4PL8A

Structure of rabbit skeletal muscle actin in complex with a hybrid peptide comprising thymosin beta4 and the lysine-rich region of cordon-bleu
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
370
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of thymosin-beta 4/profilin exchange leading to actin filament polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein/structural protein
total genus 123
structure length 356
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pl8A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pl8A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pl8A03
4BR4A 4CBXA 4NB4A 5AQMA 4BRLA 1BA0A 3VPZA 3O80A 4JHDA 1BA1A 3VEVA 5AFUA 3D2EA 3ENHA 4CZJA 4BC3A 1NGGA 4BRKA 4BRFA 3A5LC 4BRQA 3CI5A 2Q97A 3O1WA 3C7NA 3KHYA 1JCEA 2P9UB 1H1VA 1ZBSA 3AY9A 1TYQA 4CZFA 4FWKA 4BRMA 3A5OC 4H5TA 4M63C 4GY2B 3VF6A 1EQYA 2GUPA 4B1WB 1GLDG 3SLCA 4BR9A 5AZJB 1U6ZA 1ESVA 4RTFD 4F9OA 2QWQA 1LCUA 1C0GA 4PKIA 3CETA 2YJEA 2E1YA 3WQUA 4H0TB 2CGJA 5LJVA 3I8BA 4K43A 4WQ4A 4JD2B 4JAXA 1NGEA 4CI6A 5EOYA 3WXKA 3WXJA 3LDNA 5AQIA 4K41A 3ULEA 5BPNA 1BOTO 1RDWX 3LDOA 3D7EO 4Y0WA 2IVPA 2QW9A 3H3OB 3BP8A 1MWMA 2OANA 1JCFA 1BO5O 3QBWA 3VGMA 4CJ7A 3LL3A 4H0VB 2V7ZA 3VF4A 3L4IA 2E88A 1D4XA 1GLEG 3HZ6A 4B9QA 3FR0A 3WT0A 5KQDA 3WEEB 4XH4A 4BR0A 2AA4A 4BRPA 2BUPA 4RCHA 3EN9A 4IO8A 4A2AA 2E2OA 2P9LB 2NLXA 5EVZA 3CJ9A 2V51B 4BREA 4MO4A 1V4TA 1KXPA 3BF3A 1YXQA 3MN9A 2VYPA 3DXKB 3GOIA 3QDKA 3UKRB 3LDQA 3H1QA 5FPDA 2Q0RA 1ATRA 5JMVA 4PKHA 4EIAA 3CQYA 1BDGA 1Y64A 3AARA 3MCPA 3CJCA 3ZX2A 4FOIA 2D4WA 3AAPA 2P9KB 3VEZA 2D0OA 5AFUH 3WXLA 5FPEA 3RSEB 4QS8A 5I9EB 2FSNA 5B8HA 2A6AA 1S22A 3MDQA 1SAZA 3KVGA 3O08A 1BWFO 3U4LA 4BRAA 4XH5A 1E4GT 1U2VA 3LM9A 1RFQA 1DKGD 2GTDA 2I7NA 5BPMA 2QWOA 1NBWA 1DGKN 2CGKA 2D1KA 2ZGZA 4YDUA 1HUXA 3QFUA 4EFHA 3VEWA 2E8AA 4CD3A 4FSVA 2V52B 1X3NA 3CIPA 1HPMA 3IFRA 3UE5A 3LDPA 2DPNA 4FWPA 5JICA 3CJ7A 4C23A 3W3DA 4XH1A 1JCGA 3DAWA 3QICA 5AQXA 2YJFA 4O5FA 5EY4A 1QQOA 2E20A 3GBTA 2E2NA 1Q18A 4L3QA 1GLLO 3SJHA 4IJNA 1WOQA 3A0IX 3WUHA 1X9JA 3CJ1A 4CZMA 3SK3A 1KAXA 4FWRA 2CH5A 2QXLA 2Q0UA 2QM1A 5EX5A 2P9IA 1BUPA 3R8EA 2YI1A 3VETA 1S3XA 3HM8A 2VWBA 2VCPA 4BRGA 2HF3A 4BR2A 4FWMA 2YCHA 3FE1A 4H0XB 3IDHA 5F2RA 1QHAA 3DJCA 3FZHA 5AZIA 1K8KA 3EKSA 4I6MA 5AQFA 3WQTA 1NGBA 3QB0A 4DHYA 4BQZA 2UYTA 3D2FB 2KHOA 4H03B 5AR0A 4HWIA 3A5MC 3VEOA 3U9DA 3MN6A 3H46O 4BC5A 4EAHD 1KAZA 5AQJA 1TUUA 3I33A 3BF1A 3WEEA 5BN9A 1YUWA 4KBOA 1IG8A 1NGHA 5AQGA 4AM6A 4QS7A 2ZF5O 2P9LA 4BGAA 1NMDA 2ASOA 4QS9A 4BRDA 1HKCA 1NGAA 4JN4A 1NLVA 3DWLA 4FL9A 3HBTA 4FPBA 2J4RA 3ZEUB 3CERA 3UKRA 3VESA 3M6GA 3P4IA 1GLFO 3UKUB 3EZWA 3HI0A 2H3GX 4MO5A 1TYQB 2Q31A 1XUPO 4PL8A 3VF2A 3VGKA 3H6EA 5ELZA 2EWSA 4FOEA 3CHWA 4M7YA 3GL1A 4BG9A 4CD1A 3RSEA 1HKGA 4YDUC 3R6MA 4RWTA 3IMXA 3G25A 1CZAN 2Q36A 4CZIA 3O6WA 5AQHA 2CH6A 5AQWA 2A41A 2P9SA 4CBUA 5BREA 2FLOA 3VOVA 2FXUA 4EHUA 5AQVA 5ADXA 5F0XA 2NRHA 5BRDA 2GWJA 5BRFA 2GELA 3CJBA 3GE1A 3MMVA 4H5VA 2P9NA 3VEYA 2PAVA 3M3ZA 2ASPA 1T44A 2W41A 3ULEB 4DCHA 3H45C 3GDQA 5JLFA 3ATUA 2E1ZA 3FGUA 2D0PA 2WUSA 2P9PA 3DXMA 1ATSA 1MDUB 2BTFA 1NWKA 5AQZA 5LY3A 5AQUA 5KPRA 2A3ZA 4CZGA 3F9MA 4H0PA 4BRIA 4CZLA 4BVPA 5KPTA 2FF3B 4BVOA 3CQXA 1GLBG 1TUYA 1V4SA 1GLJO 4IZ9A 4GNIA 1OKJA 3L0QA 3FZMA 2A5XA 3CJAA 3ZETB 2P9UA 4BRNA 3ZX0A 3R9PA 1Z6RA 5AQRA 3ATVA 4WQ4C 3L6QA 2I7PA 1MWKA 4WYBA 1ATNA 2HMPA 3VEXA 3B8AX 2QWPA 4J8FA 5AZJA 1Z05A 4CBWA 3J8AA 1MA9B 1SQKA 2ITMA 2IVOA 3D2FA 3EKUA 5BR9A 3JXUA 1HJOA 2F9WA 1C0FA 1GLCG 2Q1NA 1YAGA 4K25A 4DQ8A 5KPZA 4BROA 5TKYA 2A42A 1IJJA 2FSJA 2IIRA 3U9ZA 2Q2RA 3ID8A 3MN5A 4IWVA 5BRHA 5AQPA 2QWRA 4JD2A 4JNEA 4M7XA 4ISFA 1ZXOA 2IVNA 2E2QA 1BU6O 4H0OA 3LM2A 4B1UB 1YVNA 4ISEA 1RGIA 5FPNA 4BGBA 3SMPA 2ZGYA 5AQTA 2QWLA 4WQ5A 2ZWHA 1J6ZA 3ZEUA 1NM1A 3O8MA 1G99A 3UKUA 3OHRA 4FPAA 5ADXH 3EO3A 4FWOA 5F1XA 2AP1A 3ENOA 1BG3A 5BPLA 4JHDB 5CE3A 3D2EB 4B1XB 5FPMA 1QZ5A 4BR7A 3SMSA 3FFKB 2QWMA 5AQNA 4BG8A 4BR5A 3DXKA 3BEXA 2P9IB 1XC3A 2YHYA 4IJAA 3C7NB 5KQ8A 3HTVA 4FWSA 3U8XA 3BUZB 1HKBA 2E2PA 1QZ6A 3S41A 1ZC6A 2A40A 2P9KA 3ZX3A 4MLHA 5E84A 5AQSA 4H0YB 3FZKA 1SZ2A 1X3MA 5AZIB 5JLHA 1K8KB 4I6MB 5AQLA 3FLCO 1KAYA 1T6CA 3O5BA 4CZHA 4Z94A 1R59O 4B1ZA 2HOEA 2GWKA 3MN7A 4A62A 4FO0A 1T6DA 3A5NC 4NO7A 4B1YB 2FSKA 1LOTB 3GG4A 3C0BA 3LDLA 3FZLA 3MK6A 1HLUA 1P8ZA 5AQQA 4CZKA 2NZTA 4O8KA 3WXIA 3H1VX 1WUAA 4FWQA 3KZBA 1NGCA 4BC4A 4PKGA 4CZEA 3QBXA 3AAQA 2YHWA 3O1BA 3HSCA 4BRHA 3W0LA 3O4WA 4A2BA 3A8YA 4BC2A 4BQLA 3ZETA 1DEJA 3QMLA 1E4FT 3TPQA 1QQMA 2W40A 2HF4A 5AQYA 4A61A 2PBDA 3EL2A 3FZFA 3TU5A 4FWLA 4LC9B 3VGLA 2F9TA 5BN8A 4H5RA 2GEMA 4MLEA 5EXWA 4ISGA 2YHXA 5AQKA 4H5NA 3IUCA 3VERA 4WQ5C 2CGLA 4FWNA 1XQSC 4K42A 2P9SB 1NGFA 1NGDA 1NGJA 3QFPA 4PL7A 4AM7A 5E26A 4HTLA 4EHTA 2P9NB 4IXCA 4BRCA 3JS6A 3UB5A 1HX1A 1GLAG 4H5WA 2ASMA 5AQOA 4E1JA 2FF6A 2QWNA 5LJWA 3H3NO 4XEIA 4B1VA 2P9PB 1QQNA 3DXMB 3VENA 2V7YA 1U2VB 1NGIA 3M1FA 4DB3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSEA 4FJ7A 4O4GA 4CBXA 2RE2A 4FVUA 1A5VA 5AFUA 3SUOA 1NOZA 3E66A 3ENHA 5M1QA 1NJXA 3AVGA 4BC3A 5HRPA 1VSKA 1TK5A 1RBUA 1NMNA 3C7NA 3C65A 4MDBA 3EEQA 3TI0A 2O8CB 4DSKA 4DQSA 2D0BA 1VRUA 5AZJB 1U6ZA 4LFBK 1S1XA 1ESVA 1VK0A 4I7FA 4DQQA 1C0GA 1VQ8N 1WSEA 4H0TB 4F3TA 1YIJN 3AVIA 3O4NA 3KK3A 4JK9A 1NGEA 4CI6A 4FJ8A 4IOCL 3WXJA 3RWUA 3ULEA 4K41A 4CJPA 3THWA 4CK1A 5C2FA 3LP3A 5GAGP 2KZZA 3BP8A 4AILC 2OPRA 1RT1A 4IDHA 3CFOA 1JLQA 3AVBA 4OPJA 3VF4A 3NH1A 1VQON 1BQNA 3CCLN 1D4XA 4JKFA 1GLEG 4B9QA 1WLJA 3SNNA 3SQ0A 3C6HA 3T3FA 2AA4A 3BGRA 4BRPA 3EN9A 4DMNA 3KLHA 3CJ9A 1L3SA 4GV9A 4W5NA 2V51B 5C15A 1KXPA 4DSLA 4NCGA 2G8WA 3GOIA 3MX5A 3BY5A 4PKHA 3CQYA 3PLAA 2HHTA 1BDGA 1NK7A 4KHYA 4FOIA 1HNWK 4BDPA 2P9KB 1NK9A 3C6UA 3EYZA 1J9AA 3T1HK 2FSNA 4LH4A 2G8HA 1IBMK 1U49A 1BI4B 3KVGA 2UXCK 1BWFO 1U2VA 3TARA 1RFQA 1DKGD 4CF0A 4M3ZA 3D0PA 3SQ1A 1DGKN 4Y1CA 4Z4FA 2CGKA 3CMEN 4FYDA 2VG5A 2AJQA 4CEOA 4EFHA 2UUCK 2HVHA 2KZMA 4JS4A 1RDAA 2F4VK 4YY3K 3BZCA 1HPMA 4FWPA 1VSEA 1J53A 3T69A 5HOOA 4LH5A 4O5FA 1QQOA 4MQ3A 3GBTA 2E2NA 3P39A 2P51A 4BWMA 4CIFA 3VTHA 1GLLO 2FC0A 1KD1O 4JKHA 1FK9A 4KRFA 4FXDA 2KLAA 4IBNA 3HM9A 2Q0UA 1M90O 4DV6K 2YI1A 4CJKA 3L3UA 2VCPA 2QEXN 4BR2A 4ILHA 1J5OA 4LFCK 1EO1A 4Q0BA 1QHAA 2VWKA 1NKBA 1VQ5N 4CFBA 2NRVA 3OYKA 3DLEA 4Z4HA 1D9DA 3CM5A 1UWBA 2GBZA 2KHOA 4H03B 4N41A 3VEOA 3VQ4A 3I8DA 3MN6A 4CEBA 1KAZA 1XI1A 3DOKA 2KKZA 3HP6A 3DLGA 5DM7L 3WEEA 1YUWA 3EZ5A 1IG8A 5AQGA 3PX0A 4QS7A 2ZF5O 4GMJB 1WSFA 4KREA 3S3MA 3VN5A 1HKCA 5J2NA 3DWLA 5FDLA 1KVCA 1CLQA 2HHIA 4FJGA 3UKRA 3VQCA 3WQTA 4MO5A 3KLFA 3DRRA 1Z25A 1RTIA 2HNDA 2EWSA 1U45A 2O8FA 3TR8A 4M7YA 4DV2K 4DV7K 3GL1A 3SAFA 2Q36A 5KRSA 4RW7A 2P9SA 4YOVA 3MXIA 3SJJA 3F2KA 3TSUA 3VQ8A 1TKDA 5F0XA 1KLNA 5CYQA 1K6YA 3V1RA 4CFCA 2GWJA 5BRFA 3CJBA 1B92A 4J2DA 3VEYA 1VQLN 4OPHA 1RT3A 3AA5X 1JL1A 2VG7A 3J80O 3WNEA 2E1ZA 3FGUA 3OS0A 2HVIA 1RT6A 2ITGA 3P83D 1ATSA 4DV4K 5LY3A 5AQUA 1IBLK 4HCBA 4HUGA 1T05A 3NH2A 4PQUA 5KPTA 5BR8K 1W97L 2WFBA 3CQXA 4JKGA 1NK6A 2D5RA 3ID6A 1XNRK 1V4SA 1RTHA 2HBJA 1GLJO 3ISNC 3VQ6A 3NVMA 2E6MA 3LZJA 2IGIA 4E19A 2A1SA 3ZETB 2P9UA 4BRNA 1EETA 2A1RA 1IH7A 3ATVA 3LP0A 4DUZK 4J2AA 2HMPA 4Y1DA 4J8FA 4XJXA 1IKYA 3DLBA 2O8EA 1WSGA 2JLEA 2ITMA 3BDPA 2IVOA 3MWPA 1N32K 3D2FA 3JXUA 2F9WA 4K25A 4DQ8A 3CCSN 3SYZA 3AV9A 4BROA 4IEEA 4B3OA 3AA4A 4F8RA 1REVA 2W00A 2YKMA 4DWIA 3ITHA 4JD2A 3NF9A 3LWLA 5GINA 4ISEA 3ZLJA 5FROA 5JS2A 1DTTA 3KKRA 1N5YA 4WQ5A 1J6ZA 3ZEUA 3J7ZO 3FFIA 2Z1HA 3V1QA 4FJIA 3ZCMA 5C24A 3O8MA 1G99A 4OO1J 1VQ9N 1ZYQA 4PHTX 4CVNE 4CESA 2AP1A 3WNFA 4JHDB 5C42A 5CE3A 2YNIA 4B1XB 3L2RA 4G9ZA 1TKTA 4KTWA 1QZ5A 3LDSA 5AJ3K 5LL6Z 4BR5A 3DXKA 5GAHP 1W0HA 3HTVA 4FJMA 3VMFB 4FLWA 2E2PA 1QZ6A 2WONA 2B5JA 3VQAA 3FZKA 1HRHA 1I39A 3SZ2A 5AZIB 1YITN 5M1OA 3OS2A 1B9FA 1T6CA 4Z94A 1R59O 1NJWA 2GWKA 3T1AA 4A62A 2FSKA 3GG4A 1S6PA 4B8CA 5M1FA 3M8RA 4NLCA 1XNQK 4O8KA 3WXIA 3H1VX 4BC4A 4LF9K 1F21A 1SKRA 2OCEA 5HL7L 4PKGA 1LWEA 3QBXA 4CZEA 3J81O 3O3FA 4WF9L 1S1TA 1KCFA 1XMQK 1WAFA 3OYDA 1GOBA 3A8YA 4E1NA 4BQLA 2YHBA 1DEJA 2YNFA 3KKSA 5JS1A 4CJ5A 4OKJA 3IAYA 3R3LA 2W40A 1S72N 5JVHL 3DYAA 2O8DB 1RT4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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