4JHDA

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdA03
2P9UA 4CZGA 4YDUC 5EXWA 3HM8A 1ZBSA 3B8AX 3EZWA 1G99A 4BGAA 1NGGA 5AQNA 3ZEUA 1MDUB 4PL7A 5AR0A 1NMDA 1NGEA 4H5RA 4XH1A 5TKYA 3H3NO 5KQ8A 2A42A 2P9SB 1TYQB 4EAHD 1C0FA 1RFQA 1R59O 3HBTA 2P9IB 4K42A 1S3XA 4BRMA 3U9ZA 2NLXA 2FF3B 3GDQA 3D2EA 3IDHA 3GBTA 4B1YB 5BPLA 1ZC6A 4IXCA 2CH6A 5JICA 2E20A 1BA1A 3GL1A 2E2NA 3W0LA 3FGUA 3ENOA 3WXKA 4WQ4C 3U4LA 5AQLA 2F9TA 2D0PA 4BR9A 4BG9A 1T44A 3VEZA 1GLAG 5EVZA 4I6MB 4H03B 1XQSC 3DXMA 4EFHA 1NGJA 1S22A 2YHXA 4AM6A 4CBXA 4CZIA 1NM1A 1U2VB 2VYPA 4BRPA 4PKGA 1KAZA 4YDUA 5BPMA 1IJJA 1BDGA 3BEXA 3EL2A 4CZKA 4DQ8A 1OKJA 3CERA 4A2BA 4EIAA 3FR0A 3A8YA 2NRHA 3WUHA 5KPRA 5AQQA 1E4GT 4BR5A 4BGBA 2D4WA 4JHDA 1MWKA 1NLVA 2P9SA 1TYQA 3I8BA 4WYBA 1X9JA 1HUXA 5E84A 2P9IA 2CGKA 3KVGA 2ZWHA 2P9KB 3UKUB 1YUWA 1E4FT 2QM1A 5F2RA 4FWPA 3I33A 2A3ZA 3A0IX 3A5LC 3H3OB 4JD2B 5AQVA 1HKCA 3GE1A 4JAXA 3ZX2A 4NB4A 1BA0A 1LCUA 4WQ4A 5EX5A 1KAYA 3CI5A 4XEIA 3QBWA 4BRHA 3CETA 4A61A 3WT0A 1GLJO 1ZXOA 4I6MA 1U6ZA 2IVNA 4AM7A 3O4WA 3L0QA 3CQXA 1U2VA 2YJFA 1NGBA 5AQXA 3CHWA 3GG4A 2V7ZA 1RDWX 1X3MA 3IUCA 3MCPA 2BUPA 3VEXA 1XUPO 2HF4A 4CZJA 2HF3A 3VEWA 3HZ6A 2GELA 2J4RA 1H1VA 1K8KA 2CH5A 3EKSA 3M3ZA 4DHYA 4LC9B 1J6ZA 2QWLA 1QHAA 5FPDA 3C7NB 5AQGA 2QW9A 4IZ9A 4MLHA 2P9KA 3UKUA 2QWPA 1QZ6A 2HMPA 3C0BA 5AQZA 5CE3A 4JD2A 4K25A 4C23A 2YHYA 5F0XA 5I9EB 1NGCA 5BRFA 2V52B 4GY2B 3G25A 4BRKA 3IFRA 4FPAA 4IO8A 3MMVA 3U8XA 5EY4A 1DKGD 2QXLA 3LM2A 2PBDA 3DXKB 3JS6A 3MN7A 1TUYA 4J8FA 4ISGA 5BREA 4DB3A 3AY9A 2D1KA 4H5VA 1BUPA 1V4SA 3QFPA 3O6WA 1P8ZA 2A41A 2QWOA 4RWTA 4BR2A 4M63C 3M1FA 2ASMA 3D2FB 4M7YA 4IJNA 3AAPA 2ITMA 4BRNA 4PKIA 1Q18A 2V51B 2GWKA 1LOTB 5AZJB 1GLFO 1WOQA 4B1VA 3DWLA 3UB5A 3C7NA 3P4IA 3WXIA 3CJ7A 2H3GX 1D4XA 1HPMA 1ATSA 2EWSA 3WEEB 4BVOA 1T6CA 1YVNA 4CD1A 3LDNA 3VENA 4B1ZA 2IVOA 3FZMA 3O1WA 4BR0A 5AZIB 3VEVA 3QDKA 4A62A 5AFUH 2D0OA 4H0OA 4BC3A 4FWNA 3CIPA 5FPEA 3VGKA 4ISFA 4H0VB 3H1QA 4O5FA 2P9LB 4HTLA 1GLDG 4JNEA 1NGAA 1QQNA 5AQRA 4CZFA 2P9PB 4H5WA 5FPNA 3DXKA 2PAVA 5ADXH 3H46O 5AQYA 4FPBA 5AQPA 3MN5A 2GEMA 3CJAA 1ESVA 2AA4A 2W41A 4B9QA 1ATNA 1GLLO 1IG8A 4CD3A 5LJWA 3FZLA 2CGLA 3CQYA 2W40A 3RSEB 4CZHA 3QBXA 4BRFA 4BG8A 4Z94A 3LDLA 5AZJA 1BO5O 4CI6A 2FF6A 3O08A 3EKUA 5EOYA 4RCHA 3WQTA 3VPZA 1Z05A 3ID8A 2GWJA 5KPTA 3DAWA 4EHUA 4FWLA 1NWKA 3VF2A 2NZTA 4H0YB 3MK6A 4KBOA 1ATRA 3UE5A 3BUZB 3CJBA 3VOVA 2OANA 3O80A 4A2AA 4CJ7A 2HOEA 4MO5A 4BRCA 1QZ5A 3EO3A 2UYTA 3ATVA 4CZMA 4BRGA 1BG3A 4GNIA 3O1BA 3VEYA 4BC2A 1Z6RA 3MN6A 2QWRA 4FWMA 3L6QA 3A5OC 4BC4A 2IIRA 3L4IA 2Q97A 4CZEA 4BRLA 1HLUA 2QWNA 4B1WB 3D7EO 3OHRA 3S41A 3M6GA 4BQLA 4M7XA 2VWBA 5AQMA 3SK3A 3RSEA 1SQKA 2VCPA 3QMLA 3R6MA 3ATUA 2GUPA 2ZGZA 3D2EB 3VESA 3BF3A 4BRQA 2ASOA 4K41A 4H0TB 2AP1A 4FSVA 1JCEA 2YHWA 1NGHA 4MLEA 3TPQA 3JXUA 2I7PA 1NBWA 3A5NC 5BN8A 1HKGA 4ISEA 2IVPA 2Q36A 4NO7A 4BR4A 3VGMA 2FSJA 3CJCA 4IWVA 3AAQA 4K43A 2P9NB 2YI1A 5AQHA 2FSKA 4CZLA 5BRHA 3DXMB 4BVPA 1HX1A 4B1UB 1XC3A 2BTFA 3R8EA 5JMVA 5ELZA 4F9OA 3KHYA 3FZKA 3MDQA 2GTDA 2A5XA 2WUSA 3HTVA 3LM9A 4FWQA 4Y0WA 3FZFA 3O8MA 5BN9A 4XH5A 3VF4A 1NGIA 4QS9A 3ULEB 5AQIA 1CZAN 1HKBA 2ASPA 4FWOA 1DEJA 4BRIA 4JHDB 4RTFD 4CBUA 3IMXA 3CJ9A 3EN9A 4BREA 2V7YA 2Q0RA 5FPMA 1SAZA 4CBWA 3SMPA 5BR9A 3WQUA 2E1YA 4PKHA 5AQUA 3ENHA 4PL8A 1HJOA 4BROA 4QS8A 1TUUA 4WQ5A 3DJCA 3FE1A 1YAGA 2E2QA 1GLCG 1YXQA 1NGFA 4FOIA 3BF1A 3UKRB 5KPZA 2QWQA 5LJVA 1SZ2A 3ZETB 3H6EA 5AQKA 2P9NA 3VETA 3GOIA 2Q0UA 1V4TA 3SJHA 3R9PA 1NGDA 3A5MC 1JCGA 1GLBG 5AQOA 1DGKN 3MN9A 5JLHA 3QB0A 3VERA 1WUAA 3F9MA 3D2FA 3VEOA 4H0XB 5E26A 2E2PA 2DPNA 4BRAA 2ZF5O 2E88A 4FWRA 3QICA 5F1XA 4H5TA 4JN4A 1MWMA 3ULEA 3AARA 3FLCO 1K8KB 3WEEA 4EHTA 3LDPA 3FFKB 5AZIA 5AFUA 4MO4A 3FZHA 1Y64A 1JCFA 3TU5A 3SMSA 5AQJA 3LL3A 3U9DA 1QQOA 4E1JA 2P9LA 3H1VX 2QWMA 3H45C 5BRDA 4HWIA 1BU6O 2YJEA 1X3NA 4FO0A 4BC5A 2P9UB 1BOTO 2P9PA 4IJAA 3ZX3A 3UKRA 4BQZA 5ADXA 1RGIA 3ZETA 1KXPA 4FOEA 1T6DA 2Q2RA 3ZEUB 1C0GA 5AQSA 3LDQA 4DCHA 2ZGYA 3WXJA 2F9WA 5JLFA 2Q1NA 2Q31A 2E2OA 4B1XB 2KHOA 5B8HA 4O8KA 3CJ1A 4H0PA 1KAXA 3O5BA 3J8AA 4FWSA 3HI0A 3BP8A 3VF6A 2I7NA 2A40A 2E8AA 2FLOA 3ZX0A 3QFUA 4BR7A 4BRDA 3HSCA 4QS7A 5BPNA 2A6AA 5AQFA 3LDOA 4WQ5C 5AQWA 1QQMA 1MA9B 2FSNA 2FXUA 3VGLA 5AQTA 1EQYA 2YCHA 5LY3A 2E1ZA 3SLCA 3WXLA 3KZBA 4L3QA 5KQDA 4XH4A 2CGJA 4H5NA 1BWFO 1GLEG 4FWKA 4FL9A 3W3DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT2A 3HM8A 3EZWA 3P38A 4UY8O 1NGGA 3NBPA 3PX4A 3ZEUA 2XHBA 4LF9K 1YI2N 1A5XA 1NMDA 3E1YA 4BWMA 4XH1A 2I5JA 2HHIA 3PO4A 5KQ8A 1HQEA 2A42A 1R0AA 2HW3A 2ZD1A 2P9SB 3E66A 1TYQB 1YF5L 3MXIA 1K9MO 4Z4EA 1R59O 4BRMA 3AA2A 3VN5A 4CGHA 4J2BA 1XHZA 5K14A 4Y1DA 4O0IA 3SYZA 1JLAA 4WCEL 3W0LA 4JS4A 3BZCA 1VQMN 3KKRA 1KLNA 1WBBA 3DLBA 2F9TA 2D0PA 4XIUA 1D5AA 4DV1K 1GLAG 3RRGA 3DXMA 4EFHA 4L8RB 2WOMA 1U2VB 2GV9A 4JKBA 4BRPA 4PKGA 4AH9A 4DR2K 4DTPA 2DFFA 5BPMA 3SUNA 1FKPA 3BEXA 3WNFA 4DFMA 3TAEA 3EL2A 1S1TA 1Z26A 3WXMB 3A2FA 1NJYA 3RMBA 1KVCA 4E72A 5DM6L 4KHYA 4N47A 4KO0A 3OS0A 1JJ2M 4BGBA 4JHDA 4IOAL 1XI1A 1NLVA 3VTHA 4JKFA 2RPIA 3IG1A 2ZJQL 3I33A 3QO9A 3GE1A 1HNVA 1KLMA 3TSPA 1QE1A 1BA0A 4WQ4A 2KFNA 1BL3A 2YNIA 2VG7A 2QEXN 3KD1E 3PX6A 4B3OA 3CQXA 3M8PA 1NGBA 4DV6K 3CCRN 2HHQA 2V7ZA 5HRPA 3VQBA 2BUPA 4AQYK 1XMQK 3RMCA 3RWUA 1B9DA 1GOCA 1XMOK 1XHXA 4B9LA 4CJVA 4B9TA 2GELA 1NK4A 1SL0A 4JI3K 2CH5A 3EKSA 3AVCA 4EZ6A 3QESA 4C1NK 1VQPN 4IZ9A 2PFUA 2BDPA 2P9KA 5C24A 3C0BA 1BHLA 4JD2A 3U3YA 3K5LA 1NGCA 5BRFA 1QHTA 3B6PA 2X6NA 2IS3A 4CK2A 2GBZA 1LW0A 4BDPA 3AO3A 3IFRA 4FPAA 1HNXK 3DI6A 3DLRA 3R1XA 2E6LA 4JKAA 5EY4A 1NU0A 2PBDA 3JS6A 5GAGP 1B92A 1TUYA 4ILJA 3VQ6A 5BREA 3LPTA 5CZ1A 1IKXA 1NMNA 4H5VA 4CGFA 4KHSA 1V4SA 4QAGA 1UAXA 3OYDA 1VRUA 1JLQA 4KHNA 3AAPA 1LWEA 1Q18A 3BY5A 5A2QO 3L2QA 4E3SA 1WOQA 4B1VA 3HYFA 1ILYA 3AVJA 3ZSVA 1D4XA 3K5OA 3WEEB 1T6CA 4ELVA 2NUBA 4BR0A 3FZMA 3QDKA 5AFUH 1IH7A 4JI4K 3SAHA 3QERA 4H0OA 2IGIA 1Q86O 1HNZK 1DT9A 4JS5A 5FPEA 3OYNA 3J80O 4AHVA 4CESA 3THWB 1TV6A 2P9LB 3VQDA 1WLJA 4JNEA 1GLDG 4C8LA 3NF8A 1A5WA 1WSIA 1U49A 4CZFA 2P1JA 3PSIA 3LANA 2WTUA 3LDSA 4UQGA 5AQYA 4FPBA 3MN5A 1S1UA 3CJAA 2D0CA 1ATNA 3LPUA 2HNDA 3OTOK 4LF5K 4CIFA 4BRFA 4Z94A 3MAQA 1T8EA 3AVIA 2HSTA 3ISNC 3O08A 3WQTA 4FJGA 5KPTA 1KFDA 4EHUA 3MXMA 1U4BA 3TWHA 3MWPA 1BCOA 4H0YB 4YOVA 1Q82O 1ATRA 2F96A 3UE5A 4I9LA 1CXUA 3CJBA 2OANA 4JI7K 3P31A 1QQCA 3HP9A 2XO7A 2HOEA 3OBYA 1L5UA 4W5NA 4BRGA 3CCJN 5HRSA 1Z6RA 1XNRK 5DK5A 1Q9XA 3C6UA 3I0SA 4B1WB 4W5QA 3D7EO 3S41A 3M6GA 3TSUA 3KJVA 4LH5A 1O13A 3SK3A 1NG9A 4OKJA 3ATUA 4FXDA 2GUPA 1WSJA 4H4MA 4CEBA 4K41A 1KCFA 1HYSA 4DU3A 1HNWK 3F9KA 1QS4A 4CJUA 4IO9L 1NGHA 4FW1A 2GUIA 1RNHA 1TL3A 4ISEA 3PV8A 1U45A 2HVHA 3CQ8A 1ZYQA 2F8SA 3AAQA 3SI6A 2YI1A 5AQHA 1NJIO 2FSKA 3QIPA 5BRHA 5JMVA 5ELZA 3QEWA 4FJXA 4KAZA 4EP5A 2DFEA 2WUSA 3OJUA 4IDKA 1EWRA 1Q9YA 4Y0WA 4XH5A 3ULEB 5M1PA 1WAJA 1CZAN 4OPHA 3SUPA 1NK5A 2O8EA 4BRIA 4DQQA 4CBUA 5KI6A 3IMXA 1FW6A 1WBDA 3AVAA 1ITGA 4BREA 3RRHA 4DU1A 2Q0RA 5FPMA 2EHGA 1RBTA 3CMEN 4YOXA 2E1YA 1RT5A 3ENHA 4OPAA 5AQUA 5C12A 3DJCA 2E2QA 4FOIA 1W9HA 5KPZA 4C1NI 1VQLN 4FZXC 3T3FA 4DQPA 2P9NA 1OH6A 4OJRA 3A5MC 1JCGA 2BH1A 2O4GA 1NKCA 5C15A 3QB0A 3J7YP 3KLFA 5E26A 4M3WA 2DPNA 1KVAA 2XRIA 4I7FA 1YJWN 5F1XA 5HLFA 4FJNA 5E41A 3SV3A 1D9DA 3TTCA 3HOSA 1K8KB 5AJ3K 4B9NA 2JWKA 3WEEA 3HT3A 3K59A 3NFAA 4EHTA 1J9AA 1L3SA 4YOWA 1WAFA 4ID1A 3SMSA 1WSGA 2O8BA 3DLEA 1TVRA 4HUGA 1T7PA 2P9LA 1OH7A 5M1FA 3THYB 2UXCK 3CC2N 4BC5A 1X3NA 3CYGA 2QA4N 4JI0K 3LP0A 1UA0A 3AVHA 1LW2A 3OYKA 1KXPA 1ZBFA 4LSNA 1T6DA 2Q2RA 3SAGA 3ZEUB 4DLEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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