4JD2B

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
377
Chain Sequence
QGRKVVVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALVGRPIIREIKDLMVGDEASELRSMLEVNYPMENGIVRNWDDMKHLWDYTFGPEKLNIDTRNCKILLTEPPMNPTKNREKIVEVMFETYQFSGVYVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADIMKDKDNFWMTRQEYQEKGVRVLEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 104
structure length 377
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2B03
4KBOA 3ZX0A 2A41A 4RCHA 1G99A 1OKJA 4H0YB 3S41A 3CIPA 4EAHD 2HOEA 3WEEA 3EN9A 2QWQA 2YHYA 4I6MB 3AAQA 1ATSA 1YAGA 3FZMA 3VPZA 1JCEA 4A62A 4BR5A 3HM8A 5AQSA 3BF1A 3CJ7A 2HF3A 5AQRA 3VGLA 2QXLA 4CZHA 2GWKA 3CJ9A 5AZIB 2ZGZA 4B9QA 5F2RA 3EZWA 1YUWA 2P9IB 2BUPA 3P4IA 2P9KB 2DPNA 2AA4A 4AM6A 4Y0WA 5FPDA 3D2EA 4LC9B 4H5NA 2YI1A 5BPLA 4BRDA 1KAYA 3UB5A 5AQMA 3J8AA 2IIRA 3ZETB 4CZFA 2KHOA 2QWLA 4BQZA 3GG4A 3QFPA 3DXKB 2F9WA 3QICA 3MN6A 4DCHA 4BGBA 1LCUA 5AFUA 3QBXA 1C0FA 3WXIA 4B1WB 4FOEA 3VF2A 1BA1A 4BC5A 2D1KA 3C0BA 4O8KA 1X9JA 1GLAG 4FWKA 2YJEA 1X3MA 3H46O 4HTLA 4RTFD 2ITMA 1IG8A 3SMSA 2HF4A 2FXUA 5JLFA 3QDKA 2ZWHA 1U2VA 4CD3A 3LDPA 4J8FA 4EHTA 4PKHA 1T44A 2E20A 4CZMA 3O1BA 1ZXOA 2F9TA 4H5VA 3WQTA 4I6MA 3FZHA 5AFUH 4CI6A 5BPNA 5E84A 2PBDA 4CZEA 3VEOA 5BPMA 2D4WA 3U9DA 3D2FB 3CQYA 1ZBSA 3LM2A 3U8XA 3ZX3A 2P9IA 3GL1A 3IDHA 4CJ7A 1XQSC 2D0PA 2I7NA 3C7NB 2V52B 4B1ZA 5I9EB 3A5MC 3CI5A 3FZLA 4FWMA 3DXMB 4FWOA 2P9SB 1SAZA 4BR0A 2CGLA 3A5NC 4H0PA 3VOVA 3EKUA 3ID8A 3ATVA 1HLUA 4NO7A 3ZEUB 2NZTA 4H0XB 3DXKA 2QWMA 3L4IA 4YDUC 1TYQB 4L3QA 2P9UB 3VERA 4BR2A 4BR7A 3HBTA 3SLCA 5AQHA 5AQWA 3GE1A 3DWLA 3L0QA 1GLBG 2ZF5O 5BRFA 4XEIA 4JAXA 4EHUA 5E26A 3BUZB 5AQNA 4FWSA 3O8MA 3VETA 4FWRA 4BRQA 3A5OC 3U4LA 1ZC6A 2CGJA 3LM9A 2FSNA 3WQUA 1NM1A 5EOYA 5KQDA 3U9ZA 4FWPA 2W41A 1E4GT 2OANA 2YCHA 2WUSA 3HSCA 3OHRA 4K41A 1NGIA 5JICA 3FE1A 3IFRA 4BRCA 3FFKB 4JN4A 2E88A 4F9OA 4MLEA 2ZGYA 3VF6A 4BRFA 1NGFA 1NGEA 5EXWA 3D2FA 5AQLA 1P8ZA 3CJAA 3I33A 2IVNA 4BR4A 4H0VB 1ATNA 3CJ1A 3FZFA 2W40A 4M63C 3C7NA 1GLJO 3O6WA 4JNEA 3H6EA 3IUCA 4QS7A 4IJNA 2P9SA 4B1UB 1MA9B 1NMDA 1GLCG 2E1ZA 2GEMA 3HTVA 4RWTA 3VEWA 1T6DA 3H1QA 3SK3A 3BF3A 4JD2B 5CE3A 1TYQA 3H3OB 2P9UA 4WQ5A 5TKYA 3MN9A 2E2QA 5EVZA 1ATRA 1DGKN 3HI0A 4A2AA 5AZJB 5BRHA 3FGUA 4ISFA 2P9NB 4BVPA 3VGMA 4GNIA 2QWRA 1WUAA 3HZ6A 5FPNA 3QMLA 2P9LB 3WUHA 2QWPA 5AQJA 3H1VX 1YXQA 3A0IX 3LDLA 1BWFO 4XH1A 4WQ4A 1E4FT 3B8AX 4CZLA 3VF4A 3UKUB 4BRHA 1R59O 1K8KB 4PL7A 5AQKA 4QS8A 4BRGA 5AQXA 1MDUB 4MLHA 3MMVA 3FZKA 3LL3A 3SMPA 4NB4A 2Q0RA 2V7YA 3H45C 3CQXA 4JHDB 1JCGA 1QQMA 4ISGA 2Q0UA 4MO5A 3AY9A 3VEVA 5BN8A 2IVPA 3ZX2A 1BG3A 5AZIA 4IXCA 4CZGA 3R6MA 3SJHA 3BP8A 3VGKA 1U6ZA 4BRKA 2VCPA 2D0OA 3WXJA 2EWSA 2P9KA 2FF3B 3BEXA 1BU6O 2YJFA 5EY4A 5KPZA 1MWMA 1C0GA 2Q36A 2AP1A 4FSVA 1GLEG 2FLOA 3JS6A 3ZETA 1LOTB 3TPQA 5BREA 5JLHA 4H0OA 3GDQA 4H0TB 5AQYA 4M7YA 2YHWA 3LDQA 3GOIA 1KAXA 3JXUA 3UE5A 1KAZA 4JD2A 4YDUA 3KVGA 3AAPA 2Q1NA 4BREA 4FWNA 3CERA 3M1FA 5AZJA 1BA0A 5AQFA 2PAVA 3FR0A 5AQOA 4BRLA 1D4XA 1Y64A 3WXLA 2P9LA 1Z05A 2P9PB 4BC3A 1QQNA 4K25A 4C23A 4CBUA 3ULEB 1HKCA 4HWIA 2GWJA 4FPAA 4K42A 4H5RA 3WXKA 5AQQA 5ADXH 1HKBA 2GUPA 1BO5O 1Q18A 1T6CA 2NRHA 2H3GX 4ISEA 4H03B 4DQ8A 5F0XA 1NGGA 3VEYA 1HX1A 1NGJA 2E2NA 1NGCA 4PKGA 3L6QA 4JHDA 3R8EA 1RGIA 1NGBA 3M6GA 4BG9A 3H3NO 1IJJA 3QBWA 1YVNA 5KPRA 2NLXA 5KPTA 1U2VB 1HPMA 3CHWA 3DAWA 4FWQA 1TUYA 4A2BA 2CGKA 2J4RA 1S3XA 2A3ZA 5F1XA 4BC4A 4DHYA 3IMXA 1NBWA 3O1WA 4XH4A 5AQIA 4FOIA 4BG8A 2GELA 3DXMA 5LJVA 2FSKA 4BR9A 5AR0A 2E2PA 3FLCO 1NGHA 1XUPO 3ZEUA 5LJWA 3LDNA 4FO0A 1QQOA 5ELZA 1RFQA 1KXPA 4BVOA 1GLLO 3O4WA 3KZBA 3O80A 2ASOA 3VEZA 4BRMA 3W0LA 3O08A 3MCPA 3GBTA 4FL9A 1J6ZA 1V4SA 1BOTO 4B1XB 4CZIA 2A6AA 4QS9A 1JCFA 5BN9A 3AARA 3MK6A 5AQZA 3W3DA 2P9PA 4B1VA 2CH6A 4BRNA 3QFUA 4WQ5C 5AQVA 3R9PA 4EIAA 1WOQA 3O5BA 1SQKA 3RSEB 1HUXA 1NWKA 5LY3A 3ULEA 1XC3A 1GLDG 2VYPA 3EL2A 4BQLA 4XH5A 3UKRB 2QWOA 2VWBA 3EO3A 3M3ZA 2ASMA 4CBXA 2I7PA 2E1YA 3ENOA 1DEJA 2QM1A 2FSJA 2ASPA 2Q2RA 1H1VA 2BTFA 3CETA 4BGAA 5AQUA 1NGAA 2IVOA 3TU5A 4EFHA 4K43A 3I8BA 4WQ4C 5FPEA 5AQPA 4A61A 3MDQA 1NLVA 1DKGD 5FPMA 4B1YB 1TUUA 3WEEB 3VEXA 4IWVA 1NGDA 3VESA 2A42A 4BRAA 5EX5A 5BRDA 3ATUA 2V51B 4IJAA 2Q31A 4FWLA 3CJCA 4BC2A 1EQYA 1QZ6A 5JMVA 2A5XA 2E8AA 2UYTA 4BRPA 1CZAN 3A8YA 4IO8A 2YHXA 4BROA 4CZJA 4O5FA 2QW9A 5ADXA 2V7ZA 3LDOA 4IZ9A 4PKIA 5AQGA 1S22A 3WT0A 5BR9A 4M7XA 3A5LC 4Z94A 4H5TA 4E1JA 1QHAA 3MN7A 4DB3A 3QB0A 2A40A 1Z6RA 3D2EB 2HMPA 4BRIA 5B8HA 4PL8A 2P9NA 1GLFO 3F9MA 4CBWA 1SZ2A 4WYBA 1QZ5A 3ENHA 2CH5A 4CZKA 1BUPA 1ESVA 3EKSA 2GTDA 1BDGA 4FPBA 4MO4A 3MN5A 3CJBA 1HJOA 4CD1A 4GY2B 1X3NA 3KHYA 2FF6A 3G25A 3RSEA 3UKUA 2Q97A 4AM7A 1K8KA 3DJCA 1HKGA 2QWNA 1MWKA 3UKRA 1RDWX 2E2OA 5KQ8A 5AQTA 3D7EO 1V4TA 3VENA 4H5WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDAA 4YOWA 2RKIA 2A41A 1T03A 3E01A 3RWUA 4EAHD 1RTJA 2G8WA 1ATSA 3FZMA 3KD1E 2O8FA 2G8FA 1KQSM 1OH6A 4BR5A 1XHXA 3HM8A 4JKFA 3BF1A 5AQSA 2HF3A 4GV3A 4DQQA 3HOSA 1U49A 5AZIB 4B9QA 5F2RA 3EZWA 1ZBFA 3AVCA 1YUWA 1NJYA 1RT3A 2IDOA 4M3UA 1NG9A 1S1XA 1KD1O 4DTXA 1J5EK 4B3TK 2AA4A 4FJXA 4B9TA 4AM6A 1X1PA 4XJXA 2IAJA 1HRHA 3J8AA 5KGWA 3O9SA 4CZFA 4IKFA 4NLBA 3GG4A 4IFVA 3DXKB 4FW1A 2F9WA 3B6OA 3N4PA 1RT5A 4F2RA 1JJ2M 1KC8O 3AVLA 5CYQA 3VF2A 2HVHA 4O0JA 3C0BA 3AVNA 4CHZA 1GOBA 4I2QA 1X9JA 1QSSA 4DSKA 4FWKA 4HTLA 1X3MA 2F8TA 1IG8A 1JLAA 4JK7A 3SMSA 5JLFA 1YJWN 3QDKA 2ZWHA 1U2VA 1EKEA 3SI6A 3TANA 3K0SA 1D9FA 1EWRA 1RDBA 3T69A 1X9MA 5AFUH 4DF4A 2HB5A 3DMJA 4IOXA 3U3GA 5HROA 1EO1A 2D4WA 3U9DA 3VMFB 2UUBK 3PLAA 3U8XA 3ZX3A 1SL1A 3IDHA 4CJLA 4JKBA 2D0PA 2BANA 5EU7A 4M3XA 3A5MC 4GV9A 3T3FA 3DXMB 4FWOA 2HSTA 3K57A 1NK9A 3VOVA 1KVBA 3PUFA 4E19A 3ZEUB 2NRVA 2QK9A 4JKCA 3RVCA 2WOMA 5J1EA 2XO7A 1TYQB 3AVJA 4ZHRA 3VERA 4BR2A 4BR7A 2O8CB 1TKZA 1ILYA 1K9MO 2ITGA 1TL1A 3L0QA 1NKBA 4DTSA 4AHSA 3OYMA 3AO3A 4FM1A 4NCAA 5E26A 3KWIA 1Z25A 4G9ZA 1GOAA 2OCEA 3E66A 3O3HA 3NAEA 4FLZA 1FKPA 3PO4A 1QE1A 5C12A 4FWPA 1ASWA 2W41A 1S1UA 3OHRA 3QIPA 5HRPA 4C8MA 3VQQA 4MLEA 2ZGYA 3VF6A 4BRFA 4CF9A 3CCMN 2VGMA 5JS1A 4OPJA 3CJ1A 3VQDA 3HL8A 4JNEA 3MWPA 4HVJA 1NK6A 1W0HA 2P9SA 4MDBA 1BCOA 3HTVA 2ZE2A 1VRUA 5E41A 3OS2A 1TL3A 1N32K 2Z1HA 1UA1A 5GIOA 2QKKA 4DTUA 4WQ5A 5TKYA 1ATRA 5M1OA 1QS4A 4A2AA 1KLNA 1YTAA 2B4JA 3CCQN 4C8NA 5T7BA 4KKOA 1HR0K 3HP9A 3LDLA 1XNQK 4KV8A 3SUPA 3B8AX 4CZLA 3VF4A 2UUAK 5FROA 2WTUA 3ITHA 4BRHA 4ICLA 4B9SA 2VQFK 3AV9A 5J2MA 1SL0A 1IV0A 4BDZA 5AQKA 4NLCA 3K9JA 4MLHA 3SQ1A 3MMVA 3FZKA 2OA8A 4AHVA 4NB4A 2Y1IA 1TK8A 2Q0RA 4ILGB 1Q82O 1JCGA 4ISGA 1L5UA 2Q0UA 4MO5A 3VEVA 4JI0K 4WFAL 3PIOL 2IVPA 3VQEA 4YHHK 3HK2A 4M45A 4Q5VA 5CR4A 5GAGP 1WB9A 3SJHA 2KZMA 2VCPA 3QERA 2P9KA 1LW0A 4B8CA 1BU6O 5KPZA 1MWMA 1C0GA 3U3YA 4FSVA 1XMQK 2FLOA 5BREA 5JLHA 1R0AA 4NYFA 4E3SA 1N5YA 3GOIA 3JXUA 5M1KA 1JL1A 4NCGA 1KAZA 4YDUA 3AAPA 3SYZA 2Q1NA 4BREA 2RPIA 4DV7K 1JXBA 2BE2A 4CGGA 5AZJA 1BA0A 5AQFA 3NGIA 3FR0A 2QKBA 4DV2K 5AQOA 1KSPA 2ZJQL 4GKJK 1Y97A 2Q3SA 2P9LA 1Z05A 4MFBA 4JI8K 3F9KA 1DLOA 2P9PB 4GKKK 1BL3A 5HLFA 4DUZK 3ULEB 2HNDA 3THWA 1UA0A 4OGCA 3O4NA 1HKBA 2GUPA 3LAMA 1Q18A 4ISEA 1SKWA 4M3YA 4DQ8A 3J80O 1NGGA 4CFDA 1NGJA 2YKMA 3L6QA 3NBPA 3M6GA 4BG9A 3CYGA 3T7ZA 3J81O 5KPTA 1U2VB 3CHWA 1BCMA 3IAYA 4OO1J 1S3XA 5F1XA 4DHYA 1ZBUA 1VQ6N 3TTFA 5AQIA 3K5LA 1IKVA 3QNNA 2HHHK 4FJ8A 1HNIA 3KK3A 2OPQA 1OH5A 1HYVA 5IWAK 4FO0A 1QQOA 3VQAA 4PA1A 3G0ZA 4FJ9A 1GLLO 4JEPA 2ZD1A 3GBTA 1I39A 1V4SA 4W5OA 3CPEA 5BN9A 3W3DA 1ZBLA 4JI6K 3QFUA 5AQVA 1WOQA 2HHIA 3O5BA 3RSEB 5LY3A 1HUXA 4FJJA 1VQON 4OPHA 4DTOA 4PQUA 2QWOA 1FK9A 3EO3A 2E6LA 4FVMA 1DEJA 1WNSA 2QM1A 2FSJA 1XHZA 3HYFA 3CYMA 3EY1A 4BEBA 4F4KA 5A2QO 4EFHA 5AQPA 1BIUA 1NLVA 3ZCMA 1JLGA 4U67L 3VEXA 2QTDA 4FLVA 3G6EN 2JWKA 3ATUA 3OA9A 3KLIA 2HBJA 1UAXA 3MWTA 4E1NA 5JMVA 4J2EA 4BRPA 2DFHA 4CZJA 1Q8IA 1WN7A 2V7ZA 3LDOA 2Y1JA 2WFBA 3WT0A 4M7XA 3A5LC 1MU2A 3RMCA 4H5TA 3MX2A 1WAJA 1QHAA 2NRXA 3AO2A 3EE9A 2HMPA 3SAHA 4PL8A 1QZ5A 5K14A 1ZBHA 2OTJN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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