4AM6A

C-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
molecule tags Nuclear protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 186
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am6A02
5BRDA 1GLAG 4FOIA 3O4WA 5F0XA 3MN5A 3DJCA 1HX1A 3VPZA 1GLBG 4FWLA 5AQXA 4C23A 2NLXA 2P9IA 3CERA 1Y64A 3LDPA 1TUYA 2A3ZA 4CD1A 4EIAA 5KQDA 3FZFA 4K42A 4L3QA 3WQUA 3EO3A 5EOYA 2YCHA 5BN9A 1K8KA 2A41A 1HKBA 4PKHA 4WQ4C 4BRAA 1QZ5A 3DXKB 4NO7A 5AR0A 1QZ6A 3B8AX 4B1XB 4M7XA 4BRQA 4CBUA 2FF6A 3HM8A 4Y0WA 4GY2B 4FPBA 2HF3A 2YHXA 4GNIA 4B9QA 5BPMA 4FWPA 2D1KA 3D2EA 1XUPO 3VEOA 4I6MA 4CBXA 5BN8A 3VEZA 2QW9A 1HUXA 2DPNA 2P9IB 3C0BA 3FGUA 3RSEB 1LCUA 2QWQA 3A5MC 1GLLO 4CZMA 4MO5A 1NGGA 4BR0A 4CZIA 4CZJA 1E4GT 4QS9A 1K8KB 1X9JA 2W41A 4Z94A 3WXIA 3FZHA 3ATUA 3VF6A 4FWOA 3DXMA 3S41A 2PBDA 5AQLA 4BC2A 3MN7A 5ADXA 2ZF5O 3L4IA 3AAQA 5EVZA 3QB0A 3D2EB 3VEWA 3WXJA 4BRFA 3A5NC 2ASPA 3JXUA 5E26A 3O80A 4I6MB 5ADXH 2A42A 2Q1NA 1KAZA 3MDQA 4FSVA 4JD2A 3IFRA 3SK3A 4RCHA 1NGHA 1J6ZA 2A6AA 3VF4A 2QWPA 5AQOA 4A62A 2W40A 1BDGA 3R8EA 1HPMA 1U2VA 2EWSA 5AQJA 2YHYA 3GE1A 2CGLA 4ISGA 3FLCO 5AQNA 3GL1A 5B8HA 1RDWX 1KXPA 2GUPA 5JICA 3ULEA 5BRHA 1SZ2A 1Q18A 4JD2B 3SLCA 3G25A 2UYTA 1H1VA 3U9DA 4FWQA 3CHWA 4IXCA 3C7NA 2CH6A 2QM1A 4H0VB 5AQYA 1X3NA 3SMPA 5AFUA 4IZ9A 2CGKA 5AFUH 5EX5A 3GG4A 1ZC6A 1ESVA 2A40A 1U2VB 4PKGA 3O1BA 1HKGA 2VCPA 4BREA 3W3DA 3GBTA 2PAVA 3VEXA 3H3NO 4H0PA 1GLCG 1JCEA 1C0GA 4BQZA 3ULEB 1YUWA 2FF3B 5I9EB 5LJVA 4F9OA 4CI6A 1T44A 3EN9A 2E2NA 4PL7A 1GLEG 5KQ8A 3ZX3A 4O8KA 2Q0UA 5ELZA 1T6CA 3AY9A 1BG3A 2P9PA 3H1QA 3I8BA 5AQQA 3QFPA 3HSCA 2BTFA 3CETA 3HI0A 2FSKA 3CJCA 4DB3A 4K43A 4YDUA 1YAGA 3CI5A 3VGKA 3BF1A 2NRHA 4FO0A 3VF2A 2YJEA 2V7YA 3R6MA 4RTFD 3LDQA 4H5TA 3MMVA 3AARA 4FWNA 4JAXA 3CIPA 3ZX2A 2P9UB 1GLDG 1V4TA 1OKJA 2E20A 5JMVA 2P9PB 3KVGA 3LL3A 3VERA 4B1VA 4BR9A 3H46O 1CZAN 4BG8A 2GEMA 4FWRA 4XH5A 3FZMA 3FZKA 1ATNA 3VEVA 4H5RA 3MK6A 3A8YA 2GELA 1HLUA 5AQZA 3SMSA 3WEEA 2QWOA 3D7EO 2WUSA 1DKGD 4XH4A 2HF4A 2QXLA 4H5VA 1BA0A 3VENA 2FSJA 2FXUA 1DGKN 3D2FA 3ZEUA 4BRKA 4BRDA 3H3OB 4JN4A 3UKRA 3SJHA 4M7YA 4XH1A 1V4SA 3UKUA 4H0YB 4FOEA 3A5LC 3KHYA 3WXLA 2KHOA 2ASOA 1E4FT 3U9ZA 1YVNA 3O6WA 1C0FA 3WQTA 2CH5A 2IVPA 4BRGA 2QWRA 3WEEB 3BEXA 4QS8A 5AQRA 4DQ8A 3FFKB 1RGIA 3CJ1A 3FZLA 3FE1A 3M6GA 3P4IA 4EAHD 1BU6O 2V51B 3DXMB 3D2FB 3LDLA 3ZEUB 1MWKA 3UKRB 4ISEA 4BR2A 2HMPA 3UKUB 2A5XA 4DCHA 4FWKA 3O1WA 4IO8A 4WQ5A 1ZXOA 1SQKA 2J4RA 5KPZA 3BF3A 5AQFA 4FWMA 1XQSC 3ENOA 2P9KA 4H0TB 4WYBA 5EXWA 4CZHA 4MLEA 4BVPA 3O8MA 4K25A 3ZETA 3M1FA 1R59O 3L6QA 1IG8A 4BVOA 5KPTA 5LJWA 1BA1A 3QBWA 1LOTB 4IJNA 5BPNA 4FWSA 3H6EA 3J8AA 1TYQA 4CZKA 1ZBSA 4BGBA 4PKIA 2Q31A 4FPAA 5AZIA 4EFHA 3HTVA 5TKYA 3U4LA 4CBWA 5CE3A 3F9MA 2ZWHA 4BRNA 2IVNA 2NZTA 3IMXA 1NGBA 5FPDA 4ISFA 2QWNA 2F9TA 3LDNA 4CZEA 3WXKA 3AAPA 4J8FA 3BUZB 3OHRA 4YDUC 2P9KB 3C7NB 1P8ZA 1EQYA 3ZETB 1T6DA 3A5OC 1NGFA 3MN6A 3ATVA 5EY4A 2AA4A 4AM6A 2V7ZA 3KZBA 2Q0RA 3QMLA 3JS6A 4O5FA 1TYQB 1DEJA 1JCGA 1KAXA 2VWBA 5AQUA 2IVOA 5BPLA 3VESA 5AZIB 2GTDA 2D0OA 3O5BA 4A2BA 5AQGA 2Q36A 2P9NA 3EKUA 4MLHA 1KAYA 1NGIA 3HZ6A 4KBOA 4BQLA 3WT0A 4B1WB 4BRMA 3CQYA 3CQXA 2QWMA 1ATRA 2IIRA 1NGDA 5JLFA 5AZJA 3W0LA 4B1ZA 1YXQA 2D4WA 3H45C 3RSEA 2FLOA 4CZLA 1QQMA 1U6ZA 1HKCA 1QQNA 1S3XA 1Z6RA 4RWTA 4BRHA 3EZWA 3LM9A 2E88A 5AQIA 2E2OA 4E1JA 1WOQA 2I7NA 3M3ZA 1MWMA 2P9SA 1Z05A 2P9NB 1NGEA 2ZGZA 4AM7A 4BC3A 3VGMA 5FPNA 4WQ4A 1S22A 1NWKA 5E84A 5AZJB 2CGJA 5FPMA 3VEYA 3ZX0A 4BRCA 2E8AA 4LC9B 5AQKA 4H0OA 5F2RA 5BREA 2YI1A 1GLFO 3DAWA 2YJFA 1QQOA 2P9LA 4PL8A 5AQVA 3U8XA 4BR4A 4BRIA 4DHYA 3FR0A 4A2AA 4EHTA 4FL9A 4BG9A 2P9SB 2D0PA 4A61A 5JLHA 3BP8A 3ID8A 4MO4A 5KPRA 1MA9B 3QDKA 3QICA 2OANA 5AQWA 3VGLA 4CZGA 1NGAA 3MN9A 4WQ5C 1WUAA 3MCPA 4QS7A 1D4XA 3EKSA 3O08A 1NGCA 2AP1A 3DWLA 2ZGYA 3UE5A 1XC3A 5AQPA 3CJ7A 1BUPA 2F9WA 5LY3A 4H5NA 1BO5O 1SAZA 2Q2RA 1NGJA 4CJ7A 4BC5A 3VETA 2P9LB 4HTLA 4BRLA 3IUCA 1QHAA 1BOTO 2YHWA 1IJJA 5AQMA 2E1ZA 2H3GX 4B1UB 1NM1A 4BROA 5BR9A 2ASMA 3CJBA 2FSNA 2E2QA 4JHDA 1ATSA 3QFUA 2E2PA 3ENHA 3LM2A 5AQSA 2BUPA 4XEIA 4EHUA 1NLVA 3CJAA 4JNEA 1NBWA 2VYPA 2HOEA 2GWJA 2Q97A 4M63C 1BWFO 3EL2A 4BR5A 4IJAA 1X3MA 3TU5A 1NMDA 3A0IX 2I7PA 3L0QA 4K41A 3GOIA 3QBXA 5BRFA 3I33A 4HWIA 1HJOA 1JCFA 1MDUB 1RFQA 1GLJO 3H1VX 5AQTA 3VOVA 3R9PA 3WUHA 4JHDB 4BGAA 2QWLA 3IDHA 4BRPA 3GDQA 4BC4A 4H03B 2V52B 3LDOA 4B1YB 4H5WA 4BR7A 2GWKA 1TUUA 3HBTA 5FPEA 2P9UA 5AQHA 3DXKA 2ITMA 4H0XB 5F1XA 3UB5A 4NB4A 3CJ9A 1G99A 4CZFA 3TPQA 4IWVA 4CD3A 2E1YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SQ2A 1JLGA 3F9KA 4FOIA 4IG3A 4FWLA 4NLCA 5HROA 3EYZA 4N56A 3CQ8A 3AA2A 3FZFA 1EX4A 4K42A 3KLEA 3QEWA 1IO2A 3VQQA 1QQCA 4RG8A 3P1GA 2A41A 1TKZA 3DXKB 3CCJN 3HO1A 5AR0A 1QZ6A 4CGFA 2HSTA 1BHLA 4JKGB 4BRQA 4CBUA 4NLBA 4M3UA 1RBUA 4FPBA 2YHXA 4GNIA 3ZSQA 3VQ9A 1XUPO 4CF1A 3CF5L 4CEQA 1EKEA 5BN8A 3VEZA 1YITN 1HUXA 3FGUA 3RSEB 1GLLO 3NGYA 1LWFA 1RDAA 3AVAA 4BR0A 1U48A 3MXMA 3L2VA 1EXQA 3AVNA 4FXDA 5AQLA 4CE9A 3HPGA 2E4LA 2VGMA 2E6MA 5EVZA 3VEWA 1JJ2M 5KRTA 1NJXA 1FXXA 1S1WA 3Q7BA 5E26A 5TKWA 4KHPK 3DYAA 3MDQA 4ICLA 3T7ZA 4I7FA 3BDPA 3OS1A 3OTOK 2DFHA 1HPZA 4E0DA 1X9WA 4ZTFA 2HHXA 3P39A 3R8EA 3GE1A 3FLCO 4DTSA 4B9SA 1KXPA 5KI6A 3K0SA 1VSFA 3NH0A 1HQUA 1SZ2A 3SLCA 3ZSZA 2KW4A 3H08A 4H0VB 2CH6A 1DT9A 5AFUA 2BGGA 1NOZA 3M8RA 4CJ4A 4K8XA 1ESVA 2XY7A 2A40A 2VCPA 4BREA 5J1EA 3GBTA 3VQDA 1ASVA 3HOTA 3CCRN 4H0PA 2HHTA 2O8FA 3U6FA 4EZ6A 4F9OA 3LZJA 5I3UA 1IBKK 3PIPL 2E2NA 3OVNA 5KQ8A 4O8KA 1QVGM 4DF8A 3T69A 3I8BA 4JI3K 5JS1A 3U3YA 2BTFA 3HI0A 2FSKA 3KIOA 4CECA 4V19S 3RR8A 4AF1A 4HUEA 1JLEA 1RBRA 3VGKA 3V9SA 4JK9A 3BF1A 4FO0A 3VF2A 5HRNA 5C15A 2NRRA 4YOXA 4YOVA 4KRFA 4RTFD 4GV6A 1R0AA 2O8FB 1QVFM 3VQCA 3LDQA 4FJIA 4DLEA 5M1KA 1Q86O 3AARA 1CXUA 4JAXA 2P9UB 3ULDA 1VQ4N 1GLDG 1V4TA 5HLFA 2XY5A 4AHTA 5JMVA 3KVGA 4DTRA 4LF4K 4GV3A 4F4KA 3S3OA 4DR5K 3PO5A 4CK3A 3SAFA 3CFPA 2OZMA 1ATNA 3K9KA 4BE7B 4H5RA 3OYMA 3A8YA 4M3WA 3VQ7A 2O8EA 3WEEA 1YJNN 3QEPA 3QIOA 2QXLA 1E3MA 2FC0A 3AO4A 3ITHA 4KFBA 5CHIA 3D2FA 1WSEA 1NG9A 3SJHA 4M7YA 3A5LC 3KHYA 2ASOA 2CH5A 2ETJA 4JK7A 4FCYA 4PHTX 5E41A 3WEEB 3BEXA 2O8EB 3FFKB 1HMVA 1RGIA 2OCEA 3FZLA 4OPKA 4Z4HA 3FE1A 5IT9O 2WBNA 1BU6O 2V51B 3OYDA 3D2FB 1FJGK 3THWA 2HMPA 1RDCA 1IKXA 1C1BA 4X62K 3OA9A 3C95A 3O1WA 4WQ5A 4PWDA 1SQKA 1OH7A 3ZT1A 5C25A 3SCXA 3OYHA 2DFEA 4LF8K 4BVOA 4FM0A 3L6QA 1IG8A 4C8LA 3PSIA 4M3ZA 1D8YA 3QBWA 5DMRA 2F4VK 1LOTB 4AHRA 4IJNA 4NCAA 4LSLA 5C0YA 4B3TK 3HJFA 4BGBA 2B5JA 1YTAA 3QERA 5CE3A 1BGXT 3QEXA 1SS6A 4ZTJA 2NZTA 3RMAA 2HW3A 4AH9A 5C12A 3DLBA 4CJ3A 3V6DA 1RILA 3IS9A 1P8ZA 1EQYA 2FBVA 4OKEA 3MN6A 1NGFA 4DV5K 3KWIA 3L8BA 4AM6A 4N76A 2HBKA 3MEGA 4O5FA 2D0CA 2WFBA 1KAXA 5AQUA 5BPLA 2G8WA 2KTQA 5LL6Z 2D0OA 3O5BA 4I9QA 1KLMA 1WBBA 5AQGA 1NKBA 2BDPA 3G0ZA 1KAYA 3L2UA 1NGIA 2ZJPL 3HXMA 4DFMA 3WT0A 1S1XA 2RF2A 4RW9A 1NGDA 4B1ZA 3J7ZO 3AO2A 4CZLA 1QTMA 5I42A 1HKCA 1B9DA 3M5RA 3VTIA 2OPRA 1S72N 1QQNA 1S3XA 1Z6RA 4FK0A 4Z4EA 4J2EA 1OVQA 2E88A 5AQIA 4E1JA 2I7NA 1DTTA 1W2BM 4GV9A 2FBXA 2VWJA 4IOXA 4FJ9A 1WSHA 3VQEA 3CM5A 5E84A 4DV7K 5FPMA 3J7AP 4PA1A 3ZX0A 4DU4A 5AQKA 1GLFO 2YJFA 4WFAL 2IAJA 3NF6A 5HL7L 2OZSA 5C10A 3ID8A 4MO4A 5KPRA 3KWGA 5AQWA 3CFRA 3K5NA 1KRPA 3ZT2A 4WQ5C 1WUAA 4CIGA 5GAEP 4O55A 3EKSA 1NGCA 3HPOA 3OYNA 3DWLA 3NF9A 1VHXA 1U49A 1S5JA 3NH2A 2Q2RA 2QA4N 2JWLA 4U67L 4JYAK 3QNNA 1J5OA 1Z26A 2YHWA 3AO3A 3CMAN 2W42A 3THVA 3AVKA 5AQMA 1QHTA 2NNWA 2ASMA 2A1RA 3O3HA 2E2QA 1NK0A 1ATSA 3QFUA 4IEIA 3OYJA 1RT5A 3AV9A 2LSNA 4XEIA 4ILJA 3DLHA 1XWLA 3KLHA 5DM7L 2HHSA 4CEOA 2HOEA 2VG7A 2Q97A 3EL2A 3TSQA 4BR5A 4DMNA 1UA0A 5GAHP 3WNHA 1NMDA 4BDPA 4K41A 5BRFA 4CGGA 4KHWA 4HWIA 1JXEA 3PY8A 3VQPA 3WUHA 1XI1A 3IDHA 2QKBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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