4K43A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue gc04 [n-{(1e,4r,5r,7e,9s,10s,11s)-4,10-dimethoxy-11-[(2s,4s,5s)-2-(4-methoxyphenyl)-5-methyl-1,3-dioxan-4-yl]-5,9-dimethyl-6-oxododeca-1,7-dien-1-yl}-n-methylformamide]
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (8-12)TI3 (69-72)AH2 (79-93)AH3 (113-127)S11 (169-170)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)S16 (329-330)S3 (29-32)S5 (53-54)S6 (66-68)S4 (35-37)AH1 (56-61)TI1 (61-64)S10 (160-166)TI5 (98-101)TI2 (62-65)TI'1 (72-75)TII2 (71-74)TI4 (97-100)S7 (103-107)TII3 (108-111)AH13 (359-365)S8 (131-136)TIV2 (129-132)S9 (150-155)AH9 (274-283)AH4 (137-145)3H4 (287-289)TIV3 (165-168)TIV4 (261-264)TI6 (156-159)3H3 (264-267)3H1 (172-174)O2 (178-180)S12 (176-178)AH5 (182-196)S13 (238-241)AH7 (223-232)AH10 (290-295)AH6 (203-216)S15 (297-300)TVIII2 (220-223)TI8 (242-245)3H2 (258-261)S14 (247-250)AH8 (252-257)AH11 (309-320)TII4 (306-309)TI9 (322-325)TI10 (332-335)AH12 (337-348)TI12 (349-352)TI14 (352-355)TI13 (350-353)TI15 (353-356)S17 (357-358)TI7 (234-237)3H5 (302-304)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 114
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k43A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k43A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k43A03
3H3NO 2A40A 3J8AA 2E1YA 4AM7A 4HWIA 3MN9A 3ZX2A 4MO4A 2YHWA 2FF3B 3FFKB 3VEZA 2Q36A 3GG4A 2P9KB 1U6ZA 3O6WA 3ZETB 1EQYA 1T44A 3LM2A 4FWNA 3G25A 4BGAA 2V7YA 1T6DA 3MMVA 3D2FB 3WXKA 1Z05A 4BRMA 2VWBA 1TYQA 2GELA 3BF3A 3L4IA 4BREA 4IZ9A 3TU5A 3D7EO 2A42A 2QXLA 5AQSA 4FL9A 3H1VX 4CZHA 1ATRA 4BRPA 1GLAG 3MN7A 4MLHA 3HM8A 4CD3A 3JXUA 1J6ZA 4M7XA 1JCEA 2P9KA 2QM1A 1HJOA 4BC3A 3M6GA 3GL1A 5AFUH 2QWQA 1C0FA 5F1XA 3U8XA 1ATSA 3WEEB 1E4FT 2P9UA 4FOEA 3D2FA 4XH5A 3R8EA 4YDUC 3GE1A 4ISGA 3WXIA 2HF4A 4CBXA 4A2BA 2ASOA 2GEMA 4H5TA 2ZWHA 3KVGA 5BRHA 1NLVA 5EXWA 3SJHA 1BA1A 5FPNA 3S41A 1QQMA 3SLCA 3VETA 3A5LC 1NGEA 3AY9A 4CZKA 3UKUB 2IIRA 3H6EA 3BUZB 2QWNA 3KHYA 5AQHA 1SZ2A 4FWOA 3UE5A 4EHTA 2OANA 5JLFA 4BR9A 2Q31A 5LJVA 2I7NA 2H3GX 4H0XB 5AQZA 3MN6A 3VGKA 4B1ZA 5JICA 4M63C 4B1UB 2AP1A 4BR7A 5AR0A 2A41A 5AQIA 3HTVA 3WUHA 5BN9A 4RCHA 5EOYA 3ENHA 3DAWA 1GLBG 2GWKA 1LCUA 3H3OB 3LDNA 1GLCG 1MA9B 5AQYA 5BR9A 3DXKB 3EO3A 3HZ6A 4BRKA 1U2VA 2P9IB 4C23A 3CJCA 4ISFA 4JHDB 3WXJA 1SAZA 4JAXA 4Y0WA 2E8AA 3O1WA 4BR4A 2Q0UA 5AQNA 4ISEA 2PAVA 2Q1NA 2IVNA 3D2EB 4XH4A 2F9TA 1ZXOA 5ADXA 2YJFA 3L6QA 1GLEG 5AQLA 5AQGA 4BVPA 3VGLA 4JN4A 3HSCA 1XC3A 3LDPA 1GLFO 4WYBA 3DXKA 3U4LA 3CJ1A 3R9PA 3VEYA 1QZ6A 3FR0A 4JHDA 1R59O 3ULEA 1QHAA 3HI0A 3GBTA 1OKJA 3CHWA 3OHRA 2CH5A 5AZIB 3LDQA 5AQVA 4WQ5A 1E4GT 4PKHA 3D2EA 4FWLA 2PBDA 2WUSA 3ATVA 4BRHA 4CZFA 1V4SA 3B8AX 4QS8A 1X9JA 2D0PA 4FSVA 1KAYA 5AZJB 3F9MA 1V4TA 2YJEA 4BR5A 3CI5A 2FSNA 2FXUA 1XQSC 4IO8A 2Q0RA 5BREA 5ADXH 4MLEA 4IJAA 4WQ4A 4BGBA 4EAHD 3AAQA 5TKYA 4RWTA 2GWJA 4BQLA 3VGMA 2P9LB 4BRGA 4JD2B 3ZETA 4A62A 4BR0A 3ID8A 5AZJA 2FSJA 3QDKA 4BRIA 4QS7A 1X3NA 2HF3A 3O4WA 4O8KA 2ITMA 2ASMA 3DJCA 4DQ8A 4BRCA 4PL8A 2P9SB 3CJBA 5JLHA 5E26A 5AQFA 3UB5A 4CZMA 4H0OA 1Q18A 5F2RA 5AQQA 2FF6A 4BG8A 4CBUA 4H0PA 2GTDA 4BRFA 2P9LA 5AQMA 4K41A 4JD2A 4CZIA 1DGKN 1X3MA 2YI1A 3MCPA 5F0XA 2BTFA 2YHXA 3IUCA 4B1XB 4DHYA 1RFQA 1MWMA 3WEEA 1NGCA 4H5VA 2ZGYA 3AARA 2V7ZA 3O08A 2CGJA 3GDQA 2CGKA 3H45C 4H0YB 4BR2A 3QMLA 3VEVA 2QWRA 1S3XA 4H5NA 5EVZA 4EHUA 1ZC6A 2D0OA 1ESVA 3I8BA 2D4WA 5AQOA 4F9OA 2NZTA 4FWQA 1P8ZA 1CZAN 3RSEB 2NLXA 4BC2A 1T6CA 2P9PB 2GUPA 4JNEA 2HMPA 4B1VA 4BRNA 1S22A 3SMSA 3W0LA 4RTFD 3VEWA 1BOTO 3EL2A 5E84A 4BC4A 1HUXA 4A61A 5FPDA 3CETA 3UKUA 3MN5A 1GLJO 4M7YA 3FZFA 3L0QA 1YVNA 3U9ZA 3ATUA 1HPMA 3VPZA 1NBWA 3A5MC 4K25A 5AQXA 4DB3A 3IMXA 4BRQA 5LJWA 1NGGA 3ENOA 1NGAA 1MDUB 5FPMA 3VEOA 5KPTA 4FPBA 3O5BA 4CJ7A 1BG3A 2V51B 3GOIA 3RSEA 3QFPA 3M3ZA 4PKIA 2P9PA 3WXLA 4EIAA 4BROA 5B8HA 5I9EB 2DPNA 3CQYA 1JCGA 3LDLA 4FPAA 4QS9A 5BRFA 3O80A 3FGUA 3DWLA 3O1BA 2QWPA 2VYPA 1NGHA 3SMPA 3ZEUB 2E88A 2CGLA 1BA0A 3IDHA 4AM6A 2P9IA 4E1JA 1BU6O 1BUPA 1D4XA 1YXQA 3EKUA 2E20A 3R6MA 2W40A 3EN9A 5JMVA 5KPRA 4PKGA 3JS6A 1LOTB 4FO0A 3VEXA 3A5OC 1RGIA 4BRDA 2V52B 4K43A 4EFHA 3QBWA 4BQZA 1HKCA 3VOVA 2CH6A 3QICA 1KXPA 5BPLA 3ZEUA 2NRHA 1ZBSA 4BG9A 1TYQB 2IVPA 1WOQA 4H03B 4CZJA 2IVOA 5AQKA 3M1FA 1ATNA 3VF6A 1TUYA 3UKRB 2Q2RA 3VENA 2E1ZA 1DEJA 4IJNA 5AZIA 4NO7A 2W41A 3FZMA 4O5FA 3WT0A 2D1KA 5AQJA 4BRLA 4WQ5C 5AQTA 3EZWA 3SK3A 4J8FA 4B1WB 1WUAA 2P9UB 4LC9B 1NWKA 4YDUA 3TPQA 1HLUA 3CJ9A 1YAGA 3UKRA 4H5RA 1DKGD 5FPEA 1GLDG 4XH1A 2E2OA 4WQ4C 3DXMB 1HKGA 5BPMA 2UYTA 4H0TB 5EY4A 2Q97A 4B9QA 1KAZA 2I7PA 3O8MA 2A5XA 1Y64A 2FSKA 3EKSA 2FLOA 2E2NA 4FWMA 4KBOA 4BRAA 3VESA 3QB0A 4B1YB 1YUWA 5KQ8A 1HKBA 4FWSA 4K42A 3FLCO 5KQDA 2P9NB 3U9DA 2P9SA 4H5WA 3C7NB 3A5NC 5BN8A 2F9WA 1RDWX 3AAPA 3FE1A 3WQUA 1GLLO 2E2PA 3CJAA 2BUPA 3QBXA 2E2QA 2ZGZA 3DXMA 2J4RA 4DCHA 2EWSA 3LL3A 4XEIA 1NMDA 1NGFA 1BWFO 2VCPA 1K8KB 1C0GA 3VF2A 1H1VA 4BVOA 3H46O 3BP8A 4FWRA 3MDQA 4FOIA 2QW9A 2P9NA 3FZKA 3C7NA 4FWKA 1U2VB 4PL7A 5BRDA 1TUUA 4CZLA 3VERA 3HBTA 5LY3A 2QWOA 3A0IX 3H1QA 3ZX3A 5BPNA 4CI6A 1Z6RA 1QZ5A 5EX5A 3FZLA 2QWLA 3CIPA 1K8KA 2A3ZA 1BO5O 1SQKA 1BDGA 3BF1A 3IFRA 1MWKA 5AQPA 4L3QA 1IJJA 2AA4A 2KHOA 3FZHA 5AQWA 4A2AA 1QQNA 1NGJA 1IG8A 3A8YA 2QWMA 4H0VB 3CJ7A 3ULEB 4HTLA 2YHYA 4I6MB 4NB4A 3WQTA 4GY2B 4IXCA 1JCFA 3C0BA 4IWVA 3LDOA 1NGDA 3LM9A 3ZX0A 3VF4A 4MO5A 3KZBA 5KPZA 2ASPA 3BEXA 3CERA 5AQUA 5ELZA 3MK6A 4CBWA 1G99A 2YCHA 3CQXA 1KAXA 4CZGA 2A6AA 4BC5A 1QQOA 1XUPO 4CZEA 3W3DA 4Z94A 1NM1A 4CD1A 1NGIA 3I33A 3QFUA 4GNIA 3P4IA 2HOEA 5CE3A 2ZF5O 1HX1A 4FWPA 4I6MA 1NGBA 5AFUA 5AQRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JS2A 4ZTFA 2A40A 3J8AA 4YY3K 1NJXA 4HWIA 1JJ2M 4CGJA 4FK4A 2PZSA 4XJXA 3TWHA 3ZSQA 1S1VA 2UXBK 3ISNC 2A1RA 1J54A 3VTHA 1CXQA 3RMAA 4CFAA 5HRRA 4DTOA 3SUNA 2HHWA 3AVMA 3D2FB 3WXKA 1NK7A 3KK2A 3SUQA 2KW4A 1QE1A 3CCJN 1VQ7N 3TU5A 4CGDA 4MQ3A 3D7EO 2A42A 5LMNK 4ID5A 4AH9A 3HPOA 1LAVA 1GLAG 3MN7A 5JVGL 1P90A 4M7XA 2QM1A 4JI0K 3M6GA 3GL1A 3AO5A 4CJKA 2QWQA 1VQ4N 1EP4A 3ASMA 3D2FA 3T19A 4CF8A 3R8EA 3O4QA 1WSFA 1R0AA 1U45A 4CBXA 3TANA 4CK2A 2ASOA 2UUCK 1A5VA 1RDBA 2P5GA 1DLOA 3OJUA 3CC2N 4F4KA 1BQNA 4CIFA 4I9QA 4OVLA 4LH4A 1QQMA 2HHXA 1YTUA 2OPRA 3NVMA 5FRNA 4CJWA 4EHTA 4Z4EA 3QLHA 5CYMA 5SWMA 2Q31A 5CZ1A 2H3GX 3EZ5A 1Q82O 4JKAA 4B1ZA 1JXBA 4B1UB 1OVQA 2A41A 1U47A 4IOCL 2Z1JA 3HTVA 3WUHA 5BN9A 3ALYA 3ENHA 1LWEA 4CEAA 3DAWA 4IG0A 2JGUA 3BY5A 1LCUA 3LDNA 3DLHA 2HHTA 2ITGA 3CQ8A 3E66A 4C23A 4ISFA 3VQBA 4DR4K 4DS4A 4Y0WA 3SAGA 2E8AA 3O1WA 1QS4A 1LV5A 2BH1A 3CCSN 4OPAA 2IVNA 4LF5K 3S5TA 3L6QA 4Q5VA 1GLEG 1LW0A 1IH7A 4CVNE 5HP1A 2F96A 3PIOL 2IDOA 2E6MA 4IKFA 1RDUA 1GLFO 3AVBA 4ZHRA 4WYBA 1S5JA 3NBPA 3U4LA 3R9PA 3F5TA 4FLZA 3ULEA 4BDPA 1SL1A 1QHAA 5GADP 4A5BA 3E9PA 1Y97A 3CHWA 3OHRA 2YV0X 4AHRA 4H4OA 3LDQA 4NLBA 5IWAK 3EYZA 4WQ5A 4IFVA 3DLRA 4PKHA 4FWLA 3WXMB 2PBDA 4E7KA 3ATVA 4I2QA 4BRHA 3QNOA 4CJQA 4O0JA 3THWB 4O5BA 4CGGA 1XWLA 4FJGA 4Z4IA 3V9XA 4C8NA 1NK4A 2BDPA 3CI5A 5TKWA 1YTAA 2FSNA 3EY1A 2RPIA 4GKKK 5BREA 1N5YA 4JEPA 2FBYA 4WQ4A 3CD6N 4FYDA 4LFCK 4JRQA 4DR5K 2RHKA 2YNFA 1KLMA 3K5NA 3ZETA 1VHXA 2C1GA 4QS7A 4C1NI 3TI0A 2ASMA 1ZBUA 4LSNA 3THYB 3KTQA 4PL8A 1I94K 1VAZA 2XRIA 1K8AO 4CZMA 3L2VA 2P1JA 1L5UA 1RTDA 4DQIA 1VQNN 4H0PA 2GTDA 1X3MA 2YI1A 3VQ6A 5F0XA 4FLUA 3R1XA 4DS5A 4B1XB 4LF9K 1MWMA 3ZCMA 3LALA 2ZGYA 3THYA 3OBYA 3DLKA 2AJQA 4KPYA 2HHHK 2DFHA 1JL1A 4H0YB 1S3XA 4E19A 3KLEA 1E3MA 1GOBA 4J2DA 2OTLN 3TABA 3QESA 1NMNA 4LF7K 4OKEA 1TL3A 2OTJN 1EXQA 4NLCA 1J5EK 4JRPA 2VWJA 1HUXA 4A61A 3CPEA 5FPDA 3UKUA 4JYAK 5AQXA 3TAMA 5LJWA 4ILJA 1NGAA 1WSJA 4BE0A 1RILA 4L8RB 4FJKA 3L2WA 3OYHA 5FDLA 1KQSM 3C6UA 3HOTA 3QFPA 3M3ZA 3MWTA 4M3YA 1C0UA 4C8LA 3WXLA 5B8HA 1BISA 4Q0BA 1JCGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5JS2 A;  4ZTF A;  2A40 A;  3J8A A;  4YY3 K;  1NJX A;  4HWI A;  1JJ2 M;  4CGJ A;  4FK4 A;  2PZS A;  4XJX A;  3TWH A;  3ZSQ A;  1S1V A;  2UXB K;  3ISN C;  2A1R A;  1J54 A;  3VTH A;  1CXQ A;  3RMA A;  4CFA A;  5HRR A;  4DTO A;  3SUN A;  2HHW A;  3AVM A;  3D2F B;  3WXK A;  1NK7 A;  3KK2 A;  3SUQ A;  2KW4 A;  1QE1 A;  3CCJ N;  1VQ7 N;  3TU5 A;  4CGD A;  4MQ3 A;  3D7E O;  2A42 A;  5LMN K;  4ID5 A;  4AH9 A;  3HPO A;  1LAV A;  1GLA G;  3MN7 A;  5JVG L;  1P90 A;  4M7X A;  2QM1 A;  4JI0 K;  3M6G A;  3GL1 A;  3AO5 A;  4CJK A;  2QWQ A;  1VQ4 N;  1EP4 A;  3ASM A;  3D2F A;  3T19 A;  4CF8 A;  3R8E A;  3O4Q A;  1WSF A;  1R0A A;  1U45 A;  4CBX A;  3TAN A;  4CK2 A;  2ASO A;  2UUC K;  1A5V A;  1RDB A;  2P5G A;  1DLO A;  3OJU A;  3CC2 N;  4F4K A;  1BQN A;  4CIF A;  4I9Q A;  4OVL A;  4LH4 A;  1QQM A;  2HHX A;  1YTU A;  2OPR A;  3NVM A;  5FRN A;  4CJW A;  4EHT A;  4Z4E A;  3QLH A;  5CYM A;  5SWM A;  2Q31 A;  5CZ1 A;  2H3G X;  3EZ5 A;  1Q82 O;  4JKA A;  4B1Z A;  1JXB A;  4B1U B;  1OVQ A;  2A41 A;  1U47 A;  4IOC L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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