4EAHD

Crystal structure of the formin homology 2 domain of fmnl3 bound to actin
Total Genus 104

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
368
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (8-12)TI2 (69-72)AH2 (79-92)AH4 (137-145)TI1 (13-16)TVIII1 (27-30)S3 (29-32)TIV1 (37-52)S4 (35-38)S6 (65-68)AH1 (56-61)TI3 (97-100)TII1 (61-64)TII2 (108-111)TIV4 (72-75)TIV3 (71-74)TIV5 (76-79)TIV6 (92-95)TI4 (98-101)S7 (103-107)AH12 (338-348)AH3 (113-127)AH9 (275-284)S8 (131-136)TIV7 (165-168)S9 (150-155)3H1 (264-267)TI5 (156-159)S10 (160-166)S11 (169-170)S13 (238-241)TIV8 (172-175)TVIII3 (171-174)AH5 (182-195)S12 (176-178)TI6 (233-236)AH7 (223-228)AH6 (205-216)TIV9 (202-205)AH10 (290-295)S15 (296-300)TIV10 (234-237)S14 (247-250)AH8 (252-262)TII3 (306-309)3H2 (287-289)AH11 (309-320)3H3 (302-304)TI7 (322-325)S16 (328-330)3H4 (335-337)S2 (16-21)S5 (53-54)TVIII4 (220-223)TVIII5 (229-232)TI8 (332-335)TI9 (349-352)3H5 (353-355)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Protein binding
source organism Mus musculus
publication title FMNL3 FH2-actin structure gives insight into formin-mediated actin nucleation and elongation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 104
structure length 356
sequence length 368
chains with identical sequence F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4eahD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4eahD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4eahD03
2GWJA 1HKBA 1MWKA 3CERA 4NO7A 2D1KA 4BRGA 4RTFD 3FZKA 2IVPA 3DXMB 4BRCA 4XEIA 2VWBA 1YAGA 5EY4A 4EHTA 4BR0A 4M7YA 1NGIA 1NGCA 1TUUA 1LOTB 5F2RA 1U2VA 1GLAG 4H5VA 4IXCA 2P9PA 4BR9A 1HKGA 4CZJA 3IUCA 1XUPO 3MN7A 1BO5O 5AQRA 4BR5A 3H45C 5AQLA 5KQDA 4CZGA 3QB0A 1S22A 5E84A 1NGJA 3H3NO 3H1VX 4E1JA 2D0OA 4H5RA 3FR0A 2FF6A 1BOTO 1RGIA 3WXJA 2ZGYA 5EXWA 2DPNA 5BREA 3FZHA 5JICA 1GLDG 1V4TA 1NGFA 1C0FA 3HTVA 3O1BA 3KVGA 1GLJO 2YHWA 4J8FA 3O08A 3DXMA 5AQPA 4CZHA 3GDQA 1XC3A 4O8KA 4BRMA 3LDNA 1TYQB 4XH1A 3WQTA 3BEXA 4BG9A 4Y0WA 4M7XA 3D7EO 3CJ1A 4BREA 3A8YA 4QS7A 5AQQA 1NGGA 4H5NA 3VERA 3CJBA 4JN4A 5EVZA 3MK6A 3MMVA 3VPZA 4CZEA 1WOQA 3BP8A 3CQYA 4BR4A 2YJEA 3GL1A 3R9PA 2QWLA 2VCPA 2BTFA 3R6MA 4BRQA 3CJAA 5AQZA 2A40A 3TU5A 3ATUA 2IIRA 3VOVA 3I33A 2HF4A 1SAZA 3FZMA 5AQJA 3M3ZA 4BRDA 2ASOA 1IG8A 4IWVA 2Q36A 3IDHA 3CQXA 1ATSA 1LCUA 4B1UB 1RDWX 2AA4A 3A5MC 2P9KB 1T44A 4IJNA 1NWKA 3AY9A 1TYQA 4B9QA 2P9UB 3O80A 1NGEA 3H3OB 3ZEUB 5KPTA 1QZ6A 4BR2A 4IO8A 1C0GA 3HSCA 5FPDA 1X3NA 1MWMA 3CJCA 3CJ7A 3J8AA 1XQSC 1U2VB 1KAXA 3GBTA 1BA0A 2I7NA 3ZX3A 1HPMA 4Z94A 5BN8A 1X3MA 4K43A 4WYBA 5BN9A 4CD3A 4YDUC 4FSVA 4QS9A 3ZX0A 3WUHA 1ESVA 2E2PA 3CHWA 4WQ5C 2GTDA 3H1QA 2D4WA 5AQSA 3VGKA 4WQ4C 4FWLA 1Z05A 1HUXA 3IFRA 2P9SA 1RFQA 5ADXA 4H5WA 3I8BA 2Q0UA 3U8XA 3A5NC 5KPRA 2CH6A 2P9KA 3M6GA 5CE3A 2P9UA 1IJJA 4I6MB 3ZEUA 3O6WA 3QFPA 4BRPA 2OANA 3QICA 2VYPA 1CZAN 1BA1A 5I9EB 5JLHA 2GWKA 4JNEA 2FSKA 3VEOA 5E26A 3UKUB 2IVOA 2WUSA 1ZXOA 4JHDA 1DEJA 3S41A 4CJ7A 1HJOA 4M63C 3VF2A 4MLHA 2A3ZA 4BC2A 3ZX2A 1HLUA 4BRKA 2I7PA 4CD1A 2E2NA 2Q0RA 4H0PA 3ZETB 5BPNA 3HI0A 4FOEA 2QWMA 5AZJB 1DKGD 3WEEB 3QBXA 2E20A 4XH4A 2GELA 5AFUH 1Y64A 2AP1A 4HTLA 1QHAA 3MN9A 5FPEA 2HOEA 2KHOA 3VEZA 3KZBA 2ZF5O 3GG4A 4ISFA 4B1WB 5AQFA 3O4WA 3WT0A 1TUYA 1JCEA 3O5BA 4JD2B 4A62A 2PBDA 4FL9A 1NGBA 4CZKA 2ITMA 4I6MA 5AQKA 3VETA 2CGKA 2Q2RA 4CBXA 3ATVA 5AQVA 3FGUA 3A5LC 1ZC6A 2HF3A 2V7YA 3UKUA 4A2AA 2E1YA 2CGLA 3P4IA 3FZLA 4BRNA 3ULEA 1JCGA 3IMXA 3LM2A 1BU6O 3DXKB 3FFKB 2F9TA 4FWMA 2NZTA 4ISGA 5F0XA 4K42A 2HMPA 3H6EA 3ZETA 3DAWA 3HZ6A 5EOYA 4BQZA 4CZIA 3FLCO 2FSNA 5LY3A 4PKIA 2P9IB 2ZWHA 4EHUA 5AZJA 3WEEA 5AQYA 4H0TB 5FPMA 3WQUA 3HBTA 4BGAA 4H03B 3SJHA 5AZIB 1WUAA 1T6DA 1YXQA 3WXKA 3A0IX 1GLEG 5AR0A 2Q97A 5BR9A 2D0PA 5AQNA 5JLFA 1Q18A 2P9SB 4ISEA 4JD2A 4H5TA 1E4FT 3EKUA 3JS6A 4IZ9A 2FF3B 4K41A 3EZWA 2YI1A 4LC9B 4FWOA 4HWIA 4XH5A 2QWPA 2H3GX 1GLBG 1YUWA 3QFUA 4K25A 3M1FA 3VEVA 4PL7A 2P9NB 4B1VA 4H0VB 4AM7A 4BGBA 2YJFA 4PKGA 3ENOA 5AQOA 3DXKA 3VEWA 4KBOA 3QBWA 1HKCA 4JHDB 3VEYA 1QQNA 2P9IA 1X9JA 2FLOA 4DCHA 5AZIA 3VGMA 4FWKA 3VEXA 5ELZA 4MLEA 1MDUB 5FPNA 4FWSA 2V52B 3UKRB 1GLFO 4C23A 3FE1A 2F9WA 1KXPA 4EAHD 3U9DA 1NGHA 3UB5A 4CZFA 2E2OA 3VESA 2E2QA 4GY2B 3EN9A 3TPQA 5BRFA 1NBWA 3SK3A 4O5FA 1SZ2A 2P9NA 2FSJA 1NM1A 2YCHA 3CI5A 5B8HA 3GOIA 1BG3A 1ZBSA 3MN6A 1QQMA 1MA9B 1ATRA 2QWRA 2ASMA 2GEMA 3OHRA 2P9LB 4FWQA 4F9OA 1HX1A 1KAYA 1QQOA 4BR7A 3R8EA 3U9ZA 3H46O 3B8AX 2QM1A 2ASPA 3ULEB 4GNIA 4CZMA 2V7ZA 4PKHA 2Q31A 4FO0A 1YVNA 1Z6RA 2CH5A 1K8KA 1D4XA 3UKRA 2W40A 3AARA 1GLCG 5BPMA 3DWLA 2A6AA 4RWTA 4AM6A 3CJ9A 2UYTA 5AQXA 2QWQA 1EQYA 2YHYA 4MO5A 5JMVA 5EX5A 3VGLA 5AQMA 3AAPA 4B1XB 3GE1A 3O1WA 3SMPA 4BRIA 4B1ZA 4B1YB 3KHYA 3LDPA 2P9LA 4H0XB 5AQTA 5AQWA 2E88A 2EWSA 3L4IA 5KPZA 3DJCA 1T6CA 4CZLA 3RSEB 3D2EB 1NLVA 5LJVA 1P8ZA 3QDKA 5ADXH 3MDQA 3D2FB 4CBWA 3QMLA 1S3XA 4BRAA 2A42A 4DB3A 1BDGA 1NGDA 1BWFO 4H0YB 2A5XA 2J4RA 3VENA 1H1VA 5BPLA 3ENHA 3W0LA 1SQKA 2QWOA 5AQIA 5F1XA 2NRHA 4FWNA 3WXLA 4CBUA 4DQ8A 4BC3A 3LDLA 2ZGZA 4MO4A 3L0QA 5AQGA 1R59O 4NB4A 3BF1A 4FPBA 4H0OA 3A5OC 3MN5A 2NLXA 1BUPA 4EFHA 4L3QA 3SMSA 3EO3A 5BRDA 3LDQA 4DHYA 1J6ZA 2YHXA 1DGKN 3L6QA 2CGJA 2PAVA 3LM9A 4CI6A 3F9MA 1GLLO 2Q1NA 1JCFA 2V51B 2E1ZA 3RSEA 3EL2A 3C7NB 3D2EA 3BF3A 3WXIA 4QS8A 4FOIA 3D2FA 4BC5A 1OKJA 4BVPA 3AAQA 4YDUA 3BUZB 4JAXA 4A61A 4WQ5A 5AFUA 1G99A 1U6ZA 3CIPA 3SLCA 4FWPA 1K8KB 1QZ5A 4IJAA 4A2BA 4FWRA 4WQ4A 4BQLA 3UE5A 3ID8A 4BRHA 3JXUA 3HM8A 1KAZA 1ATNA 4BROA 3G25A 2E8AA 2QWNA 3VF4A 2QXLA 3LL3A 3W3DA 2QW9A 2P9PB 2A41A 1NGAA 5AQHA 1E4GT 3C0BA 3VF6A 1V4SA 2BUPA 2GUPA 4EIAA 4BG8A 3MCPA 5TKYA 4BVOA 4BRLA 1NMDA 3FZFA 4FPAA 3EKSA 3O8MA 2W41A 3C7NA 3LDOA 5KQ8A 5BRHA 4RCHA 2FXUA 5AQUA 2IVNA 4BRFA 4BC4A 3U4LA 4PL8A 5LJWA 3CETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I2PA 3K5OA 4H8KA 1X9WA 4EP5A 3VQ7A 2G8UA 3FZKA 3CCSN 3AA3A 1RBRA 5JS2A 1WAJA 5EY4A 4EHTA 3NGIA 4BR0A 3O9RA 1NGCA 4YOUA 4BDYA 4DTUA 2XRIA 1Q82O 4IXCA 2YKNA 4BR9A 4KH4A 1VQLN 2IGIA 1LWEA 2E6MA 3MN7A 4E3SA 4DTJA 3ZT1A 4OLAA 3TSQA 4IFEA 3KD1E 1U45A 4DQRA 2FF6A 1RGIA 2ZGYA 5EXWA 2G8FA 1VRTA 4CE9A 1NKCA 3FZHA 3TTDA 3LZIA 1U49A 2QKKA 1C0FA 4B08A 4E72A 3KVGA 4CF1A 3TAQA 3MX5A 3HL8A 2PY5A 3O08A 2KZZA 2ZD1A 4U7BA 3LP1A 5KRTA 4F2RA 3LDNA 3AVNA 4BG9A 1YIJN 5HL7L 2RPIA 2OYQA 3D6RA 3A8YA 3OYJA 4B9SA 5HLFA 1TKTA 3AGRA 3E01A 4IEIA 4CZEA 3BP8A 3CQYA 2G8KA 3CYMA 2O8FB 4B9MA 4GMJB 4CGJA 4NCGA 3NH1A 3QLHA 4JI4K 5CZ2A 4FJHA 1HNVA 4JI1K 1SAZA 3HSTB 4IOXA 1IKVA 2BE2A 3THWB 5FDLA 4DMNA 3R3LA 2G8HA 1LCUA 4DUZK 2HHTA 4CECA 3QNOA 3LP0A 4O8UA 3AVBA 5C42A 2AA4A 3ZCMA 2P9KB 5I42A 4B9QA 5FROA 3CG7A 1KFSA 2O8CB 4CJ3A 4CHZA 1YJNN 5D3GA 3AVHA 3ISNC 5FLXO 5BR8K 1MWMA 3CFRA 1QSSA 1DTTA 1XQSC 4OGEA 2OZSA 2VWKA 3T1HK 3GBTA 4BWMA 4BEBA 1HPMA 4Z94A 4CFCA 4DLGA 4GV9A 1YITN 4M3RA 3ZX0A 4F2SA 3AO2A 1Q81O 4UY8O 2GTDA 1FXXA 3H1QA 1VQMN 4AH9A 5AQSA 2R7YA 3KJVA 3THWA 3IFRA 2P9SA 4FK2A 1EO1A 3NF9A 2YX6A 2OTJN 1JKHA 1T3VA 3HXMA 3ALYA 3NE6A 3CXCM 2UU9K 5KPRA 2P9KA 2D0BA 1C1CA 1JLCA 3WNHA 4I6MB 1BI4B 2W6KA 2O8CA 3PSFA 2OANA 5JS1A 4OKJA 1RDUA 4KHPK 3JAMO 4V19S 3K9KA 1ZBUA 5E26A 2WUSA 4OKKA 3TABA 3S41A 2PYJA 4JK8A 5M1NA 4CJ7A 1TV6A 3VF2A 4BC2A 3ZX2A 3IKMA 3ZETB 4CEAA 4CJFA 3ZLJA 1KVCA 5J2PA 3U6FA 1EWRA 3QBXA 4XH4A 2GELA 5AFUH 1C1AA 3QETA 5FPEA 3G4SN 2HOEA 4DUYK 3VEZA 4DG1A 4ISFA 1TGOA 2OPSA 4A62A 1NGBA 2KFZA 2ITMA 5HBMA 3HJFA 4I6MA 3VETA 1BI4A 4CIGA 1L3VA 4BWJA 1WSFA 3DI6A 1NJYA 2XY5A 3A5LC 3EY1A 2HF3A 2V7YA 2Q3SA 1SKRA 4RW9A 5T7BA 4RW4A 4BRNA 2D5RA 1WN7A 3VQPA 1VQ6N 3DXKB 3FFKB 4K42A 3ZSRA 3CCQN 3ZETA 5EOYA 4CZIA 1VQ5N 4OVLA 5LY3A 3HP6A 1W0HA 1YT3A 3SJHA 5AZIB 1YXQA 1N5YA 4GKJK 3A0IX 5DM6L 3HPGA 2Q97A 1HNXK 5AQNA 1RDDA 2UUBK 4H5TA 4J2BA 3JS6A 4IZ9A 3P38A 3EZWA 2OA8A 4CK3A 1M1KO 4FLWA 1U48A 2QWPA 1GLBG 3WNGA 2P51A 2OPQA 4CEQA 3OYIA 4DR5K 3HVRA 2NRWA 2P9NB 4B1VA 4H0VB 3CCUN 1NK9A 4IOAL 1C0MA 3DLGA 4PKGA 3DXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I2P A;  3K5O A;  4H8K A;  1X9W A;  4EP5 A;  3VQ7 A;  2G8U A;  3FZK A;  3CCS N;  3AA3 A;  1RBR A;  5JS2 A;  1WAJ A;  5EY4 A;  4EHT A;  3NGI A;  4BR0 A;  3O9R A;  1NGC A;  4YOU A;  4BDY A;  4DTU A;  2XRI A;  1Q82 O;  4IXC A;  2YKN A;  4BR9 A;  4KH4 A;  1VQL N;  2IGI A;  1LWE A;  2E6M A;  3MN7 A;  4E3S A;  4DTJ A;  3ZT1 A;  4OLA A;  3TSQ A;  4IFE A;  3KD1 E;  1U45 A;  4DQR A;  2FF6 A;  1RGI A;  2ZGY A;  5EXW A;  2G8F A;  1VRT A;  4CE9 A;  1NKC A;  3FZH A;  3TTD A;  3LZI A;  1U49 A;  2QKK A;  1C0F A;  4B08 A;  4E72 A;  3KVG A;  4CF1 A;  3TAQ A;  3MX5 A;  3HL8 A;  2PY5 A;  3O08 A;  2KZZ A;  2ZD1 A;  4U7B A;  3LP1 A;  5KRT A;  4F2R A;  3LDN A;  3AVN A;  4BG9 A;  1YIJ N;  5HL7 L;  2RPI A;  2OYQ A;  3D6R A;  3A8Y A;  3OYJ A;  4B9S A;  5HLF A;  1TKT A;  3AGR A;  3E01 A;  4IEI A;  4CZE A;  3BP8 A;  3CQY A;  2G8K A;  3CYM A;  2O8F B;  4B9M A;  4GMJ B;  4CGJ A;  4NCG A;  3NH1 A;  3QLH A;  4JI4 K;  5CZ2 A;  4FJH A;  1HNV A;  4JI1 K;  1SAZ A;  3HST B;  4IOX A;  1IKV A;  2BE2 A;  3THW B;  5FDL A;  4DMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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