4PKIA

Complex of atp-actin with the c-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 123
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkiA04
1NWKA 5I9EB 4H0XB 4EIAA 5ELZA 3VESA 3ZEUA 3VF2A 2IVOA 3HI0A 5BRHA 4XEIA 3D2EB 4BRKA 1BA0A 2V7YA 2BTFA 3MMVA 3SK3A 3DXMA 5BPNA 3CJAA 3R8EA 3GL1A 4B1YB 2A41A 3QMLA 2P9LA 4CI6A 3DXKB 1GLJO 3QFUA 3UKUB 3EL2A 2A6AA 3LDNA 3VEXA 1GLEG 1Q18A 3FE1A 4XH1A 2NZTA 4ISFA 3L0QA 5AQLA 5AQQA 5BPMA 3AAQA 4LC9B 3U9ZA 3GE1A 3O4WA 3HM8A 5FPNA 1Z05A 5AQSA 1X3NA 4CZMA 4BR0A 4H0TB 3SLCA 3HTVA 1HKGA 2GWKA 1TUYA 5BPLA 4BR7A 3D2EA 3SJHA 4FWNA 3CI5A 2QWQA 4JNEA 1YXQA 3M1FA 1E4GT 4PKGA 2P9UB 3A5LC 3QBWA 3VEYA 4FWOA 3CJ7A 3FGUA 3JS6A 4CJ7A 4CZHA 3ZX3A 4FOEA 3CETA 4GNIA 3DXKA 5EVZA 1G99A 1GLCG 3UKUA 4NB4A 4QS9A 3SMPA 3F9MA 1EQYA 1ZBSA 3W3DA 3TPQA 4IWVA 4MO4A 1T44A 3UE5A 1SQKA 2I7PA 2E1ZA 2WUSA 3MN7A 3GDQA 2E2OA 4BG9A 3U8XA 1T6DA 3ENHA 3B8AX 5AQRA 3P4IA 1MWKA 4QS7A 2A5XA 1CZAN 5F1XA 3M3ZA 3O6WA 4WQ4A 3VGLA 4B1ZA 2YCHA 4PKIA 3M6GA 2Q31A 3L6QA 5AQUA 4M63C 3A8YA 2P9UA 3CJBA 3EKUA 1ZC6A 5LJVA 1DEJA 5FPEA 5AQNA 2EWSA 2NRHA 4MLEA 4Y0WA 3A5MC 5AQJA 1MA9B 1U2VB 3GBTA 3KZBA 2CH5A 1DKGD 4WYBA 3MCPA 2PBDA 4BRCA 3ULEB 3GG4A 1NGIA 4H0YB 1NGAA 3MDQA 2H3GX 3J8AA 4O5FA 4FOIA 3LDPA 2AA4A 2ZWHA 3FLCO 4FWSA 5LY3A 3ATVA 1KAXA 5KPZA 3VF4A 2A40A 3O8MA 2KHOA 1NGBA 1HPMA 4BC4A 5AQFA 2E2NA 3SMSA 1TUUA 2FSKA 3O5BA 2Q0UA 1H1VA 3WXJA 1U2VA 2ASOA 4AM7A 4H5NA 3ZETB 1DGKN 3ULEA 5JICA 1QZ5A 5AQKA 3WXLA 3VF6A 2GEMA 4BRLA 2ASPA 4C23A 4H03B 4MO5A 3H3NO 1T6CA 4BR9A 4BGAA 4RWTA 1SAZA 2FSJA 3O1WA 3CQXA 2I7NA 1LCUA 3A5OC 3EO3A 2PAVA 4CD1A 3C7NB 1NGHA 3IDHA 4BC2A 3JXUA 3BEXA 4CZGA 2DPNA 1NLVA 3WEEB 4CBUA 4BRAA 2F9TA 1Y64A 2F9WA 1V4TA 4CBXA 4CZEA 3QICA 2CGLA 4BRPA 4IZ9A 3H6EA 3FFKB 4E1JA 3MN6A 1IJJA 2ZGZA 5BN9A 3ZETA 3VGMA 1JCEA 1WOQA 3QDKA 1HX1A 4GY2B 2Q2RA 4Z94A 3FR0A 1YAGA 2CH6A 2FXUA 3WUHA 4DHYA 1WUAA 2A42A 3ENOA 4BC3A 3UKRB 3VERA 2E2PA 1SZ2A 2YI1A 2ITMA 4BVPA 5AQIA 3H46O 1GLBG 1BG3A 2D4WA 3C7NA 3H45C 3CJCA 3FZKA 1C0FA 3WEEA 3IFRA 5CE3A 1R59O 4I6MB 3WXKA 3FZMA 5AQXA 3WT0A 5E26A 2D0PA 3H1QA 3VENA 2IIRA 1KXPA 3BUZB 3VEOA 3R6MA 4JAXA 1S3XA 5TKYA 2ZF5O 1QZ6A 4RCHA 1LOTB 4EAHD 4CZLA 2CGJA 3VOVA 4K43A 2HOEA 2UYTA 1V4SA 1ATRA 4H0OA 4CD3A 5ADXA 4JD2B 4DCHA 5E84A 2Q0RA 4HTLA 3D2FB 1BDGA 3UKRA 1QQNA 3A5NC 2HMPA 3KVGA 3AY9A 4B1XB 1HLUA 5AQVA 1HUXA 2YHYA 4FWQA 5AQGA 4O8KA 5AZIB 1D4XA 1MWMA 4L3QA 3U9DA 4YDUC 1JCFA 4H0PA 3O08A 3MK6A 2NLXA 4H5VA 4IXCA 3I33A 5F0XA 4FWMA 4I6MA 3H1VX 1C0GA 2E2QA 5B8HA 1OKJA 2QWPA 4J8FA 4DB3A 4BC5A 2GTDA 3DWLA 4WQ4C 2A3ZA 3HBTA 1GLFO 4FL9A 1ATSA 4FPAA 4JD2A 1YUWA 3AAPA 3D2FA 3L4IA 2FLOA 3VEZA 4EFHA 3HZ6A 5EY4A 1HKBA 1TYQB 5AQMA 5AZIA 3LL3A 4B1UB 4DQ8A 1NMDA 3I8BA 4B9QA 5BR9A 4BRQA 4ISEA 2V51B 4F9OA 4WQ5A 3BF3A 3VPZA 4BRIA 5ADXH 3BF1A 5KQDA 4AM6A 5FPDA 2VWBA 2QWNA 3CIPA 2P9NB 2W41A 3WQTA 2OANA 5AQZA 5AQHA 4CZFA 2AP1A 2BUPA 2P9PA 3ATUA 1ATNA 5AQYA 1QHAA 2QWLA 1NBWA 3QBXA 2P9IB 2V52B 5AQPA 2FF6A 3MN9A 4PL8A 3WXIA 3QB0A 3OHRA 1GLLO 3C0BA 3UB5A 4FO0A 4BREA 2E1YA 1TYQA 3LDQA 1NM1A 2QXLA 4XH5A 4MLHA 1X9JA 4IJNA 3O80A 1ESVA 1HKCA 4BRMA 1ZXOA 1NGJA 3CHWA 4FWLA 3LM2A 5FPMA 2IVNA 5BN8A 4PKHA 4BR5A 3MN5A 3U4LA 3ZX2A 2ASMA 2Q36A 2P9NA 1KAYA 5JMVA 2GELA 2FSNA 1HJOA 4FWKA 2P9IA 5AZJA 2QWOA 1E4FT 2P9KB 2D0OA 4CBWA 1BU6O 1JCGA 1GLDG 5AQWA 3BP8A 3QFPA 4HWIA 2IVPA 2VCPA 2V7ZA 2YHXA 3A0IX 2W40A 2ZGYA 5EOYA 5F2RA 1QQOA 3WQUA 4BRFA 4EHUA 1KAZA 4EHTA 3VGKA 2HF4A 2QWRA 1IG8A 3KHYA 2E20A 1NGFA 3VETA 4JHDB 4BRGA 5JLHA 1BOTO 3LDLA 3DAWA 1GLAG 4FSVA 4RTFD 2QWMA 3VEVA 4BVOA 1MDUB 2YJFA 4M7XA 4A61A 5EX5A 3EKSA 4BGBA 3W0LA 1J6ZA 1RFQA 3FZHA 4BR2A 3FZLA 2HF3A 3LM9A 3RSEB 2YJEA 4K42A 1X3MA 4IJAA 2P9KA 2J4RA 3FZFA 5BREA 5KPTA 4YDUA 2Q97A 4H0VB 5AFUA 3O1BA 1BA1A 3H3OB 1XC3A 4CZJA 5KQ8A 5KPRA 3ID8A 1XQSC 3GOIA 4K41A 4NO7A 3ZX0A 2CGKA 4CZKA 4JHDA 4PL7A 4M7YA 1NGGA 4FPBA 1XUPO 4A62A 4FWRA 4BG8A 1U6ZA 2YHWA 1Z6RA 5EXWA 5AR0A 2P9PB 4CZIA 2Q1NA 2FF3B 1QQMA 2GWJA 3G25A 4BR4A 4BRDA 2P9SB 3CJ9A 4QS8A 2GUPA 4FWPA 4B1VA 4K25A 4XH4A 1K8KB 4BRNA 3RSEA 1P8ZA 2E8AA 4KBOA 3EN9A 5AZJB 5AQOA 3EZWA 4IO8A 4JN4A 3ZEUB 3LDOA 3HSCA 4A2AA 4H5RA 4B1WB 1BWFO 4BROA 4H5TA 2QW9A 3CQYA 1NGCA 3CERA 3DXMB 3IUCA 4BQZA 1YVNA 5LJWA 3TU5A 3R9PA 4BQLA 1NGEA 1RGIA 1S22A 2VYPA 3CJ1A 2P9LB 3AARA 2D1KA 4H5WA 4ISGA 1RDWX 1BUPA 4BRHA 2E88A 1NGDA 5AFUH 2P9SA 3DJCA 3S41A 1BO5O 5AQTA 2QM1A 3IMXA 1K8KA 4WQ5C 5JLFA 5BRDA 3D7EO 4A2BA 3VEWA 5BRFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I9EB 2IVOA 4XEIA 3D2EB 2VWJA 5M1KA 2V7YA 3DXMA 4DUZK 3F73A 5BPNA 3N4PA 3AVHA 2FC0A 3OYCA 1XI1A 2A41A 1KVCA 2X6NA 3P5JA 4CI6A 4JRQA 1HQEA 3OYEA 4N47A 1TAQA 4CIFA 3VA3A 1GLEG 1HNZK 3AAQA 3O4WA 3C95A 1KVAA 2KZMA 1J5OA 5FPNA 3J81O 3CG7A 2IDOA 5DM7L 4FJLA 1NK9A 3V4IA 1WNSA 3SLCA 1QQCA 4DR7K 4C8NA 3CM6A 3SQ4A 3CI5A 2UUBK 1YXQA 3KK3A 2P9UB 1IG9A 3L2QA 4FWOA 1BHLA 3FGUA 3O4NA 4NCGA 1IKYA 4FOEA 3IKMA 4GNIA 5EVZA 3AO5A 4KH4A 1VQ5N 3PSIA 4NB4A 5C2DA 1NK5A 2F8SA 3M5RA 3SMPA 3F9MA 4CEBA 4IWVA 3RMAA 2FBTA 2I7PA 4HCCA 4DR1K 2W00A 3C94A 4GMJB 1LW2A 3S9HA 2A5XA 3O6WA 2GX9A 3VGLA 5FROA 1NKEA 2Q31A 4M63C 3A8YA 4BEBA 3HPHA 1K8AO 3EKUA 1ZC6A 5LJVA 4B8CA 3KLGA 4JK9A 5AQNA 3LAMA 4KRFA 3A5MC 1RBVA 1MA9B 4JI8K 4FLTA 3MCPA 4BRCA 1VSEA 4F4KA 1NGIA 2VG5A 1NGAA 3MDQA 1YJWN 4DV5K 3OA9A 1NJWA 3ATVA 5KPZA 4Z4GA 2HHHK 2A40A 2OPSA 4JLHA 1HNIA 4DQQA 1JLFA 3DM2A 4CE9A 4W5NA 1C1CA 3DLGA 5AQFA 1FKOA 1TUUA 2JWLA 4G1QA 4FK4A 3AV9A 1N8RO 2ASOA 4DFKA 3AVLA 3WNEA 4AM7A 5DMRA 3ULEA 3SBGA 5FRNA 4CGGA 1QTMA 4BRLA 4C23A 1I94K 4H03B 4MO5A 3E01A 4BR9A 1N34K 1SAZA 4B08A 1ILYA 3NE6A 3O1WA 2I7NA 1LCUA 3QEVA 1JXBA 4LFCK 3PX4A 1TL3A 3ZLJA 5TKWA 3OYKA 1NGHA 4BC2A 1SV5A 3BEXA 1KSPA 4LF4K 1NLVA 1Y64A 5FDLA 1V4TA 5HOOA 4CJ4A 5CYQA 4CJVA 1SUQA 3CCRN 3EZ5A 4NCBA 4JKEA 3H6EA 4DR5K 3FFKB 4ZTFA 2HHXA 1BI4A 2ZGZA 1RTIA 5BN9A 3ZETA 3HPGA 1WOQA 3QDKA 4YY3K 4DTSA 4XJXA 4FJXA 3WXMB 3V9WA 1XMOK 2IS3A 3V9XA 1S6QA 4KKOA 4FLYA 3WUHA 4DHYA 3THVA 1Q8IA 5CR4A 5M1PA 2A42A 2ITMA 2OPRA 4NCAA 2WONA 4BVPA 4DS5A 3H46O 3V1OA 4DSIA 3WEEA 1OH8A 1EETA 3DLRA 1VSMA 4I6MB 1HR0K 2WFBA 2IIRA 1TK0A 3OS2A 3D0PA 3VEOA 1MU2A 3F5TA 1S3XA 2ZD1A 1TKXA 1QZ6A 1LOTB 5J2MA 1X9SA 4K43A 1V4SA 4O0JA 3D6RA 4HTLA 1BDGA 3UKRA 3AA5X 3CFOA 3OYJA 1HUXA 4ZHRA 4B3RK 1D4XA 4NYNA 2XY7A 1WAJA 3QNOA 3E66A 3MK6A 4H5VA 3I33A 4FW2A 1T03A 3THYB 4Z4IA 4G9ZA 4FWMA 4DUYK 4LF7K 1C0GA 1HRHA 1XHXA 4H4MA 4J8FA 3DWLA 2A3ZA 3MEEA 1LAWA 4HHTA 1VHXA 4FL9A 3JSMA 4C1NK 1S1WA 3L4IA 2FLOA 4B3MK 1VSFA 4PA1A 3HSTB 1TYQB 3KLFA 4DQ8A 1NK8A 3E1YA 4BRQA 2E6MA 4KB0A 1IH7A 5GAHP 4LF6K 2X78A 5ADXH 4KI4A 4AM6A 1S1TA 3QERA 3KK1A 3K9JA 2HNDA 4M3RA 4DR3K 2P9NB 4JI7K 2HHUA 4CZFA 4OLBA 3VTHA 2BUPA 2P9PA 3AVGA 2YKMA 2V52B 5AQPA 1EO1A 3Q7BA 3WXIA 4FLUA 3AO1A 4KPYA 2HNZA 3QB0A 2IGIA 3L8BA 3UB5A 1ITGA 3BY5A 5SWMA 4KREA 4LY7A 3JAMO 4MLHA 1R0AA 3BZKA 3O80A 1ESVA 5HL7L 5EU7A 1NGJA 3OBYA 3LM2A 4DWIA 4E0DA 5FPMA 2UU9K 3P31A 4PKHA 3MN5A 3ZX2A 3TSPA 3SI6A 4AQYK 4BWMA 3S3OA 4CF1A 3I0SA 1KAYA 1ASUA 1WBDA 4B9VA 1XHZA 2VQEK 3SUNA 1RTJA 2KW4A 2O8BA 3CD6N 4OVLA 1BU6O 3QFPA 2VCPA 2IVPA 3A0IX 4CF9A 4PWDA 5M1OA 3WQUA 4BRFA 4HCBA 2QWRA 1IG8A 4ILJA 1S6PA 5GIPA 3OJSA 1BOTO 1CLQA 1GLAG 4JI2K 4YORA 3T19A 3V1RA 3VEVA 3TTCA 4M7XA 3QEWA 4NXNK 1X9MA 1RT6A 2HF3A 2RF2A 4IFVA 4OPAA 2J4RA 5BREA 5KPTA 2RPIA 1ZYQA 1T8EA 1BA1A 4BWJA 2UUAK 3AA4A 1XC3A 4CZJA 3S3MA 3MAQA 3P39A 3T1YK 1XQSC 2CGKA 4FLWA 1ZBLA 4ELVA 1VQNN 3SJJA 3QO9A 1RDAA 1Z6RA 1OH7A 4UQGA 1TAUA 3I55N 2HHWA 1XC9A 2P9SB 4KI6A 4GKKK 1K8KB 3SAFA 4YFUA 1WBBA 2O8FA 1HYSA 1IBKK 4FM1A 3D45A 3HSCA 4B1WB 4BROA 3NCIA 4X64K 2QXFA 2QW9A 3CQYA 3CERA 3IUCA 4B9SA 2D0AA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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