4CI6A

Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by yopo
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN
molecule tags Transferase/structural protein
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 114
structure length 358
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4ci6A03
1G99A 2P9NA 4Z94A 4YDUA 2AA4A 4BRQA 3WQUA 2ZGZA 2ZF5O 1XC3A 2QWPA 3DAWA 2GUPA 3CETA 2WUSA 5AQGA 3AAQA 1ZBSA 3O80A 3UE5A 3HZ6A 4ISEA 3WXLA 4PKGA 4H5VA 3ZETB 4CD1A 4FPAA 5AQYA 2OANA 1NGBA 3VF4A 2CH5A 2QW9A 4PL7A 4FWSA 1C0GA 4QS7A 5LJVA 3CJBA 1OKJA 1HKCA 4E1JA 1Q18A 5AZIB 4BROA 3P4IA 1TUUA 2ASMA 3H6EA 2Q0UA 4J8FA 1NBWA 1LCUA 3ZX2A 2P9IB 1ATNA 4PL8A 2D0OA 4WQ4A 3ID8A 1NGFA 2CGJA 3VGKA 4YDUC 2D0PA 3IDHA 4A61A 4H5WA 1MDUB 1TYQB 3O4WA 2Q1NA 4FWMA 5BPNA 3WXIA 1BG3A 1T44A 3BF3A 3VEOA 3VF6A 1BUPA 5AQHA 3ZX0A 4BRGA 2YHYA 4BREA 5AZJA 2D1KA 4CZIA 5AFUA 2VYPA 4AM7A 5AR0A 2VCPA 3BP8A 4KBOA 1GLEG 3VF2A 5AFUH 1K8KA 1NGGA 1YVNA 3VEWA 3VERA 1QQOA 5AQPA 2NZTA 4BG9A 1Z6RA 3A5OC 2I7PA 3D2FB 5AQVA 3O1BA 3GDQA 2GTDA 4BQLA 4H5NA 3A5LC 2UYTA 4O8KA 1E4GT 2QM1A 3D2EB 4MLHA 3MN5A 3GE1A 4BQZA 3TU5A 2E88A 3QBXA 3JS6A 1QZ6A 4GY2B 5JMVA 1GLCG 3VEXA 2W41A 4CZFA 3A5MC 4JD2A 4CZEA 5JICA 2A5XA 4JNEA 5AQRA 3U4LA 2HOEA 3WEEA 1U6ZA 5F1XA 3RSEB 1HUXA 4HTLA 1WOQA 5BPLA 4K25A 3AARA 3F9MA 4FWKA 1JCGA 1S3XA 4BC5A 3VENA 4FWPA 3SJHA 4BRIA 3QBWA 2FXUA 5KPTA 4BR0A 4JHDA 4PKHA 4BRPA 2HMPA 3H45C 2QWOA 4BR4A 3CQYA 4FOIA 1DEJA 2A41A 4IZ9A 4MO5A 4A62A 3DXKB 3H1QA 4CZJA 1U2VA 5I9EB 4C23A 4K43A 4BG8A 4EHUA 3H46O 3FLCO 2YHXA 1QQMA 2GWKA 2E1YA 5FPMA 2P9NB 1Y64A 4M7XA 3D7EO 3MMVA 3OHRA 5AQJA 2PBDA 1YAGA 1NLVA 3MN7A 1KAXA 4BR9A 5FPNA 3LDNA 4K42A 1IG8A 3WQTA 2FF3B 3B8AX 4DHYA 3GOIA 2V52B 2QWRA 3CHWA 2ZGYA 1WUAA 3WXKA 2E2NA 4EHTA 3FFKB 2IVOA 4A2AA 1BOTO 3VOVA 3FZHA 4H5RA 3I33A 5JLHA 1KAYA 3G25A 3IMXA 4FWQA 5AQLA 2FSNA 3UKRA 1NGDA 2P9UA 4B1YB 2A42A 2FLOA 2P9PA 3VGMA 1SZ2A 4B1XB 5FPEA 2IVNA 4H0OA 1NGCA 1LOTB 1IJJA 1S22A 1P8ZA 3M1FA 4AM6A 1XQSC 5KPRA 2BUPA 3ATVA 4NB4A 3VEYA 3U9ZA 3CJ1A 2A3ZA 2V7ZA 5AQMA 4BR2A 4M7YA 3L6QA 1T6CA 2QWNA 3LL3A 3AY9A 2F9WA 3ZETA 5AQNA 3ZEUA 4CBWA 3LDOA 5AZJB 4B9QA 4BRMA 2DPNA 2GWJA 5AQXA 1HX1A 1K8KB 3W0LA 2F9TA 1BU6O 4PKIA 4O5FA 4DQ8A 1J6ZA 1HKBA 5AQOA 5AZIA 3ULEB 3DWLA 4BC4A 3M6GA 3ZX3A 4BVPA 4CJ7A 4H03B 2Q0RA 4H5TA 3O5BA 4RTFD 4NO7A 5CE3A 1V4TA 2J4RA 3FZFA 4EFHA 5BR9A 1X3MA 2KHOA 3R8EA 2YJFA 3BF1A 2QWQA 5BN8A 4M63C 3VEVA 1QZ5A 4FPBA 4BRDA 4JD2B 3MCPA 2E20A 2AP1A 5EX5A 3JXUA 2CGLA 4BGBA 2Q97A 2V7YA 3FZMA 3O6WA 3LM9A 3FGUA 3CIPA 3CJAA 2Q31A 3HSCA 4JN4A 4B1UB 5ADXA 2FSJA 1YXQA 5KPZA 1MWMA 3LM2A 5BRDA 5ADXH 1H1VA 4H0PA 2I7NA 3CERA 3CJCA 3CJ7A 4MLEA 5AQKA 2E2PA 4JHDB 2P9KA 3R6MA 2V51B 4A2BA 4HWIA 5FPDA 3UKUB 3CQXA 4IXCA 4F9OA 3GBTA 3O1WA 4QS8A 4B1WB 3D2EA 5ELZA 1V4SA 2QWMA 4ISGA 4BRAA 1U2VB 3QICA 5E26A 5F0XA 2D4WA 5EXWA 2IVPA 1BWFO 3U8XA 4BC2A 5EY4A 1XUPO 5AQFA 4XH4A 2H3GX 1DKGD 1HJOA 4IO8A 1ZXOA 4DB3A 4CZMA 3HI0A 4I6MA 4QS9A 3WXJA 2YCHA 1HPMA 1DGKN 3DXMA 2ITMA 2PAVA 2P9LA 3RSEA 4BRNA 4XEIA 2YJEA 3MDQA 2ZWHA 4BR7A 1NGAA 4H0VB 2BTFA 4K41A 3MN9A 4FOEA 3M3ZA 5AQIA 1RFQA 4FO0A 4EIAA 5BPMA 4FSVA 3WUHA 3R9PA 3SK3A 1GLAG 2YI1A 4BRLA 4FWOA 1RGIA 1KAZA 2ASPA 4IWVA 1BDGA 4WYBA 2GEMA 5KQ8A 3KZBA 3C7NA 1C0FA 2P9PB 3EO3A 1D4XA 3HTVA 1BO5O 2EWSA 1R59O 1QQNA 1E4FT 2P9SA 3ENOA 1RDWX 3VETA 3VPZA 3FZKA 1NMDA 2HF4A 4BRFA 1SQKA 3KHYA 1GLLO 2E8AA 3EN9A 3FE1A 2E2QA 3SMSA 1NM1A 3QB0A 1ATSA 4ISFA 3AAPA 3GL1A 3HM8A 1GLJO 3ZEUB 5BRFA 3ENHA 1GLDG 1GLBG 1HLUA 3J8AA 1BA1A 1JCEA 3KVGA 2Q2RA 2YHWA 5AQZA 1ZC6A 3O08A 3S41A 5AQQA 4BGAA 3C0BA 5TKYA 4WQ5A 4JAXA 4Y0WA 3ATUA 3A0IX 3EKUA 4L3QA 5AQTA 3VESA 4B1VA 3O8MA 4BC3A 4FWNA 1NGHA 3QDKA 3LDQA 5BRHA 1SAZA 2P9IA 1NGJA 3LDLA 2E1ZA 3MK6A 1X9JA 4H0TB 1MWKA 4H0YB 5AQUA 1GLFO 2ASOA 3BUZB 1TYQA 4CZLA 1TUYA 3VEZA 3WEEB 3EZWA 5E84A 5EVZA 1ATRA 3I8BA 1X3NA 4DCHA 4GNIA 5F2RA 2Q36A 5JLFA 2P9KB 3ULEA 4CBXA 3SLCA 4CZHA 1CZAN 5AQSA 4MO4A 3L0QA 3SMPA 4WQ5C 4BVOA 2CGKA 2FSKA 3QMLA 3EL2A 3D2FA 4WQ4C 3U9DA 1T6DA 4BR5A 3QFPA 2CH6A 4CZKA 3TPQA 3FR0A 4XH5A 2W40A 2HF3A 3GG4A 4I6MB 2VWBA 3H3OB 2QXLA 4CZGA 1Z05A 3DXMB 5B8HA 4FL9A 2P9LB 4CD3A 5LY3A 5BN9A 4XH1A 3H1VX 4CI6A 4FWLA 4BRCA 3A5NC 1ESVA 4BRHA 3FZLA 1HKGA 5LJWA 1KXPA 2A40A 4IJAA 1JCFA 3BEXA 3VGLA 3W3DA 1NWKA 3CI5A 3UKUA 3EKSA 5BREA 3WT0A 2QWLA 4EAHD 1NGIA 3CJ9A 1MA9B 3C7NB 3L4IA 2NRHA 3IUCA 3H3NO 2FF6A 2A6AA 4FWRA 4H0XB 3DXKA 3UKRB 1NGEA 1QHAA 4LC9B 2P9UB 2P9SB 2GELA 5AQWA 3MN6A 2E2OA 2IIRA 5KQDA 3QFUA 3UB5A 3DJCA 4CBUA 3HBTA 3A8YA 3IFRA 4RCHA 1BA0A 4IJNA 4B1ZA 5EOYA 1EQYA 3LDPA 4RWTA 2NLXA 4BRKA 1YUWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQAA 4BRQA 4H4MA 3WQUA 3RR7A 2QWPA 3DAWA 4FM1A 3CCEN 2WUSA 3WNGA 3AAQA 3AO2A 4UQGA 3V1OA 2D5RA 4GKKK 3UE5A 4PY5A 3HZ6A 4DR1K 4PKGA 4H5VA 4CD1A 4DUZK 4F8RA 3DYAA 5FLXO 1NG9A 4KKOA 4CJKA 3NH2A 3H6EA 3DI6A 3OS2A 2BANA 3ZX2A 4CF0A 3U3GA 1C6VA 1LAWA 1ATNA 4WQ4A 1VQNN 2JWLA 4YDUC 3KKSA 5CY4A 2D0PA 1MDUB 3OYMA 1TYQB 3DLEA 5BPNA 1BG3A 1T44A 4E19A 3TAEA 1T05A 5AQHA 4BREA 3QIOA 5AZJA 4LF7K 3VQ7A 3ZYYX 1QTMA 2OZMA 2VCPA 4J2BA 3ALYA 1NGGA 2UXCK 1JKHA 1NU0A 2UXDK 3P83D 3QERA 3K5OA 2I7PA 3V6DA 3O1BA 4O8KA 2UYTA 3RRHA 4MLHA 3G0ZA 3KLIA 4BQZA 3TU5A 3JS6A 3THWB 2E6MA 2XY7A 4CZFA 3E66A 4X64K 4CZEA 4JNEA 3WEEA 4HVJA 5F1XA 4ZTJA 1QSLA 2PY5A 3RSEB 4AHCA 5BPLA 3EEQA 4H4OA 1RTHA 1RT5A 1DLOA 2F4VK 3LPTA 1QQCA 5EU7A 3OJSA 4FWPA 4NCBA 4O0JA 4LH4A 3P39A 3SQ2A 4CF8A 2HMPA 4KI6A 2YNGA 1TL3A 2QWOA 3T19A 3T1AA 1HPZA 4WF9L 2A41A 1RDCA 3DOKA 3H1QA 2XY8A 4C8NA 5I9EB 3PSFA 1XC9A 3MWTA 3K5NA 4I2QA 3G10A 3L8BA 3V1RA 1TAUA 2D0BA 3KK2A 3E9OA 3MWPA 3KK3A 2E1YA 5FPMA 1FK9A 4NYNA 4KTQA 3OS0A 4FW2A 4C8MA 4OPJA 4B9SA 1RDDA 1N33K 3AVNA 4Y1CA 1S6PA 3DLBA 1NLVA 1IBKK 4BR9A 1TKZA 4JK8A 1IG8A 4ID5A 4BWJA 4FZZA 5C24A 1WUAA 2JLEA 3FFKB 3PX6A 4YOUA 4LSNA 4B9NA 4H5RA 5JLHA 5H1SQ 3QNNA 2PYJA 4M3YA 3IMXA 3K9JA 5AQLA 3N4QA 4AH9A 4E7IA 4B1YB 1EETA 3VGMA 1VQ9N 3LAMA 1T3VA 2IVNA 4RW7A 3K5LA 3QEIA 1IJJA 4CJTA 4DV0K 1P8ZA 3AGKA 1KRPA 4DSLA 3ATVA 4B8AB 4FZXC 3U9ZA 1ASWA 1S72N 4X62K 2YV0X 4BR2A 2ZE2A 4YHHK 4M7YA 2QWNA 3S5TA 3TABA 3ZETA 2RHKA 4LF4K 3LDOA 5AZJB 1OH8A 4BACA 4CHNA 2HHSA 3W0LA 4C8OA 2QKKA 5KGXA 3HP6A 4PKIA 5DMRA 2O4IA 1A5WA 4LSLA 5AQOA 3ULEB 1RBUA 3LANA 3M6GA 4BVPA 4CJ7A 3SJJA 4H03B 4WFAL 2Q0RA 3DLGA 1NOYA 1JLGA 5M1NA 4FXDA 2OTJN 1RBVA 5CE3A 3ZLJA 4U67L 3ID6A 4IEEA 3VEVA 3L2UA 3MCPA 4RW8A 3HXMA 2AP1A 3JXUA 4CE9A 2Q97A 3KLHA 2WOMA 3DM2A 4W5NA 3FGUA 3CJAA 3HSCA 4JN4A 5ADXA 5KPZA 1YXQA 1MWMA 1H1VA 4H0PA 2I7NA 4W5QA 3CERA 4NCGA 5AQKA 1B92A 4DWIA 4DS5A 1ILYA 4A2BA 1L3TA 4M3XA 4ELUA 2HHUA 3AVCA 3CQXA 4IFYA 3O1WA 4QS8A 1LAVA 1V4SA 2QWMA 4N41A 2HHWA 3AO4A 5F0XA 4JRQA 5E41A 4YNQA 3CC4N 3NMUA 3CFRA 4E72A 3M5RA 1YITN 4B9VA 4KH4A 4CHOA 4I9QA 3KWGA 4DB3A 4I6MA 1BISA 4QS9A 4CEBA 1DGKN 3HL8A 3CCMN 2Y1IA 2ITMA 2PAVA 4O8UA 2YJEA 3MDQA 4CHQA 3QNOA 3N4PA 1NGAA 4H0VB 4LY7A 5D3GA 4FLYA 5K14A 3MX5A 4JK7A 4IKFA 3MN9A 3VQ9A 5AQIA 4FK4A 4EIAA 4CERA 3L2VA 4FLZA 4UY8O 3LPUA 3E9PA 4KHUA 3R9PA 3SK3A 3CC2N 1GLAG 2YI1A 2E4LA 4E1MA 4B8CA 1E3MA 1BDGA 4N5SA 2GEMA 3KZBA 1D4XA 3HTVA 5T7BA 1U47A 1LW2A 2DTUA 4FYDA 3QESA 3OYJA 2Y1JA 1YTAA 3EYZA 3C6AA 3ENOA 3OA9A 1FJGK 5C25A 4IOXA 1SQKA 3KHYA 1GLLO 3S3OA 2FC0A 3DRSA 1ATSA 4JI6K 4DTRA 3ZT3A 3THXA 5BRFA 2VWKA 4B3TK 4CJ4A 4FLWA 3NF7A 1JCEA 1BIUA 1VQLN 4DFJA 1RT6A 3K9KA 3T1HK 3O08A 5AQQA 2VQEK 4BGAA 3OYNA 3U3YA 4CJRA 4IBNA 3SQ4A 3C0BA 1HJRA 1C0UA 4V19S 3EKUA 3O8MA 1JLCA 4NCAA 4AHUA 1NGHA 1WLJA 3AO1A 4GVEA 3L3UA 4OKEA 4DU1A 1SAZA 3C94A 3T1YK 1DTQA 3PO5A 3AVGA 4DTXA 1D5AA 1TV6A 4DFMA 4LF5K 2F8TA 3MK6A 1X9JA 4F2RA 2C1IA 5DM7L 1Y97A 3PX4A 3RRGA 1XMOK 2ASOA 3DMJA 2VGMA 1REVA 4KHSA 3CMAN 2HNDA 4RW9A 2Q36A 3SBTA 4NXMK 3TI0A 1JLBA 3JAMO 5AQSA 3K57A 1EKEA 2ZD1A 4WQ5C 4QAGA 2CGKA 2FSKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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