4PKIA

Complex of atp-actin with the c-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 123
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkiA04
3M3ZA 3GDQA 2AA4A 2ZF5O 2E2OA 5AQGA 1HKGA 1K8KB 2E1YA 2W40A 2A42A 5AQSA 3HBTA 4CZMA 4BRQA 1BDGA 4RTFD 1D4XA 4H0VB 3VEXA 4CZGA 5ADXA 2Q36A 3FZLA 3CJ9A 1YVNA 2ASMA 4H5NA 5JLFA 5EX5A 3IMXA 5FPNA 5EVZA 4M7XA 5BPMA 4CD1A 3WQTA 3MDQA 4WQ5C 4BROA 1EQYA 5B8HA 1HKCA 4AM7A 3UKUB 4BR9A 3CJCA 5EOYA 2IVPA 1Z6RA 3AAQA 1E4FT 3EL2A 2I7PA 3QDKA 3VENA 5JLHA 3H3OB 2NRHA 4BC4A 4HWIA 1GLCG 2P9LA 5E84A 2D0OA 3VESA 1IG8A 3ZETA 3O1WA 4B1ZA 3GBTA 2GELA 2NZTA 1U6ZA 5F1XA 1TYQB 1JCEA 1NGFA 1J6ZA 5AQMA 4FO0A 4BRGA 4B1VA 2D4WA 3FE1A 4MO5A 1XUPO 5AQWA 1XQSC 2FF3B 3O1BA 5BRFA 3ENOA 4FWPA 4CJ7A 1KXPA 1BA1A 4CBXA 3HI0A 2FLOA 3O80A 3D7EO 3VEZA 1JCGA 1XC3A 3R6MA 4FWSA 3CETA 4JAXA 3ZEUB 1RDWX 3QBXA 4LC9B 1HUXA 1BG3A 2CGJA 4FL9A 5EY4A 2GWKA 1NGEA 4H5VA 2QW9A 1HLUA 2YJEA 1S3XA 3CJAA 5LJWA 3O6WA 3O4WA 4FOIA 2QWRA 4H0YB 2BUPA 1HX1A 2Q31A 4FWLA 4EAHD 3DXMB 5AQQA 3CIPA 2DPNA 2YI1A 3CI5A 2E2NA 3D2FA 3KZBA 4A62A 2V51B 3C7NB 1MWMA 4PL8A 4BR0A 4J8FA 3C0BA 4QS8A 5AZIB 3S41A 4CZJA 2Q1NA 4H5RA 2A3ZA 1BWFO 4H5TA 1E4GT 5AFUH 5AZJA 3MMVA 3DXKB 3HSCA 3VEYA 3VETA 2CH6A 3SK3A 3L4IA 4ISFA 1ATNA 4B1XB 5KPTA 3U8XA 1SQKA 5FPMA 3O5BA 3OHRA 2P9KB 5BRDA 1SZ2A 1T6CA 4KBOA 2D1KA 2GWJA 1GLFO 4CZLA 3O8MA 3LDNA 4Z94A 4BVPA 2P9SA 4PKHA 2Q0RA 4BRDA 4FSVA 3KVGA 4EHTA 1X9JA 3LDQA 2HF4A 3FLCO 5AQLA 5BN8A 2FSJA 4E1JA 1QZ6A 1GLJO 2GEMA 3G25A 3ATUA 1CZAN 3U9DA 3FGUA 2QM1A 1HKBA 3BF3A 2HOEA 1NGJA 2HF3A 2YHYA 4B9QA 4FPBA 4C23A 3UE5A 1NM1A 4PKIA 1ZXOA 3L6QA 4CI6A 2A41A 1NGIA 3DJCA 5I9EB 3ULEB 3H45C 3WXJA 3VF4A 3VGLA 1HJOA 1T44A 4RWTA 5KPRA 3WXLA 2P9IB 3CJ1A 3A5LC 4ISGA 4BG8A 3ATVA 3WT0A 3RSEA 2A5XA 3IFRA 3H6EA 2V7ZA 4BRNA 4BGAA 4FWNA 3VEWA 2QWLA 1H1VA 1MWKA 2A6AA 3EKSA 5ELZA 1GLBG 4IXCA 5AQTA 3VF6A 4GNIA 2CH5A 2ITMA 1RFQA 4JNEA 3VGMA 3EKUA 5AQVA 5KPZA 4CZIA 2E88A 2FXUA 3I33A 3A0IX 3CHWA 3H46O 3AAPA 1G99A 2P9NA 3J8AA 3ZEUA 4QS9A 1NGHA 5AQOA 3CQXA 4B1YB 4BR4A 4H0TB 3UKRB 4BC2A 2VCPA 2PAVA 3WEEB 4A61A 4BRMA 2YJFA 1KAYA 3D2EA 4H03B 4BRHA 4H0PA 3KHYA 3BP8A 1NBWA 2QWMA 4B1UB 3EO3A 3I8BA 1GLDG 3MN7A 3TU5A 4HTLA 1QHAA 5E26A 3R8EA 2VYPA 5AQUA 2NLXA 4JN4A 1BO5O 2ASPA 3DXMA 2EWSA 3A5NC 2ASOA 1BOTO 4IO8A 3MN5A 3R9PA 3HM8A 4MLEA 4ISEA 1Q18A 2P9LB 1DGKN 1NGDA 4JD2A 2P9PB 4CBWA 2YCHA 4K25A 5AR0A 1MDUB 4K42A 5EXWA 5AZIA 3ZX0A 3MN6A 3ZX3A 4RCHA 1T6DA 3VEOA 2Q2RA 4H0OA 1MA9B 1OKJA 3F9MA 4CBUA 2Q97A 3VOVA 1U2VA 4I6MB 3LDOA 4M63C 2IVNA 3GG4A 2A40A 4JHDA 4XEIA 4K41A 4BRAA 2J4RA 4BG9A 2E1ZA 3QFPA 3TPQA 1S22A 3WQUA 1YAGA 1YUWA 1K8KA 2BTFA 1X3NA 1TUUA 1TUYA 5AQJA 5AQFA 4L3QA 4BRFA 2P9UB 3HTVA 3VF2A 4MO4A 1NGBA 5AQPA 2V52B 4PKGA 3MN9A 4QS7A 1R59O 3D2FB 5KQ8A 4BRIA 5BREA 4BC3A 2QWNA 2F9TA 4IZ9A 3M6GA 4AM6A 2FF6A 1Z05A 2QXLA 1QZ5A 4WYBA 1GLEG 4Y0WA 2CGKA 1NGCA 4BC5A 1WOQA 1P8ZA 2V7YA 4BGBA 1DKGD 2E8AA 2ZGYA 5AQKA 5AZJB 5LY3A 4FOEA 3UKUA 4BRCA 4CZEA 2E20A 1C0GA 5F0XA 2E2PA 1IJJA 4CZHA 2WUSA 2CGLA 4IJAA 4DB3A 4NO7A 3QB0A 5FPDA 4YDUC 3A8YA 1BU6O 1YXQA 5BPNA 4B1WB 4M7YA 2VWBA 2P9SB 3UB5A 3AY9A 2PBDA 1TYQA 3GL1A 3MCPA 3BEXA 4YDUA 3O08A 3FZMA 1QQNA 3ZX2A 2F9WA 4XH5A 3UKRA 1NLVA 1DEJA 5AQZA 5LJVA 3U4LA 4NB4A 3WEEA 4PL7A 4K43A 3IDHA 1LOTB 5TKYA 5BR9A 3U9ZA 3FZHA 3FFKB 1QQOA 4MLHA 5AQYA 1X3MA 1V4TA 2ZWHA 1ATRA 3SMSA 3DWLA 4O8KA 4GY2B 2UYTA 4FWOA 4WQ5A 5AFUA 3LM9A 1WUAA 3ENHA 4DHYA 4BVOA 5JMVA 3W0LA 2P9PA 1Y64A 3EZWA 5KQDA 2AP1A 1BA0A 1BUPA 2I7NA 2D0PA 1GLLO 3BUZB 3CERA 3RSEB 4BR5A 3QBWA 4A2AA 3VGKA 1ATSA 4BQLA 3M1FA 4O5FA 5AQIA 2E2QA 1LCUA 2QWQA 3JS6A 4BREA 3A5MC 3JXUA 3WXKA 3WXIA 1NWKA 2IVOA 4BRLA 1ZBSA 3ZETB 4A2BA 4BRPA 1V4SA 3C7NA 5F2RA 5ADXH 4IJNA 5CE3A 3SLCA 4XH4A 2FSKA 3SMPA 2YHWA 2P9NB 1C0FA 4I6MA 3GOIA 4WQ4C 1QQMA 3AARA 3EN9A 3HZ6A 3VERA 3DXKA 3QFUA 3QICA 2W41A 3CJBA 3CJ7A 2OANA 3BF1A 3W3DA 2KHOA 2ZGZA 3FZFA 4IWVA 4EHUA 2HMPA 3D2EB 4EIAA 3L0QA 1KAZA 2GTDA 1GLAG 2P9KA 1HPMA 1NGAA 1ZC6A 3GE1A 4WQ4A 5AQNA 3MK6A 5BN9A 4BR2A 4FWMA 4BQZA 4F9OA 4FWQA 3B8AX 1SAZA 3LDPA 3LDLA 4CD3A 1NGGA 4CZKA 3WUHA 3SJHA 2P9UA 3IUCA 2IIRA 4FPAA 5FPEA 3A5OC 2H3GX 4JD2B 3CQYA 3VEVA 2QWOA 3FZKA 2Q0UA 4H0XB 4H5WA 1KAXA 4BRKA 1JCFA 5AQXA 3H3NO 5AQHA 4DCHA 4FWRA 1NMDA 3H1VX 3QMLA 4BR7A 1RGIA 3LL3A 2QWPA 3H1QA 3VPZA 5JICA 3LM2A 4XH1A 4CZFA 5BRHA 1U2VB 5AQRA 3ULEA 3ID8A 2FSNA 2P9IA 1ESVA 3DAWA 4JHDB 3FR0A 5BPLA 2YHXA 4FWKA 4DQ8A 3P4IA 4EFHA 2GUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GVMA 1IV0A 3K57A 3NVKA 3KIOA 1YTUA 3ULDA 4DV0K 3DM2A 3M8PA 4CJUA 1BDGA 2GBZA 4JRPA 3NF8A 5CYMA 3NGIA 3FZLA 2FBXA 2NRTA 1SKRA 2ASMA 3IMXA 3K9JA 5EVZA 4CD1A 4R79A 3AGKA 3K0SA 4IBNA 4LF4K 3E66A 1DTQA 3KLHA 3CF5L 4BROA 4OX9K 4I2QA 3UKUB 2HVIA 4JS4A 3DYAA 3AAQA 3KD5E 2I7PA 4CCHA 4GV6A 3CCQN 4HWIA 2PYJA 3JSMA 1K73O 1U47A 2P9LA 1W9HA 4KI4A 3OYGA 3O1WA 4B1ZA 3AA3A 5JS2A 4M3YA 1JCEA 1NGFA 3ITHA 5D3GA 1S1XA 4FJGA 3ZCMA 1JLBA 4M3RA 1XUPO 3CC2N 5HROA 4Z4CA 5JVGL 1NKCA 4A57A 3ZSOA 4FWPA 4CJ7A 1UWBA 3OYIA 2ZJQL 3E9OA 3T1AA 3E9LA 4DSEA 1IBLK 3MECA 4FWSA 3OS2A 2XHBA 4CK3A 3QBXA 1M1KO 3O9TA 1Q81O 2CGJA 5EY4A 3G4SN 1HLUA 2YJEA 1KCFA 1RNHA 4BE7B 4DV2K 3CJAA 4FM0A 3F73A 1L5UA 5BR8K 2C1IA 3HK2A 2OCEA 4EAHD 3DXMB 3IS9A 4KHYA 2YNHA 2ZD1A 3CD6N 3RWUA 3O3FA 3CI5A 4AHVA 4DV4K 3D2FA 3F9KA 4EZ9A 3IKMA 4CGJA 4DF8A 4J8FA 3C0BA 5AZIB 3TTFA 4W5TA 1OH6A 4CZJA 1VQ7N 4DU4A 1ILYA 2A3ZA 4H5TA 3EZ5A 5HRRA 1QQCA 5KPTA 2BANA 5C15A 3OHRA 3I0RA 1S9GA 5BRDA 1YHQN 4M3UA 3MEEA 1GLFO 3O8MA 3RR8A 3QEPA 4CJRA 4FSVA 1S9EA 1X9JA 3LDQA 3FLCO 3K5NA 4CHOA 5AQLA 2FSJA 3E01A 4J2BA 3M8RA 4B8AB 4LSLA 1GLJO 1VQ8N 2GEMA 3DLEA 2KW4A 1HRHA 3U9DA 4PQUA 4CJWA 1Q86O 5DM7L 4DG1A 3ZSYA 4B9QA 2YHYA 1RTIA 2G8KA 1I39A 1D9DA 1NM1A 4CI6A 1NGIA 5I9EB 3WXJA 3VF4A 4BDYA 1HJOA 4JI8K 1TAUA 3E9PA 1N6QA 3OS0A 4HCCA 3WXLA 1VQ6N 4CJVA 4ISGA 3T7ZA 3NHGA 3ATVA 5K14A 4J2EA 3O4NA 2V7ZA 2HHWA 4IOCL 4H4MA 1H1VA 4DUZK 1Y97A 3EKSA 3D6RA 2VGMA 2G8UA 3SQ4A 4OPJA 4GNIA 2EHGA 1VSFA 2CH5A 3AGRA 1RTJA 2ITMA 3CCJN 4DTUA 2YNIA 1LAWA 4A5BA 2E88A 4C8NA 1SL2A 3QERA 2KZMA 4OJRA 5GIOA 3L3UA 1W0HA 4BR4A 4LFAK 1YVUA 3UKRB 2VCPA 2PAVA 2YJFA 4H03B 1ASVA 4CEFA 1IG9A 4BRHA 1CLQA 3BP8A 2HNZA 4KHUA 3VQBA 2G8FA 4B1UB 4E7LA 3TU5A 1TK8A 2O4IA 2HBMA 3MXJA 2HW3A 3DXMA 4A5AA 2ASOA 3A5NC 4C8KA 4LH4A 3HM8A 4DUYK 1Q18A 1VSKA 4ZTJA 3O4QA 3JAMO 1NK7A 2YCHA 4K25A 4AILC 1HMVA 1MDUB 5EXWA 4B3MK 5AZIA 4JEPA 2ZM6K 4FJIA 1LWCA 3TTDA 2NRWA 2IDOA 3VEOA 3ZSWA 4CJ5A 1XMQK 1GOAA 1S1TA 5LL6Z 4EZ6A 1JLEA 1JLGA 3QEVA 2HMIA 3PY8A 4K8XA 4B9SA 1L3TA 4M3XA 1Q82O 5M1PA 4JHDA 3HP9A 3NMUA 3QETA 3LWMA 5I3UA 3QFPA 1U4BA 4DTSA 1X3NA 3VN5A 1FXXA 4N47A 4CHNA 1XNRK 4CJTA 4WFAL 5AQJA 2X6NA 4BRFA 2P9UB 3VF2A 3NBPA 5C24A 1NGBA 3NF7A 1KVBA 3PLAA 3QIPA 4IFYA 4BRIA 1SL0A 1CZ9A 2QWNA 5FDLA 1B92A 2OPRA 4WYBA 2QXLA 4Y0WA 4BC5A 1O13A 1DKGD 5LY3A 4O0JA 4CZEA 1NOZA 1VSEA 5C0YA 4CJ4A 1HYZA 5FLXO 3PV8A 5M1KA 3A8YA 3THYB 1FKOA 4AH9A 2VWBA 4KB0A 1IKWA 2P9SB 1J54A 4LY7A 3UB5A 4NYNA 4DR1K 2HB5A 1RT6A 5CY4A 4B9UA 3MCPA 1BL3A 3CFOA 5FRNA 5GINA 3AVIA 3RMDA 4B9NA 1ASUA 4DLGA 1QQNA 1TV6A 5JENA 3UKRA 3ISNC 3K5MA 3U4LA 1OH8A 1OVQA 3AVGA 4IO9L 1LOTB 1Q8IA 5TKYA 1TKXA 4AHUA 1QQOA 4JK7A 1NJYA 1X3MA 3CCVN 4HUEA 2KTQA 4GY2B 4PHTX 1WUAA 3BZKA 1BIUA 1MU2A 3O3GA 1Y64A 3EZWA 4CJ3A 5KQDA 4M41A 1W2BM 1BISA 4IEEA 3VGKA 1ATSA 4LSNA 2Y1IA 4DSJA 2XY6A 3JS6A 3A5MC 3WXKA 3THWB 1NWKA 3ZETB 1KLNA 3C7NA 4IJNA 4ELUA 2HHXA 2FSKA 4B9VA 1BI4B 5HP1A 3T19A 4WQ4C 3C6AA 1QQMA 3EN9A 3VERA 3QFUA 4KHWA 2X78A 1NJZA 3CJ7A 2OANA 3BF1A 4IWVA 3L2WA 4EHUA 4YNQA 4FLVA 2G8IA 5H1SQ 4O55A 4PUOA 1BCOA 4ICLA 2DY4A 3LANA 3MK6A 3AVCA 2GX9A 3J80O 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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