4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI5 (334-337)S1 (8-12)TVIII3 (69-72)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)TII1 (21-24)S2 (16-21)3H1 (62-64)S3 (29-32)TIV3 (76-79)AH1 (56-61)S4 (35-38)TVIII2 (43-46)S6 (65-68)S7 (71-72)3H2 (98-100)TIV4 (129-132)S10 (131-136)S9 (102-107)TII2 (108-111)AH3 (113-126)3H9 (367-372)S19 (357-358)TI7 (352-355)AH4 (137-145)AH10 (290-295)S12 (160-166)S11 (150-155)S14 (176-178)O1 (178-180)TI1 (156-159)AH9 (274-284)TIV5 (165-168)S13 (169-170)3H3 (172-174)AH5 (182-196)AH6 (203-216)S16 (248-250)TI3 (242-245)TI2 (234-237)TVIII4 (220-223)3H7 (302-304)TII3 (306-309)AH7 (223-232)O2 (245-247)S15 (238-240)AH8 (252-259)3H4 (260-262)3H6 (287-289)S17 (297-300)AH11 (309-320)TIV6 (322-325)S18 (329-330)TI4 (332-335)3H8 (350-352)AH13 (359-365)TIV7 (353-356)AH12 (338-347)AH2 (79-93)S5 (53-54)TIV2 (71-74)S8 (75-76)3H5 (264-267)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
4PL8A 4IJAA 2V7YA 4BR9A 3H3OB 3QBWA 5BPNA 4B1UB 4JAXA 1T6DA 3D2FB 5F1XA 4CZFA 5KPZA 3VESA 2Q31A 3P4IA 2YCHA 3HM8A 3LM9A 2ZF5O 4BRLA 5ADXA 1WUAA 3VENA 4B1XB 3HTVA 3M1FA 4MLEA 3WXIA 4MO4A 1BA1A 2PBDA 3BEXA 3D2EA 4QS8A 1IG8A 3R8EA 3VEOA 1DEJA 1DGKN 1T6CA 4FPBA 2D0PA 2OANA 1ATNA 4H5NA 5F0XA 4JNEA 4F9OA 3QFUA 1HPMA 2W40A 1QZ6A 3WQUA 5B8HA 3IUCA 5AZJB 4BG8A 1RDWX 3SMPA 2H3GX 3S41A 4WQ5A 2QWOA 3BUZB 3CIPA 3ZEUA 4BRPA 4EFHA 3FZMA 3GG4A 2A6AA 3L6QA 4KBOA 1HJOA 3FR0A 1U6ZA 4XEIA 5AQYA 1Z05A 5AQPA 3FZHA 2P9PA 3GE1A 3O6WA 3VEVA 1TUYA 2VWBA 3VGMA 3DXMB 1YVNA 1TUUA 5AQGA 5F2RA 3FGUA 3DXKB 4CZIA 1S3XA 3QFPA 3O08A 5TKYA 5CE3A 1HKBA 2CH5A 5EY4A 3D7EO 3HBTA 3QMLA 4QS9A 5AQXA 3U9ZA 5JLFA 1H1VA 5E84A 1ATRA 1JCGA 2GEMA 2P9UB 2VYPA 1BO5O 5AQWA 2W41A 2IVOA 4O8KA 5AQMA 3WEEB 1HKGA 4BC4A 1SQKA 4XH1A 4XH5A 4B1YB 1Z6RA 2YHXA 5AQIA 4PKHA 4BGBA 1JCEA 2BUPA 4A61A 4PL7A 3CJ7A 3VEYA 4GY2B 3VF2A 4DB3A 4H0VB 2QWPA 3UKRA 1Q18A 2A41A 3HSCA 5FPEA 2E8AA 3ZETB 4H03B 1NBWA 1TYQB 4BR2A 1GLJO 4H5RA 1QZ5A 2CGJA 2QW9A 4M63C 2P9SA 3U8XA 3ATVA 4I6MA 1XC3A 3GBTA 4YDUA 5ADXH 2Q0UA 2E2OA 5EVZA 4FSVA 1SZ2A 2CH6A 1P8ZA 2P9LA 3RSEB 3W0LA 4M7XA 2F9TA 1JCFA 2YJEA 3FZFA 2FF3B 1GLAG 3AARA 3L4IA 4CI6A 4NO7A 1GLFO 2CGKA 4CZHA 3LDPA 3JXUA 4WYBA 4BQLA 3FE1A 4FL9A 1RGIA 1MWKA 2ZGZA 5AQSA 2P9NA 3C7NA 4BC5A 1U2VB 2GWJA 3WQTA 3LDOA 1GLEG 5AQFA 5AQNA 3LL3A 3ZX0A 1J6ZA 3G25A 5BRFA 4BC3A 4BVOA 4CZLA 3VF6A 3MN6A 2IVNA 4CZEA 2NRHA 1YXQA 4H0PA 1ZXOA 4BRCA 4FWRA 4GNIA 5JICA 3JS6A 5LJWA 1HUXA 1XUPO 4XH4A 3QICA 2ASOA 3A8YA 4CZGA 1WOQA 3CQYA 2I7NA 3A5LC 4CZJA 4FO0A 3UKUB 1NGHA 2AA4A 2E1ZA 1K8KB 3DJCA 1NGAA 1BDGA 2P9KB 3O1BA 1NGFA 4K42A 4BRHA 1T44A 2E20A 4H5WA 4IXCA 4JHDB 3MN9A 3BP8A 5AQJA 1KAXA 5I9EB 3ULEB 2IIRA 3FZLA 3GOIA 5EXWA 3MDQA 1BWFO 1QQOA 3O5BA 5BRDA 1HX1A 1HLUA 4FWNA 5AZIB 1BOTO 4BRAA 4BR0A 1NGEA 2QWNA 1MDUB 2YHYA 4BROA 5AQKA 3VEZA 2WUSA 4CBXA 3D2FA 1BUPA 4A2AA 3VEWA 4CJ7A 3TU5A 2P9IB 5BPLA 4RTFD 4CD1A 4JD2B 3F9MA 5AQOA 3EKSA 4EHTA 1G99A 1Y64A 3ZX2A 4DCHA 3CERA 1ESVA 4BRKA 5KQDA 4ISFA 4K25A 4BRQA 3LM2A 1DKGD 3A5NC 2VCPA 4NB4A 3QDKA 3H1VX 4WQ4C 5BREA 3I8BA 3IMXA 3MN5A 1NGDA 2E2QA 3AY9A 5AR0A 3ID8A 4BRGA 3SK3A 3H3NO 4EHUA 3AAPA 3KVGA 5BN9A 4IJNA 1YAGA 2HOEA 2A42A 2HMPA 3DAWA 2KHOA 3WXJA 3MN7A 4BVPA 2CGLA 4Y0WA 5AZJA 2GUPA 4FWPA 3O80A 5AQZA 4CD3A 2UYTA 4EAHD 3B8AX 1EQYA 4DHYA 2AP1A 1IJJA 1GLLO 3D2EB 4FOEA 3UB5A 3W3DA 1QQNA 3CETA 4B1WB 4FPAA 4RCHA 5KPTA 4B1ZA 5BRHA 4J8FA 1C0FA 5JMVA 4CZKA 4LC9B 4B1VA 3DXMA 4PKIA 2YJFA 3SLCA 3DXKA 5AQQA 1X3MA 2E1YA 2YI1A 3EKUA 1X3NA 1NLVA 3VGKA 4H0TB 4BC2A 3ZEUB 3GL1A 1BU6O 3ZX3A 2FF6A 3KZBA 2HF3A 3IDHA 1BA0A 1NGCA 3LDLA 1ZC6A 5AQLA 1X9JA 4ISGA 4BRIA 3DWLA 3O4WA 2P9PB 3CQXA 3R6MA 5JLHA 3WXLA 5LJVA 2P9UA 1MWMA 4H0YB 2GWKA 1C0GA 4BR7A 4FOIA 1CZAN 3WEEA 4WQ4A 3WUHA 4B9QA 5AQVA 4BQZA 1QHAA 3CJAA 1NMDA 1R59O 3U4LA 3EL2A 5EOYA 1RFQA 3VF4A 4ISEA 1NGBA 3IFRA 2I7PA 4BRFA 2HF4A 1KAYA 3FZKA 2NLXA 1NGJA 3H6EA 3CHWA 4HWIA 2GELA 5AFUH 1XQSC 4JN4A 5AQHA 2A40A 3ZETA 5LY3A 3LDNA 4AM7A 1HKCA 1TYQA 3H45C 4PKGA 1V4SA 4EIAA 4H5VA 5BPMA 1MA9B 4CBUA 1BG3A 2FSNA 3CJ9A 5FPMA 3VGLA 2Q0RA 4BR5A 4IWVA 5AQRA 2NZTA 3A5MC 4FWKA 5ELZA 3ATUA 3EO3A 3BF1A 2Q36A 3CJCA 3J8AA 4FWLA 2A3ZA 2D0OA 3RSEA 2FSKA 3I33A 3UKRB 4DQ8A 4MLHA 2FSJA 1OKJA 3C0BA 3OHRA 1LOTB 1LCUA 1NGIA 5AFUA 2V52B 1S22A 5FPNA 3CI5A 1NM1A 2P9SB 2QWMA 3VERA 3O8MA 4FWQA 3CJ1A 4I6MB 1E4FT 2J4RA 3VEXA 2ZWHA 3VETA 4A2BA 5E26A 4E1JA 2P9LB 1U2VA 3EZWA 4IO8A 3M3ZA 1GLBG 3A0IX 2QWLA 3O1WA 4H5TA 1ZBSA 4YDUC 4H0OA 5KQ8A 3SMSA 2GTDA 2IVPA 2Q2RA 5AQTA 4QS7A 4BREA 4A62A 3CJBA 2D1KA 2V51B 4O5FA 4BG9A 4L3QA 2PAVA 1D4XA 3GDQA 1YUWA 2P9NB 3MMVA 3FFKB 3C7NB 2E88A 3L0QA 5FPDA 1KAZA 4K41A 3HZ6A 3FLCO 3SJHA 3BF3A 3TPQA 2A5XA 4BRMA 3VOVA 3LDQA 3A5OC 3UKUA 1GLCG 3EN9A 2F9WA 1K8KA 2YHWA 2ITMA 4BRDA 1E4GT 2FLOA 2P9KA 3QB0A 3ENOA 4BRNA 4FWMA 2QWRA 4MO5A 5KPRA 3MCPA 2E2NA 2QWQA 4RWTA 3WXKA 3R9PA 4IZ9A 4Z94A 4CBWA 4FWOA 4JHDA 5AQUA 4CZMA 3KHYA 2FXUA 3UE5A 3H46O 3ULEA 1SAZA 2BTFA 4FWSA 2Q97A 4K43A 3ENHA 5BN8A 2QXLA 5EX5A 1V4TA 2V7ZA 4BGAA 3WT0A 4M7YA 5AZIA 2ASMA 4AM6A 5BR9A 1NWKA 3QBXA 3AAQA 4WQ5C 2EWSA 1KXPA 3VPZA 1NGGA 1ATSA 2P9IA 2DPNA 3U9DA 4H0XB 2QM1A 2D4WA 3HI0A 4HTLA 4JD2A 4C23A 1QQMA 2ASPA 3MK6A 1GLDG 4BR4A 3H1QA 3M6GA 2E2PA 2Q1NA 2ZGYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJMA 4LD0A 5FROA 2G8VA 3ZSZA 2O8CB 1KFSA 4CEEA 3QBWA 5BPNA 4B1UB 1KQSM 1T6DA 4H4MA 1NJZA 5KPZA 2G8HA 4WFBL 2IS3A 3P4IA 3DYAA 3K57A 3LM9A 2ZF5O 4FJXA 5CHIA 4B1XB 4OX9K 3M1FA 3AVBA 4OLAA 2G8KA 4FCYA 3R8EA 1JLEA 4CF9A 4PWDA 4JS5A 2G8IA 5FRMA 1ATNA 1VQ6N 3OA9A 4DQIA 3MEDA 3THXB 1B9DA 2W40A 3V1RA 3I8DA 5AZJB 1WBBA 1TKTA 2UU9K 1K73O 4C8OA 3BUZB 3PSIA 3LZIA 1WSEA 4O55A 5IWAK 3DLGA 3VA3A 4KBOA 3TARA 3KWGA 5HRPA 2P9PA 3GE1A 1TUUA 3FGUA 3QIPA 3T1HK 4Y1DA 3QFPA 2O8EA 5TKYA 3PUFA 3O3GA 3OS2A 4X62K 3D7EO 4AHUA 3CFRA 4B3MK 1VRUA 4FJJA 5M1QA 3U9ZA 1RDUA 3ZSWA 3ZT3A 2P9UB 3LWLA 2XY6A 1RTIA 2W41A 1YJ9N 1QSYA 3WEEB 4DSFA 4KAZA 4XH1A 2X78A 4CK2A 4B1YB 3OYHA 1NK4A 4CERA 1NK0A 2BH1A 4RG8A 2ZJPL 4PKHA 4BGBA 2YV0X 1QS4A 3PLAA 1VQMN 3VEYA 3VF2A 4CJ5A 2IOCA 1Q18A 1FK9A 2A41A 3OS1A 4JKGB 2E8AA 4CIGA 1TV6A 3ZETB 2WFBA 3K9JA 4DR6K 3THWA 1GLJO 2OPSA 4CW7B 4Q5VA 3B6OA 3NCIA 1QZ5A 2CGJA 4E3SA 1CXUA 2E2OA 4FSVA 1A5VA 3CCUN 3OYMA 1JCFA 1VHXA 1TVRA 2FF3B 2QA4N 4CZHA 3LDPA 4KV8A 5DK5A 4GV9A 4FL9A 3DLHA 1UA0A 2HBJA 3O9UA 4E0DA 1KSPA 3TI0A 4BC5A 3MXIA 4KI6A 1L3UA 2ETJA 2YNGA 3LDOA 3EY1A 5M1KA 3IAYA 1RDAA 5AQFA 5AQNA 3LL3A 3ZX0A 5KGXA 4FJ5A 3G25A 3THYA 4CZLA 3VF6A 3MN6A 2IVNA 4IG0A 4LY7A 3SUNA 2NRHA 1L3VA 1YXQA 5T7BA 1ZXOA 3MX2A 3U6FA 4GNIA 4U7BA 5LJWA 3SNNA 4XH4A 3NH2A 2X6SA 2ASOA 4CZGA 3NE6A 3A5LC 3UKUB 2AA4A 1K8KB 4DTUA 1NGAA 2P9KB 3HSTB 1NGFA 4CJWA 4BRHA 3VQEA 4H5WA 4CEZA 2PYLA 1BI4B 4B8AB 4M42A 4BWMA 4JHDB 5AQJA 2WTUA 3ULEB 3FZLA 4OVLA 3THVA 4O0JA 3O5BA 3SAGA 3MWTA 5HP1A 2O8CA 4KHUA 2QWNA 3KKRA 2YHYA 3DRPA 4DR4K 1BUPA 3VEWA 4QAGA 2YX6A 3TTDA 4CD1A 3CD6N 4C8KA 4LFBK 4FLXA 4CF0A 3EKSA 1RTHA 3AA3A 5CYQA 5KQDA 1LAVA 4LF5K 1NK8A 1DKGD 3A5NC 3SPYA 4CHNA 1D9FA 5BREA 3I8BA 2ZQBA 3CPEA 3AY9A 3OTOK 4KPYA 4DSKA 4BRGA 3NF7A 3ITHA 1KVAA 4EHUA 3AAPA 4B9LA 3V9ZA 1Z25A 5HRRA 1JJ2M 3KVGA 4DUYK 5BN9A 3PIOL 3AA2A 2HOEA 3OYLA 1OH6A 4BVPA 4DR7K 3ASMA 1TK0A 3THXA 4Y0WA 5AZJA 4KHNA 2GUPA 1NU0A 3H08A 1ASUA 3O80A 4DHYA 3MX5A 4ELVA 2VGNA 1GLLO 3D2EB 3W3DA 3CETA 5BRHA 1NKCA 1X9WA 4E7IA 1JLBA 3LPUA 1C0FA 3V6DA 1XI1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FJM A;  4LD0 A;  5FRO A;  2G8V A;  3ZSZ A;  2O8C B;  1KFS A;  4CEE A;  3QBW A;  5BPN A;  4B1U B;  1KQS M;  1T6D A;  4H4M A;  1NJZ A;  5KPZ A;  2G8H A;  4WFB L;  2IS3 A;  3P4I A;  3DYA A;  3K57 A;  3LM9 A;  2ZF5 O;  4FJX A;  5CHI A;  4B1X B;  4OX9 K;  3M1F A;  3AVB A;  4OLA A;  2G8K A;  4FCY A;  3R8E A;  1JLE A;  4CF9 A;  4PWD A;  4JS5 A;  2G8I A;  5FRM A;  1ATN A;  1VQ6 N;  3OA9 A;  4DQI A;  3MED A;  3THX B;  1B9D A;  2W40 A;  3V1R A;  3I8D A;  5AZJ B;  1WBB A;  1TKT A;  2UU9 K;  1K73 O;  4C8O A;  3BUZ B;  3PSI A;  3LZI A;  1WSE A;  4O55 A;  5IWA K;  3DLG A;  3VA3 A;  4KBO A;  3TAR A;  3KWG A;  5HRP A;  2P9P A;  3GE1 A;  1TUU A;  3FGU A;  3QIP A;  3T1H K;  4Y1D A;  3QFP A;  2O8E A;  5TKY A;  3PUF A;  3O3G A;  3OS2 A;  4X62 K;  3D7E O;  4AHU A;  3CFR A;  4B3M K;  1VRU A;  4FJJ A;  5M1Q A;  3U9Z A;  1RDU A;  3ZSW A;  3ZT3 A;  2P9U B;  3LWL A;  2XY6 A;  1RTI A;  2W41 A;  1YJ9 N;  1QSY A;  3WEE B;  4DSF A;  4KAZ A;  4XH1 A;  2X78 A;  4CK2 A;  4B1Y B;  3OYH A;  1NK4 A;  4CER A;  1NK0 A;  2BH1 A; 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 1ASV A;  1HMV A;  4FOE A;  1QQN A;  3T7Z A;  5KPT A;  4JKC A;  1A5X A;  3L2U A;  3ZSQ A;  4M3U A;  1ZBL A;  4C8L A;  4QOZ B;  2UUC K;  3VGK A;  2VG7 A;  1CLQ A;  2HBL A;  3NF8 A;  4H0T B;  3OBY A;  2WBN A;  4E7H A;  3HP6 A;  1YT3 A;  3GL1 A;  1TK8 A;  2HF3 A;  3ALY A;  3IDH A;  4KHY A;  3LDL A;  5HRN A;  1ZC6 A;  1X9J A;  3F5T A;  3TAF A;  3NHG A;  5CZ2 A;  2P9P B;  3AVM A;  3WXL A;  4FW2 A;  3O9Q A;  1TKX A;  2HB5 A;  3NMU A;  1MWM A;  4BR7 A;  1RBU A;  4FOI A;  2O8E B;  5A2Q O;  4FK4 A;  2ZE2 A;  4GVM A;  3L8B A;  1QVF M;  1UA1 A;  2XHB A;  4FYD A;  4NLC A;  3VF4 A;  3IFR A;  4C1N K;  2YHB A;  4LF7 K;  4DFP A;  2UXC K;  4OPK A;  5LY3 A;  4V19 S;  3K9K A;  4CJQ A;  1HKC A;  1TYQ A;  3H45 C;  3AO5 A;  3VQ8 A;  1MA9 B;  3SQ4 A;  4DV6 K;  4Y1C A;  3VGL A;  2Q0R A;  2HHI A;  1HQE A;  4FWK A;  4JLH A;  3ATU A;  1RTD A;  2Q36 A;  3CJC A;  3QES A;  5SZT A;  2A3Z A;  3RSE A;  2FSK A;  4M3W A;  1DLO A;  4DQ8 A;  4DV2 K;  2F4V K;  3C0B A;  3THW B;  4W5O A;  3I55 N;  1NGI A;  1HNW K;  4IO9 L;  4DF8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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