4CI6A

Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by yopo
Total Genus 114
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (8-12)TVIII2 (69-72)AH1 (56-61)TI1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)S3 (29-32)S4 (35-37)O1 (32-34)TIV1 (37-52)EMPTYS5 (53-54)AH4 (137-145)TI3 (97-100)3H1 (62-64)S6 (66-68)S7 (71-72)TIV3 (76-79)TIV2 (71-74)AH2 (79-92)TI2 (92-95)TI4 (98-101)S9 (103-107)TIV9 (352-355)AH3 (113-126)AH12 (337-348)TII2 (108-111)S19 (357-358)S10 (131-136)TIV4 (129-132)AH9 (274-283)TIV6 (165-168)S11 (150-155)TIV5 (156-159)3H2 (264-267)S12 (160-166)S13 (169-170)S15 (238-241)TI5 (171-174)TI6 (172-175)AH5 (182-195)S14 (176-178)O2 (178-180)TI7 (234-237)AH7 (223-232)AH10 (290-295)AH6 (203-216)S17 (297-300)TVIII3 (220-223)TI8 (242-245)S16 (247-250)AH8 (252-260)3H3 (287-289)AH11 (309-320)3H4 (302-304)TII3 (306-309)S18 (329-330)TI10 (322-325)TIV8 (332-335)TI11 (334-337)TI12 (349-352)TI13 (350-353)TI14 (351-354)TIV10 (353-356)S8 (75-76)TI9 (260-263)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase/structural protein
source organism Yersinia enterocolitica
publication title Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN
total genus 114
structure length 358
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4ci6A03
3ULEA 3DWLA 3UKUB 2FF6A 2E2QA 1ATRA 4BR5A 4IZ9A 3O8MA 1QQNA 1V4TA 4CBUA 2P9UA 3HZ6A 3L0QA 4BRKA 2GUPA 1G99A 4XH4A 3J8AA 4JAXA 4FWMA 1T6DA 2UYTA 3O6WA 5AQMA 4CZJA 2FLOA 4EHUA 4PKHA 3IUCA 2FSKA 4AM7A 5AR0A 1BA1A 1T44A 3ENOA 2YHYA 3WEEB 2ASMA 1K8KB 3A5NC 3R9PA 3WQUA 1QHAA 2IVPA 2NLXA 1ZBSA 1KAXA 1D4XA 1Z05A 2P9SA 3D2FA 3ENHA 2Q1NA 4CZHA 3GOIA 1JCEA 4FWKA 3R8EA 5E26A 5AQTA 1HX1A 3LL3A 5E84A 3U9ZA 2CGJA 4CI6A 1GLCG 1E4FT 1HUXA 2E20A 3SMPA 1NGGA 3FLCO 3MMVA 4JD2A 5BRFA 2P9LB 4FWPA 4H0TB 4KBOA 4H5VA 3CJAA 3LDLA 4PKIA 1HKGA 2DPNA 3SK3A 4K41A 2P9PA 2YHWA 4K42A 5AQZA 3VEVA 3VESA 5AQLA 3VEXA 1RFQA 1SZ2A 4IWVA 3D2EB 4FOEA 4H5NA 4L3QA 1DGKN 2QWOA 4ISGA 3GL1A 1KXPA 4M7YA 3UKRA 3RSEA 2HMPA 4DB3A 4EIAA 2D0OA 4Z94A 2Q36A 2P9KB 3GG4A 4FO0A 3O1WA 4MO5A 4BQZA 3CETA 1GLDG 1HKCA 3FZKA 3FZMA 4IJAA 4A61A 5LY3A 1YUWA 3DXKB 3LDNA 2NRHA 3CHWA 4K25A 2YCHA 1MWMA 1Z6RA 3AAPA 3A8YA 3BP8A 4FWQA 3AAQA 5KQDA 3FE1A 5JLHA 3ZETA 1U2VB 4H0XB 3C7NB 4BRDA 2P9NB 3KZBA 1KAZA 1C0FA 3UB5A 3FZHA 2HOEA 3CJ9A 3S41A 4F9OA 5KPRA 5AQOA 4FOIA 4DQ8A 3CJ7A 5AQJA 5I9EB 5AQYA 3EKUA 1S3XA 2PBDA 4A2AA 3R6MA 4BR7A 3VF2A 3MN5A 3AY9A 4CZKA 3U4LA 2E88A 1HLUA 3VOVA 2J4RA 1XC3A 1QQOA 4BRHA 2E1YA 4FWRA 4BR2A 3IDHA 5ADXH 5BREA 4LC9B 2KHOA 1OKJA 2P9IB 3JS6A 1X3MA 3G25A 4BRQA 5KPTA 4BRNA 5FPDA 3ATVA 5F1XA 4BROA 3LM2A 4O5FA 2Q2RA 3HSCA 1BO5O 1HKBA 3B8AX 4JHDB 4ISEA 1SQKA 4HTLA 3O80A 4WQ4C 3D7EO 3VENA 4B1VA 4BRMA 1NGFA 5AQIA 2QWMA 5EXWA 4B1WB 3WXJA 3LDQA 5AZJB 3MN9A 4E1JA 4BC3A 2ASPA 4FSVA 5JICA 4QS8A 3H6EA 5BN9A 4BG9A 5AZIA 1BUPA 2E2PA 1GLLO 1YVNA 3I8BA 4I6MA 3LDPA 1QQMA 2FSNA 2FSJA 3QBWA 3SMSA 4BR4A 4B1ZA 3ZEUA 4CZMA 4IJNA 4RWTA 2NZTA 1WUAA 2FXUA 3UKUA 3BUZB 5F2RA 1NWKA 1WOQA 3H3NO 5FPEA 4RTFD 2E8AA 4MLHA 2ZGYA 1MDUB 4IO8A 4H03B 3WUHA 2QWLA 4M63C 5AQWA 5BN8A 4FL9A 3GBTA 3H46O 1NGIA 4BG8A 5F0XA 5AQXA 1NM1A 2Q0RA 1X9JA 2A41A 4BRGA 1EQYA 2A3ZA 1QZ5A 3CQYA 1R59O 4MLEA 4XH5A 3WEEA 1NGHA 4MO4A 4PKGA 1K8KA 5EY4A 1ATSA 2CH5A 4FPAA 1GLFO 4O8KA 2AP1A 3O08A 2ITMA 3ZX2A 2A5XA 3VGKA 3C0BA 3TU5A 2V7YA 4M7XA 4XEIA 4BRIA 5BRHA 3HI0A 5ADXA 4BR0A 3DXMB 2YJFA 1NLVA 5JLFA 4XH1A 3O5BA 2VCPA 2YJEA 3L4IA 3CJ1A 4IXCA 1GLJO 1YXQA 1RDWX 2P9LA 3VEZA 1BG3A 2FF3B 3A5LC 3A5MC 2GWJA 3A0IX 1TUUA 2E2NA 1GLBG 4AM6A 5B8HA 1BWFO 3CIPA 1E4GT 1TYQB 2QWQA 3SLCA 2GTDA 2A42A 3GE1A 1MWKA 1BA0A 2GELA 5AQKA 4CBXA 3CERA 2W41A 3D2EA 3JXUA 4ISFA 3WQTA 3ULEB 1P8ZA 3MCPA 1U6ZA 4H0OA 1GLEG 1NGBA 4B1UB 3VPZA 2HF3A 1CZAN 3F9MA 2IVOA 2P9UB 3ID8A 3VF4A 4A62A 4BRPA 2P9KA 2V7ZA 3WXIA 2I7NA 4B1YB 2CGLA 4PL8A 4CZFA 3FR0A 2V52B 3LDOA 3TPQA 3HM8A 2YHXA 5CE3A 4H5WA 1MA9B 2E2OA 4NO7A 2ZGZA 4CBWA 5AQNA 3BEXA 1NBWA 3HTVA 3DXKA 3L6QA 1HPMA 2Q31A 3FZLA 3VGMA 4FWSA 3DJCA 3IMXA 4K43A 2P9SB 1BU6O 3O1BA 3O4WA 3D2FB 5AQSA 1U2VA 2PAVA 3C7NA 3FFKB 2P9NA 3SJHA 3ATUA 4FWLA 3GDQA 4B1XB 1S22A 5BPMA 3W0LA 4JN4A 1DKGD 4JD2B 1LCUA 3CJCA 2V51B 3U8XA 2ZF5O 3MDQA 2D4WA 2QWRA 1J6ZA 4YDUA 1IJJA 1ATNA 2QWNA 3IFRA 4BC5A 2IVNA 4CZLA 4FWOA 3MN7A 4BRCA 4WYBA 2IIRA 5AQFA 5AQUA 2P9PB 4CZIA 4EFHA 4CD1A 1DEJA 5BPLA 1C0GA 4EHTA 4FWNA 1YAGA 4FPBA 1KAYA 3M6GA 1TUYA 1XQSC 5AQRA 1SAZA 5LJVA 2P9IA 4BVPA 4GY2B 2VYPA 3UKRB 1RGIA 2GEMA 3MN6A 2CGKA 3RSEB 1HJOA 4JHDA 5EX5A 4CJ7A 2I7PA 1LOTB 2YI1A 2CH6A 3I33A 2HF4A 4WQ5A 2F9WA 4Y0WA 3WXKA 3BF3A 2W40A 2QXLA 4BGAA 1ZXOA 2A6AA 3H45C 5AZJA 5BPNA 3KVGA 3H1QA 3ZX0A 4CD3A 2GWKA 4BREA 4QS9A 2ASOA 3M1FA 4BRLA 1JCGA 1BDGA 1NGJA 5AFUA 1V4SA 3EKSA 4B9QA 2H3GX 3BF1A 1GLAG 4BR9A 3VERA 5ELZA 4H0VB 4RCHA 3WXLA 3CI5A 2QW9A 5AQQA 3WT0A 3UE5A 1T6CA 1NGDA 3OHRA 3VGLA 1NGCA 4PL7A 3ZETB 1NMDA 4H0YB 3VF6A 3EO3A 3QDKA 5BRDA 2AA4A 2D1KA 3FZFA 4JNEA 3VEOA 4H0PA 4CZEA 1NGEA 4WQ4A 1NGAA 5TKYA 4BQLA 2F9TA 4BGBA 1ESVA 3EZWA 4GNIA 5FPNA 4CZGA 3VETA 1H1VA 4EAHD 2QM1A 4HWIA 1Y64A 2WUSA 5AQPA 3QMLA 3U9DA 2A40A 4H5TA 4YDUC 3LM9A 1BOTO 4BRAA 3H1VX 3QB0A 1ZC6A 3H3OB 4C23A 1QZ6A 3M3ZA 1X3NA 4NB4A 5KQ8A 2BTFA 3ZX3A 2E1ZA 2QWPA 2Q0UA 3HBTA 2ZWHA 4H5RA 3AARA 5AFUH 3EL2A 5EVZA 4BC2A 5EOYA 3DAWA 4BRFA 4QS7A 3QBXA 3DXMA 5AQVA 3FGUA 2VWBA 5KPZA 4DHYA 3EN9A 3KHYA 4WQ5C 5BR9A 3P4IA 4BVOA 3QFUA 1IG8A 2Q97A 1JCFA 2EWSA 4J8FA 2OANA 2BUPA 5AQHA 5AZIB 3W3DA 4BC4A 3A5OC 3MK6A 1TYQA 4I6MB 3QICA 3VEYA 3VEWA 3ZEUB 5JMVA 4A2BA 5FPMA 4DCHA 3CQXA 2D0PA 3QFPA 5LJWA 1XUPO 5AQGA 1Q18A 3CJBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULEA 3TSPA 4IBNA 3ZT2A 3HOSA 1NK4A 2XRIA 1EO1A 4LFAK 1G99A 3A2FA 4XH4A 4GV6A 4JAXA 1T6DA 2JWKA 5KI6A 3K5NA 2UYTA 3K0SA 4PWDA 2YKMA 4J2EA 1UAXA 3O9TA 1HMVA 4MFBA 4JI8K 3IUCA 1SS6A 1T7PA 3G10A 4AM7A 3V9WA 4BACA 4OKKA 5KRSA 4FLUA 4C8NA 1NJXA 1T44A 1D5AA 1ZBFA 3VQ7A 4FJ5A 1RBSA 4BDPA 2ASMA 4CFDA 1RT7A 2F8TA 1QHAA 2IVPA 4KH5A 2NLXA 1KAXA 3SQ2A 1UWBA 3D2FA 4WCEL 4FM0A 3L2RA 1JCEA 3NH1A 3U9ZA 4DTJA 4DV1K 1HNWK 1HUXA 2E20A 3T1AA 3FLCO 3KLGA 3C6UA 4DU4A 1HRHA 3L3UA 2PZSA 2NRWA 1RDAA 2YHWA 3VEVA 2VG6A 4IDHA 3EE9A 5AQLA 4H8KA 3V9SA 1LWCA 2KZMA 1SZ2A 1KFSA 1G15A 1DGKN 4JKFA 3ZT3A 4HUEA 1ILYA 5CR4A 2D0CA 3RSEA 4DB3A 3MWPA 5HRRA 3OY9A 4Z94A 4RW9A 1IKYA 3DLEA 2P9KB 3HL8A 4MO5A 3CETA 1GLDG 2WC9A 1C1AA 4M3YA 2GX9A 3FZKA 3FZMA 3EE8A 4A61A 4DV5K 3DXKB 1N5YA 3CHWA 2ATQA 4X65K 1VQKN 3E1YA 1MWMA 3AO2A 3AAPA 3BP8A 5SWMA 3AAQA 5KQDA 4CHZA 3S3MA 3ZETA 1U2VB 4M42A 4H0XB 2I5JA 3KZBA 4ICLA 4IFVA 1F21A 3CJ9A 5KPRA 2E6LA 2HNZA 4FCYA 1NG9A 2HHUA 3AVNA 3TAGA 1IH7A 4EZ9A 3AVFA 5I9EB 3VA0A 2PBDA 3D6RA 3R6MA 4BR7A 3VF2A 5K14A 3AY9A 4H4OA 3U4LA 2G8HA 3VOVA 3OYNA 2J4RA 2G8KA 4FWRA 2KHOA 4DUYK 5HROA 1X3MA 3G25A 4DTXA 3HYFA 3LM2A 4O5FA 1RT2A 2Q2RA 4QCLA 1HKBA 3B8AX 1XMOK 1SQKA 4V19S 4WQ4C 3SZ2A 3CCMN 4PY5A 5EXWA 2UUCK 1EETA 4E1JA 1D8YA 4IKFA 4BC3A 2ASPA 5C2FA 1JXBA 3JYTA 1LWEA 3H6EA 4X62K 1YVNA 1REVA 3I8BA 4I6MA 3LDPA 2FSJA 1S1WA 3SMSA 3DLRA 1SKSA 2RF2A 2RKIA 4DSJA 5C42A 4DUZK 1L3VA 2HNDA 4FJMA 4YOXA 4K0KK 4XJXA 5TKWA 4LF4K 1WOQA 5FPEA 2A1SA 2OPSA 3OYCA 4M3WA 4HTUA 4BWJA 4IO8A 1KVCA 4PUOA 1FJGK 5AQWA 1TAQA 3AGRA 3NF7A 5M1PA 2G8WA 2UU9K 2Q0RA 4JI3K 1X9JA 2A41A 1L5UA 4M3XA 4E7JA 2A3ZA 1VSDA 1IV0A 4MLEA 2G8FA 4CEFA 3RMAA 4PKGA 4I9QA 4FPAA 3NVMA 3OJSA 4O8KA 3OBYA 4JLHA 3QEIA 1LAWA 4A5BA 4WFBL 3C0BA 3TU5A 1WAJA 4BRIA 3HI0A 5ADXA 2KZZA 4BR0A 3DXMB 1SKWA 2YJFA 4Z4HA 3C6AA 3O5BA 5KGXA 1T03A 1RDWX 5A2QO 1YTUA 3A5MC 2YV0X 4U67L 5C24A 2E2NA 1JXEA 3IKMA 1BWFO 1R0AA 3LAMA 3PIOL 4DR5K 4DQSA 4AILC 4CBXA 4JI0K 4JI6K 1TV6A 1QS4A 4LFCK 4Z4GA 4DSIA 3SAHA 1DLOA 3MCPA 3ZCMA 3B6PA 1QQCA 4FLVA 1GLEG 1HQUA 1JLFA 4YNQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3RSE A;  2HMP A;  4DB3 A;  4EIA A;  2D0O A;  4Z94 A;  2Q36 A;  2P9K B;  3GG4 A;  4FO0 A;  3O1W A;  4MO5 A;  4BQZ A;  3CET A;  1GLD G;  1HKC A;  3FZK A;  3FZM A;  4IJA A;  4A61 A;  5LY3 A;  1YUW A;  3DXK B;  3LDN A;  2NRH A;  3CHW A;  4K25 A;  2YCH A;  1MWM A;  1Z6R A;  3AAP A;  3A8Y A;  3BP8 A;  4FWQ A;  3AAQ A;  5KQD A;  3FE1 A;  5JLH A;  3ZET A;  1U2V B;  4H0X B;  3C7N B;  4BRD A;  2P9N B;  3KZB A;  1KAZ A;  1C0F A;  3UB5 A;  3FZH A;  2HOE A;  3CJ9 A;  3S41 A;  4F9O A;  5KPR A;  5AQO A;  4FOI A;  4DQ8 A;  3CJ7 A;  5AQJ A;  5I9E B;  5AQY A;  3EKU A;  1S3X A;  2PBD A;  4A2A A;  3R6M A;  4BR7 A;  3VF2 A;  3MN5 A;  3AY9 A;  4CZK A;  3U4L A;  2E88 A;  1HLU A;  3VOV A;  2J4R A;  1XC3 A;  1QQO A;  4BRH A;  2E1Y A;  4FWR A;  4BR2 A;  3IDH A;  5ADX H;  5BRE A;  4LC9 B;  2KHO A;  1OKJ A;  2P9I B;  3JS6 A;  1X3M A;  3G25 A;  4BRQ A;  5KPT A;  4BRN A;  5FPD A;  3ATV A;  5F1X A;  4BRO A;  3LM2 A;  4O5F A;  2Q2R A;  3HSC A;  1BO5 O;  1HKB A;  3B8A X;  4JHD B;  4ISE A;  1SQK A;  4HTL A;  3O80 A;  4WQ4 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ULE A;  3TSP A;  4IBN A;  3ZT2 A;  3HOS A;  1NK4 A;  2XRI A;  1EO1 A;  4LFA K;  1G99 A;  3A2F A;  4XH4 A;  4GV6 A;  4JAX A;  1T6D A;  2JWK A;  5KI6 A;  3K5N A;  2UYT A;  3K0S A;  4PWD A;  2YKM A;  4J2E A;  1UAX A;  3O9T A;  1HMV A;  4MFB A;  4JI8 K;  3IUC A;  1SS6 A;  1T7P A;  3G10 A;  4AM7 A;  3V9W A;  4BAC A;  4OKK A;  5KRS A;  4FLU A;  4C8N A;  1NJX A;  1T44 A;  1D5A A;  1ZBF A;  3VQ7 A;  4FJ5 A;  1RBS A;  4BDP A;  2ASM A;  4CFD A;  1RT7 A;  2F8T A;  1QHA A;  2IVP A;  4KH5 A;  2NLX A;  1KAX A;  3SQ2 A;  1UWB A;  3D2F A;  4WCE L;  4FM0 A;  3L2R A;  1JCE A;  3NH1 A;  3U9Z A;  4DTJ A;  4DV1 K;  1HNW K;  1HUX A;  2E20 A;  3T1A A;  3FLC O;  3KLG A;  3C6U A;  4DU4 A;  1HRH A;  3L3U A;  2PZS A;  2NRW A;  1RDA A;  2YHW A;  3VEV A;  2VG6 A;  4IDH A;  3EE9 A;  5AQL A;  4H8K A;  3V9S A;  1LWC A;  2KZM A;  1SZ2 A;  1KFS A;  1G15 A;  1DGK N;  4JKF A;  3ZT3 A;  4HUE A;  1ILY A;  5CR4 A;  2D0C A;  3RSE A;  4DB3 A;  3MWP A;  5HRR A;  3OY9 A;  4Z94 A;  4RW9 A;  1IKY A;  3DLE A;  2P9K B;  3HL8 A;  4MO5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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