4JD2B

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
377
Chain Sequence
QGRKVVVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALVGRPIIREIKDLMVGDEASELRSMLEVNYPMENGIVRNWDDMKHLWDYTFGPEKLNIDTRNCKILLTEPPMNPTKNREKIVEVMFETYQFSGVYVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADIMKDKDNFWMTRQEYQEKGVRVLEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 104
structure length 377
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2B03
3WXKA 4A2BA 4CZMA 1ZC6A 4LC9B 4BRIA 4MLEA 2P9NA 1TYQB 3GBTA 3VGKA 2ASMA 3O5BA 4FWQA 1ATRA 1NGFA 2BTFA 5AQZA 2ITMA 4Y0WA 3DXMA 2ZGZA 2CGLA 4GNIA 2VCPA 2Q31A 5AQWA 2PAVA 4H0TB 3LDPA 3S41A 3WEEB 3DAWA 4B1VA 1NM1A 4FWKA 3W3DA 3D2EA 3LDQA 4FOEA 2E1ZA 3FGUA 4PKGA 4DB3A 2P9NB 3LM2A 3EKSA 4FWOA 4NO7A 3ZETA 1S22A 5AQIA 4BRPA 3BP8A 1ZBSA 5AQTA 2WUSA 3DXKB 2CH5A 4B1XB 4EAHD 3QBWA 1WOQA 1HLUA 4BG9A 5EVZA 4BRMA 3LM9A 3HM8A 4QS8A 4BC3A 3VF6A 2IVOA 4DCHA 3D2EB 4BR7A 1P8ZA 4CZHA 3U9DA 1IG8A 2CGKA 1J6ZA 4H0PA 2YJFA 1E4GT 2YHXA 2IVNA 5JLFA 4FOIA 4M63C 1GLCG 3U8XA 1SZ2A 4DHYA 2PBDA 5AFUH 2GUPA 1KAYA 2HOEA 4BR2A 4EFHA 1T44A 3QB0A 3SJHA 3KZBA 3MDQA 4H5TA 4CI6A 5AR0A 4WQ4C 4XH1A 2VWBA 3MK6A 4HTLA 3BF1A 4CBUA 1X3NA 3R6MA 5E26A 4XH4A 2YJEA 3ULEA 2A6AA 5KPRA 3MN6A 2FSNA 5AQGA 4EHUA 4B1WB 2H3GX 1C0GA 4MO4A 4BRFA 4IZ9A 3SMPA 3VESA 1H1VA 4JD2B 4BRNA 4CZKA 1GLJO 4FWRA 3MN5A 1G99A 1OKJA 3L4IA 2Q97A 4EHTA 2FF3B 4I6MA 1NBWA 2FLOA 4BVPA 2A42A 3ZEUB 3ATUA 4JHDA 4CZGA 5BN8A 1NGDA 3QICA 5FPEA 3UKUA 3D2FA 2IIRA 5KQDA 3MN9A 3EN9A 5AQKA 4ISEA 2GELA 1MA9B 4FO0A 5AQSA 2QWPA 3I8BA 4HWIA 2YHWA 3VERA 1QQMA 2A5XA 3O1WA 3H46O 4H5NA 3CJ9A 1V4SA 4JHDB 2Q1NA 3WXLA 5BPNA 3CJBA 2Q36A 1TYQA 4PL8A 4BVOA 3WUHA 1NGHA 1NGAA 3VEOA 4BQLA 5AQLA 4BRDA 1C0FA 3MCPA 2FSJA 2P9IA 1ZXOA 3FE1A 2GEMA 3U9ZA 4CD1A 5BRFA 4M7YA 3CJ1A 4NB4A 1GLFO 4K25A 2ZF5O 2DPNA 3L0QA 4B1YB 4IO8A 3WEEA 4BRGA 3HZ6A 3J8AA 5BRHA 1ATNA 4M7XA 2HF4A 3H3NO 2VYPA 5KQ8A 3UB5A 3VF4A 3CJCA 3EKUA 1K8KB 3M1FA 2YI1A 2UYTA 3LDNA 2CH6A 3FFKB 4A61A 2P9SB 1X9JA 1JCGA 2P9IB 3VPZA 3DXKA 3FZHA 3VEWA 3P4IA 3AARA 3F9MA 4QS9A 5KPTA 2E2QA 3FZFA 2KHOA 3TPQA 3WT0A 5BPLA 1YUWA 4E1JA 4BRHA 3VGLA 2NZTA 4BGAA 4FPBA 1YAGA 3VGMA 3RSEB 3R8EA 3CJ7A 5AQUA 4BR9A 4CZLA 5EY4A 3A8YA 3W0LA 4H0YB 1KAZA 3O8MA 1Q18A 4WQ5A 4ISFA 4FL9A 3H45C 5BREA 4IJNA 4JNEA 2HMPA 5LJVA 2ZWHA 4H5WA 3H3OB 3DJCA 3TU5A 3AAPA 4QS7A 3M3ZA 2GTDA 2FF6A 4BG8A 4BROA 2EWSA 3JXUA 2V7YA 4BGBA 2ZGYA 1LOTB 5F1XA 4CBXA 1RDWX 2E2PA 4BREA 4F9OA 4RCHA 5AQPA 4BRLA 3CETA 4GY2B 4CZFA 4O8KA 3I33A 4JD2A 2FSKA 3GL1A 1GLDG 1QZ6A 4JAXA 3U4LA 4FWNA 1XUPO 2E20A 4H5VA 3ZEUA 2F9TA 3ENOA 1ESVA 1MDUB 3B8AX 2A3ZA 3HBTA 4CZJA 1HKCA 2D4WA 1KXPA 1NWKA 1DKGD 3ID8A 2NRHA 4J8FA 4L3QA 1BG3A 1BUPA 2QWMA 3H1VX 2QWQA 2E2OA 1GLLO 3ZX2A 1TUUA 2E2NA 5ADXA 3L6QA 1NGIA 4K41A 2P9KB 4PKHA 1RFQA 5AZJB 2F9WA 2ASOA 2P9LB 1MWKA 2QWRA 4B9QA 1X3MA 3IFRA 5AQRA 3UKRB 3HSCA 4YDUA 1NGCA 1NGEA 1NGGA 1MWMA 2QWLA 4RWTA 1S3XA 4BRAA 1D4XA 3O4WA 1K8KA 2Q0RA 1XQSC 2W41A 1BU6O 4CJ7A 3IUCA 3CERA 3FZMA 2P9SA 5E84A 2BUPA 2QWNA 2V52B 3FR0A 4WQ4A 5F2RA 3WQUA 5AFUA 3VEZA 1RGIA 5AQQA 1QQNA 4BRKA 5BRDA 1BO5O 1R59O 1GLAG 5AZIB 1YXQA 3RSEA 2D0OA 3KHYA 4JN4A 1BOTO 3FZKA 2P9UB 1Y64A 4B1UB 3EZWA 1HPMA 1YVNA 5JLHA 2A41A 2E88A 4H0OA 2W40A 5LY3A 3H6EA 1GLEG 2CGJA 1U2VB 2OANA 4H0VB 4BR0A 1WUAA 3ENHA 2QWOA 5JICA 3A0IX 4CZIA 1BA0A 3EO3A 2QM1A 4A62A 2P9PB 5BPMA 4H03B 5AQXA 1BA1A 5LJWA 4A2AA 3G25A 1NMDA 4FWSA 2E1YA 5EXWA 3VEYA 4IJAA 1JCFA 2I7NA 1SAZA 3KVGA 2NLXA 2Q2RA 4H5RA 5TKYA 1U6ZA 2A40A 4BRCA 5ADXH 5AQVA 1Z05A 1BWFO 2I7PA 3BEXA 3CJAA 4B1ZA 3WXIA 1HJOA 1HKGA 2QXLA 3VEXA 3VETA 3MN7A 2QW9A 3QMLA 4IWVA 3LDLA 3DXMB 3CHWA 5I9EB 3SMSA 2J4RA 2AP1A 4FWMA 1HUXA 4BC2A 4DQ8A 3D7EO 3A5MC 2FXUA 5B8HA 3MMVA 3VENA 5FPNA 4FWLA 4K42A 5AQNA 2D1KA 3FZLA 1T6DA 3DWLA 3CQXA 5AQYA 4FSVA 1IJJA 1DGKN 3O80A 4BR5A 3WXJA 3O6WA 3GOIA 1LCUA 5FPDA 3A5NC 3CIPA 3CI5A 3LDOA 3ZETB 3EL2A 4YDUC 2P9KA 4O5FA 5AQMA 1GLBG 3R9PA 4EIAA 3O08A 3C7NA 3C0BA 5BN9A 2GWKA 4H0XB 1NGJA 4XH5A 4BRQA 5AZJA 2P9LA 4XEIA 1EQYA 4AM7A 1BDGA 3SK3A 3A5LC 4CD3A 2D0PA 4MO5A 1T6CA 3GE1A 3UKRA 1DEJA 4BR4A 1ATSA 1QQOA 3JS6A 3BUZB 3H1QA 2GWJA 3C7NB 3ATVA 1KAXA 3QDKA 3QBXA 3VF2A 4RTFD 4PKIA 4Z94A 5F0XA 3AAQA 4FWPA 2V7ZA 3UE5A 3WQTA 4AM6A 2YHYA 5KPZA 3FLCO 2ASPA 5AQOA 4WYBA 3IDHA 5EOYA 4MLHA 2AA4A 4IXCA 3ZX0A 4K43A 5EX5A 5AZIA 3VEVA 1NLVA 3ULEB 1TUYA 4C23A 1Z6RA 2P9UA 4BC5A 1CZAN 4CZEA 3QFPA 3ZX3A 1NGBA 3OHRA 2YCHA 5CE3A 3O1BA 2Q0UA 1XC3A 2V51B 1U2VA 4WQ5C 2IVPA 4BC4A 3QFUA 3CQYA 4I6MB 5AQFA 4PL7A 5JMVA 2HF3A 3GDQA 4FPAA 3GG4A 5FPMA 4ISGA 3M6GA 1HKBA 3A5OC 1QZ5A 1JCEA 1SQKA 3SLCA 3HTVA 3D2FB 5AQHA 3UKUB 2P9PA 3AY9A 5ELZA 5BR9A 5AQJA 4CBWA 4KBOA 1V4TA 3HI0A 3VOVA 3IMXA 4BQZA 1QHAA 3BF3A 1E4FT 2E8AA 1HX1A 3LL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L4QA 4LC9B 4BRIA 3VGKA 2ASMA 1IKWA 3O5BA 4FWQA 1ATRA 2ITMA 1TKZA 4Y0WA 3M8RA 3VTIA 4CJ3A 4IOCL 5AJ3K 3V9XA 2VCPA 1SKRA 5HRPA 2PAVA 4H0TB 3WEEB 3LP3A 1WSIA 4B1VA 3TANA 3ID6A 3JSMA 3W3DA 4BWMA 2E1ZA 3FGUA 4HUEA 2ZJPL 4AH9A 5MLCQ 3OBYA 1S22A 2WFBA 5AQIA 3AVFA 3BP8A 2JLEA 3WNEA 3O4QA 1VK0A 3C6AA 3SAFA 1IH7A 3E9OA 3QBWA 4FJXA 1HLUA 5IT9O 2KLAA 3TABA 2GV9A 2ZD1A 1QQCA 4DCHA 4BR7A 1P8ZA 3OYKA 2IAJA 1OVQA 3QEPA 4FOIA 1UOCA 1GLCG 3KLIA 4QCLA 3ZSVA 4BR2A 1HYSA 2HHVA 1N32K 3SJHA 1KC8O 3MDQA 5AR0A 4FXDA 1P90A 4CBUA 4CIFA 4XH4A 1W7AA 2A6AA 3QLHA 5KPRA 5DM6L 2FSNA 4XJXA 1Y97A 1VSMA 4EHUA 1VQMN 1UA1A 4IBNA 4MO4A 4CW7B 1LWCA 3ZT0A 4JK7A 4JRPA 3VQ4A 1C0MA 4FWRA 3MN5A 3L4IA 1C6VA 3VQ6A 1NBWA 1VQ5N 4JKGB 5JS2A 2KW4A 2PYJA 3THXB 3PSFA 3F5TA 3D2FA 3EN9A 2XO7A 3OYBA 2PY5A 1MA9B 1K8AO 4ELTA 4GKJK 2QWPA 1RTHA 2WC9A 3AO3A 3SAHA 1T03A 3VQ8A 4B9LA 4CVNE 5BPNA 1HJRA 4KRFA 1C1CA 1LWFA 4PL8A 2VG7A 1NGAA 3M8QA 4CF8A 5AQLA 2HVHA 4OLAA 2FSJA 1FK9A 4KHQA 1ZXOA 5E41A 3NH2A 5J1EA 3CJ1A 1TKDA 2DPNA 2JGUA 3NF6A 4B1YB 1HYVA 3TAFA 4OPHA 3WEEA 3DOLA 4DU3A 3CMEN 4NXMK 5KRTA 1K8KB 2YI1A 4DG1A 1NU0A 4FJ8A 3LDNA 4DU4A 2CH6A 1D9DA 4CECA 2P9IB 3SQ4A 1VQ4N 4FLTA 3MWPA 4QS9A 4NYNA 5KPTA 4E72A 2E2QA 2YX6A 2KHOA 4DKWA 1KFSA 4DR5K 4DQIA 4OX9K 1JXBA 3RSEB 3HOTA 3SPZA 3R8EA 4LF4K 3VQAA 3VQEA 4JI7K 1VSKA 4FM2A 4OGCA 2OPQA 1C1AA 4CJEA 3THVA 3S3MA 4LY7A 2I5JA 4LFAK 1XHZA 1NG9A 1IG9A 2HMPA 4FLYA 1RDUA 3AAPA 4QS7A 2EWSA 4N47A 3HPGA 3O3FA 2V7YA 4YOUA 4DSEA 3BZCA 4FJ7A 4KI6A 1NK8A 4GW6A 3PY8A 1BIUA 1FKOA 3NBPA 2NRVA 4CBXA 1RDWX 2E2PA 1B92A 3AO5A 4F9OA 4RW8A 5AQPA 3JAMO 3CETA 2IS3A 3OS2A 3SV3A 4O8KA 3I33A 4YOYA 1XWLA 1S9EA 3KTQA 4J2AA 1QZ6A 1VSEA 4JKGA 2W6LA 5M1QA 3TR8A 1JKHA 3P39A 3THXA 5CZ1A 4C8LA 2BE2A 1MDUB 3B8AX 2A3ZA 1YI2N 2QKKA 3O9RA 4CZJA 3CM5A 2D4WA 2EX3A 2VQFK 4CJTA 1DKGD 4I7FA 1Z25A 4L3QA 1CLQA 4OGEA 1BG3A 3MEGA 4DF8A 2QWMA 4F4KA 4I9LA 2QWQA 1GLLO 1TV6A 1TUUA 3ZX2A 4WFNL 1Q9YA 2YNFA 3HOSA 2X6SA 1U48A 4LF9K 5AZJB 2P9LB 4PUOA 3IKMA 3SPYA 3CCQN 4LSNA 1X3MA 4WCEL 3IFRA 4YDUA 4GV9A 3OYDA 4CK1A 3CCUN 4OO1J 1VQKN 1OVYA 4KHSA 4BRAA 3AVNA 1D4XA 1KVBA 1K8KA 3DLBA 4NCBA 2W42A 3FZMA 5F2RA 3P1GA 1OH5A 4WQ4A 3G71N 3MWTA 3P5JA 2DTUA 5AQQA 2OTJN 5HBMA 4BRKA 4O0IA 4FK4A 5BRDA 4CGJA 4JKBA 1EX4A 1YXQA 4DV7K 3AA4A 3RSEA 3OYIA 4KHNA 4OJRA 3ITHA 3H6EA 4CEAA 2CGJA 1ZBHA 4I2QA 4CF0A 1WUAA 1YTUA 3OYJA 3E9LA 1VQON 1KSPA 3SQ1A 2HNZA 3KJVA 5JICA 4HCCA 4CIGA 4YOTA 2P1JA 1NJWA 1S6PA 2QM1A 2HHXA 5BPMA 4IEIA 2R7YA 1SS6A 4A2AA 3HT3A 1TL3A 4DTMA 2E1YA 5GAEP 3VEYA 4DUYK 5HLFA 1JCFA 2I7NA 2HBMA 2QXFA 4N41A 2Q2RA 3CC7N 1ASUA 1U6ZA 1I94K 5ADXH 4EP4A 4IOAL 4E1NA 3ZSXA 3LPUA 1JLGA 3WXIA 2QXLA 3NGZA 5K14A 4B9NA 4CEQA 2QW9A 3QMLA 3WNHA 3AVLA 3CHWA 1D8YA 3BGRA 4DQRA 3A5MC 4WFAL 3VENA 1RT2A 4FWLA 1T6DA 3QEVA 3ENBA 5TKWA 3CQXA 3MX5A 1JLQA 3C6UA 2NRRA 4FSVA 4J2BA 3O6WA 1NKEA 3PX0A 3CI5A 3KKSA 3ZETB 4YDUC 4BE7B 3PX6A 3OYHA 4O5FA 1GLBG 3O08A 4LF6K 4H0XB 1NGJA 5AZJA 5KI6A 2P9LA 4XEIA 2YKNA 4KO0A 2FBTA 2UXDK 3GE1A 3C6TA 3G6EN 1YITN 1Z26A 2FBXA 1QQOA 4CHOA 2OYQA 1ITGA 1TK5A 1Q86O 2G8UA 4F2RA 3BUZB 3OS1A 2B5JA 3QDKA 3V6DA 5CR4A 4FLVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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