4K43A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue gc04 [n-{(1e,4r,5r,7e,9s,10s,11s)-4,10-dimethoxy-11-[(2s,4s,5s)-2-(4-methoxyphenyl)-5-methyl-1,3-dioxan-4-yl]-5,9-dimethyl-6-oxododeca-1,7-dien-1-yl}-n-methylformamide]
Total Genus 114
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (8-12)TI3 (69-72)AH2 (79-93)AH3 (113-127)S11 (169-170)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)S16 (329-330)S3 (29-32)S5 (53-54)S6 (66-68)S4 (35-37)AH1 (56-61)TI1 (61-64)S10 (160-166)TI5 (98-101)TI2 (62-65)TI'1 (72-75)TII2 (71-74)TI4 (97-100)S7 (103-107)TII3 (108-111)AH13 (359-365)S8 (131-136)TIV2 (129-132)S9 (150-155)AH9 (274-283)AH4 (137-145)3H4 (287-289)TIV3 (165-168)TIV4 (261-264)TI6 (156-159)3H3 (264-267)3H1 (172-174)O2 (178-180)S12 (176-178)AH5 (182-196)S13 (238-241)AH7 (223-232)AH10 (290-295)AH6 (203-216)S15 (297-300)TVIII2 (220-223)TI8 (242-245)3H2 (258-261)S14 (247-250)AH8 (252-257)AH11 (309-320)TII4 (306-309)TI9 (322-325)TI10 (332-335)AH12 (337-348)TI12 (349-352)TI14 (352-355)TI13 (350-353)TI15 (353-356)S17 (357-358)TI7 (234-237)3H5 (302-304)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 114
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k43A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k43A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k43A03
3WXJA 2A41A 4BG8A 2QM1A 1U6ZA 2A5XA 3MK6A 1RDWX 4BC2A 4PKHA 4BR9A 2V7YA 2Q0RA 3L0QA 3ULEB 3QBWA 1K8KA 1NLVA 4PKIA 5BR9A 2P9SB 3UKUA 4FOIA 4H5NA 4WQ5C 2I7NA 2Q2RA 4FPAA 4BR5A 1QZ6A 4MLHA 3A8YA 4BRDA 4CJ7A 1R59O 3JXUA 5BRHA 5LJWA 1GLBG 3R9PA 3KHYA 5AQGA 5AZIB 4DQ8A 1ATRA 3ZX2A 4HWIA 4BRKA 4EIAA 1TUUA 3OHRA 3G25A 1MA9B 4CZFA 4XH4A 3VEVA 1NGHA 4ISFA 5FPMA 1MWMA 3O5BA 2GWJA 1SQKA 2CH5A 4IXCA 3CQXA 2VYPA 2I7PA 4BRNA 4BR7A 4A61A 4MO5A 3WQTA 2FLOA 3H3OB 5BN9A 2QWPA 4BRPA 5F1XA 5KPZA 1X3NA 3C7NA 3GBTA 4C23A 2P9IB 3EZWA 2P9LB 4K25A 3TPQA 2CGKA 3ZETB 3U8XA 4O5FA 3CJ9A 3MN6A 4FSVA 3FE1A 3ENHA 4PL7A 3VEXA 3UB5A 4BRQA 4XH5A 1LOTB 1NWKA 3BF3A 3CJ1A 4BRAA 3DXKB 5AQWA 4CD1A 1NM1A 3LM2A 4JNEA 4JD2B 2GTDA 3CETA 2P9KA 2E88A 3MCPA 2W40A 1X9JA 3P4IA 1S3XA 2A42A 3A5MC 4FWMA 1NGGA 1QZ5A 1Y64A 3CI5A 3DJCA 1BA1A 2ZGZA 1G99A 1KAYA 2WUSA 2EWSA 3QB0A 3ZEUB 3FZFA 1DKGD 1D4XA 1WOQA 4LC9B 4H5WA 5AQXA 2QWOA 4B1XB 2FSNA 2AA4A 2YJEA 4Z94A 2YHXA 3CJAA 1V4SA 4BQLA 3W3DA 4BRGA 3VF2A 3UKRA 3ZX3A 2D0OA 1NGEA 3VESA 3AY9A 5JLFA 3LDQA 1TYQA 2V52B 3GL1A 3MN9A 1CZAN 2W41A 5BPLA 3S41A 1DEJA 4ISGA 1T6DA 4QS7A 5AQHA 2ASMA 5AQIA 2E2PA 3FZHA 4EHTA 5AQRA 4IZ9A 3LL3A 3D7EO 3FFKB 4B1ZA 4I6MA 1RFQA 4FWOA 5E26A 2HF4A 2DPNA 4CZLA 4IJNA 2HMPA 1NGFA 2KHOA 4DHYA 3TU5A 1Q18A 5KPTA 4K43A 2GUPA 3KVGA 4EFHA 4CI6A 5F0XA 1GLAG 4H03B 3AAQA 4CBXA 1EQYA 4YDUA 1MDUB 3I33A 4FO0A 5BREA 1QQNA 3FZKA 5B8HA 1ZXOA 3M6GA 1Z05A 2PBDA 3VEZA 4F9OA 4BRHA 2D4WA 4GY2B 2FXUA 1NMDA 3LM9A 2FSKA 2IVNA 4H5VA 2QWLA 4AM6A 3CHWA 2V51B 4FWQA 3O1WA 4WYBA 5BPNA 2AP1A 4BGBA 3VGKA 3O4WA 4NB4A 3ATUA 2VCPA 2PAVA 3A5NC 3EL2A 2QWRA 3FZLA 1K8KB 3H46O 4IWVA 2P9NA 5AQVA 1SAZA 5EY4A 3UE5A 4M7XA 1JCEA 1QHAA 1ZC6A 1TUYA 3FZMA 4FOEA 2CH6A 5EXWA 1NGDA 3VF4A 4IO8A 5EOYA 4A2BA 4PKGA 3EN9A 5LJVA 4YDUC 4M7YA 3F9MA 3B8AX 4O8KA 3QFUA 1NGAA 4CBWA 1GLCG 1X3MA 1YVNA 3SMSA 2P9UA 3O6WA 1HPMA 3MN5A 4BVPA 2GEMA 3WUHA 2FF6A 3FR0A 5BN8A 3A5LC 3WT0A 1YUWA 1ZBSA 4DCHA 3C7NB 3H3NO 3O08A 3ZETA 3GOIA 2NLXA 4DB3A 4JHDA 2YI1A 4CBUA 3CJCA 1J6ZA 1HKGA 3W0LA 4CZMA 3D2FA 3QFPA 2VWBA 3ENOA 4M63C 1NGIA 5AFUH 4H0PA 5JLHA 2NZTA 2P9KB 4Y0WA 5AQQA 4B1UB 2E2NA 2P9PA 3QBXA 4K41A 3WQUA 5BRDA 1GLDG 1QQMA 3MN7A 3A5OC 5AQPA 3C0BA 5AQLA 3DXMA 4J8FA 3LDPA 3ZX0A 3U9ZA 1HLUA 5AQKA 5CE3A 2HF3A 4CZJA 5EX5A 3VENA 5KQDA 4FL9A 5AZJA 4BVOA 2E8AA 4PL8A 2YHWA 3DWLA 5FPDA 4RCHA 2V7ZA 3SJHA 3UKUB 3SMPA 1JCFA 1BDGA 5KQ8A 1BO5O 4B1WB 1NBWA 3WEEA 4E1JA 4A62A 4EHUA 4WQ4A 1OKJA 4K42A 3J8AA 4XEIA 3MMVA 3UKRB 4NO7A 1ATSA 3SLCA 4H0VB 3D2EA 1U2VA 4FWNA 3RSEA 5LY3A 3HI0A 3VEYA 1P8ZA 5ADXA 1E4FT 3CIPA 3IDHA 1HUXA 3VERA 2Q36A 1DGKN 2NRHA 5F2RA 5KPRA 1C0GA 4FWLA 4XH1A 3R8EA 4I6MB 1NGCA 2FSJA 3KZBA 2ITMA 2ZWHA 5AQUA 4A2AA 1C0FA 3M1FA 3CJ7A 2Q97A 1SZ2A 3I8BA 3BP8A 2E2OA 5E84A 3IUCA 1GLJO 4AM7A 3EO3A 5AQYA 3CQYA 3HZ6A 3QDKA 1BA0A 1S22A 1ESVA 2ASOA 3H1VX 1XQSC 3L6QA 2IVOA 4CZIA 2E20A 1NGJA 3QICA 2CGLA 3ULEA 1BU6O 2E1YA 2Q31A 4QS9A 5ADXH 2P9SA 5JICA 4QS8A 5FPEA 1BOTO 1NGBA 2YCHA 2YJFA 5AQJA 2QWQA 3VOVA 4BC4A 2QWMA 1JCGA 5ELZA 4BQZA 2E1ZA 1LCUA 2P9NB 5AQZA 5AFUA 2F9WA 4RWTA 5AZIA 1HKBA 3BF1A 3IMXA 5BPMA 2F9TA 3H45C 4BRCA 3O1BA 3HTVA 1HJOA 4BC5A 3VPZA 1GLLO 4HTLA 3QMLA 3U9DA 4BR4A 1GLEG 3LDOA 4CD3A 1V4TA 4H0YB 4L3QA 4CZKA 1T44A 2P9IA 2P9LA 2P9UB 3AAPA 2IVPA 2BTFA 2A3ZA 5EVZA 5TKYA 1ATNA 1BUPA 4FWRA 4CZGA 3DXKA 1GLFO 3CJBA 4JAXA 4JN4A 4JD2A 3HBTA 1QQOA 2BUPA 4BR2A 4JHDB 5AR0A 4BROA 5JMVA 4BGAA 3MDQA 2H3GX 2YHYA 4H0OA 3D2FB 2D0PA 4H5TA 3EKUA 3LDLA 3HM8A 5FPNA 4EAHD 2QW9A 3AARA 4ISEA 1BWFO 4IJAA 2GELA 2P9PB 5AQNA 5AQFA 2A6AA 2HOEA 2GWKA 1KAZA 3ZEUA 1XUPO 4FWSA 3BEXA 3FGUA 1KXPA 3WXKA 1HKCA 4RTFD 1E4GT 4B1VA 1HX1A 3DXMB 4H0TB 3O8MA 4BREA 3FLCO 2J4RA 3H6EA 2ZGYA 3ID8A 3M3ZA 2Q1NA 5AQSA 3VGLA 5AZJB 4B9QA 1RGIA 3R6MA 4GNIA 3HSCA 1T6CA 3SK3A 3VF6A 2QWNA 1WUAA 4H0XB 3JS6A 4BC3A 3DAWA 2IIRA 3BUZB 4H5RA 2ZF5O 2ASPA 1TYQB 3WEEB 4MLEA 4CZEA 2FF3B 3O80A 1IJJA 2UYTA 3L4IA 2OANA 5AQMA 4BRIA 4KBOA 4BG9A 3WXLA 5AQTA 5I9EB 4MO4A 3D2EB 4BRMA 1U2VB 2Q0UA 5BRFA 4FWKA 4BRLA 2CGJA 3EKSA 3GDQA 3RSEB 3CERA 1Z6RA 1BG3A 1YAGA 3H1QA 2D1KA 2QXLA 5AQOA 3IFRA 4WQ5A 4BR0A 3GG4A 1IG8A 3VEOA 2E2QA 1KAXA 4WQ4C 3VETA 1XC3A 3A0IX 3LDNA 1YXQA 1MWKA 3VGMA 3GE1A 4FPBA 3ATVA 4BRFA 4FWPA 3VEWA 4CZHA 1H1VA 3U4LA 2A40A 4B1YB 3WXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QM1A 1L3SA 4DTMA 4PKHA 4BR9A 1TK8A 2Q0RA 3MEEA 5BR9A 1TK0A 1TKDA 2P9SB 1XMOK 4YOWA 4H5NA 2FBTA 4WQ5C 4FPAA 3A8YA 1YI2N 3CXCM 2ZJQL 2XHBA 2HHTA 3KHYA 3AVHA 3CD6N 1SKWA 1QHTA 1BL3A 2XRIA 2YNIA 3ZX2A 5J2MA 1VQMN 2O8BA 3OYEA 2O4GA 4RG8A 4AHRA 1RCHA 2YHBA 4OKEA 1MWMA 3AO5A 4DUYK 2GWJA 2OPSA 2CH5A 4BRNA 4BR7A 1EX4A 4A61A 4MO5A 3VQ9A 1Z25A 2OPQA 3J81O 3KKSA 1X3NA 3GBTA 1C1CA 4EZ6A 4K25A 2HMIA 1VSKA 4AHUA 2UU9K 3T1AA 3U8XA 4O5FA 2P5OA 2YNFA 2VGNA 3CJ9A 3FE1A 3UB5A 5CZ1A 5MLCQ 1BCOA 4XH5A 4DV2K 3MX2A 1VQNN 2HBMA 3NCIA 3CJ1A 5AQWA 3LDSA 1S1WA 1BI4B 4JK7A 3SAGA 3M8PA 1TAQA 1VQKN 1IH7A 1JLCA 4CGJA 3NH0A 5JVHL 2D0CA 4GW6A 4FK0A 4FWMA 4DF8A 4FLYA 4B08A 4GV9A 2QKKA 4LH4A 1NJXA 4E89A 2KLAA 4DS5A 2O8CB 3SBGA 4DTSA 3AGRA 5M1KA 2EWSA 3HOSA 3V4IA 1IV0A 2UUAK 1I3AA 2XY7A 5AQXA 2QWOA 4B1XB 1NKBA 4PQUA 4DSLA 3J7YP 4E3SA 3AVIA 4LD0A 3KLFA 3CJAA 1V4SA 1YJ9N 3L8BA 4BRGA 1I39A 3AY9A 4DTOA 3ULDA 2KZMA 3LDQA 4CGIA 4J2BA 2V52B 4KHPK 3DLHA 3TANA 4M3XA 3U3GA 4R5PA 5AQHA 5I3UA 5FDLA 2E2PA 4IZ9A 1HNXK 3S5TA 3FFKB 1O13A 4CGGA 3OS1A 1RFQA 3NF7A 4CEOA 4CF2A 3CC7N 2HF4A 2X74A 4CGDA 2BGGA 3HT3A 4EFHA 1GLAG 3OYBA 4CBXA 1Q9YA 3SV4A 1SUQA 5BREA 3J80O 4DQRA 4KRFA 5B8HA 4E1NA 4HCBA 3QNOA 1P90A 4F9OA 4FM1A 4GY2B 1WSEA 4FVMA 3L2QA 2R7YA 3V9UA 2QWLA 3K5NA 3O1WA 3L2UA 3QINA 2IC3A 4FM0A 3MWPA 3A5NC 3ZSWA 2OYQA 3VQ5A 3FZLA 2WBNA 4IWVA 1NK5A 4CBUA 1JCEA 4FOEA 3I8DA 1S1VA 5LMNK 5EOYA 3ZLJA 3M8SA 1O1WA 3G0ZA 4M7YA 1NGAA 4CBWA 3OVNA 4IDKA 1GLCG 1X3MA 1YVNA 2WONA 4QAGA 2P9UA 3O6WA 1HPMA 3TI0A 3MN5A 4BE2A 3CC2N 2GEMA 2OZMA 1GOAA 4B3MK 4NLCA 5DM7L 1VQON 2D0BA 1S9EA 3A5LC 4HUGA 3P31A 2RF2A 4B8CA 3ZETA 1X1PA 3VQDA 3GOIA 3MWTA 3AA2A 2YI1A 2W6LA 1HKGA 4AHSA 3QFPA 3HOTA 2GBZA 3ENOA 4N47A 1KRPA 4GKKK 4CF1A 4Z4GA 4ZTFA 1TKTA 2P9PA 3QO9A 4K41A 5CZ2A 2PZSA 3WQUA 3MEGA 5AQLA 3RR7A 4JK8A 2ZE2A 4KHWA 3OTOK 4J8FA 4BEBA 4DR6K 3U9ZA 4NXNK 1D5AA 2HF3A 5KQDA 2AJQA 2G8HA 2E8AA 3HK2A 3DWLA 5FPDA 3NE6A 4ZHRA 5KQ8A 3KLHA 3WEEA 2DFHA 4EHUA 3OYMA 1U47A 2G8WA 4C1NK 4B9UA 3LALA 1ATSA 3NBPA 4H0VB 4KI4A 4Z4EA 5EU7A 4MFBA 3THXB 3J7ZO 3NGYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QM1 A;  1L3S A;  4DTM A;  4PKH A;  4BR9 A;  1TK8 A;  2Q0R A;  3MEE A;  5BR9 A;  1TK0 A;  1TKD A;  2P9S B;  1XMO K;  4YOW A;  4H5N A;  2FBT A;  4WQ5 C;  4FPA A;  3A8Y A;  1YI2 N;  3CXC M;  2ZJQ L;  2XHB A;  2HHT A;  3KHY A;  3AVH A;  3CD6 N;  1SKW A;  1QHT A;  1BL3 A;  2XRI A;  2YNI A;  3ZX2 A;  5J2M A;  1VQM N;  2O8B A;  3OYE A;  2O4G A;  4RG8 A;  4AHR A;  1RCH A;  2YHB A;  4OKE A;  1MWM A;  3AO5 A;  4DUY K;  2GWJ A;  2OPS A;  2CH5 A;  4BRN A;  4BR7 A;  1EX4 A;  4A61 A;  4MO5 A;  3VQ9 A;  1Z25 A;  2OPQ A;  3J81 O;  3KKS A;  1X3N A;  3GBT A;  1C1C A;  4EZ6 A;  4K25 A;  2HMI A;  1VSK A;  4AHU A;  2UU9 K;  3T1A A;  3U8X A;  4O5F A;  2P5O A;  2YNF A;  2VGN A;  3CJ9 A;  3FE1 A;  3UB5 A;  5CZ1 A;  5MLC Q;  1BCO A;  4XH5 A;  4DV2 K;  3MX2 A;  1VQN N;  2HBM A;  3NCI A;  3CJ1 A;  5AQW A;  3LDS A;  1S1W A;  1BI4 B;  4JK7 A;  3SAG A;  3M8P A;  1TAQ A;  1VQK N;  1IH7 A;  1JLC A;  4CGJ A;  3NH0 A;  5JVH L;  2D0C A;  4GW6 A;  4FK0 A;  4FWM A;  4DF8 A;  4FLY A;  4B08 A;  4GV9 A;  2QKK A;  4LH4 A;  1NJX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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