3UKUA

Structure of arp2/3 complex with bound inhibitor ck-869
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
415
structure length
399
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
publication title Structure of Arp2/3 complex with bound inhibitor CK-869
rcsb
total genus 123
structure length 399
sequence length 415
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ukuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ukuA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ukuA03
4BQZA 3SMSA 5BREA 4BRGA 2A42A 2QWQA 3JXUA 2P9LA 4JAXA 3HBTA 1KXPA 1QZ5A 1TUYA 4LC9B 2QWPA 2YI1A 4MO4A 3M1FA 4H0OA 1NGCA 2J4RA 2HF4A 2W40A 2YJEA 1XC3A 4BC2A 1T6CA 2D0PA 3MN9A 2V7ZA 5EXWA 3UKUA 5AZJB 5EOYA 4BRIA 4BRDA 3CIPA 4M63C 3WXKA 5E84A 3VERA 4FL9A 5AQPA 3HSCA 1YAGA 3CJBA 3ZETB 2Q97A 4BREA 3FLCO 3ULEA 2P9PA 3BEXA 1U6ZA 1GLAG 4I6MB 4MO5A 1GLLO 5AQSA 2VYPA 5AQJA 5EVZA 2QWNA 1NM1A 5F2RA 3VF6A 3A5OC 1BA1A 3DWLA 1QQMA 5KQDA 1BWFO 3HZ6A 4H5RA 1HJOA 5AQWA 3VEXA 2E2OA 4K25A 3D7EO 4PKGA 5E26A 4JHDB 5AQYA 3DXKB 4XH1A 1HX1A 3D2FA 2PBDA 4RWTA 5FPMA 4FWPA 2P9LB 3VEVA 4H5TA 1ATNA 1U2VB 4MLEA 3EL2A 3W3DA 2GWKA 3VF2A 4WQ4C 4BRPA 1NMDA 2AA4A 3GL1A 4FWNA 2CH5A 3TU5A 3MN7A 2ZWHA 4DQ8A 4EFHA 1JCEA 3C0BA 5AQUA 1NGFA 1T6DA 4BG9A 1HKBA 5KPZA 1D4XA 4ISFA 1IG8A 4NO7A 4BRHA 3MK6A 4AM6A 1MA9B 4FWKA 2PAVA 1Q18A 1YVNA 3VENA 3A5NC 4QS9A 5FPEA 3IUCA 3CI5A 1SAZA 3LDOA 4JN4A 1Y64A 3O5BA 4WYBA 5AQNA 2QM1A 3VESA 5JLHA 3WXLA 1HUXA 3A5MC 4YDUC 1GLDG 1GLCG 4BR4A 1HKCA 2YCHA 5BN9A 4IJAA 1GLEG 1LOTB 2Q0UA 3SJHA 1NGHA 2P9SB 4IXCA 2FXUA 1CZAN 5ELZA 3WXJA 3CQYA 1X9JA 3A5LC 4JNEA 5KPTA 5F0XA 4FPBA 1ZC6A 2FSNA 2NRHA 4DB3A 4CBUA 3S41A 2YJFA 3O4WA 4FO0A 1XUPO 1XQSC 4K42A 4BGBA 3WUHA 4B1UB 2HF3A 5ADXH 1E4FT 1KAYA 3GE1A 3R9PA 1K8KB 3SLCA 3WEEB 1X3MA 3ZX0A 5JICA 2A3ZA 4H0YB 1BDGA 4PKHA 1MWKA 4WQ5C 5AQIA 5AFUH 3WT0A 3P4IA 5KQ8A 1DGKN 4PL8A 3U8XA 3D2EB 2FSKA 2V52B 3KZBA 2KHOA 3H3NO 1JCFA 1NGEA 3QDKA 1WOQA 3LL3A 3ZEUA 5BPLA 2QW9A 1NGIA 5AQLA 2WUSA 4CZKA 3C7NA 5B8HA 3ATUA 2NZTA 3UE5A 4K41A 2ASMA 3AAPA 3OHRA 3CJ7A 4ISGA 2F9TA 4A61A 5AQZA 3ZX2A 2Q31A 1ZXOA 1QZ6A 4Z94A 3I8BA 4Y0WA 3EKUA 4RTFD 3WQUA 1P8ZA 2E20A 3ENHA 5LJVA 2P9IB 3CERA 4FPAA 2P9NB 1HLUA 4CD3A 3FZFA 3M3ZA 3R6MA 4BRAA 4FWLA 3ID8A 3U9ZA 3DAWA 3VOVA 3CQXA 3M6GA 2HOEA 4CZMA 3LDPA 2A5XA 3RSEB 4A62A 1RDWX 4EHUA 4BRKA 5AQVA 1NWKA 4IO8A 4BR0A 4M7XA 1GLFO 4H0XB 4FWSA 3UKRA 4A2AA 2E2PA 4BQLA 3CJ9A 3H3OB 4B1ZA 1HPMA 3MMVA 3QMLA 4C23A 4B1VA 4FOEA 3UB5A 3CJAA 2IVOA 3U4LA 4BRCA 4H5WA 3R8EA 3UKUB 4RCHA 4JD2A 4BR9A 2D0OA 3MN6A 1TYQA 2GELA 2CGKA 2IVNA 3A8YA 2FF3B 1SQKA 3FE1A 5ADXA 2E8AA 3FZKA 3ULEB 2P9PB 3BUZB 2VWBA 1EQYA 2W41A 1DKGD 1X3NA 1H1VA 5AFUA 1Z05A 2A41A 5AQRA 1ZBSA 1C0FA 1ESVA 3VGLA 3KHYA 3KVGA 3QFUA 1QHAA 3CETA 3CJCA 3J8AA 2FSJA 4BR5A 4CD1A 2CH6A 1ATSA 5AZIA 3IDHA 4XH5A 3FFKB 4DCHA 3D2FB 5F1XA 2FF6A 3DXMA 4BC4A 2ZF5O 4MLHA 2QWOA 1V4TA 4XEIA 4CBXA 1RGIA 2CGJA 3O6WA 5AR0A 3EO3A 4QS7A 3LM2A 5AQGA 1BA0A 2AP1A 4J8FA 4CZLA 3LM9A 4H0VB 4O8KA 4IWVA 2D1KA 5BRFA 2QXLA 5AZJA 2E2NA 3VEWA 2GEMA 1BUPA 4M7YA 4XH4A 1G99A 3H46O 1KAZA 5I9EB 1DEJA 2I7NA 4DHYA 2QWMA 4ISEA 2GUPA 1OKJA 3ZETA 4QS8A 1NGBA 2Q36A 3VETA 5BPNA 1NGDA 1MWMA 3H45C 2IVPA 4H5NA 3QBXA 1NLVA 3FZHA 4GY2B 4I6MA 4IZ9A 4CI6A 4FWMA 2YHXA 1YUWA 3SK3A 3ATVA 3FZMA 5LY3A 4JHDA 4FOIA 3LDQA 3SMPA 5BRDA 3DXKA 3ENOA 4B1XB 3MDQA 4BR2A 2V51B 4YDUA 4BRNA 1E4GT 3GDQA 3VEYA 1BO5O 1U2VA 2P9UA 3O1BA 3U9DA 3CJ1A 2DPNA 1J6ZA 2A6AA 2CGLA 2Q2RA 5AQQA 1BU6O 1NGGA 3O8MA 2GTDA 4B1YB 2ZGZA 4BRLA 2BUPA 4CJ7A 2FLOA 3HI0A 3L6QA 1BOTO 3H6EA 4BC5A 3QBWA 3IMXA 2EWSA 1BG3A 2A40A 2D4WA 3O80A 3ZEUB 3TPQA 4PKIA 3MN5A 3C7NB 4FWOA 5AQOA 1T44A 4PL7A 4BRMA 3QFPA 3JS6A 4EIAA 4BC3A 2ITMA 2E88A 2ASPA 3B8AX 3HTVA 5EX5A 5KPRA 1WUAA 2YHWA 2NLXA 2UYTA 4K43A 4H0TB 3LDNA 1RFQA 2OANA 4WQ5A 3VF4A 3AY9A 4L3QA 1SZ2A 4E1JA 4F9OA 4B9QA 2IIRA 2BTFA 1YXQA 3EKSA 2ZGYA 1NGAA 4EHTA 4HTLA 3ZX3A 1TUUA 3FGUA 3GBTA 4NB4A 3H1VX 2P9SA 1QQOA 1Z6RA 2E1ZA 3O1WA 2P9KA 1GLJO 1LCUA 2P9UB 2V7YA 4BG8A 4B1WB 2E1YA 1HKGA 4CZGA 2VCPA 2Q0RA 3CHWA 3L4IA 2Q1NA 3BF3A 3FZLA 3MCPA 3W0LA 3VGKA 5JMVA 3AAQA 2YHYA 4H03B 4CZJA 3QICA 4CZEA 4CZHA 1K8KA 4IJNA 1NBWA 5AQMA 3WEEA 2I7PA 3UKRB 1QQNA 3VEOA 3D2EA 3VPZA 4EAHD 4BR7A 5EY4A 5TKYA 3IFRA 3HM8A 3VGMA 2H3GX 5BPMA 4FWRA 5JLFA 4CBWA 4AM7A 4A2BA 3BP8A 3EN9A 1JCGA 2GWJA 3G25A 4JD2B 1S3XA 5FPDA 1R59O 3EZWA 3WXIA 2E2QA 1TYQB 3DJCA 3QB0A 3VEZA 4HWIA 4KBOA 3A0IX 4FSVA 4CZFA 2P9KB 1MDUB 1NGJA 3GG4A 1S22A 5AQXA 3O08A 2P9IA 4GNIA 5AQHA 3F9MA 4BGAA 4BVPA 2P9NA 1IJJA 4WQ4A 2HMPA 2QWLA 5AQFA 3BF1A 3FR0A 2F9WA 1GLBG 5BR9A 5AQKA 2QWRA 3GOIA 5LJWA 1ATRA 3I33A 5FPNA 3WQTA 5AZIB 1C0GA 4BROA 4H0PA 4FWQA 3RSEA 4BRFA 3H1QA 4CZIA 3DXMB 4O5FA 5AQTA 4H5VA 4BRQA 1V4SA 3AARA 3L0QA 5CE3A 1KAXA 3LDLA 5BN8A 5BRHA 4BVOA 2ASOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IDKA 4V19S 1LWFA 4BRGA 3V9ZA 4JI4K 4KPYA 3HO1A 2A42A 4PY5A 2QWQA 3ULDA 4EP5A 2A1SA 4KHWA 4MO4A 1RILA 4H0OA 1U4BA 2D0CA 1T6CA 4CJWA 3ENBA 4NLCA 1U48A 3HK2A 3CIPA 3VERA 4FL9A 3Q7CA 1YAGA 1OH8A 3AVGA 4DV7K 2ZM6K 4BREA 3BEXA 4AH9A 3HJFA 3T1AA 4HTUA 3ZT1A 5AQSA 1NM1A 3ITHA 3NAEA 3VF6A 3NH1A 2NRRA 1EX4A 1VSLA 1JLEA 4CJFA 1EO1A 1Q81O 5KI6A 4YOTA 3VQQA 4DV3K 3D2FA 1JLAA 1DT9A 2PBDA 5FPMA 5JS1A 4FWPA 3VEVA 3NVKA 3DLEA 4AILC 4MLEA 3EL2A 4XIUA 3F5TA 3WNFA 3SUOA 2HMIA 3GL1A 1VQ9N 2JLEA 3KLEA 2HBLA 4KB1A 1RDCA 3C0BA 4DR5K 4GW6A 3C6HA 2HHSA 1D4XA 4BRHA 2VQFK 4I9LA 4FJLA 1LV5A 1Q18A 3CM6A 2G8WA 1TV6A 3E9PA 1S9EA 1SAZA 3V9XA 3VMFB 3DLKA 2HHWA 1JLCA 1XHXA 4UQGA 2YNGA 3CMAN 4Y1DA 4YDUC 4CF2A 5BN9A 4JI0K 2HHVA 1LOTB 1WSJA 3TAFA 1LAWA 3B6OA 3CCQN 4AHSA 2Y1JA 2HBKA 4YNQA 4CEQA 4CBUA 3S41A 1K6YA 4NXNK 4F3OA 4DWIA 3OYNA 2O8FB 4K42A 1NK9A 5HP1A 2HF3A 4WFBL 3MCAB 3R9PA 1QS4A 1K8KB 4FLTA 3AGRA 5AQIA 4BE7B 4PL8A 1BIZA 3LANA 3U6FA 1QTMA 2FSKA 4B9VA 3CPEA 1NGEA 2E6MA 4Q0BA 4GV3A 1VQ4N 2WUSA 2OPRA 3C7NA 4LF7K 1VQKN 1J53A 2F9TA 3QIPA 4A61A 5AQZA 4M3WA 2NRTA 4FJ9A 2Q31A 3HM9A 4Y0WA 3EKUA 4RTFD 2ZJPL 2DFHA 1P8ZA 3SYZA 4WF9L 3ENHA 5LJVA 3OYMA 2KQ2A 2P9IB 3CERA 3HL8A 3N4PA 2NRVA 4FPAA 1HQEA 4B3TK 2X6NA 1U45A 1HLUA 4B3MK 3I8DA 4KTQA 3BZKA 3R6MA 4BRAA 3CXCM 4YOWA 3E01A 4KHNA 3VQDA 2A5XA 4A62A 4CK2A 4GVEA 3PX4A 1NK5A 3V6DA 4DV1K 2HBMA 1N34K 4GV6A 3IKMA 4BR0A 3AVHA 3CG7A 5M1NA 4FWSA 2E2PA 4BQLA 3CJ9A 4CECA 3C6TA 3KD1E 3P38A 4B1ZA 2NUBA 3AVIA 3PSFA 2P5GA 3SPYA 1TGOA 4C23A 2IVOA 3U4LA 3SQ2A 3WNHA 2D0OA 2KW4A 4FLVA 4O0JA 3PO4A 4TSXA 4CGGA 4DSFA 3O3FA 4DS4A 3U3GA 1S1WA 3LDSA 4W5OA 3IG1A 1EQYA 4IO9L 2KLAA 2GBZA 1T3VA 2W6LA 1C0FA 1ESVA 3VGLA 3BGRA 3AO1A 3KHYA 1XMOK 4KHQA 3CJCA 1TAQA 3O9RA 4CD1A 2CH6A 1TL3A 2P51A 2QEXN 3D2FB 3L2QA 1IBKK 4KB0A 4B3RK 3LZJA 4CHZA 4I7FA 1TKDA 1HNZK 4CE9A 3TAQA 4PA1A 4IBNA 4OKJA 5K14A 3TTFA 4XEIA 4W5NA 1D9FA 3AGKA 4K0KK 2OPPA 4CBXA 3HXMA 2W42A 2CGJA 3VQ5A 3O6WA 1ZBFA 1NK0A 3EO3A 4FW1A 4QS7A 1BA0A 2AP1A 3T1HK 4CZLA 1SL2A 4DFMA 4LF4K 4YOVA 2QXLA 4M7YA 4YOUA 4R79A 2I7NA 4H4MA 4CJKA 3JSMA 1J9AA 1JL2A 1NJWA 2GUPA 4AHTA 1Q9XA 4QS8A 2Q36A 2HHQA 4M42A 4KTWA 3H45C 1E3MA 1FK9A 4I6MA 4IZ9A 4CI6A 4HVJA 4E3SA 1KC8O 3NF8A 4CJEA 1XNQK 4C8MA 2HHXA 5GIOA 4RW4A 4W5TA 3ATVA 4IEEA 1I94K 1L3TA 3G4SN 3DXKA 3ENOA 1A5XA 2VWKA 3MDQA 2IC3A 3KLIA 2V51B 3M8QA 4YDUA 3ZCMA 3V9SA 3GDQA 3SQ4A 1QVGM 1BO5O 1U2VA 2XHBA 3U9DA 3KK7A 3SV4A 4DTJA 2HB5A 2CGLA 2G8HA 3O8MA 2GTDA 1BQNA 2ZGZA 1KFSA 4BDPA 3THYB 4JKCA 2UU9K 2HHHK 3FFIA 3H6EA 2EWSA 2D4WA 4BACA 2EX3A 3TPQA 4CJ5A 3IRXA 4N56A 3C7NB 4JK8A 4BRMA 2IS3A 4EIAA 4BC3A 2ITMA 2E88A 1MU2A 4LF8K 3HTVA 4FJKA 4JI2K 4K43A 3SPZA 2FBXA 4IOXA 2KZZA 1HNIA 4JKDA 1YXQA 1R0AA 4FJ8A 4EHTA 3V4IA 4DSKA 3AVMA 3HOTA 4YHHK 4NB4A 3H1VX 2P9SA 4F4KA 1Z6RA 3O1WA 3AVAA 1LCUA 3DLGA 2E1YA 3VQBA 2VCPA 1ZBHA 3L4IA 1WSFA 3BY5A 4OPJA 3BF3A 3W0LA 3NH2A 3M8RA 3NE6A 4YORA 3EYZA 5C12A 1J5OA 4DSLA 1QHTA 2UXCK 4IJNA 3WEEA 4ILJA 2I7PA 3OJSA 5CYMA 4CGFA 4H8KA 5IWAK 2ZE2A 4LH5A 5JLFA 4CBWA 1N8RO 3WNEA 1JCGA 1NJYA 5I3UA 3THXB 3A0IX 1VQ6N 4FSVA 2P9KB 1Q9YA 4CEFA 4YY3K 4FLZA 5AQXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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