4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
molecule keywords Actin-5C
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
3ZETA 5EXWA 3KHYA 3LM9A 3U9ZA 4PKIA 2E2OA 1X3NA 2Q0RA 4JD2A 3FZKA 1E4FT 4M63C 4WQ5A 2ZF5O 3ID8A 4CI6A 1OKJA 2QWNA 5LJVA 2QWRA 4J8FA 4CZGA 1HX1A 4JHDB 1Z6RA 4BRFA 3UB5A 2D4WA 1GLEG 1Q18A 5AZIA 3WXKA 3CQYA 1S22A 2ZGZA 3FZMA 3R9PA 2E20A 3AAPA 4NB4A 4JAXA 2GUPA 1U2VB 4WQ4A 3FR0A 5F1XA 3HM8A 5KPTA 4CZJA 2CGJA 2ASPA 3D2FB 3JXUA 3CJCA 4ISGA 3WUHA 4A61A 4CBWA 5AQZA 5KQDA 3EL2A 3RSEB 2V52B 4LC9B 5E84A 4BR5A 4FPAA 3H3OB 1V4SA 5AQJA 4FWMA 3BF3A 5KQ8A 2DPNA 2QWQA 1K8KB 3LDLA 4JN4A 1NGJA 1HJOA 4YDUC 3FGUA 5JMVA 5JLHA 5KPRA 3O4WA 4BRDA 2QW9A 3FE1A 5AQHA 5BPNA 5AQIA 3CJAA 1DKGD 2QM1A 2IVOA 3H1QA 3GDQA 3VERA 1BA0A 4BR7A 3A5OC 1NGEA 4H0PA 4M7XA 4DHYA 1HKGA 1NGCA 2W41A 3I33A 1ATRA 3BF1A 3R8EA 3VEOA 3GE1A 4B1UB 3O5BA 3R6MA 3VEXA 3M3ZA 4FWLA 2YHXA 4FOEA 5EX5A 3I8BA 1BU6O 1ATNA 3H6EA 3C0BA 4BRMA 4BRGA 5AQUA 1BO5O 3QBXA 3ZEUB 4BRHA 2CGKA 4IO8A 2P9SA 2ASOA 5AQSA 3SJHA 5CE3A 2BTFA 4DQ8A 3U8XA 4MLEA 5AQWA 4B1ZA 1QHAA 2E1YA 3MMVA 4IWVA 3WQUA 1QZ5A 1BDGA 4EHTA 1RGIA 2E2PA 4BGAA 2YJFA 3VEYA 4EIAA 3A5MC 2HF4A 5LJWA 3UKRB 1NGBA 4JNEA 3HZ6A 1KAYA 2P9PA 3M1FA 5TKYA 2P9IB 1IG8A 3QMLA 2P9KB 3QICA 3GL1A 3QFPA 3C7NA 3F9MA 5KPZA 5AR0A 4FWNA 4H0VB 3LDOA 3O1BA 2P9NA 1T44A 1NGFA 3ENHA 4PL8A 2Q2RA 3VPZA 4CBUA 4B1XB 3MCPA 3FZLA 3ULEB 4DB3A 3VF6A 2A41A 1TUUA 5FPEA 4FWSA 3VENA 3L4IA 1X3MA 4B1WB 4CBXA 2YJEA 5AZJA 3D2EA 2VWBA 3MN5A 4YDUA 1QQMA 3SLCA 3A5LC 3UKUB 3EN9A 3FLCO 4MO5A 2FSJA 3GBTA 1EQYA 5BRDA 5LY3A 5BRHA 3LM2A 2CH5A 5AQTA 1JCFA 3A0IX 3OHRA 4H5RA 4BQZA 4H0OA 4CZFA 5I9EB 5BN8A 4A62A 2PAVA 1MWKA 1ZC6A 5AQQA 2PBDA 4RCHA 3SMPA 1ZXOA 2HMPA 2P9UA 3W3DA 4I6MB 4K41A 4PL7A 1J6ZA 2I7PA 3ZETB 3J8AA 1BA1A 4BR4A 4JD2B 2OANA 1X9JA 2A3ZA 3DWLA 1V4TA 3LDQA 4IJNA 2WUSA 3WT0A 5ADXA 4XH5A 3CJ1A 4BRAA 1QQNA 2V7ZA 4CD1A 1U6ZA 4K42A 5AZIB 2YHWA 5AQKA 3CQXA 3WXLA 4DCHA 3P4IA 4H03B 5F2RA 2I7NA 4CZKA 3VF4A 1YXQA 3IFRA 3BUZB 3VF2A 1GLFO 2V51B 1RFQA 1CZAN 1NGAA 4GY2B 4WYBA 4F9OA 5AQOA 4BVPA 4BC4A 2P9LA 2D1KA 2A6AA 4PKGA 2YI1A 3HI0A 3MDQA 4H5TA 4BC3A 3CHWA 4BG9A 2D0OA 2FF6A 4Y0WA 4FPBA 3SK3A 2VCPA 3EKSA 4CD3A 3ATVA 3L0QA 5AFUA 3EZWA 1WUAA 2F9WA 1YVNA 3QDKA 5AQPA 5AQNA 4FSVA 1MA9B 1YUWA 4FWPA 3WXIA 2FLOA 4RTFD 5BN9A 3H45C 1BWFO 2QWLA 4BR2A 3CERA 2QXLA 4ISEA 2KHOA 3KZBA 4BR9A 5B8HA 1LOTB 2P9LB 2ZWHA 5FPDA 3WEEA 3DXMA 2QWPA 4A2AA 1XQSC 4A2BA 2A40A 4BC5A 4BROA 2A42A 3GOIA 3LDNA 1NLVA 4IJAA 2VYPA 1H1VA 2ITMA 4H0XB 1DEJA 2P9SB 4XH4A 3VESA 1KAZA 4MO4A 1QZ6A 2CH6A 2FF3B 4BRNA 4HTLA 2H3GX 4BGBA 3VGLA 1MDUB 1E4GT 1MWMA 1ESVA 3WXJA 4FWKA 4BRPA 2FSNA 3ENOA 3HTVA 2Q1NA 3EKUA 3UE5A 1RDWX 3U4LA 2GTDA 2Q36A 4M7YA 3CJ9A 4H5NA 1SQKA 4H5VA 1WOQA 4BRCA 3A8YA 1TYQA 3G25A 1P8ZA 1KAXA 2P9PB 1DGKN 5E26A 1JCGA 2Q97A 3QFUA 3FZHA 2IIRA 4AM7A 4K43A 4E1JA 3C7NB 5BPLA 4BRIA 1NWKA 5ADXH 5BPMA 2IVNA 3CI5A 1GLAG 2P9NB 3BP8A 1ATSA 1HKCA 4JHDA 5BRFA 2E1ZA 3AARA 3D7EO 3MK6A 5AQRA 5AQLA 2W40A 3H1VX 1HPMA 3O6WA 1C0GA 1U2VA 4O5FA 2E2NA 4FL9A 1HUXA 4BREA 4EAHD 3QBWA 3D2FA 5AZJB 2QWOA 2HF3A 3D2EB 1XUPO 3RSEA 2NLXA 3DAWA 4FWRA 3H46O 4XEIA 3EO3A 4EFHA 1NMDA 2GWJA 2E88A 5AQGA 4BC2A 1R59O 2CGLA 3O08A 4NO7A 3BEXA 2E8AA 4RWTA 1SAZA 1K8KA 2QWMA 3ZX0A 5BREA 5JLFA 1KXPA 4CZLA 3HBTA 2YCHA 2D0PA 1JCEA 1GLJO 3W0LA 2GEMA 4BRKA 3ZX3A 5AFUH 4GNIA 4BG8A 2FSKA 4H0YB 3VEVA 3CJBA 5AQYA 5ELZA 5JICA 1C0FA 1TUYA 2P9UB 3S41A 4H0TB 5F0XA 4MLHA 5AQMA 4CZMA 3VETA 1T6CA 4CZEA 5AQFA 2A5XA 3DXKA 3ZX2A 4XH1A 1NGGA 2IVPA 1BUPA 1NGIA 3AAQA 1YAGA 1NGHA 2Q0UA 3CJ7A 3LDPA 3KVGA 3O1WA 3ZEUA 1Z05A 1GLCG 4KBOA 4CZIA 4BRLA 1BOTO 4BR0A 4WQ5C 2BUPA 3FFKB 2J4RA 5AQXA 2GWKA 4QS9A 1NGDA 3DJCA 3U9DA 3VEZA 1Y64A 3GG4A 3B8AX 3DXKB 2UYTA 2V7YA 3L6QA 1HKBA 3SMSA 1NBWA 3LL3A 4EHUA 4WQ4C 5EVZA 3UKRA 3WQTA 2NRHA 3IDHA 4BQLA 4Z94A 2GELA 3IMXA 2AP1A 2P9IA 2ASMA 2P9KA 4IZ9A 1HLUA 3AY9A 3VOVA 4BVOA 2HOEA 3QB0A 4CZHA 5EOYA 3MN7A 4FWOA 4FOIA 3O80A 1G99A 1GLLO 3H3NO 3M6GA 3MN9A 2NZTA 5FPMA 4C23A 1XC3A 1T6DA 1QQOA 4PKHA 3VGMA 3ULEA 4B1VA 2AA4A 3WEEB 1NM1A 3DXMB 2FXUA 3CETA 4B9QA 1BG3A 3VEWA 4HWIA 1S3XA 4QS7A 1GLBG 3IUCA 3TU5A 3MN6A 3UKUA 2Q31A 3VGKA 4IXCA 2YHYA 1GLDG 3O8MA 2F9TA 1IJJA 4L3QA 3TPQA 4K25A 4O8KA 4AM6A 5AQVA 2E2QA 4CJ7A 1SZ2A 2ZGYA 3JS6A 4H5WA 3A5NC 5FPNA 1D4XA 3CIPA 5EY4A 1ZBSA 4B1YB 5BR9A 3FZFA 1LCUA 4FO0A 3HSCA 4FWQA 4ISFA 4QS8A 3ATUA 4BRQA 2EWSA 4I6MA 1TYQB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCLN 1QSYA 2O8FB 4GMJB 1X3NA 3K59A 4OO1J 1IBMK 3ZSXA 3P39A 4M63C 3ID8A 2QWNA 3KK7A 3K58A 1SV5A 5J2PA 1Z6RA 5JVHL 1J53A 1WN7A 1RTJA 2B4JA 1S22A 3QINA 2HNDA 3Q7BA 4JAXA 4WQ4A 3CCEN 5LMNK 4M42A 2D5RA 5F1XA 2NRTA 4W5TA 2RKIA 1BIZA 1X9WA 2ASPA 3JXUA 4DKWA 3DLEA 3RSEB 2V52B 5M1NA 2C1IA 3SUPA 4BR5A 3DRPA 5AQJA 4FW2A 3LP0A 1BQMA 4ILJA 5KQ8A 2DPNA 2PYLA 2QWQA 1YJNN 2B5JA 5AJ3K 3I0RA 1IG9A 1ASVA 1XMQK 4YDUC 4JK8A 2QW9A 4FJLA 3K5MA 3WNEA 2QM1A 5M1QA 2IVOA 1LWEA 4R5PA 3V6DA 4BE1A 4FLVA 1JXEA 1S9EA 4H0PA 4M7XA 4DHYA 4IDHA 3V81A 4X65K 1KVAA 4B1UB 2HBJA 3O5BA 3VEXA 4WCEL 3K5LA 4JI3K 2DFEA 5EX5A 2YV0X 3HVTA 1BU6O 3H6EA 3THVA 2QA4N 2KZZA 4JRPA 2ETJA 4IOCL 3IS9A 3M8PA 2G8IA 4E0DA 5C25A 3TAGA 3U8XA 4MLEA 5AQWA 1TAUA 3ZT1A 2E1YA 1QZ5A 4CJLA 2YJFA 3VEYA 4EIAA 4KH6A 3OYGA 1BI4A 3A5MC 4Z4FA 5LJWA 4JNEA 5HL7L 5GAHP 1SL0A 4IOAL 1YTUA 5TKYA 1U04A 2P9KB 1XI1A 3GL1A 4FJXA 1KD1O 1D5AA 1NK6A 3AGRA 4LH5A 1EXQA 3QIPA 3O1BA 3KK3A 5I3UA 2P9NA 1T44A 1NGFA 3CC7N 3MX2A 3VMFB 3P1GA 4CBUA 4B1XB 3NCIA 3RWUA 1BI4B 4DB3A 4DV0K 4A5BA 2A41A 3VENA 3L4IA 2HHUA 4CBXA 2YJEA 1QQMA 3TR8A 3OYFA 4DQPA 4JI6K 1CZBA 3EN9A 3HYFA 4H4OA 5KRSA 3VTIA 3RMAA 3MX5A 3V9WA 3GBTA 4CEDA 4CIEA 4AH9A 4FLYA 5BRDA 5BRHA 3LM2A 5AQTA 2UUAK 2OZSA 4N56A 3OHRA 3KLEA 4BQZA 5I9EB 4YOWA 5BN8A 3CCRN 1NKBA 3NAEA 3VQPA 1JKHA 3NHGA 4DFPA 4K41A 3LANA 4DQSA 1WBDA 1RT4A 1VQ6N 3J8AA 1QHTA 5DK5A 2W6KA 1X9JA 3AVGA 1T7PA 1RDCA 3DWLA 1V4TA 3LDQA 4DSJA 2WUSA 3WT0A 2YX6A 4KPYA 4BRAA 4WFBL 3PY8A 2YHWA 5AQKA 3P4IA 3KLFA 4CZKA 4DTXA 1S1WA 4F3OA 3ZSQA 2HW3A 3VTHA 3HXMA 3OYHA 1Z26A 2ATQA 4OKEA 4LFBK 4CEAA 2P9LA 4DLGA 3HI0A 4H5TA 4BDZA 4BG9A 1RBRA 2VCPA 3C6AA 4CD3A 3KIOA 4R79A 3EZWA 4LH4A 4KHSA 1N8RO 4IG3A 1QVGM 4ELVA 4AHUA 1BCOA 3IG1A 2OPRA 3WXIA 5C10A 4FJMA 1E3MA 2JLEA 3ZSOA 3TTCA 3S9HA 1BWFO 2QWLA 4YOUA 3KZBA 4QAGA 4IG0A 2P9LB 2QWPA 4CJQA 4FM2A 1Q81O 3PO4A 3G10A 4YOXA 2A42A 5C2DA 1NLVA 3DLKA 4H0XB 1DEJA 1NU0A 4JEPA 1D9DA 2P9SB 3AVMA 4BECA 4CJEA 1QZ6A 2FF3B 4NYNA 3SAHA 3JAMO 4A5AA 4JKBA 4BGBA 4FLUA 3RRHA 1MWMA 3WXJA 4BRPA 4FWKA 2G8WA 3QEPA 3EKUA 3HPGA 3U4LA 3QERA 4OPKA 1TV6A 4H5VA 1WOQA 3ZSZA 4CF0A 1Q86O 2Q97A 3SQ1A 2OTJN 1RDAA 4I9LA 4J2DA 1VSFA 1XHZA 3HK2A 2IIRA 4K43A 4E1JA 1RT3A 4CF2A 4CK2A 1SS6A 3VQBA 5BPMA 1RT7A 1GLAG 2XY5A 4JHDA 2E1ZA 2XY6A 4Y1CA 4KH4A 3NF7A 4HHTA 1HPMA 4CECA 1T03A 1HUXA 1QVFM 4EAHD 3RRGA 3D2FA 2KLAA 4LSNA 3HPHA 2QWOA 4JKDA 2HF3A 3OS2A 4FLXA 5HBMA 3QESA 1U47A 1XUPO 4HUEA 4FWRA 3EO3A 4DFKA 2IAJA 3ZCMA 1R59O 3KLGA 1K8KA 5JLFA 1WAJA 1VSLA 3V1QA 1KVCA 1JCEA 3W0LA 2GEMA 3O3FA 4I2PA 3VEVA 3L3UA 5GAGP 1A5WA 1IKYA 2P9UB 1OH6A 2JWKA 4OVLA 2AJQA 1RT1A 4FW1A 1N34K 2QI2A 1CZ9A 4KH5A 4UY8O 2RF2A 3I0SA 4CZEA 3DXKA 1TVRA 4HTUA 4AHRA 3ZX2A 2YHAA 4XH1A 4PY5A 3V9UA 3TABA 1DLOA 2Y1IA 1HRHA 2O8BB 2Q3SA 1NGIA 3AAQA 1ZBIA 1NGHA 2BDPA 1ZBHA 4LF8K 4OPJA 1VQ8N 1W0HA 4JLHA 1FK9A 1GLCG 4KBOA 3RMBA 1J9AA 4Y1DA 4WQ5C 3F73A 1YITN 1NGDA 4Q0BA 3N4QA 2X6SA 3DXKB 4CJSA 2W6LA 2VQFK 4AHCA 3L6QA 1HKBA 4CJTA 2EX3A 3LL3A 3HJFA 4EHUA 3HT3A 3TSUA 4DV2K 4BQLA 2AP1A 4KTQA 3AO5A 3VOVA 4DSKA 3AV9A 3J7AP 3NH1A 2RE2A 4CZHA 4FOIA 4F2RA 3LP2A 3I56N 1G99A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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