4CI6A

Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by yopo
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/structural protein
source organism Yersinia enterocolitica
publication title Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN
total genus 114
structure length 358
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4ci6A03
1ATNA 5LJVA 4H0YB 4IJNA 2HOEA 3WUHA 1ATSA 4RWTA 4PKIA 2P9SA 2ZGZA 4BRHA 5CE3A 4BGAA 2P9LA 3D2EB 5AZJA 3ZEUB 2VWBA 4MO4A 2FF6A 3ENOA 4CZGA 3MDQA 1NGHA 2CH6A 1NGCA 5AQSA 2EWSA 3A5MC 4BVOA 4PL7A 3ZX3A 3LDQA 1RDWX 1GLLO 4PKHA 2PBDA 4EHTA 5AQRA 4JN4A 1HKBA 3CJCA 5AR0A 1KAZA 2F9WA 1K8KA 2FXUA 2P9UB 3DXMA 4DQ8A 5BRHA 3ENHA 5BR9A 4FWMA 3RSEA 3BEXA 2YCHA 4BC5A 4M63C 4BRGA 4BC4A 2FSJA 5AQNA 2FSNA 4H5TA 3FE1A 3FFKB 1NGJA 3G25A 4IXCA 4YDUA 4H0XB 4BRFA 1GLBG 3O6WA 1BA0A 3JS6A 3LM9A 1E4GT 2PAVA 1ESVA 1U2VB 1U6ZA 4BRKA 1WUAA 4BRIA 1HPMA 2ASMA 2GWKA 2H3GX 3VF2A 3H6EA 4E1JA 5AQZA 3D7EO 5BN8A 4CD1A 4BRDA 1J6ZA 2QWMA 2KHOA 5ADXA 3CJBA 1QHAA 3CJ1A 4DHYA 4ISFA 2ZWHA 2GUPA 2IVNA 3P4IA 3SK3A 1SZ2A 5I9EB 4IZ9A 4FPBA 3O5BA 1NGIA 3D2FB 4MLHA 1RFQA 4CZJA 3WT0A 2HF3A 1TUUA 3FZFA 2YJFA 3H46O 4JD2B 3CQXA 4BG9A 3VGMA 1TYQA 3HZ6A 3A5OC 2QW9A 5F2RA 4FWSA 3VGLA 5FPDA 4H5VA 3VERA 1HLUA 2E2OA 3CETA 3CERA 1X3MA 1ATRA 4FWQA 5AFUH 4BR7A 3UKRA 3U9DA 3O1WA 3AY9A 3UKUB 2WUSA 4PL8A 2ZGYA 4FWLA 2A42A 1X9JA 3WEEB 1C0GA 1C0FA 4H0TB 4CI6A 4FOEA 3SMSA 4QS7A 3FZLA 2CH5A 4JHDA 1NWKA 5F0XA 3QFPA 2QWPA 3W0LA 2DPNA 3UE5A 5AQOA 5ADXH 3IUCA 1Z05A 2A40A 5AQQA 4A2BA 4CZFA 2E2QA 3FLCO 2I7NA 3WXKA 1XUPO 1IG8A 2UYTA 3C7NA 3MN6A 4CZLA 3VEZA 1GLFO 2QWQA 4B1WB 1GLJO 1S22A 2P9UA 2ITMA 1H1VA 1QZ6A 3EO3A 5BN9A 4BQZA 1NGEA 1BG3A 5FPNA 4BC2A 5LJWA 1OKJA 4A2AA 5JMVA 3GE1A 3BUZB 4BR4A 4B9QA 3CHWA 5AQMA 4FO0A 2ASOA 3DJCA 4L3QA 4WYBA 4XH4A 4BGBA 2YHYA 4K25A 4IJAA 4A61A 1E4FT 3I33A 1U2VA 4BR9A 3BF3A 3A0IX 3LDOA 3M1FA 5E26A 4CZIA 4C23A 3GBTA 2BTFA 3MN9A 4I6MB 3LDPA 5AQJA 4B1UB 4BQLA 4Z94A 2D0OA 4B1VA 5KPRA 4JAXA 2P9IB 4DCHA 2CGKA 3HBTA 3VPZA 5KPTA 1V4TA 4H03B 1NGGA 3IDHA 3R9PA 2FLOA 4CBXA 2QWLA 1BDGA 2A6AA 2P9NA 2Q36A 3B8AX 3LM2A 2Q1NA 4ISGA 3ZETB 4K43A 2YJEA 4XEIA 5BRDA 3FZMA 3CI5A 1NBWA 2D4WA 4FWRA 4FWPA 1YAGA 3H3OB 2P9KB 3VF4A 1IJJA 1MWKA 4CBWA 4MO5A 3S41A 1P8ZA 1XC3A 3KZBA 3DAWA 5AQXA 3ATVA 3LDNA 2AA4A 3QDKA 4CZHA 1QQMA 1BWFO 3O1BA 5JICA 4H5WA 5AQHA 3WEEA 1NGAA 3WXJA 1GLDG 1HKGA 1S3XA 4BR2A 3WQTA 2E2NA 3AAQA 3FR0A 5AZIB 2OANA 2HF4A 4IWVA 3ULEB 5AQGA 2Q97A 2QWRA 1DGKN 3QMLA 2ZF5O 2P9SB 5ELZA 1KAYA 2Q0UA 3WQUA 2P9LB 4BVPA 1G99A 5AZJB 4J8FA 1JCFA 1JCEA 3SLCA 3SJHA 2VCPA 1V4SA 1JCGA 4IO8A 3U4LA 1EQYA 5TKYA 4AM7A 1CZAN 3VESA 2Q2RA 4CBUA 2GWJA 3H3NO 1NM1A 5KPZA 2E2PA 2A3ZA 4H5RA 1YUWA 2J4RA 3A5LC 3BF1A 3DXMB 4BC3A 3C0BA 3VGKA 3A5NC 3H1QA 2YHXA 2FF3B 2IVPA 5E84A 2D0PA 3OHRA 3I8BA 1NMDA 3D2EA 3ZEUA 4I6MA 3EKSA 3MK6A 2P9IA 4HWIA 4LC9B 1BUPA 3MN5A 2NZTA 3UB5A 4EIAA 3VEVA 5BPNA 3A8YA 3FGUA 3GG4A 4MLEA 2A41A 4B1ZA 3LL3A 4BRPA 2IIRA 2D1KA 4WQ5A 4BRMA 2E1ZA 3EN9A 4M7XA 3ZETA 4RTFD 1GLCG 4EFHA 4K41A 5BPLA 4PKGA 3VEXA 1Q18A 3WXIA 4XH1A 4BR5A 3M6GA 2NRHA 3EKUA 2A5XA 4FWNA 1R59O 3DXKB 1QQOA 3CIPA 2P9KA 1NGBA 4WQ4C 3HM8A 1Y64A 3H1VX 1SAZA 1ZXOA 5BREA 3VOVA 4O5FA 2NLXA 1WOQA 1QZ5A 1TYQB 3QICA 5EXWA 5AQYA 4BG8A 2E1YA 5BPMA 2YI1A 2HMPA 1MA9B 1T6CA 1BU6O 5JLHA 4BRLA 1YVNA 1X3NA 5AZIA 3BP8A 5EY4A 2P9PB 4AM6A 2AP1A 4K42A 3FZHA 1NLVA 4RCHA 4GY2B 3ULEA 4BR0A 3UKRB 4DB3A 3QB0A 4QS8A 3ZX2A 3R8EA 1SQKA 1GLEG 2I7PA 5BRFA 3D2FA 4XH5A 5JLFA 3VETA 3MN7A 4BRAA 3O80A 4F9OA 3VEOA 3VF6A 5EOYA 4JD2A 4JHDB 4H0PA 1LOTB 4EHUA 4A62A 3CJAA 1HX1A 4NB4A 3HSCA 3C7NB 1HUXA 3VENA 2GTDA 4CJ7A 5AQFA 4HTLA 3QFUA 3J8AA 1BA1A 3MMVA 3JXUA 3UKUA 1ZC6A 3WXLA 2IVOA 4B1XB 3U9ZA 4ISEA 2V51B 2CGJA 3HTVA 4BRCA 4H5NA 3CJ9A 2W40A 4CZKA 1T6DA 3ZX0A 5AFUA 1XQSC 4BRQA 4Y0WA 5EX5A 2E88A 3KHYA 5AQTA 3KVGA 5B8HA 3M3ZA 3O08A 4JNEA 3L4IA 1DEJA 4CZMA 3TPQA 3QBXA 5AQVA 4YDUC 1YXQA 3EL2A 1Z6RA 5AQLA 3GOIA 5EVZA 2BUPA 3CJ7A 1BO5O 1DKGD 2E20A 3QBWA 1GLAG 3DXKA 2P9NB 4H0OA 3VEYA 1MDUB 1K8KB 4GNIA 1HJOA 3R6MA 4FWOA 5AQWA 3RSEB 3CQYA 4BRNA 4CD3A 1KAXA 1ZBSA 3AARA 3FZKA 1BOTO 5FPEA 5AQIA 2W41A 3HI0A 5KQ8A 4NO7A 2Q31A 3TU5A 1MWMA 4B1YB 3GDQA 3W3DA 3O4WA 2F9TA 1T44A 4QS9A 5LY3A 3F9MA 2GEMA 3LDLA 4M7YA 3VEWA 2P9PA 2E8AA 5AQUA 2V52B 3O8MA 1RGIA 1KXPA 3IMXA 5KQDA 4WQ4A 3ATUA 3IFRA 1NGDA 1LCUA 3U8XA 1HKCA 4FSVA 3MCPA 5FPMA 2Q0RA 4FWKA 2YHWA 1QQNA 3H45C 4BROA 3EZWA 2GELA 2QXLA 2ASPA 2QWOA 1TUYA 5F1XA 1NGFA 4O8KA 3AAPA 3SMPA 4KBOA 2VYPA 4FOIA 4CZEA 4FPAA 4FL9A 2QM1A 3ID8A 3GL1A 2V7YA 2V7ZA 3L0QA 4H0VB 1D4XA 3L6QA 4EAHD 2QWNA 3DWLA 2FSKA 5AQPA 4BREA 4WQ5C 5AQKA 2CGLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LJVA 4GV3A 3KD5E 1TKXA 1JLQA 4RWTA 4OKJA 4DFMA 1CLQA 2Q3SA 3AA2A 5MLCQ 1NGHA 3OYKA 2EWSA 4BVOA 2JGUA 1BL3A 2YKNA 4CVNE 3AVJA 3K5OA 3U6FA 4FLUA 2PBDA 4EHTA 5AQRA 1HKBA 3CJCA 1KTQA 3LZJA 5KRSA 4DQ8A 4DQQA 2YNFA 3MECA 3MEDA 3V9UA 2OPSA 4IDKA 1EWQA 3EZ5A 1JKHA 2ETJA 4ILJA 3KLHA 4LFAK 1RNHA 4H5TA 3FE1A 3V4IA 4KTZA 4RW6A 3G25A 1KVBA 3PIOL 3RR8A 4BRFA 4J2EA 4AHTA 4G9ZA 3LM9A 3FFIA 2C1IA 5C10A 1HQEA 1HPMA 3SBTA 4LFCK 2KZZA 4CD1A 3LZIA 1J6ZA 1TGOA 2QWMA 3CJBA 1FXXA 5J2NA 2O8BA 1JXBA 3SK3A 1SZ2A 4NXMK 3HOSA 1XMQK 3DYAA 3PSFA 4MLHA 1NK9A 2HF3A 3S3MA 4YOWA 3TAPA 4FJ7A 4BACA 1C0MA 3FZFA 2UUCK 3CQXA 3VQ8A 1BGXT 5CY4A 2ATQA 3TI0A 2ZE2A 2QW9A 5TKWA 2F7TA 4FWSA 4KHNA 2O8CB 2NRVA 3K9KA 3CERA 3O4QA 4YNQA 4BE7B 3CXCM 3M5RA 1I39A 1TK5A 3C6UA 3U9DA 3SUPA 4KHUA 3O1WA 1VQKN 3WNEA 3UKUB 1N33K 1X9JA 1C0GA 5KGXA 4LF8K 4CEFA 4H0TB 4A59A 4CI6A 3SMSA 4QAGA 4FK2A 2CH5A 5F0XA 1NMNA 2QWPA 2OTJN 1L5UA 4NYNA 2ZJRL 2A40A 2IGIA 5AQQA 3U3YA 1NK4A 3K2PA 2E2QA 3FLCO 3QERA 1IG8A 3C7NA 3MN6A 4CZLA 3DLLL 2HVHA 3LPTA 1LW0A 1T05A 4WCEL 1B9FA 3HVRA 5FPNA 1BG3A 4BC2A 2X6NA 2X74A 4A2AA 3GE1A 4DR6K 4OPKA 2IS3A 3DOLA 4L3QA 4HUGA 4O0JA 4K25A 3O3HA 4IJAA 1ZBLA 1E4FT 3OYNA 2B4JA 4FLVA 3A0IX 3LDOA 4Z4HA 1TAQA 3CPEA 3ISNC 3GBTA 4FCYA 3NGYA 1ZBHA 4B1VA 3VMFB 4JAXA 4Z4FA 3VPZA 5KPTA 1FKPA 3NFAA 4KRFA 4CJ3A 2FLOA 1BCOA 4NCGA 1C1BA 4AHVA 2QWLA 4CHOA 2Q36A 4HUEA 3CC7N 3NH1A 1A5WA 4F2RA 3ZETB 4HUFA 3HM9A 2YJEA 4XEIA 5BRDA 3CI5A 1NBWA 2D4WA 1Z26A 3VF4A 1UWBA 4CBWA 1ZBIA 2O8CA 3RTVA 3DAWA 4YOTA 5IWAK 3M8PA 3ATVA 2F4VK 1Q86O 2G8IA 4OPJA 4CZHA 1OVQA 2G8HA 3O1BA 5JICA 4H5WA 5AQHA 4BWMA 2VQEK 4CF0A 2E2NA 4DF4A 3AAQA 2HBMA 3O9SA 4IWVA 1G15A 2JWLA 4AHSA 3ENBA 1U47A 2Q97A 2QWRA 1GOAA 3V1OA 2ZF5O 4TSXA 1WAFA 1WNSA 1KCFA 1N36K 3VA3A 1EO1A 2RKIA 1YT3A 3SLCA 1JCGA 1HNZK 3U4LA 1EQYA 5TKYA 2ITGA 4IG3A 2Q2RA 3MWPA 2GWJA 3PX0A 1WLJA 1U48A 3ZSYA 3WNHA 3TAGA 1S5JA 4OJRA 2A3ZA 4H5RA 3DXMB 4BC3A 3BF1A 3C0BA 3K58A 2YNHA 3IAYA 2FF3B 4WFNL 2IVPA 5E84A 4FZZA 4O0IA 3D2EA 3VQ4A 3O9TA 3EKSA 4DV3K 3HPHA 1VQNN 3KJVA 1VSIA 3D6RA 4HWIA 3OYBA 3UB5A 3OYGA 2HHVA 4OGCA 2Z1JA 3T1AA 3WNGA 1NK5A 3KLEA 1U04A 4BRPA 3LL3A 3LAMA 4WQ5A 1ITGA 1NJWA 2E1ZA 3ZETA 1WAJA 4RTFD 4EFHA 3WXIA 4K0KK 4BR5A 2NRHA 4KB1A 3EKUA 4OVLA 2A5XA 3CIPA 4JI1K 2X6SA 2OZMA 2OPRA 1KFDA 2PFUA 3H1VX 3SQ1A 1SAZA 4FM2A 2NRTA 3K5LA 4DR4K 1CXUA 4N5SA 2D0AA 1WOQA 4C8OA 1QZ5A 1TYQB 4JI6K 4CJTA 3AO5A 3Q7BA 1EP4A 1X3NA 5EY4A 2WONA 4CEOA 4NCAA 4RCHA 3ZSOA 1YI2N 3UKRB 3QEPA 5EU7A 4R79A 3SPZA 3QB0A 2I7PA 3D2FA 4XH5A 3VETA 4BRAA 4CEZA 5HRNA 3O80A 3TTCA 1J9AA 3VQEA 1YTUA 1FK9A 4EHUA 3KLFA 3EYZA 3AVCA 1WB9A 4NB4A 4CIFA 4E19A 4W5NA 1JL1A 1NKBA 3ZSVA 2DY4A 2VG6A 3VENA 1RTJA 4CFBA 4R5PA 5GIOA 1GOCA 4DV0K 3ZSQA 5C25A 4B1XB 3ZT0A 3U9ZA 1CXQA 4CHQA 4I9QA 2V51B 2KZMA 2CGJA 1YJWN 3CJ9A 4CZKA 3ZX0A 3OYMA 4BY9C 3P31A 4CHYA 1Q81O 5J2MA 3D0PA 1VQMN 1JLCA 1I94K 4CGFA 4C1NI 2NUBA 3SI6A 5M1PA 3L4IA 1C0UA 1VSMA 1DEJA 4CJUA 4E1MA 3TPQA 4JEPA 4JKEA 4CFDA 2F8TA 4DQRA 4FJIA 3GOIA 5EVZA 3NHGA 4DTMA 4DV2K 4KAZA 5LL6Z 3P5JA 2BUPA 2D5RA 1W0HA 4C8LA 3QBWA 3VQCA 5KGWA 3J7YP 2P9NB 4H0OA 1K8KB 3PO5A 3TAEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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