4PL7A

Structure of komagataella pastoris actin-thymosin beta4 hybrid
Total Genus 126
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
425
structure length
382
Chain Sequence
VAALVIDNGSGMCKAGYAGDDAPHTVFPSVVGSFVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRLAPEEHPVLLTEAPMNPKSNREKMTQIMFETFNVPAFYVSIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHVVPIYAGFSLPHAILRIDLAGRDLTDYLMKILSERGYTFSTSAEREIVRDIKEKLCYVALDFDQELQTSSQSSSIEKSYELPDGQVITIGNERFRAPEALFHPSVLGLEASGIDQTTYNSIMKCDVDVRKELYSNIVMSGGTTMFPGIAERMQKELTALAPSSMKVKISAPPERKYSVWIGGSILASLGTFQQMWISKQEYDESDMAEIEKFDKSKLKKTETQEKNPLPSKETIEQEKQA
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (8-12)S9 (160-166)TI1 (13-16)TVIII1 (27-30)TII1 (21-24)S2 (16-21)S3 (29-32)O1 (32-34)TIV1 (35-53)TVIII2 (69-72)AH5 (182-196)AH13 (359-400)TI2 (62-65)TIV3 (61-64)S5 (75-76)S4 (71-72)TIV5 (76-79)TIV4 (71-74)AH2 (79-93)TI3 (97-100)TI4 (98-101)S6 (103-107)AH12 (338-348)TII2 (108-111)AH3 (113-127)AH9 (274-283)TI10 (353-356)3H6 (350-352)TVIII3 (129-132)AH4 (137-145)S8 (150-155)TIV6 (147-150)TI5 (156-159)TIV9 (261-264)TIV7 (165-168)3H1 (172-174)S11 (176-178)TVIII4 (220-223)AH7 (223-231)TIV8 (233-236)TI6 (234-237)S12 (238-241)AH10 (287-295)AH8 (252-256)TI7 (242-245)S13 (247-250)3H2 (257-261)3H3 (264-267)AH11 (309-320)3H4 (302-304)TII3 (306-309)S15 (329-330)TIV10 (322-325)TI8 (332-335)TI9 (352-355)AH1 (55-60)S7 (131-136)S10 (169-170)AH6 (203-216)S14 (297-300)3H5 (335-337)S16 (357-358)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein, contractile protein
source organism Komagataella pastoris
publication title Structural basis of thymosin-beta 4/profilin exchange leading to actin filament polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin,Thymosin beta-4
total genus 126
structure length 382
sequence length 425
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01290 Thymosin Thymosin beta-4 family
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pl7A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pl7A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pl7A03
4BC4A 1NGHA 3B8AX 3FZFA 4CJ7A 4CZFA 3LDQA 3HTVA 3HZ6A 3I8BA 5F1XA 1QQOA 1C0FA 3P4IA 3AARA 4DQ8A 4EIAA 1BUPA 3KZBA 3EN9A 3U9ZA 4O5FA 2F9TA 1Z05A 4WQ5C 3IUCA 1YVNA 5FPMA 3CJ1A 3O5BA 2D0OA 3EO3A 4JD2A 4RCHA 2ZGZA 2FF6A 1HKBA 2QWQA 2A3ZA 3M3ZA 3TU5A 5AQOA 3SMPA 2D0PA 3IDHA 1X3MA 1NBWA 4A2AA 4ISFA 5LJWA 2FSNA 4CZGA 4BC3A 4H0PA 1YUWA 1T6DA 1T44A 3TPQA 2V7ZA 5JLHA 3FZMA 3D2EA 4I6MA 4I6MB 4YDUC 3KHYA 5BN8A 2FSJA 4C23A 3LDLA 3MN6A 1YXQA 1NGEA 1NGFA 3VGLA 1GLEG 2ASOA 3O4WA 4H0YB 4BG8A 4GY2B 1TUUA 2E88A 4F9OA 4PKGA 1XUPO 5AQNA 4A2BA 3QB0A 3R9PA 3FFKB 3L0QA 4WQ4A 5AQWA 5AQSA 5AQXA 4K43A 4WYBA 2E1YA 4K25A 4XEIA 4BRGA 2YI1A 2P9NA 2P9NB 3LM9A 1QQNA 4XH5A 2GWJA 5BPMA 4FWSA 1SAZA 3O8MA 1GLDG 4H0OA 4FPAA 4BRNA 1QHAA 3KVGA 5AZIA 5AZIB 4B1YB 4IO8A 4B1UB 5JLFA 1U2VA 1U2VB 3U8XA 3VEOA 4CZKA 2BTFA 1NLVA 3MK6A 4BRIA 3VENA 3H45C 3L6QA 1WUAA 4B1ZA 4BRDA 1H1VA 4WQ5A 4BR0A 3EKSA 4BVOA 3MN9A 3JS6A 5EX5A 1MWKA 1GLBG 1QZ6A 4E1JA 4L3QA 3EZWA 1EQYA 3W3DA 5B8HA 1KAZA 1S3XA 2QWMA 5AQZA 3QDKA 2ASMA 3VETA 4BQZA 2E1ZA 1MA9B 2P9UA 2P9UB 4HWIA 3VEWA 2D1KA 5JMVA 1BWFO 2HOEA 1C0GA 3R8EA 4GNIA 3WXLA 1Q18A 1RFQA 3MN7A 4WQ4C 3H46O 1BG3A 5ELZA 3VGMA 3CJBA 4BRFA 4DCHA 5KQDA 4YDUA 1GLJO 5KQ8A 1KAYA 2I7PA 3WEEB 4FPBA 3DXKA 3CI5A 1X9JA 2QWPA 5AQMA 3S41A 1E4GT 5AFUH 3I33A 3QMLA 4CZLA 4H5TA 1ESVA 4CD1A 3R6MA 3MN5A 2P9KA 2P9KB 3CQYA 3LDNA 3H1VX 1R59O 3HI0A 1KXPA 4BRAA 5E84A 3A5NC 2D4WA 4BREA 4BR4A 1NGJA 4XH4A 3F9MA 1V4TA 1NGBA 1D4XA 1GLLO 4BQLA 4JD2B 5AQGA 3ZX2A 4BRCA 2NRHA 3VEXA 3WQTA 4CZJA 4FWQA 1GLAG 1ZXOA 3FGUA 4QS8A 1X3NA 3G25A 3EL2A 3QBWA 3AAPA 3GOIA 1DGKN 2CGLA 2FXUA 4EAHD 3O1WA 1SQKA 1U6ZA 4B1XB 4H5RA 4FWOA 2A41A 3JXUA 5AQUA 1HKCA 4H03B 2GELA 2BUPA 1T6CA 3SJHA 2EWSA 3D2EB 3CJ9A 2A6AA 4NB4A 1XQSC 3QFUA 4CZHA 2A40A 2P9PA 2P9PB 3VPZA 1G99A 3H3OB 4BRMA 4BRHA 3L4IA 1QZ5A 3FR0A 1ATNA 5AQRA 2E2NA 2W40A 3UB5A 4ISGA 3EKUA 4FL9A 2P9IA 3FLCO 3BEXA 5KPZA 5BRFA 2PAVA 3MDQA 2FF3B 4EFHA 3HBTA 3O08A 3HM8A 2CGJA 3LL3A 2ZGYA 3LDPA 5EVZA 3M1FA 3C7NA 1NGGA 4BVPA 4Z94A 2HF4A 2HMPA 5I9EB 1BA1A 5AQIA 5BN9A 5BRHA 4B1WB 1NWKA 2A5XA 2H3GX 4FOEA 2UYTA 4HTLA 3DWLA 3CQXA 3CHWA 1HJOA 4A61A 4BR9A 1P8ZA 2ASPA 5LJVA 1V4SA 3UKUB 3UKUA 5CE3A 4PL8A 4FOIA 3AY9A 3H6EA 4JNEA 4FWPA 3CERA 1KAXA 3ID8A 4QS9A 2Q36A 3BF1A 5LY3A 1Y64A 2YJEA 4QS7A 3VF6A 3D7EO 2WUSA 4BRLA 4PKIA 2P9SA 2P9SB 4BR5A 1BU6O 1QQMA 1BDGA 2ITMA 2F9WA 4BRQA 5BPLA 1K8KA 4Y0WA 2GEMA 2QXLA 2Q97A 2Q1NA 3FZLA 4JN4A 1DKGD 4AM7A 1NMDA 1NGIA 4PKHA 2ZWHA 2QWNA 1HUXA 3ATVA 4IXCA 5AFUA 4MO5A 3A0IX 2E2OA 2VCPA 3VOVA 4EHUA 5F0XA 3RSEA 3RSEB 3J8AA 2VYPA 5AR0A 5FPDA 2YHWA 4XH1A 4IJNA 4ISEA 5KPRA 1TUYA 4BC2A 3DXKB 3DAWA 2V52B 4M63C 4FO0A 2YCHA 4FWMA 2FSKA 2Q2RA 5AQVA 5KPTA 1LOTB 1BO5O 2A42A 3U9DA 2ZF5O 3SK3A 5AQHA 2YHXA 4IJAA 3VGKA 2VWBA 4IZ9A 1ATRA 5EY4A 5AQQA 5ADXH 3WUHA 4FWLA 3O80A 3H1QA 4CZMA 3CJCA 2E20A 1ATSA 3BF3A 5AQJA 3U4LA 4DHYA 1E4FT 4H0TB 4BR7A 4CBUA 4A62A 2GTDA 3VF2A 3GE1A 1RDWX 2CH6A 3BP8A 1IJJA 3MCPA 4FWNA 3W0LA 4MLEA 1TYQA 1HLUA 1TYQB 3FZHA 2E2QA 2CH5A 2E2PA 1MWMA 5FPEA 1WOQA 4PL7A 2J4RA 3O1BA 4CZEA 3GDQA 3A5OC 1NGDA 2NZTA 2DPNA 4EHTA 5BR9A 4RTFD 1HKGA 4MLHA 3ULEB 3ULEA 4H5VA 3ENOA 2QWOA 1S22A 3WXKA 4AM6A 1GLCG 1RGIA 2GUPA 2IIRA 2QWLA 4O8KA 2FLOA 1JCFA 1MDUB 4H5NA 3H3NO 3O6WA 2P9IB 2Q31A 3CETA 1J6ZA 5AQKA 1IG8A 2QWRA 3FZKA 1HX1A 2PBDA 3FE1A 4KBOA 3C7NB 4FWKA 1BOTO 4IWVA 4BROA 3UKRA 3UKRB 1LCUA 2NLXA 1JCGA 4CBWA 3WQUA 3ZEUA 3ZEUB 1CZAN 3C0BA 2Q0UA 3UE5A 4K41A 5AQTA 3BUZB 4B9QA 1ZBSA 4NO7A 3AAQA 2KHOA 5AZJA 3M6GA 5AZJB 3ZX3A 4M7XA 4CZIA 5AQFA 3WXIA 1GLFO 3LM2A 4RWTA 1NGAA 2AP1A 1DEJA 2I7NA 2QM1A 3CJ7A 3GL1A 5EOYA 3IMXA 3D2FA 3D2FB 3SMSA 3IFRA 4BGBA 4BG9A 2V7YA 3HSCA 1SZ2A 3ATUA 3QBXA 4K42A 4MO4A 3ENHA 3VESA 5AQLA 5FPNA 4J8FA 3SLCA 2CGKA 4H0VB 1K8KB 4JAXA 4FSVA 5JICA 3GBTA 4CD3A 5BREA 3A5LC 4H5WA 4M7YA 5E26A 1ZC6A 3QICA 4BRKA 4BGAA 1OKJA 3VERA 2E8AA 4FWRA 2YHYA 5BPNA 1BA0A 5EXWA 4CI6A 3LDOA 4DB3A 2OANA 3ZX0A 5BRDA 3VEYA 3WXJA 2P9LA 2HF3A 2P9LB 5AQPA 3VF4A 4B1VA 3VEZA 1Z6RA 2V51B 5AQYA 4BR2A 4BRPA 3QFPA 1NGCA 5ADXA 3GG4A 1JCEA 4JHDA 2AA4A 3A8YA 2IVNA 4JHDB 3WT0A 2YJFA 2GWKA 4BC5A 3OHRA 3DXMA 3DXMB 2Q0RA 4H0XB 3A5MC 1XC3A 1YAGA 3DJCA 1HPMA 2IVOA 2QW9A 3CJAA 2IVPA 5TKYA 5F2RA 4LC9B 2W41A 3CIPA 3WEEA 3MMVA 3ZETA 3ZETB 4CBXA 1NM1A 3VEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC4A 3NGIA 4CZFA 3ZT2A 3I8BA 3L2VA 4OX9K 3ID6A 1OH7A 3AARA 1HYSA 5BR8K 4EZ6A 3AVMA 3KZBA 4Z4IA 4CFCA 2F9TA 3AO3A 4CHZA 1Z05A 3O4NA 3ZT4A 3LZJA 2QKKA 1M90O 4FLWA 2ZGZA 2QWQA 4CJRA 3M3ZA 3CC4N 1J5OA 1IKVA 3ENBA 5AQOA 3KD1E 4LF7K 2NRWA 4FJ5A 1X3MA 2NRTA 2OA8A 1XWLA 4DKWA 1T6DA 1VQNN 3TPQA 5JLHA 4LD0A 3VQ4A 5KTQA 2Y1JA 4B9NA 5BN8A 1RDUA 3KWIA 3THYB 4OPJA 3OYBA 1YXQA 4CK2A 4C1NK 1VSKA 3KLEA 3T7ZA 4H4MA 3OY9A 1HYZA 3QEIA 2E88A 4KFBA 3HP6A 4F9OA 5GAGP 3EZ5A 4PKGA 1VRUA 1TK0A 3HPGA 4HHTA 1RILA 5AQNA 3ASMA 3R9PA 4DR2K 3FFKB 3VQ5A 3L0QA 4WQ4A 4LFBK 3MXMA 4WYBA 4E1MA 2E1YA 4BRGA 4DSEA 2YI1A 2P9NA 2D0AA 2G8WA 3SV4A 2GWJA 3WNHA 4FWSA 4CIGA 4NYNA 3KVGA 1JLBA 4M3YA 2X6NA 3DLGA 3U8XA 4CZKA 1J54A 3OS1A 4JI2K 3RVCA 3TTDA 1B92A 4IG0A 4IFYA 4B1ZA 1CZBA 4CF1A 2E6LA 1YTUA 4A5BA 1CXQA 3MN9A 1MWKA 2FBXA 1KAZA 2QWMA 3PX0A 5HBMA 5AQZA 2ASMA 3ITHA 1R0AA 1RT2A 1KQSM 2OCEA 1MA9B 4JEPA 4HCBA 4HWIA 1EO1A 2D1KA 5JMVA 3TARA 5J2NA 4B08A 2HBKA 3OA9A 3PO4A 3TAQA 3KWGA 4JS4A 3VGMA 4BRFA 3IS9A 3SQ2A 3TSPA 2RHKA 4JK8A 1YF5L 4FM0A 3CI5A 1X9JA 1RT6A 1HMVA 2R7YA 1ESVA 4ZTFA 1NNEA 5C24A 4PHTX 2UUCK 3H1VX 1R59O 3LP3A 2OPSA 4BRAA 4DTMA 3SV3A 4BR4A 3NCIA 2VWJA 5FDLA 1NGBA 1D4XA 4IEEA 4JI1K 4JI7K 5AQGA 3ZX2A 4BRCA 4FWQA 1JLCA 3FGUA 1MU2A 3TAPA 5JS2A 3THXB 3GOIA 4CJEA 3P83D 5H1SQ 1SQKA 3K5NA 3ZSQA 2A41A 2O8EA 3JXUA 4LFCK 4CJ3A 2XY7A 1VQLN 3QEPA 4AHCA 3OS0A 1C6VA 3VTIA 2D0BA 4PY5A 2IDOA 4LF8K 3CFOA 1O13A 1I3AA 2P9PB 4DU1A 1G99A 3H3OB 4BRMA 1QZ5A 1ATNA 5C15A 2E2NA 2W40A 4FL9A 2UXCK 2P9IA 3FLCO 2PAVA 2FF3B 3PLAA 2FBYA 3HBTA 3M8RA 3IRXA 3HM8A 2CGJA 3V9ZA 3KIOA 2ZGYA 1NJYA 5EVZA 1XHZA 3PSIA 3C6UA 4CHYA 3MXJA 5I9EB 5BRHA 3A2FA 4B1WB 4CJUA 4WCEL 1UA0A 4WF9L 4FJIA 4F3TA 3HRGA 2UYTA 3CHWA 3IKMA 3E9LA 1FJGK 2ASPA 2X78A 5LJVA 3UKUA 4XIUA 4CJQA 4PL8A 1OH5A 2A1RA 3VQAA 3AY9A 4KTWA 4JNEA 3NGYA 2Q36A 2YJEA 1WSGA 4HVJA 2YKMA 3G6EN 3TAGA 2UUAK 3D7EO 4FM2A 2DFHA 4CGFA 3TAFA 1N32K 1GOAA 2NUBA 3P38A 2WONA 1QQMA 2VQFK 3L2UA 4Z0UA 3K59A 4BRQA 4CJVA 3VA3A 1DKGD 4E7IA 2ZWHA 1HUXA 3ATVA 4O4GA 3C95A 1BI4B 3OYCA 4Z4CA 3AVCA 4MO5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2W41 A;  3CIP A;  3WEE A;  3MMV A;  3ZET A;  3ZET B;  4CBX A;  1NM1 A;  3VEV A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BC4 A;  3NGI A;  4CZF A;  3ZT2 A;  3I8B A;  3L2V A;  4OX9 K;  3ID6 A;  1OH7 A;  3AAR A;  1HYS A;  5BR8 K;  4EZ6 A;  3AVM A;  3KZB A;  4Z4I A;  4CFC A;  2F9T A;  3AO3 A;  4CHZ A;  1Z05 A;  3O4N A;  3ZT4 A;  3LZJ A;  2QKK A;  1M90 O;  4FLW A;  2ZGZ A;  2QWQ A;  4CJR A;  3M3Z A;  3CC4 N;  1J5O A;  1IKV A;  3ENB A;  5AQO A;  3KD1 E;  4LF7 K;  2NRW A;  4FJ5 A;  1X3M A;  2NRT A;  2OA8 A;  1XWL A;  4DKW A;  1T6D A;  1VQN N;  3TPQ A;  5JLH A;  4LD0 A;  3VQ4 A;  5KTQ A;  2Y1J A;  4B9N A;  5BN8 A;  1RDU A;  3KWI A;  3THY B;  4OPJ A;  3OYB A;  1YXQ A;  4CK2 A;  4C1N K;  1VSK A;  3KLE A;  3T7Z A;  4H4M A;  3OY9 A;  1HYZ A;  3QEI A;  2E88 A;  4KFB A;  3HP6 A;  4F9O A;  5GAG P;  3EZ5 A;  4PKG A;  1VRU A;  1TK0 A;  3HPG A;  4HHT A;  1RIL A;  5AQN A;  3ASM A;  3R9P A;  4DR2 K;  3FFK B;  3VQ5 A;  3L0Q A;  4WQ4 A;  4LFB K;  3MXM A;  4WYB A;  4E1M A;  2E1Y A;  4BRG A;  4DSE A;  2YI1 A;  2P9N A;  2D0A A;  2G8W A;  3SV4 A;  2GWJ A;  3WNH A;  4FWS A;  4CIG A;  4NYN A;  3KVG A;  1JLB A;  4M3Y A;  2X6N A;  3DLG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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