4AM6A

C-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
molecule tags Nuclear protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 186
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am6A02
2P9UB 1JCGA 4ISEA 3FLCO 4BRPA 3FZHA 3SMSA 5EY4A 1BG3A 4ISFA 1HUXA 2E2QA 1NLVA 3D2FB 3UKRA 3HM8A 4DB3A 3DXMB 3DXKA 5BPLA 4JN4A 1K8KA 3U8XA 1TYQA 2QWLA 2VYPA 1SAZA 3LL3A 2E2PA 4KBOA 4MO4A 4BQLA 3LDLA 2Q0RA 3UKUB 4BC5A 2QM1A 3U9DA 4RCHA 3TPQA 4PKIA 2W40A 2P9SB 2QW9A 4PKHA 3IMXA 4FL9A 4B1UB 4BC2A 2QWNA 1KXPA 2YHYA 3VERA 1NWKA 3ZEUB 3M1FA 3BEXA 3W3DA 2VCPA 3BF3A 4IJNA 3GL1A 3MCPA 3A5NC 4B9QA 5AQPA 3FR0A 4BR5A 1BA0A 2ZGZA 4IXCA 1C0GA 3SJHA 2P9NB 1G99A 3O6WA 4NB4A 3MN7A 2Q31A 4BRHA 2P9IB 1Z6RA 2D0PA 2GWKA 4MLHA 1SQKA 1ATRA 2IVNA 2ZWHA 4B1WB 1NGAA 4JD2B 5KPTA 2A41A 1BU6O 4A61A 2J4RA 2YI1A 2P9KB 4Y0WA 3AAQA 1J6ZA 5AQVA 5CE3A 4FWKA 3HZ6A 3VESA 2ZGYA 1XQSC 2A5XA 4BRLA 3VF2A 1DKGD 1NGIA 3A5LC 5FPDA 4M7XA 3H3OB 3O8MA 2E8AA 1BUPA 4FWLA 4H0TB 1GLCG 3O4WA 1S22A 1NGGA 5ADXA 1ZBSA 5F0XA 4EHTA 4FOIA 4K41A 4BGAA 2ASMA 1U2VB 3IUCA 4FO0A 4CBWA 3FZFA 2CGKA 5E26A 5FPMA 3QBXA 3U4LA 4GNIA 3DAWA 3LDQA 4FPBA 3AY9A 4BREA 1R59O 1NMDA 2IIRA 4M63C 3R6MA 2E1YA 2F9WA 4FWSA 1SZ2A 5AZJA 5AFUA 2A40A 1YAGA 3FGUA 3LM9A 4BRAA 4CZIA 4O5FA 3S41A 3M6GA 4H0OA 4PKGA 3CJAA 1TUYA 3HI0A 2FF3B 1YXQA 1ATNA 2AA4A 2ASPA 1U6ZA 4C23A 1KAZA 4H5VA 2FSKA 4YDUC 1XC3A 1EQYA 2EWSA 4CD1A 4A2AA 4BRGA 3EL2A 5EVZA 4WQ5A 4BRNA 2YJFA 4H0PA 3MDQA 5EX5A 4CZGA 5AQHA 1OKJA 2DPNA 2PBDA 1NGDA 2D1KA 3VF4A 4BC3A 3JXUA 4BR7A 4BR9A 5TKYA 5AQMA 3SLCA 2P9LB 3BP8A 1MWMA 5BPMA 1Y64A 2KHOA 1GLAG 4FOEA 4BC4A 3MN9A 3DJCA 2HOEA 3ULEA 3M3ZA 2V7YA 4FWNA 3EN9A 5F1XA 1HLUA 3R9PA 3UKRB 1RDWX 2Q36A 2ZF5O 3DXKB 1K8KB 3CHWA 4K42A 4BQZA 1TYQB 3VEVA 3O1BA 4JAXA 3CJ7A 3FE1A 1HJOA 3O1WA 3WUHA 5AR0A 3A5MC 4MO5A 1ZC6A 5AZIA 3KZBA 1P8ZA 2FXUA 5F2RA 3D2EA 5BPNA 1NGBA 4QS8A 1X9JA 4B1VA 4B1XB 4DQ8A 2FLOA 3TU5A 4PL8A 2IVOA 1HKCA 5AQXA 3CJCA 3B8AX 4QS7A 4BRFA 3QFUA 5JMVA 1WUAA 4CI6A 5JICA 1BOTO 1XUPO 3H1VX 4BRKA 4WYBA 1KAYA 4HWIA 3KVGA 2ITMA 2P9PA 2QXLA 2HF4A 4EAHD 3H46O 1HX1A 5KQDA 5BN8A 4PL7A 1BA1A 2H3GX 3FZMA 4K25A 1HPMA 2V52B 4EHUA 4XEIA 3O5BA 3QFPA 3ZX2A 3A0IX 1ESVA 3ZEUA 3EO3A 3ENOA 1X3NA 4XH5A 3O80A 3ZX0A 1MDUB 3DWLA 4FWQA 5LY3A 1D4XA 3ZETA 2HF3A 4CD3A 5I9EB 5AQLA 3A8YA 3J8AA 4FPAA 5LJWA 3H3NO 1TUUA 4DCHA 3LDOA 1NGJA 4BGBA 3D7EO 5AQOA 5AQNA 3MMVA 4WQ4A 2QWMA 4MLEA 5BREA 1V4SA 3ATVA 3RSEA 2E20A 3GBTA 1H1VA 2FF6A 2P9KA 4J8FA 4BVOA 5KPRA 3ID8A 5AZJB 4CZMA 2YJEA 4L3QA 4IZ9A 3VEXA 4JHDA 1DGKN 3L4IA 4H03B 3WXJA 4QS9A 4I6MA 4CZJA 1QZ5A 5AQTA 3WXKA 3O08A 1GLFO 3HSCA 2A6AA 3F9MA 1LCUA 1YUWA 2E2NA 4XH4A 2Q1NA 3AARA 4BRDA 3KHYA 5EOYA 4A62A 3IFRA 4FWOA 2UYTA 5ADXH 4IWVA 2VWBA 2E1ZA 3CJBA 4CBXA 5AQKA 4HTLA 4E1JA 4EFHA 3QDKA 5FPEA 1E4FT 3ULEB 1QQMA 2QWOA 3VGLA 3C7NA 1QZ6A 1RFQA 3BF1A 1T6CA 4O8KA 1GLDG 4CZKA 5AFUH 3UE5A 2BUPA 4FWRA 1RGIA 4FSVA 3L0QA 1MA9B 5AQIA 4BRIA 3VOVA 1NBWA 2CGLA 1QQOA 3ENHA 3VGMA 4CZLA 3WEEA 2W41A 4WQ5C 5BRHA 4H5RA 1QQNA 1T6DA 5AQJA 3ZX3A 1JCFA 2Q2RA 1V4TA 1BWFO 1GLBG 4IO8A 3OHRA 5AQRA 1WOQA 4H0VB 1Z05A 3U9ZA 5AZIB 5JLFA 2IVPA 3CETA 2P9UA 3D2EB 5AQZA 4GY2B 3CERA 1CZAN 1KAXA 1NGCA 1YVNA 2Q97A 4BVPA 3D2FA 4FWMA 2E88A 3DXMA 1HKGA 2A42A 5JLHA 2QWRA 4BR4A 2YHXA 2BTFA 3LDNA 3FFKB 3G25A 3BUZB 4BRMA 2V7ZA 3FZLA 4BR0A 5AQQA 2HMPA 2Q0UA 3UKUA 3EKUA 2P9PB 1C0FA 5AQUA 2GEMA 1IG8A 3CIPA 4B1ZA 1LOTB 5LJVA 2NLXA 3UB5A 3JS6A 2P9SA 3CJ1A 2V51B 2NZTA 2QWQA 3MN5A 4BG9A 3VENA 3CI5A 3CJ9A 3VGKA 5KPZA 5B8HA 2GELA 3MN6A 1GLJO 3WQUA 4CJ7A 4EIAA 2I7PA 3VPZA 5E84A 1BO5O 1ATSA 2AP1A 1NGFA 2CH5A 1DEJA 5EXWA 4CZHA 4M7YA 4RWTA 2GUPA 3SK3A 3ZETB 4CBUA 4H0YB 4BRQA 1JCEA 2E2OA 3WQTA 5BR9A 2P9NA 1GLLO 2I7NA 4FWPA 3SMPA 2P9IA 4JNEA 3VEZA 4CZFA 4BRCA 5BRDA 1ZXOA 1QHAA 2F9TA 3W0LA 4BR2A 2PAVA 4K43A 5KQ8A 3RSEB 4JD2A 1E4GT 1NGHA 1GLEG 3QB0A 4H0XB 3GOIA 3HTVA 3MK6A 3EZWA 3VETA 5AQFA 2CGJA 3A5OC 4JHDB 1T44A 3P4IA 2FSNA 4XH1A 1X3MA 3HBTA 3QMLA 4F9OA 4I6MB 4YDUA 5BN9A 4AM7A 3L6QA 2GTDA 3LDPA 4BG8A 5BRFA 2ASOA 3CQXA 2FSJA 5ELZA 1U2VA 2NRHA 3CQYA 5AQSA 1MWKA 1NGEA 3H6EA 3WXIA 1NM1A 2CH6A 3GE1A 4WQ4C 2QWPA 4H5TA 2GWJA 3IDHA 3R8EA 4CZEA 5FPNA 3ATUA 4Z94A 5AQGA 1IJJA 4IJAA 4LC9B 3VEWA 4H5NA 3VEYA 4ISGA 2YCHA 4RTFD 3EKSA 3VF6A 3C7NB 3FZKA 4A2BA 4H5WA 2WUSA 1HKBA 3C0BA 3LM2A 2D4WA 3GDQA 3GG4A 3VEOA 4DHYA 2YHWA 4NO7A 5AQYA 3I33A 3WEEB 3H1QA 2D0OA 3AAPA 2OANA 2A3ZA 1BDGA 5AQWA 3QBWA 4BROA 1Q18A 3WXLA 3QICA 4AM6A 4B1YB 2P9LA 3I8BA 3WT0A 3H45C 1S3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV0K 4O0IA 4ISEA 1LV5A 5BR8K 1HQUA 3FLCO 3FZHA 4CIFA 5EY4A 3HO1A 3PSFA 4PY5A 5A2QO 4ISFA 3UKRA 4DB3A 4KRFA 1NK4A 1RBVA 3DXMB 4CFBA 5BPLA 4EZ6A 1TYQA 1ZYQA 2VYPA 3J81O 2I5JA 3O9UA 4I2PA 3C6TA 4CECA 4JI5K 1XC9A 3Q7BA 1NKEA 2BANA 2Q0RA 4BC5A 4FK2A 3K2PA 4RCHA 1HYVA 1J9AA 4AF1A 1WLJA 2QW9A 4FL9A 3CYMA 1U49A 1IO2A 1VQPN 4DR4K 4DU4A 1N6QA 2YHYA 3VERA 3JYTA 4F8RA 1NWKA 4JKHA 2QXFA 3WNHA 3W3DA 5J2MA 2GV9A 3A5NC 1Z26A 1BA0A 3U3GA 2O8EA 1RTJA 2HBJA 2P9NB 4TSXA 4M42A 3MN7A 2Q31A 4PQUA 2P9IB 5JS2A 1WAJA 4MLHA 1QSLA 3ZYYX 2ZWHA 4B1WB 5KPTA 4DQIA 1OH5A 2A41A 5TKWA 1BU6O 2J4RA 2O8DB 1J6ZA 2ZGYA 1D8YA 1FJGK 1DKGD 3A5LC 4M7XA 4JI1K 3H3OB 2E8AA 4FWLA 4OLAA 5HOOA 4FLXA 3ZSVA 1ZBSA 4FOIA 3RR8A 4K41A 4FO0A 1DT9A 3IUCA 3DM2A 3FZFA 1VK0A 5FPMA 3TAFA 3AY9A 4AHUA 4BREA 4CF9A 3R6MA 3DRRA 1SZ2A 1YAGA 2WOMA 3LM9A 4N56A 1K73O 4O5FA 3QEXA 4H0OA 4I7FA 3HI0A 2FF3B 1YXQA 3L8BA 4M3XA 1TAQA 1BQMA 1JLAA 1TKDA 2G8HA 4LF5K 2Y1IA 1SUQA 2YKNA 2DFFA 2FSKA 1EQYA 2YNHA 4CD1A 4A2AA 1VQ7N 4JYAK 3EL2A 3SUOA 3PO4A 4O8UA 4YFUA 4DU3A 3LAMA 1VQ5N 1L3UA 4B3OA 1OKJA 2PBDA 1LAWA 4JI6K 4BC3A 3HXMA 3E9OA 4CK3A 3QLHA 3L2VA 3J7AP 4BR7A 3NGYA 3MAQA 2WBNA 4CGFA 3AVBA 3QO9A 1YJ9N 3CCSN 1C0MA 1WSGA 2QKBA 3UIQA 3KLEA 4FWNA 1QSYA 2UUCK 4KV8A 1RDWX 2NRRA 3DXKB 1K8KB 4K42A 3I56N 4ILJA 1KVBA 1W97L 4QOZB 1NK7A 1IBMK 1W2BM 4Z4IA 4JAXA 4CJKA 1SKWA 3FE1A 3O1WA 3WUHA 3L4QA 5AR0A 1TV6A 3KK3A 2X78A 3A5MC 3QERA 1VHXA 1ZC6A 4CEBA 1DLOA 3IKMA 5F2RA 3D2EA 4DTXA 2DFHA 2FC0A 5HP1A 1T03A 4B1VA 5M1KA 4DQ8A 4BDZA 1HKCA 3WXMB 4CJTA 4CF1A 4IG3A 3K5LA 4B3TK 4J2EA 3M8SA 4OPKA 2UUAK 1WUAA 1LW0A 1BOTO 1IV0A 4BRKA 3H1VX 2WTUA 3KKRA 3G10A 3THXA 2ITMA 2ZM6K 1CZ9A 3TWHA 5GIOA 1EX4A 2HF4A 3MEEA 2G8IA 4PL7A 1BA1A 4WFBL 4K25A 2V52B 4EHUA 3WNFA 4XEIA 3TSPA 3QFPA 3OJSA 4CJEA 3EO3A 3SQ2A 1X3NA 4YOXA 4B3MK 4AQYK 4FWQA 4LSLA 3E9LA 1FW6A 5LY3A 2HF3A 3NAEA 3DI6A 1HYZA 5AQLA 3PIPL 3T1YK 3A8YA 3OYBA 3DLBA 1O1WA 3I8DA 1IBKK 3KTQA 4N47A 4V19S 5AQNA 3MMVA 4WQ4A 2QWMA 3DLHA 4MLEA 2E20A 2W6KA 4DUYK 3NFAA 5KPRA 1VQ4N 5AZJB 3SUPA 5H1SQ 3VEXA 3LDSA 4YY3K 3EEQA 3OVNA 3WXJA 5AQTA 3O08A 3T3FA 4KKOA 4NXMK 1KLNA 5JENA 1HYSA 4FJ5A 5HBMA 3CXCM 1NJXA 1QHTA 2VWBA 4ZTFA 4FYDA 3AVKA 2E1ZA 3CJBA 3E01A 4E1JA 3MEGA 5FPEA 4R5PA 1WSHA 1HJRA 2JWLA 2QWOA 2HVIA 4AH9A 1XNRK 4N76A 3O3GA 4O8KA 4NCGA 4FSVA 1MA9B 4I9LA 3RTVA 4CJWA 2CGLA 4E7HA 2KQ2A 1I94K 2W41A 4H5RA 1QQNA 3ZX3A 1JCFA 1TK0A 5M1QA 2O8FA 5CZ2A 5JLFA 5C25A 3NF6A 4WE1A 3SYZA 4B3SK 5J2PA 4YHHK 2F8TA 5JVHL 2D0AA 2HBLA 4CF8A 4F4KA 1NGCA 1YVNA 1IG9A 4CJ3A 4NXNK 3NH0A 3DXMA 1HKGA 4JI4K 3F5TA 3C94A 1A5WA 1KC8O 4N5SA 1RDCA 3SQ1A 3VA3A 1ILYA 2G8FA 3TTCA 3BUZB 1KLMA 1CZBA 4JS5A 1OH8A 4BR0A 2HMPA 2Q0UA 1UOCA 4I9QA 1OH7A 1JXBA 4B1ZA 5LJVA 3JS6A 4DQSA 3MN5A 3FFIA 2XHBA 2HBKA 3VGKA 1SKRA 4KTWA 3OYNA 1HMVA 3MN6A 3N4QA 3ZSWA 1UAXA 4OO1J 3VPZA 1ATSA 3TR8A 1N8RO 3VQQA 1A5XA 1NGFA 4FJIA 1DEJA 4FK4A 4KB0A 4CBUA 5BR9A 2FBVA 1JL1A 1TKTA 2P9NA 1GLLO 4QAGA 3SMPA 1YF5L 4DSKA 1TGOA 3OS1A 2P9IA 2E6MA 3L2QA 1N34K 4OPAA 4GV9A 1CXUA 4KHPK 4MFBA 3HOTA 1Q8IA 1ZXOA 5C42A 2PAVA 4JI0K 3KWGA 1NGHA 3QB0A 4H0XB 3MCAB 3OYDA 3MK6A 3D0PA 2O8DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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