4AM6A

C-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
molecule tags Nuclear protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 186
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am6A02
3LDQA 3GG4A 3VEVA 3ZETA 2Q0UA 3FR0A 2F9TA 4BR4A 4WYBA 4BR0A 4QS7A 3G25A 2P9NB 1S22A 4IZ9A 1HUXA 3DWLA 1YUWA 3EKUA 4FWNA 4XH5A 4YDUA 1HKGA 5BRFA 2Q97A 4C23A 4FWKA 3EO3A 3CJBA 5AFUH 3RSEA 2E20A 4MLEA 3KVGA 5AQPA 1NGFA 1TUUA 3U9ZA 3JXUA 4CZFA 4K41A 3VF2A 1DEJA 3FGUA 1U2VB 5JLFA 1HLUA 5AZIB 2P9SB 3CIPA 1JCGA 5ADXA 4FPAA 3VEOA 4JD2B 3FZMA 1BG3A 1MWMA 2ZF5O 4FSVA 3GOIA 5EXWA 4Y0WA 4Z94A 3W0LA 3CQXA 3HI0A 1Z05A 5F2RA 2E1YA 1NGGA 4EHUA 3KHYA 4CBWA 1NLVA 4CI6A 2QXLA 1HPMA 1H1VA 2ITMA 4IXCA 3H46O 3DXMB 4O8KA 1NGCA 5KQDA 2H3GX 1KXPA 3CQYA 4DCHA 4WQ5A 3CJ9A 5E26A 2P9NA 4FWRA 4I6MB 3GE1A 3O6WA 2ASOA 2UYTA 1NGIA 1X3MA 3VOVA 3R9PA 3C7NB 3HBTA 3SK3A 5AR0A 2HF4A 1MWKA 2YJFA 3AAQA 5AQFA 1P8ZA 1NBWA 2AA4A 3I33A 2CH5A 4FO0A 5AQXA 2EWSA 3D2FB 4H5NA 1BO5O 1U2VA 4GNIA 1GLJO 3M3ZA 3O1BA 5AZIA 1HX1A 2P9SA 4CZIA 4BROA 4PKHA 4BRPA 4JD2A 3HTVA 3HM8A 4FWPA 2VWBA 1HKCA 1ZXOA 3VPZA 2BUPA 4BRHA 5KPTA 2Q1NA 4K25A 5TKYA 1KAXA 1NWKA 4FPBA 3FZFA 1XQSC 3IUCA 4EAHD 4BGAA 5KQ8A 2CGKA 3DXMA 2YCHA 5AQTA 4GY2B 4BR9A 2A5XA 2FF6A 3MN7A 1WOQA 2ZWHA 3CJ1A 5LJWA 2CH6A 1C0FA 2IVOA 3D2EB 3A8YA 4MO4A 5AQOA 3VEWA 2YHXA 4I6MA 3VETA 4WQ4A 5E84A 3QMLA 1G99A 2KHOA 3WQUA 1ATSA 2Q36A 3BUZB 3AAPA 3C7NA 1MA9B 4CZMA 3H1QA 2QWPA 3SMSA 2IVPA 4FWSA 2FSKA 3D2FA 5EOYA 4H03B 3QFUA 4IO8A 1ZBSA 5FPMA 1ATRA 5AQQA 4BRDA 1BWFO 5BPLA 3FE1A 5AQKA 2QWLA 3EKSA 2Q31A 4PL8A 4NO7A 4J8FA 4B1UB 3WEEB 4ISEA 1T44A 3A5OC 5BR9A 4XEIA 3BF3A 1SZ2A 4M7XA 5EX5A 1NMDA 4BG8A 2E1ZA 4FOEA 3CHWA 3O5BA 4BR2A 1RGIA 4CZKA 5AQMA 5B8HA 3GBTA 1QZ5A 1KAZA 3WXJA 3WXKA 2QWMA 3CJCA 2E2QA 2P9KB 2ZGYA 4BR7A 2V52B 3D2EA 3IFRA 4JNEA 5KPRA 4PKGA 3WQTA 2HMPA 5AQNA 4QS9A 3QBXA 4B1ZA 4MO5A 5BPNA 1ZC6A 2ZGZA 1V4SA 5EY4A 4BRAA 1Q18A 1XC3A 2QW9A 1X3NA 3SMPA 2E88A 4H0YB 1TYQB 1JCFA 4M7YA 5JICA 3H3OB 4CZLA 1GLCG 5JMVA 3BF1A 1QQNA 4BC2A 4BREA 4M63C 2HF3A 3R8EA 3MMVA 5AQYA 2NRHA 1Y64A 3VESA 3ZX2A 4JHDB 3LM9A 3QICA 2V7ZA 1K8KB 5AQHA 4IWVA 4BC5A 1EQYA 5LY3A 3A5LC 2VCPA 3WEEA 2VYPA 1GLAG 1NGJA 1NGDA 4FWQA 4RTFD 2A41A 1GLBG 4BRGA 2DPNA 3LDNA 2YI1A 4JAXA 5AQUA 5JLHA 3QBWA 3GDQA 3C0BA 1E4GT 3VF4A 4BRFA 2F9WA 4BGBA 4PKIA 4BG9A 2P9KA 1OKJA 3CJAA 1QHAA 3J8AA 3ZX3A 2E8AA 4BRKA 2IVNA 3IMXA 4WQ4C 3CETA 4L3QA 3VERA 3W3DA 3LL3A 4H0TB 2V7YA 3UE5A 2GTDA 4BC3A 1J6ZA 3LDLA 3QDKA 1BA0A 1NGEA 1WUAA 4CBUA 3A5MC 4AM7A 1YVNA 1LOTB 2NLXA 1BA1A 2A42A 3O8MA 2GUPA 1TYQA 3UKUB 4CBXA 1SAZA 5AQVA 3B8AX 4BVOA 3I8BA 1QZ6A 2P9UB 5AQSA 4BQLA 3ULEB 4BVPA 5BPMA 4IJNA 2FLOA 3VF6A 5FPEA 4JHDA 1ATNA 1HKBA 3ENHA 3O1WA 2CGLA 3R6MA 2P9PB 1K8KA 1BDGA 1GLDG 3UKRB 4BRCA 4YDUC 1T6DA 2D4WA 3ID8A 2E2NA 3BP8A 2WUSA 3ATVA 3S41A 4B1WB 3DAWA 3HSCA 3EL2A 1JCEA 4H0PA 4CD3A 1CZAN 1GLFO 3D7EO 3WUHA 3HZ6A 4H0OA 3EZWA 2D0PA 3SJHA 4A61A 3MDQA 1MDUB 3CJ7A 2QM1A 3A0IX 3LDOA 4H0XB 1V4TA 5AFUA 1DKGD 3FLCO 2GWKA 2ASPA 4BQZA 3VGLA 2W40A 2J4RA 3AY9A 5ELZA 2QWNA 2I7PA 2A40A 5I9EB 2Q2RA 4H5RA 4BRMA 3UKUA 2QWQA 2P9UA 4H5TA 3ULEA 1BUPA 1GLEG 2GWJA 2A6AA 3LM2A 4WQ5C 3M1FA 1TUYA 2OANA 4NB4A 4FWOA 5KPZA 2P9PA 1T6CA 1XUPO 3CI5A 3UKRA 1QQMA 1NM1A 2BTFA 3F9MA 1X9JA 5FPNA 2QWRA 3L0QA 2P9LB 4E1JA 3VEXA 2FSJA 1HJOA 2PAVA 5EVZA 4A2AA 1U6ZA 3MN5A 4LC9B 4EHTA 4IJAA 4B1XB 3WXIA 4ISFA 3DJCA 2P9IB 4EIAA 2FXUA 3H3NO 4XH4A 3OHRA 3DXKB 4CZJA 4BRNA 3O4WA 3ENOA 4CJ7A 3FFKB 1QQOA 3FZKA 3FZLA 4JN4A 4FOIA 1SQKA 3H6EA 4B9QA 3H1VX 5F1XA 2QWOA 3IDHA 5AQGA 4RWTA 2W41A 3SLCA 1Z6RA 2E2OA 3O80A 1S3XA 3TPQA 2YHWA 3TU5A 5ADXH 3QB0A 3MCPA 3L6QA 4QS8A 4A2BA 1LCUA 1KAYA 2ASMA 1RDWX 5AZJB 4A62A 3MN6A 1R59O 2V51B 5AQLA 1IJJA 3ZEUB 3UB5A 2AP1A 3ATUA 3CERA 5AQJA 5BN8A 1D4XA 5LJVA 3QFPA 2NZTA 3M6GA 1BOTO 2D0OA 3VEYA 2FF3B 4H0VB 1BU6O 1YAGA 2FSNA 3ZX0A 2P9LA 3H45C 4HTLA 2GELA 4BR5A 1IG8A 2Q0RA 3AARA 5BREA 3L4IA 4BRLA 3VEZA 1C0GA 5F0XA 4H5VA 3VGMA 2P9IA 2I7NA 5AQWA 1NGHA 4K42A 4MLHA 2A3ZA 3KZBA 3ZETB 4DB3A 3DXKA 4FWLA 4K43A 4O5FA 1RFQA 4FWMA 4RCHA 3FZHA 4DQ8A 3O08A 2E2PA 3A5NC 5BRHA 5AQZA 3U4LA 3LDPA 3VENA 4CZEA 4ISGA 3WXLA 3MK6A 4BRIA 4DHYA 3RSEB 5CE3A 4XH1A 5FPDA 1NGBA 2D1KA 4H5WA 2HOEA 2YHYA 5AZJA 4FL9A 4KBOA 4AM6A 1E4FT 3ZEUA 3GL1A 5AQRA 3U9DA 3BEXA 3VGKA 1YXQA 2CGJA 1DGKN 2IIRA 3U8XA 4BC4A 3P4IA 3WT0A 4CD1A 4B1VA 5BRDA 4PL7A 4CZHA 4B1YB 5BN9A 3JS6A 4EFHA 5AQIA 4BRQA 4CZGA 1GLLO 2YJEA 2PBDA 2GEMA 3MN9A 3EN9A 4HWIA 1NGAA 4F9OA 1ESVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K9MO 1S1UA 2DFHA 1EWRA 1OVYA 3ZETA 2NRVA 5IT9O 4PWDA 1WSHA 2ATQA 3T1HK 3LP0A 4IZ9A 2R7YA 2QKBA 3K9KA 1HKGA 2Q97A 4FWKA 3CJBA 2XY6A 4MFBA 3RSEA 1RT5A 2RHKA 5AQPA 2O4GA 2NRWA 2ZJQL 1HRHA 1DEJA 5LMUK 1VSJA 2ZE2A 3MEDA 4JI7K 3G71N 1JCGA 2O8CA 4FPAA 3VEOA 2ETJA 4JD2B 3FZMA 4DKWA 4DSKA 3B6OA 1KC8O 3HI0A 3HJFA 1RBUA 3NHGA 1EXQA 2E1YA 4W5OA 2GV9A 3DRRA 4EHUA 1XNQK 3KD5E 2QXLA 4IOAL 1LW2A 3S9HA 2KW4A 1KLMA 1L3TA 1NGCA 4N41A 3CQYA 3E9PA 4DCHA 3NAEA 2G8WA 2NNWA 5HRPA 2YHAA 4GKKK 3VOVA 3EE9A 3VQ8A 3AVAA 4FLTA 4Q5VA 2HF4A 2OZSA 5AQFA 1IKWA 4DQRA 1XMQK 4CFDA 1NK6A 3WXMB 5KI6A 2CH5A 3V1RA 1XC9A 3D2FB 3V9UA 1U2VA 3MEGA 5AZIA 4X62K 2P9SA 1B9DA 2FBXA 2G8VA 4AQYK 4ELVA 3THWB 2XHBA 2GUIA 3G4SN 4HVJA 3NCIA 5CY4A 4JKDA 1D9FA 5DM7L 1LW0A 3J7AP 1KAXA 3CC7N 1RNHA 3HK2A 3RRHA 2CGKA 3DLHA 4GY2B 1T03A 2ZD1A 1WOQA 2ZWHA 3M8QA 5CZ1A 3CCVN 4LFAK 5LJWA 1RTJA 1C0FA 4MO4A 3OYNA 4B3TK 3BY5A 1VQ7N 4DQSA 3AAPA 4CZMA 4DV0K 4E7HA 2VG7A 3NH2A 1WSGA 1C0TA 3FFIA 3SMSA 3N4QA 3CCUN 3CC4N 3O3GA 3K0SA 2KZMA 1VAZA 1O1WA 3TARA 4CJTA 2DTUA 4JS4A 4W5TA 4DTOA 3ISNC 1C6VA 3TAGA 1YT3A 5GINA 2QWLA 3EKSA 4Z0UA 1N5YA 2Q31A 4OVLA 4ISEA 1Q8IA 3A5OC 1IBKK 5EX5A 1NMDA 3AVMA 2KZZA 1JLQA 5C15A 2HVHA 4BR2A 1B92A 2YNFA 1DTQA 2UUCK 1QZ5A 3CQ8A 1KAZA 3WXKA 1IKVA 3S3MA 2ZGYA 4B08A 2UXDK 1IV0A 2A1RA 3IFRA 4IKFA 4B1ZA 4MO5A 4M3ZA 1T3VA 2KKZA 3TSQA 4Z4FA 2ZGZA 3C94A 3TSPA 1V4SA 2HW3A 3VQQA 4IBNA 1X3NA 2E88A 4E0DA 3O9RA 4M7YA 4CZLA 1UA1A 1VK0A 4FVMA 4KTWA 4CF1A 1RDBA 4CIFA 4DLGA 4FJ9A 1ZYQA 2NRHA 3VESA 4E19A 1S1TA 1A5XA 4BEBA 3VQDA 5AQHA 4IWVA 4BC5A 4BDZA 4IG0A 1NK9A 3WEEA 4DTSA 1IG9A 4B3SK 4DSIA 2G8IA 1NGDA 4FWQA 4JI2K 4DV4K 3THYB 4RTFD 2A41A 2PY5A 4YNQA 3LDNA 4N76A 4N5SA 2YI1A 2E4LA 5AQUA 4KO0A 3TAFA 3VF4A 3GDQA 4BR0A 4FJ5A 4BGBA 4DS5A 4PKIA 1SL2A 2P9KA 1SUQA 2HBJA 4BRKA 3IMXA 3VQBA 4FM2A 3KWIA 5GIOA 3M8SA 3W3DA 1JL2A 1W2BM 3KLFA 4E7LA 2JWLA 2GTDA 3Q7CA 4LFBK 1J6ZA 1VSIA 2WBNA 1NGEA 4CBUA 4EP5A 4CEAA 2NLXA 1BA1A 2A42A 3ZT2A 1N32K 2KFNA 1SAZA 5AQVA 1LWEA 3SPZA 4HCCA 4CHNA 5M1KA 3AO4A 3E66A 3DRSA 2ITGA 1VSFA 4JHDA 1OH7A 1ATNA 1ZBHA 4DUZK 2QTDA 3OBWA 2WC9A 2VG5A 4E89A 4X66K 3HOTA 3OA9A 2D4WA 3ID8A 2E2NA 3BP8A 3VQPA 3ZT1A 4B1WB 1D9DA 3QNOA 3LP3A 3EL2A 4H0PA 1S5JA 1N6QA 4HCBA 4NLCA 4E1NA 3D7EO 1VQON 5AJ3K 5T7BA 4OX9K 4H0OA 3EZWA 2QKKA 3KK7A 4CECA 1MDUB 3U3GA 1TKZA 1KVCA 1QE1A 4H0XB 5AFUA 4BE2A 2GWKA 4BQZA 4ICLA 2OTJN 2GBZA 1VRUA 3E9LA 4KFBA 4FLUA 1NK4A 3K5OA 5CYQA 1WNSA 4B9UA 3HP6A 1KFSA 2DFEA 4F4KA 3L2VA 2HBKA 4C8NA 4B9MA 2HVIA 2GWJA 5TKWA 2A6AA 3EZ5A 4NB4A 2RPIA 1NM1A 1X9JA 4CF0A 2QWRA 2HBMA 4JKGB 3E9OA 4JKAA 4LF6K 4Z4IA 4IOXA 2O8DA 4LC9B 1L3SA 1EO1A 4IJAA 4W5RA 4ISFA 4YY3K 4HTUA 2P9IB 4NCGA 3SQ1A 4XH4A 4CCHA 3ENOA 3FZKA 1TK0A 4CHYA 3H6EA 3VQAA 3H1VX 2EHGA 3LP2A 4FLZA 1Z6RA 2O8BB 3TPQA 3QB0A 4PQUA 3MCPA 3L6QA 5DM6L 4QS8A 2G8KA 3MN6A 2V51B 1NOZA 3RWUA 4Z4HA 1C0MA 2F7TA 5AQLA 5C2DA 3OYJA 2AP1A 1M90O 1NKBA 3O3FA 1RBVA 3HYFA 3NF9A 3V9SA 4O0JA 4KRFA 3VEYA 4I9QA 5DMRA 3QLHA 1BI4A 2A1SA 1IG8A 4LH5A 5BREA 2QI2A 2FBVA 3CYMA 3ZT4A 3U6FA 1NMNA 4B9NA 3WNEA 1NJIO 2O8FA 2QEXN 3TI0A 3TTCA 4DR6K 3L3VA 4JI8K 5C24A 1YI2N 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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