4JD2A

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
414
structure length
398
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSGPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 124
structure length 398
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2A03
1E4FT 4GNIA 3WXKA 1BDGA 4MO5A 5JICA 5AQVA 4H5RA 3ZEUA 3DXKB 4BR4A 1MWMA 4CZLA 4DHYA 3SLCA 5AQLA 2ASOA 3H1QA 3GOIA 2IVOA 3CJBA 5AQGA 1LOTB 4BROA 3DXMA 3LDNA 3ZEUB 2E1ZA 4XEIA 5EX5A 5KPRA 4FWPA 3FZLA 2YHYA 1QQNA 2V51B 4BGBA 1T6CA 2Q2RA 3DXMB 5AQRA 1HX1A 4CBUA 1NGHA 2CGKA 4H0OA 4B1VA 3GDQA 1QQOA 4FWSA 4B1WB 5AZJA 4IWVA 3QBWA 3C7NA 4JHDA 3H3OB 2D4WA 1C0FA 2E8AA 3QMLA 3U9ZA 1DGKN 3W3DA 3LDLA 2P9IB 5EVZA 5AQTA 2CGJA 3GE1A 2BUPA 2FF3B 2W40A 2E2PA 1KAZA 3J8AA 2E1YA 4ISEA 2EWSA 3O8MA 3C7NB 1GLAG 5AFUH 1T44A 1YAGA 4O5FA 1QQMA 1QZ6A 4BR7A 2ASPA 1X3MA 1NGGA 3R9PA 4RTFD 3A5OC 1C0GA 4FOIA 2PBDA 4BC5A 3DAWA 3KVGA 5AFUA 3HSCA 3O6WA 3WXJA 4DQ8A 2AA4A 2ZWHA 1BA0A 2ASMA 5AR0A 4BR5A 4CZHA 3FZHA 4M7XA 4BRLA 1XQSC 3UE5A 5TKYA 3DJCA 4BR0A 2A40A 5ADXH 5AZIB 3TU5A 4L3QA 3VF4A 3TPQA 3QICA 3VERA 4JD2A 3G25A 3ZETB 2J4RA 4CD1A 3D7EO 2Q36A 2Q1NA 3SMSA 3JXUA 5E26A 5CE3A 4ISFA 5AQOA 4Z94A 4K25A 4QS7A 5KQDA 4EFHA 3A5MC 4CZFA 3CHWA 3O80A 1RDWX 3IMXA 3VOVA 4FWOA 5AQNA 3SJHA 2YHWA 4FWNA 2Q97A 3VETA 4CZMA 4IJAA 5KPZA 1SQKA 2FLOA 1MWKA 4CJ7A 3LL3A 2FSNA 3L0QA 2P9KA 3O08A 3MMVA 3WQUA 1GLBG 1NBWA 2I7NA 1D4XA 2IIRA 4I6MA 4JNEA 1BOTO 4BRNA 1NGCA 1TUYA 4H5WA 4MLHA 5AQHA 2CH6A 1BU6O 4BC2A 3U8XA 1YVNA 2D1KA 2P9KB 3DXKA 4A2BA 4KBOA 1EQYA 3EKUA 2QWQA 3H6EA 4BRPA 1XUPO 4I6MB 3AAQA 3DWLA 1BG3A 4WQ4A 3A5LC 5FPMA 5AQPA 1NMDA 2A6AA 5F2RA 1RFQA 5AQSA 5BPNA 4YDUA 3MK6A 5AQUA 3FZKA 2A5XA 2GUPA 2GWJA 5AQXA 4BRMA 2YI1A 2HMPA 4PKIA 3A5NC 1WOQA 4BRHA 4F9OA 2CH5A 2YJFA 3FR0A 4RWTA 3CQYA 4B9QA 1X9JA 1YXQA 2W41A 3EN9A 1V4SA 2P9IA 3M1FA 4BGAA 3WXIA 3VEYA 1R59O 5EXWA 2FF6A 3BF3A 4H0YB 1HKBA 2F9WA 4B1XB 2HF3A 3AAPA 3HM8A 4FWLA 5AQIA 3ZX2A 2NRHA 4K41A 4BVOA 4HTLA 2V7YA 2NLXA 4ISGA 2KHOA 4PL7A 5I9EB 3R8EA 1HUXA 2QWNA 1DKGD 1U2VA 1X3NA 1GLCG 3I33A 2HF4A 4MLEA 5FPNA 4FPAA 3R6MA 5BRDA 4Y0WA 4QS9A 5AQFA 3H45C 2Q0UA 1U2VB 3CERA 3VGLA 5AZIA 2E2OA 1Y64A 5FPDA 1WUAA 3D2FB 3F9MA 3ZETA 1ESVA 2GELA 4AM6A 3B8AX 4XH4A 3FE1A 4QS8A 1TYQA 3WUHA 4BRKA 1MA9B 2CGLA 4BRAA 4WYBA 3FFKB 5F1XA 1HLUA 1QZ5A 3QFUA 5AQQA 4J8FA 4BQLA 1G99A 1BA1A 5BPMA 2ITMA 1HJOA 3VEOA 1TYQB 1E4GT 1Z05A 1H1VA 3MDQA 1S22A 3CJ9A 3EZWA 4K43A 3UKUB 4BRIA 3HBTA 5BPLA 3AARA 1KAYA 3IDHA 3M3ZA 1BO5O 4IZ9A 3A0IX 2GTDA 4FO0A 3CJCA 4FWQA 2QWMA 1P8ZA 3ZX0A 1ZBSA 2QM1A 5LY3A 3VEVA 3MCPA 2P9UB 3LM9A 1T6DA 2A42A 3EL2A 2FXUA 4BREA 1ZC6A 4H0TB 4EAHD 3GL1A 4BRGA 4BQZA 3ATUA 2P9PA 5AQMA 3QBXA 5FPEA 2YCHA 2QWLA 5JLHA 3P4IA 3D2EA 4A62A 1HPMA 1IG8A 2P9LA 3ULEA 2P9SA 2V7ZA 4H0VB 4CBWA 3S41A 2VYPA 3BF1A 3O1WA 5BN8A 3CJ1A 4M63C 4O8KA 1NGJA 1DEJA 4CZEA 4B1ZA 3UKRA 4BRDA 2P9PB 2ZGYA 4LC9B 3KZBA 3D2EB 4NO7A 3VGMA 3QDKA 2P9LB 3ULEB 2P9SB 4JAXA 1Z6RA 2AP1A 4K42A 3HZ6A 1JCEA 1NLVA 3IUCA 4FL9A 5AQJA 3HI0A 3UKRB 3EKSA 1NGDA 3WEEB 3L4IA 4BRQA 2FSJA 3M6GA 1NGIA 4PKHA 3WQTA 4HWIA 5BRHA 5LJVA 2QW9A 3ATVA 2E88A 1RGIA 2YJEA 1GLDG 5LJWA 4BG9A 5F0XA 3KHYA 4BRCA 1U6ZA 5AQYA 3ZX3A 3OHRA 3VEXA 1V4TA 1NM1A 4PKGA 5BRFA 3AY9A 3H46O 4IXCA 3FLCO 4EHTA 5BN9A 1MDUB 1NGFA 1YUWA 3CI5A 4PL8A 3MN6A 3EO3A 3LDQA 3CIPA 4CZJA 2GEMA 4CBXA 4BG8A 1NWKA 4BRFA 1SAZA 1HKGA 1NGAA 4B1YB 3U9DA 3BUZB 5B8HA 5EOYA 2WUSA 3UB5A 5E84A 1K8KA 2QXLA 1NGEA 2YHXA 4AM7A 4M7YA 4WQ5C 3VENA 3H3NO 1XC3A 3MN5A 4BVPA 1K8KB 1IJJA 3U4LA 3O4WA 3D2FA 3ID8A 3ENHA 5ELZA 4E1JA 3VPZA 1KXPA 1GLEG 4A61A 1JCGA 4BR9A 2IVNA 3WT0A 1JCFA 2IVPA 2D0OA 4H5NA 3A8YA 3L6QA 4WQ4C 5AZJB 3MN7A 4C23A 2Q31A 3VEWA 4FPBA 4JHDB 3C0BA 3BP8A 1NGBA 1SZ2A 3I8BA 1GLLO 2HOEA 4YDUC 1ZXOA 4CD3A 2H3GX 2VCPA 4H0PA 3IFRA 2QWPA 2A3ZA 4H03B 1GLFO 2P9NA 2Q0RA 1J6ZA 4A2AA 4NB4A 3UKUA 3CJAA 1KAXA 4EHUA 3VEZA 4DCHA 3WXLA 4IJNA 2F9TA 2GWKA 3VF6A 3FGUA 3VF2A 3SK3A 4BR2A 1BWFO 3QFPA 2P9UA 2P9NB 4DB3A 3VGKA 2E20A 1QHAA 1ATRA 3ENOA 2D0PA 5AQKA 3FZFA 3GG4A 4FSVA 2ZF5O 2V52B 3SMPA 3LM2A 1OKJA 3O1BA 4XH5A 5AQZA 4RCHA 2DPNA 5AQWA 1LCUA 2UYTA 4CZGA 4FOEA 4MO4A 3W0LA 2BTFA 4FWKA 1ATNA 3CJ7A 3JS6A 1GLJO 1Q18A 5KQ8A 3MN9A 4H5VA 2VWBA 4JD2B 5BREA 3RSEA 4B1UB 3FZMA 3CQXA 5ADXA 1TUUA 2ZGZA 5JLFA 4FWMA 3GBTA 3WEEA 2I7PA 4WQ5A 4CZKA 2QWRA 3BEXA 3VESA 5JMVA 4H5TA 4H0XB 2E2QA 3RSEB 4BC4A 3QB0A 2QWOA 2NZTA 2E2NA 1HKCA 3H1VX 4IO8A 1BUPA 1S3XA 4CZIA 4BC3A 1CZAN 5EY4A 2A41A 2PAVA 5BR9A 2FSKA 4JN4A 3LDPA 5KPTA 4EIAA 3LDOA 2OANA 1ATSA 3O5BA 3HTVA 4FWRA 4GY2B 4XH1A 4CI6A 3CETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJLA 1BDGA 5JICA 2OPRA 3AO5A 3L2WA 4CEZA 4CEQA 2ASOA 2IVOA 1BL3A 3MWPA 3L2RA 4DWIA 3MX5A 4N47A 1NK6A 1EWRA 3PUFA 3WNHA 1O13A 4DQSA 2QKKA 3J80O 3KWGA 4FWPA 1QQNA 3JAMO 4BGBA 3TARA 1S72N 1JL1A 4CECA 4BWJA 2CGKA 1WSIA 5M1QA 5AZJA 3C7NA 2D0AA 3QMLA 3LDLA 5D3GA 4DQRA 1S1XA 3V9XA 4ISEA 3L2UA 1VSDA 1QQMA 1QZ6A 3I0RA 1OVYA 4FK4A 2ASPA 1IV0A 5C2DA 2HBKA 4RTFD 3KLHA 3V4IA 3A5OC 1KLNA 3VTHA 1BIZA 3OYHA 3AVNA 3SPZA 2HMIA 3LWMA 2G8WA 1C0TA 3KVGA 1TAQA 1LW2A 4WFBL 2AA4A 5AR0A 3FZHA 1C1CA 4KFBA 5ADXH 4L3QA 1BIUA 3TPQA 4GMJB 3RR8A 1SKRA 2J4RA 4CD1A 3KIOA 1QS4A 5E26A 5CE3A 1LWCA 4K25A 5KQDA 3A5MC 4CZFA 1LWEA 1MU2A 3E01A 3VQBA 3O80A 3IMXA 3AVMA 4FWOA 4JK8A 4ILGB 2YHWA 4FWNA 3VETA 5KPZA 1RTDA 1SUQA 5JS2A 4YHHK 3O08A 4KHYA 3WQUA 4AHTA 1BHLA 1NBWA 2I7NA 1D4XA 2IIRA 4FLVA 5KRSA 5DM7L 1BOTO 3OYFA 4CIEA 3SJJA 1TUYA 4JI6K 3ZSWA 3AV9A 3KWIA 4KHQA 2G8HA 1YVNA 2P9KB 3PV8A 4KBOA 3EKUA 1Y97A 4HHTA 3DWLA 1X9MA 1RDUA 4JS5A 4YOVA 5SWMA 4CFBA 1BCMA 1NK5A 4CGDA 1RFQA 3LPTA 4DU4A 4IG0A 3NCIA 4U7BA 1NJIO 5MLCQ 4YOYA 4NCAA 4C8MA 3FZKA 5HRNA 4JI7K 2GUPA 2FC0A 4BE1A 4LY7A 1VSLA 4PQUA 2HHXA 5AQXA 1IO2A 4BRMA 4OPHA 3M8QA 3PX6A 3JSMA 1I94K 2YJFA 4RWTA 2W6LA 3VQAA 3MAQA 4Z4GA 4DR3K 4M3XA 4KPYA 2O8BA 1WAFA 3EN9A 2P9IA 3WXIA 1NKEA 3EE8A 5EXWA 4CJUA 5HOOA 3UIQA 1J53A 2RF2A 3E1YA 3PX4A 4B1XB 2QA4N 2GV9A 4FWLA 1TAUA 1UAXA 4K41A 4BVOA 1RT7A 3OYGA 2NRZA 3U6FA 1TL1A 4ZTFA 4DQIA 2LSNA 3SAFA 3ENBA 1VSMA 4MLEA 4XIUA 3PSIA 1KD1O 3VN5A 4OVLA 5BRDA 4PY5A 3D45A 4DMNA 2Q0UA 1HMVA 3AVIA 4JI5K 3CYMA 3OS1A 1CXQA 5AZIA 1Y64A 4DF4A 5FPDA 3D2FB 3F9MA 1ESVA 5GIPA 4O0JA 4CEOA 4AM6A 3B8AX 4GVEA 4QS8A 4OLBA 1WBDA 4BRKA 4WYBA 4JKDA 3TI0A 3CCEN 4X66K 1QZ5A 1OH5A 4ID1A 5JENA 1HJOA 1RILA 1KFSA 1E4GT 1H1VA 1K73O 4DV7K 4YY3K 3NF7A 1QQCA 3RR7A 4M41A 4K0KK 3A2FA 4N56A 5GAEP 1KAYA 1UA0A 3M3ZA 3V9SA 4JRPA 4IG3A 2HHUA 3VEVA 3BZKA 1LV5A 2A42A 2RPIA 2KLAA 4AHCA 3AO2A 1ZC6A 3MXJA 4BRGA 2YHAA 1JJ2M 3QBXA 2YCHA 4B08A 2P9LA 3OYLA 2V7ZA 2ZE2A 3DM2A 4H0VB 4CJEA 1YITN 2VYPA 5BN8A 3G71N 1WSJA 4O8KA 5GINA 1OH6A 2A1SA 4CGHA 3J7ZO 3OS2A 4ZHRA 1EKEA 3D2EB 1DLOA 1Z6RA 3SZ2A 4E19A 1A5WA 4GVMA 5DMRA 1FXXA 3UKRB 1RTHA 3L4IA 3AVLA 4B3MK 4O4GA 1NK8A 1ASUA 1NGIA 1JLFA 4RW8A 4X64K 3VQQA 1VQ4N 5H1SQ 4E7LA 2E88A 4DV1K 1XMOK 4C1NK 3KHYA 5AQYA 3VEXA 5BRFA 3TABA 1JKHA 3H46O 1U49A 5BN9A 1MDUB 3E9PA 2D5RA 1W7AA 4JKBA 2KZZA 4E7JA 4PL8A 1Q9YA 2Z1HA 4K8XA 3AO1A 4CBXA 4BG8A 4YOWA 4B3RK 4BRFA 4DS5A 3U9DA 2RN2A 5E84A 5J2QA 4FW2A 2O4GA 4AM7A 4J2BA 3PSFA 3S9HA 3SAGA 3MN5A 4BVPA 4FLWA 3FFIA 4CE9A 3CCSN 3KJVA 2YHBA 5KRTA 1K8KB 3U4LA 3L4QA 3I8DA 4FYDA 4IFVA 5KI6A 3ZT2A 4IO9L 4CJ3A 3ENHA 4B8CA 3V9UA 3VPZA 3NGIA 3WT0A 1JCFA 1ZBFA 4E89A 3A8YA 1VK0A 5AZJB 5CYQA 3BY5A 2OTJN 1QVFM 4OPKA 5C42A 3BP8A 4JI4K 4CJLA 1CLQA 1GLLO 4JI1K 1ZXOA 4CFAA 2VCPA 4KTWA 4H03B 1RTIA 3ZSYA 2P9NA 4DSJA 2Q0RA 1J6ZA 4A2AA 4KHUA 2HHTA 4DCHA 4FZYA 1EP4A 4IJNA 2KW4A 3VF2A 3ZCMA 3QFPA 2P9UA 4LF8K 3ENOA 5FRNA 1FKOA 1D9FA 3KD5E 2O8CB 2UUBK 2ZF5O 3LP1A 3J81O 3LM2A 2HNYA 3HOSA 4AHUA 4M3RA 4FJJA 5AQZA 3NF8A 2UYTA 4CZGA 3MXMA 4FOEA 2BTFA 4H4MA 1ATNA 3LZIA 3I55N 4JK9A 3SBTA 3JS6A 3KK7A 4LSLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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