4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
4AM7A 4CI6A 1DKGD 4IWVA 4GNIA 4CZEA 3L0QA 4KBOA 1HUXA 1RFQA 1V4TA 2AP1A 3WUHA 3TPQA 4EFHA 2PAVA 1C0FA 3CJ9A 3QICA 2CGKA 4RWTA 1NGDA 1BG3A 3CETA 5E26A 4K41A 2Q31A 3A5MC 3FGUA 3GL1A 4A62A 2VWBA 2GWKA 4FPBA 3VEZA 4A2BA 3FZFA 2FSKA 4XEIA 3H3OB 3ZX0A 2VCPA 2QWMA 3MN9A 3R9PA 2AA4A 1H1VA 5FPEA 4EHTA 4FO0A 3W3DA 1ESVA 2ZF5O 5EVZA 4M7YA 1HPMA 2E2PA 4FWNA 2FSNA 3LM9A 1GLDG 3QDKA 3BEXA 5AZIA 3H46O 3FZKA 1NGCA 5AQKA 5BPLA 4FWKA 2ITMA 4BR7A 3WEEA 4BR0A 4QS9A 4RTFD 3VOVA 1U2VA 4BC2A 1G99A 5AFUA 3UKRA 2A3ZA 4BRPA 3ZEUB 1Y64A 1Z05A 3M6GA 3CHWA 1XUPO 3FE1A 4QS8A 1WUAA 1ATRA 2Q97A 3CIPA 4EHUA 1U6ZA 4FWPA 1NGGA 3CJBA 4L3QA 2A40A 3BP8A 5AQOA 4H0OA 4JD2A 1HJOA 2NRHA 1HX1A 5ADXA 4DHYA 3CQXA 4M7XA 2Q36A 3A5LC 4YDUC 1BWFO 4K42A 3HM8A 4BR9A 2P9UB 3MN6A 3ZETB 2IVOA 3D2FB 3LM2A 2KHOA 3UE5A 3WXLA 4B1XB 1BOTO 5AQRA 5AFUH 4BROA 2QWQA 4CZIA 2QWPA 5AR0A 4BRKA 2GWJA 5AQTA 1X3NA 5KQ8A 3U9DA 5KPRA 5EXWA 4FPAA 1MDUB 1KAZA 3IFRA 2QWRA 3ID8A 3O1BA 4MO5A 4BR2A 1OKJA 4BGBA 3HSCA 3UKUA 5AQWA 3UB5A 3S41A 4CZJA 2YJEA 5AQNA 1KAXA 3R6MA 3C7NA 1ZXOA 2BUPA 5F2RA 4FOEA 1LCUA 3J8AA 5BPNA 2E2OA 1GLAG 4JHDA 1MWKA 1NLVA 4YDUA 3SMSA 3CI5A 4H0VB 1K8KA 2VYPA 3VENA 5CE3A 3DXKB 5JMVA 2QWLA 3WXIA 1JCGA 1X3MA 4H0TB 5AQYA 3WQTA 4HWIA 4H03B 3GDQA 4CZGA 4FWRA 2FSJA 3VF6A 3O08A 1KXPA 4DQ8A 3BF1A 2CGJA 4BRQA 3FZHA 1RGIA 4H5WA 4BRLA 4JAXA 4MO4A 2GTDA 5AZIB 2A6AA 1NGAA 5B8HA 2V7ZA 3WEEB 5AQQA 4LC9B 1U2VB 4BQZA 1NWKA 3QBXA 2FF3B 4BRMA 2QWOA 1CZAN 1JCFA 4BRFA 1QQOA 1YAGA 5I9EB 5KQDA 4DCHA 5JLHA 3U4LA 4IJNA 3QB0A 2QM1A 3H1VX 3LDOA 4XH4A 5EOYA 5FPNA 3WQUA 5AQIA 3EO3A 4FWLA 3MN7A 3VF2A 2ZWHA 3O4WA 3O8MA 1IG8A 4BVOA 4Z94A 4H0XB 4K43A 4BRNA 3MCPA 5LJVA 3ENOA 2P9LA 2CH6A 1SZ2A 4IZ9A 5E84A 1ZC6A 3AY9A 2ASOA 3DXMA 4WQ4C 2ASPA 2Q1NA 3KVGA 5AQMA 3SLCA 1TYQA 5BR9A 2I7NA 4CBUA 3VGLA 5KPTA 1DEJA 2ZGYA 1RDWX 4O8KA 1SAZA 3A5NC 3GG4A 3FFKB 3P4IA 4IXCA 4CZLA 2WUSA 3O5BA 2P9PA 3I33A 1BO5O 5AQJA 3ULEA 4FWSA 1S3XA 4I6MB 3EKUA 4J8FA 3UKUB 3JXUA 5AZJB 3BUZB 1ATNA 1R59O 5BN9A 1JCEA 3C7NB 3LDLA 4BC3A 1GLJO 3AAPA 2ZGZA 3VESA 2E1ZA 1NGEA 1NGHA 1QZ5A 4PL7A 2NLXA 1BU6O 4JHDB 3BF3A 1S22A 3ZX2A 1K8KB 1HKBA 2FF6A 5FPMA 1GLFO 3EN9A 3DJCA 4WQ4A 2Q2RA 3HZ6A 2A5XA 1GLBG 3GBTA 4BGAA 1QHAA 1C0GA 2PBDA 3HI0A 3F9MA 3GE1A 3L4IA 3EL2A 4EIAA 1SQKA 1YUWA 3FLCO 3VEXA 5BRHA 3KZBA 4FWOA 3U9ZA 3FZLA 1E4FT 1QQMA 4NB4A 2V51B 4RCHA 4F9OA 4FSVA 2CH5A 3H45C 5ADXH 4A2AA 1BUPA 3A5OC 2IVPA 4BQLA 1GLLO 4CBWA 1D4XA 2P9IA 3O1WA 2P9SA 3A0IX 3A8YA 2F9WA 4NO7A 4PKHA 4XH5A 2YHYA 4IO8A 5AQLA 2D0PA 1NM1A 4GY2B 2Q0UA 2FXUA 4JN4A 2F9TA 5BREA 2P9LB 3I8BA 4CD1A 4WQ5C 4CZHA 3IUCA 3RSEA 4H0YB 5TKYA 5F1XA 4H5NA 3VGMA 3VGKA 2ASMA 2J4RA 3DXMB 4K25A 3FZMA 4B1UB 1GLCG 3DAWA 3G25A 3CQYA 3OHRA 1EQYA 2A41A 3VEVA 4B9QA 2D0OA 1MA9B 2YCHA 3SJHA 2E2NA 1Q18A 5LJWA 5BRFA 1YVNA 3UKRB 2YJFA 2P9PB 3AARA 3WXKA 3U8XA 4BRHA 3IDHA 1NGFA 3IMXA 4CZKA 3LDNA 5AQZA 2FLOA 4H5RA 4CJ7A 3DWLA 3VEYA 3TU5A 4XH1A 5FPDA 3AAQA 5LY3A 4JD2B 1NBWA 4B1WB 2P9KA 3QFUA 1XQSC 3B8AX 2E20A 3CJ7A 3SMPA 3CERA 5JICA 3VERA 2H3GX 4BR5A 2Q0RA 1NGIA 4CBXA 2P9NA 4WQ5A 3C0BA 3D7EO 3QMLA 1MWMA 3LL3A 5AQVA 3D2EA 4BR4A 2E88A 5EX5A 1ZBSA 3CJAA 1NGJA 4FWMA 4H0PA 2HF4A 2QW9A 1J6ZA 2BTFA 5ELZA 1KAYA 2YI1A 1Z6RA 3DXKA 1XC3A 5EY4A 2NZTA 1BDGA 4O5FA 1LOTB 5AQSA 3LDPA 1T6DA 4PKGA 2DPNA 4B1VA 1WOQA 5F0XA 2A42A 2E8AA 2P9IB 2GELA 3KHYA 2IIRA 4AM6A 2P9SB 3M1FA 1V4SA 4BRDA 1HLUA 3JS6A 5AQHA 4QS7A 2HMPA 3EKSA 4MLEA 3O80A 3O6WA 2E2QA 4EAHD 2E1YA 3FR0A 2W40A 3RSEB 4DB3A 2HOEA 4A61A 2CGLA 3VF4A 3GOIA 3ATVA 5BPMA 2UYTA 3VPZA 5BRDA 4BRIA 3WXJA 3R8EA 3L6QA 3LDQA 1TUYA 4Y0WA 1IJJA 3MK6A 3WT0A 4FWQA 4BRCA 4ISGA 1X9JA 4BC5A 4CZMA 4BG8A 4CZFA 4M63C 2GEMA 3CJ1A 4FOIA 1GLEG 2W41A 2QXLA 1E4GT 3MMVA 4B1YB 2D1KA 4JNEA 4B1ZA 3VEWA 3CJCA 5AQGA 3HBTA 4WYBA 3ZEUA 4CD3A 4C23A 1YXQA 2P9KB 2EWSA 5AQUA 1QZ6A 3QFPA 2GUPA 1T44A 4I6MA 5BN8A 1BA0A 5AZJA 3ENHA 2P9NB 4BC4A 3SK3A 3MDQA 4BG9A 5JLFA 2YHXA 4H5TA 2I7PA 3H6EA 2YHWA 3D2EB 1HKCA 1TYQB 2OANA 4H5VA 5KPZA 1P8ZA 3HTVA 2IVNA 4ISEA 3VEOA 3H1QA 3ATUA 5AQPA 5AQXA 3W0LA 2D4WA 4BVPA 2P9UA 3H3NO 3ZETA 1NMDA 3D2FA 4HTLA 4FL9A 2V7YA 1ATSA 3QBWA 3ULEB 1DGKN 2V52B 1BA1A 1NGBA 4PKIA 3ZX3A 4MLHA 1HKGA 3M3ZA 4BRAA 2HF3A 3MN5A 4PL8A 5AQFA 4IJAA 1QQNA 4ISFA 4E1JA 1TUUA 4BRGA 1T6CA 4BREA 2QWNA 3VETA 3EZWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LALA 4R5PA 2KW4A 4HUEA 3CCMN 1DKGD 2FBVA 4CCHA 3AVBA 1VQ4N 1V4TA 3WUHA 4EFHA 4LFCK 4YOWA 3AO5A 3QICA 3HOTA 3M8PA 4A62A 4LFAK 2R7YA 4FPBA 2O8EB 4DLGA 1W9HA 4X66K 1IKWA 3VEZA 5M1PA 3NVMA 4M3XA 1BIUA 4CJ3A 3MN9A 2AA4A 5FPEA 3DM2A 4FO0A 3I0SA 2KFNA 2E2PA 1HJRA 2XY5A 4FWNA 1FJGK 1S1UA 2FSNA 4FJ8A 3TANA 4M3RA 4EZ6A 1K6YA 4CECA 3H46O 3FZKA 5AQKA 5BPLA 2ITMA 3PUFA 1VRTA 1G99A 5MLCQ 1OH5A 2A3ZA 4BRPA 3ZEUB 4GVMA 3CHWA 3TSQA 1UOCA 4MFBA 1TAQA 2OCEA 2X6SA 3MX5A 4EHUA 1U6ZA 1EWRA 1NGGA 4L3QA 1RBSA 4CJPA 5J2QA 4M7XA 3DLKA 1SUQA 1JL1A 4FK0A 4YDUC 3E1YA 4K42A 3V81A 4BR9A 3OYCA 3MN6A 3TSUA 4F3OA 4DSEA 3DI6A 3HRGA 5AQRA 4AHUA 4LF9K 2QWQA 5H1SQ 4CZIA 1RBRA 5AQTA 1IV0A 2UXDK 3RR7A 3THWB 3U9DA 3LPUA 4JKEA 3KJVA 5EXWA 1YTAA 2QWRA 1HRHA 3ID8A 3VQ8A 1D9FA 1HNZK 4HCCA 1KSPA 4MO5A 4BR2A 1S72N 4QCLA 3UKUA 5C25A 2YJEA 5AQNA 3J7YP 1KAXA 1Q86O 5HLFA 3ZSZA 1ZBFA 2BUPA 3EZ5A 4ZTJA 4LF4K 4N56A 1GLAG 4JHDA 3V1OA 4K8XA 4Q5VA 4KTZA 3SMSA 3NH2A 3VENA 2VYPA 3MEGA 3F9KA 3V9SA 3TSPA 4KHQA 2QWLA 4ICLA 3WXIA 1JCGA 4FJ7A 1X3MA 4N47A 3GDQA 3RRHA 4DV7K 3VF6A 5CYQA 5HOOA 2VQEK 4E1NA 4DMNA 1VQNN 1N33K 2GTDA 2A6AA 3T7ZA 2V7ZA 3AV9A 2YHAA 5AQQA 1XMOK 4ELTA 4BQZA 3O3HA 3OJUA 3G71N 2QWOA 4O0JA 1VQMN 4KH6A 2G8HA 4IJNA 5FPNA 3H1VX 4Z4CA 3WQUA 4KAZA 4K0KK 4C8NA 2UXCK 1S1TA 2DFEA 4FWLA 4DTJA 3BGRA 4N5SA 3BY5A 1IG8A 1SKSA 5C2FA 1O1WA 4DU3A 1Q9YA 1LWCA 4CK3A 1ZC6A 4BY9C 2ASPA 2Q1NA 5KTQA 1TYQA 3KKSA 1WAFA 2I7NA 3O9RA 4CBUA 1C1AA 1L5UA 3VGLA 5KPTA 2OPSA 1DEJA 5GAGP 1YT3A 1SS6A 2ZGYA 3VTHA 4KHNA 1CXQA 4JLHA 1G15A 3A5NC 4AH9A 4DV2K 3GG4A 4MQ3A 4CZLA 1RDUA 3I33A 1NMNA 1RT6A 1BO5O 1XNQK 2WBNA 3QO9A 4I6MB 4JKHA 4FLYA 5AZJB 5LL6Z 3SNNA 3CM5A 4AHCA 3RVCA 1VSLA 4JK7A 2D0AA 3AVHA 3NGIA 3TAEA 1A5WA 3TABA 2HB5A 1XNRK 4YORA 4IKFA 2BDPA 3LP3A 3VN5A 3KLGA 4KKOA 1TKZA 3NF6A 1GLFO 3P83D 3EN9A 5FPMA 3SUOA 3HZ6A 4IBNA 1J9AA 3HL8A 1QHAA 4NLBA 4CGGA 1XHZA 4GMJB 2QKKA 3EL2A 4IG3A 3L4QA 1RT1A 3VEXA 5BRHA 1TK0A 3KZBA 1YIJN 1E4FT 2DY4A 5HRPA 2RPIA 4DR6K 2CH5A 2UXBK 3EE9A 3TAMA 4BQLA 2WC9A 4CFDA 2P9IA 4DUYK 3QEIA 4BE1A 3O1WA 1ASWA 1CZ9A 1VQ8N 2F8SA 2F9WA 4NO7A 3D6RA 1VSDA 4ZHRA 4DV6K 3EE8A 5I42A 4IO8A 5AQLA 1C0TA 4IG0A 1I94K 3PY8A 1I3AA 5T7BA 5BREA 1VQKN 3PX0A 4B08A 5TKYA 2ASMA 3DXMB 4RW4A 1ZBLA 1BIZA 4DSKA 1XC9A 2EHGA 3OHRA 2A41A 3T1HK 4BE7B 3P39A 3CCRN 2ZE2A 3QNOA 1JJ2M 3C6TA 4DFPA 2YCHA 4JI1K 3SJHA 2Z1GA 1Q18A 4KHUA 1VAZA 4C8LA 2P9PB 1FKOA 1NGFA 4CJUA 1JXBA 5AQZA 4FJHA 2WFBA 3HPGA 3VEYA 5FPDA 2E6LA 5LY3A 3JSMA 4JKCA 3O4QA 1NKCA 1YI2N 4B1WB 2P9KA 3QFUA 1XQSC 3CCQN 4RW7A 5JICA 1Q82O 4DR3K 1WBDA 3QMLA 3AVCA 4IFVA 1J53A 2HBLA 4FZYA 2PYJA 4CGHA 4E7KA 4FVUA 2B6AA 1NGJA 4M3ZA 3PV8A 3KIOA 2YNIA 1S5JA 5ELZA 1KAYA 1Z6RA 3DXKA 3K58A 4EZ9A 3KLEA 1IG9A 5AQSA 3LDPA 3T19A 2OPRA 2X78A 5F0XA 3T3FA 5TKWA 4AM6A 4OKKA 1KFSA 5AQHA 1Z26A 3VQ7A 4QS7A 3NH0A 1VQON 4JRQA 3S3MA 2E2QA 2BANA 3QETA 2E1YA 3CC2N 2W40A 1QSLA 1YHQN 1R0AA 2FBYA 3VF4A 4AHRA 1T03A 4C1NK 4OKEA 4CESA 3ATVA 1QS4A 3VPZA 2O8EA 4BRIA 4FZXC 3L6QA 4KB1A 3LAMA 3QIOA 4KH5A 1IJJA 1JL2A 3LZIA 3MEDA 4R79A 4ISGA 4IFEA 1K73O 4BG8A 1U04A 3F2KA 2GEMA 1U4BA 2F8TA 1LV5A 1F21A 4M3TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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