4CI6A

Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by yopo
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN
molecule tags Transferase/structural protein
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 114
structure length 358
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4ci6A03
4PKIA 1GLCG 4PKHA 4FWKA 3R9PA 3TPQA 5JLFA 1X9JA 5AQMA 5F2RA 1NGJA 1GLJO 5BRFA 5KQDA 2P9UB 2Q1NA 1V4TA 4K25A 3DXKB 3BF3A 1NM1A 1ATRA 3SLCA 3VEZA 2QXLA 3EKUA 2Q97A 2Q36A 4JAXA 1NWKA 5E26A 3JS6A 4CI6A 4QS8A 5AZIB 3AY9A 3ZX2A 3IMXA 4XH5A 1K8KA 5ELZA 2BUPA 3LL3A 1T44A 1GLAG 2HOEA 3CQYA 2YI1A 2KHOA 4YDUC 5AQUA 3ZETB 1BDGA 4FWOA 3VEXA 1NGGA 5FPEA 5KPRA 2E2QA 4BG9A 2QWPA 1HKCA 4BR0A 1HKGA 4H03B 2PAVA 1E4GT 4BRAA 1QZ6A 3CERA 3HSCA 4H0OA 4CZIA 2D0PA 5EOYA 3A5NC 2IVNA 3QBWA 4CZMA 2FXUA 4B1YB 2P9SA 1GLFO 3HTVA 1G99A 4BC4A 3P4IA 1HPMA 3AAPA 1WUAA 5F0XA 4PL7A 3CJBA 4KBOA 1HX1A 4H0YB 3CJ1A 1QHAA 5BRHA 3A5OC 3BP8A 4RCHA 5AQHA 3WXKA 1NGCA 5KPZA 3DXMB 4FPAA 5BN8A 5BR9A 4B1VA 4BRPA 3WT0A 4QS7A 3UKUA 4CBUA 5EX5A 2QW9A 4FWMA 3MN5A 1J6ZA 3VESA 2D4WA 1QQOA 3ATUA 5KPTA 3GE1A 4O8KA 1CZAN 4WQ4A 4NB4A 2YHWA 2ZGYA 5AQRA 3I33A 5LY3A 4B9QA 3VEOA 3MDQA 1NGHA 4BRIA 4B1ZA 4DCHA 2E88A 2F9WA 4WQ4C 4FSVA 1KXPA 4IXCA 3VENA 4FOIA 2DPNA 2NLXA 1QQNA 2YHYA 4LC9B 3A5MC 1R59O 3TU5A 3CI5A 3ENHA 3FZHA 1BUPA 3GDQA 3BF1A 3MCPA 4RTFD 1TYQB 1OKJA 2D0OA 3C0BA 3D2EA 3QICA 4NO7A 1KAYA 2V7YA 2HF4A 3WEEB 2E2OA 4BVOA 4FWSA 4XEIA 3FE1A 3VERA 4CBXA 3GOIA 3O5BA 3D7EO 4JHDA 4BRNA 5AQXA 4CZEA 1MWMA 5EXWA 3CIPA 3IDHA 1QQMA 4HWIA 3LDOA 4AM7A 2A3ZA 4BRGA 2QWQA 2P9IB 5FPMA 5AQFA 1P8ZA 1YUWA 2FLOA 2P9UA 2QWNA 3WQUA 2FSKA 4WYBA 3DXKA 5B8HA 5I9EB 4DHYA 5BPLA 3H45C 1NMDA 4RWTA 3F9MA 3UKRB 5AZIA 3SMSA 4BRFA 3H46O 3VPZA 4A62A 3HBTA 2ASOA 4H0TB 1U2VB 4PKGA 1NGIA 1SZ2A 5AQZA 3ATVA 4YDUA 4CZFA 1Y64A 4H0VB 3MK6A 3ZETA 3HI0A 3VGMA 1Q18A 3GG4A 3GL1A 3RSEB 4Y0WA 2J4RA 1HLUA 1NGAA 4BRLA 4H5RA 3I8BA 4CD1A 3FR0A 4DB3A 1QZ5A 4H5NA 4BRMA 3L0QA 4CZLA 2FF3B 3MN6A 2A6AA 2P9PA 2QWMA 2FSJA 2ZWHA 1BG3A 3DWLA 4L3QA 3M3ZA 4CZHA 4WQ5C 4JD2B 3VEYA 1HJOA 3HM8A 5AFUH 4H5WA 4MLEA 4BRKA 1K8KB 1NGFA 1YAGA 4B1UB 4ISFA 4H0XB 1ZBSA 1RDWX 3SK3A 4MLHA 4XH4A 3DXMA 4BC3A 2CGJA 4O5FA 1JCGA 3KVGA 1MA9B 3BUZB 4GY2B 5EVZA 2HF3A 1C0FA 1DGKN 2GUPA 4FL9A 5ADXH 2YJFA 4B1XB 4CJ7A 2GWKA 1XC3A 4Z94A 5BPNA 1X3MA 2QWRA 3W3DA 1YXQA 4BREA 4BR2A 3CJ9A 4FOEA 3QFUA 4K41A 4FWLA 1SQKA 3H1VX 3QBXA 4A2BA 2P9SB 2YCHA 3U9DA 1BWFO 3A0IX 3LDPA 5AQYA 4BVPA 3S41A 4EFHA 5LJVA 1IJJA 3UB5A 3CETA 3ZEUA 4B1WB 1D4XA 5JICA 5F1XA 4F9OA 4EHUA 3MMVA 2I7NA 1DKGD 1NLVA 4H0PA 5AQTA 2PBDA 3WEEA 3H3NO 2D1KA 2QWLA 4IJNA 2V51B 2A42A 3EKSA 3LM9A 5AQIA 3QB0A 4DQ8A 5KQ8A 1IG8A 1ATNA 4A2AA 3ULEB 3L4IA 1SAZA 3C7NA 4BQZA 2V7ZA 4CZKA 2ASPA 5AZJB 2CGLA 4AM6A 2AP1A 2P9NA 4I6MB 2GELA 3H3OB 3KHYA 2AA4A 3G25A 2P9KB 2P9IA 4M7XA 3WXJA 4K43A 5JLHA 2E1ZA 5AQNA 4CD3A 5BPMA 3FZMA 2IVPA 3SJHA 4CZGA 4MO5A 3UKRA 4CBWA 3VGLA 1Z6RA 4FWPA 3QMLA 3U9ZA 4BG8A 3VGKA 1YVNA 2P9LB 4BGAA 4C23A 3VEVA 2CGKA 4BROA 3O08A 2QM1A 2A40A 1XUPO 1KAZA 3MN7A 1GLBG 5BREA 5AQVA 2YJEA 3RSEA 2GTDA 4CZJA 4EAHD 4E1JA 5EY4A 3D2FB 3EL2A 1Z05A 5AQGA 3W0LA 1HUXA 1TUUA 1ESVA 3IUCA 3QDKA 2H3GX 4FWRA 5AR0A 1E4FT 1MDUB 1ATSA 2E20A 4IO8A 3WQTA 1XQSC 4M7YA 2HMPA 1DEJA 5AQKA 2WUSA 4K42A 1NGBA 3O4WA 2W41A 4WQ5A 5AFUA 1H1VA 5AQPA 3ZX3A 4JD2A 4BRDA 1GLEG 3M1FA 5FPDA 1HKBA 3R8EA 2E2NA 2ZF5O 3H1QA 2CH5A 2OANA 4A61A 5LJWA 3A5LC 2VCPA 2UYTA 3O1WA 5JMVA 1WOQA 3IFRA 1BA1A 4FO0A 4XH1A 3DAWA 3BEXA 3FZLA 3FZKA 3LDNA 5ADXA 1KAXA 2E1YA 3LDLA 2VYPA 3CJ7A 2FSNA 4BQLA 3U8XA 3WUHA 3LM2A 4BC2A 5AQOA 5AQQA 2V52B 4IJAA 3MN9A 4EIAA 4BR9A 3VF4A 3WXIA 3KZBA 3VOVA 3AARA 3UE5A 2Q0UA 4BGBA 3EO3A 1JCFA 1BU6O 1T6CA 2P9PB 1EQYA 3R6MA 3ZX0A 3H6EA 4BC5A 3OHRA 3VETA 1RFQA 3ID8A 1TUYA 3GBTA 1BO5O 2F9TA 5AQWA 2W40A 3CQXA 3ENOA 4H5VA 2FF6A 4ISEA 5AQSA 1LCUA 4JN4A 3LDQA 3DJCA 1BOTO 2E2PA 5BRDA 2ITMA 2IIRA 3QFPA 4M63C 3VF6A 3CJAA 2Q31A 2CH6A 3AAQA 1TYQA 3O6WA 5E84A 3SMPA 3O80A 4BRQA 5CE3A 1MWKA 1NGDA 4BR4A 5FPNA 3ULEA 3EZWA 1LOTB 4FWNA 5AZJA 1GLDG 1X3NA 2Q0RA 4I6MA 4FPBA 4IZ9A 3HZ6A 3UKUB 2NRHA 2P9KA 1V4SA 1C0GA 3CHWA 5TKYA 3WXLA 4HTLA 1NGEA 3U4LA 2I7PA 1U6ZA 4J8FA 1JCEA 2BTFA 4GNIA 4PL8A 2Q2RA 4JNEA 2ASMA 2EWSA 2IVOA 3L6QA 4QS9A 3FFKB 2QWOA 2GWJA 3EN9A 1ZXOA 4BRCA 2P9LA 3ZEUB 4EHTA 5AQLA 3JXUA 4BR5A 4BRHA 3FGUA 3VF2A 1T6DA 2ZGZA 3A8YA 2A5XA 1S3XA 4MO4A 2GEMA 2E8AA 3J8AA 1S22A 3M6GA 2NZTA 1U2VA 1RGIA 4FWQA 3D2EB 3D2FA 1NBWA 4BR7A 3O1BA 4IWVA 3C7NB 1ZC6A 2A41A 2VWBA 3VEWA 2P9NB 4H5TA 3CJCA 1GLLO 5BN9A 1BA0A 3FLCO 3O8MA 4JHDB 4ISGA 3FZFA 3B8AX 5AQJA 2YHXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBXA 1VQ7N 4DQQA 1VQNN 3NVKA 5AQMA 1VQLN 5KQDA 2PFUA 2HHWA 1XNRK 1V4TA 4CK1A 3BF3A 1K73O 1ZBLA 2UXDK 1RT1A 2G8KA 1S1TA 4EZ6A 1UAXA 2Q36A 5E26A 3VQ4A 3JS6A 3DI6A 4C8NA 3ZX2A 2UUCK 4XH5A 1K8KA 4CEQA 2HOEA 2F7TA 3K5LA 4RW7A 2YI1A 3I55N 1VSMA 5KGXA 2HHQA 1BHLA 3OTOK 5AQUA 4KTQA 4DLEA 4OJRA 1BDGA 1WSGA 4CJSA 1U4BA 1QSYA 4BR0A 4KRFA 4YHHK 2UUBK 3CERA 3OYEA 4ZTJA 4R79A 3C65A 4H0OA 4DR1K 3QEPA 4IG0A 4O8UA 3MX2A 4CVNE 2IVNA 3D45A 4CGHA 5IT9O 1I39A 3CC2N 3L2QA 4J2AA 4B3OA 1HPMA 3CJBA 4YORA 3TAFA 2OPPA 3CJ1A 3NCIA 3A5OC 4DSIA 2Y1JA 4NCAA 4Z4GA 1NGCA 5KPZA 4DSLA 1XMOK 5A2QO 1J6ZA 1HQUA 2YNHA 3NVMA 1BISA 2ZJPL 2O4IA 3ATUA 1L3UA 1TKZA 3WNEA 4KB0A 4DMNA 1VQ5N 2YHWA 2ZGYA 5AQRA 3I33A 5LY3A 1VQON 4B9QA 4NLBA 2G8IA 4FK4A 4BRIA 1VQ9N 4B1ZA 4IBNA 2E88A 4WQ4C 2O8DB 4GVEA 5HRSA 2NLXA 4W5OA 1QQNA 3L2WA 5J2QA 1N5YA 3A5MC 1R59O 4JKGA 3TU5A 3GDQA 5C2DA 3O3GA 4HTUA 4FW2A 3C0BA 4NO7A 4GW6A 5GIPA 3O9TA 1OH7A 4BVOA 3AO4A 4CIGA 3WXMB 4WE1A 4OX9K 2BGGA 1QS4A 5E41A 3ISNC 5JVGL 4JI0K 3IDHA 3K58A 4HWIA 3LDOA 4ICLA 2QWQA 4FJ7A 2X74A 4CGJA 5FPMA 5AQFA 4WYBA 3DXKA 1EETA 3S5TA 4PA1A 4FK0A 3CCRN 1RT2A 5GAHP 1IKVA 3V9UA 4BDPA 1JLBA 1JL1A 3DRPA 1U2VB 5AQZA 4M3YA 4KV8A 4KTWA 2QK9A 3MK6A 3HI0A 3P83D 1GOCA 5HBMA 3RSEB 4BE7B 4Y0WA 3F2KA 3PIPL 4KTZA 1NGAA 3HK2A 4JI3K 3MXMA 3I8BA 3K59A 2O8EB 4F2RA 3NH1A 4AHVA 4H5NA 4CZLA 4DFJA 2YNFA 1X9MA 2FSJA 4DS4A 4L3QA 4EP5A 3M3ZA 2HHSA 4WQ5C 3VEYA 2HHTA 1HJOA 4YOTA 1K9MO 4CHPA 4IFEA 1NKCA 4BRKA 1RBTA 1OVQA 1DTQA 1ZBSA 1RDWX 3SK3A 1SUQA 1JCGA 3SQ2A 3KVGA 4AHSA 1ASWA 1C0TA 1S6PA 5C0YA 2HF3A 2YJFA 4X64K 1KQSM 3JYTA 2NNWA 4Z94A 4CF8A 3CQ8A 1O1WA 4BR2A 1RBVA 5HRRA 1BI4A 4PHTX 4FOEA 2Z1JA 1YVUA 4FWLA 3H1VX 3DLKA 3HPGA 2IGIA 3P1GA 3A0IX 1RTHA 4KI6A 1D4XA 4LF7K 4FVUA 1DTTA 3KLIA 4I2QA 1QSSA 4C1NK 3MMVA 2I7NA 1NLVA 2PBDA 1WSIA 1NJIO 4CFDA 3IAYA 3WEEA 4PUOA 2PZSA 3KLEA 4A57A 2JGUA 1RT4A 3QB0A 1RT3A 3AVJA 1KSPA 1IG8A 1HPZA 1RBRA 2ZE2A 2EX3A 4CGFA 4CJFA 4I2PA 4K0KK 2ASPA 1YIJN 2X6NA 3H3OB 3PO5A 2P9KB 3O4QA 3WXJA 3QERA 1L3SA 4BE0A 1P90A 1S5JA 2IVPA 3SJHA 1EO1A 4E89A 2XHBA 2HBKA 4CZGA 2QKKA 4DFKA 3FFIA 1TK0A 3VGLA 3QMLA 1UWBA 1YVNA 2KKZA 3AA5X 4E7IA 2O8BB 1U04A 2IOCA 4BROA 2QM1A 3HP9A 4FVMA 4CIEA 1XUPO 1GLBG 3V4IA 4E1JA 3D2FB 4H4MA 3W0LA 3SQ1A 1Q7YO 2HB5A 1HUXA 4IG3A 3QDKA 4FWRA 1E4FT 2E20A 4LF6K 2G8FA 4CFCA 4FM1A 4M3ZA 3P38A 1VSEA 2HMPA 5AQKA 2FC0A 4IDHA 1K8AO 1HYSA 4K42A 1NGBA 4WQ5A 5AFUA 1A5XA 5CR4A 5M1OA 2E2NA 3LANA 3MWPA 2OANA 1QE1A 1BIZA 2UYTA 1S1UA 3NGIA 4B3MK 4KPYA 3C6UA 1Q9YA 3L2VA 3IRXA 3HVRA 2PY5A 3FZKA 4FJIA 5FLXO 2FSNA 4YOUA 3OYJA 4A5BA 3CYMA 4BC2A 5AQQA 4UY8O 4IJAA 3MN9A 4QCLA 4OPKA 3VOVA 3AARA 4AILC 2Q0UA 3THYA 3EO3A 3A2FA 3DLRA 3WNHA 1BU6O 3O3HA 2ZJQL 2P9PB 1IKWA 3G6EN 3OHRA 3OS1A 3RR7A 2XY7A 3VETA 4I7FA 2F9TA 3WNFA 5AQWA 3M8RA 1J9AA 3T1HK 4DF4A 3EZ5A 2WONA 4JN4A 3RMCA 3AVLA 3DJCA 5CYMA 1BOTO 1SL1A 5BRDA 2ITMA 3QFPA 4EP4A 2JWKA 3CCUN 1XC9A 4DV2K 3V1OA 2CH6A 3AAQA 5LMNK 5E84A 1RTDA 3LWLA 4CJPA 4F2SA 1MWKA 2YV0X 3KWIA 5FPNA 3ULEA 1Y97A 1LOTB 5SZTA 5AZJA 4I6MA 4DQPA 3CHWA 2HHHK 4CHNA 4GNIA 2BTFA 3KK1A 1YTAA 3TI0A 4O55A 4N41A 3OBYA 1RT6A 4WCEL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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