4AM7A

Adp-bound c-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
molecule tags Nuclear protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 185
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am7A02
2YHXA 3FZMA 5KPZA 4H5RA 1MDUB 3A0IX 1NBWA 4BRPA 2P9IA 5JLHA 4H0YB 3MCPA 5FPEA 5AQUA 1HUXA 1ATSA 2P9UA 5E84A 4BQZA 3IFRA 1XQSC 2Q31A 1S3XA 4RWTA 2P9IB 3DXMA 4BRNA 4XH5A 1BA1A 2P9UB 2W41A 1NGDA 4K25A 2CGJA 4PKHA 4H0VB 2FSJA 4FWLA 4AM6A 3VF6A 4QS7A 3LDPA 2PBDA 4BRMA 4CZEA 1TUUA 2OANA 3DXMB 4CI6A 3MDQA 1D4XA 5F0XA 1GLLO 3L0QA 1G99A 4WYBA 3ENHA 2QWNA 4JD2B 1QQNA 2Q2RA 3WT0A 1NGEA 3EN9A 1S22A 5AQWA 1NGGA 4BRDA 3BF1A 4FOIA 4IZ9A 5F2RA 4XH4A 4JN4A 5EX5A 4H5WA 3U9DA 1Q18A 1YAGA 3CQYA 5AQMA 3O1WA 4CD3A 1GLJO 3L6QA 3ULEA 4BRGA 2Q1NA 2ASOA 4H0TB 5AQLA 3FZKA 3CIPA 3W3DA 4I6MB 3VGMA 4HWIA 1BWFO 3CJAA 4H0OA 1Y64A 4BR0A 2IIRA 3U4LA 2YCHA 4B1WB 2FSKA 3FZFA 3M3ZA 5BRHA 3HM8A 2GWKA 3A8YA 2P9NA 3VERA 4FWPA 4JHDA 4A2BA 1TUYA 4DQ8A 5AQJA 3WUHA 5E26A 2A40A 4AM7A 5JMVA 3FE1A 2CGKA 3A5LC 3R8EA 3FGUA 4BR5A 2P9NB 2E2QA 3CJ9A 1ZBSA 4MLHA 4XH1A 3EL2A 3WQTA 5BN8A 2E2PA 3EKUA 3VENA 4FWNA 3CI5A 2ZF5O 1X3MA 2GWJA 3QFPA 2HOEA 1GLBG 4XEIA 1WUAA 2FXUA 4CZFA 3A5MC 3H46O 3VEWA 3VF2A 3LM2A 4IJNA 3OHRA 2CH5A 1ZC6A 4B1VA 4M7YA 2AA4A 4IJAA 1BOTO 4FWRA 3CJ7A 2BUPA 1NGCA 3CHWA 4FPAA 4PKGA 5AQTA 5KQDA 4H5TA 5AQXA 1R59O 1GLCG 2E2OA 3KHYA 1HJOA 2E1ZA 3DWLA 2Q0UA 4WQ5C 1KAZA 3MN6A 1ATRA 1JCGA 2E20A 3RSEA 3VETA 2ZGYA 1BDGA 3FFKB 4EFHA 1K8KA 3LM9A 3H1QA 4CBUA 1RDWX 4BGAA 4CZLA 1T6DA 5CE3A 3CERA 3RSEB 2QWRA 1Z6RA 1NM1A 1BA0A 4BC5A 1K8KB 3LDOA 2ZWHA 2V7ZA 2E1YA 5BPNA 1MWMA 3CJCA 5AQSA 4BRIA 4ISEA 4BVPA 5AQOA 5ADXH 2P9PA 3EKSA 3GE1A 1U2VA 2VCPA 2WUSA 3J8AA 2E88A 2QWOA 3BP8A 5BREA 2D1KA 1BO5O 1GLFO 2P9PB 1V4TA 2Q0RA 3EO3A 1U2VB 4MLEA 1JCEA 4J8FA 4A2AA 4H03B 1GLAG 4DHYA 5AQVA 4A62A 5LJWA 3VEOA 3SLCA 2D0OA 1NGBA 2ASMA 4WQ4C 2YJFA 3H6EA 1SAZA 4JD2A 3MK6A 4H5NA 2YHWA 3WXIA 1ZXOA 4BC4A 3W0LA 5AQYA 1SZ2A 5KPRA 5FPNA 1WOQA 1BU6O 3HTVA 1ESVA 4BRHA 4I6MA 1NWKA 5BPLA 5B8HA 2UYTA 3CJ1A 3L4IA 2IVNA 1TYQA 3QICA 2W40A 1HKGA 2Q97A 3WXJA 2P9SB 5AQRA 4BRCA 3QMLA 3FLCO 1RFQA 3VEXA 4H0PA 3QDKA 4FSVA 4FWKA 1TYQB 3U8XA 2KHOA 4A61A 5I9EB 3WQUA 1T44A 5ADXA 3VF4A 2YJEA 5AQKA 3QB0A 2A41A 3VOVA 1CZAN 3ZEUA 3D2EB 4BQLA 4BR9A 3LL3A 4FPBA 3JS6A 1XUPO 4FWOA 4L3QA 3CETA 4BG9A 2P9LA 2HF4A 5AQNA 1DKGD 3ZEUB 1QHAA 4EIAA 1RGIA 4QS9A 3VGLA 1QQMA 2P9LB 2P9KB 2BTFA 3O1BA 4Y0WA 1C0GA 4H0XB 2VWBA 4K41A 5AZJA 3AAQA 4IXCA 3ENOA 3UE5A 3HBTA 2QWMA 1U6ZA 4JNEA 4CBWA 1V4SA 4WQ5A 5AQQA 1QZ6A 2NLXA 3SJHA 5BPMA 1ATNA 2YI1A 2HF3A 4F9OA 5AQGA 2J4RA 1X9JA 1IJJA 5AZJB 4CD1A 1LCUA 1DEJA 1J6ZA 2AP1A 4IWVA 4ISGA 2QWLA 4CZIA 2ITMA 5KQ8A 1XC3A 2HMPA 3DXKA 1DGKN 3LDQA 5EOYA 3A5OC 5AQIA 3CJBA 5AZIB 4CZGA 2VYPA 1P8ZA 3C7NA 5AQPA 4RCHA 1E4GT 3GL1A 3DXKB 4BGBA 3MMVA 3HZ6A 2F9WA 2H3GX 2CGLA 3R6MA 3MN7A 5LY3A 4BREA 5ELZA 4JAXA 4K43A 2YHYA 3C7NB 3ZX2A 1HPMA 2GEMA 4MO4A 2ASPA 4FL9A 4WQ4A 4IO8A 3BEXA 3S41A 2QXLA 4NB4A 4CZKA 3MN9A 1NMDA 4CJ7A 4M63C 4O8KA 3WXLA 3U9ZA 3O8MA 3ZX3A 3QFUA 3BUZB 3M6GA 3P4IA 2NRHA 3O5BA 3I8BA 1NGHA 2V52B 3LDNA 1NGIA 2ZGZA 3LDLA 4QS8A 3HI0A 4RTFD 5TKYA 4EHUA 1SQKA 5FPMA 4FO0A 1YUWA 2FSNA 1LOTB 3GBTA 4B1UB 4ISFA 2CH6A 3CQXA 5BR9A 4FOEA 1X3NA 1QQOA 2IVPA 2D4WA 2Q36A 4MO5A 4C23A 3ZETA 5BRDA 3FZHA 4BR2A 1JCFA 1QZ5A 4YDUC 2P9SA 3GOIA 2FF6A 1KAYA 1H1VA 3ATUA 2D0PA 3HSCA 2GELA 3ZETB 2PAVA 4LC9B 5BRFA 5JICA 5F1XA 3ZX0A 5EY4A 4B1ZA 4BR4A 3D7EO 3B8AX 1KAXA 3BF3A 4FWSA 3VEYA 4BRFA 4CZHA 1E4FT 3FR0A 3D2EA 4Z94A 3D2FA 5AQHA 3GDQA 4BG8A 4KBOA 1MWKA 1EQYA 1BG3A 4FWQA 4GNIA 4CZJA 4DB3A 2FLOA 3SK3A 1GLDG 4BRAA 1OKJA 3D2FB 3H1VX 4K42A 3O08A 3VPZA 5EVZA 2P9KA 3WXKA 4HTLA 1BUPA 3SMSA 2GTDA 1HKCA 4EHTA 3ATVA 3ULEB 2QWQA 3H45C 3KZBA 3DJCA 2E2NA 3R9PA 3WEEA 4CBXA 2QM1A 3SMPA 3UKUA 4B1YB 3UKRA 3O80A 4PL8A 3O6WA 3IUCA 1C0FA 3WEEB 3TPQA 5FPDA 2A42A 5AQFA 1MA9B 5KPTA 2F9TA 5AQZA 5BN9A 3UB5A 3UKUB 3KVGA 4H5VA 3UKRB 1IG8A 5AFUH 3EZWA 4JHDB 3FZLA 5EXWA 1NGAA 2E8AA 1HKBA 2GUPA 4BC2A 2QW9A 4CZMA 2V7YA 3DAWA 4BR7A 5AZIA 2EWSA 3A5NC 1YVNA 5AR0A 2NZTA 3C0BA 3VEVA 3ID8A 4M7XA 3GG4A 4NO7A 2I7NA 2A5XA 2FF3B 4BRLA 3VESA 3MN5A 3IMXA 1HX1A 2A6AA 3AARA 3VEZA 1GLEG 1KXPA 3AY9A 3I33A 4EAHD 1YXQA 4B1XB 3M1FA 3QBXA 1HLUA 1T6CA 3VGKA 4BROA 3JXUA 2QWPA 3QBWA 3O4WA 3G25A 4BVOA 4BRQA 4E1JA 4DCHA 3IDHA 4FWMA 4BRKA 4PKIA 1NLVA 4GY2B 4PL7A 5JLFA 2I7PA 3TU5A 2IVOA 3AAPA 5LJVA 3H3NO 4YDUA 4O5FA 2V51B 2A3ZA 4B9QA 3F9MA 3H3OB 1NGFA 4BC3A 1NGJA 1Z05A 5AFUA 2DPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MDUB 1WBBA 2P9IA 4H0YB 4KKOA 3CFPA 2I5JA 1D9FA 1XMQK 2XY8A 1VSJA 3J7YP 5C24A 4RWTA 4I9LA 1SV5A 3V9SA 4K8ZA 1ZYQA 3DXMA 1WSEA 4BRNA 2W41A 1NGDA 1ASUA 4HHTA 1NOYA 4PKHA 3L4QA 3VF6A 4DS4A 1J53A 2BE2A 4BRMA 1XI1A 1TUUA 1FJGK 5M1NA 2B4JA 1UA0A 3CG7A 4CF8A 1RILA 3L0QA 4WYBA 1LWFA 3O4NA 1NG9A 2ZQBA 1NGGA 1BQMA 3KWIA 2HVHA 4RW7A 4JN4A 4H5WA 3U9DA 1N8RO 5KTQA 4G9ZA 3CQYA 5M1FA 3NCIA 4Z4IA 3OYEA 1TK8A 1SKWA 3AGRA 1VQ8N 2E4LA 3W3DA 3WNFA 4HWIA 1BWFO 3CJAA 1N32K 4BR0A 3K5OA 4A5BA 4CIFA 4Y1CA 3M3ZA 2GWKA 4E1MA 3OYFA 4FW2A 3VERA 4FWPA 4E0DA 3OS2A 5AQJA 3T1AA 3AVJA 3THWB 2B5JA 3FE1A 1BL3A 4CHQA 3KK2A 3A5LC 4CFDA 5KRSA 1T7PA 2E2QA 4F8RA 3WQTA 1OH7A 4B9TA 3AO4A 3VENA 1HNVA 3CI5A 1RT1A 1X3MA 2OTJN 2HOEA 1GLBG 2FXUA 4CZFA 4GMJB 3VEWA 1XHZA 3DRRA 4IG3A 4DF4A 4ICLA 2EX3A 1QHTA 4JKCA 4B1VA 4IJAA 1ITGA 3CJ7A 1NGCA 4PKGA 2ZM6K 4FVMA 2QKBA 4DSJA 5AQTA 4DR5K 4F2SA 5AQXA 4FYDA 1C0MA 2WFBA 3KHYA 3LZJA 4DV3K 4TSXA 3QEVA 3SQ1A 2KTQA 2O8EB 2Q0UA 3MN6A 4C1NI 4M45A 5KI6A 1U49A 4W5NA 3LPTA 3LM9A 3H1QA 4DV0K 3OYMA 4DSKA 2O4IA 2FBVA 1J5OA 2DFHA 2E1YA 1Z26A 1RBUA 2JLEA 5AQOA 5ADXH 3F5TA 3GE1A 4LSLA 4B3MK 4LF5K 2WUSA 3NF6A 4RW9A 3BP8A 2D1KA 3AV9A 2OPSA 2P9PB 1V4TA 3EO3A 5HRPA 4H03B 3VA0A 2AJQA 4BWJA 3ZT2A 3LAKA 1XNQK 1TV6A 3SLCA 2D0OA 4KPYA 1RDUA 4JD2A 3ZSQA 5AQYA 4AHVA 5KPRA 4FCYA 3N4PA 1WOQA 4E3SA 3B6OA 4DS5A 1KFDA 2E6LA 3NF7A 4IFVA 4BE1A 5C12A 3TTCA 4WFAL 3AVAA 4B9UA 4FK0A 1ESVA 4O44A 4KB0A 2DFFA 4I6MA 1W0HA 4I2PA 3V9UA 2IVNA 5M1QA 4AHTA 2W40A 4LF7K 2NRRA 2Q97A 4CCHA 4FJGA 3FLCO 4EP4A 4U67L 4H0PA 4FLWA 2OPQA 4FJHA 3IS9A 4YOXA 1TYQB 5KGXA 1RDCA 1N33K 3WQUA 1W97L 4JYAK 5ADXA 4FLVA 4Z4HA 1HNIA 3CFRA 5AQKA 4BECA 1BQNA 3VOVA 3D2EB 4BQLA 3DRPA 4FVUA 3AA4A 4DR4K 4L3QA 1J9AA 2Z1GA 1DKGD 3ZEUB 1QHAA 1JLEA 4B8AB 1QSSA 1CXQA 1S72N 2P5GA 4EP5A 1NKCA 4C8OA 2RN2A 1QQMA 2P9KB 3O1BA 2BANA 2VWBA 3IAYA 5AZJA 4IXCA 3ENOA 1HYVA 3CM5A 3P83D 3SJHA 5BPMA 2YI1A 4DSIA 2J4RA 1S1WA 1RT2A 1SS6A 3OY9A 4LFBK 3O9QA 4DFPA 4CGDA 1GOCA 4O0JA 4DTJA 3THYA 2QWLA 4JKFA 2ITMA 2PY5A 4KTZA 3T19A 2O4GA 2HMPA 3DXKA 3OYNA 4ELVA 4JI8K 4YORA 4ILGB 4CJQA 2Z1IA 5M1KA 5AQPA 3MMVA 1JL2A 4UY8O 4FJKA 5CY4A 3R6MA 3CYMA 4IKFA 2DY4A 4K43A 1HPMA 2NUBA 3T69A 5C2FA 1QVGM 4FL9A 2QK9A 3S41A 3NF8A 4CZKA 3HL8A 4YOTA 2KQ2A 3AVCA 4O8KA 3RR7A 4WF9L 3P4IA 1OH6A 4PWDA 3VQQA 1NGHA 2V52B 3ZSVA 3G71N 3WXMB 3CF5L 1ASWA 3KIOA 3G4SN 4KHSA 4JI1K 4QS8A 3HI0A 2HHTA 5HOOA 1SQKA 2W6KA 2FSNA 1LOTB 2CH6A 3CQXA 4FLTA 5BR9A 2WOMA 4CJWA 2A1SA 4QOZB 3FZHA 1KVAA 3S3MA 1JCFA 4YDUC 2P9SA 5HL7L 3CMAN 1KAYA 1H1VA 2HVIA 2D0PA 4LC9B 3NHGA 2ZE2A 3ZX0A 2HHHK 3KLIA 1BI4A 3D7EO 4WCEL 3BF3A 3HSTB 3DLKA 4BRFA 3FR0A 3OYGA 5DM6L 4BDZA 3RMDA 5AQHA 3HOTA 3GDQA 3ZYYX 4CZJA 4DB3A 5D3GA 4XJXA 2FLOA 4DR1K 4IG0A 1J54A 4WFNL 3QETA 1WSGA 4HTLA 3ID6A 1LW0A 3SMSA 3ATVA 4J2DA 5C25A 3OJUA 3SMPA 4B1YB 4CJ5A 3DYAA 4CJEA 1XMOK 1QSLA 1C0FA 3WEEB 1VQ6N 3TPQA 1MA9B 2F9TA 5AQZA 4KFBA 1RT5A 3UB5A 3UKUB 2G8WA 3UKRB 1BHLA 3EZWA 4EZ9A 5JENA 2XO7A 5EXWA 4CEFA 4A5AA 3PX0A 2XRIA 3ZT1A 1HQEA 2GUPA 4BC2A 4DTOA 2YNIA 3QIOA 4BR7A 3OYBA 2FBXA 1YVNA 4C8MA 5AR0A 2NZTA 3BGRA 3ID8A 1KRPA 3GG4A 2VQFK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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