4JHDA

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 124
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H7 (335-337)EMPTYAH2 (79-93)S1 (8-12)S6 (65-68)TVIII2 (69-72)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)TII1 (21-24)S3 (29-32)3H1 (62-64)TIV3 (47-50)O1 (32-34)TIV5 (76-79)AH1 (56-61)S5 (53-54)TIV4 (71-74)S7 (71-72)3H2 (98-100)TVIII3 (129-132)S10 (131-136)S9 (102-107)TIV6 (108-111)AH3 (113-126)3H9 (367-372)S19 (357-358)TI6 (352-355)AH4 (137-145)AH10 (289-295)S12 (160-166)TI1 (156-159)S11 (150-155)S14 (176-178)O2 (178-180)AH9 (274-284)TIV7 (165-168)S13 (169-170)3H3 (172-174)AH5 (182-196)AH6 (203-216)S16 (247-250)TI2 (234-237)TVIII4 (220-223)3H6 (302-304)TII2 (306-309)AH7 (223-232)TI3 (242-245)S15 (238-241)AH8 (252-259)3H4 (260-262)TI4 (286-289)S17 (297-300)AH11 (309-319)TIV8 (322-325)S18 (329-330)TI5 (332-335)AH12 (338-348)3H8 (350-352)AH13 (359-365)S4 (35-38)S8 (75-76)3H5 (264-267)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdA03
1DEJA 4QS9A 3LDNA 3O1WA 3GL1A 1GLFO 1ATSA 3WXIA 4WQ5A 1RGIA 4PKGA 2A42A 3FGUA 2UYTA 1H1VA 2V7ZA 5BR9A 3H3NO 2PAVA 3DXKB 3SK3A 4FWKA 5EX5A 3QBXA 3ZETA 4H5WA 4B1UB 5BN8A 4BRLA 4WQ4A 2ZF5O 2ASPA 1HJOA 1GLDG 4A61A 2P9KB 4XH4A 4BC5A 4LC9B 3AARA 2V7YA 1BOTO 3VEOA 3EL2A 3H1QA 2F9WA 3CJ9A 1E4FT 5AQYA 5FPMA 2P9IB 4RCHA 1KAZA 1E4GT 3ZX0A 3WUHA 2Q0UA 2W40A 1WOQA 3DXKA 1EQYA 3UKUB 1BUPA 1ATNA 1MWKA 3LM2A 1T44A 3FZMA 3KZBA 1QQMA 3FZLA 3CETA 3C0BA 5EXWA 2E1YA 4KBOA 4A62A 1OKJA 4FO0A 1BA1A 3GG4A 4FWNA 1ZC6A 1GLAG 3QICA 1XUPO 4FWLA 4BC3A 2KHOA 5AQNA 3GE1A 5F1XA 4BRMA 4BR4A 4EIAA 3R8EA 3D2EA 4RTFD 4FWQA 3U8XA 4EFHA 3M1FA 4FWRA 3VENA 2YHYA 3O4WA 5AQXA 1HKCA 4BVOA 1ATRA 2W41A 3MN5A 3D2FB 2WUSA 1Z05A 5AZIA 3HI0A 5JLHA 5AQUA 2NRHA 4BRPA 3VF6A 3G25A 4WQ4C 5AQVA 1NM1A 2Q1NA 3JXUA 4IJNA 4M7XA 4CZFA 1S22A 2Q97A 4B1YB 3HTVA 4H0TB 5E84A 4BROA 2IVPA 3R6MA 1DGKN 5AZJB 4CD1A 4DCHA 5JMVA 1G99A 4L3QA 2HMPA 4BC2A 3WQUA 1K8KA 3U9DA 3MMVA 4CZHA 4BR2A 2NZTA 3ULEB 4EAHD 2PBDA 3VETA 1MDUB 2D0PA 2HOEA 5KPZA 1XQSC 4IZ9A 2I7PA 2Q31A 5AZJA 1NBWA 4JAXA 1SZ2A 3KHYA 4Z94A 4NO7A 3H1VX 3U4LA 5AQWA 2YJFA 1NGJA 2I7NA 5F0XA 3AY9A 4BR0A 3ZETB 2P9UB 4AM6A 1ESVA 3VEYA 3CJBA 4BR5A 3A0IX 4BRGA 3LDQA 3EO3A 1Q18A 3WXJA 1LCUA 3OHRA 1HPMA 4YDUA 5BPNA 3H3OB 4FPBA 2E2PA 3MN7A 5AQZA 3WEEA 3A5NC 4PL7A 1NGDA 3ID8A 2FSNA 3BF1A 1SAZA 4CZIA 1GLEG 3SLCA 2VCPA 2QWMA 2P9UA 4IXCA 2Q2RA 4FWPA 1LOTB 4O8KA 4A2AA 3I33A 3W3DA 5E26A 2BTFA 3DWLA 5AQTA 4BRNA 1QQOA 4BREA 5TKYA 3MK6A 5AQMA 3DXMB 4DB3A 5AQSA 1R59O 3FZFA 3L4IA 3HM8A 1T6DA 1U6ZA 1NGGA 2QWQA 4WYBA 5BRFA 1NGFA 1GLJO 1HUXA 2Q0RA 5ELZA 2FF3B 2E2QA 3BP8A 5AQFA 3D2EB 3LDLA 2QWOA 1YAGA 4FWMA 2CGKA 3LDOA 3RSEB 4CZKA 1BG3A 4BRKA 3VEWA 4CD3A 3EKUA 5AQOA 5EY4A 2P9SB 2YHWA 3CERA 3DXMA 4HTLA 3GOIA 4H5TA 3WXLA 5I9EB 4H0VB 5AQKA 1V4SA 3BEXA 4RWTA 3VESA 5JLFA 5AZIB 3H45C 4FWOA 1JCGA 4BG8A 4MO4A 4PL8A 1P8ZA 4JNEA 3ATVA 5EVZA 2VWBA 2QWPA 4BRCA 4CI6A 3VGKA 3I8BA 1NGAA 4BC4A 3ZX3A 3LDPA 3RSEA 3IFRA 4BR9A 1BWFO 4K41A 3VEZA 5BRDA 3H6EA 2P9SA 4WQ5C 4YDUC 2D0OA 1TYQA 3D7EO 1X9JA 3FR0A 5AQLA 4CZLA 1NLVA 1NWKA 1NGEA 3UB5A 3WXKA 4BRHA 1DKGD 4EHTA 2QWLA 1NGIA 2IVNA 1K8KB 1T6CA 2D1KA 3BF3A 4H0XB 4H5RA 2H3GX 3AAPA 1S3XA 1WUAA 3QBWA 4H0PA 2VYPA 3W0LA 3IUCA 1X3MA 3O6WA 2QM1A 4GY2B 4CZJA 3QDKA 3SJHA 4BRQA 2P9LB 3TU5A 4HWIA 2E88A 4DHYA 4I6MA 4GNIA 2EWSA 5KPTA 2V52B 5AQJA 2QWRA 4BR7A 2QXLA 3IMXA 3CJ1A 2AP1A 5ADXH 3S41A 5FPDA 5KQ8A 3CHWA 4CBWA 3UE5A 2HF4A 4FOIA 1KAXA 4B1VA 5B8HA 3HBTA 1TUYA 3O80A 2P9LA 3C7NB 3A5LC 3WEEB 1GLCG 4IWVA 4DQ8A 5BPMA 3KVGA 4H0OA 2IIRA 5ADXA 5CE3A 4MO5A 3WT0A 4B1XB 1HLUA 1Y64A 1NMDA 3F9MA 3QFUA 1QQNA 2FSJA 4FOEA 2CH6A 3VGMA 1Z6RA 3LL3A 2ASMA 4CZMA 1ZXOA 2OANA 3ENOA 5BRHA 2A3ZA 2ZGYA 1RDWX 1U2VB 5BREA 2AA4A 3GBTA 2NLXA 1TUUA 2GEMA 2E1ZA 3VF2A 3C7NA 4CBUA 1X3NA 4FL9A 3QMLA 2CGLA 2P9NA 3DJCA 5AQPA 4FSVA 4IO8A 3VF4A 4JHDA 2A41A 5F2RA 5AFUA 4NB4A 4ISGA 4BRIA 3O1BA 5JICA 4JD2B 2GELA 1NGBA 3EZWA 3VEXA 1U2VA 3LM9A 2V51B 1CZAN 1XC3A 2YJEA 2CH5A 4C23A 1IJJA 3WQTA 4BG9A 4CZGA 2QW9A 3L0QA 3FZKA 3CIPA 5BPLA 2GWJA 2A6AA 4CJ7A 5AQGA 1SQKA 3P4IA 4BVPA 1C0GA 2ZGZA 3ENHA 4M63C 5AQRA 3CQYA 1BDGA 2A40A 3CQXA 4JD2A 4AM7A 4MLHA 3IDHA 3GDQA 4BRFA 1TYQB 4PKIA 4BRAA 1YXQA 3VGLA 1KAYA 3VERA 4BGAA 1JCFA 1GLBG 4EHUA 1BA0A 2FSKA 4K42A 2YHXA 1C0FA 3DAWA 4H03B 3O8MA 4K43A 2FXUA 3MN9A 3R9PA 1BU6O 3CJAA 1BO5O 2P9KA 3MCPA 3L6QA 2ZWHA 2QWNA 5LJVA 4CBXA 1GLLO 4MLEA 2GWKA 4BRDA 2FLOA 2Q36A 5BN9A 3MN6A 2P9IA 4F9OA 2E2OA 2GUPA 1HKGA 1QZ5A 1ZBSA 5FPNA 4I6MB 3HZ6A 4XEIA 1JCEA 3TPQA 3UKUA 4CZEA 2ITMA 2GTDA 4XH1A 3VEVA 3QFPA 3EN9A 1D4XA 4FPAA 2CGJA 3M3ZA 3HSCA 4H5NA 4O5FA 2ASOA 2J4RA 1KXPA 2IVOA 5AQHA 3FFKB 4A2BA 4PKHA 3CI5A 5FPEA 1NGCA 2BUPA 2E2NA 3M6GA 1J6ZA 1QHAA 1IG8A 4FWSA 3A8YA 3FZHA 2DPNA 3U9ZA 3ATUA 4H5VA 3AAQA 3UKRB 3FE1A 4B1WB 3EKSA 2A5XA 3A5MC 1YUWA 3BUZB 3VPZA 1NGHA 3D2FA 4XH5A 3O08A 3ZEUB 3CJCA 2E8AA 3SMPA 2YI1A 4BGBA 2P9NB 2FF6A 3B8AX 1HKBA 2HF3A 4B1ZA 4JHDB 2P9PB 1MA9B 3SMSA 1HX1A 3MDQA 4IJAA 4JN4A 1V4TA 3UKRA 1YVNA 4ISEA 3O5BA 5LY3A 3H46O 5AFUH 5LJWA 3A5OC 4BQZA 2E20A 3ZEUA 4BQLA 4H0YB 1QZ6A 3ZX2A 3QB0A 5AQIA 1RFQA 4Y0WA 3CJ7A 4E1JA 3FLCO 4B9QA 2F9TA 2YCHA 4ISFA 4J8FA 5AR0A 2D4WA 4QS7A 3VOVA 1MWMA 5KPRA 5EOYA 4QS8A 2P9PA 4M7YA 5KQDA 5AQQA 4K25A 3ULEA 3J8AA 3JS6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5NA 3NGIA 2UUCK 2AJQA 4LF8K 3OYDA 3WXIA 3VQ9A 4HUEA 4A5BA 4YOYA 3TAQA 2DY4A 1BISA 4UY8O 3H3NO 1QQCA 4FWKA 4N56A 5M1NA 1S1XA 1ASWA 1WAJA 4WQ4A 4FCYA 2ZF5O 3KK1A 4FYDA 4DG1A 4A61A 2G8IA 3AARA 3VEOA 4QAGA 3S3NA 1WB9A 3H1QA 3SBGA 1E4FT 1NK7A 3KK3A 2P9IB 4HVJA 2O8BB 2HHIA 1D8YA 3MXJA 3ZX0A 3WUHA 2Q0UA 2DFHA 3CFRA 3G71N 1WOQA 3K5LA 4DSEA 4TSXA 1IBKK 3EY1A 3AVBA 3THVA 4NXNK 1ATNA 4CFCA 1YVUA 1VQ8N 1T44A 1TK5A 1L3SA 3FZMA 4DF8A 1HNXK 3E9OA 5C2DA 3C0BA 4NLCA 2JWKA 2HBJA 1BA1A 1WSEA 4B3SK 3QICA 4I7FA 1XUPO 4FWLA 5I42A 3GE1A 4CESA 1QE1A 3KLHA 3T1HK 3V1RA 4KFBA 1NJYA 2HHTA 2YHYA 4CEBA 1RT4A 2Q3SA 4IFYA 5AQXA 4BVOA 3OS0A 3MN5A 4Z4FA 4KHYA 1VSHA 3CFPA 3ZSOA 2ZJPL 4B9MA 2QEXN 3IRXA 4DV3K 2KFZA 3VQAA 3RVCA 1VQMN 4LFBK 4WQ4C 4F8RA 5AQVA 1RDUA 4IJNA 4CZFA 4RG8A 5J2QA 3C6HA 3V1OA 3CQ8A 3P83D 2YNGA 4CD1A 4DCHA 1KVAA 4DSKA 4Z0UA 4DFPA 3CYMA 3AVIA 1RDCA 3LP0A 3T7ZA 1N33K 4CZHA 4BR2A 3ULEB 1IH7A 4M3WA 3HO1A 3BGRA 2HOEA 5KPZA 5JVGL 1NKBA 4HCBA 4JAXA 3ZLJA 3KHYA 2JWLA 4NO7A 3NF9A 3NF8A 3H1VX 3U4LA 4KB0A 1NGJA 4IG0A 3PUFA 3ZETB 1ESVA 4BR5A 1QVFM 3CYGA 4RW7A 3SBTA 3VQBA 4CEEA 1C0MA 3WXJA 3SUPA 1NJXA 1HPMA 5BPNA 2RKIA 5FLXO 2E2PA 2YV0X 4KH6A 3A5NC 1SUQA 4B3MK 3ID8A 3BF1A 1RTIA 4CZIA 2QKBA 1TAUA 4DR4K 3VQCA 4FWPA 1JKHA 1NJZA 1LOTB 2NRWA 2FBXA 3E01A 3W3DA 4W5TA 4CF8A 2O8EA 4AHSA 3SPZA 3DWLA 5AQTA 4R5PA 4DQPA 1T8EA 3M8RA 3HYFA 2X6SA 3MK6A 4YY3K 4B9TA 3K57A 5M1OA 2QI2A 1R59O 3L4IA 3OYCA 4FJXA 1U6ZA 4DKWA 2QWQA 3B6OA 4WYBA 3OYAA 3WNHA 5BRFA 1NGFA 1GLJO 5LMNK 1VSLA 4KHWA 1YI2N 5HLFA 3S3OA 2EHGA 1YAGA 3LDOA 4FM2A 5AQOA 4E3SA 5EY4A 2P9SB 3DXMA 1KD1O 4HTLA 3GOIA 5I9EB 4H0VB 4E7KA 3IAYA 2KQ2A 1V4SA 4DLEA 5AZIB 2ITGA 1FJGK 2OPQA 3LWMA 4JNEA 3DRRA 2O4IA 4I9LA 4CJUA 3VGKA 3RSEA 3OYBA 3PSIA 4NXMK 3VEZA 4YOVA 3H6EA 4W5OA 2F8SA 3SYZA 1TYQA 3TAFA 1QS4A 3FR0A 1TL3A 5AQLA 1KSPA 4YFUA 1DKGD 2BE2A 2ZQBA 4CHPA 3OS2A 1WBDA 1BHLA 1NGIA 4LFAK 3QLHA 3T1AA 2IVNA 4GVMA 3THWA 4W5RA 3BF3A 4H0XB 3QEVA 2H3GX 4M3RA 3AAPA 2ETJA 4DWIA 4KHUA 3QBWA 1L3VA 3L2UA 4BDPA 3LWLA 3J81O 2WFBA 4DTNA 4M3XA 3SJHA 4BRQA 4HWIA 4DHYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4W5N A;  3NGI A;  2UUC K;  2AJQ A;  4LF8 K;  3OYD A;  3WXI A;  3VQ9 A;  4HUE A;  4A5B A;  4YOY A;  3TAQ A;  2DY4 A;  1BIS A;  4UY8 O;  3H3N O;  1QQC A;  4FWK A;  4N56 A;  5M1N A;  1S1X A;  1ASW A;  1WAJ A;  4WQ4 A;  4FCY A;  2ZF5 O;  3KK1 A;  4FYD A;  4DG1 A;  4A61 A;  2G8I A;  3AAR A;  3VEO A;  4QAG A;  3S3N A;  1WB9 A;  3H1Q A;  3SBG A;  1E4F T;  1NK7 A;  3KK3 A;  2P9I B;  4HVJ A;  2O8B B;  2HHI A;  1D8Y A;  3MXJ A;  3ZX0 A;  3WUH A;  2Q0U A;  2DFH A;  3CFR A;  3G71 N;  1WOQ A;  3K5L A;  4DSE A;  4TSX A;  1IBK K;  3EY1 A;  3AVB A;  3THV A;  4NXN K;  1ATN A;  4CFC A;  1YVU A;  1VQ8 N;  1T44 A;  1TK5 A;  1L3S A;  3FZM A;  4DF8 A;  1HNX K;  3E9O A;  5C2D A;  3C0B A;  4NLC A;  2JWK A;  2HBJ A;  1BA1 A;  1WSE A;  4B3S K;  3QIC A;  4I7F A;  1XUP O;  4FWL A;  5I42 A;  3GE1 A;  4CES A;  1QE1 A;  3KLH A;  3T1H K;  3V1R A;  4KFB A;  1NJY A;  2HHT A;  2YHY A;  4CEB A;  1RT4 A;  2Q3S A;  4IFY A;  5AQX A;  4BVO A;  3OS0 A;  3MN5 A;  4Z4F A;  4KHY A;  1VSH A;  3CFP A;  3ZSO A;  2ZJP L;  4B9M A;  2QEX N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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