4B1UB

Structure of the phactr1 rpel domain and rpel motif directed assemblies with g-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
349
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 118
structure length 349
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1uB03
4J8FA 4CZGA 3FZMA 4RCHA 1HJOA 3A5LC 1SAZA 4LC9B 3VPZA 3W3DA 2AA4A 2GEMA 1RGIA 3CJ9A 2GUPA 3EKUA 1NGBA 3WXLA 3VEWA 4M7XA 4HTLA 1IG8A 3VEZA 3UKUB 4YDUC 3WEEA 1JCFA 3MN7A 4BRLA 3ZX2A 2QWQA 1RDWX 4BVPA 2BTFA 2OANA 1T6CA 3L6QA 5AQFA 2QWOA 1ESVA 4JD2A 1Y64A 2FSJA 4BRQA 4IZ9A 4K41A 3I33A 4IWVA 3D2FB 4EIAA 5KQDA 3LDPA 2F9WA 5AQWA 4CZLA 4JN4A 3U8XA 2GELA 1NGHA 4CD1A 1XUPO 3R6MA 3LM2A 2P9UB 5AQZA 1NGFA 2QM1A 5EOYA 1Z05A 3CJCA 5AZIB 3M6GA 3AARA 3VESA 2ZGZA 4WQ5A 5AQRA 1IJJA 4WQ4A 4CZIA 5BREA 2A41A 4FPAA 1XQSC 3CJAA 1TYQA 3ZEUB 3DJCA 4B1UB 1HKCA 1YXQA 1P8ZA 2A6AA 1X3MA 3SMSA 3VEOA 3GL1A 3QICA 1CZAN 4BR2A 2P9NB 4BC2A 4BVOA 3DWLA 2YI1A 1NGIA 3SK3A 4IXCA 2V7YA 4BGBA 2IVOA 2A3ZA 5AR0A 2P9PA 2AP1A 4YDUA 3UKRB 3MK6A 3RSEA 1JCGA 1G99A 3VEXA 2P9IA 4B1ZA 2FLOA 3H45C 3FLCO 3GOIA 3HM8A 1GLCG 2E88A 4C23A 3AY9A 4IJNA 3U9DA 2J4RA 3H3OB 3O1WA 3LDOA 3VGKA 1KXPA 2FXUA 5FPEA 4FO0A 4F9OA 3IUCA 2VCPA 4BRNA 4I6MA 1U6ZA 3BUZB 2P9SB 2CH6A 4GY2B 4EFHA 3EO3A 1BA1A 3O80A 4H0YB 4FSVA 3IFRA 2QWRA 5AQQA 4A2BA 3R9PA 3LDNA 3IDHA 3FE1A 3ZX3A 4MLHA 1TUYA 2IIRA 3IMXA 4FWLA 2IVNA 1DEJA 3CIPA 5AQIA 1GLBG 2CGJA 5ELZA 1NBWA 3B8AX 5AQSA 3FZHA 3ID8A 1KAXA 1BO5O 4DB3A 1E4GT 3QFUA 4JD2B 3QDKA 4BROA 3MDQA 5AZJB 3A5NC 4B1YB 3ULEA 3L4IA 2FSKA 3QBWA 5BRHA 5AQMA 3WXJA 5FPDA 4CZFA 5EXWA 1ATNA 2V52B 2CGLA 3O4WA 3O8MA 1NGJA 2ZWHA 1NGDA 3C7NB 2UYTA 4MLEA 2CGKA 1NLVA 4BQZA 3CQYA 3P4IA 4IJAA 3DXMB 5AQOA 3TU5A 4MO4A 4CZMA 2D1KA 1U2VB 4CZHA 3U4LA 4DCHA 1BA0A 4BQLA 3CJ7A 3HSCA 2D4WA 3ENHA 2ASPA 2E2NA 4BR4A 2QXLA 4BG8A 4AM6A 1LCUA 1NGEA 1T6DA 4BRMA 3BF1A 4GNIA 4CBXA 4B9QA 5BRDA 1D4XA 3DXKA 4FWNA 2NRHA 3QBXA 2P9IB 1X3NA 4JHDA 2CH5A 3HBTA 3ZETA 4NO7A 4BC3A 2P9KB 1MA9B 2NZTA 4O5FA 1HKBA 5CE3A 1HUXA 2WUSA 3BEXA 4FL9A 4H0OA 3MCPA 2Q36A 3M1FA 4EAHD 2HF3A 1KAZA 4H03B 1QHAA 1J6ZA 1ATSA 1C0FA 3ATVA 2YJEA 1NM1A 4XH5A 3CJ1A 2YJFA 1MDUB 3H1VX 4FWPA 2QWPA 5KPTA 5LJWA 3KZBA 3HI0A 3OHRA 4I6MB 5F2RA 1QQNA 2QWMA 3EKSA 3LL3A 3LDLA 3VEVA 3A5OC 1BDGA 3WQUA 4ISGA 3EL2A 1YAGA 3UB5A 2YCHA 2NLXA 5AQUA 2E8AA 2YHWA 5EX5A 5F0XA 3DAWA 4CZJA 3D2EB 4BG9A 5JICA 5B8HA 4ISFA 2FSNA 1R59O 3EN9A 4CZEA 1ATRA 3SLCA 4H5TA 5BPLA 2GWKA 4PKHA 4CJ7A 3CETA 3VF2A 5JMVA 3WUHA 2W41A 1HLUA 1SZ2A 3MMVA 4K42A 4BRKA 2W40A 3ZX0A 5KQ8A 2E1YA 1QZ5A 2P9UA 3ATUA 5AZIA 3FZFA 3FFKB 1QZ6A 5AFUH 4B1VA 2P9LA 3AAQA 5KPRA 3WEEB 1LOTB 1BUPA 2E2PA 1X9JA 2PBDA 2KHOA 1WOQA 3SJHA 4A2AA 3SMPA 5AQKA 3J8AA 4BRAA 1ZXOA 2GTDA 2P9NA 3KHYA 3VERA 4HWIA 4B1XB 3A0IX 1GLFO 3JS6A 5FPMA 1SQKA 4DQ8A 5BN8A 5AQLA 3WXIA 3UKRA 1HX1A 5AQJA 5AFUA 3HZ6A 2DPNA 2EWSA 4H5RA 5AQYA 1Q18A 4K25A 5AQXA 1K8KA 2BUPA 4Y0WA 2A5XA 4BC5A 3M3ZA 3ZETB 3VGLA 4KBOA 5AQTA 2Q0UA 3A5MC 2ITMA 1DKGD 2A40A 2Q1NA 2V51B 1YUWA 3GE1A 4L3QA 2IVPA 3VENA 2QWNA 2YHYA 4WQ4C 4EHUA 1TYQB 1E4FT 2FF3B 5JLHA 3LDQA 3W0LA 2Q31A 3UE5A 2HMPA 3MN6A 3WQTA 4PL7A 1C0GA 1H1VA 2ASMA 4BR0A 2P9SA 4FWKA 3H6EA 5FPNA 3GDQA 3L0QA 2P9PB 3CQXA 3RSEB 3U9ZA 1JCEA 5BR9A 4B1WB 4BRGA 3FZKA 3D7EO 4WYBA 5E84A 1EQYA 1OKJA 2E1ZA 3I8BA 3H1QA 4FWSA 4E1JA 3MN9A 5TKYA 1WUAA 3F9MA 5AQNA 4FWOA 3BF3A 4H0TB 1V4TA 1QQOA 3GG4A 4BRDA 2I7NA 3HTVA 5AZJA 4PKGA 4DHYA 5LY3A 1GLLO 4BRFA 3VOVA 4FWQA 2Q0RA 4JAXA 3VF4A 4QS9A 4PKIA 4M7YA 4CBWA 2FF6A 3H46O 1GLJO 2Q97A 4CD3A 2ZGYA 4RTFD 3FR0A 2I7PA 4BR9A 1BWFO 3C7NA 4ISEA 5I9EB 4IO8A 1NGGA 3LM9A 3R8EA 3DXMA 3VF6A 3UKUA 3GBTA 5LJVA 3WT0A 2P9LB 5AQPA 1U2VA 4NB4A 2V7ZA 4BRHA 1TUUA 3BP8A 1BG3A 3QMLA 5KPZA 4M63C 5BRFA 4BGAA 5EVZA 3CJBA 2H3GX 3ENOA 2D0PA 4H5WA 5EY4A 4BRIA 1Z6RA 4QS8A 3JXUA 2ZF5O 3EZWA 1BU6O 4QS7A 5BPMA 2A42A 2F9TA 2Q2RA 2D0OA 3CERA 3D2FA 3CHWA 3ULEB 1MWKA 4EHTA 4XH4A 1S22A 3FZLA 5AQGA 5AQVA 1NGAA 3CI5A 3G25A 3KVGA 4JNEA 4BC4A 1NWKA 4H0XB 2VYPA 4BR7A 4FWMA 4FOEA 1K8KB 2P9KA 4H0PA 1GLDG 2QWLA 5E26A 5BPNA 1KAYA 2VWBA 1HKGA 1HPMA 1T44A 4BRPA 1NMDA 1GLAG 2HOEA 3VGMA 3MN5A 3AAPA 5F1XA 3ZEUA 4CBUA 4PL8A 1NGCA 1QQMA 5ADXH 3FGUA 4K43A 4Z94A 1GLEG 4H0VB 2ASOA 1ZC6A 3S41A 3WXKA 4RWTA 2HF4A 1S3XA 3TPQA 4BR5A 4A61A 3C0BA 4A62A 4FPBA 1DGKN 3VEYA 4AM7A 5AQHA 1XC3A 3O1BA 4FWRA 3A8YA 2GWJA 3DXKB 4O8KA 2YHXA 4JHDB 4XEIA 1ZBSA 2QW9A 1RFQA 3D2EA 5ADXA 4BREA 2E2QA 5JLFA 3O6WA 4CI6A 1YVNA 2E20A 1V4SA 4BRCA 1MWMA 2PAVA 1BOTO 4XH1A 4CZKA 3O08A 3H3NO 4H5VA 3QB0A 4H5NA 4MO5A 2E2OA 3O5BA 3VETA 4WQ5C 4FOIA 5BN9A 3QFPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSKA 4IKFA 3A5LC 1N6QA 4LC9B 3VPZA 3O9TA 4GKJK 1VSFA 1BCOA 4M3RA 4DV1K 3EKUA 2YNHA 3KJVA 4JI2K 2QK9A 1IO2A 3WXLA 1OH6A 3VEWA 4CVNE 4DFKA 3VEZA 1Q81O 3S3OA 4YDUC 1JCFA 4BEBA 3ZX2A 2QWQA 4BVPA 4BECA 1VSHA 4KFBA 2FBYA 1T6CA 3V9XA 2O8EA 1J54A 3P5JA 4CEOA 1LAWA 4NCBA 4K8XA 3ASMA 4K41A 3I33A 4IWVA 2AJQA 4J2DA 3KTQA 2GELA 4JK7A 1JJ2M 1BI4B 3L8BA 4GV9A 1NGFA 5AZIB 4CGHA 1Q82O 1VQ5N 2ZGZA 4M3XA 4RW7A 1ZBLA 4WQ4A 4CJPA 2A41A 4I9QA 1T3VA 3ZEUB 3NE6A 1HKCA 4CCHA 1VQKN 3B6PA 3RRHA 2A6AA 3AVJA 3GL1A 4OPJA 3SZ2A 3SK3A 3HOTA 1M1KO 4W5TA 2W42A 3B6OA 5JVGL 3LPTA 3MK6A 1N8RO 1JLEA 3VEXA 1KFDA 4Q0BA 5H1SQ 2XO7A 4CECA 1GLCG 2F8SA 4JYAK 1GOCA 1K73O 1BQMA 3D45A 5HRSA 3U9DA 1BHLA 1I3AA 3VGKA 2FXUA 3HYFA 1IBMK 1VQ4N 4F2RA 2VG5A 3LPUA 3RMCA 4F8RA 4FO0A 1Q7YO 4CIGA 4HCBA 2VCPA 4CJEA 4BRNA 3QESA 1QTMA 4I6MA 3J81O 3FFIA 2P9SB 4NXMK 4XIUA 4E1MA 4UY8O 1SKWA 3F2KA 3EO3A 3IFRA 1HQUA 3JSMA 3LDNA 3TAGA 3AVKA 3FE1A 4DSIA 1DLOA 3IMXA 4CF1A 3QEXA 1UWBA 3CIPA 3TSUA 1GLBG 3B8AX 4OLBA 3FZHA 3ID8A 1KAXA 1BO5O 1VSEA 5M1QA 4BROA 3CCQN 3A5NC 3NGZA 3DLGA 4AHCA 3HK2A 4DSJA 5C12A 2IC3A 3QBWA 3QIOA 2YNGA 1JXBA 3S9HA 2VGMA 2ZE2A 1JL1A 4I2QA 3DOLA 3C7NB 3I8DA 4U7BA 2UYTA 5GIOA 4DV3K 4AHUA 3P4IA 1ASWA 3DXMB 4BE1A 5E41A 3ZT0A 3TSQA 4ILGB 3HVTA 3OYGA 2BDPA 5FDLA 2XY7A 2ASPA 1D9DA 1Y97A 2YKNA 4A57A 4BR4A 2QXLA 4KHSA 3NGIA 3AA2A 4M3UA 4BWJA 3WNHA 4FLZA 2DTUA 1NGEA 3AVNA 1T6DA 2ZD1A 2UXCK 1D9FA 4GNIA 4CBXA 2OYQA 3QBXA 3LP0A 4KH5A 1X3NA 3O4NA 4BDYA 3NH0A 4CFDA 3HBTA 3VQEA 1W0HA 3RWUA 2P9KB 4K8ZA 4O5FA 1HKBA 4IFEA 1HYSA 1XMOK 4CEQA 4JS5A 4O8UA 4CJSA 3J7AP 1SUQA 4H03B 3OS1A 2XY8A 1JLAA 1JLGA 3T69A 5LJWA 3L2RA 5F2RA 2QWMA 3HPHA 3LL3A 4NYNA 3LDLA 1EETA 4KPYA 4ISGA 2YCHA 2XHBA 1FKOA 2X6NA 3KLIA 3HXMA 1UAXA 4CJRA 2W6LA 4CZJA 3D2EB 4IFYA 5B8HA 4ISFA 1R59O 3ZT2A 3L2UA 5BPLA 2GWKA 4PKHA 1N36K 1Q86O 3CETA 4ELTA 4QCLA 2C1IA 3E9LA 1SZ2A 3L2QA 3MMVA 4K42A 3ZX0A 4G9ZA 1QZ5A 3MX2A 3C6TA 3P1GA 1GOBA 4OPAA 3AAQA 4RW6A 3AVMA 1BUPA 4FW1A 1WOQA 4FJLA 5AQKA 4B9SA 1ZXOA 2GTDA 4E7LA 1RT1A 1NJYA 3HO1A 3EYZA 4Q5VA 3O9QA 4HWIA 4DQ8A 1K6YA 2VQEK 1W9HA 3U6FA 4FLXA 3UKRA 3SV3A 4K25A 4LSLA 4E7KA 1SL1A 3K5LA 4BC5A 2ITGA 1BL3A 3VGLA 2G8HA 4LF7K 3MEDA 3A5MC 1HJRA 3CFPA 2V51B 2WFBA 4CGFA 4GKKK 4EHUA 1X1PA 1E4FT 3LP3A 2Z1HA 4OLAA 4GMJB 1E3MA 2B5JA 4PL7A 3A2FA 1C0GA 2ASMA 3AVFA 4IOAL 2O8BA 4ID1A 3OJSA 3PIPL 4WFNL 1B9DA 1SS6A 3VTIA 1LW2A 1TAQA 4DTUA 4B1WB 1QVFM 1NG9A 2YHBA 2PYJA 3H1QA 5SWMA 2OPQA 2HHIA 3TAPA 4RW4A 3BF3A 3QO9A 3HTVA 2ZQBA 4PKGA 4I9LA 4B9VA 5LY3A 1CLQA 5I42A 3VF4A 3AGKA 4QS9A 1QSSA 1BIUA 4M7YA 4CBWA 4FJJA 3CXCM 4Z4IA 2HHWA 3ZCMA 5I9EB 4IO8A 3RR8A 1NGGA 3LM9A 3E01A 3MEGA 3R8EA 3VF6A 5SZTA 3VQQA 4CEAA 4C8LA 3SBTA 1OVQA 1U2VA 4C1NI 3LDSA 5HRRA 4BRHA 1TUUA 4Z0UA 4CIFA 2PFUA 3QMLA 4OKEA 5KPZA 4BGAA 2GUIA 2VG7A 5EY4A 4BRIA 1YTAA 2OCEA 4KHWA 4QS8A 5DK5A 4AQYK 2ZF5O 4KTZA 3CHWA 2Q2RA 2D0OA 1YHQN 5AJ3K 3LAMA 1XNQK 5AQGA 5AQVA 1YTUA 3O9SA 1BI4A 4FOEA 1K8KB 4H0PA 3SYZA 5BPNA 3CPEA 2KFZA 3VQAA 5LMUK 2VWBA 3S3MA 1HPMA 3KKSA 4LF9K 1RDUA 4CK2A 3NH1A 1NMDA 4DR5K 3ZEUA 4CBUA 3VTHA 4YNQA 5TKWA 1QQMA 4E7IA 1WBDA 1GLEG 3LWLA 2ASOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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