4B1ZA

Structure of the phactr1 rpel domain bound to g-actin
Total Genus 112

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
369
structure length
335
Chain Sequence
ALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (16-21)TIV1 (13-16)O1 (32-34)S1 (8-12)TII1 (21-24)AH1 (79-93)TI6 (322-325)3H6 (335-337)TI1 (97-100)TI2 (98-101)3H2 (260-262)AH7 (252-259)S6 (103-107)TII2 (108-111)AH2 (113-127)TI4 (234-237)S12 (238-241)TIV3 (129-132)S7 (131-136)3H1 (172-174)AH3 (137-145)S9 (160-166)AH5 (203-216)S8 (150-155)TI3 (156-159)S10 (169-170)TIV4 (165-168)AH4 (182-196)S11 (176-178)AH6 (223-232)TVIII3 (220-223)TI5 (242-245)S13 (247-250)AH9 (290-295)3H3 (264-267)3H4 (287-289)AH8 (274-284)TII3 (306-309)AH10 (309-320)S15 (329-330)S14 (297-300)TVIII1 (27-30)3H5 (302-304)S5 (75-76)S4 (71-72)TIV2 (71-74)TI7 (332-335)S3 (29-32)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
source organism Mus musculus
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 112
structure length 335
sequence length 369
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1zA03
1JCFA 3D2FB 3R6MA 3ENHA 3H1VX 3TPQA 2BUPA 4WQ5C 5AZIA 4A2BA 3QBWA 1DGKN 1V4TA 4H0OA 3VPZA 2I7PA 4XH1A 3ATVA 2P9LB 4BGAA 3FFKB 1IG8A 4FWSA 4BVOA 4K41A 3CI5A 3VEYA 3LM2A 4IJAA 5AZIB 5AQKA 5I9EB 3CJBA 4CZJA 4H0PA 2QWMA 2IVPA 4JN4A 4K43A 3UB5A 3GDQA 4QS9A 3S41A 4K25A 4BRKA 2D1KA 2CGLA 5AFUH 1LCUA 2AA4A 4B1XB 5KQDA 4CZLA 4DQ8A 5B8HA 5FPMA 1KAXA 4CBXA 4BG8A 1RGIA 3OHRA 3FZKA 5AQFA 3ZEUB 1NWKA 4BR5A 1ZBSA 3H45C 2Q2RA 4FSVA 5EXWA 3KHYA 2F9TA 3IUCA 5KPZA 3O6WA 2DPNA 1YAGA 3O1BA 2E2NA 1GLFO 1NGHA 5BN9A 3WXIA 3FE1A 2Q36A 5LJVA 2FSNA 3EL2A 3EKUA 4EAHD 3EKSA 4H5VA 2IVNA 1JCGA 1ATNA 2QWPA 5AZJB 3ULEA 1HKCA 5AQMA 3QDKA 2QWLA 2A5XA 2W40A 5KQ8A 1HLUA 4Z94A 4J8FA 3ULEB 3SJHA 4IZ9A 1S3XA 1T6CA 3I8BA 3W0LA 4BROA 1XC3A 2P9NA 4CZHA 2H3GX 1E4GT 3ATUA 4BR7A 4PKIA 2FXUA 2E1YA 3DWLA 4WQ4C 3ZETA 3L4IA 4PKHA 3VENA 4CD1A 3SMPA 5BPLA 2P9NB 1TUUA 1ATRA 3GE1A 3LDNA 2A3ZA 3VERA 1HPMA 3VEXA 2FSKA 4H5WA 5AQPA 2QWRA 1QQOA 4JD2A 5ADXA 2KHOA 4BR2A 1GLAG 2E8AA 5AQTA 2E88A 3QBXA 2D4WA 2E20A 1QQNA 3FLCO 3HSCA 4JD2B 3HM8A 2GEMA 1RFQA 3M6GA 3VF6A 3VETA 3ID8A 1NM1A 3HBTA 1MDUB 5AQHA 3HTVA 2GUPA 3CJ1A 2YJEA 1NMDA 3A5NC 4DB3A 2HMPA 3RSEB 4A62A 3LL3A 2QWQA 4H0TB 4M7XA 4BC4A 2BTFA 3U9DA 1WUAA 4M63C 5JLFA 2P9UA 4H5RA 3MN9A 4FOEA 4I6MB 4BRNA 2GWKA 2QM1A 1WOQA 3L0QA 1NGDA 4XH4A 5AQYA 3LDLA 3CERA 3FR0A 3VF2A 4BGBA 4C23A 1NGJA 1QZ5A 1C0FA 3GOIA 3H3OB 4E1JA 3J8AA 1GLLO 5BRFA 3IFRA 3WT0A 1ESVA 4H0YB 3DJCA 2ZF5O 1NGCA 3VGMA 1BDGA 4MO5A 4H0XB 3VEWA 2P9SA 2V7YA 4B1UB 1BG3A 1Z05A 3CIPA 4KBOA 1S22A 3P4IA 4FWMA 2OANA 2QWNA 2D0OA 3R9PA 1BA1A 1LOTB 3M3ZA 3QMLA 1QHAA 2PAVA 2Q1NA 2P9SB 3WXJA 5ADXH 2ASMA 3BF1A 1K8KA 3CJAA 4JAXA 4B1ZA 2P9PA 3FZHA 4YDUC 5JLHA 4BR9A 5CE3A 3BF3A 1X9JA 4CZGA 1NBWA 4Y0WA 4BREA 1Q18A 2W41A 1JCEA 1KAZA 1K8KB 1QZ6A 3ZX3A 1NGIA 1XUPO 4FO0A 3LM9A 2E2QA 1KAYA 2V7ZA 4PKGA 4PL7A 3M1FA 4HWIA 4M7YA 2Q0UA 3D7EO 4BG9A 4IO8A 4WYBA 5E84A 3UKUA 4BC2A 3H6EA 1GLCG 1G99A 2YHWA 1RDWX 3G25A 3CQXA 3QB0A 4FWNA 3GBTA 1EQYA 3WXLA 1BWFO 3UKUB 3ZX0A 5LJWA 4QS8A 2CGJA 4A2AA 4FWLA 2YCHA 3QFPA 4DCHA 3WEEA 4H5TA 3LDQA 4CI6A 3JS6A 4PL8A 5AR0A 3TU5A 2HF3A 1GLJO 2I7NA 4B1YB 4BQLA 4BVPA 4EIAA 3CQYA 1D4XA 1ZXOA 4NB4A 3MDQA 1GLEG 4CZKA 3O5BA 3C7NA 2VYPA 1IJJA 2IVOA 2Q31A 1U6ZA 4JNEA 4BRHA 2CH5A 4H5NA 4B1VA 4WQ5A 1HKGA 2QXLA 3BUZB 5BN8A 1NLVA 3C7NB 4BRFA 5EVZA 4FOIA 3O4WA 3VEOA 5BRHA 3ZETB 5FPDA 3FZMA 3DXMA 3VESA 3C0BA 3L6QA 3U8XA 2V51B 4FPAA 1X3NA 2ITMA 4BR4A 3DAWA 2FSJA 2PBDA 3A0IX 1BUPA 2YHYA 4QS7A 3DXMB 4RWTA 4XH5A 4FPBA 5TKYA 4BRPA 4DHYA 5AQGA 4FWQA 3SK3A 1U2VA 4BC5A 2IIRA 5BPMA 1BU6O 1DKGD 3AY9A 4IXCA 5AQQA 4CZFA 1NGBA 5KPRA 1TYQA 3WQTA 5EOYA 1ATSA 2FF3B 2EWSA 3F9MA 4ISGA 1T44A 2V52B 2ZGYA 5F0XA 1NGFA 5AQLA 4MLHA 4JHDA 4CZIA 1TYQB 5BR9A 3ZX2A 4BRAA 5AQWA 4BRDA 3VF4A 5AQNA 4CZEA 4BRCA 1BOTO 2P9UB 4FWPA 3GG4A 4BRGA 1HUXA 1C0GA 4IWVA 4JHDB 4GY2B 3WXKA 3ENOA 3CJCA 3D2FA 1MA9B 3DXKA 5E26A 5JMVA 3U4LA 1YXQA 3AAQA 2A42A 4EHTA 2VWBA 3QICA 2P9LA 1YVNA 3A5LC 4FWRA 1R59O 3VGLA 1SAZA 5KPTA 3DXKB 4L3QA 5ELZA 3KVGA 4HTLA 1HKBA 3W3DA 4CD3A 3WQUA 4ISEA 3FZFA 5AQJA 3O8MA 4O8KA 3A5OC 3CETA 1GLDG 5AQXA 2A41A 4WQ4A 2P9IA 2P9PB 2YJFA 1J6ZA 1T6DA 5EX5A 3BEXA 1HX1A 3IDHA 3LDPA 4CJ7A 1OKJA 2E2PA 2P9IB 4H0VB 3CJ7A 4K42A 4RTFD 1ZC6A 2P9KA 3ZEUA 3EN9A 4XEIA 3O08A 4H03B 3A5MC 3B8AX 1HJOA 3D2EA 3GL1A 4O5FA 5LY3A 4CBWA 3BP8A 3MN5A 2F9WA 4B1WB 4MO4A 2P9KB 3D2EB 5BREA 3LDOA 3EO3A 1YUWA 3MN7A 4CBUA 4CZMA 1Z6RA 2GTDA 3H3NO 4AM6A 4BC3A 3I33A 4BQZA 5F1XA 3MK6A 1CZAN 3WEEB 1DEJA 5AQUA 2Q97A 5AZJA 4FWOA 3H1QA 1X3MA 1P8ZA 2Q0RA 3R8EA 1TUYA 3O1WA 4A61A 5AQOA 5BPNA 2ASOA 4F9OA 5JICA 3H46O 4RCHA 3IMXA 2ASPA 4BRQA 2FLOA 1XQSC 3MMVA 4BRIA 2NZTA 3FZLA 1Y64A 2ZWHA 3MCPA 2FF6A 4GNIA 1H1VA 5EY4A 2HF4A 4IJNA 4FL9A 2CH6A 4NO7A 3JXUA 5BRDA 3MN6A 1BA0A 2YI1A 1QQMA 2A6AA 2VCPA 1E4FT 1NGGA 2D0PA 1MWMA 1KXPA 1BO5O 5F2RA 2A40A 1V4SA 2UYTA 2E2OA 3VGKA 4AM7A 4EHUA 1MWKA 3KZBA 5FPNA 4YDUA 3CJ9A 2GWJA 2HOEA 3CHWA 1NGAA 3VEZA 2NLXA 4LC9B 3WUHA 5AFUA 2YHXA 2WUSA 2J4RA 2E1ZA 2ZGZA 2CGKA 4MLEA 3VEVA 1U2VB 3UKRA 1GLBG 3QFUA 3SLCA 2QWOA 3SMSA 1NGEA 4ISFA 4FWKA 2GELA 3O80A 3RSEA 2AP1A 4BRLA 4EFHA 5FPEA 4BRMA 1SQKA 1SZ2A 3UKRB 4B9QA 2NRHA 3HZ6A 4I6MA 3FGUA 2QW9A 3AARA 5AQIA 3HI0A 5AQZA 3VOVA 4BR0A 5AQVA 5AQRA 3AAPA 3UE5A 3U9ZA 3A8YA 3EZWA 5AQSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OS2A 3D2FB 3R6MA 4FJ7A 1TAUA 1KLNA 5AZIA 1IO2A 4NYNA 2YKNA 3Q7CA 4CGFA 4FM1A 3LAKA 3G6EN 2ETJA 4XIUA 2P9LB 4DU1A 3FFKB 1IG8A 1FW6A 3CI5A 4KTQA 4DLEA 3LM2A 4IJAA 5AZIB 3CJBA 3OBWA 3ALYA 4MDBA 1JLFA 3SJJA 4CZJA 4F4KA 1UOCA 4B9SA 4JKHA 2VQFK 2QWMA 1QHTA 4K43A 3NMUA 3UB5A 4BDYA 3A2FA 3SI6A 5SWMA 4NLBA 3S41A 3LWMA 4DFMA 2XHBA 3EZ5A 1JL2A 4FK4A 1WSIA 2KW4A 5J2PA 1LCUA 2AA4A 5KQDA 1SKRA 4CZLA 4RW4A 2ZJRL 5LL6Z 3V9XA 1RGIA 3IRXA 3OHRA 3F2KA 3ZEUB 1TAQA 4JKEA 2P5GA 3HP6A 4B3TK 3MX5A 3G4SN 2FBTA 1C1CA 4NLCA 3RMDA 4FSVA 1S9GA 2F9TA 3O6WA 1NK4A 1HYVA 1CXUA 1YAGA 3HRGA 2E2NA 2JGUA 1NGHA 5BN9A 3WXIA 3QEWA 3FE1A 4CE9A 5SZTA 3AO5A 1YHQN 4CJ4A 5M1NA 3S9HA 4CJRA 5AZJB 4YOTA 1YJWN 4HUFA 1EKEA 5HP1A 3EYZA 1RDAA 1JKHA 1MU2A 1HLUA 2HSTA 4AHVA 1NK5A 3I8BA 2E4LA 2NRVA 1VQNN 3AA2A 1O13A 4FJHA 4J2BA 2FXUA 2E1YA 4DTSA 4B9MA 3AO1A 3CC4N 5JS1A 4PKHA 3AVIA 4BE2A 1TUUA 1KVCA 1NK0A 4JEPA 4U7BA 1YI2N 1TKZA 3MX2A 3VEXA 4CJ5A 3HT3A 1NNEA 1RT5A 2RPIA 4J2EA 2ZJQL 2QWRA 3MWTA 3O9SA 1LWCA 1GLAG 2E8AA 5C24A 4CEFA 4BE0A 3SUQA 1QQNA 3D6RA 1BIZA 1SV5A 4Y1CA 3VQ5A 1S5JA 3TARA 3HM8A 3KLFA 4ELUA 4DKWA 3VQ8A 4Z4FA 1XMOK 1KRPA 1XMQK 3OBYA 3HTVA 2GUPA 1U04A 3RMBA 4I2PA 4DB3A 1VQPN 1HYZA 3NGYA 3LL3A 4H0TB 1A5VA 4BC4A 3U9DA 3DLKA 4M63C 4H5RA 1N8RO 1VQ8N 1WOQA 4WE1A 1Q81O 1HQUA 4FZYA 3T19A 1G15A 4NCGA 5KI6A 1S1UA 1U48A 4LSNA 3WT0A 1ESVA 4CJPA 5BR8K 5EU7A 1CXQA 1FKPA 2NRWA 2O4GA 3V6DA 1IH7A 4H0XB 1IKYA 2V7YA 1BG3A 1BCOA 2KFZA 3P4IA 2OANA 2QWNA 3R9PA 2PAVA 5K14A 4BE7B 3TAEA 4YDUC 3AVMA 5CYQA 4BR9A 5CE3A 1TVRA 4Y0WA 3L2WA 4JI1K 3SUOA 3KLIA 4CJVA 1F21A 1NGIA 3R1XA 3CC2N 1KSPA 1D5AA 3NGZA 3M1FA 5HRRA 2G8FA 2DTUA 4BEBA 4OKEA 4I2QA 1WAFA 3D7EO 3WNHA 3UKUA 4B3RK 3E9LA 3H6EA 4NYFA 1WBBA 2HBMA 2YHWA 3BY5A 1XHZA 1EQYA 2BGGA 4IBNA 3UKUB 4LSLA 3NAEA 4CFBA 5LJWA 5GADP 4DFKA 2CGJA 1Q82O 2YCHA 5C2DA 1K73O 3K9KA 4IEIA 4CI6A 1R0AA 2ZQBA 2HMIA 3KD5E 3ITHA 2A1SA 4HCCA 4CEDA 1EP4A 3MDQA 4KH5A 4CZKA 3O5BA 3C7NA 1IJJA 2IVOA 1U6ZA 4H5NA 1RTDA 3SUNA 1KFSA 4I9LA 4B1VA 4WQ5A 1VSJA 3QINA 1BHLA 3V1OA 5BN8A 1Q9YA 1NLVA 3C7NB 1VSEA 5EVZA 3MECA 4FOIA 1KVBA 2ZE2A 3ZETB 3FZMA 2OYQA 3VESA 3P31A 5C10A 3AVCA 2F7TA 2V51B 2WONA 1X3NA 1WSJA 1TL3A 3DAWA 1L3SA 3A0IX 3QEVA 2YHYA 4ZTFA 3LWLA 4CFCA 3EE8A 3NF9A 4W5NA 4FXDA 1Q86O 4F3OA 1W7AA 4DQIA 1C0UA 3THWA 3OYMA 3NE6A 3SK3A 1N34K 2RHKA 3AY9A 3I55N 1T7PA 4O55A 3I0SA 3V81A 3THWB 5EOYA 2UXCK 2FF3B 2EWSA 3CFRA 3F73A 4KTWA 4DSKA 4FJJA 2V52B 2ZGYA 5AQLA 4MLHA 4JHDA 4AHSA 1Z25A 3ZX2A 4BRAA 3RR8A 1BOTO 4BRGA 3OJUA 4JHDB 4GY2B 3ENOA 1SL0A 1C6VA 1MA9B 4EZ9A 5GAEP 4CIFA 5JMVA 4DV2K 1YXQA 2VGNA 3AAQA 3TAGA 1RNHA 3DOLA 4AQYK 4CHYA 3KK3A 4YOYA 4CESA 3KVGA 3TSPA 2EX3A 3NH0A 3AVAA 4FK2A 3O8MA 2C1GA 2A41A 4WQ4A 1OH7A 3L8BA 2P9PB 4CHZA 5EX5A 3QEIA 1HX1A 5J1EA 1TL1A 4LY7A 1VQ7N 4E7HA 1JJ2M 4DTJA 4BE1A 3DLLL 3B8AX 2YNHA 3PIOL 3DLBA 4JK8A 4OGEA 3GL1A 1HNVA 2KLAA 2KZZA 4YNQA 4B1WB 4MO4A 2HBKA 1IKWA 2EHGA 5BREA 4JI5K 3K0SA 4LFCK 4DV7K 2VG6A 2FBVA 2ZD1A 4CZMA 1J53A 2IAJA 5KGWA 4E7LA 1LW0A 4BC3A 5JVGL 3I33A 3WEEB 1DEJA 3AA5X 2UUAK 2WC9A 3VMFB 5J2MA 4BDPA 2O4IA 4OGCA 3V9SA 4KREA 1YTUA 3K59A 4FCYA 3DRPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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