4PKIA

Complex of atp-actin with the c-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 123
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkiA04
1X9JA 1BU6O 4K25A 3MCPA 2DPNA 4FWMA 4H5VA 5F1XA 3UKUA 3VEWA 4YDUA 5LJVA 4B1VA 2EWSA 1JCGA 2QW9A 5AQLA 3WQUA 4BR7A 3VOVA 3R6MA 1Q18A 3VEOA 1ZXOA 2CH5A 3CJCA 3VEZA 5BRFA 3ZX2A 2P9NB 1QQOA 2YJEA 4CZEA 4BG8A 1GLCG 1T6CA 3SMPA 1K8KA 3KVGA 3H1VX 5LY3A 5ELZA 5AFUA 2E20A 4C23A 4BVOA 5BN9A 5AQOA 1NGIA 1ZC6A 2I7NA 4DCHA 4MO4A 4XEIA 2QWOA 4BRHA 2QWQA 4IO8A 3GBTA 3VGKA 2CGLA 4BG9A 1NGHA 4E1JA 4FOEA 1NMDA 4ISGA 5F0XA 3P4IA 2NZTA 4M7XA 4MLEA 3O08A 4BR2A 2P9LA 1Y64A 1BDGA 1YVNA 1E4GT 3I8BA 3VERA 2IVOA 3VPZA 2A6AA 3WQTA 2GTDA 3FZLA 1YXQA 1KXPA 2A41A 4XH1A 4CZFA 4BC3A 1BOTO 2PAVA 4WQ4C 4WQ4A 3FZFA 3EZWA 4FPBA 3LL3A 3DXMB 3QDKA 3LDOA 3C0BA 4FL9A 1SAZA 1MWKA 1LCUA 1HKBA 1KAXA 4O8KA 1GLLO 3EL2A 4BROA 1WOQA 1X3MA 3SK3A 4QS8A 2GELA 2HOEA 1DEJA 4WYBA 1X3NA 3C7NB 4ISFA 3FE1A 1RFQA 3VF4A 3QBXA 3GL1A 3ATVA 3DJCA 3VF6A 3U9ZA 1ZBSA 3O8MA 1JCEA 4JAXA 4BC4A 3CJAA 3FZKA 4H03B 3DAWA 2F9WA 1HJOA 4AM7A 2BUPA 2I7PA 3SMSA 3O1BA 4JN4A 5LJWA 1IG8A 2ZF5O 3MN6A 1H1VA 5AQMA 1E4FT 4ISEA 3A0IX 4B1XB 3MMVA 4BREA 1ESVA 2NLXA 2Q0UA 4K42A 3CHWA 4FWSA 3ENOA 4EHTA 1NBWA 2NRHA 3M6GA 2OANA 4A2BA 3RSEB 2E2PA 4WQ5C 4WQ5A 2GUPA 4H0VB 4EFHA 3GE1A 4K41A 4NB4A 4IZ9A 5BR9A 5JLHA 1XQSC 3DXMA 2E2OA 2E2QA 1NGFA 3KHYA 5EOYA 4CZLA 3LDPA 4H5WA 4FWNA 2FSKA 4IXCA 3FLCO 2P9UB 4BRMA 3H45C 2HF4A 3L4IA 3IFRA 2D0PA 1HX1A 2GWKA 5AQPA 3FFKB 4CBWA 4AM6A 3C7NA 2PBDA 4NO7A 4FSVA 5ADXH 2HMPA 3WXIA 1BUPA 3CERA 1BO5O 5AQJA 5BPNA 4IJAA 4RWTA 2E2NA 3FR0A 3OHRA 2VYPA 4CI6A 3VESA 5AQWA 3LDQA 4PL7A 4BRCA 4CJ7A 3U4LA 2V7YA 3CJ7A 3H46O 3MN5A 3UE5A 1U2VB 1C0FA 1QZ6A 1NGCA 4FOIA 3HI0A 3RSEA 2A42A 2D1KA 3QFUA 5FPNA 3SJHA 3LM2A 4L3QA 3ZX0A 1RDWX 2QXLA 2QM1A 2E1ZA 4JHDB 1YAGA 1NGDA 4JD2B 3WXJA 3BF1A 2P9UA 3JS6A 3QICA 3WXLA 3FZHA 3O4WA 1QQNA 4BQZA 3BP8A 4BR4A 2YCHA 1QZ5A 1SQKA 3H1QA 2ZGYA 5AZJB 4BRKA 3M3ZA 4FWPA 3S41A 5ADXA 4EHUA 4J8FA 2P9SB 5F2RA 1C0GA 1NGAA 3R9PA 2VCPA 4BGAA 1GLBG 1P8ZA 5EX5A 4BC5A 2WUSA 3HM8A 5AQNA 1V4SA 2FF6A 4H0XB 3H6EA 1TYQB 3WEEB 4CZMA 4FWOA 5AQZA 5AQQA 2QWNA 3A5LC 1GLEG 1U2VA 4BVPA 4GY2B 5BN8A 3VEYA 1HUXA 2Q2RA 2VWBA 3ATUA 4CBUA 4A62A 3CIPA 3FGUA 4PKHA 1MWMA 3W3DA 2FLOA 2YHXA 2P9IB 4JHDA 4CZGA 5B8HA 2FSJA 3AAPA 4BR0A 4JD2A 3JXUA 2ASOA 1IJJA 4BRIA 1V4TA 3EO3A 1GLAG 5FPMA 1NGEA 2V52B 3AY9A 3A5MC 3H3NO 2CH6A 3VEVA 5AZJA 2FXUA 2A40A 4H5TA 3MN7A 1RGIA 3L6QA 2ITMA 2P9SA 4XH4A 4RTFD 1MDUB 3W0LA 1QQMA 5AQFA 4B1YB 1S3XA 3ENHA 4BRGA 2ZGZA 5KQ8A 1TYQA 3WEEA 3VENA 4BRQA 5BPLA 1NM1A 3O1WA 3A5NC 1GLJO 3VGMA 4PKIA 4B1WB 2Q31A 1T6DA 1OKJA 4BRFA 1TUUA 2H3GX 3D7EO 4A61A 2YHWA 4CZHA 3CQXA 1WUAA 2KHOA 4CZKA 3HTVA 4O5FA 3VEXA 1T44A 4BRAA 4I6MB 1DKGD 2QWMA 4MLHA 1Z6RA 2W41A 5EVZA 2P9IA 1D4XA 1YUWA 5AFUH 4MO5A 4BGBA 3U8XA 2CGJA 3SLCA 3ULEB 1HPMA 2J4RA 2ASPA 3U9DA 3UKRB 1NWKA 5AQTA 3ZETB 4XH5A 1NGBA 3QMLA 4DB3A 3VF2A 5AQVA 3LDLA 1R59O 3L0QA 4BR5A 1Z05A 3VETA 4B1ZA 5AQXA 2E8AA 4IWVA 2AP1A 2FSNA 4FWQA 4HTLA 5AQYA 3O80A 5BPMA 5KQDA 5FPEA 2Q36A 4CZIA 3IDHA 4LC9B 3H3OB 1HKGA 4BRLA 3DXKB 2HF3A 1KAYA 3DWLA 4H0OA 3WUHA 2FF3B 3R8EA 3A5OC 1BWFO 1XUPO 2E88A 3EKSA 4H0TB 4YDUC 4DHYA 5E84A 4M7YA 4CD3A 4H5NA 5KPZA 5CE3A 1NGJA 4QS9A 3BF3A 4BRDA 2W40A 2QWLA 5AQGA 1SZ2A 5BRDA 4I6MA 4DQ8A 3TU5A 2IVNA 1KAZA 1HLUA 2QWPA 3CJ9A 3BEXA 3LDNA 1NLVA 2GEMA 1JCFA 3ULEA 2AA4A 3UKRA 2P9KB 5TKYA 2YHYA 4RCHA 3ZETA 1BA1A 3CQYA 3ZX3A 4FWRA 5AQUA 4EIAA 2Q0RA 1BA0A 4B9QA 2Q97A 1G99A 3EKUA 3QB0A 5AQHA 4Y0WA 3HSCA 3I33A 5BRHA 5KPTA 3CETA 4QS7A 3MK6A 4PKGA 2P9PB 3FZMA 5E26A 3BUZB 3DXKA 1ATRA 4FWKA 3D2EB 4H0YB 5EY4A 1XC3A 3B8AX 3IUCA 2YJFA 3O5BA 3ZEUB 3D2FB 5KPRA 4EAHD 5BREA 4CD1A 3GDQA 2BTFA 5I9EB 4BRPA 3G25A 4K43A 1QHAA 3VGLA 1ATNA 2P9NA 1GLFO 3A8YA 2V51B 3AARA 3CJBA 4BQLA 5AZIB 5AQKA 4H5RA 4A2AA 3O6WA 4BRNA 3MDQA 4F9OA 5AQRA 4GNIA 2P9KA 3EN9A 1ATSA 4M63C 5FPDA 1J6ZA 2GWJA 2YI1A 4IJNA 4FO0A 4FPAA 2F9TA 2D4WA 3UKUB 5AQIA 3WT0A 1TUYA 4CBXA 3CI5A 1BG3A 4FWLA 1HKCA 5EXWA 3UB5A 4B1UB 5JLFA 3HZ6A 1NGGA 3M1FA 1CZAN 3QFPA 2IIRA 2P9PA 1MA9B 3MN9A 2QWRA 1GLDG 2IVPA 3D2EA 2UYTA 4BC2A 4CZJA 2Q1NA 1S22A 1K8KB 5JICA 4HWIA 1LOTB 3F9MA 3ZEUA 3D2FA 3GG4A 5AR0A 1U6ZA 2D0OA 3AAQA 3CJ1A 4PL8A 2A3ZA 4Z94A 4BR9A 4JNEA 3WXKA 3ID8A 1DGKN 4KBOA 2ZWHA 2V7ZA 3KZBA 2ASMA 5AZIA 3TPQA 3IMXA 2A5XA 3J8AA 3LM9A 4H0PA 2E1YA 2P9LB 3QBWA 2CGKA 3HBTA 1EQYA 5AQSA 5JMVA 3GOIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DG1A 4I2PA 3NBPA 1X9JA 4K25A 2G8IA 3P5JA 1DLOA 2DPNA 1VSHA 3P1GA 3KLIA 4H5VA 1HNWK 4AHRA 2OPQA 4B1VA 4J2EA 2QW9A 3P31A 3S5TA 2VGMA 1WAFA 5M1PA 3DLHA 5KTQA 2FBTA 1GOBA 3ZX2A 2P9NB 3CYMA 4LFBK 4BG8A 1GLCG 4FYDA 3SMPA 2GX9A 1K8KA 1NKBA 3H1VX 1IBKK 4DTUA 1KFSA 3HK2A 3NMUA 4IEIA 3NH1A 4RW4A 4CK1A 4DU3A 2VWJA 3HP9A 1NK9A 1NGIA 1KQSM 2I7NA 2WONA 1KC8O 4XEIA 5J1EA 2HHHK 5C42A 2QWQA 1NMDA 3OYIA 2Y1IA 1IKVA 4CHOA 5F0XA 4NCBA 2HB5A 3P4IA 4YOXA 3VQ8A 4MLEA 3CCSN 3O08A 4CF9A 2KFZA 4FXDA 4CGJA 1OVYA 4AQYK 1EXQA 1S1VA 4LH4A 3VPZA 3SUPA 2A6AA 3WQTA 4EZ9A 3TR8A 4GVMA 3OS0A 1YXQA 4I2QA 4XH1A 3SAHA 1Q81O 4ID5A 3EZWA 1C1BA 3QDKA 4MQ3A 1SAZA 1XNQK 1RBRA 4KHUA 4BROA 3TSQA 4CJ5A 1MU2A 3K9JA 3FE1A 3GL1A 3SV3A 4CGDA 4GV9A 4GW6A 3LAKA 4DTMA 1HJOA 3ZCMA 3AVLA 1DTQA 2ZF5O 5AQMA 4DV0K 4KH5A 3VQQA 1TVRA 2WC9A 5IWAK 3MX5A 4FK2A 4CGHA 4DLGA 2E2PA 4N76A 4WQ5A 1DTTA 2GUPA 4H0VB 1K6YA 4L8RB 4EFHA 2O4GA 4K41A 5BR9A 4X64K 4ELVA 1RTHA 2F96A 2HMIA 3KHYA 3LDPA 1OH6A 4H5WA 3HRGA 4LF9K 1A5VA 2FSKA 2G8UA 1RNHA 3L4IA 3MX2A 3IFRA 4YOUA 3NF8A 1C1AA 2GWKA 3OVNA 5AQPA 4BDPA 3PO5A 1VK0A 1X9SA 3G71N 4K8ZA 3TSPA 1WN7A 2KZZA 1JLEA 4UY8O 5ADXH 3AA5X 3I0RA 4DSIA 3WXIA 4CJ4A 4F2SA 2YNGA 4W5RA 1EO1A 5AQJA 5BPNA 4RWTA 3G4SN 1TK5A 3OHRA 3FR0A 5AQWA 3RMAA 4BRCA 4CJ7A 1IKWA 1KSPA 2QKBA 1HMVA 5I3UA 1QZ6A 1U47A 1FKPA 5M1KA 4H8KA 2VG6A 4FOIA 3O9UA 2KLAA 3RMDA 4G9ZA 3I8DA 3ZT1A 3LM2A 4A5AA 3TARA 1N34K 4DTXA 1RCHA 3OS1A 2QXLA 4Z4HA 2QM1A 1OH7A 1YAGA 3QIOA 4O8UA 5FRNA 2ZM6K 3JS6A 3OA9A 3EZ5A 4KHQA 3QICA 3N4QA 1TL1A 1L5UA 2VG7A 2E6MA 3PSFA 2YCHA 1SQKA 3SJJA 5AZJB 2PY5A 2HW3A 4FWPA 3KD5E 3AVCA 4RW9A 4CF1A 2G8WA 1VQ9N 1QSYA 1NGAA 3ZSWA 4IOCL 4A5BA 3VQBA 4BC5A 3G6EN 3HM8A 4H0XB 3OYEA 3HSTB 3H6EA 5J2QA 4LFCK 4KHYA 3NE6A 1N8RO 3MEDA 2XO7A 1GLEG 4CEOA 5GIPA 1ZYQA 2ATQA 3QLHA 2OPPA 3KTQA 4QOZB 4Y1CA 3ZSQA 3CCJN 3OTOK 5B8HA 3AAPA 4BR0A 3KK2A 3CC7N 1YT3A 3JXUA 1C0TA 1RT6A 4Q5VA 3NDKA 1CXQA 3AO3A 2BANA 1CZ9A 4JKAA 1GLAG 3H3NO 3QEXA 3SPZA 5AZJA 1D9DA 1C0MA 3MN7A 1RGIA 3L6QA 2YKNA 3AA4A 1CZBA 4CFDA 1QQMA 1NJZA 3L3UA 4DFPA 3NVKA 5KQ8A 3VENA 3O1WA 3NGIA 4B1WB 2Q31A 4FW2A 1T6DA 1S1XA 1YTAA 3CQXA 4JS5A 4FJNA 1VHXA 3U3GA 5SZTA 4CZKA 4E7IA 4O5FA 3OYDA 4BRAA 1U4BA 4I6MB 3KLFA 4MLHA 4OPKA 1Z6RA 5AFUH 4FJLA 3VQDA 1XC9A 2J4RA 2ASPA 4DB3A 4DV3K 4GKKK 1UA1A 2W00A 4CHZA 5GINA 1Z05A 1W9HA 1RT5A 2W6KA 4FLWA 2UXDK 4IWVA 1Q9XA 1JXEA 3LP3A 3T1HK 1QVFM 5FPEA 3B6PA 4GVEA 1RDBA 3QESA 4B3MK 4IO9L 4CD3A 3CFPA 3DLGA 1FJGK 5KPZA 2OPRA 1NJYA 1NGJA 1RT3A 2YX6A 1NOZA 1BISA 2QWLA 4IG0A 4CF2A 3L2RA 4I6MA 3EEQA 1HLUA 2QWPA 3HVTA 1IKYA 3CJ9A 1BQNA 3OYHA 1JCFA 2AA4A 2P9KB 4ILHA 4DSFA 1FK9A 2WFBA 1BA0A 1TL3A 5HLFA 3EKUA 1C0UA 3I0SA 3I33A 5BRHA 5KPTA 4WFBL 3ID6A 4QS7A 3MK6A 4WFNL 3N4PA 2HBMA 2NUBA 2HVHA 3FZMA 3DYAA 3D2EB 1XC3A 3O4NA 3B8AX 3HL8A 2YJFA 3IUCA 3ZEUB 3D2FB 5KPRA 3D0PA 3QETA 4CD1A 4FW1A 4AHCA 3NFAA 2BTFA 5I9EB 3E66A 4FLTA 2HBLA 1QHAA 4CECA 2FC0A 1YF5L 3ZLJA 4M3XA 2JWKA 3AO5A 3A8YA 4LSNA 3AARA 1VSJA 2EX3A 5AZIB 4DTJA 3MDQA 5AQRA 1N32K 2P9KA 3PIOL 2ZJRL 4M63C 2GWJA 2YI1A 4FLXA 4J2DA 4DR6K 4FO0A 1J5OA 2E6LA 5GIOA 5AQIA 3WT0A 1BG3A 4FWLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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