4JHDA

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdA03
3A0IX 5AR0A 4CI6A 1SZ2A 5LY3A 1TYQB 2W41A 3UKRB 3VF6A 5FPNA 2OANA 4FWMA 3JXUA 4M7YA 3FFKB 4WQ4C 1GLAG 3QFUA 1NM1A 3DXKA 1DGKN 3VETA 5AQNA 3A5LC 5KQ8A 2GUPA 1S3XA 2P9SB 2GELA 1KAXA 4BRHA 2Q0UA 5AFUA 4EFHA 3GOIA 4BRIA 4FWPA 2Q1NA 1XUPO 4BR7A 4BRGA 3A5NC 2QWOA 5BPMA 3R8EA 3MMVA 2ZGYA 2CGLA 1NGCA 2J4RA 1NGBA 5BRFA 2QWMA 3H45C 3IMXA 3S41A 5JLHA 3O08A 3BF1A 1BU6O 2FLOA 3ULEB 2CGKA 3LDNA 3O1BA 4BROA 3GBTA 3AARA 3MN9A 3EKUA 1LOTB 2P9SA 4IXCA 4PKIA 4C23A 1T6DA 3ZETB 4FWSA 2IVPA 4B1VA 4H0VB 2V52B 1BWFO 4FL9A 4J8FA 4FWRA 3EO3A 2E2PA 4GNIA 2P9UB 1NWKA 5AZIB 1ESVA 1G99A 3M6GA 3MN6A 5AQTA 1ATRA 2V51B 4JN4A 4PL7A 1MWMA 3CJAA 5BRDA 1Y64A 4HTLA 3FZMA 4HWIA 1GLCG 4WYBA 1IJJA 4A62A 2AA4A 4BVOA 2FXUA 1ZXOA 1DEJA 1ZBSA 2E1ZA 3OHRA 1QHAA 1T6CA 3QB0A 3ID8A 1XQSC 3O80A 2BUPA 2V7YA 1LCUA 5BPNA 5AQSA 4CZKA 4H5TA 2GWJA 2W40A 3WQUA 4H0XB 2AP1A 2YJEA 4EHTA 4PKGA 4IO8A 3VGMA 3ZETA 3DJCA 3CQXA 2P9PA 3FGUA 2D0OA 2A6AA 1OKJA 2I7NA 2E2NA 4QS7A 1NGGA 1YAGA 2P9UA 1S22A 3J8AA 5E84A 1V4TA 2FSKA 3HBTA 3QMLA 4H0TB 1SAZA 2IVNA 2Q31A 3U9ZA 4BRFA 5AQKA 3SMSA 3A5OC 4FO0A 3IFRA 3CQYA 3VF2A 1GLEG 3ZEUB 1HKBA 2HF3A 4DB3A 2D0PA 4A61A 2FSJA 1T44A 1QQMA 3L6QA 4K43A 3R9PA 4FOIA 1HLUA 3FZFA 5JMVA 4IZ9A 4NB4A 3LDPA 3WEEB 3BUZB 2CH6A 4H5NA 4L3QA 4DQ8A 3IDHA 1U2VB 5TKYA 3AAQA 3AY9A 2NRHA 4BR4A 1P8ZA 3FZKA 5EVZA 2NZTA 2FSNA 3LM2A 2VWBA 4BRCA 2Q0RA 3EKSA 1YVNA 4H5VA 1JCFA 3I33A 1KXPA 3WQTA 5EXWA 3ZEUA 5F0XA 4B1YB 3U9DA 3FZHA 3GG4A 2YJFA 4I6MB 1GLJO 1NGFA 2H3GX 5AQIA 3VEVA 2PBDA 1ATSA 5ELZA 2IVOA 3M3ZA 5LJWA 1GLFO 3CJ9A 4B1WB 3IUCA 3U4LA 1C0FA 3CIPA 3VEZA 4EIAA 2QM1A 3KHYA 2P9IB 3WEEA 1YUWA 1YXQA 2ZGZA 1TYQA 1U2VA 2D4WA 2QWNA 3O6WA 3UKRA 5KPTA 4BRQA 3L4IA 4M7XA 4BR9A 3VERA 1X3NA 2UYTA 3HSCA 5AZJB 2YCHA 3A8YA 4CZHA 2A42A 3TPQA 4B1ZA 4WQ5A 2FF6A 3H6EA 1GLLO 4I6MA 4MLEA 4O8KA 1K8KB 3CJ1A 2VCPA 3EL2A 5AFUH 4BC3A 2GWKA 5AQGA 3QBWA 4CZJA 2Q2RA 3LDQA 1NBWA 2P9IA 2HF4A 3A5MC 4KBOA 3RSEB 4BRAA 4Y0WA 5AQPA 3ZX3A 5KQDA 2A41A 3P4IA 1NLVA 2YHYA 3O5BA 5EX5A 4BRMA 3VGLA 4YDUA 5AQWA 3CJ7A 5AQHA 5EOYA 4A2AA 2F9TA 4BRDA 4CZGA 2QWPA 2ITMA 4CZFA 1EQYA 2P9KB 4GY2B 1MA9B 3WXJA 1Z05A 3LDOA 3VEXA 3TU5A 3WT0A 3VEWA 4WQ5C 3GE1A 1KAYA 3W0LA 1K8KA 2KHOA 3O4WA 5AQXA 3ULEA 3VESA 4FPBA 1C0GA 4B1UB 4MO5A 3GL1A 4BR2A 5AQUA 3QFPA 5FPEA 5AQFA 4K41A 3AAPA 3HTVA 4FWKA 3MDQA 5JLFA 1H1VA 3ZX2A 3QICA 2P9NB 3RSEA 4A2BA 5AQJA 4CZEA 2E1YA 4BRKA 4B9QA 3G25A 4CD1A 3CETA 5BRHA 5F2RA 5AZIA 1V4SA 3D2FB 3H3OB 3D2EB 3ATVA 4O5FA 4BR5A 3U8XA 1BO5O 3CERA 4YDUC 2ZF5O 2ZWHA 1NGEA 3VGKA 4H5RA 3L0QA 3DXMB 3H3NO 4JHDB 5ADXA 3SLCA 1NGAA 1NGIA 3UKUB 3FE1A 3KVGA 3LM9A 1NGJA 2QXLA 2FF3B 3B8AX 1ZC6A 1HKCA 1KAZA 1J6ZA 3DAWA 1HPMA 4ISFA 2YHXA 1GLBG 1MDUB 2P9NA 2E88A 4BQLA 2F9WA 5E26A 2A5XA 5ADXH 4CZMA 2NLXA 3H1VX 5EY4A 2QWRA 2EWSA 3MCPA 1TUYA 3MK6A 4H5WA 1E4FT 2YI1A 4Z94A 4H0YB 1HJOA 4JHDA 4PL8A 4MLHA 1X9JA 4BVPA 4FWLA 1D4XA 1Z6RA 4BC4A 3UKUA 4DHYA 1QQNA 3WXLA 4BREA 4IWVA 1QQOA 4JAXA 2A3ZA 2E2OA 4H0PA 4CZLA 3FLCO 3ENOA 3GDQA 3ATUA 2HOEA 4IJAA 4XH5A 4BRLA 4BC2A 3ZX0A 3VEOA 2WUSA 4M63C 4FSVA 3M1FA 2GTDA 3HZ6A 2E8AA 3WXIA 3SK3A 1BA1A 3UE5A 1IG8A 4QS9A 1XC3A 4RTFD 3SJHA 4RWTA 1QZ6A 5AQLA 2VYPA 3WXKA 3FR0A 3LL3A 3EZWA 3CHWA 1DKGD 3BEXA 5BR9A 4ISGA 5F1XA 4FWNA 1JCEA 1BDGA 4LC9B 3KZBA 1BA0A 1MWKA 3BP8A 3UB5A 4FPAA 2HMPA 1U6ZA 5I9EB 1WUAA 3FZLA 4F9OA 1X3MA 2PAVA 2E2QA 1HUXA 1HX1A 2ASOA 5KPZA 2YHWA 3O1WA 3D7EO 5AQQA 5FPMA 1WOQA 4EHUA 4CBXA 2Q97A 2D1KA 2BTFA 3CJBA 4BGAA 4XEIA 4AM6A 4BRPA 4PKHA 5AZJA 3VENA 4RCHA 2Q36A 2CGJA 5AQVA 5AQYA 5FPDA 2ASPA 5AQOA 3VPZA 2QWLA 2I7PA 2P9LB 5BREA 2CH5A 2P9PB 3HM8A 4BRNA 2QWQA 4BC5A 1QZ5A 3MN5A 1CZAN 4K25A 3VEYA 4BGBA 5B8HA 3EN9A 3C7NB 3DWLA 4BR0A 3WUHA 1E4GT 1GLDG 1JCGA 5AQMA 1Q18A 4CBUA 1HKGA 4FWQA 1NMDA 4AM7A 5BN8A 2ASMA 1RDWX 4FWOA 3CI5A 4B1XB 3H1QA 3CJCA 4ISEA 1RGIA 1ATNA 1R59O 4XH4A 4CBWA 5BPLA 4QS8A 4NO7A 4XH1A 2P9KA 3F9MA 2A40A 4H0OA 4MO4A 2E20A 5AQRA 3BF3A 2P9LA 3C0BA 4JD2B 5AQZA 2V7ZA 4BQZA 1NGHA 1SQKA 4E1JA 5JICA 3VOVA 4EAHD 4IJNA 3C7NA 3QDKA 3ENHA 1NGDA 4FOEA 3O8MA 4K42A 4DCHA 3HI0A 3H46O 1BOTO 4H03B 4WQ4A 5CE3A 3SMPA 4BG9A 1BG3A 3JS6A 3D2FA 3D2EA 4BG8A 4CJ7A 3LDLA 1BUPA 3VF4A 3QBXA 5KPRA 2QW9A 3DXKB 1TUUA 3DXMA 1RFQA 3R6MA 5LJVA 2IIRA 2DPNA 3I8BA 4JNEA 4CZIA 3W3DA 4JD2A 4CD3A 2GEMA 3MN7A 5BN9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLYA 1C1BA 5HRSA 3THWA 3A0IX 4CI6A 1JJ2M 1SZ2A 2HMIA 4CERA 3UKRB 2Y1JA 3VF6A 1YJWN 4B9UA 3AO4A 3TTCA 4AHCA 3CM6A 3THYB 4M7YA 4CCHA 4FJ9A 3FFKB 1S72N 3HPHA 3QIPA 3I0RA 2QXFA 1IKVA 1VQ8N 4GW6A 5GAEP 2IC3A 1KFDA 3VN5A 4B08A 5HRRA 3CM5A 3VETA 4DTUA 5AQNA 1D9FA 4BDYA 3NGIA 1M1KO 1KCFA 1VQLN 4OVLA 1WAFA 4BRHA 2BGGA 3NVMA 3LWLA 3OYNA 3S3OA 4AHUA 1X9MA 3OYHA 2HVIA 4BRGA 4E72A 2ZGYA 4F4KA 4CF8A 1REVA 2J4RA 4DR5K 2HBLA 2QEXN 1VK0A 2NRZA 3H45C 4CJUA 3JYTA 1NJZA 3AVLA 3BF1A 2FLOA 2CGKA 3O1BA 5C2FA 3AARA 2YHAA 4GVMA 1LOTB 3ZSOA 4C23A 3ZT2A 1T6DA 3V1RA 2YV0X 4B3OA 4CGDA 4H4MA 4CHYA 1IBMK 5JS1A 3L3UA 2V52B 1BWFO 4FM1A 4CFAA 2O4GA 3R1XA 4FWRA 1D8YA 1TGOA 2P9UB 1ESVA 3L2UA 3M6GA 3TSUA 3NVKA 4JKHA 3O3GA 2KFNA 1UAXA 3CJAA 4O44A 4HTLA 4CEAA 3HPOA 1NK7A 1CLQA 3AGKA 1EO1A 4BVOA 2FXUA 3QB0A 1DEJA 1ZBSA 2E1ZA 1QHAA 3ID8A 1XQSC 3O80A 2IS3A 3TSPA 4YOUA 2ETJA 2W40A 2X6SA 3QERA 2NRTA 4IOCL 2AP1A 2YJEA 4EHTA 3ZETA 3DJCA 4CHOA 4CJPA 4KREA 3KWIA 4DMNA 1JLAA 3FGUA 3C6HA 1NGGA 3J7AP 2WC9A 3J8AA 4LF5K 1V4TA 2FSKA 3B6PA 3T7ZA 1KVCA 3OJSA 2Q31A 1U4BA 4CJ5A 4FO0A 3IFRA 4KH4A 3WNHA 2ZQBA 1IV0A 3ZEUB 1BHLA 1HKBA 3M8PA 1IBLK 2ZE2A 3AV9A 2HF3A 5DMRA 1NG9A 2UUBK 1KTQA 4CF0A 4CF1A 1T44A 4BACA 5HOOA 3T1HK 3IKMA 4O8UA 4LFBK 1VQ9N 3NFAA 1ASWA 1RT6A 4K43A 4DSKA 3FZFA 4OPKA 4IZ9A 3WEEB 1OH5A 2CH6A 2WTUA 4PWDA 4BE7B 3HPGA 1JLEA 1D9DA 1BI4A 3FZKA 1VQON 2VWBA 2Q0RA 3ITHA 3HL8A 1EKEA 5C25A 5J2QA 3U9DA 1IKWA 3SPYA 2G8HA 4CJVA 4I6MB 1Z26A 4CEDA 5AQIA 3VEVA 2PBDA 4FVMA 2ZJQL 3MXJA 4RW8A 2O8BA 2IVOA 5LJWA 1GLFO 4C1NK 2NRVA 3K5LA 3U4LA 4E3SA 3KHYA 2P9IB 4UY8O 2HSTA 1JLFA 3KD1E 3O4NA 2D4WA 3CYGA 3L4IA 3HSCA 5AZJB 3OYCA 3T1YK 1RT2A 3QETA 1NK8A 4W5OA 1T7PA 2NNWA 4HUEA 5GAGP 3QEXA 4DFKA 4E7IA 1VQKN 5AJ3K 3NMUA 5GINA 2VCPA 2HBMA 3J7YP 4DU3A 3EL2A 3QBWA 4HCBA 4IDHA 2VG6A 4CZJA 2Y1IA 1UWBA 4YOTA 1NJIO 4CGHA 2RKIA 1N33K 1ZBUA 2QKBA 3V9WA 5HROA 4BWMA 4Z4GA 3O5BA 5EX5A 4BRMA 4KHSA 3KKRA 4M42A 5DK5A 4YDUA 3CJ7A 3K5NA 4DV0K 3T3FA 2F9TA 3HVRA 2ITMA 3E1YA 1Z05A 3AVJA 3LDOA 1N8RO 3VEWA 1S6QA 1SKRA 1I39A 1KAYA 4IO9L 2Z1IA 3O4WA 3ULEA 5J1EA 4FPBA 4I2QA 1C0GA 2DFFA 1YVUA 5BR8K 3QFPA 5FPEA 2DTUA 1H1VA 3ZX2A 5AQJA 5HLFA 4CZEA 3THVA 4MDAA 3E9PA 1TAQA 4DU1A 5F2RA 1V4SA 3D2FB 3D45A 3TI0A 4CEZA 3PSFA 1XWLA 3TR8A 4YDUC 4KHYA 3SYZA 3P38A 4I9QA 1M90O 3WNEA 3DXMB 4ELTA 3SLCA 3KIOA 1NGAA 1NGIA 4LSNA 1TKTA 3B8AX 3DM2A 2YNFA 1HKCA 4OX9K 2HHWA 4CE9A 4DV7K 3DLBA 4OPAA 2HHSA 3THWB 4ISFA 1GLBG 3LDSA 5CZ1A 2P9NA 2Z1HA 3P31A 3TSQA 5E26A 5GIPA 1ZBFA 3VQ8A 2A5XA 4AHRA 5SZTA 3H1VX 2W6KA 5EY4A 2R7YA 4IKFA 5M1NA 4F2RA 4Z94A 2P5GA 1HJOA 4JHDA 4PL8A 4MLHA 2PY5A 1D4XA 3UKUA 2NRWA 3AO1A 4BREA 1NU0A 1VSMA 1JL2A 5HL7L 1YIJN 4Z4FA 1ASUA 2OPSA 3J80O 3AVKA 2HOEA 3VEOA 1QSSA 2WUSA 4FCYA 3VTIA 2HBJA 4OGCA 3VQ4A 3HZ6A 3CCUN 3QEPA 3WXIA 1HYZA 1RBTA 3UE5A 4O55A 4DR4K 2OCEA 1QZ6A 2VYPA 4DR2K 3AVBA 1XC9A 3KK3A 4PA1A 4E7KA 2KKZA 4DSFA 1C0MA 4CHQA 1VQ5N 4CGGA 5BR9A 5F1XA 5HBMA 3M8RA 3KTQA 1FK9A 1BDGA 1Q81O 4LC9B 4CJLA 4FJ8A 3VMFB 1BA0A 3NCIA 3CFOA 1OVYA 2HMPA 4LH5A 2HHTA 3MWTA 3OA9A 3RMDA 3L2QA 2E2QA 4YORA 4CFBA 1HX1A 2ASOA 3AVCA 3O1WA 5AQQA 1VSEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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