4I6MB

Structure of arp7-arp9-snf2(hsa)-rtt102 subcomplex of swi/snf chromatin remodeler.
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
437
structure length
396
Chain Sequence
PFRQDSILIIYPRSQTTLVQFGLNEETFTVPELEIPTQIYRTTRQDGSYTYHSTNKDNKAELIKPIQNGEIIDISAFTQFLRLIFVSILSDRANKNQDAFEAELSNIPLLLITHHSWSQSDLEIITQYVFESLEINNLIQLPASLAATYSMISLQNCCIIDVGTHHTDIIPIVDYAQLDHLVSSIPMGGQSINDSLKKLLPQWDDDQIESLKKSPIFEVLSKNSDLEFNTFWDEKGNEIKVGKQRFQGCNNLIKNISNRVGLTLDNIDDINKAKAVWENIIIVGGTTSISGFKEALLGQLLKDHLIIEPEEEKSKREEEAKSFVPTIEYVQCPTVIKLAKYPDYFPEWKKSGYSEIIFLGAQIVSKQIFTHPKDTFYITREKYNMKGPAALWDVQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an actin-related subcomplex of the SWI/SNF chromatin remodeler.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 7
molecule tags Transcription/hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 115
structure length 396
sequence length 437
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB01
3.90.640.60 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4i6mB03
3AY9A 3CJ9A 4JD2B 4DHYA 4CZKA 3IMXA 1E4FT 4BRHA 3CERA 1NGIA 5AQWA 1Z05A 3KVGA 2QWNA 3U9DA 2GWKA 1BA0A 1NGFA 2AA4A 3OHRA 3VEVA 1GLLO 5ADXA 4CBWA 3ENHA 3C7NB 1HKCA 4JN4A 4AM6A 3EL2A 3DJCA 3ULEB 4PKGA 3AAPA 3ZETA 3CHWA 1XQSC 3WEEA 4A2AA 3WXIA 1RDWX 4JNEA 4FWMA 3CQXA 4CZIA 4FWPA 1GLCG 4YDUA 3EN9A 2UYTA 3VPZA 3A5LC 4K41A 3DAWA 4PKHA 1GLDG 1P8ZA 3C0BA 1ESVA 3MDQA 5AQSA 2CGKA 4RCHA 1YAGA 3ZX3A 3W0LA 3EKSA 1BOTO 1K8KB 2ASPA 4B9QA 5JLFA 2NLXA 3LDPA 4BRQA 2YHWA 2E8AA 4JAXA 4FWQA 2P9SB 3L0QA 4BC5A 3SMSA 3VGMA 1NGDA 2V52B 2HF3A 2FSNA 3O1WA 4BRMA 5AZJA 1GLAG 2E20A 3UKRB 4FO0A 5AZIA 5CE3A 4FPBA 3H1QA 1NGJA 4FWKA 4H03B 4E1JA 3M6GA 5KPTA 1HX1A 4PL8A 4FOEA 3LDLA 2FXUA 1MDUB 5FPNA 4BR4A 3A0IX 3D2FB 2I7NA 4FWOA 1ATRA 2WUSA 4CJ7A 3WUHA 1HKGA 3A5OC 1U2VA 3AAQA 3FZFA 2HF4A 5KPRA 1XUPO 4LC9B 4BRAA 1X3NA 1YUWA 4M63C 3H6EA 1S22A 5AQIA 5I9EB 1NWKA 1U6ZA 3BF1A 4H5WA 4FWNA 4H5TA 4FL9A 5BREA 1ZBSA 2KHOA 3W3DA 4BR7A 2V7YA 2YCHA 1YVNA 3U9ZA 3H46O 1EQYA 4HWIA 2J4RA 3GL1A 3R8EA 3O6WA 4JHDA 3ZX0A 3MN9A 4WQ5C 1NGGA 4CZJA 3O1BA 5BRDA 3O4WA 3QBWA 1X3MA 1ZXOA 2QWPA 1ZC6A 3DXMA 3MN6A 2P9PB 1HUXA 3DXKA 3BF3A 3CJ7A 4WQ5A 3ZX2A 1NM1A 3ZEUA 4K42A 3I8BA 5AQUA 2A5XA 3CJBA 3MCPA 3H1VX 1YXQA 2ITMA 1NLVA 2E2NA 1ATNA 1S3XA 3L4IA 4EFHA 1LOTB 5EY4A 3A5NC 1WUAA 4BG9A 2Q2RA 2IVNA 2OANA 4H0YB 4PL7A 4MLHA 4B1WB 3VF4A 2E1ZA 3WT0A 2P9KA 4I6MB 4H5VA 5BPMA 1GLJO 4BRDA 3QICA 4Y0WA 2Q0UA 2GWJA 3VOVA 5AQXA 3FR0A 4BRIA 3KZBA 2YJFA 4O5FA 3I33A 4H0OA 4WYBA 4BC3A 2P9LB 5AFUA 2GEMA 2PAVA 5FPEA 1K8KA 3HZ6A 3VF6A 5BPLA 5AQVA 3FGUA 4BREA 1Y64A 3VERA 3LDOA 3IUCA 1X9JA 2P9SA 2D0PA 2D4WA 3DWLA 4BRFA 3O80A 3VEXA 1HPMA 2W41A 4BVPA 1IG8A 3H3OB 2HOEA 3UKRA 3WXJA 2DPNA 2A40A 3FLCO 4HTLA 3O08A 4B1UB 4CBUA 3KHYA 3RSEB 4BRLA 2NZTA 1NMDA 4H0TB 2ZWHA 3ENOA 4QS8A 1T6DA 4CZMA 1MWMA 5ELZA 1J6ZA 1DGKN 5ADXH 4BC4A 5F0XA 4CD3A 1OKJA 5FPMA 4K25A 4BR5A 3SJHA 4BC2A 1BO5O 2Q36A 3A8YA 2QWRA 2E2PA 5AQMA 3O8MA 3IDHA 1C0FA 1CZAN 1KXPA 1JCEA 2YHXA 1HJOA 3MN7A 2P9NA 3EKUA 1V4TA 2FSJA 2I7PA 1BDGA 2ASMA 4CZGA 2FF3B 2BTFA 4H0VB 2W40A 5F2RA 4BRPA 4BQLA 5BN8A 1QQNA 3VEZA 3BP8A 3LL3A 5AQHA 2H3GX 3QDKA 4K43A 4EIAA 3QFPA 4BRKA 2P9IA 3EO3A 3L6QA 3VETA 4CBXA 1HKBA 5KQDA 5AQFA 3CJ1A 1BA1A 4FSVA 3A5MC 2QM1A 5FPDA 1TYQB 5BRHA 2P9UB 3FZLA 1BG3A 3ZETB 4FWSA 2BUPA 4RWTA 1DKGD 3WEEB 4H0XB 3AARA 2IIRA 4O8KA 3ID8A 4A61A 3HBTA 3VEYA 1WOQA 2FF6A 2A41A 3GBTA 5AQTA 2A6AA 3UKUA 3CIPA 2CGJA 5AQKA 3H45C 3CQYA 3U8XA 3LDQA 3LM2A 3CJAA 4JD2A 5BPNA 4GNIA 3R9PA 4CI6A 3CETA 4BVOA 1BU6O 3WQTA 1T44A 3F9MA 3QFUA 4H5NA 2Q97A 3TU5A 3LDNA 3VENA 5KQ8A 4MO5A 5EOYA 4C23A 1GLEG 3C7NA 2IVPA 1XC3A 4KBOA 5AZIB 4XH4A 3ULEA 4FWLA 3HM8A 3SMPA 4A62A 4BRNA 1LCUA 5JLHA 2PBDA 3HI0A 1NGCA 1KAYA 4QS7A 3EZWA 2D1KA 3QMLA 2QXLA 2FLOA 1U2VB 3VEWA 1NGBA 3H3NO 3JXUA 4M7XA 3UE5A 3LM9A 2Q31A 4FWRA 3MN5A 3IFRA 3R6MA 3CI5A 2VCPA 4DCHA 4M7YA 1E4GT 1H1VA 4FOIA 1BWFO 2F9TA 5E84A 3JS6A 4DB3A 1GLFO 1SAZA 3VGLA 1KAXA 4ISGA 3UB5A 3QBXA 2YJEA 4IJAA 3D2EB 2CGLA 1TUUA 5AQGA 2CH6A 4CZEA 2VWBA 4JHDB 2ZF5O 5AFUH 3GDQA 2EWSA 3DXMB 3QB0A 2E2QA 1R59O 4CD1A 3DXKB 2QWQA 2IVOA 1SQKA 2QWMA 3D2FA 4ISEA 2QWLA 4H0PA 3ZEUB 3MMVA 4EHTA 5EX5A 2D0OA 4BR2A 4BGBA 2YHYA 2F9WA 4XH1A 3P4IA 5AQQA 3M1FA 1IJJA 4B1ZA 4CZHA 4Z94A 5BRFA 3ATUA 5AQOA 1JCFA 1TYQA 2QW9A 5B8HA 2P9UA 4BROA 3GE1A 4YDUC 2P9KB 1T6CA 5AQPA 2V51B 3SK3A 4CZLA 4H5RA 3GG4A 4B1VA 4F9OA 4ISFA 3VEOA 4BR0A 4EHUA 3S41A 5AQZA 5AQLA 2Q1NA 3BEXA 4IZ9A 4NO7A 4IWVA 1G99A 3VF2A 5E26A 3M3ZA 4A2BA 2P9PA 5JMVA 5LJWA 4BGAA 5EVZA 1D4XA 1QQOA 2FSKA 4L3QA 5LJVA 3D7EO 4IO8A 4B1XB 3GOIA 1SZ2A 4I6MA 2E2OA 4IXCA 4QS9A 3HTVA 4BQZA 1BUPA 1QHAA 2E1YA 5AQYA 2ZGZA 1V4SA 3VESA 5JICA 3WXLA 1MWKA 3SLCA 1RGIA 4PKIA 1Q18A 4RTFD 2P9LA 2GELA 4WQ4C 5AQNA 1Z6RA 3B8AX 3BUZB 5KPZA 1TUYA 2P9NB 2YI1A 1DEJA 1QQMA 3WQUA 4BRCA 1QZ6A 4WQ4A 1RFQA 3FZKA 2NRHA 1NGEA 5AZJB 1KAZA 4IJNA 3D2EA 4GY2B 4XEIA 4MO4A 2Q0RA 5F1XA 2A3ZA 2QWOA 3CJCA 1QZ5A 3ATVA 4DQ8A 3MK6A 3RSEA 1NGHA 2P9IB 5AQRA 4BG8A 4NB4A 5LY3A 4CZFA 3J8AA 4J8FA 2ASOA 2AP1A 4MLEA 2E88A 4XH5A 4EAHD 2GTDA 3FZHA 2CH5A 1JCGA 2A42A 5BR9A 1GLBG 2HMPA 3VGKA 2V7ZA 3FE1A 3FFKB 4AM7A 4B1YB 1ATSA 5AR0A 4FPAA 1HLUA 1MA9B 2VYPA 3WXKA 1C0GA 3G25A 1NGAA 3HSCA 5TKYA 5EXWA 2ZGYA 3TPQA 1NBWA 3FZMA 3U4LA 4BRGA 3UKUB 5BN9A 4BR9A 5AQJA 2GUPA 3O5BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ9A 3NF8A 3TSUA 2HW3A 4JD2B 4KRFA 4YOYA 1VSFA 2QI2A 4OJRA 3NF7A 3THWA 3CERA 4OO1J 1X9WA 4JKFA 1Z05A 4W5RA 2QWNA 4LF5K 5DM6L 1BA0A 2AA4A 3RMAA 4FJGA 5HBMA 3WNEA 3AVCA 4Q5VA 4JI5K 4CBWA 4OGCA 4B3OA 3SAFA 1HKCA 4JN4A 3EL2A 3DJCA 3V1QA 1C0UA 2OZMA 3ZETA 2ZJRL 5C15A 4KI4A 1XQSC 3WEEA 3ZT2A 1RDWX 2QEXN 4LY7A 3CQXA 3LP2A 2HHXA 4JK9A 1GLCG 4GVEA 3A5LC 4K41A 3G0ZA 5AQSA 4OGEA 4RW8A 2CGKA 4RCHA 4CE9A 1YAGA 1BOTO 3OW2M 5JLFA 1XC9A 3HPHA 1QHTA 4LFBK 3CMAN 4FWQA 4BC5A 1QSSA 5LMNK 1FKPA 1RILA 3ZSXA 3R3LA 3K0SA 1NNEA 1C1CA 5HRSA 1GLAG 1ASUA 2E20A 2VQFK 3AO1A 3H1QA 4JI7K 3K5NA 4KREA 3MXJA 4FOEA 4BACA 2PYLA 3LDLA 2XY5A 3ID6A 5FPNA 4BR4A 4WFAL 4XIUA 2I7NA 4FWOA 1HR0K 4CJFA 3WUHA 1OH5A 3AAQA 5KPRA 3TARA 4G9ZA 3IAYA 1SL1A 4B9LA 1VSMA 4CHQA 4CF9A 1EETA 4HUGA 3DLLL 3BF1A 4BWMA 3OYCA 4FL9A 2V7YA 1VQLN 3PIOL 4K8ZA 4ICLA 1YVNA 3TAMA 4JS4A 1QSLA 1NK7A 1IKYA 3O6WA 1ZBIA 3M8QA 1NGGA 3WXMB 4A57A 2XY7A 5KGXA 4DR4K 3ZCMA 4DWIA 1RDCA 4CEQA 1VQON 4N5SA 3I8BA 3TTCA 2A5XA 3KLGA 3VQDA 3MCPA 3K58A 2Z1HA 3L4IA 4EFHA 5EY4A 4BG9A 1UOCA 1Q9YA 4RW6A 3WNFA 4B9UA 4H5VA 3PX0A 2KKZA 1GLJO 2QTDA 1ZBLA 3QICA 2Q0UA 2GWJA 5AQXA 2YJFA 3PIPL 3L8BA 4PY5A 3NFAA 2P9LB 1K8KA 3CCUN 1KVCA 4AHTA 3UIQA 3IUCA 4JKAA 1X9JA 4OLBA 3QINA 4X66K 2E5LK 2OCEA 3LALA 4IG0A 4KTQA 3FLCO 4OPAA 3O08A 2YNFA 3KHYA 4ELUA 3SQ0A 4F2RA 2HVHA 1HRHA 4M3UA 3ENOA 4QS8A 4DLGA 2O8BA 1T6DA 4CZMA 2O4IA 4BR5A 1WNSA 1RNHA 2P5GA 3SJHA 3OS1A 4IEEA 3B6PA 1W7AA 4QCLA 2QWRA 4PUOA 2E2PA 4W5NA 4JK8A 3IDHA 1C0FA 4AHUA 4FJKA 3MN7A 2VWKA 2P9NA 3EKUA 1V4TA 3MAQA 1YI2N 3V9UA 2I7PA 3VQAA 4E72A 2ASMA 5E41A 2YKMA 3CC7N 1EXQA 1CZ9A 2W40A 4FLYA 2HHWA 4BDZA 4DFKA 1QQNA 3LL3A 1RTHA 4BRKA 2YHBA 2UXDK 3C95A 3TAPA 1HKBA 4O4GA 1SKWA 4FSVA 4FLZA 5HLFA 2XHBA 5FPDA 1TYQB 1NK5A 1KSPA 4DTSA 5HOOA 4O8UA 2BUPA 4RWTA 4H0XB 4MFBA 2IS3A 2ZM6K 4O8KA 3VQ7A 4DQPA 4CEOA 4CEEA 4X65K 3QEVA 1HNIA 2F7TA 2OTJN 3AO3A 4IOCL 2VQEK 4JEPA 1Q82O 5DMRA 1VQ8N 4LH5A 3U8XA 3AA3A 5BPNA 4DTPA 2D0CA 4CI6A 5T7BA 4CHPA 2JGUA 3S3OA 3E9PA 3ZT0A 4NCAA 2ITGA 3F5TA 3N4PA 1S9GA 3WQTA 3U6FA 3RRHA 3N4QA 1BQNA 4Z4EA 5KTQA 4IKFA 1U4BA 3OYNA 1BI4A 2RE2A 3C7NA 2IVPA 1XC3A 2D0BA 3O9TA 4KHYA 4XH4A 1EWRA 4A62A 4BRNA 2PBDA 3ULDA 1EKEA 3AVMA 2C1GA 4QS7A 4Y1DA 4CGDA 4FJ7A 4C1NK 2HBMA 4RW4A 4OVLA 3H3NO 4M7XA 1LWEA 4F2SA 3IFRA 3RMBA 1WSHA 5CYQA 2QKBA 5C24A 4N47A 2UUAK 3C6UA 1E4GT 4DMNA 4KHPK 3ZSRA 1N8RO 1JLFA 3QBXA 3NGIA 1QSYA 3LZJA 4CZEA 1OVQA 4KH6A 1OH6A 1D9FA 4B3RK 1CZBA 2EWSA 3QB0A 4CD1A 1R59O 3OYLA 2XO7A 2IVOA 1KRPA 1U49A 2D0OA 4PHTX 2YV0X 2F9WA 2NRZA 4XH1A 4WCEL 3CMEN 4CF0A 4UY8O 3ZSWA 5BRFA 4CIEA 2JWLA 4B9NA 3SPYA 3PLAA 2P9KB 4FJ9A 1SS6A 4FJIA 1NKBA 2G8UA 3HPGA 1EP4A 3SBGA 4H4OA 1SKRA 3ZSYA 4JKCA 5AQLA 4CJ4A 3VTHA 4V19S 1T03A 3M3ZA 4DV6K 5JMVA 3VN5A 4CJSA 4FLUA 3NDKA 4FW1A 5EVZA 5FDLA 4R79A 3PO4A 3SV4A 2FSKA 2KFNA 1VAZA 4ID1A 5M1KA 5LJVA 4LF8K 3LP3A 3GOIA 2O8DB 1DLOA 4DR5K 3P5JA 4KTZA 4FZXC 4BE2A 3CFPA 4JLHA 4KV8A 5C10A 3CQ8A 2ZGZA 4CEZA 1V4SA 3OBYA 2O8CA 1MWKA 1TK0A 1WBBA 4DTUA 3F9KA 4IBNA 4WQ4C 5AQNA 3BDPA 4JV5K 4KHSA 2G8WA 5CHIA 4E0DA 4WQ4A 5HRNA 3O9SA 2NRHA 5AZJB 3ZSZA 3V1RA 1HYZA 5KGWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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