4B1WB

Structure of the phactr1 rpel-2 domain bound to actin
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVARPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Structural protein
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 131
structure length 361
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1wB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1wB03
2YHXA 1NGAA 3VEZA 1HJOA 2P9NA 2UYTA 4IJAA 2AP1A 2E2PA 3DXKA 1MA9B 5KQ8A 5AR0A 4BRKA 4CBXA 3H46O 2P9IB 2DPNA 4QS9A 5FPMA 3U9ZA 3CIPA 5ADXA 1MDUB 2P9SA 4BC2A 5EX5A 3BUZB 1NM1A 5JMVA 3P4IA 4EHUA 4EAHD 3LDNA 4CZFA 2P9LB 4ISEA 2CGKA 3ULEB 3F9MA 4Z94A 1JCEA 5AFUA 5KQDA 2P9NB 3H3NO 1C0GA 5F1XA 3VEXA 3DXKB 5EY4A 5F2RA 3VETA 4XH4A 5FPNA 2ITMA 2P9SB 1KAYA 2YJFA 2QWMA 4FOEA 3JXUA 2GUPA 4K42A 4BRFA 5FPEA 1D4XA 2FF6A 4WQ4C 1NWKA 1Z05A 1IJJA 5AZJA 4EIAA 4H5NA 3O8MA 3A5MC 1DEJA 1Y64A 3DAWA 4BRCA 5TKYA 3CI5A 5AQGA 4BVPA 2QWLA 4A62A 2D0PA 4CBUA 3W0LA 5AQPA 3KHYA 5I9EB 4CI6A 1S22A 2ASMA 1G99A 3D2EB 1JCGA 3CJBA 5BRHA 2I7PA 3QFUA 4H5TA 1NBWA 3HI0A 1HUXA 4BREA 3B8AX 5JLHA 3LDOA 3R8EA 1T6DA 1Z6RA 3FFKB 1HKGA 4CZIA 4CZHA 1NLVA 2KHOA 2A6AA 3LM2A 1E4FT 4BR0A 5LY3A 3O4WA 1GLDG 4RWTA 2QWNA 1ESVA 4H0YB 1ATRA 4FWSA 3C7NA 5BREA 4FSVA 2D4WA 2FLOA 4CZMA 3EKUA 4B1ZA 2E1YA 4JHDA 5ADXH 2GWKA 1QZ5A 2PBDA 4MO4A 2IVNA 3ENOA 4ISGA 4PKIA 1HLUA 4GY2B 3O5BA 4H0XB 3MN6A 2IIRA 2ASOA 1ATNA 3I8BA 5KPTA 4O5FA 5BR9A 2YHYA 4PL7A 1HX1A 1YUWA 2A5XA 3CJ7A 5AFUH 3RSEA 3MN5A 5EVZA 3QMLA 5BRFA 1QHAA 3U9DA 3UB5A 1T44A 3MCPA 4AM6A 4JHDB 5AQNA 2YJEA 4IZ9A 4I6MB 1CZAN 1C0FA 3EKSA 3M1FA 5AQIA 3HZ6A 4WQ5C 4BR5A 2HF4A 3CETA 3D7EO 1JCFA 3O1WA 2BTFA 2ZGYA 3ENHA 3H6EA 1NGDA 2HMPA 4BRHA 3H1VX 1SAZA 1U2VB 4BVOA 3FGUA 3L6QA 2GTDA 4JN4A 5AQQA 4BG8A 3VF6A 2QWPA 4KBOA 2FSNA 3W3DA 3UKRA 3FE1A 3WXJA 1BOTO 3CJ1A 3FZHA 4H0OA 5AQKA 4A2AA 4H0VB 3D2FB 4O8KA 3L0QA 4BQZA 1XUPO 3BF3A 5E84A 2NLXA 3A5LC 1BWFO 3BP8A 1XQSC 4WYBA 4CZLA 1TYQA 4BRGA 3SK3A 3C0BA 5AQRA 4B1VA 2CGJA 3CQYA 1J6ZA 3ID8A 4FL9A 1MWMA 4CJ7A 1ZXOA 3HTVA 3WQUA 4JD2A 3SMPA 5JICA 1V4SA 1DGKN 4IXCA 1SZ2A 5BRDA 2QWQA 2ZWHA 3UKUA 3ATVA 4IJNA 5AZIA 2E88A 3LM9A 1YVNA 1TYQB 5AQHA 5JLFA 3AAQA 2A40A 1GLAG 2H3GX 2Q0RA 4H0TB 4A61A 3WUHA 4BC4A 4BR4A 5AQLA 3U4LA 1BUPA 1KAXA 2V51B 4XH5A 1X3NA 2QM1A 4QS7A 1XC3A 5E26A 4XEIA 4JD2B 4CZGA 5AZJB 2J4RA 4IO8A 4AM7A 4ISFA 5AQOA 3UKUB 3EO3A 3H1QA 2Q31A 4FWRA 5AZIB 3MDQA 3GDQA 5B8HA 3LDPA 3ATUA 1NGHA 1NGJA 3VF2A 5AQTA 3EL2A 3HSCA 3VGMA 4EFHA 4BRMA 1BO5O 2E2NA 1T6CA 3CJCA 3LDQA 3WXIA 2QW9A 4FPBA 5BPLA 4FWLA 3AAPA 4CZJA 1NMDA 4YDUA 2QXLA 4RTFD 3JS6A 1QZ6A 3VEWA 3VERA 1IG8A 1KXPA 1P8ZA 5KPZA 4B1XB 1NGBA 3FZFA 3VF4A 4BROA 4K25A 4J8FA 4L3QA 4DHYA 3VOVA 4BQLA 2Q2RA 3ZETA 2E2OA 3AARA 3BEXA 5FPDA 3C7NB 4FPAA 4FWQA 3HBTA 5CE3A 1HKCA 2D1KA 3SJHA 3U8XA 2PAVA 4CD3A 2V7YA 4B1UB 4BRIA 2W40A 3QB0A 3SLCA 1GLLO 2QWOA 3FZMA 3GG4A 3R9PA 4B1WB 2VCPA 3EN9A 2ASPA 3O08A 5F0XA 5AQMA 4H5WA 2CGLA 1ZBSA 3CJ9A 1KAZA 1NGGA 4CD1A 3ZETB 2A41A 3RSEB 4H5RA 1LCUA 3KZBA 1V4TA 4RCHA 3ZX0A 3G25A 4BR2A 4NB4A 4QS8A 1NGFA 4BR9A 1ZC6A 1K8KA 5AQZA 5AQFA 1BDGA 3ZX2A 3QICA 4YDUC 2QWRA 2NRHA 4A2BA 4GNIA 4WQ4A 4CZKA 1RGIA 4BRDA 1BA0A 2IVOA 3ULEA 3KVGA 3M6GA 4B1YB 4BR7A 3TU5A 3VEOA 1EQYA 2Q0UA 4Y0WA 3VGKA 4CBWA 4MLHA 5LJWA 4H0PA 1RFQA 3GBTA 2GELA 4JAXA 1GLBG 5EOYA 4PKGA 1S3XA 3QBWA 1K8KB 4F9OA 3VPZA 4BRNA 2ZGZA 4BGBA 4IWVA 4PKHA 3CERA 3QFPA 3UKRB 3O6WA 2I7NA 5ELZA 4BRPA 5AQWA 2YHWA 3S41A 2A3ZA 4B9QA 3O80A 3DWLA 3WXLA 2F9TA 3LDLA 1U6ZA 5AQJA 3A8YA 1MWKA 1YAGA 3WT0A 3TPQA 1R59O 2P9PA 2Q36A 3M3ZA 4EHTA 1QQOA 1TUYA 3O1BA 4FWMA 3AY9A 4DQ8A 3CJAA 4K43A 5AQSA 1BG3A 4BRAA 4C23A 2V52B 1GLEG 1DKGD 1E4GT 4M7YA 1BA1A 1H1VA 2ZF5O 3CHWA 1WOQA 4HTLA 2V7ZA 3LL3A 2F9WA 3D2EA 3IFRA 4BG9A 2P9KA 1NGEA 2EWSA 3QDKA 4BRLA 3MN7A 4JNEA 2YI1A 4H03B 2P9PB 4E1JA 2FSKA 5LJVA 1QQMA 5BPMA 3WXKA 3CQXA 3A0IX 3FR0A 1HPMA 4M63C 3OHRA 1NGCA 3VESA 3R6MA 1X3MA 1TUUA 3ZX3A 3DJCA 2E2QA 2E8AA 2GEMA 2FF3B 4M7XA 3VENA 2YCHA 3GE1A 2HF3A 3A5OC 1QQNA 3WEEA 3ZEUA 2NZTA 2P9KB 3UE5A 3FZLA 3VGLA 1Q18A 2W41A 3FZKA 4DB3A 4WQ5A 4FWNA 2FXUA 5BN8A 2FSJA 3WQTA 5BPNA 5KPRA 3SMSA 3GOIA 2A42A 2P9UA 4FWOA 2OANA 4MLEA 4BC5A 3MN9A 4K41A 2BUPA 4BC3A 4LC9B 4XH1A 4FOIA 2WUSA 1HKBA 4FWPA 2Q1NA 3FLCO 2HOEA 3WEEB 1YXQA 3ZEUB 4H5VA 3GL1A 1RDWX 4PL8A 4CZEA 3L4IA 2CH6A 3H3OB 5AQVA 3DXMA 1X9JA 3BF1A 5AQXA 4FWKA 4I6MA 1SQKA 2AA4A 4BGAA 2E20A 5BN9A 2P9UB 2VYPA 3VEYA 3MMVA 1NGIA 2E1ZA 3HM8A 3H45C 3QBXA 2D0OA 3J8AA 2Q97A 4HWIA 1U2VA 1GLFO 3IMXA 3IUCA 3VEVA 2P9IA 2GWJA 1LOTB 4BRQA 2CH5A 3I33A 2IVPA 3IDHA 4FO0A 1ATSA 4NO7A 3DXMB 1GLCG 1WUAA 4MO5A 5AQYA 3MK6A 4DCHA 5EXWA 1OKJA 3EZWA 2VWBA 5AQUA 2P9LA 1GLJO 3D2FA 1BU6O 3A5NC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NGYA 1NGAA 3OTOK 4IG0A 4CF1A 2KKZA 4FLXA 1BCMA 3OS1A 1JLBA 4DSFA 2F7TA 5KQ8A 5AR0A 4CBXA 2DPNA 4QS9A 1NJIO 1C6VA 3HVTA 1YJ9N 5GAGP 4FJ9A 3L3UA 5JMVA 3J81O 3LDNA 2P9LB 2E6MA 4ISEA 2HW3A 4O44A 5F1XA 3NGZA 4B9SA 4CE9A 4AHRA 2HBKA 4JI7K 1BCOA 1P90A 2NRTA 4OGCA 3AA3A 3C6UA 3O4NA 4KTQA 3JSMA 4KH5A 1ASWA 3ZSRA 3CMEN 2GUPA 2F96A 4W5TA 4BRFA 3QETA 5C42A 2FF6A 2VWJA 4FM0A 4OPJA 2D0BA 4HCBA 4JI4K 4LFAK 3O8MA 3AVIA 4PA1A 5M1FA 3KK3A 1Y64A 4CGFA 4I9QA 3OYCA 4CFDA 3P39A 3L4QA 4F3OA 3SV3A 5LMUK 4DUZK 5AQGA 3DLRA 3NFAA 1CLQA 4A62A 4B08A 4CI6A 3NH0A 4K8XA 1U04A 3CYMA 2HHSA 1X1PA 4DV6K 3PO4A 4BE2A 4JI5K 4DTOA 1HUXA 1NJWA 3PX0A 3LDOA 2QXFA 3RWUA 3O9UA 5SWMA 3QINA 3O9TA 1IBMK 3SBGA 2VG7A 2KZZA 1DLOA 2KHOA 3ZSVA 5M1OA 4GV3A 4LF9K 4RWTA 4FJMA 5BREA 4FSVA 2D4WA 4E7JA 2PZSA 1B9DA 4AH9A 4Q0BA 4JHDA 1VQ8N 4MO4A 1QZ5A 3MX2A 1JLFA 2IS3A 2IVNA 4IOAL 2IAJA 3ALYA 4CF9A 1OH5A 4PKIA 1HLUA 4CGIA 4GY2B 4PUOA 3O5BA 4N41A 4E7HA 4FW2A 1WBDA 3Q7BA 2HNDA 4O5FA 1T03A 2YHYA 4I2QA 3K5NA 1YUWA 3K58A 4M3UA 3CJ7A 3RSEA 3RTVA 4DU1A 5BRFA 4JHDB 4AQYK 1VSDA 5AQNA 4YORA 1RDUA 2O8DB 4IZ9A 5IWAK 4FYDA 1CZAN 3G4SN 3M1FA 2PFUA 4WQ5C 3LP2A 4DQIA 3D7EO 4DSIA 2EHGA 4FLVA 4FXDA 1VQLN 3H6EA 4CJEA 2HMPA 4BRHA 1J53A 4E0DA 1U2VB 1YVUA 3NE6A 5JENA 4E19A 2HBLA 1NK0A 4YOYA 4NLBA 5AQQA 4KBOA 5KGXA 3S3NA 3OBYA 3UKRA 3FE1A 3KLIA 3WXJA 3TARA 4H0OA 3M8SA 3D2FB 3DYAA 2HVIA 3DLLL 1NNEA 1XUPO 1Q86O 4UQGA 3BGRA 4I7FA 4BWJA 4X64K 1TYQA 1J54A 4CF8A 3SK3A 3SUQA 3C0BA 5AQRA 4CFBA 3V9XA 4B9LA 4G1QA 5I42A 3CQYA 1JKHA 4FLUA 3ID8A 1MWMA 5KI6A 3WQUA 4JD2A 1V4SA 5BRDA 1HR0K 3PUFA 1RILA 3UKUA 4BDPA 4AHVA 3OYMA 1QVGM 4LF7K 3LM9A 3THVA 3ZT2A 1TYQB 3SJJA 4DR2K 1GLAG 2ZD1A 3P38A 4IOXA 2DFEA 4C1NI 5FRNA 4CHZA 3OY9A 1LWFA 3JAMO 1KAXA 2V51B 4CEFA 2QM1A 1S1VA 4QS7A 1XC3A 5E26A 4CJTA 4KB1A 4IDHA 4JD2B 4CZGA 5AZJB 4XIUA 4DR5K 2WBNA 5AQOA 3UKUB 2B5JA 2Q31A 1HQUA 3TWHA 4JKGA 4CGDA 2HHUA 4OPKA 2JWKA 4WE1A 4LF8K 3DLKA 3QEVA 1JL2A 4E72A 4FK4A 4JI6K 2BH1A 4QOZB 2KFZA 1TKZA 1TKTA 2Z1IA 4JK9A 1QZ6A 4FJKA 4JKGB 1P8ZA 1T8EA 5GINA 4HUGA 4DSJA 3DLGA 3M8RA 5SZTA 4L3QA 4DHYA 4YNQA 4W5OA 3ZETA 2UXBK 4N5SA 5LL6Z 4CJWA 4DQQA 5HRNA 4JYAK 4KKOA 1KLNA 4PWDA 3IS9A 3T69A 1WAJA 1BQNA 2OPPA 2W40A 4GV9A 3QESA 3FZMA 2YHBA 2HVHA 2VCPA 2QK9A 3V9ZA 4YHHK 4H5WA 1ZBSA 4F8RA 3CJ9A 1NGGA 4JEPA 3ZETB 3IKMA 3SPYA 4H5RA 1XHZA 1V4TA 4KHUA 1K8KA 1HQEA 1BISA 3QICA 1RGIA 4BWMA 1ZBLA 2IVOA 5C2FA 4XJXA 3M8QA 5A2QO 3KVGA 1HNXK 1BIUA 4CJRA 2UXDK 1RFQA 1EX4A 5EOYA 3RMAA 1B9FA 4N76A 4PKGA 1S3XA 3QBWA 5CYMA 1K8KB 4M3RA 4E89A 2XO7A 4X65K 3V9SA 3LZJA 4OLAA 4IWVA 1S72N 3E9PA 1NK4A 5AQWA 3J7ZO 4B9QA 3O80A 5M1NA 2HHWA 3LDLA 1U6ZA 3DMJA 1WSFA 3M3ZA 4EHTA 1TUYA 3O1BA 4FWMA 4DQ8A 1N5YA 4K43A 5AQSA 4C23A 1EETA 3HL8A 4R5PA 4I2PA 1DTQA 3VA0A 4QCLA 1XC9A 1BA1A 4DV0K 3CHWA 3SUNA 4G9ZA 3AVLA 4PQUA 1NGEA 4CF2A 4DTUA 1C0UA 3MN7A 3RVCA 4H03B 4E1JA 1HNZK 3U3YA 3CQXA 1NMNA 1S1TA 4PY5A 3O9SA 3T3FA 4OKKA 1TUUA 4OJRA 3CCEN 3VENA 3GE1A 4DV5K 4C8KA 4FJ7A 3TSQA 4Z4CA 2X6SA 4ZTFA 3L2WA 3I0SA 4CK3A 4DSKA 3WQTA 1RTDA 3AVAA 4JI8K 4YOTA 4KH6A 4KHPK 5BR8K 3MN9A 4CJLA 3EEQA 4ZHRA 2RHKA 4XH1A 3PX6A 3ZYYX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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