4B1XB

Structure of the phactr1 rpel-2 bound to g-actin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
357
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein
total genus 123
structure length 357
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1xB03
3MMVA 1MA9B 3GDQA 4BC4A 3BUZB 2CH6A 1YAGA 3CETA 3MCPA 2W40A 3DXKA 2ASMA 1MWMA 1X9JA 5AQGA 2E1YA 3LDPA 5F2RA 5AQUA 4BRCA 2A41A 1LOTB 5AZIB 3I33A 5KPZA 5BPNA 2E2NA 1ZBSA 2D0PA 4B1XB 3QBWA 2P9SA 2FF6A 4BGBA 4RCHA 3H1VX 1X3MA 3FGUA 4H5RA 3BF1A 3SJHA 2IVOA 5AQIA 4BRFA 3B8AX 4FOEA 3QMLA 1E4FT 4FOIA 2QW9A 2VCPA 4QS8A 4PL8A 3F9MA 2E1ZA 2YCHA 1GLAG 2F9WA 3JS6A 2E20A 3L0QA 3IDHA 2GWKA 1RGIA 1BWFO 4NO7A 4WQ5C 3WT0A 5AZJB 1SZ2A 3ULEA 1Z05A 5AQZA 5AQHA 5F0XA 3QB0A 3MK6A 3FLCO 4BRIA 2ITMA 1TYQB 2BUPA 3AARA 1JCFA 2YJFA 3H1QA 3O1BA 1BU6O 2P9KB 3MN6A 2GUPA 2IVNA 5LJWA 5AQFA 3RSEB 3R9PA 3D2FB 4CD1A 5JLHA 4GY2B 4EIAA 1D4XA 5BR9A 4IO8A 1GLDG 2GTDA 3QFPA 5AQLA 4H5VA 3AAPA 2V7ZA 4FWLA 1DGKN 3CIPA 2HOEA 3EN9A 4FWSA 1GLEG 5FPNA 1U2VB 3SMSA 4H0PA 4DB3A 3AY9A 4FWNA 3WEEB 4CZLA 2A6AA 4FWPA 2Q36A 4BC2A 1BA1A 3CERA 4BRLA 4CZFA 4F9OA 3DXMB 4E1JA 2HF3A 1NGIA 4EFHA 5I9EB 3VESA 4XH4A 2QWLA 1XQSC 3FFKB 4JHDA 4IJNA 1HKBA 1QQOA 1NGHA 5ELZA 3GOIA 3HM8A 3BF3A 3SMPA 5AQPA 4M7YA 3VF4A 2P9IB 1TUUA 1JCEA 1GLLO 2P9UA 1T44A 4WQ5A 2KHOA 5AQVA 3R8EA 4BC3A 5BPMA 3ZETA 3LM2A 1ZXOA 4MLEA 4XEIA 3U9DA 3FZMA 4K42A 4XH5A 3VPZA 2YI1A 3QDKA 4CBUA 4DQ8A 3GG4A 3CQYA 2HMPA 1YXQA 3DJCA 2QWPA 4A62A 2Q31A 5KQ8A 5AQMA 4O5FA 1V4SA 4BRQA 4WQ4C 2GELA 2QWOA 4CZMA 1QZ6A 5LY3A 3L4IA 2YHXA 2V7YA 1HKCA 1NGJA 3A8YA 3W3DA 3VEWA 3LDQA 5EY4A 2P9LA 1BA0A 4FO0A 1K8KA 4I6MB 3CJCA 5AFUA 1R59O 1HKGA 1HJOA 4DCHA 4B9QA 2QWRA 3EO3A 5AQRA 2E2PA 1CZAN 1Y64A 2P9NA 4A61A 4GNIA 4JHDB 3BP8A 3CJ7A 3VEZA 3EZWA 1BUPA 2IVPA 4LC9B 2W41A 5AQQA 2E8AA 1BDGA 4BROA 5BRHA 3UKUA 4JD2B 2GWJA 4BRMA 1NBWA 3WUHA 2A5XA 2QWNA 3VF2A 2VYPA 3QBXA 4CZGA 3H45C 2D0OA 5EXWA 1S3XA 3M1FA 4CZJA 4EAHD 4Z94A 3VERA 4CI6A 2FSNA 3C7NA 2FXUA 4BREA 5AQYA 3HTVA 3FZHA 1YVNA 4H0YB 1LCUA 1BOTO 1NGFA 2P9PB 1NGBA 2NRHA 3O4WA 4M7XA 4IWVA 4MO5A 4RWTA 4A2BA 3H3NO 4H0OA 4BVPA 3LDLA 4CBWA 1MWKA 4CZHA 4B1YB 4FPBA 5BN9A 5ADXA 5CE3A 4H03B 3ZEUB 1QZ5A 4CZIA 1T6CA 3D2EA 2OANA 3JXUA 3IUCA 4BR7A 5JICA 2ASPA 3MDQA 4YDUC 1SAZA 3O08A 3DWLA 3VGLA 3EKSA 4WQ4A 3MN5A 4NB4A 3D7EO 3ZX2A 3DXKB 4FWKA 3HZ6A 1ATNA 3QICA 4JN4A 3HSCA 4MO4A 1QHAA 2IIRA 1HUXA 3VEXA 2H3GX 4HTLA 4H5WA 5BREA 3VF6A 2P9SB 3UKRA 1XC3A 1ZC6A 1Q18A 3WQTA 1KAZA 2A42A 4IJAA 4JAXA 5AQOA 1NMDA 3IMXA 4BRAA 2AA4A 2WUSA 3EKUA 5AQXA 4A2AA 4BR4A 2YHWA 2ASOA 1DKGD 2UYTA 3O8MA 3FR0A 3ULEB 2FSKA 1E4GT 3U4LA 3MN9A 1G99A 2A3ZA 4BR0A 4CJ7A 2FLOA 2ZGZA 5EX5A 5FPDA 1GLFO 3CQXA 5AR0A 3VEYA 5E84A 4BR2A 4CD3A 3CJAA 3O5BA 1NLVA 3AAQA 3ZX3A 4AM6A 4CZKA 1HPMA 5AQJA 3VGKA 3HBTA 4BRHA 4QS7A 4HWIA 2FF3B 3H3OB 3ZX0A 5AZIA 1NGDA 3UB5A 1V4TA 2EWSA 1SQKA 2Q1NA 4FWRA 4YDUA 5KQDA 3FZKA 4IZ9A 3W0LA 5FPMA 4FL9A 2QWMA 2ZF5O 3H6EA 1OKJA 3CHWA 2I7PA 3A5LC 5AQTA 2E88A 3U8XA 3H46O 3SK3A 2PBDA 1X3NA 2E2QA 5AZJA 1Z6RA 3ATVA 5E26A 5JLFA 4H5NA 4PKIA 1KAYA 5KPRA 4IXCA 4EHUA 3L6QA 5EVZA 4J8FA 5AQNA 1C0GA 1IG8A 1TYQA 3VOVA 1T6DA 2NZTA 4PL7A 2VWBA 2P9UB 1EQYA 3A5OC 3ENHA 1RFQA 3LM9A 2Q2RA 4M63C 3VGMA 3ZETB 3GBTA 4FWOA 3LL3A 2P9KA 3WQUA 3VETA 2CGLA 3FZFA 3RSEA 1HX1A 3D2FA 4BGAA 4CZEA 3S41A 1NM1A 3FZLA 4FWQA 1QQMA 3VEVA 4BRDA 2YJEA 3I8BA 1ATSA 3HI0A 1IJJA 4H0XB 4BR9A 1KXPA 1QQNA 2Q97A 1U2VA 4B1ZA 2CH5A 1BG3A 4FSVA 4BG8A 4BRGA 3WEEA 4B1VA 4BRPA 3GL1A 2P9LB 1K8KB 4L3QA 2NLXA 2D4WA 5EOYA 3DXMA 2E2OA 3WXIA 5BRFA 1GLCG 3IFRA 5LJVA 2I7NA 5BRDA 1DEJA 4K41A 4BR5A 2P9NB 1ATRA 4DHYA 5AFUH 1KAXA 2PAVA 2Q0UA 5TKYA 1H1VA 2YHYA 3U9ZA 1J6ZA 1ESVA 2P9IA 4JNEA 4AM7A 3TPQA 5AQKA 4B1WB 1NGGA 3TU5A 4K43A 3UKUB 3VENA 1P8ZA 4FPAA 4BVOA 1NWKA 2QWQA 2A40A 4RTFD 4ISFA 1WOQA 3MN7A 3C7NB 4ISEA 5F1XA 1GLJO 2D1KA 3BEXA 2DPNA 2HF4A 2F9TA 4H5TA 5BN8A 3O1WA 4PKHA 3WXLA 2QXLA 3O80A 2V51B 3EL2A 1JCGA 5FPEA 2V52B 1NGAA 3VEOA 4H0VB 3CJBA 1XUPO 1NGCA 3M3ZA 5AQWA 2FSJA 3KVGA 4BG9A 5BPLA 3ID8A 4I6MA 4O8KA 3WXJA 2GEMA 3D2EB 3WXKA 1C0FA 3M6GA 1NGEA 1S22A 2QM1A 1BO5O 3J8AA 1HLUA 1TUYA 4PKGA 2ZGYA 3GE1A 3A5NC 5JMVA 3UE5A 5ADXH 4BQLA 3A5MC 1GLBG 1WUAA 4XH1A 4CBXA 2CGKA 3A0IX 4JD2A 2ZWHA 4H0TB 4K25A 3UKRB 4ISGA 4MLHA 3LDOA 3QFUA 3DAWA 4WYBA 3CJ9A 1RDWX 3G25A 4BQZA 3CJ1A 3KHYA 3ATUA 2J4RA 2AP1A 3CI5A 2P9PA 3P4IA 3FE1A 3SLCA 4BRKA 3LDNA 5KPTA 3R6MA 3OHRA 1U6ZA 5B8HA 4BC5A 2Q0RA 5AQSA 1YUWA 4C23A 3KZBA 4EHTA 3ENOA 4Y0WA 1MDUB 4KBOA 3C0BA 4B1UB 3O6WA 2BTFA 4QS9A 2CGJA 4FWMA 3ZEUA 4BRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HYSA 3GDQA 4BC4A 3BUZB 4GMJB 1MWMA 4BRCA 4GKKK 4DU3A 4CJKA 3I33A 1OVYA 5BPNA 3THVA 2NUBA 3CMEN 3G10A 1ZBSA 3CF5L 3SAFA 4BGBA 4F4KA 3EEQA 4KFBA 4B9TA 4AF1A 1N6QA 3FGUA 1HJRA 3B6PA 4FJLA 4BRFA 1IBLK 3B8AX 4JKAA 3LZIA 4NCGA 3HOSA 1T7PA 4DR4K 1E4FT 1YJ9N 2VCPA 4X62K 1B9FA 5M1NA 4EP5A 2YCHA 4IFEA 2F9WA 3DOKA 3JS6A 4DS5A 2G8KA 1BWFO 4NO7A 4WQ5C 3WT0A 3IKMA 5AZJB 3ULEA 4W5QA 5I42A 3PV8A 3QB0A 4DV2K 2O8FB 3PSIA 4NLCA 2FBYA 2OTJN 4DLGA 2F8TA 5HBMA 5I3UA 5M1FA 5DM6L 4R79A 3H1QA 1I94K 4A57A 1RNHA 1UWBA 2P9KB 3MN6A 3EZ5A 4IOCL 2IVNA 4KHQA 4LFAK 1Q86O 3D2FB 4B08A 1JKHA 4GY2B 4JKGB 1WN7A 4ZTJA 2OZSA 2XY7A 4CVNE 4FWSA 4OPJA 1GLEG 2QI2A 5GADP 3SMSA 4H0PA 2Q3SA 2OZMA 1QE1A 3OYGA 4IFVA 5K14A 3IAYA 4BC2A 1BA1A 4FJJA 4NCAA 3AVLA 4KH5A 4F9OA 4Y1CA 1BISA 3SBTA 2HF3A 1NGIA 4M3ZA 3T7ZA 4FCYA 1RTHA 4KI6A 1LWFA 4IJNA 1QQOA 3DLLL 3BY5A 1Q81O 5AQPA 3SV3A 4YOXA 4M7YA 4YHHK 1SUQA 2WC9A 4CJ5A 5AJ3K 1U45A 3QINA 3T19A 2KHOA 4BC3A 3V9ZA 5M1KA 3I0SA 1QVGM 1K8AO 4CJEA 4BY9C 4XIUA 5D3GA 1D5AA 4CERA 3HSTB 5C12A 3QDKA 4OKKA 3R3LA 5BR8K 2B6AA 4DQ8A 3CQYA 3HL8A 5GAEP 1ASUA 3CQ8A 4A62A 1VSKA 2Q31A 5AQMA 4F2RA 4EZ9A 4C8LA 4BRQA 3G0ZA 2GELA 2QWOA 1QZ6A 1Q9XA 3L4IA 2YHXA 3NGYA 1HKCA 1VHXA 4YOYA 4B9LA 1M90O 3BZCA 4FO0A 1REVA 3ZSVA 5C42A 2PY5A 3ASMA 1YHQN 3ZSXA 4FVUA 1U47A 3RRGA 3DLRA 3E9LA 2R7YA 3EO3A 1VQ9N 3EY1A 1LW2A 4JRPA 2E2PA 1Y64A 4A61A 3VEZA 3CJ7A 3CMAN 4KHYA 4CGIA 4FW2A 2IVPA 4LC9B 2W41A 2W42A 5AQQA 4HUFA 2GWJA 3Q7BA 3JAMO 2QWNA 4QOZB 4DUYK 2VYPA 4KAZA 3CC2N 4NYNA 2D0OA 3M1FA 3HPGA 3VERA 4J2AA 2FXUA 4BWJA 3ZT3A 3FZHA 1YVNA 3CCSN 3HOTA 4H0YB 1LCUA 1YTUA 1W97L 1NGBA 2NRHA 3O4WA 2UU9K 4DMNA 4FJ7A 3VQEA 4BACA 3H3NO 1MWKA 4MDBA 4GVEA 5CE3A 2YNHA 3D2EA 5C10A 2ASPA 4JK8A 3ZSWA 3DWLA 1TL3A 3EKSA 4WQ4A 4NB4A 3DXKB 4FWKA 1IBKK 3CCQN 3HSCA 1QHAA 3VQ8A 3D45A 4O44A 1HQEA 4WFNL 3J7YP 4BEBA 1ZC6A 4CHZA 3K5MA 4AILC 4I2PA 1I3AA 4OJRA 4LF8K 2YX6A 1XMQK 1EXQA 4OLBA 2ASOA 1P90A 2JLEA 1DKGD 4CJPA 2FSKA 3TI0A 2O8EA 4DV4K 1N33K 4CJ7A 3H08A 3QO9A 5FPDA 4DSLA 3QEPA 2Z1IA 3ULDA 1NLVA 3V9WA 3OYEA 1HPMA 4CF1A 4N47A 3ZX0A 1V4TA 3T3FA 1SQKA 3VQ6A 1X1PA 3DRRA 4YDUA 4CGGA 5KQDA 3FZKA 1CZBA 4DQSA 4BE7B 1NJZA 3TSUA 2D5RA 2QWMA 3DI6A 4B9SA 2ZF5O 5DM7L 2I7PA 4E0DA 4CJ4A 4KHWA 5JVHL 3RTVA 2E2QA 3THXB 1T8EA 1N36K 1Z6RA 5E26A 4LF6K 4HUGA 3C6UA 1WSFA 1BI4A 5KPRA 3KJVA 4CFDA 3L6QA 4J8FA 5HRRA 1C0GA 1NOZA 3OYHA 2NZTA 2VWBA 4X65K 4C1NI 4F8RA 1EP4A 1EQYA 4IG0A 1RFQA 3ZETB 3KIOA 1RT1A 3WQUA 3VETA 1VQLN 1HX1A 4CZEA 4DR2K 3S41A 1IV0A 3FZLA 4HCBA 4KHSA 3VEVA 4YORA 2ATQA 3I8BA 3F5TA 3AO2A 2C1GA 3ZLJA 1C0MA 2QEXN 3OYMA 4FJGA 2Q97A 3S9HA 2CH5A 2BH1A 2PFUA 4DTPA 3J7ZO 2HNYA 2P9LB 1U04A 2Z1HA 4YOVA 3L2VA 2HHTA 3RMDA 4MQ3A 3PX0A 3WXIA 3A2FA 5BRFA 1GLCG 4A59A 1ILYA 5BRDA 4CHPA 1TKXA 2P9NB 2HHXA 1A5WA 4DR1K 1SV5A 4JKEA 2Z1JA 2HBJA 5TKYA 2P9IA 1ESVA 2IOCA 4AM7A 3TPQA 3O9RA 3AO3A 3SQ1A 4JLHA 3VENA 3IS9A 4BVOA 3CCJN 4IFYA 4RTFD 5J2QA 1NU0A 3DLBA 3C7NB 3J80O 4AHUA 4LH5A 3OYNA 4JKHA 5LMNK 1QTMA 1BQNA 3AVAA 4B9NA 2G8VA 4B9MA 2F9TA 5JVGL 3LDSA 1OH8A 1NGAA 4M3YA 1JJ2M 1Z26A 3SNNA 3AA4A 1XUPO 3CPEA 4KTWA 3TABA 3KVGA 5BPLA 4DR6K 4JI6K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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