4B1UB

Structure of the phactr1 rpel domain and rpel motif directed assemblies with g-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
349
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein
total genus 118
structure length 349
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1uB03
4CBUA 1BU6O 3SK3A 3OHRA 2CGJA 3RSEA 1OKJA 5EXWA 2F9TA 4CZJA 3G25A 1IJJA 3QBWA 2A6AA 4ISEA 2HF4A 1X3MA 1NM1A 3VEYA 2V7YA 2V51B 2PAVA 2QWOA 3S41A 4AM6A 3F9MA 1ATRA 1LOTB 3WXIA 3A5LC 2IVNA 4BQLA 4HTLA 1TUYA 5AZIA 3DWLA 3LDOA 4A62A 5E84A 2Q0RA 3ZETB 1ESVA 1T6DA 1RDWX 4BC2A 5JLFA 2D1KA 3D7EO 2D0OA 2FSJA 4BGBA 2E1ZA 3QFPA 5EY4A 3CJCA 3DAWA 5BPLA 3EL2A 3RSEB 1ZC6A 2KHOA 3IFRA 2E2QA 3AAPA 3FZFA 3DXKA 1V4SA 3SMSA 5FPNA 4EFHA 3D2EA 2HF3A 2P9UB 2QM1A 1GLCG 1ZBSA 3ATUA 2F9WA 4I6MA 4XH4A 5BN8A 4PKHA 2FSNA 3LDQA 1MA9B 3VERA 3A8YA 3QDKA 2P9PA 3KVGA 1YAGA 3DXMB 3FGUA 1Z05A 4BG8A 3BP8A 4FOIA 2P9LB 4JN4A 1RFQA 1QHAA 3M3ZA 1CZAN 3GE1A 4H5TA 3GG4A 3VEOA 2GUPA 3QICA 1GLDG 3VOVA 4WQ5A 3WQTA 3FZHA 1NGEA 2A42A 2E88A 4JD2A 2FLOA 4IJAA 2OANA 1TUUA 2E2NA 2YHXA 5AQWA 1QQMA 5AR0A 1TYQB 1BG3A 3GDQA 3WEEB 4PKGA 1KAXA 4PL7A 4A61A 2E8AA 4M7YA 1NGJA 4XEIA 4A2BA 4BRAA 3BUZB 4K41A 2CH6A 4FWPA 3FZLA 3I8BA 4BRHA 2Q0UA 2A41A 5FPMA 1R59O 3LDLA 1E4GT 4JNEA 2QWRA 3WQUA 5AFUH 1NGDA 1BDGA 1ZXOA 4BROA 5F0XA 3EN9A 4XH1A 4MLEA 3O5BA 1JCFA 3VF2A 1Q18A 1IG8A 3I33A 4KBOA 3JXUA 2V7ZA 1E4FT 4CJ7A 3SLCA 2FSKA 5JICA 1NGIA 1X3NA 2Q97A 5EOYA 4NO7A 1YVNA 1XC3A 1JCEA 4H0OA 3U4LA 2P9KA 3GBTA 4NB4A 5AQUA 1NLVA 5B8HA 4K43A 3IUCA 1HLUA 4FSVA 3VENA 3CQYA 3R6MA 2E1YA 1MWKA 4PL8A 2J4RA 2ZF5O 3ZX2A 4BR7A 2EWSA 1GLAG 4AM7A 4H5NA 5EVZA 2QW9A 2YI1A 4BG9A 5BN9A 3BEXA 4BRFA 3D2FA 5AQFA 3UKUA 5AQPA 3CI5A 3A0IX 4CZEA 2GWJA 2BUPA 3MCPA 4BR5A 1YXQA 2P9KB 3U9ZA 5LY3A 3L6QA 4WYBA 1DEJA 4BRNA 3H3OB 5BRDA 1NGHA 2IVOA 3ENOA 1BUPA 4H0VB 3VGMA 3ULEA 5AZJB 2BTFA 2I7PA 2IVPA 1SAZA 3FFKB 2PBDA 3LDNA 5AQNA 4BRIA 3CJBA 1SZ2A 4ISGA 5BPMA 1RGIA 5JLHA 3UKUB 4BREA 3SMPA 1U2VB 2ZGYA 4FO0A 2WUSA 1KXPA 2P9IB 2Q36A 3LM9A 4BRKA 3VGKA 4DCHA 2CGKA 3FZMA 3IMXA 1ATSA 3LM2A 1EQYA 2VYPA 4WQ4C 3U8XA 3EKSA 4B1XB 3MN7A 5AQQA 2E2PA 3FZKA 3A5OC 1S22A 3MN9A 3ZX3A 4QS8A 4M7XA 4CBXA 2A5XA 5BRHA 1J6ZA 5AQGA 2YJFA 3VGLA 4H0PA 4H03B 4DQ8A 4FWRA 1V4TA 4MLHA 2P9NA 5AZIB 1NBWA 1NMDA 2ASMA 1NGCA 5AQTA 3QB0A 4B1VA 4EAHD 3TU5A 4B1WB 2HMPA 3AY9A 4BRMA 5KPTA 4B9QA 3H1QA 3WXKA 2E2OA 4FWSA 1HPMA 3LL3A 5AQVA 3L4IA 3HM8A 3BF3A 4FPAA 3DXKB 3GL1A 4IZ9A 1DKGD 3D2EB 2YHWA 2IIRA 3HTVA 4I6MB 1NGAA 2HOEA 3EO3A 2QWLA 2ZWHA 1NWKA 4BC5A 4CZFA 1YUWA 1T44A 2P9PB 4FPBA 3H1VX 5FPEA 2GWKA 4Z94A 1GLEG 4QS7A 5AFUA 5TKYA 2NZTA 5KQDA 2FF3B 5AQKA 3VPZA 2VWBA 3H3NO 3WUHA 3WT0A 2P9SA 3L0QA 3QMLA 4CZIA 2A3ZA 4MO5A 5AQZA 4CZMA 4JD2B 3HZ6A 3UKRA 5ADXH 1WOQA 1DGKN 5F1XA 1HX1A 3FLCO 1K8KA 3M1FA 4EHUA 4C23A 4MO4A 4BQZA 3O6WA 3HI0A 4H5WA 3QBXA 1NGBA 3VEZA 4IO8A 1U6ZA 4PKIA 1P8ZA 3P4IA 4FWLA 2NLXA 4JHDA 2GEMA 2DPNA 5CE3A 3BF1A 3VESA 3VEVA 1MDUB 4IWVA 3W3DA 4J8FA 4O5FA 4YDUC 3CJ7A 3W0LA 2P9SB 2AP1A 2NRHA 5KQ8A 3O8MA 3UKRB 3KZBA 4FWQA 5AQRA 1Y64A 4H0YB 2A40A 3VF4A 3CJ1A 2V52B 3GOIA 2CGLA 5I9EB 3MN6A 5ELZA 4CZLA 3C0BA 3C7NA 1G99A 3CERA 4FWNA 4JHDB 4H5RA 4BRLA 3U9DA 3KHYA 5BPNA 2VCPA 5AQLA 1X9JA 4YDUA 1HKBA 4BC4A 4E1JA 3ZETA 3CJ9A 3VEWA 4BVPA 3D2FB 5AQSA 1BOTO 4BVOA 2UYTA 4IXCA 4CZHA 4GNIA 5LJVA 5LJWA 5AQHA 1GLLO 2E20A 1BO5O 4BGAA 3MMVA 3EZWA 1QZ6A 3MN5A 5BREA 1QQOA 2YJEA 4B1ZA 2H3GX 3C7NB 2P9UA 2QWNA 4FWKA 4BRQA 1D4XA 1MWMA 1HUXA 3AARA 3ULEB 3O08A 4K25A 3ZEUA 4RWTA 2Q1NA 3DXMA 4BRPA 3H46O 2P9LA 3J8AA 3O1BA 4XH5A 2I7NA 3UB5A 2ZGZA 3O80A 5KPZA 4B1YB 3ATVA 1HKGA 2QXLA 4CI6A 4WQ5C 4BRGA 3HBTA 4BR0A 4HWIA 3R8EA 4CZKA 4WQ4A 3VEXA 1H1VA 3MDQA 4H0XB 1TYQA 3WEEA 1C0GA 3FE1A 1C0FA 4M63C 3CQXA 4DB3A 4B1UB 2YHYA 4RCHA 3CHWA 3ZEUB 4L3QA 3CJAA 4CD1A 1ATNA 2W40A 4H0TB 4CZGA 1NGFA 3ZX0A 4LC9B 1XQSC 2P9NB 3O4WA 5AQMA 4ISFA 3R9PA 2QWPA 3CIPA 4A2AA 3EKUA 1BWFO 2CH5A 4BC3A 4CBWA 1WUAA 3A5NC 2D0PA 4FOEA 2ITMA 3FR0A 3M6GA 3A5MC 5ADXA 5EX5A 4K42A 4O8KA 1QZ5A 4RTFD 3H6EA 1QQNA 5KPRA 2ASPA 2GELA 4Y0WA 4H5VA 4CD3A 1S3XA 2GTDA 3ENHA 5BR9A 3B8AX 1T6CA 3QFUA 1LCUA 2QWQA 5JMVA 4BR9A 1KAZA 3VETA 4BR4A 1SQKA 4GY2B 1GLBG 4FL9A 3DJCA 1GLJO 4FWOA 2D4WA 5FPDA 2FF6A 1Z6RA 3LDPA 2W41A 3H45C 1XUPO 3ID8A 3VF6A 5AQIA 2QWMA 4IJNA 1K8KB 2Q31A 3JS6A 1BA1A 1KAYA 4BRCA 3MK6A 5AQYA 5F2RA 4BRDA 5AZJA 1JCGA 3SJHA 2Q2RA 4EIAA 2ASOA 5AQOA 4DHYA 5E26A 3AAQA 3IDHA 1HJOA 1HKCA 3CETA 4FWMA 5AQJA 1GLFO 3HSCA 2AA4A 4JAXA 3UE5A 1U2VA 2FXUA 3WXLA 3O1WA 4QS9A 4F9OA 1NGGA 2YCHA 1BA0A 4EHTA 5BRFA 2P9IA 5AQXA 3TPQA 3WXJA 4BR2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FRNA 3N4QA 3KTQA 2CGJA 1OKJA 5EXWA 2F9TA 4CZJA 3NF7A 3QBWA 2DY4A 3KWGA 3OYJA 1X3MA 5LMNK 2OYQA 3K0SA 3SPYA 4AM6A 4HVJA 3KJVA 4FW1A 3TABA 1LOTB 3A5LC 4HTLA 2RE2A 1N36K 4A62A 2YX6A 4M3UA 4R5PA 4CJEA 4EZ9A 1VSIA 4OO1J 1ZC6A 3THVA 3S3NA 3FZFA 4KKOA 1V4SA 3SMSA 4JKHA 2Q3SA 2HF3A 3LP3A 3ZLJA 2QM1A 1S72N 1FJGK 3CC4N 3THYA 4XH4A 5BN8A 1T3VA 4PKHA 4B08A 2FSNA 5GAEP 1QE1A 3QDKA 3DXMB 3FGUA 1IO2A 4EP5A 3ITHA 2QK9A 1D9DA 1CZAN 3VEOA 2GUPA 3VOVA 3VQAA 4DU4A 2YHAA 2E6LA 5IWAK 3WQTA 4OLBA 4FJJA 2IGIA 2YNFA 1WAFA 3C94A 1GOBA 1BG3A 3GDQA 1KAXA 4A61A 3AVGA 5J2NA 3K5NA 2E8AA 3PLAA 1KTQA 3OYFA 3G10A 3HO1A 4BRAA 1CXQA 4Z4HA 3I8BA 4KO0A 1C1AA 4PY5A 3QLHA 4JNEA 4IO9L 4G1QA 3WQUA 1NGDA 3RR7A 3EN9A 4XH1A 4MLEA 1RT7A 3HT3A 1JCFA 3C65A 1IG8A 1JXBA 1JLAA 4B3TK 2Q97A 5M1FA 1OH6A 1YVNA 3VQ8A 1JCEA 3U4LA 4CJ4A 1NK9A 2QA4N 5JVHL 2FBVA 3VQQA 1L3SA 4DQPA 1B92A 1KLMA 1D5AA 4JK7A 4O0IA 3HPOA 4C8MA 2ZD1A 2WONA 2ZE2A 2J4RA 2ZF5O 5CR4A 4H5NA 5EVZA 3ZSYA 2OZSA 4IOXA 4BG9A 1VQON 3LZJA 1IKWA 1KC8O 1N5YA 4BRFA 5M1KA 1HYSA 1RDCA 5AQPA 1X9WA 3PV8A 4CVNE 1N6QA 3ZCMA 3BGRA 3D45A 3CPEA 4QAGA 2X6NA 3TAPA 2P9KB 4WYBA 4KHNA 3KLFA 3OYBA 3TTDA 2IVOA 3ENOA 4RG8A 3MCAB 4M3RA 1ZBUA 2O8CA 2I7PA 1ZBLA 1SAZA 1DTQA 1VQ9N 2PBDA 4MFBA 3CJBA 1SZ2A 3OYDA 3QEIA 3UKUB 1U2VB 5KRTA 1WAJA 2KLAA 4CF8A 4LFBK 1VRTA 1OVQA 3OS0A 1RDAA 3NMUA 4CJKA 3D0PA 3FZKA 1S22A 3MN9A 3V1RA 4O5BA 2A1SA 1K6YA 4E1MA 1U47A 1KVCA 1YVUA 2YJFA 3VGLA 5HL7L 3HXMA 2NRRA 4JI7K 4B9SA 1LWFA 2ASMA 4GV3A 2HHSA 4CJPA 1UAXA 3TARA 1J5EK 3S5TA 4JKBA 2E2OA 4IG0A 2YHBA 4BWMA 4FJ5A 3BF3A 4FVMA 4OPJA 3OYLA 3AO2A 1R0AA 2YHWA 3NGZA 3EY1A 2IIRA 1NGAA 2HOEA 2Z1HA 3THYB 1NWKA 2W6LA 4WFBL 4CW7B 1NK6A 1T44A 3VQ5A 2GWKA 3CCEN 4HTUA 5T7BA 1GLEG 5KGXA 5KQDA 3ZSVA 2FF3B 1KQSM 2VWBA 3H3NO 1HNZK 4GW6A 4CZMA 1S1UA 1F21A 1VSKA 1DGKN 5F1XA 4EHUA 1T05A 3IAYA 4FJLA 3HI0A 2O8BA 1NGBA 4IO8A 4PKIA 4DQRA 4IEIA 3SV4A 3VTHA 4CEOA 4CHPA 2NLXA 3OBWA 2UXBK 4DFKA 3U3GA 1K9MO 2OZMA 1Q82O 1MDUB 4YY3K 2XRIA 4AHVA 4J8FA 3AO5A 3HP9A 3KK7A 4DKWA 4FM1A 1U49A 2PYJA 3KZBA 4DTRA 3KD5E 4FJ8A 2A40A 3P1GA 4CGGA 2V52B 2HNZA 3AVMA 1DTTA 3NF8A 4BRLA 1TKZA 3SNNA 3PSIA 3KD1E 1LW0A 2IDOA 1RT5A 5CYQA 1NJYA 4GNIA 5J1EA 1RNHA 4OJRA 1NK8A 4XIUA 3CYGA 1VQ8N 4EZ6A 5BREA 3RMBA 4Z4EA 3MECA 2C1IA 4U67L 2NRXA 1BI4B 2P9UA 3P31A 3U6FA 1C0UA 1MWMA 2BE2A 3K5OA 4YOTA 3I55N 4C8KA 5M1NA 4LD0A 4RWTA 2P1JA 4BACA 3OY9A 3NDKA 1G15A 2I7NA 1JJ2M 3K9JA 1UOCA 4CI6A 4BRGA 1S5JA 3G0ZA 4CZKA 3TTCA 3S3MA 1TAUA 1TYQA 3FE1A 4M63C 2O8FA 1HNIA 1RDDA 5H1SQ 4LF4K 3ZEUB 4L3QA 5SWMA 3CJAA 4Z4IA 4WFNL 4F3OA 1IBMK 1TAQA 4LC9B 4X66K 2P5OA 3R9PA 2RKIA 2NRZA 4A2AA 1TKDA 4E3SA 1BWFO 3C6TA 1S6QA 5HOOA 3CC7N 1WUAA 4FOEA 4JRQA 4KV8A 3FR0A 4B3SK 3A5MC 4CGFA 4DTJA 3QEVA 2KW4A 1VQLN 5M1OA 4DFPA 2X74A 4QOZB 4CD3A 2RHKA 4DR2K 3B8AX 5JMVA 4FJIA 2VG7A 4BR4A 1NU0A 3CQ8A 1TL1A 4FL9A 2EHGA 3NF9A 3DJCA 1C1CA 5FPDA 3SQ0A 2FF6A 1Z6RA 3ZSRA 2GV9A 4JI5K 4OKJA 4RW4A 3VF6A 4CJFA 3LANA 1MU2A 3VQCA 4AHUA 1A5XA 3MK6A 5AQYA 3PIPL 3L4QA 2Q2RA 4MDBA 2ITGA 4DHYA 4I7FA 3G6EN 1REVA 1SL0A 4PUOA 3HSCA 2AA4A 3M8SA 4YOWA 3DRSA 1I3AA 3O1WA 3TAFA 4LSNA 2YCHA 1BA0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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