4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
1YXQA 4M63C 2PBDA 2CGJA 3QDKA 4PKGA 5AQVA 1NMDA 1NGEA 4JHDB 5LY3A 1Q18A 2NZTA 3TPQA 4CD3A 1BDGA 3FZHA 3P4IA 4WQ4A 3FZFA 2QWOA 4BVOA 4BC5A 3BUZB 2YI1A 2I7NA 2A6AA 1WUAA 2OANA 5AQHA 1MWKA 4B1ZA 4B1UB 5AQGA 4H0VB 4EHTA 3ZEUB 3WQTA 1NGJA 4H5NA 3RSEB 4FSVA 3H1QA 1GLCG 3KHYA 2CH6A 2Q0RA 3LL3A 4BREA 2FXUA 2GEMA 1S22A 3ZETB 3I33A 3BF1A 5AQIA 2P9NB 2ASMA 5FPMA 4FWSA 3ID8A 3D2EA 3VF4A 4C23A 1HPMA 3J8AA 5E26A 5AZJA 2E2OA 4Z94A 3GBTA 1BG3A 3AAPA 3C7NA 3MN6A 1ATRA 3QBWA 3RSEA 1NGIA 4EFHA 1BO5O 4BRCA 1NGDA 4NO7A 4H0PA 2Q31A 4H5VA 2UYTA 1S3XA 1LCUA 2P9UB 3O5BA 1YAGA 3VEVA 1GLLO 1EQYA 3A5MC 3VF6A 3H6EA 3DXMB 3GG4A 5E84A 3BP8A 3VPZA 1SAZA 3EKSA 2YHXA 2EWSA 1HKCA 4XH5A 5BN9A 5JMVA 4DB3A 3EKUA 2ZGYA 4ISGA 5FPEA 4AM6A 2P9UA 4PL8A 2GWJA 3AAQA 1DEJA 2V52B 4FO0A 1HKGA 2Q1NA 5AQPA 3CQYA 3FR0A 3O4WA 3VEYA 2Q36A 3QFUA 4K42A 3UKUB 4RTFD 5ADXH 5AZIA 1IJJA 3EO3A 4QS8A 1GLFO 3HTVA 5EOYA 2HOEA 3A5LC 3VETA 1LOTB 4K41A 3S41A 1BUPA 2E2PA 3GL1A 5AR0A 3A8YA 1E4GT 1NWKA 2FSKA 4BRKA 3HZ6A 3MMVA 4I6MA 4GNIA 3UKUA 4FWQA 3EZWA 1GLEG 2P9PB 3KZBA 3U9ZA 3FZMA 4BG9A 5FPDA 5JICA 3U8XA 1RGIA 4CZLA 2A40A 3LDLA 5AQWA 2Q97A 4EHUA 5AQMA 1NGAA 3OHRA 1HKBA 3L0QA 3EL2A 4FWNA 4H5WA 2F9WA 4IWVA 5AQQA 2P9IA 3VENA 3MN7A 3A5NC 2WUSA 4QS7A 4BRPA 4ISFA 4BR4A 4FPBA 4BQLA 2D0OA 3SMPA 4M7XA 3JXUA 5AQZA 1QQMA 5KQDA 4A2BA 3WUHA 3MN9A 2A5XA 5KPRA 1RFQA 1U6ZA 1TUUA 3R6MA 4O8KA 4CZJA 5BRFA 4BGBA 1HX1A 4IZ9A 4IJNA 4MLHA 2D1KA 1BU6O 3FZKA 1ATSA 3SMSA 3UE5A 1JCFA 3A0IX 2F9TA 4BRGA 1KAXA 1HUXA 1BA1A 3LDNA 3D2EB 5AZJB 2IIRA 2I7PA 2QWQA 3UB5A 4B1XB 1NBWA 3GE1A 3O1WA 4FPAA 1U2VA 3C7NB 4KBOA 3HI0A 1Z6RA 3BEXA 3IFRA 3M6GA 3KVGA 4PL7A 1GLJO 4JD2A 3WXJA 4BRLA 4WQ4C 4IJAA 4BVPA 2ZF5O 5AQLA 2V51B 1V4TA 1XC3A 3H45C 4BR9A 1Z05A 2E2QA 2QWMA 4BR2A 3ZX0A 3O08A 2IVOA 4CBUA 4BC3A 3MCPA 2HF4A 2GELA 4K43A 5BPNA 4BR5A 1X9JA 3ULEA 5KPZA 2YJEA 4PKHA 5AQXA 1NGHA 3R9PA 4WQ5A 3CJ9A 5I9EB 2HF3A 3R8EA 3SLCA 5F2RA 2P9LA 1G99A 2GTDA 3O80A 4YDUA 2P9KA 3O8MA 4BRQA 2ITMA 3SJHA 5AFUH 3M1FA 2E8AA 2QWLA 4RWTA 2QWPA 3UKRA 2IVPA 4BRNA 4B1VA 5AZIB 2D4WA 5KQ8A 1BWFO 5BRDA 2ZWHA 1TYQA 1YUWA 4BRAA 1D4XA 4BG8A 1ZXOA 2HMPA 3LDPA 2CH5A 4GY2B 5ADXA 1QQNA 5AQSA 4M7YA 1JCEA 3D2FA 4I6MB 4B1YB 3H3NO 4NB4A 5AQRA 4BGAA 4B1WB 5F0XA 4QS9A 5EX5A 3TU5A 1Y64A 3FFKB 4BROA 2A42A 3BF3A 3DXKA 4BC2A 1X3MA 3MN5A 3QICA 4CBXA 4H0TB 2P9IB 2YHYA 1ZBSA 5AQYA 3IDHA 1J6ZA 1YVNA 3QB0A 4BRFA 2AP1A 4XH4A 3WT0A 4K25A 1CZAN 3EN9A 5BPMA 4H5TA 3VEWA 1WOQA 3LM2A 4BR0A 4BRDA 4CZGA 2ASPA 4H0XB 2AA4A 3LDQA 3CHWA 3VEOA 4FOEA 2W41A 1K8KA 1TUYA 3VOVA 1DGKN 4IO8A 3AY9A 5EVZA 3FGUA 3VGMA 3WEEA 3WXLA 3DJCA 3QFPA 4ISEA 2BUPA 5AQFA 1IG8A 2QWRA 2NLXA 1KXPA 3ENOA 2YCHA 4A61A 1X3NA 4FOIA 3CETA 3CJCA 4J8FA 4WYBA 5BRHA 5BPLA 2CGLA 3AARA 1KAZA 4DCHA 4FWKA 1U2VB 3U9DA 2FSNA 2QWNA 5FPNA 1JCGA 3I8BA 3L6QA 2YHWA 4CBWA 4F9OA 1T44A 4JD2B 4FWRA 3H3OB 1KAYA 4L3QA 5AQOA 5TKYA 2VCPA 5BN8A 3VGKA 4CZIA 2FLOA 1ESVA 2ZGZA 2V7ZA 1HJOA 3H1VX 3H46O 4JNEA 3CI5A 3FE1A 4PKIA 3ULEB 1R59O 1T6DA 2P9SA 2V7YA 5ELZA 3C0BA 3VERA 1SQKA 4CZHA 3FZLA 3HSCA 4XEIA 2KHOA 2GWKA 4BR7A 2P9LB 1ATNA 1GLAG 4CD1A 4JN4A 2P9KB 3M3ZA 3IUCA 2FF6A 3CERA 4FWOA 4Y0WA 3ZX2A 4A2AA 4JHDA 4MLEA 1T6CA 5EXWA 5AQJA 3HM8A 5LJWA 3LM9A 3O6WA 3UKRB 1H1VA 5CE3A 1QZ6A 3WQUA 1NGFA 4A62A 4BRMA 4EAHD 3SK3A 4HTLA 2W40A 4BRIA 3W3DA 1TYQB 5AFUA 4CZMA 3CQXA 1NGBA 1C0FA 3GDQA 1ZC6A 2YJFA 4H5RA 4EIAA 4FWPA 1MWMA 3HBTA 5BREA 2BTFA 2QXLA 3JS6A 3D2FB 4CZKA 2NRHA 5KPTA 3ZEUA 1HLUA 3O1BA 3CIPA 3D7EO 1SZ2A 4FL9A 4MO4A 3WXIA 2H3GX 5BR9A 4WQ5C 2VYPA 5JLFA 4DHYA 1C0GA 5AQTA 2A41A 3DXKB 3ZETA 3VEXA 2Q2RA 4CJ7A 2P9NA 5JLHA 4DQ8A 3B8AX 1NM1A 4YDUC 1NGGA 4CZEA 2QM1A 3CJ1A 3U4LA 4MO5A 3DAWA 1MDUB 3DWLA 5EY4A 1P8ZA 3ENHA 4BC4A 2FSJA 2ASOA 2E2NA 3L4IA 2J4RA 3ZX3A 4FWMA 3CJAA 3ATUA 3MK6A 4JAXA 4CI6A 3G25A 3A5OC 1MA9B 2DPNA 4XH1A 1K8KB 1QZ5A 2PAVA 3LDOA 3WEEB 4CZFA 3MDQA 2E1ZA 2E88A 3VGLA 2QW9A 3VESA 2E1YA 3DXMA 3CJBA 4HWIA 1OKJA 3WXKA 4H0OA 4H03B 2A3ZA 1V4SA 4RCHA 1GLDG 5F1XA 3VF2A 1GLBG 4AM7A 4LC9B 3W0LA 3F9MA 1QHAA 3ATVA 2IVNA 2VWBA 5AQKA 4O5FA 4FWLA 5LJVA 2D0PA 3CJ7A 4BQZA 4E1JA 3VEZA 3GOIA 3QBXA 2FF3B 1XQSC 2Q0UA 4H0YB 4IXCA 1E4FT 2CGKA 3FLCO 4BRHA 1BA0A 1BOTO 1NLVA 2GUPA 2E20A 5AQNA 5B8HA 1QQOA 2P9SB 1NGCA 3QMLA 1RDWX 4B9QA 1DKGD 3IMXA 1XUPO 2P9PA 5AQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KTQA 4M63C 3L8BA 3VMFB 2CGJA 4DFJA 3RRGA 1NMDA 4KTWA 3DOLA 1NGEA 4JHDB 1Q18A 3L2RA 3CCRN 1HYSA 2NZTA 2YNGA 4CD3A 1L3SA 1JLGA 5C42A 3P4IA 3TAGA 3S5TA 3E1YA 3FZFA 2QWOA 5JS1A 1JLQA 3BUZB 4DV5K 3CPEA 5GIOA 2WC9A 1YJ9N 4J2DA 3PIPL 2OANA 4FJGA 4DTMA 4B1UB 4B1ZA 4YORA 3V9SA 4OKEA 4JKAA 3K0SA 1U04A 1NGJA 4H5NA 4CGIA 3KHYA 1TKXA 2OTJN 2GEMA 1S22A 2OPQA 1BQNA 4CFAA 4C23A 1HPMA 1CZ9A 4JS4A 4CF0A 3GBTA 4QAGA 4FLXA 3AAPA 3C7NA 5CYMA 3MN6A 1QSLA 3QBWA 5GAGP 4DR2K 1X1PA 5LMUK 1DTTA 4I7FA 4NO7A 1I94K 3THWB 1XMOK 2KW4A 2UYTA 3O5BA 2P9UB 1K73O 1QTMA 3A5MC 1HYVA 2RE2A 5GADP 4CJWA 1VSEA 3DM2A 3NMUA 5HRSA 1HRHA 3VPZA 4E1NA 1KVCA 1SAZA 3EKSA 4F2SA 4XH5A 4JK7A 3NH0A 4DMNA 5J1EA 2HBKA 4FO0A 1HKGA 4CJQA 5AQPA 3FR0A 3O4WA 2GBZA 3QEIA 2D5RA 2Q36A 4RTFD 4YOWA 1HNIA 1IJJA 3AVLA 3EO3A 1VQ8N 1E3MA 2HOEA 3VETA 2EHGA 1LOTB 1FKPA 3MCAB 1RT5A 3S41A 1VQON 1NJIO 4B3TK 2HMIA 1D9FA 2VQEK 4CE9A 5A2QO 2R7YA 5AR0A 4DKWA 1E4GT 1EWRA 4DU3A 4BACA 1U49A 4AHCA 3UKUA 5GAEP 4DQ8A 3KK1A 3VQEA 1WB9A 1GLEG 4KTQA 2A40A 3CC7N 1TVRA 3CFOA 3NDKA 4DQPA 3OHRA 1HKBA 3F9KA 3EL2A 3P83D 4OLAA 1LAVA 5AQQA 4TSXA 4RW4A 4CHNA 3TWHA 2IOCA 4JI2K 4B9UA 4BRPA 4BR4A 4FPBA 3KD1E 1NK9A 4C8MA 1QQMA 5M1PA 4FJNA 2A5XA 5KPRA 2O8BA 5J2QA 3R6MA 5BRFA 5MLCQ 2X6NA 1Q82O 2VG6A 2Z1HA 1BU6O 3UE5A 1ZBIA 3A0IX 4BRGA 3E9OA 1BA1A 3HVTA 2O8DA 3VQ7A 3DRRA 2XY7A 1QSYA 3R1XA 4BY9C 4M3WA 3MWTA 3C7NB 4PY5A 4KBOA 1RILA 3M6GA 3KVGA 4F4KA 1ZBUA 4PL7A 4JD2A 3WXJA 3CYMA 1D9DA 3L2UA 1I3AA 4R5PA 4DSFA 1KFSA 2QWMA 2HBJA 1Y97A 2GELA 2FBYA 1C1AA 3MEDA 3AO1A 3ITHA 3VTHA 1YIJN 5KPZA 5CYQA 1NGHA 3MEEA 4WQ5A 3OYNA 4DLEA 3TAFA 4Z4CA 3SAHA 1N6QA 5HLFA 2ITMA 1S72N 4M3UA 3HVRA 3M1FA 1M90O 2E8AA 3SJJA 4DR6K 2QWLA 3MXMA 5CHIA 4RWTA 3QIOA 4B1VA 2W6KA 3AVIA 1ASUA 2D4WA 1HR0K 1BWFO 2D0CA 5C24A 4BG8A 2NRWA 3MX5A 3LDPA 4FVUA 3NCIA 2I5JA 4E3SA 4LF9K 5AQSA 4O4GA 4CEFA 1QVGM 3D2FA 4B1YB 4M3TA 1Q7YO 1YHQN 4NB4A 4NYNA 4B1WB 5F0XA 4QS9A 1LWEA 1UAXA 1Y64A 4YNQA 3CD6N 4I9LA 2F7TA 3BF3A 4BC2A 4DTPA 1RBSA 3LP3A 3NAEA 4HHTA 4H0TB 2YHYA 4HVJA 3IDHA 4OO1J 3THVA 3AVNA 4XH4A 3WT0A 5LL6Z 3OS0A 3NGIA 3VEWA 1RT3A 3O9RA 2OA8A 4BEBA 3OYGA 2PY5A 1A5WA 3ZLJA 3OYHA 2BH1A 2O8BB 1EWQA 1CXQA 3VEOA 2W41A 4CHYA 3T1YK 1TKDA 5EVZA 4PWDA 3CPWM 3VQCA 5M1NA 5FRMA 1ASWA 1KXPA 2YCHA 4LFAK 1IBLK 2O8DB 5BRHA 4OPJA 4QCLA 3NF6A 1L3UA 1KLNA 2BE2A 4B3MK 4JV5K 5C15A 4CJSA 2FSNA 4HCCA 4LF6K 3TSQA 4JD2B 1OH8A 2WTUA 4FWRA 1XNRK 4DQRA 1KAYA 3SBGA 2VCPA 5BN8A 3VGKA 1YVUA 3LDSA 4E7HA 2V7ZA 1HJOA 4JNEA 3V9WA 4DV0K 4JI3K 3FE1A 4IFEA 3OS1A 1FK9A 1TK0A 4FLUA 1FW6A 3NH1A 2P9SA 1C6VA 2F96A 1O1WA 2HNYA 3KLFA 4XEIA 3SZ2A 1NK4A 1ATNA 3KJVA 4K8XA 3NBPA 4Y0WA 3CERA 4FWOA 5EXWA 1EETA 1N34K 3M8SA 1SS6A 1JKHA 1H1VA 1QZ6A 1NGFA 4A62A 4BRIA 3U3GA 5JVGL 3W3DA 4KB0A 3CCMN 3RR8A 1C0FA 3OYBA 3TAMA 3I0RA 3DLEA 4EIAA 4LF7K 5BREA 3JS6A 1KD1O 3D2FB 2G8WA 3ZEUA 4DWIA 3BZCA 1WBDA 3WXIA 3O4NA 5BR9A 1TK5A 5JLFA 1VQKN 3PUFA 4WE1A 3QERA 3VEXA 4CJ7A 4JI5K 3SNNA 4LH4A 1KFDA 3CJ1A 3AVMA 3U4LA 4I9QA 4MO5A 2OYQA 4M3YA 4ILGB 1NJYA 1P8ZA 3ZT2A 1SUQA 2FSJA 2E2NA 4KTZA 2J4RA 4ILJA 4DU4A 3ZSZA 3CJAA 4CEOA 5IWAK 4U67L 4V19S 2WBNA 1ILYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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