4CBWA

Crystal structure of plasmodium berghei actin i with d-loop from muscle actin
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
372
structure length
367
Chain Sequence
EVQALVIDNGSGNVKAGVAGDDAPRSVFPSIVGRPRHGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRAAPEEHPVLLTEAPLNPKGNRERMTQIMFESFNVPAMYVAIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTEYLMKILHERGYGFSTSAEKEIVRDIKEKLCYIALNFDEEMKTSEQSSDIEKSYELPDGNIITVGNERFRCPEALFQPSFLGKEAAGIHTTTFNSIKKCDVDIRKDLYGNIVLSGGTTMYEGIGERLTRDITTLAPSTMKIKVVAPPERKYSVWIGGSILSSLSTFQQMWITKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Differences Explain Diverse Functions of Plasmodium Actins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE, ACTIN
molecule tags Motor protein
source organism Plasmodium berghei
total genus 108
structure length 367
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4cbwA03
1XC3A 1QZ6A 1ZBSA 3UKUB 4BR2A 2A41A 2EWSA 4A62A 3R6MA 3QBXA 3WXKA 3QICA 5AR0A 5BREA 2QWQA 5AQTA 1GLFO 3AARA 1NGDA 3DXMB 1HKCA 1TUUA 3VEYA 1QQNA 1NGIA 1NGAA 3LDQA 5EXWA 3UKRA 2V52B 4K41A 5EX5A 1GLJO 4BRQA 2A3ZA 2F9TA 4ISFA 2HF3A 2FSJA 1NGFA 3DWLA 5B8HA 1GLBG 1NLVA 2CH5A 5AQWA 5AQKA 1Z05A 3VEWA 1S3XA 4XH4A 3WEEA 5ADXA 3C7NB 3D7EO 1S22A 3MN6A 4CZHA 4WYBA 4WQ5A 4JAXA 1T6DA 1YXQA 4BR7A 1V4TA 3O1BA 3ATUA 5ELZA 2GELA 4BR5A 3BF1A 4BC2A 1NGHA 4CZJA 4B9QA 5AQOA 3R8EA 4BG8A 1Y64A 2P9NA 3AY9A 4L3QA 3WQTA 1TUYA 3CJBA 3O1WA 5BPNA 3ZX2A 4C23A 5AZJA 5LJWA 2NRHA 3H3NO 2A40A 1JCGA 2V7YA 1BA0A 3GG4A 1HKBA 1K8KA 5F2RA 4B1UB 4BG9A 5BN8A 3JS6A 4RWTA 2P9IB 3BUZB 5AQVA 3SK3A 2Q97A 1BWFO 4JD2A 3O6WA 4O5FA 4RCHA 1SAZA 3H46O 2CH6A 1TYQB 2A42A 4JN4A 2E2OA 4BRFA 2YJEA 2UYTA 3H6EA 4FPAA 3IDHA 3SLCA 2ASPA 2GWKA 3HSCA 2D1KA 5ADXH 3HM8A 4FWRA 2YHWA 3CHWA 4FWPA 3UKRB 1WOQA 3EO3A 4EAHD 4BRNA 4QS8A 1ATSA 3KHYA 4WQ5C 2P9UA 5AFUA 4H5NA 4BREA 3WEEB 5F0XA 3FE1A 4NO7A 1HLUA 5AQRA 5CE3A 4CBWA 1NMDA 1GLCG 3SMSA 1NGJA 5AZIA 5AQXA 3FR0A 1NM1A 4DQ8A 3OHRA 4BVPA 3I33A 3FGUA 5AQFA 2P9NB 5E84A 5LJVA 2J4RA 5AQMA 4HTLA 3ZETB 3WT0A 5BRFA 5AZJB 2P9KA 4Z94A 1P8ZA 1RGIA 3TPQA 4EIAA 4IWVA 5AQUA 1BDGA 3CETA 1K8KB 3ENHA 4BC4A 3FZFA 1EQYA 4MO4A 3VESA 3VERA 3LM2A 1YUWA 1U2VA 4ISEA 4BRKA 4H0XB 1G99A 4K43A 1QQMA 3FFKB 4JD2B 2ZWHA 5JLFA 5AQLA 3UE5A 1TYQA 4EHUA 4A2AA 5JMVA 2FSNA 3H1VX 1J6ZA 2P9LA 3CJ9A 2HOEA 4GY2B 1U6ZA 4Y0WA 3M3ZA 3B8AX 3A5OC 5AFUH 4DCHA 4A2BA 1D4XA 3I8BA 2CGJA 5KPTA 1MA9B 4WQ4A 2H3GX 4BRLA 3BF3A 4JHDA 3WUHA 2QWRA 3ZX3A 5KQDA 1H1VA 2E2PA 2Q36A 3S41A 3DAWA 4YDUA 2P9UB 2AA4A 4O8KA 5LY3A 2ZF5O 4BR0A 2I7NA 3VF2A 4DB3A 3L4IA 1SQKA 3O4WA 1E4FT 4CD1A 2CGKA 3VGMA 3EN9A 5EOYA 1C0GA 1YAGA 3U4LA 1KXPA 5BRDA 5AZIB 5AQZA 3FZKA 1X3MA 5EVZA 2Q0UA 3VGLA 1HJOA 5KPZA 3O8MA 1V4SA 2BUPA 4CZKA 3D2FB 5AQIA 2E2QA 3ZETA 2YHYA 5JICA 4FPBA 1GLLO 2P9KB 3RSEA 4FWKA 3LDNA 4QS7A 3AAQA 2QM1A 3J8AA 4B1ZA 3O80A 5BPMA 3CQYA 4RTFD 4M63C 3U9DA 1BG3A 1GLDG 1IJJA 4IJAA 5AQHA 5BRHA 3DXKA 1U2VB 1MDUB 1NGCA 4BRCA 3LDPA 4PKHA 3CJ1A 1NGGA 4CZIA 2VWBA 3CQXA 1T44A 2V7ZA 2P9LB 2CGLA 3G25A 4WQ4C 4EHTA 2P9PA 3EKSA 4EFHA 1HPMA 4XH5A 1BA1A 4YDUC 1ATNA 2FLOA 4JHDB 2E1ZA 3C0BA 4PKIA 3WXJA 2HMPA 2QWLA 3VF4A 5I9EB 3CERA 3EZWA 1XQSC 2Q1NA 4B1YB 2NZTA 1DEJA 4J8FA 1NWKA 1ZXOA 3FZHA 2YCHA 3D2EB 4ISGA 3A5MC 3M1FA 3QBWA 1KAYA 2VYPA 5TKYA 5KPRA 4PL7A 4IO8A 4IXCA 5BR9A 4BRGA 2ZGYA 3HZ6A 3HI0A 4B1XB 4XEIA 1HKGA 4FOEA 5AQQA 3VETA 3QFPA 3D2FA 3ULEA 3VPZA 3ZX0A 2IVNA 2QWNA 4BRAA 3EKUA 1BO5O 2YI1A 3IFRA 3CI5A 3ZEUA 3RSEB 1BOTO 1YVNA 3VEXA 4BC5A 2QWPA 5EY4A 2E88A 2KHOA 2QWMA 4FSVA 3UB5A 4CZGA 4H5TA 4FWOA 2YHXA 4JNEA 1NGEA 5AQJA 4AM6A 4H03B 1RFQA 3DXKB 4FL9A 3IMXA 3VOVA 1HUXA 4BC3A 3CJCA 1C0FA 3CJ7A 3ID8A 4KBOA 2HF4A 4CJ7A 4BRDA 3W3DA 4CBUA 2NLXA 2OANA 3WXLA 2FF3B 5BPLA 4H0VB 2P9PB 2E20A 5AQSA 5F1XA 2W41A 2ITMA 2Q31A 1E4GT 2ASMA 2FSKA 3FZLA 1X9JA 4GNIA 2YJFA 3A5LC 4NB4A 1R59O 3H3OB 1Z6RA 3VEVA 3D2EA 3GL1A 4XH1A 2PAVA 2FF6A 3A0IX 3U8XA 4B1VA 3O08A 3MCPA 4BGAA 1HX1A 5JLHA 5FPDA 4H5RA 3P4IA 4MO5A 2Q0RA 2P9SA 4CZEA 4H0OA 4I6MA 3ULEB 4DHYA 3CIPA 3QMLA 3TU5A 3O5BA 2IVOA 2GWJA 2GEMA 1SZ2A 3ZEUB 4BQLA 1LOTB 3JXUA 2D0PA 3IUCA 4E1JA 1XUPO 4BQZA 3MDQA 4AM7A 4LC9B 4BVOA 1T6CA 1ZC6A 3U9ZA 3M6GA 4BRPA 5AQPA 3VEOA 2ASOA 4H0YB 4CI6A 4A61A 1NGBA 5AQGA 3AAPA 5E26A 3QDKA 4BRMA 3DJCA 3MMVA 3F9MA 2I7PA 1QZ5A 4CZFA 1CZAN 3HBTA 2BTFA 3MK6A 1GLEG 5KQ8A 3WXIA 2QW9A 4PKGA 3WQUA 4H5VA 1IG8A 4BRHA 2GUPA 3SJHA 4QS9A 4FWSA 1DKGD 2A6AA 2W40A 4FO0A 4M7XA 4BRIA 4CZLA 3KVGA 1RDWX 3VEZA 2IIRA 1QQOA 1Q18A 3LDOA 1OKJA 4FWLA 3UKUA 2E2NA 1JCFA 4CD3A 3LL3A 3GBTA 2E1YA 5AQYA 2IVPA 3KZBA 1X3NA 4BGBA 3DXMA 4BROA 2D4WA 3LDLA 2A5XA 1MWMA 3MN7A 1WUAA 3ATVA 4MLHA 3GDQA 3VF6A 4PL8A 3A8YA 4CBXA 2AP1A 1ESVA 4MLEA 2QXLA 4B1WB 4K25A 1DGKN 3FZMA 4H5WA 3H45C 3CJAA 5FPMA 3GOIA 2P9SB 2DPNA 3A5NC 1JCEA 3C7NA 1ATRA 2QWOA 4I6MB 2E8AA 3W0LA 3BEXA 2ZGZA 4H0TB 1MWKA 4FWMA 4K42A 2PBDA 4BR9A 1BUPA 3R9PA 5FPEA 2Q2RA 1KAXA 5AQNA 1KAZA 3MN9A 3VENA 3H1QA 2F9WA 3HTVA 2V51B 4BR4A 2D0OA 4FWNA 5FPNA 3MN5A 3FLCO 4IJNA 3QB0A 3SMPA 1LCUA 3QFUA 3GE1A 4HWIA 2VCPA 4FOIA 3L0QA 4H0PA 1BU6O 2FXUA 4FWQA 4F9OA 1QHAA 3BP8A 4IZ9A 4M7YA 4CZMA 2GTDA 5BN9A 2WUSA 3ENOA 1GLAG 3LM9A 3EL2A 2P9IA 1NBWA 3L6QA 3VGKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QZ6A 1YVUA 5J1EA 4C8KA 3R6MA 3WXKA 3L3VA 1GLFO 4UY8O 3ISNC 1NGDA 3VQ5A 4DSLA 3DXMB 3VTIA 4BE2A 5EXWA 3UKRA 3D45A 4K41A 5LMUK 1OH7A 1GLJO 2A3ZA 3SAFA 2FSJA 4DUZK 4AHTA 5AQWA 1IKYA 4OLAA 1Z05A 4B9UA 4DTNA 4CJEA 4F2SA 4RW7A 3VQ4A 1DT9A 5C2FA 2BH1A 3QERA 1LWFA 3DLKA 4DFKA 1NKCA 3C95A 4DV3K 1X9SA 3NF9A 4DR5K 1BHLA 4YOWA 2HB5A 3KWGA 5ELZA 3V1RA 5DM6L 3BF1A 3O4QA 4X66K 1ZBLA 2W00A 4L3QA 3WQTA 1RILA 3CJBA 3ZX2A 3H3NO 4C8NA 1JCGA 4FW1A 3KKSA 1W2BM 1BA0A 4NYFA 4B9MA 4FK4A 5F2RA 4PA1A 2RHKA 1SV5A 4JD2A 4O5FA 4OKKA 4IOAL 3HT3A 3ALYA 2CH6A 2F7TA 3WNHA 4B8CA 3J81O 2F8TA 1W7AA 1D8YA 2OPSA 1TV6A 4NLBA 3IDHA 3CYMA 2A1SA 2GWKA 4BWJA 4Z4FA 3HM8A 3QIOA 5HRPA 4E7IA 4DSIA 1WOQA 3SQ0A 3KHYA 3SPZA 4WQ5C 2P9UA 3QEPA 5F0XA 3QEXA 4N76A 3M5RA 1JXEA 4DV6K 1IKVA 4CBWA 1WSEA 4LF6K 1NGJA 5J2MA 1C0MA 4IKFA 1NM1A 1P90A 2OPRA 4KTZA 1NKBA 4DSFA 2OTJN 1UA1A 1RTDA 3G4SN 3HOTA 1WAJA 2J4RA 2YKNA 5BRFA 1RDCA 3AVKA 1SS6A 4F8RA 1RGIA 3IS9A 3TARA 1BDGA 3CETA 4JI0K 1RDBA 1I94K 3ENHA 3FZFA 4ISEA 3L2QA 2QTDA 1G99A 1QQMA 4FJ9A 3E9LA 5JLFA 4CK2A 1NJYA 4LF9K 1U04A 4GVMA 4CEAA 1XMQK 4B3RK 3OS0A 1A5WA 4DV1K 4E19A 4LY7A 2OCEA 5CZ2A 1EWRA 3A2FA 3THWB 2Z1GA 3DLRA 3BDPA 3CCJN 1OH6A 1KD1O 3ITHA 2W6KA 3BF3A 3PV8A 3ZSVA 3QETA 3BY5A 3SV4A 4HUGA 2YHAA 3TANA 5LY3A 3KK1A 1C1AA 4BR0A 3VF2A 3EZ5A 3EYZA 4CD1A 3SBGA 4OPHA 3NGIA 2G8WA 4KI6A 5BRDA 1Z26A 3WNEA 3NFAA 3S3NA 4FJ8A 3CPEA 5KPZA 1EKEA 3K2PA 4DS4A 3T1HK 1KCFA 2OTLN 3RWUA 2VGNA 4CK1A 1VQ6N 4O55A 4F3OA 2YHYA 3LP3A 2HHIA 4B1ZA 4CERA 3LWLA 2HW3A 4J2EA 2YNHA 4B9VA 2JWKA 3AVLA 4IJAA 3AO5A 1L3TA 4E0DA 4DSKA 1HQEA 1B9DA 4G1QA 3CQXA 1SL0A 1N32K 4EHTA 3NF7A 4CJRA 5GAGP 4WCEL 4JI6K 4KHNA 4JI7K 4JKAA 1ATNA 2E1ZA 1JLFA 3O9RA 4ELUA 3VF4A 3P5JA 1XQSC 3T69A 4J8FA 3KJVA 1ZXOA 4DV4K 1C6VA 3D2EB 3SQ2A 5E41A 3A5MC 4DLEA 1IBLK 2XY6A 3QBWA 5TKYA 3S3OA 4FJKA 4F3TA 4CF2A 5JS2A 5C0YA 3G71N 3LZJA 3SZ2A 4C1NI 3QLHA 3ULEA 3LDSA 1RCHA 2IVNA 5TKWA 4AHVA 3CI5A 1BOTO 5EY4A 2E88A 2KHOA 1TVRA 1YTAA 5HLFA 1NK8A 4H5TA 4FWOA 4W5RA 1KC8O 5LMNK 5FDLA 1FKOA 4IOCL 4IDHA 4FL9A 3OYEA 5KGWA 3QEIA 2QK9A 3HSTB 3CJ7A 4KBOA 3O4NA 4CJ7A 3HVTA 2D5RA 2OANA 4BE0A 2IS3A 2F96A 4M3YA 4FK0A 5KGXA 4HVJA 1HNXK 2NRWA 1VQ8N 5K14A 1SKRA 2YJFA 4O44A 4JI2K 1NOZA 5M1QA 4FJHA 1VSFA 3D2EA 3L2RA 2FF6A 1JJ2M 4N47A 4IO9L 3O3FA 3AA4A 4C8OA 1WB9A 3T3FA 2Y1JA 4KH6A 2HVIA 4CHZA 4CZEA 4I6MA 4IEEA 3F5TA 5JS1A 1QS4A 3E9OA 2GEMA 2XHBA 4JK7A 3OYGA 3SUPA 2BE2A 1XUPO 4LC9B 4BVOA 2KTQA 1ZC6A 3U9ZA 3OYIA 3U3YA 3M6GA 4CEOA 2ASOA 5HOOA 3C6AA 1NGBA 3AAPA 1WNSA 4HTUA 4BRMA 3QDKA 4B8AB 4E7KA 4Z4EA 3MMVA 3F9MA 3RVCA 3HBTA 3LP0A 3ZSXA 3PSFA 3AVMA 5KQ8A 2G8IA 4CGHA 4MDAA 4NLCA 1BIUA 3WQUA 2G8UA 1LWCA 3SJHA 4Y1CA 4FO0A 4O5BA 1YITN 4CZLA 2D0CA 1BCMA 3CXCM 2WBNA 2A1RA 3VEZA 4IG0A 2IIRA 1QQOA 1LAWA 3UKUA 4EZ6A 1VAZA 4CEQA 5HROA 3LWMA 3GBTA 1JLCA 4A5BA 1X3NA 4KH4A 5DK5A 1IKWA 1WLJA 3N4PA 1N5YA 3A8YA 1D9FA 2AP1A 1ESVA 4E3SA 3FZMA 1BCOA 2VWJA 3DLBA 4B3MK 2UUAK 2P9SB 2DPNA 1LV5A 4ID5A 1MWKA 2VGMA 3I0SA 4CJLA 1W9HA 1NOYA 5AJ3K 4JS4A 2GUIA 2OYQA 1WSGA 2V51B 5CY4A 3KLHA 4TSXA 4B9NA 1K8AO 4CIGA 4KI4A 1HNIA 4JK8A 3QB0A 1LCUA 2VWKA 4EP5A 1S9GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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