SPZA 5H1SQ 4DU1A 2EX3A 3SNNA 5BRFA 4DTRA 4CHZA 2FSNA 4DU4A 4RW6A 3F9MA 4JKEA 4FJMA 3O9RA 3VMFB 4DWIA 4CFCA 1NK6A 3L4IA 4E72A 2BUPA 2DFHA 3C94A 4JK9A 3QEIA 3U3GA 3G6EN 1TAQA 3GBTA 4K42A 4DS5A 4FLUA 2WUSA 1EO1A 4KREA 1EETA 4WQ4C 4BECA 1HLUA 2EHGA 2KTQA 1KVCA 5LJVA 3RSEB 2YHAA 4HCCA 1WAFA 3ZSQA 1F21A 5CZ1A 3QO9A 1RNHA 4TSXA 2HHSA 1KSPA 1C0UA 4DSKA 3OVNA 3VEYA 4ELVA 3RMDA 2QWMA 1HQEA 1HJRA 3NGYA 2D0CA 3A8YA 1JLGA 3H6EA 1J53A 3BF1A 4CK2A 3S41A 4BG9A 4ZTFA 3DLBA 2YKMA 1SKWA 3WXIA 1Y97A 2P9NB 5EU7A 5C10A 4CZMA 4GNIA 4FJIA 1K9MO 1XWLA 4AHRA 2JWLA 2HMPA 1T7PA 1ZBFA 1XNQK 3DXMB 1QHAA 3KLEA 3E01A 2OPPA 4IO8A 3NGZA 5BREA 3UKUA 1IKXA 3U6FA 3SMSA 1KTQA 1HX1A 3SUNA 4A61A 1VQKN 3IAYA 2OTJN 3QLHA 3QIOA 4CIEA 1VAZA 4BRGA 3SAFA 5TKYA 1U04A 4B9TA 2QM1A 3TAPA 4FW2A 4DV2K 2J4RA 4FWMA 5IWAK 1ZBHA 4DCHA 2ZJPL 3L0QA 4EP4A 4JHDB 3MEEA 3QESA 1P8ZA 3KLFA 1BI4A 3NH0A 5AR0A 3QEVA 2P9PB 4DS4A 1T6DA 5JVGL 4OKJA 3ENBA 2YI1A 2OPQA 4HCBA 1N5YA 3ID6A 1OKJA 4H5RA 3I56N 3NFAA 3VTHA 3ULDA 4CJRA 1SS6A 2EWSA 1YVNA 2YNIA 1C0FA 4C8OA 2QA4N 1FW6A 3HK2A 4C1NK 3TWHA 4M3RA 2KZZA 1EWQA 5KGXA 3VENA 3K5MA 1WBDA 1Q9XA 2D0BA 4CHOA 2OZMA 4B1XB 4DB3A 4RW4A 4JKAA 3AO5A 3ULEA 3PIPL 3RMCA 3ZYYX 1YUWA 4WCEL 3VEVA 4FJHA 3VA0A 3NGIA 2D0PA 4M3TA 1RT7A 4CZJA 2FBYA 4YNQA 4F3OA 3OTOK 4JI6K 3RVCA 4YOVA 3P39A 4PA1A 3I55N 1RGIA 3AVKA 1S1UA 4CEQA 3P38A 4FVMA 1HKCA 2X78A 2UUAK 1S22A 1NGDA 4IDHA 3SQ2A 3OYLA 4EZ6A 3VF4A 3QINA 4AHSA 1YJWN 1BU6O 5AQKA 5F0XA 3VPZA 3VN5A 3V9ZA 2A5XA 3U3YA 1TGOA 4YOYA 3LDSA 3QEPA 1TYQB 5ELZA 2HNDA 1VQ5N 2P9KA 3J7AP 1KFDA 4DR2K 4B9QA 3WNEA 3J81O 2PFUA 4BRMA 3WXMB 3MXJA 4PKHA 3VQQA 2VWBA 3AVMA 4FYDA 1FJGK 2VCPA 4BRLA 2D4WA 2I5JA 2UUCK 2IVOA 3ZEUA 3E9OA 5M1KA 5JLFA 1DEJA 3AVCA 2IC3A 4CJUA 4BRCA 3V9UA 5HLFA 1S72N 1N6QA 3CFPA 2LSNA 3CERA 2VQEK 2JWKA 3FZLA 4EZ9A 5JLHA 5IT9O 1BWFO 3TI0A 1L3UA 4ELTA 1OH6A 1HQUA 5AZJB 3CQYA 3K9JA 4BC2A 4A2AA 5C12A 2HHTA 2DFFA 3VQ9A 3G0ZA 4RW8A 4XIUA 4CFBA 5AQXA 4X66K 4GKJK 4R5PA 4AHTA 3T1HK 1Q9YA 4H4OA 4DLGA 2OTLN 1C1CA 2FBVA 1XNRK 2HHUA 3DLGA 2I7NA 3K57A 3LWMA 1YTUA 2A6AA 4LC9B 3RSEA 3HT3A 1NKCA 5AQVA 3O3FA 3NF8A 4F2RA 2Q1NA 3EZWA 4MLEA 3V9XA 1K8KA 1NGHA 4FLZA 3TANA 1RBTA 3LWLA 3C6UA 1EWRA 1E3MA 4C1NI 3J80O 1NMDA 1WNSA 4HHTA 5JICA 2HF4A 2IIRA 4CD1A 4BDZA 1TL3A 4B9SA 3CCRN 3O4NA 3P1GA 4CZEA 2P5GA 4E7HA 4AH9A 1LWCA 2P9NA 4LFAK 3E66A 4WE1A 4O8KA 1QVGM 4BWMA 3AVAA 2E4LA 3TSPA 4M3XA 2GEMA 1TL1A 3SMPA 5D3GA 4W5NA 1JLQA 3DXMA 4BRIA 2ZGYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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