4GY2B

Crystal structure of apo-ia-actin complex
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Arginine ADP-ribosylation mechanism based on structural snapshots of iota-toxin and actin complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Iota toxin component Ia
molecule tags Toxin/structural protein
source organism Clostridium perfringens
total genus 115
structure length 360
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gy2B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gy2B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4gy2B03
1U2VB 1MDUB 2P9SB 3IDHA 4WQ4C 2FXUA 3EZWA 3UB5A 2A5XA 3H6EA 1GLEG 3U4LA 3IMXA 4JNEA 3ULEB 1TUYA 1NGCA 1T44A 2KHOA 1GLDG 4CZKA 4CBWA 4H0XB 3TPQA 3I33A 3DXKB 3G25A 4BRMA 3VEWA 3EKUA 4BG9A 4CBXA 4MLEA 3A5OC 1ATRA 5KPRA 2FF6A 3CJBA 4BRFA 5LJVA 4FWLA 3O4WA 2QWMA 5AQYA 2HMPA 3AAPA 4O8KA 1ZXOA 2P9IB 3MMVA 4H5RA 2CGKA 4EAHD 5AQMA 3F9MA 2E1YA 4BQZA 1ZC6A 5FPMA 2CH5A 4MO4A 1U2VA 3HTVA 2P9SA 5AQHA 4BRDA 3ZX3A 5BPNA 3LL3A 4PKIA 2FSJA 4CD1A 4FPAA 3U9DA 3ULEA 2ASMA 3FR0A 4RCHA 1G99A 4NB4A 1V4SA 4GY2B 3LDNA 3GDQA 4I6MB 4BR2A 3DXKA 3VEYA 3ZX0A 4BRLA 2P9PB 4H0TB 4CZGA 3QBWA 3QMLA 3L0QA 5BR9A 3O1WA 2QWQA 4BR7A 1MWMA 1JCEA 1ATNA 4IZ9A 5BRFA 1K8KB 4BRIA 3VEOA 2GELA 4BC3A 2P9IA 3FZKA 1HLUA 4K42A 1SQKA 4IXCA 2GTDA 4K25A 2J4RA 1E4GT 3AY9A 4O5FA 4BRQA 4AM6A 2DPNA 2YHXA 3A0IX 4YDUC 2ZF5O 4QS8A 3FE1A 2D4WA 4I6MA 1DEJA 2NLXA 1BA1A 2D0PA 5AFUH 2P9PA 1HKCA 5AQGA 2HOEA 4B1WB 3D2EB 3CERA 2CGLA 1NM1A 5AQPA 3HBTA 2H3GX 3FZFA 1K8KA 2QXLA 3M1FA 4CD3A 4B1UB 1KXPA 1WOQA 1QQOA 5CE3A 3O08A 4WQ4A 1QQNA 1ZBSA 3IUCA 3ENHA 3IFRA 4B9QA 4BC2A 4EFHA 1GLBG 5AQRA 4XH4A 3CETA 3CJCA 4PKGA 1J6ZA 3VEZA 5KQ8A 5F0XA 3CI5A 1S22A 5EXWA 3S41A 3ZX2A 1NGGA 4H0YB 5FPDA 5FPEA 4CZFA 4PL8A 4XH1A 2CGJA 4H0VB 3D7EO 3WXJA 3FZHA 4FO0A 2E20A 5BREA 1NGDA 5KPZA 2V52B 5JLHA 3D2EA 4CZIA 4BRGA 3R6MA 4E1JA 3H3NO 3VF4A 4F9OA 2D1KA 1XQSC 5BRHA 4BREA 2OANA 2PAVA 3VEVA 2I7NA 3UKRB 4MLHA 4H5WA 3WXLA 3R8EA 4B1VA 1YAGA 5AQSA 3OHRA 4EHTA 1SAZA 3C7NB 2QWOA 2NRHA 3I8BA 2W40A 1BUPA 5AQIA 3ZETB 2FF3B 4BVPA 2Q36A 4H03B 4BQLA 2GWJA 2QWNA 1BA0A 3CQXA 3JXUA 1YVNA 3LDPA 5AQWA 4XH5A 2Q1NA 4A61A 1DGKN 3GG4A 3P4IA 1NLVA 3MCPA 1Q18A 2V7YA 2V51B 3BP8A 2Q0UA 2QW9A 3MK6A 3R9PA 3QFPA 2AA4A 3GBTA 4BG8A 4CZJA 5LY3A 5AR0A 4CBUA 2Q0RA 5AQNA 3VF6A 4QS7A 3DXMB 5EX5A 5EOYA 2E2PA 1HX1A 4WQ5A 3UKRA 5F2RA 3J8AA 1D4XA 3O5BA 5I9EB 2ASPA 3EN9A 3DWLA 1BDGA 3MN7A 3SK3A 3UKUB 3C7NA 5AQFA 1RDWX 3UE5A 3VOVA 4FOEA 2IVPA 3BEXA 3CJ1A 3ZETA 4M7XA 3WXIA 1YXQA 3C0BA 4FWMA 3FFKB 4HTLA 3QDKA 4BR4A 5JLFA 2E8AA 1YUWA 1RGIA 2FLOA 2I7PA 3QBXA 1EQYA 3A5NC 3HZ6A 1KAZA 5AZIB 1LCUA 2BUPA 4K41A 3VEXA 1HPMA 4BC4A 1DKGD 2P9LB 3HI0A 4RWTA 3ZEUB 3EKSA 4FSVA 2W41A 2ASOA 3DXMA 5AQKA 4H5VA 4QS9A 1QQMA 1GLFO 3WQUA 3A5MC 3WQTA 4BRAA 2F9TA 3WEEB 3TU5A 2IIRA 2QWLA 2VCPA 3RSEB 4C23A 3ENOA 3FLCO 3UKUA 4FWPA 4FWOA 4JN4A 5FPNA 5EVZA 4BRNA 5BRDA 2YI1A 3QICA 3M3ZA 3KVGA 4KBOA 3VGMA 2D0OA 2HF4A 2E1ZA 2YJEA 3MN9A 2YCHA 3B8AX 3VETA 4ISGA 3VGKA 3DAWA 2P9NB 5AZIA 2BTFA 3WUHA 2FSKA 1X3MA 2P9LA 1T6CA 3VGLA 2V7ZA 3ZEUA 3BF3A 1TYQB 4H5NA 3H3OB 4FWSA 4PKHA 3JS6A 1HUXA 5AZJB 5AQOA 1R59O 1TUUA 4FL9A 3H45C 5AQUA 3LDLA 1X9JA 5AQZA 5BPMA 3WEEA 1BOTO 3AAQA 3RSEA 4DB3A 5AFUA 3H1QA 1MWKA 4A62A 3H1VX 4FWRA 2EWSA 2AP1A 3BF1A 1HKBA 3LDOA 3A5LC 5ELZA 2ITMA 4MO5A 4IJAA 4CZMA 4Y0WA 5LJWA 4H0PA 5B8HA 1JCGA 4FOIA 1Y64A 3SJHA 4ISFA 1NGBA 1NMDA 3HSCA 2WUSA 2P9NA 4FWNA 5AQXA 3FGUA 3VESA 1HKGA 3GOIA 1KAYA 1X3NA 4BROA 4FWKA 1TYQA 1GLLO 1BG3A 3SLCA 5ADXH 1C0GA 3L4IA 5AZJA 2IVOA 2A41A 4NO7A 2VWBA 4H0OA 2QWPA 3FZLA 1Z6RA 3D2FB 3KHYA 4M7YA 3AARA 1IG8A 3LM2A 2FSNA 4B1YB 3VF2A 1BU6O 2E88A 2NZTA 3GE1A 2YHYA 3EO3A 4Z94A 5BN8A 1QZ5A 4EIAA 2QM1A 1H1VA 2VYPA 3QB0A 5EY4A 4BGBA 1NGJA 1U6ZA 4BGAA 5AQLA 5AQVA 4CJ7A 3O1BA 5ADXA 1BWFO 2GWKA 1CZAN 3VERA 4J8FA 1WUAA 1C0FA 1NGHA 2P9KB 3W0LA 2F9WA 4IJNA 4A2BA 5E84A 4DQ8A 2CH6A 4YDUA 3U9ZA 3SMSA 3ID8A 5F1XA 4M63C 3CJ7A 1GLCG 1LOTB 3QFUA 3D2FA 4ISEA 4L3QA 1Z05A 4DCHA 1ESVA 2GEMA 2Q31A 3WT0A 2UYTA 4AM7A 4DHYA 3O8MA 3GL1A 2E2NA 3MN5A 1QZ6A 2ZWHA 4CI6A 4EHUA 1QHAA 1BO5O 1NGIA 4JHDB 4LC9B 5AQQA 4BRKA 2HF3A 1JCFA 4WYBA 5AQJA 3U8XA 1MA9B 1E4FT 5JMVA 5BPLA 4BRHA 2A3ZA 2P9KA 2Q97A 1XC3A 3BUZB 5KPTA 1P8ZA 4BRPA 1GLJO 3CIPA 3LM9A 4B1XB 4H5TA 3KZBA 2A40A 1V4TA 1NGAA 4WQ5C 4IWVA 3VENA 5BN9A 4A2AA 3W3DA 3ATVA 4FPBA 3L6QA 3EL2A 4BR9A 4RTFD 4XEIA 4CZHA 2E2OA 2YHWA 3FZMA 2A6AA 2GUPA 3H46O 3CJAA 2P9UB 4JD2B 2IVNA 3O80A 1NGEA 3A8YA 5E26A 4JHDA 1KAXA 3MDQA 3M6GA 1S3XA 3O6WA 1NBWA 3DJCA 3CQYA 3HM8A 2Q2RA 5JICA 4PL7A 4JAXA 3VPZA 1RFQA 3LDQA 4CZLA 2PBDA 3CJ9A 4B1ZA 4BRCA 4BR5A 4CZEA 2YJFA 3CHWA 4BC5A 1GLAG 3MN6A 2ZGZA 4BR0A 3SMPA 5KQDA 5TKYA 1HJOA 1XUPO 4K43A 1NWKA 1NGFA 4HWIA 4IO8A 2E2QA 1ATSA 2A42A 2P9UA 1T6DA 4FWQA 3ATUA 4JD2A 3WXKA 4GNIA 1OKJA 2ZGYA 1IJJA 5AQTA 4BVOA 1SZ2A 2QWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9SB 3B6PA 4WQ4C 4DFJA 3H6EA 4B08A 4ELUA 1T44A 2KHOA 4CZKA 4J2AA 3TSUA 3KLIA 3DXKB 3G25A 4CBXA 1LW2A 4CIGA 1ATRA 3IRXA 5KPRA 4EP4A 4M3TA 4BRFA 1HJRA 1XWLA 4FWLA 2O8FA 3TSPA 2P9IB 3OYEA 4IFYA 1RILA 5AQMA 3U3YA 4BQZA 4M3XA 4MO4A 4HVJA 5K14A 4X66K 4DR6K 4PA1A 4NCAA 2PY5A 4FPAA 3PIPL 1N33K 3DI6A 4A57A 3ULEA 2IDOA 3RR8A 4E7KA 4NB4A 5DM7L 3SYZA 1G15A 3GDQA 4GVMA 1ZBLA 1JL1A 1O13A 2P51A 4H0TB 4RW8A 4BR7A 3K5NA 1JCEA 1Z26A 4DKWA 3I0SA 4IZ9A 4DTUA 4CJKA 3VEOA 1NMNA 3K0SA 2D0CA 3HPGA 2VGNA 4AF1A 1E4GT 3T19A 4BRQA 4FJMA 4Z4EA 2YHXA 4KREA 2IOCA 4YDUC 1LWCA 3THXA 3U3GA 3KWIA 2NNWA 1REVA 1DEJA 2NLXA 1T05A 4DR2K 4GVEA 5C24A 2HOEA 3G71N 1KCFA 4CJFA 1U04A 5AQPA 3HBTA 5HRPA 5FRMA 3CF5L 2QXLA 5BR8K 1Z25A 1L3TA 4W5NA 5J1EA 1ZBSA 2G8WA 4EZ6A 2GV9A 3HL8A 2YNHA 1IH7A 3F9KA 4CIFA 4KPYA 1C0TA 4EFHA 3O3FA 4JI7K 2X6SA 1GLBG 1NK9A 1N36K 5C2FA 4M3RA 1CXQA 4LH4A 1KD1O 1J6ZA 3VEZA 1VSDA 1S22A 3LPTA 1UWBA 3MWPA 3D7EO 3WXJA 1RBSA 2V52B 1U4BA 4CZIA 4HUGA 4DS5A 2ZE2A 3RMBA 3CYGA 4F9OA 3PO5A 5BRHA 3ALYA 1VQON 4Y1CA 2W6LA 4HTUA 3WXLA 4F3TA 4C8NA 3DOKA 4F3OA 2KFNA 5MLCQ 3CFRA 4IFEA 4DR1K 1TK5A 1T03A 4RW7A 1IKWA 2NRHA 4DFMA 3ZETB 2FF3B 4BWMA 1SL1A 1TV6A 2HBLA 4H03B 3LAKA 1WSFA 4FW2A 3JXUA 1YVNA 4A61A 5D3GA 3GG4A 3R9PA 2Q0UA 2QW9A 3GBTA 4CZJA 3M8PA 2NRXA 4QS7A 1IBKK 5F2RA 4DF8A 5I9EB 4M3UA 3SK3A 3MN7A 1BQMA 5LMNK 2A1RA 5AQFA 4BY9C 3OYFA 4FLVA 3HSTB 1EKEA 3EY1A 4ID1A 3BEXA 4ELTA 1S1UA 4DV5K 3QDKA 1YUWA 2OZSA 2QI2A 1VSMA 3QBXA 4DWIA 4DU3A 4FLZA 3NVKA 5HL7L 3LAMA 1HPMA 3VTHA 3HK2A 2YKNA 4RWTA 3ZEUB 4DQPA 3L2VA 3L3UA 3VQBA 3DXMA 4YORA 3OYLA 2VG7A 4B9NA 3L2QA 4BRAA 2F9TA 2OPRA 3TU5A 4DMNA 1X9SA 3UKUA 3ZSOA 4FWPA 4FWOA 3G6EN 2FBXA 4CJUA 4JKGA 1KTQA 3ZSQA 2YNGA 5BRDA 3QICA 3ZSYA 3KVGA 2Z1JA 3KLFA 4X62K 4CHPA 3VGMA 1VSIA 3HXMA 3HOSA 3MN9A 4CHOA 2YCHA 1IKYA 3VGKA 1NJIO 1RT5A 2P9NB 3AO5A 4LY7A 1S72N 1T6CA 2W6KA 3VGLA 4DR3K 5M1QA 4PKHA 1OH7A 4JKAA 5DK5A 5SWMA 5GAHP 4DSLA 5AZJB 3SPYA 1IBMK 4FL9A 4ILHA 2XHBA 3LDLA 2FBTA 3VMFB 3WEEA 3RSEA 3AAQA 4JKBA 4DB3A 4NCGA 2RN2A 3SBGA 4FLXA 4LF9K 4DQRA 4FWRA 2AP1A 1RDDA 1RCHA 3MECA 3LDOA 1O1WA 3A5LC 5CYQA 5C10A 2KTQA 5CZ1A 3OYAA 3AVKA 3RR7A 2DFHA 3DRSA 3V1QA 3FGUA 1TKZA 3CFOA 2UU9K 4YOVA 2OYQA 1GLLO 2C1GA 4M3YA 1NJXA 2ZQBA 4FLYA 2PYLA 3CXCM 3OYHA 2QWPA 3P39A 3OYMA 1HYSA 3BDPA 1IG8A 1RT1A 2FSNA 1A5XA 4B1YB 3KWGA 2HHVA 4IDHA 2NZTA 5HRRA 3EO3A 4CFDA 4C8MA 4EIAA 1XC9A 3Q7CA 2HBJA 2HHSA 3NFAA 3P83D 4DV7K 4MDAA 1U6ZA 4BGAA 2IGIA 4KHNA 1FJGK 4JKCA 1JKHA 2AJQA 3SAGA 5AQVA 3A2FA 2F96A 2GWKA 3O3GA 4J8FA 2P9KB 3W0LA 2F9WA 5HBMA 4DQ8A 4KHYA 3U9ZA 4PHTX 3TAEA 2VQEK 3ID8A 3CJ7A 3D0PA 3NAEA 4B9LA 3D2FA 4ISEA 4L3QA 1JLBA 1QHTA 1IV0A 1Q8IA 1WB9A 4BDPA 4BACA 2UYTA 4JS5A 4AM7A 4GMJB 3GL1A 1QZ6A 3TSQA 2ZWHA 5IT9O 3O9QA 3KK7A 1BO5O 1NGIA 4LC9B 4KHSA 4DR4K 4WYBA 3CM5A 3HT3A 4OVLA 1LWFA 2WC9A 5JMVA 1QSLA 4E7JA 1ASVA 4YNQA 3QEVA 4LFCK 1XC3A 3THWB 4BRPA 3VQEA 4OLBA 3CIPA 4WCEL 4B1XB 4DTOA 3E01A 2IAJA 4IWVA 1RBUA 5BN9A 4CF8A 1HR0K 4ICLA 3VQAA 5HRNA 5M1PA 3TTDA 5LL6Z 4C1NI 4RTFD 3S3OA 2G8IA 4XEIA 3OJUA 2HBKA 3FZMA 3HOTA 4K8XA 3RMAA 2P9UB 5LMUK 4JD2B 2IVNA 3O80A 1NGEA 4B9SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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