The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
108
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sequence length |
372
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structure length |
367
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Chain Sequence |
EVQALVIDNGSGNVKAGVAGDDAPRSVFPSIVGRPRHGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRAAPEEHPVLLTEAPLNPKGNRERMTQIMFESFNVPAMYVAIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTEYLMKILHERGYGFSTSAEKEIVRDIKEKLCYIALNFDEEMKTSEQSSDIEKSYELPDGNIITVGNERFRCPEALFQPSFLGKEAAGIHTTTFNSIKKCDVDIRKDLYGNIVLSGGTTMYEGIGERLTRDITTLAPSTMKIKVVAPPERKYSVWIGGSILSSLSTFQQMWITKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Motor protein
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| source organism |
Plasmodium berghei
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| publication title |
Structural Differences Explain Diverse Functions of Plasmodium Actins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE, ACTIN
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| total genus |
108
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| structure length |
367
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| sequence length |
372
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-10-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00022 | Actin | Actin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Actin; Chain A, domain 4 | Actin; Chain A, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AQH A; 4FWN A; 1LCU A; 2VWB A; 3IDH A; 3VOV A; 3VEN A; 5AFU A; 3QML A; 3QBX A; 3KZB A; 4YDU C; 3MMV A; 5EOY A; 3CHW A; 4CZG A; 1G99 A; 4FWR A; 3VF6 A; 4WQ4 C; 4WQ5 A; 3O8M A; 5LY3 A; 2P9P A; 3U9Z A; 3R9P A; 4CBX A; 2HF4 A; 4FWK A; 3FZK A; 5BPL A; 2W41 A; 1XC3 A; 3KHY A; 4BG9 A; 1NGJ A; 4K42 A; 5AQL A; 2E8A A; 4BGB A; 3SJH A; 5AQN A; 3AAP A; 1H1V A; 3ENO A; 5F0X A; 2P9S B; 4JD2 A; 2E2O A; 3O4W A; 2ITM A; 3D2F B; 3AY9 A; 1DEJ A; 1ESV A; 4GY2 B; 3IMX A; 1HUX A; 2BUP A; 3L4I A; 1ATS A; 3U4L A; 3VET A; 1U2V A; 1E4F T; 2E20 A; 4BC2 A; 3ZET A; 2QXL A; 3VGM A; 3DXM B; 1NBW A; 3L6Q A; 1NGG A; 4H03 B; 2HOE A; 5BRD A; 3QB0 A; 4ISE A; 4JNE A; 3H3N O; 1BO5 O; 1V4S A; 3IFR A; 1NWK A; 3FLC O; 3JXU A; 1NGH A; 1GLJ O; 2V7Y A; 1TUU A; 3JS6 A; 3O6W A; 3S41 A; 3LDL A; 4B1Y B; 3H6E A; 3ZEU A; 2FLO A; 1GLF O; 4PKG A; 4FPB A; 1MWK A; 3SMP A; 2AA4 A; 5BRE A; 4XH5 A; 1SAZ A; 3CER A; 1IG8 A; 3WUH A; 5BPM A; 4DCH A; 4B9Q A; 2Q31 A; 4I6M B; 3SK3 A; 1XQS C; 1SZ2 A; 1CZA N; 3FR0 A; 2WUS A; 2E1Z A; 3TPQ A; 3UB5 A; 3MK6 A; 2P9N A; 2QWO A; 1T6D A; 3ID8 A; 5JLF A; 2A42 A; 1JCG A; 1OKJ A; 4F9O A; 3HZ6 A; 3U8X A; 3CIP A; 4BGA A; 3MDQ A; 1GLB G; 3FZF A; 5JMV A; 1KXP A; 5ADX A; 1HX1 A; 1JCF A; 1HJO A; 4JN4 A; 1ZC6 A; 4FWQ A; 4M7X A; 2EWS A; 2YHY A; 1NM1 A; 1HLU A; 1BU6 O; 3DJC A; 5AQS A; 4CZH A; 2VCP A; 5AQF A; 4H0T B; 3VES A; 4M7Y A; 5JLH A; 1KAY A; 4J8F A; 3FZM A; 1QHA A; 2YHX A; 3BF1 A; 1S22 A; 2CGL A; 4BR0 A; 2Q0R A; 2VYP A; 5EXW A; 5FPN A; 1J6Z A; 2QWR A; 2D0P A; 4IO8 A; 4JHD A; 5E84 A; 4DQ8 A; 4FWS A; 2F9W A; 5AQJ A; 3EO3 A; 4AM7 A; 4BQL A; 4L3Q A; 1KAX A; 3O80 A; 4RCH A; 5KPZ A; 2E2N A; 2P9L A; 3GL1 A; 3ULE A; 5AQW A; 4BRF A; 2CGJ A; 2GUP A; 3C0B A; 3CI5 A; 3LDP A; 2FXU A; 3A5M C; 5EX5 A; 1HKC A; 5FPE A; 2GEL A; 4BR7 A; 1BDG A; 2YI1 A; 4H5T A; 4XH1 A; 3SMS A; 2KHO A; 4BRD A; 2P9P B; 3HTV A; 3ZX2 A; 5EVZ A; 4BG8 A; 4H5R A; 1NGI A; 2IVP A; 2OAN A; 1V4T A; 3R8E A; 2P9K A; 3LM2 A; 2QWQ A; 3W0L A; 1X3M A; 4DHY A; 4JD2 B; 4CJ7 A; 4BC3 A; 2NLX A; 4IJN A; 4BRP A; 3D2E A; 5AQZ A; 2PAV A; 1Y64 A; 3FGU A; 4WYB A; 1C0G A; 1WUA A; 2A6A A; 2P9U A; 3I33 A; 4CZF A; 1U2V B; 4BQZ A; 3QFP A; 2E1Y A; 4FWO A; 3ZET B; 4CZK A; 4WQ5 C; 3C7N A; 4BRL A; 3VER A; 2GWJ A; 4H0O A; 3H3O B; 3LL3 A; 2CH5 A; 3BP8 A; 3M1F A; 2IVO A; 4K25 A; 4BR5 A; 1ZXO A; 4H0X B; 4ISG A; 4Z94 A; 1YAG A; 1GLA G; 2FSN A; 3F9M A; 3ZEU B; 4XH4 A; 2GWK A; 3EL2 A; 4AM6 A; 3CJ1 A; 3RSE A; 4BRI A; 2E2P A; 5KPT A; 1XUP O; 5AQG A; 4H5V A; 3CET A; 4FWL A; 1WOQ A; 2D1K A; 3WXK A; 4NB4 A; 3MCP A; 3O1B A; 1NGD A; 4B1X B; 4BRG A; 5AQV A; 4ISF A; 3ATU A; 4RTF D; 3H45 C; 4KBO A; 2P9N B; 3VGK A; 5CE3 A; 1YVN A; 5LJW A; 3MN6 A; 5AZJ A; 1NGC A; 5AQR A; 2D0O A; 4BRK A; 2A5X A; 5AQP A; 1QQN A; 1BA0 A; 4FOI A; 2Q1N A; 4BR2 A; 3A5N C; 4O5F A; 1BOT O; 2I7P A; 1ATR A; 3A5L C; 4K43 A; 3OHR A; 5AQI A; 4MLE A; 5TKY A; 1HKG A; 3UKU A; 4MO4 A; 2V51 B; 3EKS A; 3DXK A; 3HSC A; 3WT0 A; 3WEE A; 2V52 B; 5FPM A; 5AR0 A; 1P8Z A; 4QS9 A; 3CJC A; 2Q36 A; 3IUC A; 3AAQ A; 3QIC A; 3GE1 A; 3H46 O; 4K41 A; 3P4I A; 1TYQ A; 2QWN A; 2E88 A; 4DB3 A; 3GG4 A; 4JHD B; 3WXI A; 3EZW A; 3L0Q A; 3UKR A; 3VGL A; 5AZI A; 2CH6 A; 4BC4 A; 4BRN A; 4GNI A; 1YXQ A; 3FE1 A; 4A2B A; 4LC9 B; 5BR9 A; 1RFQ A; 2P9I A; 3ATV A; 4BR9 A; 4FWM A; 2P9L B; 3ULE B; 3VPZ A; 3BUZ B; 3BF3 A; 4BR4 A; 5BPN A; 4YDU A; 2HF3 A; 2W40 A; 3BEX A; 1DKG D; 4CD3 A; 4BRC A; 1GLD G; 2BTF A; 4CZL A; 5LJV A; 2YJF A; 3MN9 A; 2ZGZ A; 4FSV A; 1K8K A; 1QQO A; 4PKI A; 2YHW A; 4A61 A; 3MN7 A; 4WQ4 A; 2A3Z A; 3H1V X; 1NGA A; 1EQY A; 1U6Z A; 5KPR A; 1BUP A; 4Y0W A; 4RWT A; 1C0F A; 2FF3 B; 4BRO A; 1T44 A; 3QBW A; 4NO7 A; 4PKH A; 2ASP A; 2P9K B; 3DAW A; 3O5B A; 4B1U B; 2HMP A; 1BG3 A; 4EIA A; 3A8Y A; 3B8A X; 3UE5 A; 3VEW A; 4O8K A; 3LDO A; 1QZ6 A; 4XEI A; 3D2E B; 3CJ7 A; 1E4G T; 5BN8 A; 4PL8 A; 1GLE G; 3H1Q A; 3VEZ A; 4BVO A; 3HI0 A; 1R59 O; 1QZ5 A; 3I8B A; 2P9U B; 3ENH A; 1NGB A; 1TUY A; 4CZI A; 3VF4 A; 3J8A A; 3U9D A; 5AFU H; 2QM1 A; 3C7N B; 1Z6R A; 3KVG A; 4CBW A; 2J4R A; 5KQ8 A; 4EHT A; 1RDW X; 1JCE A; 4IZ9 A; 2GEM A; 3CQY A; 4CD1 A; 3ZX0 A; 1D4X A; 2UYT A; 1MDU B; 5BRF A; 5AQQ A; 3FZL A; 1NMD A; 3CJA A; 2AP1 A; 5AQU A; 4BVP A; 1IJJ A; 3DWL A; 3RSE B; 4IXC A; 2P9S A; 3A5O C; 1QQM A; 3D2F A; 4CZM A; 3G25 A; 2CGK A; 3A0I X; 4EHU A; 3CJB A; 1HPM A; 4FOE A; 4A2A A; 3MN5 A; 4A62 A; 4CBU A; 2FF6 A; 3VEY A; 1HKB A; 3TU5 A; 1YUW A; 3FFK B; 3EN9 A; 5AZJ B; 2I7N A; 3DXM A; 1MWM A; 2FSJ A; 3HBT A; 5AQO A; 4BRQ A; 5AQT A; 3W3D A; 4C23 A; 4EAH D; 5B8H A; 5BRH A; 3SLC A; 5FPD A; 1KAZ A; 2H3G X; 1SQK A; 1ZBS A; 3M3Z A; 5I9E B; 4HWI A; 4HTL A; 2PBD A; 3UKU B; 1LOT B; 4E1J A; 2FSK A; 3DXK B; 3EKU A; 3WEE B; 5AQK A; 4H0Y B; 4FL9 A; 3O1W A; 2ASO A; 2Q2R A; 5AQY A; 4BRE A; 2NZT A; 3M6G A; 3LM9 A; 4M63 C; 4H5N A; 5ELZ A; 1DGK N; 3VEV A; 4B1W B; 1S3X A; 1X9J A; 1TYQ B; 2A40 A; 5AQM A; 4I6M A; 4MLH A; 4JAX A; 2Q0U A; 1ATN A; 2IIR A; 2YCH A; 4CI6 A; 5BN9 A; 2QWP A; 3UKR B; 3VF2 A; 2ZWH A; 4BRA A; 4H5W A; 3FZH A; 5AZI B; 3WQU A; 3WXL A; 4QS7 A; 1Z05 A; 1T6C A; 4BC5 A; 4IJA A; 4CZE A; 2ASM A; 4MO5 A; 2QWL A; 4B1V A; 2P9I B; 4BRH A; 2V7Z A; 2Q97 A; 3AAR A; 2IVN A; 2YJE A; 1NGF A; 4FPA A; 2F9T A; 1GLC G; 3O08 A; 4EFH A; 2D4W A; 4H0V B; 1BA1 A; 3D7E O; 3CQX A; 2DPN A; 3R6M A; 5E26 A; 5EY4 A; 1K8K B; 1GLL O; 3WXJ A; 4B1Z A; 1RGI A; 4FWP A; 5F2R A; 5AQX A; 4H0P A; 4PL7 A; 2GTD A; 2QW9 A; 1NGE A; 2NRH A; 4FO0 A; 5ADX H; 1MA9 B; 3LDN A; 3VEX A; 3VEO A; 2ZF5 O; 3QFU A; 5F1X A; 4CZJ A; 2A41 A; 4BRM A; 3ZX3 A; 2E2Q A; 1Q18 A; 4IWV A; 1BWF O; 2ZGY A; 3CJ9 A; 3GOI A; 3GBT A; 3QDK A; 4QS8 A; 1X3N A; 5JIC A; 3LDQ A; 1NLV A; 2QWM A; 3GDQ A; 3HM8 A; 5KQD A; 3WQT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3J80 O; 5J2N A; 3WNG A; 4DR1 K; 5J2Q A; 1JL2 A; 2YKN A; 1BQM A; 3PO4 A; 1K9M O; 2P1J A; 4BE1 A; 1RDB A; 1KFD A; 4PQU A; 1TAU A; 1VRT A; 1G99 A; 4B3T K; 3SPY A; 4DTU A; 4R79 A; 5HP1 A; 4KHS A; 2O8B B; 1NMN A; 4GV9 A; 4FWK A; 2HHQ A; 1RT6 A; 3F5T A; 4K42 A; 5AQL A; 3DOL A; 1VQ9 N; 4C8N A; 5AQN A; 3AAP A; 5F0X A; 1JLA A; 2P9S B; 1TKX A; 3NF8 A; 3AY9 A; 3CM6 A; 3NBP A; 3IMX A; 3UIQ A; 3ZSR A; 3S3N A; 1HUX A; 3L4I A; 1VQL N; 4W5R A; 1NK4 A; 1VQ5 N; 4OO1 J; 2QA4 N; 3T3F A; 2G8W A; 4JI4 K; 4AH9 A; 3L2R A; 2W42 A; 1E4F T; 2E20 A; 2HHU A; 3VTH A; 3ZET A; 3VGM A; 3DXM B; 1YJ9 N; 3V9X A; 3QB0 A; 4ISE A; 4JNE A; 2HBM A; 1Q7Y O; 4NXM K; 1YJW N; 1RNH A; 1S9E A; 3AVB A; 1NGH A; 1GLJ O; 2VWK A; 3JS6 A; 3LDL A; 4IBN A; 1GLF O; 3L3U A; 3WNF A; 3PX4 A; 5HRP A; 2RPI A; 3RMB A; 3VTI A; 4M45 A; 4XH5 A; 4KHP K; 4NCG A; 1SAZ A; 2A1S A; 1ZYQ A; 3CER A; 3HT3 A; 4B9Q A; 4I6M B; 2KW4 A; 4FM0 A; 1WSI A; 2NRT A; 3BY5 A; 4ZHR A; 4OVL A; 4DTP A; 1QQC A; 3T7Z A; 1CZA N; 1J9A A; 2E1Z A; 5CZ2 A; 4E7H A; 2YNG A; 2QWO A; 5M1F A; 4W5Q A; 4HUG A; 1Y97 A; 2ZE2 A; 3HZ6 A; 1QSS A; 4CK3 A; 4E7K A; 4BGA A; 5JMV A; 3E9P A; 1KXP A; 1HX1 A; 1JCF A; 5GAH P; 4JN4 A; 2RE2 A; 4DS4 A; 4DQP A; 2YHA A; 3DJC A; 3CCJ N; 4CZH A; 5AQF A; 3VES A; 5JLH A; 3M8S A; 2VQE K; 1KAY A; 3RR8 A; 4J8F A; 1QHA A; 3AVA A; 4YY3 K; 4HHT A; 4BR0 A; 1VSM A; 3DLG A; 2JWL A; 4JHD A; 3CYM A; 4BDP A; 4BWJ A; 1N6Q A; 3MXM A; 2Y1I A; 4QAG A; 4BQL A; 3R3L A; 1KAX A; 4DTS A; 4C8O A; 5KPZ A; 4FJX A; 3CYG A; 3NHG A; 3LDP A; 3CI5 A; 1HQU A; 3A5M C; 1XHZ A; 4FJM A; 5EX5 A; 4B3O A; 2GEL A; 2HVI A; 1BDG A; 1NK9 A; 4H5T A; 3VQ5 A; 1HNZ K; 2KHO A; 1VQN N; 2HHT A; 2YV0 X; 4J2B A; 1K6Y A; 2F8S A; 4KB1 A; 2RF2 A; 4FJ5 A; 1NGI A; 2ZJQ L; 4CW7 B; 3LAL A; 3R8E A; 4AHR A; 5KRS A; 1N33 K; 4JKA A; 1L5U A; 1FJG K; 2JWK A; 4Z4F A; 4OKE A; 4AHS A; 4BRP A; 2G8I A; 1WLJ A; 3EY1 A; 3D2E A; 5KI6 A; 1IKY A; 1S6P A; 1TKD A; 1Y64 A; 4DSJ A; 2NNW A; 1C0G A; 1WUA A; 3I33 A; 2P9U A; 4CZF A; 3AO1 A; 4WE1 A; 4OPA A; 1JLC A; 1TK0 A; 5KGX A; 4IOC L; 4WQ5 C; 3C7N A; 4FLT A; 2GWJ A; 4DR3 K; 4H0O A; 3H3O B; 3LL3 A; 4KH5 A; 1SS6 A; 3OYB A; 1NU0 A; 4ISG A; 4Z94 A; 3AO2 A; 1EO1 A; 3QEW A; 2UXD K; 3RMD A; 3F9M A; 2GWK A; 4O44 A; 2HHI A; 3CCE N; 3CJ1 A; 3RSE A; 2E2P A; 1KLM A; 3HK2 A; 4H5V A; 3CET A; 1WOQ A; 4B9V A; 1W7A A; 4L8R B; 3MXI A; 3O1B A; 1NGD A; 3JYT A; 4K0K K; 1XMO K; 2OCE A; 3ATU A; 4RTF D; 3H45 C; 4EZ6 A; 4KBO A; 3NCI A; 1HYV A; 5FRM A; 1U04 A; 1JLQ A; 1VK0 A; 3AA2 A; 5LJW A; 4Z4G A; 1LWF A; 2X74 A; 5AQR A; 1VSJ A; 4BRK A; 5LMN K; 2A5X A; 2G8F A; 2R7Y A; 2G8V A; 2Q1N A; 2I7P A; 3LAN A; 4RW4 A; 3MCA B; 4KKO A; 3A5L C; 3K5L A; 3OHR A; 4MLE A; 3AVG A; 3UKU A; 4M42 A; 4FJ8 A; 3HSC A; 1TK8 A; 3K9K A; 5FPM A; 2OPR A; 5AR0 A; 1M1K O; 1C1A A; 4C8L A; 5JEN A; 2ITG A; 1RDD A; 4LF7 K; 2WBN A; 2E88 A; 3TSU A; 3WXI A; 3CCS N; 3SQ2 A; 2O4I A; 2EHG A; 4DV1 K; 3FE1 A; 4JI7 K; 1B9F A; 5C2F A; 2P9L B; 3OA9 A; 1TKZ A; 3ULE B; 1ASU A; 3BF3 A; 3BUZ B; 2OTL N; 3KD1 E; 4BR4 A; 4PUO A; 3ITH A; 4ID5 A; 5T7B A; 3BEX A; 1HNW K; 1JLB A; 3C6T A; 3M8Q A; 1EX4 A; 4HCB A; 3MWP A; 4PKI A; 3PSF A; 1U6Z A; 1BUP A; 4JLH A; 4BRO A; 5TKW A; 4GW6 A; 1T05 A; 3KK2 A; 4ILH A; 3NDK A; 4EIA A; 1BG3 A; 2HVH A; 1T7P A; 3B8A X; 3VEW A; 3CCV N; 3LDO A; 4O0I A; 1SKS A; 4LFB K; 4FLV A; 2B5J A; 4DV3 K; 3LZJ A; 4MQ3 A; 3VEZ A; 3FFI A; 4C8M A; 2O8C A; 3TAP A; 2O8F B; 4GV3 A; 2NRZ A; 5DM7 L; 2FBV A; 1OVQ A; 3ENH A; 4KHY A; 1TUY A; 1T03 A; 4LF8 K; 4CZI A; 5KGW A; 4B9L A; 5AFU H; 3P1G A; 3D0P A; 3THX B; 2P5O A; 4EHT A; 4V19 S; 1RDW X; 4E19 A; 3E1Y A; 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