4JD2A

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
414
structure length
398
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSGPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 124
structure length 398
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2A03
2P9KA 3H1QA 4BC3A 1LOTB 2QWNA 3C0BA 3KVGA 1GLBG 3KZBA 2P9KB 5EY4A 1NGCA 4CZEA 2QWLA 3MMVA 3CJ1A 4XH4A 4WQ5A 3EKUA 3H45C 2GWJA 4BROA 2W41A 4B1XB 2GWKA 3QBWA 4B1ZA 4IZ9A 1HKBA 3R9PA 2P9NA 3VGKA 3ENHA 4B1WB 4F9OA 1BWFO 5JICA 3ZX0A 3O80A 3FZHA 4AM6A 4IO8A 4BQZA 3VEWA 4BC5A 3UKUA 3OHRA 3WUHA 4BRGA 4EHTA 3FR0A 3WXJA 3VEYA 1TUUA 4FL9A 4J8FA 2E2PA 2Q0RA 5E84A 1HJOA 2ASMA 4WQ4C 5ADXA 1S3XA 2AA4A 2Q2RA 3R6MA 5JMVA 3U9ZA 2FSJA 5KQDA 4FO0A 4EAHD 3QICA 2A5XA 4A62A 3M3ZA 1Q18A 3S41A 4BGBA 5BR9A 2QWPA 1BA0A 3LDLA 1BG3A 5EX5A 5BN8A 4H0OA 1NGAA 3DXMA 3RSEA 1K8KB 3AARA 3AY9A 1QZ6A 3RSEB 3IDHA 4BR9A 4H5RA 1RGIA 5LJWA 3BEXA 3LDPA 2QWMA 1QQOA 4IWVA 5AQOA 4NO7A 4CBUA 2P9SB 3VPZA 2P9IA 2KHOA 3A8YA 4CZMA 4IJAA 3WEEA 2P9IB 3FE1A 3VENA 1NM1A 2YHWA 5EVZA 3LM2A 3WEEB 4Z94A 4YDUA 4BRKA 3A5OC 2I7PA 2FSNA 4GNIA 2P9PA 3VEXA 4EIAA 4I6MA 1YXQA 4BRDA 2QWOA 3MN6A 3WXIA 2P9PB 3L0QA 1WUAA 1RFQA 4GY2B 3WQTA 1X3NA 3GE1A 3O1BA 1U6ZA 4QS7A 1ZXOA 4K41A 3M1FA 1GLAG 4QS9A 2E88A 4H03B 3O1WA 5AQXA 3FZLA 3CJCA 5KPTA 4PL7A 2V7ZA 3UB5A 3CHWA 3H3NO 1HPMA 3HTVA 4FWQA 4RCHA 3H6EA 1WOQA 4CZGA 1H1VA 4WQ5C 4ISEA 2BUPA 2Q97A 3GL1A 4K42A 1ATRA 3EO3A 5BPMA 3BF3A 2ASPA 2CGJA 3HI0A 4JD2A 4JNEA 4IXCA 2ITMA 5AZJA 4CBWA 3O4WA 3W0LA 1HUXA 5AZJB 4CJ7A 2BTFA 4BQLA 2P9LA 3ZX3A 2J4RA 4B1VA 2ZGZA 4HWIA 3AAQA 2P9LB 1JCEA 2IVOA 1MDUB 3AAPA 3ATUA 3DWLA 2I7NA 1YVNA 4RWTA 2ASOA 3LDNA 3SMPA 5AQLA 4FWSA 3FZKA 2E8AA 3WT0A 4MO4A 2E1ZA 2IVNA 4MLHA 5AQYA 3EKSA 4BR2A 4EHUA 1QQNA 2YJFA 3IUCA 2A42A 5AQIA 3UKRA 3JXUA 3DXKA 3VOVA 2OANA 2Q0UA 5EXWA 3UKRB 3A0IX 4FWMA 1T6DA 1X9JA 1BDGA 3VERA 4MO5A 3WXLA 4FWPA 3C7NA 4A2BA 1NGGA 4JN4A 3I8BA 5AR0A 2V51B 4BVOA 3C7NB 2VCPA 3LDQA 1XQSC 5AQKA 2P9NB 4H5VA 1DEJA 2IVPA 3U8XA 5ELZA 4JHDA 3WXKA 2FSKA 4FOIA 2WUSA 4BC4A 3O5BA 1KAZA 4JHDB 3CJ9A 2QW9A 1BUPA 5CE3A 3UKUB 1V4TA 1IG8A 2ZF5O 5EOYA 3TPQA 1T6CA 1XC3A 5AQNA 4YDUC 1MWMA 4DHYA 3D2FA 3MN9A 1GLDG 3HSCA 2NZTA 1Z6RA 5AQJA 4B1UB 4BRIA 3D2FB 3B8AX 4BG8A 3VF4A 3MN7A 1NWKA 1SQKA 1KXPA 3GBTA 3UE5A 3ULEA 5E26A 4H0TB 3CERA 4BR5A 4AM7A 4H0PA 3BF1A 1MA9B 2Q36A 2GTDA 3O8MA 1DKGD 4K25A 4PKIA 1SAZA 3I33A 4BRQA 2ZWHA 3DXMB 4O5FA 3GOIA 3VF2A 3CJ7A 1GLCG 3QB0A 5BRDA 1KAYA 2YHYA 1R59O 4FSVA 4JAXA 2HOEA 3SJHA 3VEOA 1NBWA 2AP1A 1C0GA 5AQZA 3CI5A 5BPNA 4CZJA 4FWRA 4CI6A 4BRMA 4BR4A 1ZC6A 2D4WA 3EZWA 4H0XB 3WQUA 3QDKA 3MN5A 5AQFA 4I6MB 2F9TA 3TU5A 4E1JA 1QQMA 3ZETA 4ISGA 4BRAA 5AQQA 3ZETB 5ADXH 5FPEA 3G25A 1QZ5A 1Z05A 5BN9A 4BRLA 1SZ2A 3ZEUA 5BREA 4BRCA 3VGMA 5FPDA 4DQ8A 2QWRA 3U4LA 3IFRA 1V4SA 3BP8A 4H5WA 2QWQA 2E2OA 1P8ZA 4XH5A 2A3ZA 5FPNA 2FF6A 1NGEA 1ATNA 2D0OA 3L4IA 1XUPO 1Y64A 4BG9A 4DB3A 3O6WA 5BRFA 1EQYA 4H0YB 4JD2B 4PKGA 1BA1A 2E2QA 3R8EA 3LM9A 4QS8A 3LL3A 2YCHA 4NB4A 1G99A 2V7YA 3BUZB 4K43A 2E2NA 3FGUA 2IIRA 3ATVA 4DCHA 3A5NC 3J8AA 5FPMA 5TKYA 4PL8A 5AFUA 1J6ZA 3A5MC 1NGBA 5KPRA 1ZBSA 2YI1A 4BR0A 3HZ6A 3H46O 1X3MA 4CBXA 2HF4A 2Q31A 5F2RA 3CQXA 1E4FT 1CZAN 4FWOA 2NRHA 2CGKA 1TUYA 1BU6O 1BOTO 1GLLO 5F0XA 5BPLA 1JCFA 3DXKB 5KPZA 2CGLA 2CH6A 4BR7A 2PBDA 2YJEA 2YHXA 1OKJA 3CIPA 1IJJA 4A2AA 1BO5O 1NLVA 3QBXA 5B8HA 1HX1A 1D4XA 1KAXA 4WYBA 3QFPA 3SMSA 2EWSA 1ESVA 5KQ8A 5BRHA 4MLEA 3DJCA 2VYPA 4CD3A 3VETA 5I9EB 3DAWA 1GLEG 4RTFD 5LJVA 4HTLA 4H5TA 4XEIA 3FLCO 3MCPA 5F1XA 4CZIA 3VGLA 1T44A 1NGJA 4LC9B 5AFUH 2D0PA 2CH5A 4BRNA 3EL2A 3ID8A 5AQHA 2GELA 5JLFA 5AQSA 2HMPA 2P9UA 3ULEB 3D7EO 3O08A 2Q1NA 4CZKA 2P9UB 2A41A 3VEZA 2A6AA 3A5LC 4A61A 5AQPA 3VF6A 4FOEA 1YAGA 2HF3A 1C0FA 3LDOA 3SK3A 2VWBA 3MK6A 3EN9A 4B1YB 3L6QA 4BREA 1ATSA 1GLFO 2GEMA 2PAVA 3FZMA 5AQMA 1E4GT 3H1VX 4M7XA 4L3QA 1HKGA 4KBOA 5JLHA 4CZFA 1K8KA 2W40A 3SLCA 3QMLA 3FFKB 1YUWA 4O8KA 4CZHA 5AQVA 5AQWA 1RDWX 2E1YA 2P9SA 2F9WA 4BRPA 4M63C 4ISFA 5AQGA 1GLJO 3GG4A 3IMXA 4FWNA 2A40A 1TYQA 3ZEUB 4WQ4A 4XH1A 4Y0WA 2NLXA 3CJBA 3FZFA 1DGKN 1TYQB 4IJNA 3H3OB 4BVPA 1NGIA 3ENOA 3VEVA 2QM1A 4FWKA 4BGAA 1U2VA 3CETA 1QHAA 4BRFA 1NMDA 1HKCA 4B9QA 4H5NA 1U2VB 2QXLA 3GDQA 3D2EA 2V52B 4CD1A 5AQUA 1NGFA 3D2EB 3F9MA 4PKHA 1MWKA 2DPNA 2FF3B 2FXUA 1JCGA 3VESA 5AQRA 2E20A 3W3DA 3CJAA 3QFUA 2UYTA 3JS6A 5AZIA 3P4IA 4BRHA 3KHYA 2FLOA 3M6GA 5AQTA 4FPAA 2ZGYA 3CQYA 5AZIB 2D1KA 3MDQA 4CZLA 2H3GX 1LCUA 1NGDA 4M7YA 3HM8A 3U9DA 4EFHA 3ZX2A 4C23A 1HLUA 4H0VB 1S22A 4FPBA 2GUPA 1NGHA 3HBTA 5LY3A 4FWLA 4BC2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9KA 3OTOK 3CM6A 1Q8IA 3MECA 3KZBA 2P9KB 5EY4A 3QEPA 1BI4A 1LV5A 2Z1JA 1BI4B 4XH4A 4DV7K 2XY7A 2KQ2A 2GWJA 4JS4A 4QAGA 2W41A 1TK0A 4B8CA 1C6VA 4B1ZA 2C1IA 3AVFA 3LWMA 1TK5A 4LF8K 1X9MA 1QVGM 3AVHA 5JICA 5CYMA 3ZX0A 1S6PA 3IAYA 2E5LK 3KWIA 1UAXA 4DR2K 1Q9XA 4BQZA 4DQRA 4CJ4A 3SQ4A 4BC5A 1WAFA 3OHRA 3WUHA 2RHKA 3AVCA 2E2PA 4JI7K 2Q0RA 4X66K 1HJOA 3VQPA 4DS4A 1C0MA 5ADXA 4LSLA 3R6MA 3HVTA 1NK4A 4JV5K 4PY5A 1SV5A 4BACA 2EX3A 4C8MA 1RT7A 1RT1A 4FO0A 4EP4A 1R0AA 5C10A 2QWPA 3LDLA 3TTFA 5EX5A 4JLHA 1NGAA 1HRHA 4CF0A 1QSSA 4CJTA 3AARA 1RNHA 3TSPA 4FJ5A 1RTJA 5M1PA 1QQOA 1JLCA 3D6RA 4CBUA 2FBTA 3AA3A 3A8YA 1KVAA 4DU1A 2PY5A 1C1BA 3LM2A 3SPYA 4HUGA 1BIUA 3JAMO 4BRKA 3A5OC 1X9SA 2LSNA 4GNIA 2QWOA 3MN6A 1LAWA 3WXIA 3NH0A 4KHSA 4PA1A 4FJGA 3O1BA 1TAUA 1RTDA 3QEVA 5GAHP 4J2BA 2YNGA 3OYBA 1GLAG 5JENA 2E88A 1VHXA 4KO0A 3UB5A 3KKRA 4PWDA 3CC4N 3OY9A 2BUPA 3GL1A 4H4OA 4OGCA 3NGIA 1N5YA 1EWRA 1ATRA 3P5JA 4PUOA 4JNEA 4IXCA 4FLYA 4AHVA 2YV0X 3KTQA 1HUXA 5GAEP 4CJ7A 3QERA 4AILC 4NLBA 3S3MA 3AO1A 4IFYA 3AVJA 2IVOA 3AAPA 3ATUA 3DWLA 4BE2A 4JI5K 1VQLN 1Q9YA 1T8EA 3SMPA 3CFOA 5HRNA 3DRRA 4K0KK 1VRUA 3KIOA 3CCEN 3HL8A 3EKSA 1BL3A 4BR2A 4EHUA 4DTXA 3PLAA 4N76A 1QQNA 3NVMA 3TAGA 1RBTA 3JXUA 3CCUN 2WTUA 3VQ9A 1VQ6N 2E4LA 1L3UA 3JYTA 1BDGA 3VERA 4HCBA 5CHIA 3OYFA 2D0CA 4OPAA 5T7BA 4CHPA 3T69A 2VCPA 4FLZA 5AQKA 4H5VA 3U8XA 4YOWA 5ELZA 3DRPA 3NE6A 2QW9A 4L8RB 3ID6A 4M3YA 1BUPA 3PY8A 5HP1A 3K9JA 1T6CA 4OGEA 5GIOA 4YDUC 1HNXK 2WBNA 1KRPA 4CHQA 4DLEA 1JL1A 3J7ZO 4AHTA 1KXPA 1JLGA 3CERA 3HSTB 2W6LA 4K8XA 4BR5A 3CPEA 2IS3A 4AM7A 3T1AA 1JLQA 3DOKA 2RN2A 4B9NA 3DXMB 4O5FA 3CJ7A 4C8OA 4DF4A 1VSMA 4TSXA 5BRDA 2DFEA 2QA4N 1R59O 1ILYA 4CHNA 4F4KA 4EZ9A 4KB1A 4BR4A 4GMJB 4CF1A 1CXUA 3MEEA 3DLGA 2UUAK 2RE2A 4NCAA 1OH8A 3EZWA 1YVUA 2QXFA 1C1AA 2UUBK 3ZETA 4ISGA 5ADXH 3ZETB 3MXMA 3AA5X 4E72A 3ZEUA 3ZSZA 4OKKA 4DF8A 3K0SA 4CGFA 4DQ8A 2QWRA 1JLEA 4FW2A 1V4SA 3CFPA 3MAQA 4XH5A 2A3ZA 4FJ9A 2RKIA 1NGEA 1ATNA 4CHYA 4BG9A 4DFPA 4CIEA 1VQ8N 4H0YB 3BDPA 3R8EA 3LM9A 3VTIA 4Q5VA 3RR8A 4FJXA 1HQUA 3LANA 4DQIA 3LP3A 4IFVA 2NRZA 2HMIA 1K6YA 3ATVA 3NHGA 3ENBA 5TKYA 4Z4HA 3EEQA 4U7BA 5GAGP 4CW7B 4F2RA 3CCMN 4LH5A 2EHGA 3ZSQA 1WAJA 3TI0A 3OYMA 4DU3A 1S1VA 4LD0A 1RBRA 1ZBUA 4FWOA 4KI4A 1GLLO 1JCFA 4KHUA 3T3FA 1FXXA 2PBDA 3S9HA 4GV3A 3NAEA 4A2AA 2HHQA 1NOZA 3AO4A 1VSHA 4BEBA 1NLVA 1D4XA 5C2DA 1CZ9A 1ESVA 3K58A 4CIGA 5BRHA 5M1KA 4A5BA 4C1NK 4F2SA 3THXA 3CCJN 4W5QA 1RBSA 1DTTA 4KHNA 4RTFD 3THXB 4JRPA 4XEIA 4MFBA 2PYLA 2A1RA 3V6DA 1GOCA 2HBLA 1JLFA 4CZKA 3VEZA 5GIPA 4YHHK 4FOEA 3LDOA 4M3XA 3K2PA 2HHVA 4EP5A 3CCSN 4LF7K 4H4MA 1GLFO 4KH4A 5DK5A 1KSPA 3H1VX 3KLFA 3NCIA 4JI0K 2HVHA 1S1TA 2JWLA 4CZFA 2W40A 2F4VK 2ZJRL 4LFBK 3SLCA 4YOVA 3QMLA 4DV1K 1NOYA 5AQWA 1RDWX 2E1YA 3SQ1A 2GUIA 5CYQA 1LWCA 4ISFA 1GLJO 4C8LA 3B6OA 3LAKA 3IMXA 3RMAA 4FVUA 3VQEA 3RTVA 1Z26A 2A40A 4FJ7A 1XNRK 1TYQA 1OH5A 3HPGA 3D45A 2NLXA 1A5WA 3CJBA 1TYQB 2QM1A 4FWKA 1RDBA 1NU0A 3V1QA 4BRFA 1QHAA 1NMDA 3LP1A 1X1PA 4DV6K 1VQ9N 4CVNE 1B92A 1N6QA 3D2EA 2OZSA 3K5MA 2V52B 4CD1A 1J9AA 2G8HA 1RT2A 3D2EB 4OVLA 2W6KA 4B08A 3P39A 2DPNA 4MQ3A 2FXUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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