3WEEA

Structure of the full-length yeast arp7-arp9 heterodimer
Total Genus 111
50100150200250300350400020406080100
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
462
structure length
425
Chain Sequence
QDSILIIYPRSQTTLVQFGLNEETFTVPELEIPTQIYRTTRQDGSYTYHSTNKDNKAELIKPIQNGEIIDISAFTQFLRLIFVSILSDRSNIPLLLITHHSWSQSDLEIITQYVFESLEINNLIQLPASLAATYSMISLQNCIIDVGTHHTDIIPIVDYAQLDHLVSSIPMGGQSINDSLKKLLPQWDDDQIESLKKSPIFEVLSDDAKKLSSFDFGDEGTLNVAEIITSGRNVKNSDLEFNTFWDEKGNEIKVGKQRFQGNNLIKNISNRVGLTLDNIDDINKAKAVWENIIIVGGTTSISGFKEALLGQLLKDHLIIEPEEEKSKREEEAKSVLPAATKKKSKFMTNSTAFVPTIEYVQPTVIKLAKYPDYFPEWKKSGYSEIIFLGAQIVSKQIFTHPKDTFYITREKYNMKGPAALWDVQF
50100150200250300350400400300200100
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (15-18)S1 (7-14)S6 (63-65)AH3 (145-152)TIV2 (27-30)S2 (18-25)TIV1 (26-29)S3 (35-38)TI2 (46-49)S4 (41-45)S5 (51-54)S7 (68-69)S8 (72-73)TIV4 (68-71)TVIII1 (73-76)AH1 (76-92)AH2 (121-134)S9 (111-115)TI3 (116-119)TVIII3 (404-407)S11 (160-164)S10 (139-144)TII1 (153-156)TIV6 (294-297)S13 (174-175)TI4 (165-168)S17 (282-285)S12 (169-172)S14 (178-179)TIV5 (174-177)3H1 (181-183)S15 (185-187)AH5 (207-215)3H2 (276-278)TVIII2 (279-282)AH10 (363-375)TI7 (286-289)3H3 (297-299)AH7 (303-319)AH8 (323-331)AH9 (345-357)S19 (333-336)TII2 (342-345)AH11 (379-385)TIV8 (419-422)O2 (414-416)TIV7 (418-421)TIV9 (420-423)AH12 (424-441)TIV3 (57-60)S18 (290-294)AH4 (191-201)TI5 (202-205)AH6 (224-228)S16 (251-254)3H4 (338-341)O1 (187-189)TI8 (385-388)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription regulator
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of the full-length yeast Arp7-Arp9 heterodimer
doi rcsb
molecule keywords Actin-like protein ARP9
total genus 111
structure length 425
sequence length 462
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3weeA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3weeA01
3.90.640.60 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3weeA03
4RTFD 3UKUA 1Q18A 1GLAG 5JLHA 1QQNA 1NGIA 2YI1A 2P9LA 1T6DA 3GE1A 3WXKA 3MN6A 3WT0A 1HKBA 2NRHA 3BP8A 3FFKB 3UE5A 4H0PA 3IDHA 2W41A 5AQTA 3FE1A 3H46O 2QWRA 4IJAA 2IVPA 2ASPA 5AQSA 5EVZA 3VF2A 5EY4A 4BRHA 4Y0WA 2E2PA 3ZEUB 2P9IB 4PL7A 1JCFA 5F2RA 2E2NA 2QWMA 3ENOA 3U4LA 3CQXA 4L3QA 3C7NA 2NLXA 4FOEA 3SK3A 4EHTA 3U9DA 5BPMA 2D0PA 2ASMA 2P9NA 4BVPA 1MA9B 3ULEB 2FSNA 5TKYA 3O5BA 1H1VA 3FZFA 1BWFO 1X9JA 4XH5A 4FWLA 3WXIA 4JAXA 5B8HA 2ZGYA 1E4FT 1GLCG 2V7ZA 4XH1A 3WQTA 3WXJA 3MN9A 4RWTA 4FWQA 3F9MA 3LM2A 5FPMA 4RCHA 4QS9A 3GOIA 4CI6A 2FF3B 1R59O 3ZEUA 2YCHA 2P9IA 1WOQA 2I7PA 4HWIA 3VGKA 1GLBG 1XC3A 3O80A 3VPZA 4M63C 3LDNA 3ATVA 3U9ZA 4BG8A 4CZGA 5KQDA 3HSCA 3W3DA 4AM6A 5CE3A 5FPEA 1NGFA 2CGJA 2A3ZA 4MLEA 2AP1A 3U8XA 4BRQA 1YXQA 1V4TA 3KZBA 3ZETB 3ULEA 1IG8A 4BRFA 4CZHA 3H45C 3CJAA 4BRAA 2CH5A 3KVGA 1KAZA 4H0YB 2GEMA 2BUPA 2E1YA 3BF3A 4PKHA 1LOTB 4ISEA 3DXMB 4BRLA 4CZEA 2QXLA 2UYTA 3LM9A 2YHXA 3M6GA 1LCUA 4H5NA 4IZ9A 4BRGA 1NGHA 3BEXA 4XEIA 5FPNA 3FR0A 4CJ7A 3QBWA 4H0VB 4NO7A 1CZAN 4CZLA 1BUPA 4QS7A 3O08A 2Q2RA 4B1XB 3VEWA 2Q31A 1QHAA 3QBXA 3UB5A 1RDWX 3O1WA 1KAXA 1X3NA 4B1ZA 3WEEB 1YVNA 1QQMA 2YHWA 4YDUC 1OKJA 2CH6A 3OHRA 3AARA 4K41A 1XQSC 3AY9A 1ZC6A 5KPTA 3ZETA 3HTVA 4BROA 2ZF5O 1MWMA 5AQZA 5AQWA 3EO3A 2P9UB 3M1FA 5ELZA 3DXMA 3QICA 5AFUA 3CHWA 5ADXA 4FL9A 4B1VA 2OANA 2WUSA 4H5WA 2AA4A 2DPNA 5AZIB 4O5FA 5AQVA 4BREA 5JMVA 5AQJA 1BA1A 4C23A 3EKUA 4DB3A 4DCHA 5FPDA 1Z05A 4B1YB 2E1ZA 2FXUA 4CBXA 1HPMA 1SZ2A 4H0XB 4JD2B 1TUUA 4EAHD 3UKRB 3H1VX 4BRIA 4FO0A 3HM8A 1NWKA 4BVOA 1BU6O 3WEEA 5AQNA 3QDKA 4H5RA 3QFUA 1BG3A 3CJ1A 3R9PA 1RGIA 3MMVA 4BR7A 1P8ZA 4EIAA 4BGBA 3GDQA 2VCPA 4BRNA 2D0OA 1U6ZA 2P9UA 4A2BA 4CBUA 2CGKA 2FSKA 4WQ4A 5AQOA 1V4SA 1GLLO 3FGUA 4HTLA 4CZIA 3D2EA 4CZKA 4PKGA 3A5NC 1ATNA 2ASOA 5ADXH 4IXCA 4FPBA 1S3XA 5AZIA 4CZJA 2F9WA 2QW9A 2VWBA 1E4GT 3FZHA 1HKGA 1S22A 2H3GX 4WQ5A 3RSEB 4JD2A 5KPRA 4A2AA 3UKRA 3VGLA 3C0BA 4H5TA 3DWLA 3A0IX 4QS8A 4FWRA 3ZX0A 3CIPA 3AAQA 4IO8A 2GWJA 2EWSA 3VF4A 3IMXA 4FWSA 2GWKA 4Z94A 5AQPA 3FZLA 3TU5A 5JICA 3GBTA 2J4RA 3DAWA 4BRPA 2GUPA 2YJEA 2I7NA 4FPAA 2D4WA 5EOYA 1HKCA 2HF4A 5E84A 2FSJA 4J8FA 2W40A 5I9EB 1T6CA 5AQIA 1NGCA 2QWPA 1G99A 2NZTA 3EKSA 3BF1A 3HZ6A 5BN8A 4EFHA 3CETA 3SMPA 4BR9A 1BO5O 3RSEA 1IJJA 5LJVA 4I6MB 2BTFA 2P9KB 2P9PB 3IFRA 2GELA 4FWKA 4JNEA 1U2VB 2PBDA 4BR0A 5BPLA 2A5XA 3MK6A 1NBWA 3O8MA 2PAVA 1YUWA 5AQUA 5AZJB 3H6EA 1ATRA 4BC2A 3FLCO 4M7XA 1QZ6A 4CD1A 3H1QA 2A6AA 1MDUB 2FF6A 3EL2A 3VEOA 4BGAA 1NGDA 5BRHA 4BQZA 1JCGA 4K42A 5BRDA 3S41A 2V52B 3VEXA 4IWVA 4JHDB 1D4XA 3FZKA 4BRKA 4O8KA 1SQKA 2A41A 5BPNA 5AQHA 3VF6A 2IVOA 3A5OC 4BC3A 3FZMA 2P9SB 4K43A 2F9TA 3A5LC 3MDQA 1K8KB 4FWNA 1J6ZA 4F9OA 3D2EB 1BA0A 5BREA 3D7EO 3MCPA 3LDPA 4I6MA 5LY3A 1GLEG 4K25A 5AQFA 2P9KA 2P9PA 3DJCA 1U2VA 4H5VA 2HF3A 2E88A 1RFQA 4BC4A 4GY2B 5AZJA 1ATSA 2QWNA 1JCEA 3ID8A 3QFPA 4A62A 3P4IA 5EX5A 3L4IA 1KAYA 5E26A 4LC9B 4FWPA 2ZGZA 2A40A 3ZX3A 4JHDA 4WQ4C 4FWMA 3SLCA 1QZ5A 1NGAA 3SMSA 1NGGA 4ISGA 3I33A 1SAZA 1MWKA 5KQ8A 3VEVA 2IVNA 2P9SA 1EQYA 3O1BA 4DHYA 3I8BA 2Q0UA 4CZFA 1K8KA 4MO4A 4WQ5C 2Q0RA 1ZXOA 3JS6A 5AFUH 4ISFA 1C0GA 3H3OB 1NLVA 3HBTA 1NM1A 2KHOA 2YHYA 4B1WB 4JN4A 4PKIA 2QWQA 3DXKB 3JXUA 4FOIA 1C0FA 2E20A 4BC5A 4BG9A 4MO5A 5AQKA 2IIRA 5BN9A 3WXLA 4DQ8A 1BDGA 5AQMA 2E2OA 2E8AA 1NGJA 4BR2A 3IUCA 4BRCA 1DGKN 4FWOA 3VGMA 4M7YA 1X3MA 4H0TB 2QM1A 3CJBA 5BR9A 3O6WA 3VETA 1GLJO 4BRDA 1YAGA 3L6QA 1NGBA 3J8AA 4BR4A 3O4WA 3QMLA 4XH4A 1WUAA 5AQXA 4PL8A 4BRMA 3SJHA 3L0QA 2Q1NA 1HJOA 2V51B 2Q36A 3ATUA 1HLUA 3CJ7A 4MLHA 4CD3A 2Q97A 3LL3A 3MN5A 5BRFA 2HMPA 3BUZB 5EXWA 3DXKA 4H0OA 3VEYA 3HI0A 4BQLA 3D2FB 2VYPA 4CBWA 3ENHA 3VESA 3EN9A 3VERA 5LJWA 4FSVA 3CJ9A 5AR0A 2E2QA 3VOVA 1ZBSA 3B8AX 5AQRA 2ITMA 1QQOA 4KBOA 3WUHA 2V7YA 3A5MC 5AQYA 2QWLA 5AQGA 3GG4A 3CQYA 1TYQB 3QB0A 4NB4A 4A61A 3ZX2A 1TUYA 1HUXA 2YJFA 3UKUB 3MN7A 4EHUA 3CJCA 2GTDA 1DEJA 1HX1A 3CERA 2ZWHA 3KHYA 3VEZA 2P9LB 3LDOA 5KPZA 3H3NO 4WYBA 3AAPA 1BOTO 1NGEA 4BR5A 1NMDA 2FLOA 5F1XA 4B1UB 3EZWA 3G25A 3D2FA 4B9QA 5JLFA 1ESVA 2A42A 3CI5A 1T44A 2CGLA 2QWOA 4E1JA 5AQLA 3R8EA 3R6MA 4IJNA 3W0LA 4GNIA 4H03B 4CZMA 3VENA 1DKGD 2D1KA 2HOEA 3M3ZA 3A8YA 1GLFO 3C7NB 1TYQA 4YDUA 1KXPA 1XUPO 3LDQA 3TPQA 5AQQA 2P9NB 3GL1A 4AM7A 1Y64A 1Z6RA 3LDLA 3WQUA 5F0XA 1GLDG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RTFD 1T8EA 1NGIA 1WB9A 3OYEA 4DTXA 3PSIA 4L8RB 3MN6A 1HKBA 3BP8A 3RMCA 2G8KA 2W41A 4B9TA 2WTUA 4ELTA 4N47A 3RTVA 3NDKA 3SPYA 4OKKA 3HSTB 5HBMA 4EZ9A 3CQXA 3SK3A 4CJKA 1RTDA 3U9DA 3VQ6A 4LH5A 2ASMA 1MA9B 5E41A 4HHTA 2HB5A 1D5AA 1HPZA 4XH5A 1LWFA 4JAXA 1SS6A 1TL3A 5B8HA 5GADP 1NJZA 3K5NA 1M1KO 1GLCG 3MN9A 1BL3A 4DV4K 4Z4IA 3LM2A 5FPMA 3V1RA 5HP1A 3QESA 3GOIA 4AHUA 3S5TA 2QA4N 3OYCA 3U6FA 1R59O 3NMUA 3OS2A 3ZEUA 1TGOA 1GLBG 4MDAA 3O80A 3QERA 3V9XA 3OYBA 4Z4GA 2Z1JA 2KQ2A 4LH4A 1NGFA 2CGJA 1YTAA 4E7IA 3VQ4A 4CJQA 3HP9A 3U8XA 4BRQA 2ZJQL 3LP0A 3J81O 4O4GA 3O9SA 4BRFA 4FLTA 3H45C 3T7ZA 1KTQA 4UQGA 2VQEK 5I42A 2QEXN 1Z26A 2VG7A 1W2BM 2E1YA 4CF2A 4B3SK 1LOTB 3DXMB 4U67L 1W9HA 3U3YA 4KREA 2YHXA 3KKSA 3KWGA 3M6GA 4H5NA 4BRGA 2WBNA 5HLFA 2PYLA 1NGHA 3RMBA 3TTCA 3BEXA 3VQ9A 4NCBA 2IC3A 5FPNA 3TI0A 4ZTFA 4CJSA 4JK8A 3QBWA 1B9DA 1FJGK 3SNNA 1RNHA 3I8DA 1VQNN 4QS7A 3K59A 4KHSA 2Q2RA 3KD5E 3SV4A 4C8MA 2VQFK 1QHAA 3OYHA 3QIPA 2HHUA 4PY5A 1RDWX 1KAXA 1BCOA 4B1ZA 4K0KK 4B08A 5KRTA 1CXQA 2YKMA 1XC9A 3OHRA 4FLYA 3SUQA 3LANA 2O8DB 3AY9A 4E7HA 1OH5A 3B6OA 4LD0A 4BROA 4DFPA 4DF8A 1O13A 4JLHA 2UXCK 2X74A 3M1FA 1Y97A 3LDSA 3DRSA 4OJRA 3CHWA 4FL9A 3ZT0A 3QEVA 1BHLA 1RDCA 2AA4A 2DPNA 3THXA 1TKTA 4EP4A 4GMJB 4FW2A 2BANA 4DCHA 3THYB 1S1VA 1Z05A 3VTHA 4CBXA 2IAJA 3AGRA 1REVA 3ALYA 4JD2B 2JWKA 5M1OA 3UKRB 4DR2K 1NWKA 4Z0UA 5DM6L 3CJ1A 4X62K 3L4QA 2BDPA 4E1NA 2HBKA 4WFAL 1YF5L 3DLRA 4ELUA 3KLFA 4A2BA 2CGKA 4NLCA 1TK8A 2FSKA 1GLLO 4FJ7A 2ASOA 4CK1A 2G8WA 4IXCA 1DT9A 4DUZK 1E4GT 1HKGA 1S22A 1CLQA 1A5WA 3P5JA 1IO2A 1U47A 5KPRA 4KHQA 4GV9A 4JI4K 3OA9A 2HSTA 5K14A 1QHTA 3DWLA 4XIUA 3A0IX 1WN7A 4FWRA 3ZX0A 3CM6A 1NK5A 2OPQA 4WCEL 3VF4A 1WSEA 4CF1A 4JKHA 2KFNA 3QINA 5LMUK 3FZLA 3TU5A 3O3FA 5JICA 3D6RA 4N56A 4I9QA 3CC2N 2YNIA 2YJEA 4CFCA 5EOYA 2QI2A 1QSSA 4M3YA 4J8FA 3IS9A 1VSFA 2G8HA 3QEIA 4B9MA 2GX9A 2W6LA 4EFHA 4DTSA 1RBUA 3CETA 1VK0A 2XY8A 4I6MB 1NU0A 5H1SQ 4ILHA 3O9RA 1QTMA 5JVGL 4FZZA 4JKEA 2GELA 4KV8A 2PBDA 1TK5A 1K8AO 3I0RA 3MK6A 4LF7K 3VMFB 3O8MA 4U7BA 1HNIA 1YUWA 5AQUA 3H6EA 1CZ9A 5M1QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RTF D;  1T8E A;  1NGI A;  1WB9 A;  3OYE A;  4DTX A;  3PSI A;  4L8R B;  3MN6 A;  1HKB A;  3BP8 A;  3RMC A;  2G8K A;  2W41 A;  4B9T A;  2WTU A;  4ELT A;  4N47 A;  3RTV A;  3NDK A;  3SPY A;  4OKK A;  3HST B;  5HBM A;  4EZ9 A;  3CQX A;  3SK3 A;  4CJK A;  1RTD A;  3U9D A;  3VQ6 A;  4LH5 A;  2ASM A;  1MA9 B;  5E41 A;  4HHT A;  2HB5 A;  1D5A A;  1HPZ A;  4XH5 A;  1LWF A;  4JAX A;  1SS6 A;  1TL3 A;  5B8H A;  5GAD P;  1NJZ A;  3K5N A;  1M1K O;  1GLC G;  3MN9 A;  1BL3 A;  4DV4 K;  4Z4I A;  3LM2 A;  5FPM A;  3V1R A;  5HP1 A;  3QES A;  3GOI A;  4AHU A;  3S5T A;  2QA4 N;  3OYC A;  3U6F A;  1R59 O;  3NMU A;  3OS2 A;  3ZEU A;  1TGO A;  1GLB G;  4MDA A;  3O80 A;  3QER A;  3V9X A;  3OYB A;  4Z4G A;  2Z1J A;  2KQ2 A;  4LH4 A;  1NGF A;  2CGJ A;  1YTA A;  4E7I A;  3VQ4 A;  4CJQ A;  3HP9 A;  3U8X A;  4BRQ A;  2ZJQ L;  3LP0 A;  3J81 O;  4O4G A;  3O9S A;  4BRF A;  4FLT A;  3H45 C;  3T7Z A;  1KTQ A;  4UQG A;  2VQE K;  5I42 A;  2QEX N;  1Z26 A;  2VG7 A;  1W2B M;  2E1Y A;  4CF2 A;  4B3S K;  1LOT B;  3DXM B;  4U67 L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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