3UB5A

Profilin:actin with a wide open nucleotide cleft
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, cytoplasmic 1
publication title Structural basis for profilin-mediated actin nucleotide exchange.
pubmed doi rcsb
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ub5A03
2J4RA 4RTFD 3CQXA 1YVNA 2D1KA 5AQVA 2V51B 4B1VA 4FWSA 4JAXA 2ZWHA 4BR2A 3M3ZA 4K42A 4AM6A 3C7NA 3ZX2A 3LDNA 3P4IA 3MN9A 1JCGA 2F9TA 3VGKA 2FSJA 2P9NB 1E4FT 5AQZA 4K25A 5JLFA 3FZMA 3D2EB 5AQQA 4I6MB 1DEJA 4J8FA 1DGKN 4A2AA 2QWMA 5BRFA 5AQHA 3MCPA 3VPZA 3H3OB 1QZ6A 3DWLA 2A6AA 2A5XA 4XH4A 3OHRA 2E2QA 3CERA 3QBWA 2P9PA 4BRIA 2IIRA 3DXKA 2P9IB 3VEOA 4BVPA 2E1YA 5EOYA 3O1BA 1IJJA 2A41A 1S3XA 1HKCA 3ULEB 4K43A 3I33A 4FWLA 2OANA 2BUPA 4H0YB 3HSCA 3MMVA 4H5VA 5F1XA 3F9MA 3VEWA 2H3GX 3CIPA 3KZBA 5BN9A 4FWNA 3U8XA 4BRAA 4M7XA 4M7YA 2YHWA 1HJOA 4ISFA 3WQTA 1K8KB 1QQNA 3GG4A 3H6EA 1HUXA 2FXUA 2I7PA 4YDUC 4H0PA 4JD2B 5E84A 2P9SB 2V52B 5EY4A 3VESA 4EFHA 1BA0A 1Z05A 4BR9A 1ZXOA 2YJEA 3QDKA 4FOEA 1GLDG 3A5MC 3U9DA 4EHTA 4YDUA 2HF3A 4K41A 2ZF5O 2Q0RA 5FPEA 5BR9A 5JMVA 3O5BA 5AR0A 4WQ4C 1ZC6A 4CD3A 1HPMA 3GE1A 2IVNA 3C7NB 5E26A 3H1VX 3KHYA 3QICA 3L4IA 4BC4A 4DB3A 1KAYA 4BRGA 3QMLA 2E2PA 3LDPA 3BP8A 2P9UA 3FR0A 4WQ4A 5AQLA 3SLCA 4BG9A 5F2RA 3L6QA 2GWJA 1BO5O 2ZGZA 3LDLA 4QS9A 3RSEA 2QWOA 5AZJA 3ATUA 4BR5A 3KVGA 4O5FA 4B9QA 1BG3A 1XC3A 3CQYA 4KBOA 5AQMA 3DAWA 2P9PB 3DXKB 2HOEA 3FZFA 1QQMA 4FPBA 3QB0A 3MK6A 1G99A 2V7ZA 3BF1A 4XH1A 3SMPA 4CZEA 4B1YB 1QZ5A 3IFRA 4EHUA 3MN6A 4BGBA 1XUPO 5KQ8A 1WOQA 5AQPA 4BVOA 1QQOA 3VGMA 4EIAA 2PBDA 1MDUB 2QM1A 4Y0WA 3SMSA 4C23A 3O80A 4GNIA 3LM9A 5KPTA 4CBXA 3VGLA 3H46O 5KPRA 3GL1A 4BRHA 1RFQA 3QBXA 4BRKA 2PAVA 2VYPA 2CGKA 4FOIA 4CZHA 5AFUH 4BRLA 4BC3A 1V4SA 3FGUA 3R6MA 1H1VA 3UB5A 5ADXH 2CH6A 4BRFA 3FFKB 3QFPA 3TU5A 3C0BA 3FLCO 4ISGA 2E88A 4FWKA 5KPZA 3CJ7A 3VF4A 5AQSA 3VEYA 4BROA 5F0XA 5AQNA 4WQ5C 4XH5A 4CZIA 1X3NA 1XQSC 4XEIA 3R9PA 5AQTA 2GEMA 2P9UB 2Q2RA 3CJCA 1JCFA 1NM1A 2CGLA 4WYBA 3ZEUA 4BC5A 3FZLA 4WQ5A 3WQUA 2QWNA 3RSEB 3QFUA 3LDOA 5AZJB 4RWTA 1BUPA 2ITMA 1HKGA 1NGGA 3AAPA 1MA9B 2Q1NA 2ASMA 3HI0A 4CZLA 1JCEA 2UYTA 3HZ6A 4FL9A 4H0VB 1MWMA 2D4WA 4BRDA 4IZ9A 4FWMA 4B1ZA 1SQKA 2QWRA 1HKBA 4FWPA 1X3MA 4MO4A 3FZKA 4H5NA 4H5RA 3W3DA 2ASPA 1NLVA 3UKUA 5LJVA 3AAQA 4PKIA 1SAZA 4MO5A 1U2VA 3EN9A 1NGHA 3L0QA 1GLFO 2P9LA 4Z94A 4BRCA 3AY9A 5AFUA 5AQFA 3LM2A 5ADXA 3EKUA 4A2BA 3LDQA 5AQXA 3ID8A 4LC9B 1TUUA 5BPLA 3CJBA 3EO3A 4E1JA 3H1QA 3J8AA 2NRHA 4IJAA 2IVPA 2A3ZA 2AA4A 3ATVA 1T6CA 4MLEA 1RDWX 5FPNA 1ATNA 4FO0A 1GLEG 2D0PA 4NB4A 5AQOA 1YAGA 4DHYA 5AQYA 5LJWA 2DPNA 4BRPA 3IUCA 1BOTO 1RGIA 1T6DA 3VEZA 2Q36A 1ATSA 4NO7A 3IMXA 3H45C 4HWIA 5AZIA 1NGIA 3SJHA 4DCHA 2A42A 2Q97A 1CZAN 3BF3A 3I8BA 5BRHA 3ZETA 3ZX3A 1NGBA 3B8AX 4A61A 4CZGA 4IWVA 3O08A 4CZKA 1NGAA 2E8AA 3ZEUB 2VCPA 3EKSA 3M1FA 3UKRA 4FWOA 2CGJA 1YUWA 1T44A 3EZWA 2E20A 3D2FA 3A5OC 3VOVA 1V4TA 3WT0A 4L3QA 5KQDA 2ZGYA 3VETA 5BPNA 2HMPA 2GUPA 3R8EA 3FE1A 4BGAA 4BQLA 3CJAA 1D4XA 4PKHA 3CHWA 3VEVA 4A62A 1WUAA 5BN8A 1QHAA 2YHXA 4H5TA 3DJCA 1NGEA 4BRMA 4JHDA 2ASOA 4FWRA 4CD1A 3A5NC 5AQJA 1C0GA 4H5WA 4BRNA 1Q18A 3WXKA 1NGFA 4PL7A 1P8ZA 1Y64A 3UKUB 3WEEA 4BRQA 1ZBSA 4AM7A 4B1XB 3WUHA 1U2VB 2A40A 1GLLO 1NWKA 2P9LB 4QS7A 5BREA 3JS6A 3GDQA 5BRDA 1BWFO 2P9KA 3G25A 2W41A 2YJFA 3ZX0A 4CZJA 2CH5A 3JXUA 3LL3A 4QS8A 3H3NO 4CZFA 3TPQA 4BG8A 1TYQA 4H03B 1X9JA 5FPDA 2HF4A 3SK3A 2YHYA 3M6GA 1NGJA 1LOTB 1KAXA 3HM8A 3IDHA 5AQKA 3UE5A 1ESVA 1S22A 3AARA 2IVOA 3ENOA 4CJ7A 2QXLA 5AQIA 1E4GT 3O1WA 4CZMA 5AQUA 2FLOA 3A0IX 3MN5A 5CE3A 4IXCA 3DXMA 3FZHA 4JN4A 2FSKA 5I9EB 3MN7A 4B1UB 1YXQA 2F9WA 2AP1A 4JNEA 2NZTA 5EXWA 5JLHA 3CI5A 5AZIB 3VERA 1BDGA 2EWSA 5EX5A 3ZETB 3VENA 1IG8A 5BPMA 4FPAA 4BREA 4FSVA 2FF6A 4PL8A 2KHOA 2I7NA 3MDQA 2E1ZA 4M63C 2YCHA 5FPMA 5B8HA 4F9OA 3WXLA 4CI6A 3W0LA 3WXIA 1MWKA 2QW9A 3UKRB 5ELZA 2P9NA 1DKGD 1OKJA 2NLXA 4H0OA 2W40A 2YI1A 3GOIA 4PKGA 3D2EA 3D2FB 4I6MA 3U9ZA 3HBTA 3WXJA 1HLUA 1GLCG 4EAHD 2E2OA 2FF3B 1NMDA 3VF2A 1NGCA 4CBUA 4DQ8A 4B1WB 2P9IA 3O8MA 2GWKA 3EL2A 4JHDB 3HTVA 5EVZA 3BUZB 1EQYA 1GLBG 1TUYA 3A8YA 4BC2A 3ULEA 3VEXA 3CETA 3S41A 5AQRA 3WEEB 3O4WA 1R59O 1GLAG 5AQWA 4CBWA 4IO8A 1GLJO 4BQZA 2VWBA 5LY3A 4H0XB 4ISEA 2BTFA 5JICA 3D7EO 2GELA 2QWPA 2GTDA 3ENHA 2P9KB 2QWQA 4BR7A 1NBWA 2QWLA 5TKYA 2E2NA 1ATRA 3GBTA 1LCUA 2V7YA 4FWQA 4IJNA 3A5LC 1KAZA 4RCHA 1TYQB 2Q31A 2FSNA 4BR4A 4MLHA 1Z6RA 5AQGA 1J6ZA 4HTLA 3O6WA 1K8KA 1U6ZA 1KXPA 1BA1A 1SZ2A 4JD2A 1C0FA 2WUSA 2P9SA 4GY2B 1BU6O 3U4LA 3VF6A 3CJ1A 4O8KA 3DXMB 2Q0UA 3CJ9A 4BR0A 3BEXA 1HX1A 1NGDA 4H0TB 2D0OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCBA 2KZMA 3CQXA 1YVNA 2JWKA 4DQRA 2G8UA 3SBTA 4B1VA 4CFCA 5AJ3K 4K42A 1WSFA 1WSEA 4AM6A 3AVCA 3ZX2A 2E5LK 3S3OA 1SL1A 3TTFA 4B3OA 3P1GA 1JXEA 2ZJQL 3NF9A 4TSXA 1E4FT 5AQZA 5JLFA 3J7ZO 2PZSA 2P1JA 3D2EB 3DM2A 1Z25A 4I6MB 4J8FA 3KK3A 1DGKN 4FLUA 4C8LA 5AQHA 1LWCA 1KSPA 1ZBFA 2HMIA 2VG5A 3DLRA 4E89A 1YHQN 3VTIA 1NNEA 2RKIA 4FJ7A 1HNXK 1W2BM 4DU1A 2FBVA 4CF1A 2GUIA 3O3HA 3AVFA 1VSHA 2E1YA 3O1BA 4WFBL 4EP5A 4DLEA 4RW4A 1HKCA 1N32K 3ULEB 4K43A 4I7FA 5HRRA 3V9SA 4CIFA 3QIOA 3D6RA 3MMVA 4H5VA 3RWUA 3NHGA 3CIPA 1OH6A 4OKJA 3HJFA 3U8XA 2DY4A 1HNIA 4QAGA 1N6QA 2HHHK 2XRIA 4JKDA 2IGIA 1C1CA 5DM6L 4ISFA 3SUQA 1QQNA 3PSIA 4M3UA 4H0PA 5CR4A 4GVEA 4FJ8A 3C94A 3TAPA 1BA0A 3KLIA 3RMAA 1LAVA 1Z05A 4BR9A 4O55A 3DLKA 4BACA 4FOEA 1VHXA 3N4PA 3TAFA 3TSPA 3U9DA 1N34K 4YDUA 3ZT0A 4K41A 2ZF5O 1T7PA 2Q0RA 1EWRA 3VQ4A 1ZBIA 2X6SA 5AR0A 2QXFA 5JS2A 3NFAA 2IVNA 2RHKA 3C7NB 4E1MA 1WLJA 3H1VX 3L4IA 4ELTA 1KAYA 4PHTX 4X65K 3OYFA 2HNZA 3LDPA 4WFAL 3OS2A 4EP4A 4O8UA 3AO5A 3SLCA 3HOTA 3PIOL 3L6QA 1JLAA 2ZGZA 4QS9A 4CFAA 1C0MA 2ZQBA 3SUOA 4JI0K 3CQYA 2VQFK 4DU3A 2XY7A 1BQNA 3DXKB 4ILJA 1QQMA 4FPBA 4CIGA 1TKDA 3T19A 3PUFA 2V7ZA 3BF1A 4NXNK 3SMPA 4E7JA 1XHZA 3QINA 3QNOA 4M42A 3L3UA 5IWAK 3MN6A 1IKVA 5LMNK 1JXBA 3N4QA 1K9MO 3VGMA 4KHWA 1RTIA 3TABA 1I39A 3EYZA 3TR8A 1N8RO 1CLQA 4CBXA 3AVNA 4M45A 3CD6N 4YORA 1BCOA 3VQ6A 1M1KO 4FOIA 3O3FA 3VA0A 4OJRA 3NF7A 1V4SA 3R6MA 3IS9A 4DSKA 4FXDA 2CH6A 5JENA 3FFKB 4CJFA 4BDZA 3QFPA 4LD0A 3C0BA 2E88A 4CGFA 3ZSRA 3J81O 3VF4A 3J7YP 1X9SA 3DRPA 4LFCK 4E7IA 1XQSC 3R9PA 2X6NA 2P9UB 2NRVA 2CGLA 3ZEUA 3HXMA 1UWBA 5JS1A 3ASMA 4WQ5A 4JI2K 3K2PA 1A5VA 5AZJB 2IAJA 4AH9A 3KK2A 4RW6A 4CJRA 4GMJB 3OYDA 2Q1NA 3SQ4A 1IKWA 3EY1A 3HZ6A 1C6VA 2HBJA 1RCHA 1VQ8N 2G8VA 4IZ9A 4RG8A 4JK7A 3LWMA 1XHXA 3FZKA 1NKEA 4H5RA 2IS3A 4JKHA 4KFBA 5LJVA 4YOYA 4PKIA 4CJKA 1JL1A 3L0QA 1GOBA 4BRCA 4OPKA 3QESA 3AY9A 4CERA 1NJYA 4JEPA 4IEEA 4IFYA 1JLEA 4AHRA 4FZXC 1W97L 4GV3A 4X66K 5JVGL 4J2DA 3EO3A 3H1QA 4E19A 3J8AA 1B92A 4IJAA 1S6PA 2A3ZA 4NLBA 2FBYA 1KC8O 1YTAA 1EO1A 5FPNA 2GX9A 4PQUA 4YOXA 1B9DA 1VRUA 5AQYA 5LJWA 4PWDA 3SJJA 3LALA 4CEAA 1OH5A 1BOTO 1RGIA 3HPHA 1TKXA 4IFEA 4HWIA 5AZIA 5J2QA 1FW6A 1U48A 4C8KA 2Q97A 4DUZK 3BF3A 3I8BA 4YY3K 3DRSA 4ZTFA 1KCFA 3P39A 1Q86O 1RNHA 3M1FA 3HPGA 1KTQA 1QQCA 4FWOA 3DOLA 3CYGA 2QK9A 3NBPA 3OBYA 3EZWA 4F2RA 4FLZA 4MDBA 2E20A 5SZTA 3D2FA 4YOVA 3WT0A 5KQDA 4DTRA 2ZGYA 3OYMA 3J80O 4B3TK 3G0ZA 3OY9A 3CFOA 2RF2A 4IDHA 4H5TA 4YNQA 3VA3A 3O4QA 4CD1A 1J54A 2HB5A 1RT5A 1NJZA 1NGFA 4C8NA 2UXDK 1SL2A 1Y64A 3WEEA 4F3OA 4DQQA 1U2VB 3ZT4A 4JKEA 2P9LB 4QS7A 5BREA 2NRWA 3TSQA 5BRDA 4FJNA 2W41A 3JXUA 5LL6Z 4CEZA 2Z1IA 5GIOA 4Y1DA 1VQ7N 3TPQA 4BG8A 3AO4A 2KFNA 3WXMB 1X9JA 3ZSZA 5FPDA 1HNWK 4JRQA 3AARA 3ENOA 4E1NA 2O8BB 4CJ7A 4DWIA 1HPZA 5AQIA 4CZMA 3SNNA 3TTCA 3PSFA 3DXMA 4FJXA 3PIPL 3VN5A 1IKXA 3CMEN 1RBSA 3MN7A 1HYZA 2WC9A 1BL3A 3AVLA 3V9UA 5JLHA 4DFMA 3SQ1A 4C8OA 4CGHA 1IO2A 4BEBA 4I2QA 3QEXA 5CYQA 2O8DB 1BDGA 2EWSA 3ZETB 4FPAA 3NGZA 4JI8K 4M63C 2E1ZA 2YCHA 5B8HA 1BIUA 4F9OA 3AO2A 3WXIA 2FC0A 5ELZA 1WB9A 3AVIA 4CJQA 4IFVA 4DV3K 2YV0X 4DTUA 3CFPA 4BECA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2KHO A;  4FW2 A;  3F73 A;  3WXL A;  1MWK A;  2QW9 A;  3UKR B;  3NCI A;  2BGG A;  2W40 A;  1O1W A;  2YI1 A;  4PKG A;  3AO1 A;  3KLG A;  1OH7 A;  3MEC A;  3TAM A;  4AHC A;  4B9S A;  5KGX A;  2A1S A;  4KHS A;  1RDC A;  3V9X A;  1L3U A;  1BI4 A;  1NGC A;  3F5T A;  3MXJ A;  4DQ8 A;  2P9I A;  4KRF A;  4JHD B;  4MDA A;  4CJT A;  3HTV A;  3OW2 M;  3HYF A;  5LMU K;  1EQY A;  5EU7 A;  4BC2 A;  1LAW A;  1WSH A;  5J2N A;  3S41 A;  2VG7 A;  3K59 A;  3O4W A;  2OPS A;  4IO8 A;  4LSL A;  4DSI A;  4ISE A;  4DLG A;  2GEL A;  4AF1 A;  3RRG A;  2QWP A;  4DR1 K;  2P9K B;  1C1A A;  4FJM A;  4OGE A;  1VQP N;  5TKY A;  2NRR A;  4DR4 K;  5CHI A;  1ATR A;  3P38 A;  3D0P A;  4KHU A;  1KAZ A;  4RCH A;  2FSN A;  2DFF A;  3VQQ A;  1Z6R A;  5AQG A;  1J6Z A;  3PX4 A;  4GV6 A;  4HTL A;  3C6A A;  3K5O A;  4CJU A;  3NVK A;  1BA1 A;  1SZ2 A;  2OYQ A;  4JD2 A;  4CK2 A;  3THY A;  2WUS A;  4U67 L;  3VF6 A;  5MLC Q;  4BDY A;  4Z4E A;  4O8K A;  2W42 A;  3THX A;  2Q0U A;  1ILY A;  4FVM A;  1SL0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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