4K42A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue sf01 [(3r,4s,5r,6s,10r,11r,12r)-11-(acetyloxy)-1-(benzyloxy)-14-[formyl(methyl)amino]-5-hydroxy-4,6,10,12-tetramethyl-9-oxotetradecan-3-yl propanoate]
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 112
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k42A03
1BA0A 4BRPA 3KZBA 2GWJA 3UKUB 1BWFO 2D0OA 3B8AX 4JHDA 1Z6RA 1NGDA 2J4RA 3VEVA 4AM7A 3ZEUA 4BREA 1Z05A 5AQJA 2CH5A 3JXUA 4BRDA 1E4FT 1YVNA 4O5FA 1QQOA 1V4TA 3EL2A 3GL1A 1ZXOA 4FWLA 3L0QA 3O1WA 3BEXA 3HZ6A 3H3OB 1HPMA 1QHAA 3I33A 2DPNA 3H45C 3EZWA 3VF4A 5E84A 5AQOA 4BVOA 3CERA 3LL3A 4IJNA 2ZGZA 3A0IX 1XC3A 2GELA 4FWKA 4AM6A 1IG8A 2BUPA 3DXKB 3BF3A 5ADXA 4XH1A 3VETA 3CJ1A 3VESA 4XH4A 2YI1A 1TUYA 4XH5A 4ISEA 2QWNA 2QWPA 5FPNA 5B8HA 3QBXA 1YUWA 4BVPA 1X3NA 1NLVA 5AQSA 4BRGA 5AQUA 3DXKA 3ATUA 2YHXA 5BREA 1MWMA 3QBWA 2CGLA 4BR0A 1MDUB 3GBTA 4BG9A 1BOTO 3QB0A 2HF3A 3MCPA 3IUCA 4EFHA 3KVGA 1JCGA 2E1YA 4CZJA 5ELZA 5AZJB 3BUZB 4ISFA 1GLCG 4QS8A 4CZIA 3CJ7A 1X9JA 2Q2RA 2FSJA 3SJHA 1S22A 4H03B 4DHYA 2PAVA 5KPZA 4BRCA 4YDUC 1YAGA 4MLHA 4IXCA 1XQSC 3ZX0A 4H5TA 3VEOA 1NWKA 1H1VA 2GTDA 4BGAA 4B1UB 3M6GA 1V4SA 4CZLA 4IZ9A 4EIAA 4A2BA 5ADXH 3LM2A 4CZHA 1YXQA 3VOVA 2AA4A 2HF4A 3WXJA 4A61A 3H6EA 4NB4A 4BQLA 4CD3A 2OANA 3U9ZA 4M63C 4B1WB 3MK6A 3EKUA 2D1KA 1NGJA 2GEMA 3IDHA 4CZGA 4BRQA 4DCHA 3CI5A 1NM1A 3CIPA 1T44A 1RDWX 2NLXA 3MN5A 3QICA 2P9LB 4K41A 4BGBA 1MA9B 2I7PA 4IWVA 4A2AA 1GLBG 4PKGA 5AQNA 2P9KB 3BF1A 3TPQA 5TKYA 2P9LA 2D4WA 4FWNA 3HSCA 5LJVA 1ESVA 2E2NA 1DKGD 1QZ6A 2Q0RA 4H0PA 1KAZA 3UB5A 5AR0A 3A5NC 3W3DA 5AQWA 4B1VA 5AQGA 4CJ7A 2V7YA 2P9IB 2YCHA 3WQTA 4BC2A 2YHYA 3ZX2A 5AQZA 4BC4A 1K8KA 3CJBA 1KAXA 5KQ8A 1JCFA 2EWSA 4H0TB 2FLOA 3BP8A 1SAZA 2P9IA 1Q18A 1C0GA 3SMPA 3VGLA 3MN9A 2A42A 4IJAA 2P9NB 3VENA 4CI6A 2E2PA 4HTLA 1DGKN 1HKGA 2PBDA 5AQLA 1GLAG 5LY3A 4K43A 1RFQA 3U4LA 3UKUA 4J8FA 5AQRA 3A8YA 2YJFA 4JAXA 4RTFD 4BROA 1ATSA 1TYQB 2IVOA 2P9NA 1E4GT 4H0OA 4Y0WA 3AAQA 3ATVA 3AY9A 3ID8A 1QQNA 3WT0A 3EKSA 2P9UB 3IFRA 2E8AA 4GY2B 4EHTA 3LM9A 3MDQA 3VF6A 1DEJA 1BA1A 5JLHA 3MN7A 2A41A 5AQMA 5AFUA 1NGBA 3J8AA 3D2FB 3VERA 4BR7A 1BUPA 3L4IA 3QMLA 5JICA 4CZKA 2V52B 1WUAA 3LDNA 2UYTA 3D2FA 3CQYA 4FOIA 4I6MB 4DQ8A 1NGHA 2GWKA 1U6ZA 3O4WA 3P4IA 4QS7A 3WQUA 5JMVA 2GUPA 2Q0UA 1NGEA 3O80A 1OKJA 3OHRA 3O5BA 3SLCA 2CGKA 4I6MA 4JNEA 4XEIA 3DWLA 3WEEB 1SQKA 2QW9A 2AP1A 2VYPA 4BR9A 2ZF5O 4CBXA 3VEXA 1GLFO 3SK3A 5FPDA 2QWOA 5AQPA 5AQYA 5KQDA 2FSNA 3ENHA 5AZJA 3WEEA 4CZMA 2P9SB 3ZETB 2F9TA 1JCEA 1RGIA 3HM8A 3CQXA 3F9MA 3R6MA 2H3GX 1G99A 4H5RA 4MO4A 5AFUH 5AQHA 3DXMB 3HTVA 2P9SA 2FSKA 2I7NA 3QFUA 3ZETA 4BRIA 3O8MA 5AZIB 3TU5A 3WXKA 4CBWA 2VWBA 3S41A 1BDGA 1GLJO 4FWRA 4BR2A 2WUSA 1BO5O 3DXMA 3A5MC 3L6QA 2ITMA 1XUPO 1BG3A 5EOYA 2P9PB 4BC3A 2FF3B 2HMPA 2QXLA 3VGKA 4K42A 3FLCO 3WXLA 3SMSA 4BC5A 3VEWA 3FZKA 1GLDG 4BRKA 3A5OC 3MN6A 5BN9A 4FWMA 2E2QA 3HI0A 1HX1A 3DJCA 2Q1NA 2QWRA 4HWIA 2W41A 3RSEB 2P9KA 5AQIA 2ZGYA 5BN8A 2KHOA 3EN9A 3M1FA 4BG8A 1P8ZA 1NGIA 4PL7A 4WQ5C 1LOTB 2YHWA 4H0VB 3RSEA 5AQTA 3UKRB 3O1BA 3A5LC 1D4XA 2CH6A 5E26A 3HBTA 4BRAA 2FXUA 5BPLA 2D0PA 3UKRA 3I8BA 1QZ5A 2QM1A 1ZC6A 4BRMA 4ISGA 5EY4A 2E2OA 1NGAA 3H3NO 4WQ4A 4FO0A 2QWMA 4FWPA 4K25A 5I9EB 4JHDB 3O08A 3QFPA 4FWOA 3LDOA 1LCUA 3GE1A 5AQQA 3FFKB 3KHYA 3ZEUB 3VEYA 3UE5A 3LDPA 2ASPA 2BTFA 3M3ZA 2QWQA 4JN4A 1Y64A 4FOEA 4CBUA 5F0XA 1TYQA 4B1ZA 3VGMA 1HKCA 3FZMA 3FZFA 3LDQA 5FPEA 4A62A 2P9UA 5LJWA 3IMXA 3VF2A 5EVZA 1NGCA 4QS9A 3H1QA 1SZ2A 4M7YA 2V51B 4O8KA 2Q31A 1NGGA 4KBOA 4BRLA 3DAWA 1NMDA 2NZTA 4WQ5A 1J6ZA 3FZLA 2A6AA 5F2RA 4EAHD 5BRFA 2YJEA 3H46O 2W40A 4RCHA 5CE3A 4FL9A 2E1ZA 5BPNA 4BR5A 4JD2B 2Q97A 4BQZA 3FGUA 1HKBA 4PL8A 4BR4A 4H5VA 1MWKA 3AAPA 1CZAN 4JD2A 4PKIA 1HJOA 3G25A 4DB3A 3D2EB 5KPTA 2ASOA 3AARA 2F9WA 1GLLO 3CHWA 3WUHA 5FPMA 3MMVA 5BPMA 1T6CA 3U9DA 4M7XA 4IO8A 3D2EA 4H0XB 1ATNA 2V7ZA 3GDQA 1TUUA 4B1XB 2A5XA 1NBWA 1T6DA 4WQ4C 1ZBSA 4H0YB 4NO7A 3JS6A 4BRFA 5BRDA 5AZIA 4CZEA 5BR9A 1S3XA 1U2VB 4F9OA 5F1XA 3QDKA 3ULEB 2ZWHA 3EO3A 4LC9B 4H5WA 2E88A 3C7NB 3W0LA 1C0FA 3GOIA 4BRHA 2P9PA 1U2VA 1QQMA 3CETA 2ASMA 2QWLA 1WOQA 3ULEA 1EQYA 4FWSA 3R8EA 2IVPA 3LDLA 1R59O 3FE1A 3CJAA 3O6WA 3C7NA 4MLEA 5EXWA 2CGJA 3FZHA 3CJ9A 5AQXA 3CJCA 4FWQA 4L3QA 4GNIA 3WXIA 5AQKA 4B9QA 4EHUA 4E1JA 2IIRA 2A3ZA 1BU6O 4RWTA 3VPZA 3VEZA 2IVNA 5AQFA 2NRHA 1HLUA 3C0BA 4B1YB 3FR0A 4PKHA 4H5NA 3H1VX 3U8XA 2Q36A 3ENOA 4CZFA 1X3MA 1KXPA 1NGFA 2E20A 2A40A 4FPAA 5EX5A 4BRNA 1HUXA 1K8KB 3GG4A 2VCPA 4WYBA 1IJJA 3ZX3A 1ATRA 1GLEG 2HOEA 5AQVA 4YDUA 3R9PA 4CD1A 4MO5A 4Z94A 5JLFA 4C23A 1KAYA 5KPRA 5BRHA 4FSVA 4FPBA 2FF6A 3D7EO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT3A 2ZD1A 1T7PA 3UKUB 3B8AX 1NGDA 2J4RA 1N34K 1Z05A 3VMFB 4BRDA 1RT4A 1IO2A 1V4TA 3OYAA 1CLQA 4CFCA 4DTMA 4OO1J 3HPHA 1I39A 5I42A 1QHAA 3CCQN 3TSPA 3OJSA 3CD6N 3SUQA 3HJFA 4DR6K 3NH0A 2NRXA 3OYKA 5E84A 4DFMA 4CFAA 3NH2A 3CERA 4JI8K 4YOTA 4IJNA 2NRRA 4FWKA 4AM6A 3D45A 3SZ2A 1IG8A 2YNFA 2BUPA 4CEAA 1EWRA 3BF3A 1IKVA 3CJ1A 1D9DA 1RT5A 4ISEA 3CFPA 5J2PA 1SKSA 3E9PA 1YUWA 3OYDA 5AQSA 5AQUA 2HBJA 1LAVA 3ATUA 1MWMA 5KRSA 3GBTA 1BOTO 3QB0A 3IUCA 4EFHA 1HNVA 3KLEA 4CESA 4AHVA 1RBRA 3BUZB 3CJ7A 3WNFA 2E6MA 3SJHA 4OPKA 4FJNA 3O4NA 1YAGA 1XQSC 1BL3A 1KFDA 1NWKA 4BGAA 1NJXA 2HHVA 1GOCA 3M6GA 5FROA 4PHTX 1OH8A 4CHOA 4RW8A 1N33K 3E1YA 4CJ5A 3O4QA 3LM2A 1YXQA 4YOVA 4CGHA 3MK6A 4JK7A 1RTHA 5GAGP 2KZZA 1SL0A 3IDHA 5EU7A 4DCHA 1NM1A 4CEFA 3KD5E 4DSKA 4JRQA 3I55N 2HHTA 4K41A 5KGWA 5A2QO 4F4KA 3CCJN 5C25A 3K57A 1VSJA 4DSLA 4M45A 3TPQA 4GW6A 3KLIA 2VG6A 3ITHA 3HSCA 1IKXA 4B8AB 1NK9A 1VQ7N 1QZ6A 1S6PA 3A5NC 4A5AA 3EY1A 4DSJA 4IEEA 3CYGA 4RW9A 2V7YA 3WQTA 3AVIA 1WSIA 4DTRA 3LZJA 3RTVA 5FRNA 4OVLA 2EWSA 4LFBK 1QS4A 1NJIO 1SAZA 2P9IA 1Q18A 1L3TA 1TGOA 1NJWA 3SMPA 4NLBA 4HTLA 1DGKN 1FJGK 4F8RA 4M3WA 3G0ZA 1HQUA 4RTFD 5JENA 2IVOA 4H0OA 2P9NA 1E4GT 3ID8A 3KLGA 3IFRA 2E8AA 4EHTA 1NK4A 1WSEA 3LM9A 1RT7A 3MDQA 4DR1K 3SNNA 4DV4K 4BWMA 4CHYA 5JICA 1IV0A 3BZCA 3WNHA 2V52B 1WUAA 4KO0A 4M42A 2O4IA 4CK3A 5C2FA 3ZT1A 2O8FA 1KD1O 2GWKA 3C6HA 3SBGA 5JMVA 1NGEA 1RCHA 1RTIA 3F5TA 3O5BA 4CK1A 4I6MA 2DFHA 4XEIA 3DWLA 2QW9A 3CCRN 1Q82O 5AQYA 4DR3K 2X6SA 1RDBA 4Z4GA 3ENHA 5AZJA 3KJVA 4X66K 3KIOA 3ZETB 1NG9A 3O9SA 5AFUH 4H5RA 4MO4A 5AQHA 1QSYA 3QESA 4BRIA 3WXKA 3HPOA 4DLGA 4KHQA 4FWRA 1RT2A 2WUSA 1BO5O 3A5MC 4HVJA 2XY7A 1XUPO 1TKDA 2D0BA 2KQ2A 3OYMA 1CXQA 2YNGA 2P9PB 5EOYA 2ZJQL 3PO5A 4BC3A 2HMPA 4DV1K 4ZTFA 3L2UA 3ZSZA 4LFAK 1K8AO 3THWA 5CR4A 3VN5A 3HPGA 3MN6A 2A1SA 4FWMA 1U48A 1QHTA 2Q1NA 5GIOA 4HWIA 4NXMK 3K5OA 2ZGYA 5BN8A 3HL8A 3IKMA 2KHOA 3M1FA 3DLBA 4WQ5C 1LOTB 5CYQA 4DR2K 4F2RA 3UKRB 5GIPA 4A57A 1BQMA 5M1QA 3QETA 3A5LC 4Z4CA 2FXUA 1S1TA 1YTAA 3NF8A 1HRHA 2QM1A 4ISGA 4IDHA 1NGAA 3DRSA 3H3NO 3TR8A 4B9NA 3KK1A 2QWMA 4FWPA 3AVKA 4PQUA 4K25A 5AJ3K 3THYA 3OVNA 1JXEA 4FJ9A 4LF4K 1LCUA 4FZZA 3QEWA 5AQQA 3VQEA 3VEYA 4Z4EA 2ASPA 3M3ZA 4JN4A 2QWQA 4CFBA 1Y64A 3AA4A 3MXMA 4CBUA 5F0XA 1TYQA 1VQKN 3VGMA 1HKCA 1S6QA 3FZMA 4CJLA 3IMXA 4JS4A 3HXMA 1NGCA 2JWKA 3H1QA 4X62K 3ASMA 3QLHA 3D0PA 2HNZA 4CFDA 3L3UA 4O8KA 3UIQA 2Q31A 1XNQK 4KBOA 3WXMB 4M3RA 3OY9A 4WQ5A 3HYFA 2YJEA 5JVGL 2Z1HA 4RCHA 5CE3A 1XMOK 2Y1JA 4JD2B 4KH6A 2UUAK 1KLNA 4Y1DA 4PL8A 4BE2A 4CHZA 3F2KA 3S3OA 4DV2K 3BY5A 4IEIA 3OYLA 3OBWA 3QNOA 2LSNA 4DB3A 4CHPA 3D2EB 2ASOA 2O8EB 4JI7K 1DT9A 2F9WA 2XY8A 1BCOA 3WUHA 3TTCA 2V7ZA 3TTFA 4U7BA 4N5SA 3DM2A 4CF8A 1XMQK 1JJ2M 3DLKA 4DR4K 4FM2A 1RTDA 3HK2A 2GV9A 4OLBA 1T6DA 3E66A 5I3UA 3I8DA 4KHSA 3JS6A 5M1KA 1IBKK 1S72N 5BR9A 4FJKA 4DQSA 1VQMN 1U2VB 4B9SA 4F9OA 3QDKA 3NFAA 1HJRA 3P38A 2JGUA 4IFEA 5DM7L 3V81A 3O3GA 3O9RA 4IG0A 2ASMA 4OGEA 2QWLA 1WOQA 3ULEA 1EQYA 2W00A 2IVPA 4B9UA 1R59O 3TAGA 3CJ9A 3TSUA 5CZ2A 4B9QA 2HVHA 2Y1IA 1L3VA 2XY6A 1BU6O 3CC7N 3VPZA 3VEZA 2IVNA 2OTJN 3TAMA 3C0BA 2VG5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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