3U4LA

Cryocooled bovine profilin:actin crystal structure to 2.4 a
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
370
structure length
353
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGDSYVGDEAQSKRGIKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Structural basis for profilin-mediated actin nucleotide exchange.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, cytoplasmic 1
total genus 102
structure length 353
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3u4lA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3u4lA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3u4lA03
4DHYA 3VENA 3O1WA 2GUPA 3CI5A 4FWPA 3HSCA 3HI0A 2UYTA 5BREA 3VGLA 4NB4A 4IO8A 3H3OB 1D4XA 3CERA 3U4LA 3EZWA 1Q18A 3EKUA 5F2RA 1TUUA 5E26A 2D0PA 2QW9A 3VERA 3C7NB 4IXCA 3QB0A 3W0LA 1NGHA 1HX1A 4HWIA 3H3NO 1MWMA 5FPEA 4HTLA 3ZETB 4JD2A 1RFQA 1NM1A 4E1JA 2P9PA 1LOTB 4B1ZA 1C0GA 2CGLA 3BUZB 2QWMA 3C0BA 4PL8A 4YDUC 1KAYA 1ATSA 3ENHA 5AQMA 5AQQA 1NGIA 3ZX2A 4K41A 4AM6A 5CE3A 5EVZA 2QXLA 3GE1A 2H3GX 4BRIA 4H0VB 2EWSA 4FWLA 3VEOA 4BRCA 3VEZA 1Z6RA 2GWJA 3SMSA 1U6ZA 3SLCA 3VF4A 1GLCG 3SJHA 4H5WA 3GOIA 3FGUA 4BR0A 5EY4A 3GDQA 3ULEA 3O8MA 1TYQB 1KAXA 4CZFA 2GELA 2YHWA 4BRHA 5AQHA 4BC4A 4Z94A 1DGKN 2E2NA 3LM2A 1RGIA 3CIPA 4WQ4C 3D7EO 4FWQA 5AQUA 4JHDA 4JAXA 4CZLA 1ZBSA 4XH5A 4BREA 4CBWA 1YXQA 2A6AA 1NGEA 5BRFA 3A5LC 2ASOA 3KVGA 5AZIB 2P9LA 3ID8A 5EX5A 2A42A 4B1UB 4BROA 4BRGA 3VF6A 3D2EB 4C23A 3WQTA 4K25A 3WXKA 1NMDA 1NGAA 4PKHA 1NGGA 3ATVA 2ZWHA 1OKJA 3D2FB 1X3NA 4B1VA 2J4RA 3QMLA 4WQ5A 3O5BA 1IG8A 4BC3A 1BWFO 1NGCA 2Q31A 3U9DA 2FSJA 1K8KB 3CETA 5JMVA 5AQZA 3QFUA 5AZJB 4CJ7A 1X9JA 2GEMA 2P9SB 3O1BA 4RCHA 4IZ9A 4CBXA 2HOEA 3IFRA 2FF3B 4A61A 3H6EA 3QICA 4MLEA 2WUSA 4BC2A 4BGBA 1LCUA 1ZXOA 3IUCA 3HZ6A 4BRFA 4CZHA 5I9EB 3ZEUB 2YHXA 1YAGA 1HKGA 4BG8A 4CD3A 3VEWA 3GL1A 3ZX0A 4H0XB 4ISGA 5BR9A 1BG3A 2IIRA 2QWPA 5AQSA 3U8XA 2E8AA 3UKUB 4KBOA 2HF3A 1C0FA 4WQ5C 4CZMA 3A5MC 1HUXA 1HJOA 2A3ZA 2P9UB 3QBWA 4H0TB 4EIAA 5AQWA 4H5RA 1H1VA 3R6MA 3VPZA 5BN8A 3BF3A 3I33A 5JICA 3DXKA 1SQKA 1JCEA 4BVOA 2P9NB 3MN9A 5AQNA 3FZFA 5AQGA 5BPNA 4BQLA 3FFKB 5BPLA 5BRHA 1V4SA 2D1KA 2OANA 4XH1A 1U2VB 1HKCA 4M7YA 3VGMA 3ZX3A 1Z05A 2A40A 3SMPA 1T6DA 2NRHA 1BA0A 4I6MA 1QZ5A 3CJAA 3JS6A 5AQFA 3UKRA 3P4IA 2V7ZA 3FE1A 4B1WB 1EQYA 3DXMA 3L4IA 1MDUB 3GBTA 1ATNA 3FLCO 1QQMA 2ASPA 3LDLA 2PBDA 4L3QA 1GLDG 2P9KB 4H03B 3LDPA 3VESA 3MN6A 4CZIA 1TYQA 4CZKA 4A2AA 4H0PA 1QZ6A 2I7PA 3LDNA 4H5NA 4BRAA 3U9ZA 1BUPA 5AQTA 1WUAA 2VCPA 4BR5A 4FOIA 2CH5A 4MO5A 1T6CA 1E4GT 2A41A 2P9IA 5AQIA 3RSEA 3H45C 2D0OA 5AQJA 1ATRA 4H0OA 1ZC6A 2I7NA 2QM1A 2AA4A 1GLLO 3HBTA 2VWBA 3M3ZA 2BUPA 4BRDA 4CD1A 2NLXA 5FPDA 4RWTA 3VEXA 2ITMA 4BRQA 4JD2B 3BP8A 1SAZA 4RTFD 2FSKA 2E1YA 2P9PB 1NGDA 4BR2A 5KPRA 2E1ZA 4QS8A 4PL7A 3S41A 5TKYA 1DEJA 4EFHA 2IVOA 4FL9A 3WQUA 1KXPA 3VETA 2DPNA 3A5OC 1DKGD 1T44A 1GLFO 3CJ7A 3VEVA 3FZKA 1R59O 3JXUA 4QS9A 3VEYA 1JCFA 3WUHA 4FPBA 5LJWA 2YHYA 3LM9A 5F1XA 5ELZA 4FPAA 4BR4A 3H1VX 2FLOA 2NZTA 2CGKA 3ULEB 3EKSA 3DAWA 4BRNA 2QWOA 4NO7A 1J6ZA 3BEXA 1MA9B 4A2BA 4O5FA 2F9TA 3R9PA 4H5TA 4BRKA 3MCPA 5KQDA 3WEEB 2QWRA 4JHDB 5E84A 4EHTA 3IDHA 1BO5O 3QDKA 4BQZA 3LDQA 4IWVA 2QWLA 4H5VA 4XEIA 2IVPA 1ESVA 2P9LB 3C7NA 2W41A 2Q97A 1NBWA 2E2OA 4PKGA 3TU5A 1WOQA 5EOYA 3ZETA 1NWKA 4CZGA 3OHRA 5BN9A 4B1XB 4B1YB 4LC9B 1CZAN 2BTFA 5AQOA 3MK6A 4FWOA 4B9QA 3UE5A 3CQXA 5BPMA 5FPMA 1NGBA 2ZF5O 3EO3A 2FSNA 4A62A 4FWKA 3QFPA 2V51B 1YUWA 1QQOA 2YJEA 2HF4A 2QWNA 3CJ9A 1GLBG 3AAPA 5AQPA 3O80A 3AAQA 4YDUA 2YCHA 4GNIA 4J8FA 1Y64A 3G25A 1GLAG 3M1FA 3CQYA 3CJCA 2V52B 3L6QA 5AQLA 4DB3A 2HMPA 4PKIA 1G99A 5LY3A 3WXLA 4F9OA 1BU6O 3DXKB 3CHWA 3R8EA 5AQRA 1BA1A 3KZBA 3AY9A 2F9WA 1QHAA 1KAZA 3H1QA 4M7XA 1S22A 2Q36A 3H46O 2IVNA 3MDQA 2E2PA 2GTDA 3VF2A 4QS7A 1JCGA 5FPNA 5AQKA 5EXWA 5KPTA 1E4FT 5AZIA 4IJNA 1RDWX 3D2EA 2PAVA 4WQ4A 4FWNA 4I6MB 2ASMA 3A0IX 1X3MA 4XH4A 2FF6A 1BDGA 3D2FA 3UKRB 2A5XA 4EHUA 3WXIA 3O4WA 3FR0A 3AARA 3MN7A 2CH6A 3DXMB 3O08A 3L0QA 3VOVA 4CZJA 4DCHA 2Q2RA 4AM7A 4JN4A 3FZMA 1K8KA 3CJ1A 4DQ8A 5AZJA 5AQYA 4H0YB 5ADXA 2P9SA 2E2QA 4BG9A 3A5NC 1HKBA 4Y0WA 4FWMA 3BF1A 4K42A 1V4TA 1NGFA 3A8YA 3WXJA 3ZEUA 3EL2A 4BRMA 2Q0UA 3EN9A 1XC3A 1GLJO 4FWRA 4BRPA 2YI1A 3HM8A 5KPZA 3LL3A 3WEEA 3MN5A 3UKUA 4FSVA 2P9IB 1TUYA 3GG4A 2YJFA 3RSEB 5AFUA 5BRDA 2Q1NA 2P9UA 4MO4A 1XQSC 3CJBA 1XUPO 3F9MA 4JNEA 4BGAA 5JLHA 4BVPA 5B8HA 4K43A 4ISEA 5ADXH 5LJVA 1YVNA 1BOTO 5F0XA 2ZGYA 1HPMA 3FZLA 4ISFA 3SK3A 4MLHA 4BR7A 4GY2B 2P9NA 3KHYA 4BRLA 2E88A 5KQ8A 3W3DA 1QQNA 2AP1A 3MMVA 4BR9A 4IJAA 2KHOA 2ZGZA 4WYBA 1U2VA 4CZEA 2GWKA 1HLUA 3IMXA 4M63C 3J8AA 3HTVA 3LDOA 3WT0A 3VGKA 3I8BA 2W40A 4FOEA 5AFUH 2E20A 2CGJA 3ATUA 3UB5A 4CBUA 4O8KA 2Q0RA 5AQVA 1MWKA 2VYPA 3DWLA 5AR0A 4EAHD 3M6GA 3TPQA 4BC5A 1NLVA 1SZ2A 1NGJA 3O6WA 2FXUA 2P9KA 5AQXA 2V7YA 3ENOA 3DJCA 1S3XA 1P8ZA 1IJJA 4FWSA 5JLFA 1GLEG 4FO0A 3FZHA 2QWQA 4CI6A 3QBXA 2D4WA 3B8AX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JK7A 2O8EB 4AHTA 2Y1IA 2KFZA 4IOXA 4FW2A 1W2BM 3DM2A 3HI0A 2UYTA 3ZT3A 4IO8A 1Q82O 1HYZA 4LF4K 4DV4K 5F2RA 4DQRA 2HNYA 5HL7L 4IOAL 2D0PA 3VTIA 3VERA 1X9MA 5KI6A 4B3RK 3C7NB 4E1MA 3TARA 3VQ6A 4FLVA 3OYGA 4L8RB 4CF2A 3ZSOA 4HTLA 4JKCA 1NOYA 3MEGA 4JD2A 4NCGA 4X62K 1LOTB 2HHUA 2CGLA 3TR8A 5TKWA 3C0BA 1YVUA 1ATSA 4ICLA 5FROA 4YY3K 2YV0X 2IGIA 3CCJN 1NGIA 4K41A 1BGXT 1L3TA 5CE3A 1KLMA 4HTUA 4H0VB 3T1HK 4FWLA 2P1JA 4BRCA 4DTPA 1WLJA 5CZ1A 1Z6RA 3OYCA 3SMSA 3SAFA 1GLCG 1RILA 2P51A 3GOIA 3FGUA 4BE1A 1VHXA 4X65K 3SQ4A 3O8MA 1BIZA 2GELA 3QIOA 3EE8A 4BRHA 1JLAA 5CZ2A 1RGIA 1Q7YO 1QTMA 1TKZA 4FWQA 2HW3A 3QIPA 1RDDA 4CHPA 1ZBSA 2OCEA 4XH5A 4CBWA 1YXQA 4W5QA 5BRFA 3A5LC 4PQUA 3PSFA 4B1UB 4ILJA 4F2RA 4K25A 1NMDA 4O55A 3O9QA 5H1SQ 3VN5A 1KLNA 1K9MO 3SUOA 2YX6A 3KLGA 2ZJPL 2J4RA 4WQ5A 2D5RA 4BC3A 2P5GA 1NGCA 2DTUA 3AGKA 1WSEA 3L8BA 2FSJA 3CFPA 3DLRA 5JMVA 3AO4A 4I9LA 1NJXA 4IDKA 4RCHA 3ZT4A 3QICA 4BC2A 1I94K 3AGRA 4BRFA 1WSHA 5I9EB 4FJMA 3Q7CA 1VK0A 1U45A 4CD3A 3VEWA 2BDPA 2IIRA 5AQSA 2YNHA 3VQ7A 4CZMA 2WOMA 3SCXA 1EP4A 3QBWA 1HNVA 4EIAA 4YOVA 5AQWA 5BN8A 3BF3A 3I33A 5JICA 1FK9A 3CC2N 4CJEA 1SQKA 3ENBA 1HPZA 2Z1HA 1NJIO 4FLUA 1WN7A 3FZFA 4B3TK 3FFKB 1RDAA 4OJRA 5BPLA 5BRHA 3THWB 1V4SA 3DLKA 2OANA 4FVMA 3AV9A 3VGMA 3ZX3A 2A40A 1T6DA 4JKAA 3WNFA 4O5BA 1QZ5A 4JKFA 3CJAA 1U4BA 3K5OA 2D0AA 1QHTA 2ASPA 3OYFA 1YJ9N 1CXUA 4L3QA 4KPYA 1VRUA 1VSMA 4CZKA 4WFAL 4M3ZA 4GMJB 1QZ6A 1BUPA 3E66A 2VCPA 3JYTA 4BE2A 1N8RO 4B8AB 3ITHA 3EY1A 2G8KA 4MO5A 1ILYA 3WNEA 1BIUA 4M41A 2VG6A 4JS4A 2A41A 2P9IA 4O8UA 3RSEA 4LF6K 1J5OA 5AQJA 4H0OA 3OBWA 3ZSYA 1Z26A 5A2QO 3TAEA 4I7FA 2VWBA 4DR3K 4IG3A 3NF7A 3HO1A 2NLXA 4FM0A 2OPPA 3VEXA 2ITMA 3BP8A 3MEEA 2FSKA 3QEIA 5KPRA 2E1ZA 4QS8A 3V6DA 1SKRA 4LFAK 3SQ0A 1N6QA 4KV8A 2IAJA 1VQ6N 3NMUA 1KXPA 1KTQA 2DPNA 3RMBA 1X9SA 3A5OC 3V9XA 2WONA 3V1RA 3VEVA 3T69A 3VEYA 2FBVA 1JCFA 3WUHA 4FPBA 2YHYA 4OPHA 3TSQA 3SQ2A 1L3SA 3CCQN 3ULEB 4NCAA 3AO1A 4BECA 4BRNA 5AJ3K 2X6NA 2QWOA 4W5TA 2DFFA 1MA9B 4A2BA 5SZTA 5DM6L 2F9TA 3R9PA 4H5TA 4BRKA 4OPKA 5KQDA 4O0IA 4DTUA 5GAHP 1NK5A 5GIOA 2QWRA 4JHDB 3IDHA 3QDKA 4IWVA 5C15A 2ZJRL 3CCSN 1UOCA 3QLHA 2E2OA 4PKGA 1UA0A 1TKDA 5DMRA 4KO0A 3OHRA 4OVLA 3HM9A 3VQ9A 4B1YB 5LMUK 3NF8A 2C1IA 1RDUA 4GV3A 4FWOA 4B9QA 4A62A 4FWKA 3QFPA 1FXXA 1I3AA 1YUWA 1QQOA 3CJ9A 3THXB 1ASWA 3DI6A 3AAQA 3E9LA 3MXMA 2YCHA 3Q7BA 4CF8A 1K6YA 1NJYA 3M1FA 3M8QA 2VGNA 4DB3A 4W5RA 2RF2A 2HMPA 1T03A 3ZSWA 4NLCA 3AVJA 5CYMA 2QA4N 5LY3A 1TAUA 1SL0A 1RTIA 1ASUA 1F21A 1U04A 5C25A 1KAZA 3TI0A 3OYIA 1S22A 2RHKA 4TSXA 3MDQA 4CJKA 2YHBA 4K0KK 1RT7A 5GADP 3QEXA 4CEBA 4G1QA 5EXWA 4I9QA 4FK2A 4IJNA 3AVCA 4I6MB 1TK8A 2ASMA 2G8HA 2O8BA 4JRQA 1S1TA 2FF6A 4DLEA 4ELVA 4CIEA 1YTUA 4CZJA 3VOVA 4DCHA 4AM7A 2PFUA 1Q86O 2Y1JA 1KFDA 4OO1J 3E9OA 4JKBA 2X74A 1WNSA 4DQ8A 4E19A 4H0YB 5ADXA 2E2QA 4BG9A 4C1NI 3A5NC 4FWMA 4E7JA 3ZSZA 3KD5E 4KH4A 3WXJA 3EL2A 4BRMA 1U49A 3VQ4A 4JI4K 3EN9A 1GLJO 4DS4A 4FJNA 4BRPA 2YI1A 3HM8A 3L4QA 5KPZA 3MN5A 4DR7K 3UKUA 4FJ8A 3MX5A 4DF8A 1HJRA 3C6AA 5BRDA 3CJBA 3E9PA 3F9MA 3VQAA 4K43A 3P31A 4DQIA 2B4JA 1RDCA 4RW9A 1A5XA 3SK3A 4GY2B 1WBBA 1SL1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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