4PKGA

Complex of atp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 124
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkgA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkgA04
2IVNA 3CJCA 3DAWA 2FXUA 3CJ1A 3ID8A 2CH5A 4CZJA 4BRKA 1K8KA 5AFUH 1GLFO 4FWPA 3VEZA 1G99A 1S22A 4IO8A 1QZ5A 5JLHA 3EKSA 4BROA 5AQPA 4CZFA 5AQFA 4F9OA 1K8KB 4CZLA 2NLXA 4O5FA 4BGBA 4BC3A 1MDUB 1WOQA 1ZC6A 3QICA 1NGBA 5AQTA 1J6ZA 2BUPA 2CGJA 3FZLA 3UB5A 4RWTA 4B1XB 3H3OB 4QS7A 3D2FA 3A5LC 3IMXA 4BRMA 4FPBA 4XH5A 5AQHA 1SAZA 5AQYA 1GLJO 4B9QA 5F2RA 3LDNA 1OKJA 2CGLA 1X3MA 3CQYA 5AQRA 3D2FB 2IVOA 3AAPA 2YJEA 2HF3A 3QBWA 4HWIA 5KPTA 3A0IX 5AZJA 2QW9A 3L0QA 2V52B 4H0TB 3CJ9A 2EWSA 1NM1A 4K25A 3WQTA 4H5RA 4B1ZA 5AZJB 4FWRA 3O1WA 1RGIA 2I7PA 2QWLA 3MDQA 4PKHA 4IWVA 3LDOA 1KAYA 3QBXA 1E4GT 3LM2A 3GBTA 3H1QA 2A42A 2A41A 2E1YA 4NO7A 1TYQA 1LOTB 3VEXA 2F9WA 3HM8A 3GOIA 1ESVA 2FLOA 2W40A 3O6WA 3HSCA 5AZIA 5BPMA 3A5OC 4IJAA 4JNEA 1HJOA 3UKRA 3H6EA 3JXUA 2D4WA 3L4IA 2E88A 3CJ7A 3MN9A 3ZX2A 2GUPA 1R59O 4FOIA 4CD1A 3QFUA 3UKRB 4CZMA 4A61A 2QWOA 5AQQA 5BRFA 1QQMA 4FOEA 4H0VB 4BC5A 5AQZA 4FL9A 4FO0A 5F0XA 3SLCA 3MMVA 3U8XA 2PBDA 5TKYA 3D7EO 1BA0A 4XH1A 3M1FA 4IJNA 3O80A 4FPAA 4A2AA 4FWLA 3SMSA 3IFRA 5ADXH 4NB4A 4C23A 3BF1A 4H5TA 4LC9B 4M63C 3SMPA 5AQUA 3LL3A 2YHWA 3VETA 4BR5A 3R6MA 3LM9A 5KQ8A 4HTLA 4BRQA 5BREA 5JLFA 4B1WB 3M6GA 3HI0A 2E1ZA 1XUPO 2FSNA 3TPQA 3O1BA 2GEMA 1XQSC 4J8FA 4BRIA 3FGUA 1Y64A 3A5MC 2KHOA 3WUHA 5BPLA 1YXQA 1ATRA 3L6QA 2A6AA 1KAZA 1DGKN 3RSEA 4M7XA 3VF4A 2YHXA 2P9UA 2VCPA 1GLDG 1TUYA 1CZAN 3ZX0A 3RSEB 4GNIA 2P9UB 3H45C 3EZWA 3IDHA 1HKBA 1C0FA 2YJFA 1LCUA 4BRDA 3VESA 5BRDA 4CZIA 1RFQA 3VEVA 1T6DA 4BR2A 5FPDA 4WYBA 4BG8A 3WXLA 2FSJA 4CJ7A 3U9DA 1BO5O 2P9PA 1DEJA 3AY9A 3ZETA 3HBTA 4MLEA 5E26A 3DXMA 4CZEA 4H5VA 4H5WA 3WEEA 2P9PB 4QS9A 1NGIA 3HZ6A 4H0XB 3ZETB 2ZGYA 4H03B 4CBXA 5I9EB 5ELZA 4E1JA 3DXMB 2QXLA 5AQOA 5EX5A 5JMVA 5AQXA 3WEEB 4BQZA 1WUAA 3EL2A 4IZ9A 1GLEG 2E2NA 5AQMA 3ATVA 2QWMA 2HF4A 1NGEA 5BN8A 3CIPA 2Q31A 2DPNA 4FWQA 1ATSA 2YHYA 1U2VA 2E8AA 2QWRA 1HPMA 4K43A 3VEWA 4BVOA 1RDWX 5KQDA 3EN9A 3U4LA 2Q97A 3VERA 5AQIA 3SK3A 2E2QA 4BRAA 2Q0RA 5AQGA 2ITMA 1DKGD 1U2VB 1V4SA 2D0PA 3DXKB 3VGLA 1JCEA 4YDUA 3AAQA 2WUSA 1KXPA 4DCHA 1X9JA 2ASPA 4BR9A 5AQVA 1Z6RA 3FZHA 1EQYA 3R8EA 1Q18A 1V4TA 1NGJA 2P9LA 1Z05A 2E20A 4MO5A 5LJWA 3VGMA 2Q1NA 4GY2B 3CHWA 2CGKA 2V7YA 1BA1A 1MWKA 2ASMA 2P9IA 3ZEUA 2P9LB 3BP8A 2Q2RA 3OHRA 3FZMA 5EVZA 5FPMA 2A5XA 1T6CA 2YI1A 1YUWA 2BTFA 4PKIA 3VF6A 4JN4A 3WXKA 4JHDA 3FFKB 3IUCA 3GE1A 5E84A 2E2OA 2P9IB 3ZEUB 3ENOA 3U9ZA 2OANA 3O4WA 1ATNA 3MK6A 3A5NC 3C0BA 1ZXOA 3SJHA 3H46O 1BWFO 1NMDA 4JHDB 4FWMA 1X3NA 3DJCA 4RCHA 1MA9B 1TUUA 4BREA 1S3XA 4BRPA 4BRHA 1NGFA 1HLUA 3F9MA 3EO3A 4CD3A 4CBWA 3ENHA 5BPNA 3QDKA 3GG4A 3CETA 1BOTO 2GWJA 3D2EA 2FF3B 3GDQA 4BQLA 1YAGA 3R9PA 1NLVA 3ZX3A 3KZBA 3MN6A 1NGHA 3H3NO 4BR4A 3W0LA 4BC4A 4BR0A 3MN5A 1T44A 4KBOA 4Z94A 4CBUA 2P9SB 2QWPA 5AQLA 1NGDA 3QMLA 1C0GA 3D2EB 2AA4A 5AR0A 4EIAA 2ZGZA 2HOEA 5AQJA 3LDQA 3UKUA 4L3QA 3ULEA 4BR7A 4CZKA 3UKUB 2P9NA 1JCFA 3WQUA 1ZBSA 4FSVA 2A3ZA 3ULEB 3O08A 4XEIA 2GWKA 3HTVA 3EKUA 2F9TA 4ISFA 1HKGA 2P9NB 2QM1A 3UE5A 3VGKA 3FR0A 4BRCA 1E4FT 3WT0A 4CZHA 1GLBG 2NZTA 4BG9A 2V51B 4BGAA 4DHYA 5BRHA 1U6ZA 5EXWA 4PL8A 2D0OA 2VYPA 4B1UB 2ZWHA 4JD2A 1IG8A 4DQ8A 2PAVA 1XC3A 3DWLA 4M7YA 3O8MA 1QQOA 2NRHA 3CI5A 4PKGA 4BC2A 1HX1A 4JD2B 3WXJA 2UYTA 5AQWA 1SZ2A 1JCGA 4BVPA 2CH6A 1NWKA 1QHAA 5ADXA 2AP1A 5B8HA 1NBWA 3FZFA 3KHYA 4MLHA 3VOVA 2P9KA 5FPEA 2HMPA 3VF2A 3J8AA 4AM6A 1KAXA 3DXKA 4WQ4A 5AQSA 3A8YA 3MN7A 4FWNA 2D1KA 5BN9A 3VEOA 1NGGA 2P9KB 3QFPA 3CJAA 3O5BA 4EAHD 3FE1A 2A40A 2GTDA 5AQNA 1SQKA 1NGAA 4RTFD 4WQ5A 3S41A 4H0PA 4FWKA 5EOYA 3LDLA 4DB3A 5F1XA 5AFUA 3CJBA 5JICA 4A62A 3H1VX 1BDGA 1BUPA 2QWQA 5AQKA 4H0YB 1QQNA 5CE3A 4Y0WA 3B8AX 3I33A 3QB0A 4XH4A 3CERA 3JS6A 1TYQB 2V7ZA 3ATUA 5EY4A 3AARA 4EHTA 3CQXA 5FPNA 5BR9A 5LY3A 4K42A 5AZIB 1IJJA 1BU6O 1GLAG 4ISEA 1YVNA 1HKCA 3C7NA 3VPZA 1P8ZA 4K41A 3WXIA 2ZF5O 1MWMA 1H1VA 3M3ZA 3TU5A 4BRGA 2IIRA 4H5NA 3FZKA 3BF3A 4JAXA 2Q0UA 3VENA 2H3GX 2GELA 5KPZA 3C7NB 2IVPA 2W41A 4EHUA 5KPRA 2ASOA 3KVGA 2P9SA 1GLLO 4ISGA 4I6MA 4IXCA 2FF6A 4BRFA 3I8BA 1HUXA 1QZ6A 4QS8A 4BRNA 4PL7A 3VEYA 5LJVA 4I6MB 1GLCG 2YCHA 3BEXA 4B1VA 1NGCA 4BRLA 3FLCO 4FWOA 2FSKA 4O8KA 1BG3A 4WQ4C 4H0OA 2J4RA 3LDPA 2E2PA 2Q36A 4MO4A 3P4IA 2VWBA 4A2BA 3BUZB 4AM7A 3GL1A 3G25A 4YDUC 4B1YB 3W3DA 4CZGA 4EFHA 4FWSA 2QWNA 4WQ5C 4CI6A 2I7NA 1D4XA 3MCPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EO1A 3ID8A 2CH5A 3CFRA 1W7AA 1K8KA 5AFUH 1GLFO 4JKCA 3L3VA 4CW7B 4IG3A 4IO8A 4KHWA 1ILYA 3JYTA 5JLHA 3C6TA 1K73O 4IOAL 3OYBA 3VQEA 1I94K 2HHQA 4O5FA 4DV1K 3KTQA 2OTJN 1JL1A 3T7ZA 3HPHA 4GVMA 4YFUA 4W5NA 3QICA 1NGBA 3G71N 4ZTJA 3UB5A 3CCQN 3H3OB 1LAWA 4XH5A 4KREA 3HPOA 5AQYA 1RBTA 4M3XA 3LWMA 4HTUA 1YJ9N 1X3MA 3SI6A 2OPQA 4EZ6A 1BQNA 1GOAA 4ILGB 5AQRA 2IVOA 4DQRA 4HWIA 1LV5A 1RDCA 2QW9A 3CJ9A 5CHIA 5EU7A 4DV4K 2UUCK 3WQTA 2XY8A 2I7PA 2QWLA 3DMJA 4JK8A 3SNNA 3VN5A 1CXUA 1UA0A 1E4GT 1Q9XA 4CESA 3H1QA 1XHXA 2A42A 2E1YA 4DSKA 1ASVA 4CGGA 4CHZA 3CCRN 1JLBA 4M3TA 4FXDA 2W40A 3O6WA 5HRPA 3KKRA 2O8DB 4JNEA 3L2UA 1HJOA 2JWLA 1QQCA 3UKRA 3DRSA 4ELTA 2FBYA 3A2FA 1TAQA 3L4IA 4CHYA 3MN9A 3ZX2A 3AVHA 4CD1A 1ZBLA 2I5JA 4Z4FA 4AHTA 4FOEA 1IKYA 4H0VB 3VQ9A 3S5TA 4F8RA 2OPRA 3U8XA 5C2FA 4DR5K 4DTUA 4QOZB 3M1FA 2OA8A 2E6MA 3ZSWA 4FWLA 4KAZA 4CHPA 3IFRA 4NXNK 4NB4A 4C23A 3AGKA 4H5TA 2NRVA 4M3UA 3HSTB 3LL3A 4JI0K 3SPYA 3VETA 4AILC 2O8BB 3R6MA 1A5VA 4IBNA 1DTTA 3THWB 4HTLA 1IG9A 1JLFA 1TKTA 3BGRA 2HBKA 1OVYA 2WC9A 4K0KK 2G8IA 4J8FA 5TKWA 3ZT4A 3LPTA 1BQMA 3L6QA 4X65K 3HO1A 1KAZA 2VGMA 4CHOA 1TV6A 2VCPA 4H4OA 1GOCA 1TUYA 4YOWA 1TK0A 1L5UA 1CZAN 3ZX0A 4CJFA 4DTPA 3HOSA 4WCEL 3QO9A 3EZWA 3IDHA 4DTOA 1Q82O 3SBTA 2YJFA 1RILA 3R3LA 2D5RA 3OVNA 4LF7K 4CCHA 3BY5A 5BRDA 1E3MA 1LW0A 1VSIA 4CF1A 3VEVA 4BR2A 1L3SA 5GAEP 3ZT0A 3U9DA 5KTQA 3PUFA 3HBTA 4CGHA 3MXIA 4Y1DA 5AJ3K 3HXMA 4H5VA 1QSSA 3AO4A 3CMAN 2BGGA 4FJ8A 4QS9A 5FROA 2G8HA 4OLAA 3HZ6A 4H0XB 3J7ZO 3DXMB 1EETA 2WFBA 5AQXA 3WEEB 3OYIA 1LAVA 3O3HA 2E2NA 4DMNA 1NK0A 4IFEA 1RTHA 4PA1A 5C25A 1T7PA 1Z26A 5GAHP 1RDBA 1ITGA 1UOCA 2BE2A 1IKXA 5AQIA 4BRAA 2YNGA 4LFBK 2ITMA 1TAUA 1V4SA 1U2VB 1EP4A 3AAQA 2WUSA 5JS2A 1XWLA 4DCHA 2NNWA 3QEVA 5AQVA 5K14A 1VAZA 2G8WA 3R8EA 2KLAA 1V4TA 1BCMA 4DF4A 2P5GA 1WSIA 3VGMA 4M3YA 3O9SA 4B3RK 2V7YA 4CGDA 1RBSA 5GINA 2A1RA 2HBLA 1BA1A 2P9IA 4JI7K 3IG1A 3FZMA 1YI2N 5FPMA 3FFIA 2FBTA 1T6CA 2YI1A 3VF6A 2BTFA 1OH7A 4JN4A 4JHDA 3FFKB 3OS2A 3GE1A 4OGEA 3ZEUB 4DF8A 2YKMA 2OANA 4HHTA 2O8BA 3A5NC 1XHZA 3H46O 3HVRA 3ZSRA 3I0SA 1HYZA 1MU2A 4BREA 1S3XA 2OPSA 4DV3K 3F9MA 1FKOA 4ZTFA 1HYSA 1K6YA 4ILHA 4MDAA 3QNOA 5J2QA 3QDKA 1TKDA 3HJFA 4BQLA 1VQ9N 3ZX3A 3MN6A 3BZKA 1NGHA 1ASWA 4BC4A 4LD0A 4BR0A 4Z94A 1UWBA 1L3TA 4CBUA 1VQNN 3CYGA 3D2EB 4AHCA 5AR0A 4FJIA 1KFSA 2OZMA 1R0AA 2VQFK 3QEPA 1VQ4N 4FJKA 3LPUA 1RT5A 1WNSA 4L3QA 5LL6Z 4BR7A 3UKUB 3WQUA 4UY8O 1ZBSA 4E7HA 2YHBA 5HRNA 3O08A 2P1JA 1SL2A 4CJVA 4X62K 4ISFA 1O1WA 2DFHA 3K2PA 4OPHA 1KVBA 1NJZA 4CZHA 4BG9A 2V51B 4BGAA 2QKBA 4DHYA 4I9LA 1S1XA 1YTAA 5EXWA 1J54A 3P5JA 4DV2K 4FJGA 4PL8A 2ZWHA 1VSFA 3KK2A 4JD2A 1CZ9A 1NK8A 3DWLA 3LZJA 3ITHA 3WNHA 4I2QA 1QQOA 3CI5A 3CCEN 4OX9K 4PKGA 1KD1O 4BC2A 1L3VA 4E7IA 4FJ9A 3THVA 3P31A 1SZ2A 1QTMA 4C1NI 5JVGL 3RR7A 3CC4N 4ILJA 1XMOK 4J2EA 2QTDA 3KK3A 3VOVA 1RBVA 1LWFA 1N6QA 2HMPA 3T1AA 4AM6A 1KAXA 4KTZA 1NK7A 4WQ4A 5SWMA 4HUGA 3VEOA 1KVAA 3DRRA 2P9KB 4YNQA 1NNEA 2A40A 4DSFA 1SQKA 4RTFD 3DI6A 5HLFA 1S5JA 1WBDA 3OYGA 2ZJRL 4DR6K 4DR4K 3MXMA 4DB3A 3DOKA 5F1XA 5AFUA 3TAMA 2HHXA 4KTWA 4B3SK 2QWQA 4CVNE 3RTVA 3SUNA 1YVUA 1OH5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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