4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI5 (334-337)S1 (8-12)TVIII3 (69-72)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)TII1 (21-24)S2 (16-21)3H1 (62-64)S3 (29-32)TIV3 (76-79)AH1 (56-61)S4 (35-38)TVIII2 (43-46)S6 (65-68)S7 (71-72)3H2 (98-100)TIV4 (129-132)S10 (131-136)S9 (102-107)TII2 (108-111)AH3 (113-126)3H9 (367-372)S19 (357-358)TI7 (352-355)AH4 (137-145)AH10 (290-295)S12 (160-166)S11 (150-155)S14 (176-178)O1 (178-180)TI1 (156-159)AH9 (274-284)TIV5 (165-168)S13 (169-170)3H3 (172-174)AH5 (182-196)AH6 (203-216)S16 (248-250)TI3 (242-245)TI2 (234-237)TVIII4 (220-223)3H7 (302-304)TII3 (306-309)AH7 (223-232)O2 (245-247)S15 (238-240)AH8 (252-259)3H4 (260-262)3H6 (287-289)S17 (297-300)AH11 (309-320)TIV6 (322-325)S18 (329-330)TI4 (332-335)3H8 (350-352)AH13 (359-365)TIV7 (353-356)AH12 (338-347)AH2 (79-93)S5 (53-54)TIV2 (71-74)S8 (75-76)3H5 (264-267)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
2QM1A 3ULEB 3WXJA 4A2AA 5AQSA 3FFKB 1V4TA 4M63C 5KPRA 3CIPA 3EO3A 1MDUB 2FSJA 3VGMA 2P9PB 2P9KB 1NGHA 4YDUA 2V52B 2E2QA 2D0OA 5AQHA 4O8KA 3R9PA 3VGLA 1QQNA 1NGIA 3VETA 3D7EO 2FSKA 5BRFA 4BRPA 1XQSC 2Q0RA 3M3ZA 1YUWA 3KHYA 3LL3A 4CBWA 1HKBA 4ISEA 5AFUH 1NGAA 5AQGA 2ZWHA 3A5OC 3UKRB 4JD2B 4IJAA 2Q36A 1YAGA 2V7ZA 5BRDA 2YHXA 1BO5O 2YJFA 5AQXA 1BU6O 1MA9B 3U8XA 2D4WA 3FZHA 5BN8A 5AQOA 3FZMA 5AQZA 3CI5A 3ZX2A 3AAPA 3L4IA 5JMVA 1BA0A 5BN9A 2E1YA 3AY9A 3VESA 3ZX3A 3LDNA 1MWKA 2QWMA 4MO5A 3WT0A 2BTFA 3DXKA 3OHRA 1QZ6A 1S22A 1GLDG 2IVPA 2Q31A 3DJCA 4FL9A 3UB5A 3C7NA 4BC4A 2QWNA 3D2EB 4FWSA 1QQOA 1RFQA 3SMPA 1SZ2A 3MCPA 4H0OA 3VEXA 3DAWA 3WQTA 2D1KA 1DKGD 4PKGA 3U9ZA 2I7NA 3ATVA 4J8FA 4BRGA 3BF1A 4CD3A 1HJOA 2FXUA 4CZIA 5AQMA 3VF4A 1NLVA 3DXMB 1GLEG 1WUAA 2GELA 5B8HA 4BC5A 2PBDA 2QWRA 5FPNA 3HTVA 1DEJA 2ZGYA 1X3NA 4MLHA 5KPTA 3QB0A 1Z05A 4IWVA 5AQJA 3S41A 2H3GX 1CZAN 1C0GA 1T6CA 4GNIA 1HKGA 4H0VB 2F9WA 3L6QA 3BEXA 1RGIA 3QFPA 2E2NA 1ESVA 4BREA 2I7PA 4DCHA 1GLAG 1P8ZA 1NGFA 4RWTA 3FZLA 3QBWA 3B8AX 4B1ZA 1BG3A 4JHDA 4FWKA 2EWSA 3MDQA 1NM1A 1DGKN 1BOTO 4AM6A 5AFUA 4CZKA 1J6ZA 2V7YA 3I8BA 3O1WA 4DB3A 2AP1A 5EXWA 4BGBA 4BQLA 2PAVA 5ELZA 3MN7A 3VENA 2A6AA 3VEWA 4BRDA 1SAZA 1WOQA 1NGCA 3HSCA 3O08A 1KAXA 3D2FA 4EFHA 2A40A 2E8AA 5JLHA 1U2VB 3H1VX 2QXLA 1ATSA 1NGGA 2ASOA 5AQQA 5AZIB 3UKUA 4I6MA 4NB4A 4BRMA 3SMSA 3G25A 4BR4A 3C7NB 4B1WB 5ADXA 2P9LA 3GDQA 3GL1A 2GUPA 3RSEB 2ASPA 4FOEA 5AZJB 4PL7A 5CE3A 4FWNA 3WEEB 5BR9A 3IUCA 4M7YA 4MLEA 3ZEUA 4A62A 3MMVA 1NMDA 3A8YA 2E2OA 1BDGA 3FLCO 2CH5A 5LY3A 1Z6RA 4H5RA 2FF6A 4B1VA 2W40A 1GLLO 1EQYA 3W3DA 2DPNA 4WQ5C 2P9SB 1QHAA 2W41A 3FZFA 2AA4A 2E1ZA 2NLXA 2P9NA 5AQNA 3EKUA 2HF3A 3R6MA 3BF3A 4WYBA 1GLCG 1ZBSA 4BR5A 3HBTA 2Q1NA 1SQKA 1BA1A 3H3OB 3WXLA 5JLFA 1C0FA 4XH4A 4FPBA 5BPLA 4BRIA 3O5BA 4H0YB 3VOVA 3H45C 4B9QA 1TUUA 1ZC6A 1K8KA 4FOIA 3BUZB 1NGBA 5I9EB 2GWKA 3FR0A 4HWIA 4BR7A 4H5TA 1JCFA 3QMLA 3ZETA 3LM2A 3CJ7A 3FE1A 3WQUA 1BUPA 4FWRA 4PKIA 5FPMA 5BPMA 3CJAA 3VPZA 4CJ7A 5ADXH 1TYQA 3P4IA 4CZFA 3TU5A 3A5MC 1IJJA 3EL2A 4QS8A 3W0LA 1XC3A 4IO8A 2ITMA 1GLBG 1HUXA 3UKUB 3O8MA 4WQ4C 3FGUA 4K42A 2A3ZA 3CHWA 3CJBA 3M6GA 4FWPA 4B1YB 4BR2A 2CGJA 4FPAA 5F1XA 4QS9A 1V4SA 3QBXA 2P9UA 4O5FA 3SLCA 2VWBA 3AARA 1GLFO 2A5XA 3ZX0A 3U4LA 2QWQA 4DQ8A 4BQZA 3CETA 3LDLA 4CZLA 2HOEA 1HKCA 2HF4A 1T44A 3VEZA 2P9PA 3VEOA 2P9KA 2GEMA 1QZ5A 1E4GT 3VERA 1IG8A 4FO0A 3BP8A 3VEYA 5AQUA 3L0QA 5AQLA 4H0TB 4BC2A 3H1QA 3MN6A 3ID8A 3WXIA 2QWOA 5LJVA 1LOTB 3KZBA 2UYTA 5BREA 3MN9A 5BRHA 3VF6A 1NGDA 3IMXA 4IXCA 3UKRA 4RTFD 3LDOA 1K8KB 4KBOA 4PKHA 3GOIA 4H0XB 4H5VA 4CBUA 5AQTA 2GWJA 3DXKB 4NO7A 3ZETB 1OKJA 2YCHA 1D4XA 4JNEA 4L3QA 1KXPA 4XH5A 5KQDA 3EKSA 1TUYA 3CJ9A 2FLOA 3CJCA 4CZHA 2E2PA 4BRHA 2A41A 2YHWA 4PL8A 3C0BA 1BWFO 3D2EA 3MK6A 3LDPA 4XH1A 3H3NO 4RCHA 3CERA 2CGLA 4JN4A 3AAQA 3ATUA 1G99A 3HZ6A 3JXUA 4DHYA 1YXQA 4Z94A 4H5WA 5KPZA 2P9UB 4CZEA 3MN5A 4BRNA 1RDWX 1NGJA 5F2RA 4WQ5A 4CI6A 2J4RA 4ISGA 5E84A 2WUSA 5AQIA 4K25A 3HI0A 4B1UB 2HMPA 3A5LC 5AQWA 3H46O 3O4WA 5AR0A 4FWQA 4JHDB 4YDUC 2QWLA 2V51B 3FZKA 4MO4A 5EVZA 3CQXA 5FPEA 2YHYA 3O6WA 3O1BA 4LC9B 1S3XA 4BR0A 2CGKA 4EIAA 1X3MA 2Q97A 3VEVA 4CZGA 5AQVA 4IZ9A 2IIRA 3DWLA 3SK3A 4BR9A 4FWLA 4CBXA 4BG9A 3UE5A 2QWPA 4HTLA 4IJNA 3GG4A 2QW9A 4H03B 4BGAA 4EAHD 2CH6A 2FSNA 3D2FB 3M1FA 4BRCA 2IVNA 1XUPO 4BRKA 3JS6A 4BRAA 5BPNA 3J8AA 5AQYA 3GE1A 3F9MA 2P9IA 3HM8A 2IVOA 3H6EA 2VCPA 4H0PA 5LJWA 4I6MB 2VYPA 3LM9A 4BC3A 1JCEA 1U2VA 3SJHA 4WQ4A 2P9LB 1HX1A 5AZIA 3O80A 1JCGA 1H1VA 4EHUA 1X9JA 4A2BA 4K43A 4BVOA 4QS7A 3EN9A 4B1XB 3I33A 4M7XA 3ENOA 3GBTA 1YVNA 2GTDA 3ZEUB 3QICA 5TKYA 5AQRA 3RSEA 3ULEA 5AZJA 3VGKA 2ZF5O 2D0PA 1NWKA 1T6DA 2NRHA 3WEEA 4CD1A 4BRQA 4ISFA 5EOYA 1Q18A 3QDKA 2FF3B 5AQKA 1HLUA 3U9DA 3EZWA 2P9NB 1GLJO 2Q0UA 4AM7A 1ZXOA 3LDQA 5AQPA 2P9SA 4BRFA 3IFRA 3CJ1A 4BVPA 1Y64A 5E26A 2ZGZA 5EY4A 4E1JA 3A5NC 3IDHA 3WXKA 1MWMA 4JD2A 4FSVA 1ATNA 3VF2A 3A0IX 1NBWA 2OANA 4Y0WA 5F0XA 4FWMA 4C23A 4CZMA 5KQ8A 4BROA 4F9OA 1KAZA 5EX5A 3R8EA 4XEIA 1LCUA 1HPMA 4JAXA 2YJEA 1R59O 1KAYA 2F9TA 2BUPA 4EHTA 1TYQB 1NGEA 2A42A 2E20A 4GY2B 2P9IB 2YI1A 4BRLA 4FWOA 3TPQA 2Q2RA 3CQYA 3WUHA 4BG8A 5AQFA 4K41A 1E4FT 5FPDA 2KHOA 5JICA 3KVGA 4H5NA 4CZJA 2E88A 2NZTA 3DXMA 1ATRA 1U6ZA 4A61A 3ENHA 1QQMA 3QFUA 2ASMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYHA 3K9KA 1S9GA 4O8UA 3ULEB 3O9QA 3O3GA 1NKEA 5KPRA 4FJXA 3Q7CA 3SJJA 3S3NA 1NK4A 4E7KA 3F9KA 1XNRK 2V52B 2BH1A 4MDBA 4B9LA 4JKGA 3OVNA 3DLGA 3VETA 3D7EO 3K57A 1KLNA 4JK8A 4BRPA 2Q0RA 2GUIA 1YUWA 3M3ZA 3TAQA 1VQKN 3AVNA 1S5JA 4JI7K 1BO5O 3CCRN 2YJFA 5CHIA 5AQXA 4IG0A 3U8XA 1K6YA 2DFEA 5AQOA 3FZMA 5AQZA 4LF6K 4FM0A 3ZX2A 1RDAA 5IT9O 2G8KA 5BN9A 3OYAA 4KRFA 2QWMA 3OA9A 2DTUA 3WT0A 2BTFA 3CM6A 1S22A 2FBYA 3CXCM 5H1SQ 4FL9A 2Q31A 4PHTX 2OTLN 3OYGA 1KC8O 4ILHA 3K5MA 4JKEA 4IO9L 1RFQA 3SAHA 3VEXA 3S9HA 2WFBA 3HK2A 1FW6A 2D1KA 1VQ5N 3P1GA 4CZIA 3BF1A 2YX6A 5AQMA 1VSLA 1YT3A 5J2NA 3CCVN 4M3RA 1BI4B 4FCYA 1VQ7N 4OKEA 3HTVA 4Q0BA 1X3NA 3V1OA 3IAYA 1BL3A 5AQJA 5JS1A 3S41A 4CK1A 1CZAN 4GNIA 2KTQA 1HKGA 3ZSXA 3SPYA 2F9WA 3QFPA 3THXB 1UOCA 3B8AX 2OCEA 1IO2A 3MAQA 4JHDA 5M1KA 4FWKA 1NM1A 5GAGP 4YORA 4DG1A 1BOTO 4CEQA 4CZKA 1Q7YO 4YOYA 3KLIA 2OPPA 5GINA 3K2PA 5ELZA 3VENA 3LZIA 4MDAA 3VEWA 4BRDA 1WOQA 3WNEA 4DV4K 4FJIA 2B4JA 4FLTA 3DLEA 1EWQA 3HJFA 5JLHA 4B9TA 1NGGA 4HCBA 4QAGA 1P90A 4A5BA 3SMSA 5BR8K 3WNFA 1VQON 2FBXA 3C7NB 4BR4A 3AVHA 2P9LA 3GDQA 1GOCA 1S9EA 2GUPA 2W6KA 5GIPA 5J1EA 1VQPN 3RSEB 5CE3A 1RBSA 5BR9A 1JLAA 2E6MA 4M7YA 3E9OA 4MLEA 3V9ZA 1ITGA 1NMDA 3SPZA 2E2OA 2HHTA 3FLCO 4G1QA 3CCSN 1RBVA 2W40A 3TARA 1U4BA 1QQCA 4KTWA 2P9SB 3U6FA 2ZE2A 5D3GA 3CC2N 2NLXA 1LAVA 4X64K 3AA5X 2NRXA 4C1NK 3TAFA 4WYBA 1GLCG 4IEIA 4DQQA 4J2AA 4FJ9A 3HBTA 2DFFA 3WXLA 1U47A 1NKCA 4B3SK 3DLRA 2OZSA 4JS5A 4BRIA 3SUNA 3O5BA 4B9VA 3V9UA 3LP0A 3AO1A 3BUZB 2O8EB 1O1WA 3CPEA 4GVMA 3WXMB 3O9RA 2O8FA 4JI0K 4H5TA 1JCFA 3QMLA 3FE1A 1N33K 5FPMA 5BPMA 3VPZA 4M45A 3TU5A 3EEQA 3A5MC 1XC3A 2ITMA 3UKUB 2JGUA 3O8MA 1RT4A 3CHWA 4FWPA 4B1YB 1ZBHA 5C42A 4U7BA 1TVRA 4FPAA 5KI6A 1IBKK 3QBXA 4NXMK 3K5NA 1FXXA 4CEEA 1RTHA 2JLEA 3ENBA 4RW7A 1RBRA 3E01A 3ZT2A 3LDLA 3ZLJA 2HBKA 3TAMA 5KRSA 1SV5A 1X1PA 1HKCA 1S1TA 3MECA 4RW6A 3ASMA 2P9PA 2GX9A 2P9KA 1QZ5A 1IKVA 1IG8A 1KTQA 4FO0A 1CLQA 2P1JA 4HUGA 3CFRA 1VHXA 4BC2A 3F5TA 3SQ4A 1G15A 1SKSA 3MN9A 3QEWA 3VF6A 1N32K 4FJ7A 3K59A 2HHXA 2GWJA 1RTDA 4NO7A 1BIUA 1OKJA 4DR2K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3OYH A;  3K9K A;  1S9G A;  4O8U A;  3ULE B;  3O9Q A;  3O3G A;  1NKE A;  5KPR A;  4FJX A;  3Q7C A;  3SJJ A;  3S3N A;  1NK4 A;  4E7K A;  3F9K A;  1XNR K;  2V52 B;  2BH1 A;  4MDB A;  4B9L A;  4JKG A;  3OVN A;  3DLG A;  3VET A;  3D7E O;  3K57 A;  1KLN A;  4JK8 A;  4BRP A;  2Q0R A;  2GUI A;  1YUW A;  3M3Z A;  3TAQ A;  1VQK N;  3AVN A;  1S5J A;  4JI7 K;  1BO5 O;  3CCR N;  2YJF A;  5CHI A;  5AQX A;  4IG0 A;  3U8X A;  1K6Y A;  2DFE A;  5AQO A;  3FZM A;  5AQZ A;  4LF6 K;  4FM0 A;  3ZX2 A;  1RDA A;  5IT9 O;  2G8K A;  5BN9 A;  3OYA A;  4KRF A;  2QWM A;  3OA9 A;  2DTU A;  3WT0 A;  2BTF A;  3CM6 A;  1S22 A;  2FBY A;  3CXC M;  5H1S Q;  4FL9 A;  2Q31 A;  4PHT X;  2OTL N;  3OYG A;  1KC8 O;  4ILH A;  3K5M A;  4JKE A;  4IO9 L;  1RFQ A;  3SAH A;  3VEX A;  3S9H A;  2WFB A;  3HK2 A;  1FW6 A;  2D1K A;  1VQ5 N;  3P1G A;  4CZI A;  3BF1 A;  2YX6 A;  5AQM A;  1VSL A;  1YT3 A;  5J2N A;  3CCV N;  4M3R A;  1BI4 B;  4FCY A;  1VQ7 N;  4OKE A;  3HTV A;  4Q0B A;  1X3N A;  3V1O A;  3IAY A;  1BL3 A;  5AQJ A;  5JS1 A;  3S41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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