4B1UB

Structure of the phactr1 rpel domain and rpel motif directed assemblies with g-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
Total Genus 118

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
349
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (8-12)AH1 (55-61)S9 (160-166)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)AH11 (309-320)TII1 (21-24)S3 (29-32)O1 (32-34)TIV4 (62-65)TVIII2 (69-72)EMPTYS5 (75-76)S4 (71-72)TIV6 (76-79)AH2 (79-93)3H1 (98-100)AH12 (338-348)S6 (102-107)3H6 (335-337)TI5 (332-335)TII2 (108-111)AH3 (113-127)AH9 (274-284)AH4 (137-145)S13 (247-250)S8 (150-155)TI2 (156-159)AH5 (182-196)TIV8 (165-168)3H2 (172-174)S11 (176-178)AH6 (203-216)AH7 (223-228)TVIII3 (220-223)S12 (238-241)TI3 (242-245)AH10 (290-295)TIV2 (35-53)TIV5 (71-74)TIV7 (129-132)AH8 (252-262)S10 (169-170)3H4 (287-289)TII3 (306-309)S15 (329-330)TI1 (61-64)S7 (131-136)3H3 (264-267)TI4 (322-325)3H5 (302-304)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 118
structure length 349
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1uB03
1ATSA 2A5XA 4CZFA 3QDKA 2UYTA 2GELA 3HZ6A 3RSEA 4FWMA 5AQNA 4Z94A 4A2BA 2FF3B 5AZIA 2D4WA 1V4TA 3UKUB 4DCHA 5KQ8A 2ASOA 2NLXA 3TPQA 2Q36A 3KVGA 1EQYA 1KAYA 2QWQA 4BRGA 4JHDA 2IVOA 3O5BA 4XH1A 2A40A 3KHYA 5ELZA 2FSJA 4I6MB 2WUSA 4FWSA 4FWRA 1SAZA 3GG4A 3GL1A 5E84A 4JAXA 4ISGA 4BREA 2YI1A 4KBOA 2P9IA 4CBWA 3QICA 3QB0A 1BG3A 4CZEA 2IVNA 3VGLA 2E2NA 3ENHA 4BRHA 5AZIB 5LJWA 3QBXA 1YAGA 3P4IA 1QZ6A 3FZHA 5EY4A 1G99A 3DJCA 2QWMA 2J4RA 1P8ZA 4K43A 3LDQA 2OANA 4IJAA 5AQRA 1T6DA 4JHDB 3J8AA 2A41A 3BEXA 2CGLA 1HX1A 3BUZB 4H0OA 3FR0A 3LDNA 4C23A 3WXKA 4GY2B 5BRDA 1NGIA 1RFQA 3O1BA 1XQSC 3SK3A 1HKBA 3H3OB 4WQ4C 4BVPA 4BRCA 4PL7A 4BRAA 5FPDA 3VENA 2P9IB 3IMXA 4A2AA 3UB5A 4B1YB 3FZFA 4K41A 5JICA 4H0YB 3MDQA 4H0PA 5BN9A 4GNIA 1MDUB 3R9PA 4PKIA 5B8HA 2E1ZA 4CZGA 3CETA 1TUUA 3CJ9A 2GEMA 3O08A 5AZJA 5CE3A 5JLHA 4FPAA 3SMPA 1XUPO 2YJEA 1GLJO 3FZMA 3ULEA 2ASMA 4BGBA 3CQYA 3HBTA 2FXUA 3LDOA 5F0XA 4MLHA 3C7NB 3R6MA 4BRLA 4H5RA 2D1KA 2P9KB 2E20A 1H1VA 2A42A 3CIPA 1BDGA 2V7YA 4BC3A 2W41A 1LOTB 4B1WB 4EHTA 3O6WA 4QS8A 2P9LB 2E2OA 5LJVA 4CBUA 3CERA 4BVOA 3D7EO 2BTFA 1ZXOA 4YDUC 5AZJB 1S3XA 5AQUA 3A5MC 1BUPA 1X3MA 4H5TA 3VETA 3M6GA 1NLVA 3M1FA 4PKHA 3ULEB 4B1VA 4BR9A 4EHUA 3W0LA 4JNEA 5F1XA 2Q1NA 2Q31A 5EVZA 3LL3A 5AQHA 3D2EA 3MMVA 3BF1A 2FSKA 3QFUA 4F9OA 1IG8A 5ADXH 3CHWA 2AP1A 3I33A 4ISEA 2YHWA 5AQKA 1HKGA 1BA1A 5JLFA 1GLFO 1NGHA 2I7NA 5F2RA 3CJAA 4BRDA 2IVPA 1XC3A 3DWLA 3FFKB 2E8AA 1GLAG 2IIRA 3H1VX 4WQ5A 2H3GX 2YHXA 3CJCA 4FPBA 2P9UB 3M3ZA 4NO7A 3VEYA 3WUHA 1K8KA 3D2FA 3GBTA 3EKUA 3IDHA 1Z6RA 3TU5A 5EOYA 4CZJA 3D2EB 3AAPA 4BG9A 5ADXA 4IZ9A 5BPMA 1NGCA 3HI0A 2PAVA 5BRFA 1U6ZA 4M63C 3UKRA 1ATNA 3DXMA 4CZHA 3WQUA 2NRHA 4NB4A 1IJJA 4BC4A 2GWJA 1KAXA 4IWVA 1Q18A 3ATVA 3O80A 5AQXA 1NGEA 4BQLA 5AQYA 1E4GT 3F9MA 3AARA 4XEIA 1NBWA 3OHRA 1BU6O 3VEXA 2A6AA 2W40A 2CGJA 1K8KB 3D2FB 1V4SA 1MA9B 4IXCA 2YJFA 1NGGA 4AM7A 1NWKA 2QXLA 4FWLA 4CZKA 5AQJA 2HOEA 5BN8A 1WOQA 3C7NA 3A0IX 3DXKA 2P9NB 2I7PA 1KXPA 2P9KA 3H1QA 4H0VB 4B1ZA 5BPNA 2E2PA 1DKGD 2QWOA 2F9WA 1GLEG 3UKRB 1NMDA 3DXMB 3AY9A 3GOIA 4XH5A 3VEWA 3ZETA 4DQ8A 1Y64A 2P9LA 3UE5A 3R8EA 2CH6A 5AFUA 3IUCA 4CJ7A 3H3NO 3AAQA 1JCEA 2A3ZA 4B1UB 2E1YA 4JD2B 4L3QA 4H0TB 3VEVA 1U2VB 2KHOA 5AQIA 1HKCA 1WUAA 1HPMA 3ID8A 3O4WA 4XH4A 5AQFA 3O8MA 3MN6A 4K42A 3LDPA 4BRNA 2ZGYA 3DXKB 3U8XA 1GLBG 1NGAA 2F9TA 5KPTA 5FPEA 1C0FA 1BWFO 3VPZA 1YUWA 2V51B 3GE1A 4FSVA 3ZETB 3U9DA 3EN9A 3EL2A 5AQPA 5AQZA 4WQ4A 3VGMA 1SZ2A 2DPNA 3EZWA 1ZBSA 1HJOA 1GLLO 3CJBA 2E88A 4BRKA 4FO0A 2FF6A 2D0PA 2P9UA 3LDLA 3SMSA 1YXQA 3IFRA 3A5NC 3H6EA 1Z05A 1NGFA 4DB3A 2HF3A 3LM2A 4CI6A 1NM1A 4BC2A 4EFHA 4CZLA 3VEZA 3WXLA 3VF6A 3WQTA 4IO8A 3SJHA 3L0QA 3VGKA 3MN5A 1MWKA 4BQZA 4EAHD 1ZC6A 2Q2RA 4MO4A 3ZEUA 4DHYA 4MLEA 1E4FT 4K25A 4CBXA 3CJ1A 4FWPA 2P9SA 3QBWA 4BROA 4BR0A 2VCPA 3JS6A 5AQVA 4RWTA 3VEOA 4H5VA 4FWQA 1LCUA 5E26A 4BGAA 1CZAN 2ZWHA 5LY3A 4B9QA 5BRHA 2NZTA 4YDUA 3S41A 2D0OA 1BA0A 1R59O 3I8BA 3MK6A 2AA4A 3ZX2A 3WXIA 2P9NA 2ZF5O 2CGKA 3ENOA 3WEEB 1QZ5A 4B1XB 1HUXA 2BUPA 3ZEUB 1BO5O 1NGJA 1DGKN 2FLOA 3QMLA 5EXWA 2P9SB 5AQSA 2P9PA 1TYQB 4ISFA 5TKYA 4HTLA 4MO5A 4H0XB 1J6ZA 1GLCG 5AFUH 5AQTA 3MN7A 5KPRA 4WYBA 4BR7A 4JD2A 3EKSA 3CQXA 4EIAA 5BPLA 3ZX0A 4FWKA 3H45C 5AQQA 1SQKA 3H46O 4BR4A 1U2VA 2EWSA 1QHAA 4FWOA 5AQGA 4H03B 3U9ZA 4CZIA 3RSEB 3CJ7A 3BP8A 3FZKA 3G25A 3VESA 1BOTO 4BRFA 4H5WA 4HWIA 1MWMA 1T44A 5EX5A 4A62A 3L6QA 3U4LA 2P9PB 5BR9A 2E2QA 4AM6A 5AQOA 3MCPA 1QQNA 3B8AX 3FGUA 5I9EB 2Q0UA 3KZBA 2VWBA 1QQMA 2QWNA 2GWKA 3FZLA 1ATRA 5FPMA 4FL9A 4CD3A 1D4XA 3VERA 5AQWA 1YVNA 3DAWA 2QWLA 4LC9B 4BC5A 3BF3A 4A61A 3VF2A 2HF4A 4J8FA 5AR0A 3VOVA 4BR2A 3ATUA 2ASPA 2V52B 1S22A 2GTDA 3O1WA 1GLDG 2YCHA 4BRMA 4QS7A 1RDWX 4Y0WA 5KQDA 3QFPA 2V7ZA 3EO3A 3GDQA 3HM8A 3A8YA 4BR5A 1RGIA 4FOIA 3CI5A 4PL8A 3JXUA 2YHYA 2VYPA 3FE1A 4RCHA 4PKGA 5JMVA 4H5NA 2QWRA 3HSCA 3C0BA 1HLUA 3FLCO 4M7YA 3WT0A 1TUYA 2GUPA 3VF4A 3W3DA 1QQOA 4M7XA 4BRPA 2HMPA 2QM1A 2ZGZA 4RTFD 4E1JA 4FWNA 1X9JA 2Q0RA 4WQ5C 2PBDA 1C0GA 4JN4A 5AQLA 3SLCA 5AQMA 3WEEA 4BRIA 4O5FA 3HTVA 1X3NA 1DEJA 1ESVA 3UKUA 4CD1A 3MN9A 1JCFA 2FSNA 4FOEA 5KPZA 1TYQA 2QW9A 1JCGA 4BG8A 1OKJA 1KAZA 2ITMA 1NGDA 3ZX3A 3A5LC 3LM9A 4IJNA 5BREA 4O8KA 4I6MA 5FPNA 4BRQA 1NGBA 2CH5A 3WXJA 4CZMA 1T6CA 3A5OC 4QS9A 3L4IA 2QWPA 2Q97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATSA 2R7YA 4DLGA 4O44A 2GELA 3OYCA 1L5UA 3ZSYA 4DTRA 1ASUA 1VK0A 2D4WA 3T69A 2NLXA 3OJSA 1W0HA 4CFAA 3Q7CA 4DS4A 1FW6A 4K0KK 3HRGA 4Z4EA 1LAVA 3TSUA 4W5RA 2QWQA 4BRGA 1ASVA 3M5RA 5JVGL 4DR6K 4I6MB 1KTQA 2KKZA 4M3YA 2FBXA 3EYZA 2BGGA 5E84A 3NAEA 3THWB 1NK8A 4HCBA 4CJKA 1BGXT 4CBWA 3QICA 3U3GA 4JI2K 4E3SA 5LMUK 1RBUA 2OPRA 4IEIA 5AZIB 3AVCA 3IG1A 4E89A 3DJCA 3ZSWA 3NGZA 3OTOK 1RDDA 5C42A 4IOXA 2OANA 4IJAA 4ILGB 3G6EN 3V6DA 4ID5A 4BDPA 2CGLA 1M1KO 4JK8A 4DTSA 1C0MA 4C23A 3WXKA 2IAJA 1EETA 3C6AA 2DFEA 1FJGK 5BRDA 1NGIA 2NRZA 4BRCA 4CEAA 4FZYA 4A2AA 3I0RA 4HTUA 1CLQA 5JICA 4DU4A 5BN9A 4GNIA 1JXBA 3R9PA 1NKCA 2E1ZA 1XHZA 3CETA 5KI6A 3L2VA 5CE3A 2YKMA 2HHVA 4KHQA 2GV9A 3ULEA 2ASMA 2IOCA 3AVAA 3AA3A 3CCRN 3HBTA 2FXUA 3LDOA 4MLHA 4K8XA 4BRLA 2D1KA 2E20A 4DV1K 2A42A 3CIPA 2F7TA 3RMAA 2FC0A 1TL3A 1LOTB 1L3SA 1HR0K 4N47A 4V19S 3HPOA 3WNGA 1LW0A 3OBWA 2KTQA 4CBUA 3CERA 4AHRA 1HQEA 3NH2A 3AO5A 1BCMA 2BE2A 3AGRA 2OA8A 3ALYA 1X3MA 4H5TA 4LY7A 4OGCA 4GV9A 2NRWA 4CJQA 4G1QA 3M6GA 3M1FA 1EKEA 3NMUA 4YFUA 4KREA 4B9SA 5FDLA 4GVMA 3NVMA 4CJRA 3S5TA 1KFDA 3TI0A 1JL2A 2FBYA 3MMVA 2FSKA 3QFUA 4F9OA 3I8DA 5ADXH 4DSIA 3KLEA 3K58A 4DQQA 3I33A 4ISEA 1JLEA 1U47A 3O9TA 1NGHA 3ZSZA 3THXB 3SPYA 1BI4A 5F2RA 4DSKA 4DFMA 2IVPA 4TSXA 4CK1A 3C65A 3SI6A 4W5OA 2HHTA 3FFKB 2IIRA 3OS1A 2IGIA 1Q7YO 4WQ5A 1C0UA 1DTTA 4YOYA 3M3ZA 5K14A 3GBTA 3EKUA 3IDHA 4CGDA 3TANA 1Z6RA 1L3TA 5HP1A 4CZJA 4F3OA 3D2EB 2F96A 2C1IA 5BPMA 2PAVA 4ILJA 1RT7A 1ATNA 3DXMA 4NB4A 4Q5VA 4IFYA 4B9VA 4BC4A 3G0ZA 1ZBLA 3ATVA 4F3TA 5KGWA 1IBMK 1IBLK 2O8BA 2RE2A 1ASWA 4BWMA 1VQPN 3EE9A 1K8KB 3D2FB 1V4SA 4IXCA 1NGGA 3MX5A 1IO2A 5E41A 1NWKA 3IKMA 2UU9K 4FW1A 2HOEA 3V81A 4CGIA 1WOQA 3C7NA 3RVCA 1ZYQA 2I7PA 4E7IA 4CGGA 3SZ2A 3CF5L 1EP4A 4FVUA 3CYMA 3AY9A 3CCMN 1WSEA 3TWHA 4JI5K 3UE5A 1ZBIA 2VGNA 2CH6A 3TAGA 4B9MA 5AFUA 1S1VA 2E5LK 5DM7L 1TL1A 2A3ZA 4DR5K 1YF5L 4LF9K 1C0TA 4L3QA 1U2VB 1QS4A 5AQIA 1HKCA 1S1TA 4K42A 4BDZA 3G4SN 4BRNA 2ZGYA 3U8XA 3VQ5A 1GLBG 4DSFA 3QLHA 3PX0A 4MDBA 3DRRA 1XI1A 3CCJN 3OS2A 1YUWA 4BDYA 3EN9A 5T7BA 3EL2A 5AQPA 1HNZK 4AQYK 2DPNA 3EZWA 4O5BA 1RTHA 4JI4K 5FRMA 4AHVA 4DR7K 4AHCA 4BRKA 4OJRA 3TAQA 4JI6K 3IFRA 3A5NC 4DB3A 4CI6A 1N36K 1T03A 3A2FA 4CZLA 3O3GA 3WXLA 2QXFA 1RNHA 1LWEA 3WQTA 4U67L 1SKRA 3SJHA 3MN5A 1MWKA 2ZE2A 4CEFA 2Q2RA 3K2PA 3SAGA 3PO4A 1E4FT 1C1AA 2PYLA 4E1NA 3E9LA 4FWPA 3ZT1A 3NH1A 4DTMA 4BR0A 2VCPA 4CHZA 1G15A 1C1CA 3D6RA 4BGAA 1CZ9A 1CZAN 2HBLA 4B9QA 5BRHA 1L3VA 4YDUA 1VSFA 4KHNA 1BA0A 3I8BA 3MK6A 3G10A 3LZIA 1KCFA 2P9NA 2CGKA 3ENOA 4FM2A 5KRSA 1TKDA 1QZ5A 4B1XB 1HUXA 3L8BA 1BO5O 1DGKN 4O8UA 2OPSA 3QMLA 4CECA 1TKTA 2P9PA 3VTIA 3TAPA 1YJ9N 4B8CA 4OKEA 1J6ZA 4I9QA 3J7YP 1QVFM 1WSGA 4OPJA 3PUFA 5AFUH 1S5JA 5KPRA 1RT3A 4EIAA 1LAWA 2VGMA 3AVMA 3ZX0A 4FWKA 5AQQA 2UXCK 3H46O 4DFJA 4O4GA 3KLHA 1NOZA 3G25A 4BRFA 5M1OA 1JXEA 5A2QO 4WE1A 4AM6A 3V9UA 3F73A 5GAHP 4B9UA 3F9KA 3OYAA 2VWBA 2RKIA 1VSLA 3FZLA 1ATRA 5CR4A 1NK0A 3VQPA 1OH7A 1N33K 1QHTA 3E1YA 1S1WA 4KHWA 3BF3A 4A61A 4LD0A 4BR2A 4JKDA 2ASPA 3OYJA 1S22A 2GTDA 1I39A 3O1WA 3OYIA 3CCUN 4PWDA 2XY7A 3SQ4A 1RDWX 2YX6A 2E6LA 3J80O 4Y0WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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