4B1VA

Structure of the phactr1 rpel-n domain bound to g-actin
Total Genus 133
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
352
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV4 (76-79)S1 (8-12)TIV1 (35-52)TI1 (13-16)TII1 (21-24)S2 (16-21)S3 (29-32)TVIII1 (27-30)S4 (35-37)O1 (32-34)AH1 (56-60)S10 (131-136)AH2 (79-93)S5 (53-54)S6 (66-68)S7 (71-72)TIV3 (71-74)S8 (75-76)3H7 (350-352)TI6 (334-337)S9 (103-107)TI5 (332-335)TII2 (108-111)AH3 (113-127)AH9 (274-284)AH4 (137-145)TIV5 (129-132)TIV6 (156-159)S12 (160-166)AH8 (252-259)3H4 (260-262)S11 (150-155)AH5 (182-193)TI2 (234-237)TIV7 (165-168)S13 (169-170)3H2 (172-174)AH6 (203-216)AH7 (223-232)S14 (176-178)3H3 (194-196)TVIII3 (220-223)AH10 (287-295)TI3 (242-245)S16 (247-250)3H5 (264-267)3H6 (302-304)S17 (297-300)TI4 (322-325)S18 (329-330)AH12 (337-348)AH11 (309-320)TVIII2 (69-72)S15 (238-241)O2 (269-271)TII3 (306-309)3H1 (98-100)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 133
structure length 352
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1vA03
2QW9A 2VYPA 4JHDA 3FFKB 4PKGA 3C7NA 3WQTA 1RFQA 2PBDA 3UKRA 1GLCG 2I7PA 2P9UA 2P9IA 1SAZA 4IO8A 2E8AA 5F1XA 2H3GX 2GUPA 2ZF5O 3O80A 4WQ4C 3H1QA 1NGBA 4BRLA 3L6QA 2E2PA 2OANA 1WOQA 1OKJA 3WQUA 4B9QA 3CIPA 1XQSC 3ZX3A 1BA1A 1JCGA 3QBXA 1MWKA 4E1JA 2P9LA 4YDUC 3MN5A 1HUXA 1R59O 2FF6A 5AQIA 3A5LC 4BVOA 1ATSA 3M1FA 4H5NA 1QHAA 1Q18A 5AR0A 1V4SA 1SZ2A 3VEWA 4H0VB 1X3NA 4BRCA 1C0FA 3FR0A 1BO5O 3A0IX 3HTVA 2QWQA 3QBWA 3BP8A 4XH4A 3WEEA 4Z94A 3BF3A 2P9SB 1NBWA 1NGHA 3LDNA 4CBUA 3CJ1A 4BRGA 4BVPA 4BR9A 1KAXA 4XH1A 5BRHA 4NB4A 3CERA 5AQGA 1HLUA 1XUPO 5F2RA 2P9NA 1BDGA 2D1KA 1NM1A 2QWOA 5AQNA 4I6MA 3U8XA 3H6EA 4FPAA 1S22A 3EZWA 4CBXA 4CZKA 2BTFA 1YUWA 4B1YB 5BN8A 5JLHA 3EKUA 1ZBSA 3R9PA 3ULEB 4BG8A 4C23A 3QFUA 3ENOA 1ATNA 2PAVA 4MLEA 5AFUH 3FZFA 2E88A 5AQMA 4EHTA 3WEEB 3ZEUB 3IUCA 2UYTA 3QB0A 3IMXA 3H46O 5BRFA 3FZKA 4GY2B 1MA9B 4MO4A 2GTDA 2ZGZA 1MDUB 2IVPA 2A41A 4BC4A 2QWRA 5CE3A 2ITMA 2KHOA 2ASPA 2FSNA 5JMVA 3A5MC 2QWLA 1KAYA 3DXMA 3GOIA 1DEJA 3VEVA 3RSEB 3I8BA 5AQLA 4H03B 3CETA 3O1WA 4BROA 3GE1A 4RWTA 3BEXA 5JLFA 4PKIA 2YI1A 5AQPA 3O1BA 4BC2A 3KZBA 3O6WA 4BRFA 1E4GT 2NLXA 1LOTB 3WXKA 3DWLA 3LM9A 1BG3A 4B1XB 4O8KA 1TYQA 2FF3B 2Q97A 3FGUA 3L4IA 4Y0WA 1SQKA 4EIAA 5F0XA 1D4XA 2CH6A 3LDOA 2BUPA 3LDQA 3EL2A 4BRPA 4BC5A 5AQZA 4KBOA 5E26A 1G99A 3CQXA 4JD2A 3MN9A 1U2VA 5ELZA 5JICA 4RTFD 2E1YA 1EQYA 5AZIB 2DPNA 3VGMA 5B8HA 2YHWA 4WQ5C 4H0XB 3MDQA 4IXCA 1T6CA 1H1VA 1K8KB 3H1VX 3CHWA 5AZJB 3DXKB 3W0LA 1GLEG 5LY3A 3JXUA 2QM1A 1GLJO 4RCHA 1DGKN 2NRHA 4CZIA 3FE1A 3CI5A 3KVGA 3QICA 1IJJA 3UB5A 1JCEA 4MLHA 1NGDA 5KPTA 4CZLA 5BRDA 4CZMA 3L0QA 2GELA 4FPBA 4JHDB 2E2QA 3UKUA 2FXUA 3C7NB 1HKBA 1U6ZA 5TKYA 1Y64A 3UKRB 4A2AA 2P9UB 5AQRA 1GLBG 3F9MA 2Q36A 3VEZA 3VF4A 2P9IB 5BPNA 5FPEA 3GL1A 5LJVA 1BUPA 5AQQA 3SMPA 5KQDA 1BU6O 4FWSA 2E20A 2CGLA 3DJCA 2P9LB 2D0PA 4EHUA 2P9KA 4FO0A 3LM2A 4K41A 5AQWA 2AA4A 3GG4A 3LL3A 4CD1A 1RDWX 2YHXA 3CJBA 3S41A 1T44A 4WYBA 5AQXA 3VF6A 4K43A 3KHYA 1YXQA 4BRQA 1BA0A 2HOEA 2HMPA 3FZLA 3MN7A 4IWVA 3GDQA 4ISFA 4FOEA 3ZX0A 4BR5A 3HM8A 1ZC6A 1WUAA 2D4WA 5KPZA 3D2FA 3P4IA 1HKGA 3AAPA 5EY4A 3WXIA 2W40A 4BR4A 5EVZA 3ID8A 2Q31A 2F9WA 3CQYA 4MO5A 4B1WB 4B1VA 2P9NB 2E2OA 3ATVA 4H0OA 3W3DA 1DKGD 3GBTA 3B8AX 2Q0UA 2V7ZA 2V7YA 4I6MB 3VETA 4BR0A 1GLFO 2A40A 1NGEA 4A62A 1ESVA 5AQSA 1RGIA 1Z05A 3A5NC 4CJ7A 3MMVA 1LCUA 2E1ZA 3A8YA 2GWKA 2FLOA 3O8MA 4K25A 5KPRA 1NLVA 1NGCA 5AQVA 1TUYA 1NGIA 2IVOA 3O4WA 4AM7A 2Q1NA 1KXPA 1QZ5A 2HF3A 4BQLA 3D2EA 3MCPA 4FWMA 2IVNA 2VWBA 4BGBA 2J4RA 5FPMA 1QQMA 4BRKA 1YAGA 5BREA 3LDPA 3AARA 3VEYA 1MWMA 1NGAA 4XH5A 3WXJA 4FOIA 4BRAA 1NGFA 4IZ9A 1NGJA 2Q2RA 2I7NA 1HPMA 5ADXH 3O5BA 4K42A 3DXMB 4BC3A 4ISEA 3ENHA 3U9ZA 5AQHA 1T6DA 1YVNA 1ATRA 4M7YA 3FLCO 3AAQA 3M6GA 1JCFA 3BF1A 3SK3A 2NZTA 4FWPA 1TUUA 2WUSA 4FWNA 1V4TA 4A61A 4CI6A 5BPMA 2YJEA 3JS6A 4JNEA 3VERA 1J6ZA 3H45C 5KQ8A 1TYQB 5BN9A 4H5WA 4F9OA 4FWRA 1P8ZA 3MN6A 5AQKA 5LJWA 3BUZB 3IFRA 4M7XA 2CGJA 3OHRA 4BG9A 2YCHA 4JD2B 1U2VB 4WQ4A 4QS9A 5E84A 4FSVA 4EFHA 1NMDA 4PKHA 3ZETA 4H5VA 3J8AA 4QS8A 2QWNA 3I33A 2A6AA 2YHYA 4BGAA 4H5TA 4LC9B 4EAHD 4YDUA 1GLAG 2E2NA 4CD3A 2P9SA 4IJNA 2CGKA 1XC3A 5ADXA 4JN4A 3VGLA 4CZGA 1QQNA 4O5FA 5AQYA 2IIRA 5FPNA 2D0OA 3U9DA 1QZ6A 3M3ZA 1QQOA 3ZX2A 2A3ZA 1IG8A 1GLLO 2A5XA 5EXWA 3CJ7A 4DHYA 4IJAA 4J8FA 3VF2A 3VEOA 4B1ZA 1E4FT 2Q0RA 5EOYA 4H5RA 4FWOA 2YJFA 3TPQA 5AQFA 3UKUB 3ULEA 3ZETB 3O08A 2FSJA 5AQOA 2F9TA 4BRIA 4CZEA 4A2BA 4H0TB 3FZMA 3WXLA 3ZEUA 2ASOA 3SJHA 3FZHA 3SMSA 4HWIA 2EWSA 3HZ6A 2ZGYA 4CZFA 2ASMA 2V52B 4H0PA 3VESA 5EX5A 4BQZA 4FWLA 3VPZA 4BRMA 4XEIA 3D7EO 4FWKA 2HF4A 1BOTO 3U4LA 3VEXA 3QMLA 4JAXA 4M63C 1GLDG 4B1UB 3VOVA 2VCPA 1KAZA 2ZWHA 1BWFO 2P9PA 4BREA 1NGGA 3RSEA 2P9KB 4QS7A 3WUHA 4DQ8A 3LDLA 4PL8A 1ZXOA 3H3NO 2W41A 3IDHA 4NO7A 3CJAA 4CZJA 1S3XA 5FPDA 4GNIA 5I9EB 4AM6A 3G25A 4CBWA 5BR9A 2GWJA 3VENA 2FSKA 3EKSA 3R8EA 4H0YB 4DCHA 2V51B 3D2FB 3A5OC 3H3OB 3CJCA 4ISGA 3UE5A 2GEMA 3HBTA 3TU5A 4FWQA 3AY9A 3QFPA 5AQUA 2P9PB 4CZHA 3MK6A 5AZIA 3HSCA 1HJOA 3SLCA 4BR7A 3C0BA 1K8KA 4L3QA 1HX1A 1X3MA 4BRDA 2QWPA 2AP1A 3DAWA 2CH5A 5AZJA 3DXKA 4BR2A 3WT0A 4FL9A 1HKCA 5AQJA 4BRNA 5BPLA 2A42A 2QWMA 1CZAN 3R6MA 5AQTA 3CJ9A 1X9JA 1C0GA 3ATUA 5AFUA 3QDKA 4BRHA 3D2EB 1NWKA 3VGKA 3EN9A 4PL7A 4HTLA 2QXLA 4WQ5A 3HI0A 4DB3A 1Z6RA 3EO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C7NA 3QINA 3LZJA 1U45A 5CYQA 4IDKA 4HVJA 4CEOA 1VQ4N 2EX3A 3TAGA 4WFNL 3OY9A 4DTRA 2P9IA 4NYNA 4WFBL 2H3GX 2OPSA 4KTZA 1ASUA 3O80A 4BE2A 2QTDA 4C1NK 3SUPA 4CJQA 2OANA 3BGRA 3WQUA 1RBTA 3CIPA 2GBZA 1S1XA 3RMCA 4DQPA 4CEAA 3J80O 4DSJA 3MN5A 3HP6A 2UUCK 1VSHA 3M1FA 4FJLA 1TK0A 1HR0K 2PYLA 1TKZA 5C2FA 1RT3A 4YOWA 2IDOA 4YHHK 4FLVA 2YNHA 3VEWA 1QVGM 4O55A 3QBWA 2JWLA 3V4IA 5DK5A 3WEEA 2ZJQL 2P9SB 1EP4A 3LDNA 4CBUA 2C1GA 4BVPA 4BR9A 4NB4A 3SNNA 3CERA 1HLUA 1RT7A 5F2RA 3CCSN 1BDGA 3PX4A 4QCLA 2W6LA 1RBUA 2UU9K 4ELVA 5M1QA 1NM1A 1JLEA 2Z1IA 4IO9L 4DSLA 3H6EA 4CBXA 1S22A 4CZKA 3ZYYX 1YUWA 4B1YB 5BN8A 5H1SQ 1XMOK 2YNIA 3DMJA 4BG8A 3CMAN 4FJMA 2NRTA 3QFUA 4UY8O 1ATNA 4O5BA 3IAYA 4EHTA 1VQKN 3ZEUB 4W5NA 2KLAA 3HPOA 1TKDA 5BRFA 2IVPA 3P31A 2A41A 2QWRA 2ITMA 2KHOA 3A5MC 1NMNA 2IAJA 3GOIA 3VEVA 4CJRA 4B9NA 3I8BA 5AQLA 1KVAA 3CETA 4BROA 2KFZA 3CYGA 2X6SA 4RWTA 4RW4A 3BZCA 5JLFA 3O1BA 3VMFB 2HBLA 1YT3A 1E4GT 2NLXA 3HSTB 3WXKA 3CM6A 3LPTA 1ASWA 3VQDA 3T1HK 1KCFA 1XHXA 4CHZA 3KKSA 2FF3B 5FRNA 3QERA 2D0CA 3V9XA 3TABA 4J2EA 5F0XA 2CH6A 3LDOA 4AILC 5LMUK 1JXEA 3EL2A 2QEXN 3NAEA 5AQZA 2QXFA 3TARA 4F4KA 1G99A 3CQXA 4HUFA 3LAKA 4JKAA 4IDHA 5ELZA 3THYA 2G8HA 3NDKA 1XMQK 3KD1E 4O8UA 2DPNA 3MX5A 2YHWA 5J2NA 3QEIA 4FXDA 3L2QA 3C6HA 4UQGA 2RKIA 3KLFA 1KLNA 3CMEN 4DMNA 1GLEG 4FJ8A 4OVLA 3IS9A 3S3OA 1OH7A 2NRHA 3E9PA 3CCLN 3CI5A 1BISA 4J2DA 4EP5A 4DWIA 4DTMA 4RW8A 1S9EA 3RRHA 5KPTA 1NNEA 4JHDB 5J2PA 3U6FA 3UKUA 2FXUA 3CC2N 1WSEA 2P9UB 3F9MA 2Q36A 4JKCA 1NK5A 3VEZA 1WBBA 1TL3A 4JKBA 3ISNC 1Y97A 3SMPA 4DU4A 2HVIA 4FWSA 1KFSA 3BDPA 4DS5A 2KW4A 2E20A 4FK2A 2O8CA 3DJCA 2P9KA 3ZT3A 3THXB 3LL3A 1RDWX 1UAXA 1LWFA 1Q81O 3S41A 4YORA 4W5OA 2OYQA 2UXCK 4DTJA 3KHYA 1C1CA 3EEQA 4BRQA 3MN7A 3OS1A 4IWVA 4FOEA 3JYTA 3MEEA 1Q9XA 1BCMA 3LDSA 1WUAA 2D4WA 3AO4A 1HNVA 4DTSA 1WSGA 2ZJRL 4BR4A 1HYSA 2XRIA 1HJRA 2F9WA 2FC0A 4B1WB 2O8EB 1VSMA 4JK8A 3W3DA 1G15A 4HTUA 1DKGD 3O3GA 3GBTA 4DV3K 3B8AX 1QTMA 1S9GA 4IG3A 4LH5A 2VGNA 2V7ZA 4CGDA 3VETA 1GLFO 1NGEA 3CC4N 1ESVA 3RR7A 1LV5A 3VQ7A 5AQSA 3HOTA 1BI4A 2E1ZA 3M8QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3C7N A;  3QIN A;  3LZJ A;  1U45 A;  5CYQ A;  4IDK A;  4HVJ A;  4CEO A;  1VQ4 N;  2EX3 A;  3TAG A;  4WFN L;  3OY9 A;  4DTR A;  2P9I A;  4NYN A;  4WFB L;  2H3G X;  2OPS A;  4KTZ A;  1ASU A;  3O80 A;  4BE2 A;  2QTD A;  4C1N K;  3SUP A;  4CJQ A;  2OAN A;  3BGR A;  3WQU A;  1RBT A;  3CIP A;  2GBZ A;  1S1X A;  3RMC A;  4DQP A;  4CEA A;  3J80 O;  4DSJ A;  3MN5 A;  3HP6 A;  2UUC K;  1VSH A;  3M1F A;  4FJL A;  1TK0 A;  1HR0 K;  2PYL A;  1TKZ A;  5C2F A;  1RT3 A;  4YOW A;  2IDO A;  4YHH K;  4FLV A;  2YNH A;  3VEW A;  1QVG M;  4O55 A;  3QBW A;  2JWL A;  3V4I A;  5DK5 A;  3WEE A;  2ZJQ L;  2P9S B;  1EP4 A;  3LDN A;  4CBU A;  2C1G A;  4BVP A;  4BR9 A;  4NB4 A;  3SNN A;  3CER A;  1HLU A;  1RT7 A;  5F2R A;  3CCS N;  1BDG A;  3PX4 A;  4QCL A;  2W6L A;  1RBU A;  2UU9 K;  4ELV A;  5M1Q A;  1NM1 A;  1JLE A;  2Z1I A;  4IO9 L;  4DSL A;  3H6E A;  4CBX A;  1S22 A;  4CZK A;  3ZYY X;  1YUW A;  4B1Y B;  5BN8 A;  5H1S Q;  1XMO K;  2YNI A;  3DMJ A;  4BG8 A;  3CMA N;  4FJM A;  2NRT A;  3QFU A;  4UY8 O;  1ATN A;  4O5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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